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COMMENT CHOISIR VOS MODULES ? ........................................................................................................ 3

COMMENT S’INSCRIRE ? ...................................................................................................................... 3

ANGLAIS SCIENTIFIQUE .......................................................................................................................... 4

BIODEMOGRAPHY .................................................................................................................................. 5

CAREER DEVELOPMENT FOR DOCTORS .................................................................................................... 6

L’INFORMATION SCIENTIFIQUE ET TECHNIQUE POUR LA THESE ..................................................................... 7

R ........................................................................................................................................................ 8

EPIGENETIQUE ET ADAPTATION CELLULAIRE ............................................................................................ 10

INTRODUCTION A LA BIOGEOGRAPHIE : CONCEPTS ET METHODES .............................................................. 12

MECANISMES DE L’EVOLUTION .............................................................................................................. 13

MODELES DE PREDICTION DE REPARTITION ET CHANGEMENTS CLIMATIQUES ............................................... 15

MICROBIODIVERSITE, ENTRE ECOSYSTEMES,EVOLUTION ET SOCIETE .......................................................... 16

DESSIN SCIENTIFIQUE ........................................................................................................................... 17

LA PHYLOGENIE : SUPPORT A L'ANALYSE DE L'EVOLUTION. .......................................................................20

IMAGERIE SCIENTIFIQUE ........................................................................................................................20

INITIATION A LATEX .............................................................................................................................. 23

COMMENT REDIGER SA THESE (ET D'AUTRES DOCUMENTS) EN LATEX ......................................................... 23

LA TAXONOMIE INTEGRATIVE A L’ERE DES « BIG DATA » ............................................................................24

VALORISATION DES TRAVAUX DE RECHERCHE ET TECHNOLOGIES DU VIVANT .............................................. 26

SCIENTIFIC GRANT WRITING (IN ENGLISH) ................................................................................................ 27

LINGUISTIQUE, SOCIOLINGUISTIQUE, ETHNOLINGUISTIQUE: ......................................................................28

LA LANGUE DANS TOUS SES ETATS .........................................................................................................28

SCIENCES PARTICIPATIVES ................................................................................................................... 29

STATISTIQUES MULTIVARIEES ................................................................................................................ 30

COULEURS : DES SCIENCES PHYSIQUES AUX SCIENCES HUMAINES ............................................................... 32

GEO MATERIAUX PRECIEUX ET DIVERSITES CULTURELLES .......................................................................... 34

LE MUSEUM NATIONAL D’HISTOIRE NATURELLE, OBJET D’HISTOIRE : RECHERCHES, HOMMES, INSTITUTIONS,

PATRIMOINE, ENSEIGNEMENT ............................................................................................................... 36

LE GENRE HOMO, SES EVOLUTIONS, L'EMERGENCE DE SAPIENS ................................................................. 38

UTILISATIONS INNOVANTES DES COLLECTIONS NATURALISTES DANS LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE ................40

MODULE DE BIOLOGIE DE LA CONSERVATION POUR LES NON ECOLOGUES .................................................. 44

MORPHOMETRIE ET ANALYSE DES FORMES ............................................................................................. 45

NETTOYER ET STRUCTURER LES DONNEES. REFLEXION SUR LA CHAINE OPERATOIRE PREALABLE A UNE BASE DE

DONNEES ........................................................................................................................................... 47

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Pendant vos trois années de doctorat, vous devez valider au moins quatre modules d'enseignement de 18 heures minimum ou plus de quatre pour un total de 72 heures. Le nombre de modules de formation pouvant être suivis n'est pas limité, vous pouvez assister à autant de séminaires que nécessaire à condition que l'inscription se fasse en accord avec votre directeur de thèse.

Votre plan de formation doit obligatoirement comprendre :

3 modules techniques et/ou d’insertion professionnelle dont obligatoirement 1 module d'insertion professionnelle.

1 module d'ouverture à d'autres disciplines, de préférence éloigné de votre sujet de thèse. Pour vous aider à vous repérer, chaque module est clairement identifié Peuvent également compter comme un module professionnalisant ou technique :

- L'implication pour une année au moins au sein du bureau d'une association en lien avec les activités et thématiques de l'ED. Attention, votre demande doit être préalablement acceptée par l'ED.

- La participation à des évènements grands publics à condition d'avoir participé à l'organisation de l'évènement et d'être intervenu auprès du public. Un module technique sera validé pour la participation active à 3 évènements.

- L'organisation d'un colloque, d'un congrès ou d'une mission de terrain important peut également être validée comme un module de formation. Attention, la participation à un congrès ou colloque pour présenter ses travaux de thèse ne sera pas validée comme un module car cela fait partie du travail de recherche et de diffusion scientifique du doctorant.

Si vous avez des doutes sur la validation d'un module que vous souhaitez suivre, n'hésitez pas à contacter la coordinatrice de l'ED : Anaïs Ranera (aranera@mnhn.fr)

1/ consultez le programme des modules de l'école doctorale 227 pour 2016-2017 (téléchargeable ci-dessous) 2/ contactez directement le responsable de module choisi 3/ le formateur vous remet une attestation de participation que vous devrez transmettre à l'ED pour validation de votre module.

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Le jeudi de 14h à 17h Du 11/10/2018 au 13/12/2018 et 10/1/2019 au 28/3/2018 RESPONSABLES : Jill BARGIEL DEPARTEMENT : Direction de l’enseignement, de la pédagogie et des formations

ADRESSE : 47 rue Cuvier, CP 27 TEL : 01 40 79 54 02 COURRIEL : jill.bargiel@mnhn.fr LIEU DE LA FORMATION : Pavillon de la Baleine _________________________________________________________________________________________________________________ PRESENTATION DU MODULE Ce cours vise à préparer ses participants pour leur vie professionnelle de chercheurs en fournissant les compétences linguistiques nécessaires à plusieurs domaines de l’anglais scientifique. Le contenu porte à la fois sur les compétences passives telles que la compréhension écrite et orale ainsi qui les compétences actives, les activités d’expression orale et écrite ; les présentations scientifiques, les discussions table ronde, les débats, etc. Entre autres, les étudiants apprennent à : aborder un texte scientifique ; rédiger un article scientifique en anglais ; faire une communication en anglais ; répondre aux questions sur leur recherche et parler de leur recherche, tant dans des situations formelles qu’informelles. _________________________________________________________________________________________________________________ CONDITIONS DE VALIDATION DE CE MODULE Les étudiants devront avoir été présents pendant un minimum de 24 heures et avoir complété l’une des tâches mentionnées ci-dessous. 1) Réalisation d’un poster scientifique en anglais 2) Présentation orale sur PowerPoint d’un sujet de recherche en anglais 3) Rédaction d’un rapport de recherche en anglais 4) Une rédaction en anglais proposée par l’étudiant et agréée au préalable par l’enseignant. Avec la pré-validation du coordinateur, jill.bargiel@mnhn.fr, il y a une possibilité de partager les heures obligatoires entre deux séances.

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Du 26 au 30 Novembre 2018 RESPONSABLES : Samuel Pavard UNITE DE RECHERCHE : UMR 7206 Eco-anthropologie et Ethnobiologie DEPARTEMENT : Homme & Environnement ADRESSE : Musée de l’Homme, 17 place du Trocadéro, 76016 Paris TEL : 01 44 05 73 07 COURRIEL : samuel.pavard@mnhn.fr LIEU DE LA FORMATION : Musée de l’homme _________________________________________________________________________________________________________________ PRESENTATION DU MODULE Objectives: To provide students with theoretical and empirical knowledge on the evolution of growth, reproduction and survival in humans. To understand how human societies have incorporated genetic, biological and behavioural traits into the construction of their social organizations. _________________________________________________________________________________________________________________ PROGRAMME Lundi 26 Novembre 2018 09h30 à 12h30 : Samuel Pavard – Population biology and life-history theory 14h00 à 17h00 : Samuel Pavard – Measures and models in evolutionary demography Mardi 27 novembre 2018 09h30 à 12h30 : Samuel Pavard – Humans among mammals and primates 14h00 à 17h00 : Samuel Pavard – Human demographic history Mercredi 28 novembre 2018 09h30 à 12h30 Samuel Pavard – Infant and child growth and survival 14h00 à 17h00 : Samuel Pavard – Adult reproductive life Jeudi 29 novembre 2018 09h30 à 12h30 : Samuel Pavard – Old ages and senescence: biology and ecology 14h00 à 17h00 : Samuel Pavard – Old ages and senescence: evolutionary theory Vendredi 30 novembre 2018 09h30 à 12h30 – Gilles Pison Observatoire de population et santé au Sénégal

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Le mardi, le mercredi et le vendredi de 9h à 17h le 11-12/12/2018 et le 14/12/2018 Le mardi, le mercredi et le vendredi de 9h à 17h le 19-20/2/2018 et le 22/2/2018 _________________________________________________________________________________________________________________ RESPONSABLE : Jill BARGIEL DEPARTEMENT : Direction de l'Enseignement et de la Formation

ADRESSE : 47 rue Cuvier, CP 27 TEL : 01 40 79 54 02 COURRIEL: jbargiel@mnhn.fr LIEU DE LA FORMATION : Jardin des Plantes _________________________________________________________________________________________________________________ PRESENTATION DU MODULE L’atelier a pour objectif de préparer les doctorants à la présentation de son projet professionnel en anglais. Ils seront menés à créer un CV académique en anglais, un résumé pour le recrutement dans le privé ainsi que développer sa présentation de soi-même, son recherche et d’autres projets professionnels d’après les recruteurs et les collègues académiques. Le doctorant prépara un entretien et/ou un pitch et participera au jury de paires. _____________________________________________________________________________________________________________ PROGRAMME: Tuesday - Job sites and your online profile - Educational Background: Writing your Academic CV Wednesday - Professional Introduction & Interviewing techniques - Individual Mock Interviews Thursday - Presenting your research – Introduction to Job Talks & Chalk Talks - Pitching your thesis research & Job Talk Presentation

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Date à déterminer : 1 demi-journée par semaine entre mars et mai RESPONSABLES : Marion Brunetti – Magali Morvan DEPARTEMENT : Direction des bibliothèques et de la documentation ADRESSE : 38 rue Geoffroy Saint Hilaire 75005 Paris TEL : 01.40.79.37.41 COURRIEL : marion.brunetti@mnhn.fr LIEU DE LA FORMATION : Bibliothèque centrale 38 rue Geoffroy Saint Hilaire 75005 Paris ______________________________________________________________________________________________________________ PRESENTATION DU MODULE: L’objectif de ce module est de permettre aux doctorants de maîtriser les enjeux de l’information scientifique et technique, que ce soit du point de vue de la recherche d’information, de la citation ou de la publication. ________________________________________________________________________________________________________________ PROGRAMME : Trouver des publications scientifiques (3h) Utiliser efficacement la base Web of science (3h) Mettre en place une veille documentaire (3h) Maîtriser son identité numérique et valoriser son travail de recherche (3h) Gérer ses références et éditer ses bibliographies avec Zotero (2h) Comprendre le droit d’auteur (2h) Publier en open access (2h)

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Du 28 janvier au 01 février 2019 RESPONSABLES ET INTERVENANTS : Jérôme SUEUR (Maître de Conférences, MNHN) UMR 7205 « Institut de Systématique Evolution Biodiversité » Tél : 01 40 79 33 98 ; courriel : sueur@mnhn.fr Loïc PONGER (Maître de Conférences, MNHN) UMR 7196 « Régulation et Dynamique des Génomes » Tél : 01 40 79 36 97 ; courriel : ponger@mnhn.fr INTERVENANTS : Christophe POUZAT (CR CNRS, Université Paris 5) UMR 8145 « Mathématiques Appliquées » Maxime LAHOURNAT (Doctorant ONCFS MNHN) UMR 7204 « Centre d'Ecologie et des Sciences de la Conservation » LIEU : salle informatique de Phanérogamie INSCRIPTION : obligatoire sur : http://formulaires.mnhn.fr/

OBJECTIFS R est un environnement pour l'analyse de données majoritairement utilisé par la communauté scientifique. Il est disponible gratuitement sur toutes les plates-formes. Accompagné de plus de 9 000 librairies annexes, il permet des analyses dans presque tous les domaines scientifiques. Extrêmement puissant mais peu convivial, son utilisation demande un certain temps d'adaptation. Cette formation est donc destinée aux personnes n'ayant jamais utilisé R. Ce module a pour objectif de rendre les participants autonomes pour l'analyse simple et avancée de leurs propres données.

PROGRAMME

Lundi 28 janvier 2019 9h30 à 12h30 : Jérôme SUEUR Gestion des données : installation de la base, installation des packages, structure, fonctionnement, classes et modes des objets, arguments des fonctions, indexation des objets 14h00 à 17h00 : Jérôme SUEUR Gestion des données (suite) : comment trouver de l'aide, import et export des données, récurrence et conditions, écriture d'une fonction Mardi 29 janvier 2019 9h30 à 12h30 :Jérôme SUEUR Graphiques : principe, librairies dédiées, fonctions graphiques de base (nuages, profils, diagrammes en bâton, histogrammes, boîtes à moustaches, camembert, ...), fonctions graphiques accessoires (axes, légendes, étiquettes, polygones, ...) 14h00 à 17h00 : Jérôme SUEUR Graphiques (suite) : fonctions paramétriques (couleurs, marges, police, ...), mises en pages (superposition, division de la fenêtre), exportation, sauvegarde. Mercredi 30 janvier 2019 09h30 à 12h30 : Maxime LAHOURNAT Graphiques avancés avec ggplot2 14h00 à 17h00 : Jérôme SUEUR Manipulations avancées des objets (fusion, fission conditionnelle, tri) Entrées et sorties, manipulations de fichiers externes

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Jeudi 31 janvier 2019 09h30 à 12h30 : Christophe POUZAT Traitement des chaînes de caractères.

Programmation avancée: tests et exécutions conditionnelles, boucles, fonctions de boucles implicites.

14h00 à 17h00 : Loïc PONGER Exemples de tests statistiques uni-bivariés : tests de normalité, tests de proportions, tests de comparaison de moyennes, test de corrélation, régression linéaire

Vendredi 01 février 2019 09h30 à 12h30 : Loïc PONGER Exemples d'analyses multivariées : ACP, LDA, clustering, 14h00 à 17h00 : Jérôme SUEUR, Loïc PONGER Atelier sur projets personnels

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Du 9 au 11 avril 2019

RESPONSABLES : Marie-Noelle LOMBARD (DR es Sciences) et Lamis CHAMAS (Doctorante MNHN) UNITE DE RECHERCHE : UMR 7221 « Evolution des régulations endocriniennes » DEPARTEMENT : « Adaptation du Vivant » ADRESSE : 7 rue Cuvier, 75005 PARIS. TEL : 06 04 15 95 42 / 01 40 70 36 06 / 01 40 79 38 28 ; Fax : 01 40 79 36 18 COURRIEL : mlombard@mnhn.fr / lamis.chamas1@edu.mnhn.fr LIEU : Bibliothèque de Physiologie, 7 rue Cuvier, 1er étage. _________________________________________________________________________________________________________________

PROGRAMME Mardi 9 avril 2019 9h40 : Dr Marie-Noëlle LOMBARD, MNHN, Paris. Introduction générale, tour de table : présentation des participants 10h - 11h15 : Dr Pierre-Antoine DEFOSSEZ, Université Paris 7, CNRS UMR 7216, Paris. Méthylation de l’ADN, prolifération et différentiation cellulaire 11h15 - 11h25 : Discussion 11h25 - 12h45 : Dr Laurent SACHS, MNHN, CNRS UMR 7221, Paris Organisation 3D du noyau cellulaire 12h45 - 13h : Discussion 14h15 - 15h15 : Dr Anne GABORY, INRA UMR 1198, Jouy en Josas Plasticité de l’épigénome en fonction de l’environnement maternel : origines développementales de la santé 15h15 - 15h30 : Discussion 15h30 - 16h45 : Dr Claire ROUGEULLE, Université Paris Diderot, CNRS UMR 7216 Inactivation du chromosome X chez les mammifères 16h45 - 16h45 : Discussion Mercredi 10 avril 2019 9h00 - 10h15 : Dr Slimane AIT-SI-ALI, Université Paris 7, CNRS UMR 7216 Rôle des histones lysines méthyltransférases dans les réponses cellulaires aux signaux de différentiation 10h25 - 11h30 : Dr Paola ARIMONDO, Institut Pasteur Paris Reprogrammation des cellules par des inhibiteurs épigénétiques 11h30 - 11h40 : Discussion 11h40 – 12h50 : Dr Stéphane MAURY, Université d'Orléans, INRA, LBGC, Orléans. Epigénétique et adaptation des arbres aux changements climatiques 12h50 – 13h : Discussion 14h15 - 15h30 : Dr Philippe BASTIN, Institut Pasteur, Paris. Contrôle épigénétique d’un changement de vie chez les Trypanosomes 15h30 – 15h40: Discussion 15h40 - 17h : Dr Jean-Baptiste FINI, MNHN, CNRS UMR 7221 Epigénétique et perturbateurs endocriniens 17h - 17h15 : Discussion Jeudi 11 avril 2019 9h15 - 10h30 : Dr Sophie POLO, Université Paris 7, CNRS UMR 7216, Paris. Epigenome maintenance in response to DNA damage 10h30 - 10h40 : Discussion

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10h40 – 12h : Dr Frédérique PERONNET, DR CNRS, Laboratoire de Biologie du développement, IBPS Polycomb cell memory and developmental stability 12h- 12h15 : Discussion 14h00 - 15h10 : Dr Christophe LAVELLE, MNHN UMR 7196, Sorbonne Université La mécanique des génomes 15h10 - 15h20 : Discussion 15h30 à 16h45: Dr Jian-Sheng SUN, MNHN USM 503, CNRS UMR 7196, Paris. When histone deacetylase inhibitors meet DNA repair inhibitors 16h45 - 17h : Discussion et débat général

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Du 20 au 24 mai 2019 _________________________________________________________________________________________________________________ RESPONSABLES : Maud MOUCHET (MC MNHN) et Boris LEROY (MC MNHN) UNITE DE RECHERCHE : UMR 7204 CESCO (MM) et UMR 7208 BOREA (BL) DEPARTEMENT : HE (MM) et AV (BL) ADRESSE : 43 rue Buffon, CP135, 75005 Paris TEL : 01 40 79 80 07 ; courriel : maud.mouchet@mnhn.fr TEL : 01 40 79 31 68 ; courriel : boris.leroy@mnhn.fr LIEU : Salle Claude Hélène Inscription obligatoire par mail (maud.mouchet@mnhn.fr), nombre de places limitées _____________________________________________________________________________________________________ OBJECTIFS : Offrir une présentation des théories émises pour expliquer les patrons macro-écologiques de biodiversité et des méthodes utilisées (indicateurs, modèles de niche, réseaux de cooccurrences) _________________________________________________________________________________________________________________ PRE-REQUIS : Bases de programmation sous R (indispensable) Un ordinateur portable pour les cours pratiques _____________________________________________________________________________________________________

PROGRAMME Lundi 20 mai 2019 9h30 à 12h : Maud MOUCHET Introduction à la biogéographie : hypothèses macro-écologiques, règles d’assemblage, diversités spécifique, phylogénétique et fonctionnelle 14h à 17h : Maud MOUCHET TD-TP sur les indicateurs couramment utilisés en biogéographie et mise en application Mardi 21 mai 2019 10h00 à 12h : Sandrine PAVOINE Evaluation quantitative de la biodiversité à large échelle et diversité β 14h à 17h : Maud MOUCHET TP : Tester les grandes hypothèses macro-écologiques sur un jeu de données, identifier les règles d’assemblages à différentes échelles Mercredi 22 mai 2019 9h30 à 12h : Boris LEROY Les répartitions géographiques des espèces : patrons et processus 14h à 17h : Boris LEROY TP analyse et modélisation des aires géographiques des espèces Jeudi 23 mai 2019 9h30 à 12h : Boris LEROY Les grandes régions biogéographiques : concepts, hypothèses, observations et méthodes 14h à 17h : Boris LEROY TD-TP Délimitation de régions biogéographiques par l’analyse de la diversité beta et analyse des réseaux biogéographiques Vendredi 24 mai 2019 9h à 10h30 : Charles THEVENIN Conservation et biogéographie : comment les réintroductions animales réussissent-elles à restaurer la diversité phylogénétique et fonctionnelle ? 10h45 à 12h15 : Marine ROBUCHON Biogéographie des gènes et des espèces : complémentarité des approches et apports à la compréhension des processus 14h à 17h : Maud MOUCHET et Boris LEROY TP facultatif : les participants le souhaitant pourront mettre en pratique les connaissances acquises sur leur propre jeu de données

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Du 13 au 17 mai 2019 _________________________________________________________________________________________________________________ RESPONSABLE : Sarah Samadi (PR MNHN), UNITE DE RECHERCHE : UMR 7205, ISyEB DEPARTEMENT : Département Systématique et Evolution ADRESSE : 43 rue Cuvier 75005 Paris TEL : 01 40 79 37 59 ; sarah.samadi@mnhn.fr CO-RESPONSABLES : Patrice David (DR CNRS, Montpellier) & Anouk Barberousse (PR Sorbonne Université) LIEU : Salle Claude Hélène _________________________________________________________________________________________________________________ OBJECTIFS : Ce module est organisé en demi-journée centré sur un seul thème. Chaque demi-journée comprendra un exposé formel de la thématique abordée par un intervenant (1h30), puis une présentation par les étudiants inscrits au module de travaux récents choisis par le ou les intervenants de cette thématique (1h30) et s’achèvera par une discussion générale selon un axe prédéfini (30min). Les étudiants inscrits au module recevront en avance la liste des articles par thème. Chaque étudiant inscrit devra choisir un thème et présenter un ou plusieurs des articles qui y seront attachés. La liste des articles qui avaient été retenus pour le module en 2014 est consultable sur le site web https://sites.google.com/site/mecanismesdelevolution/documents Liste non exhaustive des intervenants potentiels: Frédéric Austerlitz (CNRS, MNHN Paris), Anouk Barberousse (Sorbonne Université, Paris), Patrice David (CNRS, Montpellier), Vincent Debat (MNHN, Paris), Marianne Elias (CNRS, MNHN Paris), Violaine LLaurens (CNRS, MNHN Paris), Manuela Lopez-Villavincencio (MNHN, Paris), Sarah Samadi ( MNHN, Paris), Paul Verdu (CNRS, MNHN Paris). _________________________________________________________________________________________________________________ PROGRAMME Lundi 14 mai 2018 8h30-12h30 – Introduction historique : de Darwin à la biologie évolutive du 21ième siècle en passant par la théorie synthétique. Axe de la Discussion : décrire vs expliquer l’histoire du vivant 14h-18h – Origine des variations Axe de la Discussion : origine moléculaires des « innovations » Mardi 15 mai 2018 8h30-12h30 – Dérive génétique ou le tri aléatoire des variants par les processus démographiques (la « mécanique » de la dérive, théorie de la coalescence, horloge moléculaire.) Axe de la Discussion : Peut-on reconstruire l’histoire démographique des populations ? 14h-18h – Sélection Naturelle ou « quand les dés sont pipés » (les différents modes de la SN, la difficulté à la mettre en évidence, interaction entre dérive et sélection …) Axe de la Discussion : la notion de fonction en biologie Mercredi 16 mai 2018 8h30-12h30 – L’individu et ses gènes, un gène n’évolue pas seul (les interactions entre les gènes, background sélection, …) Axe de la Discussion : qu’est-ce qu’un organisme ? 14h-18h – Des gènes aux caractères (génétique quantitative, évo-dévo à l’échelle micro et macro évolutive). Axe de la Discussion : fardeau historique et contingence Jeudi 17 mai 2018 8h30-12h30 – Quand les règles du jeu changent (effet de la variabilité spatiale et temporelle de l’environnement physique et biotique sur l’évolution des organismes) Axe de la Discussion : explication évolutive de la plasticité phénotypique… 13h30-17h30 – Evolution du sexe (recombinaison vs reproduction, diversité des modalités du sexe, diversité des mécanismes qui expliquent le maintien du sexe, …)

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Axe de la Discussion : rôle d’une sélection d’espèces dans l’évolution du sexe Vendredi 18 mai 2018 8h30-12h30 – Spéciation : diversité des processus expliquant la cladogenèse. Axe de la Discussion : qu’est-ce qu’une espèce du point de vue de la Théorie de l’évolution ? 14h-18h – En quoi la théorie de l’évolution est-elle bien une théorie ? Axe de la Discussion : La théorie de l'évolution doit-elle être repensée ?

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Du 25 au 28 mars 2019 _________________________________________________________________________________________________________________ RESPONSABLES : Boris Leroy UNITE DE RECHERCHE : UMR 7208 BOREA DEPARTEMENT Adaptations du Vivant ADRESSE : 43 rue Cuvier CP 26 3e étage 75005 Paris TEL : 01 40 79 31 68 COURRIEL : boris.leroy@mnhn.fr LIEU DE LA FORMATION : Bâtiment de la Baleine, Salle BALEINE 1 _________________________________________________________________________________________________________________

Objectifs : Fournir les outils pour utiliser les modèles de niche (modèles de prédiction de répartition, modèles d’habitat) en autonomie sous R. Aspects théoriques : Apprendre les bases théoriques des modèles de prédiction de répartition, les pré-requis en termes de données et l’interprétation dans les limites des hypothèses sous-jacentes. Aspects pratiques : Apprendre à préparer ses données sous le logiciel R, calibrer les modèles, utiliser les techniques de modélisation d’ensemble, faire les cartes de répartitions, analyser les impacts modélisés des changements climatiques. Pré-requis : Bonne connaissance du logiciel R, bases de programmation sous R. Avoir suivi un module d’ED sur R est très fortement recommandé Un ordinateur portable pour les cours pratiques _________________________________________________________________________________________________________________ PROGRAMME :

Lundi 25 mars 2019 : 9h30-12h : cours théorique sur les modèles de niches, introduction des bases et concepts nécessaires pour les utiliser correctement 14h-17h30 : acquisition et préparation des données sous R pour la modélisation Mardi 26 mars 2019 : 9h30-12h : calibration et évaluation des modèles, affichage de cartes simples 14h-17h30 : modélisation d’ensemble, projection des répartitions prédites d’espèces Mercredi 27 mars 2019 : 9h30-12h : analyse des modèles, génération de figures (cartes, réponses aux variables environnementales) 14h-17h30 : sélection des variables environnementales Jeudi 28 mars 2019 : 9h30-12h30: prédiction des impacts des changements climatiques, évaluation des incertitudes 14h-17h30 : programmation des modèles pour plusieurs espèces

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Du 27 au 29 mai 2019 _________________________________________________________________________________________________________________ PROGRAMME : lundi 27 mai 2019 9h - 10h : Laurent PALKA (MNHN) Introduction au module et présentation des doctorant(e)s 10h15 - 11h15 : Pascal LOPEZ (MNHN) La microbiodiversité en milieu urbain 11h30 - 12h30 : Marc-André SELOSSE (MNHN) De l'animal au végétal: les micro-organismes aux commandes 14h - 15h : Lucie BITTNER (Université Pierre et Marie Curie) Exploration de la diversité microbienne avec l'expédition Tara Océans 15h15 - 16h15 : Laurent PALKA (MNHN) Diversité et fonctions des micro-organismes du sol mardi 28 mai 2019 9h - 10h : Jean-Paul SAINT MARTIN (MNHN) Les archives géologiques de la microbiodiversité 10h15 - 11h15 : Morgan GAIA (Institut Pasteur) La place des virus dans l’évolution 11h30 - 12h30: Olivier TENAILLON (INSERM) Quel potentiel évolutif chez les micro-organismes 14h - 15h : Thomas HEAMS (AgroParisTech) Evolution dirigée et design rationnel en biologie de synthèse : des approches en compétition ou en synergie ? 15h15 - 16h15 : Nathalie BECKER (MNHN) Les bactéries endosymbiotiques : contribution à l'évolution des insectes mercredi 29 mai 2019 9h - 10h : Cécile BERNARD (MNHN) Comment les activités humaines modifient la diversité des microorganismes photosynthétiques dans les écosystèmes aquatiques 10h15 - 11h15 : Muriel GUGGER (Institut Pasteur) Cyanobactéries, microalgues et biocarburants: du milieu naturel à l'industrie, en passant par le laboratoire 11h30-12h30 : Jacques LIVAGE (Collège de France) Microbiodiversité et matériaux bioinspirés 14h - 15h : Philippe LANGELLA (INRA) Les probiotiques et le microbiome humain 15h15 - 16h15: Bernard BODO (MNHN) Microbiodiversité et substances naturelles: quand les microbes se font chimistes

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Du 24 au 28 juin 2019 _________________________________________________________________________________________________________________ RESPONSABLES DU MODULE Rémi Berthon - Maître de Conférence du Muséum national d'Histoire naturelle Didier Geffard-Kuriyama - Dessinateur scientifique au Muséum national d'Histoire naturelle Pascal Le Roch - Professeur de dessin au Muséum national d'Histoire naturelle UNITÉ DE RECHERCHE R. Berthon : UMR 7209 Archéozoologie, archéobotanique : sociétés, pratiques et environnements D. Geffard-Kuriyama : UMS 2700 Outils et Méthodes de la Systématique Intégrative (OMSI) P. Le Roch : Direction de L'Enseignement et de la Formation (DIREF) DÉPARTEMENT : Homme et environnement (R. Berthon) DGD REVE (D. Geffard-Kuriyama, P. Le Roch) ADRESSES : R. Berthon - CP56 - 55 rue Buffon, 75005 Paris D. Geffard-Kuriyama - CP39 - 16 rue Buffon, 75005 Paris TÉL. : 0140795700 (R. Berthon) ; 0140793012 (D. Geffard-Kuriyama) ; 0140795420 (P. Le Roch) COURRIELS : rberthon@mnhn.fr ; didier.geffard-kuriyama@mnhn.fr ; pascal.le-roch@mnhn.fr LIEU DE LA FORMATION Première journée à l'amphithéâtre Rouelle. Communications et ateliers des jours suivants dans les salles de préfabriqués TP Bio/TP Info et salle des cours de dessin de la Grande Galerie de l'Évolution. _________________________________________________________________________________________________________________ PRÉSENTATION Ce module propose un panorama étendu et détaillé de la diversité des techniques et des conventions utilisées pour le dessin scientifique dans les sciences naturelles. Il est principalement articulé autour de dix-huit présentations, chacune d'une durée maximum de quarante-cinq minutes, suivies de discussions, et de trois ateliers d’une demi-journée d'application des techniques et de réalisations de travaux pratiques ou dirigés (capacité d'accueil limitée à vingt participants par atelier). L’accent est donné sur les techniques de dessin scientifique déployées au Muséum national d’Histoire naturelle en fonction des différents domaines d’étude et de recherche. Les ateliers ont pour vocation de permettre aux participants d’appliquer immédiatement les acquis dans le cadre de leurs recherches doctorales. Les communications prises en charge par vingt-quatre intervenants dont seize du Muséum présentent des monographies, études de cas, exemples illustrés de réalisations et de spécificités techniques mais aussi, pour certaines, un cadre de réflexion plus méthodologique ou scientifique, voir épistémologique. _________________________________________________________________________________________________________________ PROGRAMME Notre objectif est d'articuler les interventions en fonction des finalités et des publics visés par les techniques graphiques présentées. Ce qui autorise au besoin plusieurs interventions dans le cadre d'une même thématique, animée alors par un modérateur. Nous souhaitons ainsi faciliter une mise en regard des différences de conventions ou de traitements selon les champs disciplinaires en sciences naturelles et illustrer la grande diversité des approches techniques déployées. Chaque communication sera suivie d'un temps d'échange, sous la forme de Questions-Réponses. Toutes ou parties des interventions seront enregistrées dans le projet défini de pouvoir donner lieu à une synthèse du module sous la forme d'une publication scientifique collective.

Lundi 24 juin de 9h30 à 12h45 et de 13h30 à 17h00 Matin À 9h30 • Introduction et présentation du module par les responsables pédagogiques. 1.) à 9h45 • Dimension(s) du dessin au service des sciences naturelles. Guillaume Lecointre - Professeur du MNHN, UMR 7205. 2.) à 10h45 • Comment le dessin peut-il contribuer à la constitution des connaissances scientifiques. Anouk Barberousse - Professeure des Universités, UPMC. 3.) à 11h45 • Lumières et matières : Règles académiques et dessin naturaliste ou scientifique.

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Pascal Le Roch - Dessinateur, Illustrateur scientifique et naturaliste, Professeur de dessin. Après-midi 4.) Le dessin scientifique d’inférence : Reconstitutions et vues d'artistes en paléontologie. Didactique, histoire du paléo-art et muséologie. Modérateur : Rémi Berthon - Archéozoologue. 4a.) à 13h45 • Christine Argot - Paléontologue, Maître de Conférence du MNHN, CR2P UMR 7207 - & Luc Vives - Chargé de projet, Galerie de Paléontologie et d'Anatomie Comparée, MNHN, Plasticien. 4b.) à 14h45 • Ronan Allain - Paléontologue, Maître de Conférence du MNHN, CR2P UMR 7207 - & Delphine Zigoni - Illustratrice/Graphiste. 4c.) à 15h45 • Jean-Sébastien Steyer - Paléontologue, Chargé de Recherche CNRS, CR2P UMR 7207.

Mardi 25 juin de 9h30 à 12h45 et de 13h30 à 17h30 Matin - Communications 5.) Le dessin scientifique d’un article ou d'une publication spécialisée : Conventions et premier niveau d’interprétation. Modérateur : Didier Geffard-Kuriyama - Dessinateur scientifique 5a.) à 9h45 • Sémiologie graphique en science : Communiquer ses résultats par l'image. Aurélien Miralles - Herpétologiste, Post-Doctorant CNRS, MNHN, UMR 7205. 5b.) à 10h45 • La réalisation dirigée d'une planche de botanique pour publication dans un article. Ludivine Longou - Adjointe administrative, UMS 2700, Illustratrice à temps partiel. & Ehoarn Bidault - Botaniste, Consultant du Missouri Botanical Garden au MNHN. 5c.) à 11h30 • Le dessin d'ichtyologie au Muséum. Samuel Iglésias - Ichtyologiste, Maître de Conférence du MNHN, BOREA UMR 7205. Après-midi - Atelier (4 heures) Atelier 1 • Techniques conventionnelles de dessin scientifique - Au choix : Dessin d'observation directe ou à la chambre claire (camera lucida) montée sur stéréo-microscope (loupe binoculaire). Encadrants : Jean-François Dejouannet - Dessinateur scientifique, TCN IRD, UMS 2700, MNHN - & Pascal Le Roch - Dessinateur, Illustrateur scientifique et naturaliste, Professeur de dessin, MNHN.

Mercredi 26 juin de 9h30 à 12h45 et de 13h30 à 17h30 Matin - Communications 6.) à 9h30 • Du grand public au laboratoire : Nouveaux usages de la spatialité du dessin scientifique. Renaud Chabrier - Auteur, Dessinateur, Réalisateur, Chercheur-Doctorant Art & Design (Institut Curie). 7.) à 10h30 • Le dessin naturaliste et scientifique de terrain. Julien Norwood - Dessinateur, Illustrateur scientifique et naturaliste, Formateur indépendant. 8.) à 11h35 • Le dessin scientifique assisté par instruments optiques. Investigations à la chambre claire pour un mémoire de master au Muséum, parcours 'Systématique-Évolution-Paléontologie'. Ségolène Riamon - Chercheuse-Doctorante en paléontologie (Lyon 2). 9.) à 12h10 • Le dessin scientifique associé à l'imagerie : Une renaissance pour la botanique ? Julie Zalko - Chercheuse-Doctorante, équipe Morpho-Anatomie, Développement des Plantes (MNHN). Après-midi - Atelier (4 heures) Atelier 2 • Vectorisation des dessins de biologie et de fonds de cartes - Dessin scientifique vectoriel sous Inkscape (logiciel gratuit et libre de droits). Encadrants : Laurence Billault - Dessinatrice/Infographiste, ASI IRD, UMR PALOC, Département HNS, MNHN - & Didier Geffard-Kuriyama - Dessinateur scientifique, TCE ITRF, UMS 2700, MNHN.

Jeudi 27 juin de 9h30 à 12h45 et de 13h30 à 17h30 Matin - Communications 10.) à 9h30 • Comprendre les instructions aux auteurs pour les figures des publications du Muséum. Emmanuel Cotez - Responsable des périodiques du MNHN, IE ITRF. 11.) à 10h45 • Publication et reproduction des dessins scientifiques dans les articles : Questions éditoriales et d'usage académique. Laurence Bénichou - Responsable éditoriale des publications scientifiques du MNHN, IR ITRF. 12.) à 11h45 • Biomimétisme, entre recherches et applications, le dessin comme dialogue.

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Chloé Lequette - Chargée de mission Ville biomimétique/régénérative, CEEBIOS. Après-midi - Atelier (4 heures) Atelier 3 • Travaux dirigés de mises en page selon les conventions d'usage pour une présentation assistée, un poster et une planche pour publication en sciences naturelles. Encadrants : Laurence Billault, Emmanuel Cotez, Didier Geffard-Kuriyama, Chloé Lequette, Julie Zalko.

Vendredi 28 juin de 9h45 à 12h45 et de 13h30 à 16h30 Matin - Visites guidées L'atelier des cours de dessin du Muséum : Présentation de travaux d'élèves. Pascal Le Roch. La bibliothèque centrale et la salle des vélins : Découverte accompagnée. Modalités à préciser, suite à l'accord de principe donné par le Conservateur général des bibliothèques. Après-midi - Communications et bilan 13.) à 13h30 • Présentation d’un mémoire d'illustration scientifique et d'un projet de diplôme : « De Poséidon aux pollutions clandestines », « Chroniques du Phtalate ambulant ». Monika Moll - Diplômée de l'École Estienne, Diplôme Supérieur d'Art Appliqué (DSAA) en Design d'Illustration Scientifique, Mention d'excellence. 14.) à 14h30 • Le dessin scientifique assisté et traité par ordinateur, vers une chaine de production graphique entièrement automatisée ? Didier Geffard-Kuriyama - Dessinateur scientifique au MNHN. À partir de 15h30 • Table ronde et bilan collectif de clôture.

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Du 11 au 14 mars 2019 _________________________________________________________________________________________________________________ RESPONSABLE : Eric GUILBERT, MCM UNITE DE RECHERCHE : UMR7179 MNHN CNRS DEPARTEMENT : Adaptation du Vivant ADRESSE : CP50, 45 rue Buffon TEL : 01 40 79 34 11 ; fax : 01 40 79 56 79 ; e-mail : eric.guilbert@mnhn.fr LIEU : Salle 1 bat. la Baleine CP27 _________________________________________________________________________________________________________________ PROGRAMME : Lundi 11 mars 2019 10h00 à 10h45: Eric Guilbert, MC, MNHN, Paris Accueil et présentation du module 10h45 à 12h00: Simonetta Gribaldo, DR, Institut Pasteur, Paris Phylogenomic and the Tree of Life 13h00 à 14h30 : Guillaume Lecointre, PR, MNHN, Paris Qu'est-ce qu'un arbre phylogénétique ? Quels usages pour une catégorisation rationnelle ? 15h30 à 17h00 : Olivier Gascuel, DR CNRS, Institut Pasteur, Paris Modèles et méthodes pour la reconstruction phylogénétique Mardi 12 mars 2019 9h30 à 11h00 : Agnès Dettai, MC, MNHN, Paris Phylogénomique et prise en compte des différents marqueurs en phylogénie 11h15 à 12h45 : Cyrille D'Haese, CR CNRS, MNHN, Paris La phylogénie... et les avantages de l'optimisation directe. 14h00 à 15h30 : Thierry Wirth, DE2, EPHE-MNHN, Paris Histoire évolutive de la tuberculose: origine, dispersion et démographie 15h45 à 17h15 : Thierry Wirth, DE2, EPHE-MNHN, Paris Sexe et virulence chez les bactéries: concepts et conséquences sur les reconstructions phylogénétiques Mercredi 13 mars 2019 9h30 à 11h00 : Rodolphe Rougerie, MC, MNHN, Paris Apport des librairies de codes-barres ADN pour la reconstruction phylogénétique 11h15 à 12h45 : Pierre Darlu, DR CNRS, MNHN, Paris Approches phylogénétiques en linguistique 14h00 à 15h30 : Sandrine Pavoine, MC, MNHN, Paris Phylogénie et analyse des traits biologiques 15h45 à 17h15 : Marianne Elias, CR CNRS, MNHN, Paris Phylogénie et structure des communautés: interaction entre espèces et adaptation locale chez les papillons mimétiques Jeudi 14 mars 2019 9h30 à 11h00 : Violaine Nicolas-Colin, MC, MNHN, Paris Facteurs de diversification des petits mammifères en forêt tropicale africaine au cours du Quaternaire 11h15 à 12h45 : Gaël Kergoat, CR, INRA, Montpellier Inférer les dynamiques de diversification de communautés d'insectes au moyen d'approches phylogénétiques 14h00 à 15h30 : Malika AINOUCHE, PR, Université Rennes 1 Spéciation polyploïde et évolution des génomes 15h45 à 17h15 : Herve Isambert, CR CNRS, Institut Curie, Paris Duplication de génome, radiation des vertébrés et cancer 17h30 à 18h00 : Eric Guilbert, MC, MNHN, Paris Pratique, Synthèse et bilan du module

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Du 17 juin au 21 juin 2019 _________________________________________________________________________________________________________________ RESPONSABLE : Patricia WILS (IR UMS 2700) UNITE DE RECHERCHE : UMS 2700 Outils et Méthodes de la Systématique Intégrative ADRESSE : 43 rue Buffon 75005 Paris TEL : 01 40 79 34 03 ; courriel : patricia.wils@mnhn.fr LIEUX : Salle Baleine 1 pour les cours Salle informatique Phanérogamie pour les TPs Plateau technique de Microscopie Électronique pour le TP du mardi 18 juin après-midi Plateau technique de Microscopie Électronique pour le TP du mercredi 19 juin matin Atelier d’Imagerie du CR2P (paléontologie) pour le TP du vendredi 20 juin matin Synchrotron SOLEIL le vendredi 20 après-midi _________________________________________________________________________________________________________________ OBJECTIFS :

Apprendre à manipuler, analyser et valoriser des images scientifiques quelle que soit leur source d'acquisition : photographie numérique, photogrammétrie, numérisation surfacique, microscopie électronique à balayage et en transmission, tomographie RX, synchrotron et spectrométrie NanoSIMS. Le module propose de présenter un échantillon des principales méthodes et applications d'imagerie utilisées dans le monde des sciences naturelles et dans un large spectre de domaines de recherche des muséums. Toute la chaîne de traitement des images sera présentée, depuis la préparation de l’acquisition jusqu’à la rédaction des résultats. Quatre demi-journées de TP permettront aux étudiants de prendre en main différents logiciels pour le traitement d'images 2D et 3D, la technique de photogrammétrie et la microscopie électronique. Une visite de plateaux techniques du Muséum est également prévue pour présenter les équipements accessibles sur site ainsi que le synchrotron Soleil à Saint-Aubin.

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PROGRAMME : Lundi 17 juin 2019 09h30 à 10h00 : Patricia WILS (MNHN) Présentation du module 10h00 à 12h30 : Patricia WILS (MNHN) TP « 2D » : Bases du traitement d’images numériques. Visualisation et analyse d'images : introduction avec ImageJ 14h00 à 17h00 : Lilian CAZES (MNHN) (sous réserve) Photogrammétrie : principe et travaux pratiques d'acquisition des données photographiques, traitement des données, réalisation de modèles surfaciques Mardi 18 juin 2019 09h30 à 10h30 : Loryelle SESSEGOLO (UPEC) et Lucile GENTAZ (UPEC) L’imagerie pour l’étude des matériaux du patrimoine culturel : altération des calcaires et des verres 10h30 à 11h30 : François FARGES (MNHN) Ces pierres qui ont marqué l’histoire de France : scanners, reconstitutions et restitutions 14h00 à 17h00 : Chakib DJEDIAT (MNHN) TP « Microscopie électronique » : Préparation des échantillons, acquisition et traitement des images, microscope corrélative Mercredi 19 juin 2019 09h30 à 11h00 : Géraldine TOUTIRAIS (MNHN) Visualisation et analyse des échantillons avec la microscopie électronique à balayage 11h00 à 12h00 : Laurent REMUSAT (MNHN) Imagerie isotopique par NanoSIMS: de la formation du système solaire à la fabrication des squelettes carbonatés 12h00 à 12h30 : visites des plateaux techniques Laurent REMUSAT (MNHN) : plateforme NanoSIMS 14h00 à 15h30 : Marta BELLATO (MNHN) : plateforme AST-RX La tomographie par rayons X : principe et démonstration 15h30 à 16h30 : Delphine BRABANT (MNHN) : plateforme Surfaçus La numérisation surfacique : principe et démonstration Jeudi 20 juin 2019 09h30 à 12h30 : Patricia WILS (MNHN)

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TP « 3D » première partie : Présentation des logiciels de traitement disponibles au Muséum - Visualisation et analyse d'images numériques 3D avec ImageJ - Manipulation de données surfaciques avec Meshlab 14h00 à 15h00 : Damien GERMAIN (MNHN) La complémentarité 2D/3D en paléohistologie 15h00 à 16h00 : Guillaume BILLET (MNHN) Données virtuelles 3d et applications morphoanatomiques en zoologie et paléontologie 16h00 à 17h00 : Hugo DUTEL (University of Hull – University of Bristol) Modélisation biomécanique du système musculo-squelettique Vendredi 21 juin 2019 09h30 à 12h30 : Florent GOUSSARD (MNHN) TP « 3D » seconde partie : Segmentation d'images 3D avec Mimics - Fichiers pdf3D 14h30 à 15h30 : Loïc BERTRAND (IPANEMA / Synchrotron SOLEIL) Méthodes de spectro-imagerie synchrotron : apports à la taphonomie et aux paléoenvironnements 15h30 à 16h00 : Victoria BELTRAN (IPANEMA) Méthodes infrarouges 16h00 à 16h30 : Sebastian SCHOEDER (Synchrotron SOLEIL) PUMA / Micro-imagerie de rayons X 16h30 à 17h30 : visite de la plateforme IPANEMA et du synchrotron SOLEIL

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Du 11 au 15 mars 2019 _________________________________________________________________________________________________________________ RESPONSABLES : Loïc Ponger (MCM), et Jérome Sueur (MCM) Unités de recherche : USM503, MNHN (LP) et USM601, MNHN (JS) TEL : 01 40 79 36 97 (LP) ; fax : 01 40 79 37 05 (LP) ; courriel : ponger@mnhn.fr LIEU : salle informatique du Muséum national d'Histoire naturelle _________________________________________________________________________________________________________________ OBJECTIFS : L'objectif de cette formation est de présenter les bases de LaTeX. LaTeX est un langage libre qui est utilisable sur toutes les plateformes (MacOS, Windows ou Linux). Il se caractérise par la qualité typographique et la portabilité des documents générés ainsi que par sa capacité à gérer des documents de grande taille. En revanche, sa prise en main demande un effort non-négligeable. C'est la raison de cette formation ... Au cours de cette formation, nous prendrons l'exemple de la rédaction d'un manuscrit de thèse mais il faut noter que la plupart des notions abordées peuvent également être appliquées à la rédaction d'articles ou d'autres types de documents (posters, rapports, ...).

_________________________________________________________________________________________________________________ PROGRAMME : Lundi 11 mars 2019 9h30 à 17h* : Loïc Ponger et Jérome Sueur Les concepts de base de la rédaction d'un document, la mise en pages (marges, polices, titres, ...) Mardi 12 mars 2019 9h30 à 17h* : Jérome Sueur et Loïc Ponger La gestion des tableaux, des équations et des figures, Mercredi 14 mars 2019 9h30 à 17h* : Loïc Ponger et Jérome Sueur La gestion des références bibliographiques. Jeudi 15 mars 2019 9h30 à 17h* : Loïc Ponger et Jérome Sueur Les présentations avec LaTeX (Beamer)

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Du 18 au 22 mars 2019 _________________________________________________________________________________________________________________

RESPONSABLE : Nicolas Puillandre (MC MNHN), Line Le Gall (MC MNHN) & Sarah Samadi (PR MNHN), UNITE DE RECHERCHE : UMR 7205, ISyEB DEPARTEMENT : Département Systématique et Evolution ADRESSE : 43 rue Cuvier 75005 Paris TEL : 01 40 79 37 59 ; sarah.samadi@mnhn.fr LIEU : Amphithéâtre Rouelle, Salle de TP informatique (Phanérogamie & SEP) _________________________________________________________________________________________________________________ Objectifs L’objectif général de ce module est d’apporter un éclairage moderne à l’activité de description des espèces. Il s’agit plus spécifiquement de montrer comment la taxonomie intègre les avancées techniques de la biologie moléculaire tout en rappelant la fonction des collections d’histoire naturelle dans ces pratiques. Le module a ainsi pour objectifs de fournir (i) un cadre conceptuel et méthodologique aux pratiques de la description des espèces ; (ii) des outils permettant d’intégrer dans ces pratiques les données issues des techniques de biologie moléculaire et (iii) panorama de l’usage des bases de données qui relient les spécimens déposés dans les collections d’histoire naturelles, les données biologiques (notamment moléculaires) et la nomenclature biologique. Le module s’adresse donc à la fois aux biologistes qui s’interrogent sur la place de la taxonomie dans la biologie moderne et aux taxonomistes qui souhaitent tirer le meilleur profit des avancées techniques de la biologie dans leur pratique. Pour atteindre ces objectifs le module alterne cours et travaux pratiques. Le cours est en anglais et s’intègre ainsi dans l’offre européenne du réseau « Taxonomy Training » http://taxonomytraining.eu/ Liste prévisionnelle des intervenants : Jawad ABDELKRIM, Guillaume ACHAZ, Anouk BARBEROUSSE, Philippe BOUCHET, Régis DEBRUYNE, Joëlle DUPONT, Line LEGALL, Eric PANTE, Nicolas PUILLANDRE, Rodolphe ROUGERIE, Sarah SAMADI. _________________________________________________________________________________________________________________ Programme prévisionnel Lundi 18 mars. Matin Cours sur le thème : Les changements dans la perception de la magnitude de la biodiversité et conséquences sur l’ampleur de la tâche de description des espèces. » Après-midi Cours sur le thème : les concepts et méthodes de la taxonomie intégrative au 21e siècle. Mardi 19 mars Matin Cours sur les thèmes : (i) Exemples d’intégration des données moléculaires dans la pratique de la taxonomie. (ii) Modèles évolutifs en taxonomie intégrative Après-midi Tavaux Pratiques sur le thème : Des données brutes aux premières analyses. Mercredi 20 mars Matin Cours sur les thèmes (i) Méthodes de délimitation d’espèces (ii) Metabarcoding : la diversité spécifique évalué par l’ADN environnemental. Après-midi Travaux Pratiques sur le thème : analyses de jeux de données » Jeudi 21 mars Matin

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Cours sur le thème : Apport des nouvelles techniques de séquençage dans les pratiques de la taxonomie intégrative et de l’expertise taxonomique. Après-midi Tavaux Pratiques sur le thème : Introduction à la manipulation des données NGS » Vendredi 22 mars Matin Cours sur les thèmes : (i) Lier la taxonomie moléculaire à la nomenclature biologique et (ii) les données moléculaires comme outil d’expertise taxonomique. Après-midi Visite des collections et des plateformes techniques. Cours sur le thème : Projets exploratoires et idées nouvelles en science.

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Du lundi 26 novembre au jeudi 29 novembre 2018 _________________________________________________________________________________________________________________

RESPONSABLE : Hélène SALIN, Directrice de la valorisation Muséum national d'Histoire naturelle Direction de la valorisation 57 rue Cuvier 75 231 PARIS Cedex 05 Tél: 01 71 21 46 84

E-MAIL: helene.salin@mnhn.fr

LIEU : Muséum national d’Histoire naturelle (Jardin des plantes) et Sorbonne Université (Place Jussieu) ___________________________________________________________________________________________________________ PROGRAMME Lundi 26 novembre 2018 10h00 -11h00 : Hélène SALIN, Directrice de la valorisation, MNHN Introduction: De la recherche à la valorisation de ses travaux 11h00-12h00 : Gaëtan GOHIN, Mathieu GONÇALVES, Alvyn SEVERIEN , Co-fondateurs, Algama D'une idée à une innovation en agroalimentaire 12h00-12h30 : Hélène SALIN, Directrice de la valorisation, MNHN Les cahiers de laboratoire, outils de valorisation 14h00 -17h00 : Lionel MORVAN, Ingénieur en Propriété Intellectuelle La propriété industrielle et plus particulièrement les brevets: cours et travaux dirigés Mardi 27 novembre 2018 10h00 -12h00 : Jessica DUBOIS, Ingénieur en Propriété Intellectuelle, SATT Lutech Savoir-faire, droits d'auteur, logiciels, bases de données 14h00-16h30 : Aurore DELIGNY, Chargée d'Affaires, Agoranov L'entrepreneuriat innovant Mercredi 28 novembre 2018 9h30 -12h30: Charles BERGER, Consultant et Directeur du programme MBA de l'ISC Paris Nouveaux marchés & nouvelles entreprises 14h00 - 15h30: Grégory LEMKINE, PDG, WatchFrog Des petits organismes modèles aux grandes entreprises 16h00 -17h00 : Jean-Dominique WAHICHE, Délégué à la Valorisation de la Recherche, MNHN Accès à la biodiversité et valorisation des ressources génétiques Jeudi 29 novembre 2018 9h30 -11h00: Cédric POIGNEAU, Président-CEO, Elyssa Med Economie des Biotechnologies 11h00-12h30 : Cédric POIGNEAU, Président-CEO, Elyssa Med Innovation & Réglementation 14h00 -15h30: Norin CHAI, Responsable vétérinaire, MNHN De l'expertise vétérinaire à la création d'un laboratoire de suivi de la faune sauvage

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1 semaine (temps plein) avant septembre qu’on puisse cibler ceux qui proposent des projets de post-doc. Max. 15 personnes. _________________________________________________________________________________________________________________ RESPONSABLES : Anthony Herrel

UNITE DE RECHERCHE : UMR7179 DEPARTEMENT AVIV ADRESSE : 55 rue Buffon TEL : 40798120 COURRIEL : anthony.herrel@mnhn.fr LIEU DE LA FORMATION : MNHN _________________________________________________________________________________________________________________ PRESENTATION DU MODULE : Il est essentiel pour les doctorants d’apprendre comment rédiger des projets de recherche ou des post-docs. La spécificité de ces demandes le rend un exercice assez différent de la rédaction d’articles ou autres éléments qu’on apprend pendant la thèse. Le but est que les étudiants ont rédigé un projet postdoctoral a la fin de la semaine. _________________________________________________________________________________________________________________ PROGRAMME : Jour 1 : Introduction du cours, possibilités de financement (intervention de Vanessa Demanoff), taux de succès. Présentation des projets des candidats (5 diapos max). Jour 2 : l’abstract. Introduction pourquoi s’investir pour écrire un bon abstract + rédaction d’un abstract (tous les candidats), présentation et évaluation des abstracts de chacun. Jour 3 : le projet scientifique, comment s’y prendre, comment ‘vendre’ un projet scientifique. Quels sont les éléments indispensables. Rédaction d’un projet scientifique (3 pages max) et travail en groupe (3 personnes pour évaluer les projets de chacun). Jour 4 : administration des projets, choix de l’institution hôte, comment mettre en valeur l’institution hôte et le transfert des compétences, rédaction de la partie hôte pour un projet type Marie Curie. Jour 5 : Le CV, éléments importants, rédaction de CV et atelier de correction de projet.

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Du 1er avril 2019 au 5 avril 2019 _________________________________________________________________________________________________________________ RESPONSABLE :

Frank Alvarez‐‑Pereyre, directeur de recherche émérite au CNRS UNITE DE RECHERCHE: UMR 7206

DEPARTEMENT: Homme--‐‑Nature--‐‑Société

ADRESSE: Musée de l’Homme ; 17 Place du Trocadéro, 75116 Paris. TEL : 01 77 47 69 02

COURRIEL: frank.alvarez--‐‑pereyre@mnhn.fr

LIEU DE LA FORMATION : Salle Claude Levi‑Strauss, Musée de l’Homme, 17 Place du Trocadéro, 75116 Paris _________________________________________________________________________________________________________________ PRESENTATION DU MODULE :

Organisé pédagogiquement de manière à intéresser tout autant étudiants de Masters, doctorants, post--‐‑

doctorants ou des personnes se situant au-delà de la formation universitaire, Ce module s’adresse à deux types de publics. Il vise d’une part les linguistes et apprentis linguistes qui trouveront une approche interdisciplinaire de la linguistique dans ses dimensions Pratique et théorique, mais aussi une initiation très concrète à la linguistique de terrain. Il vise d’autre part ceux qui, relevant de disciplines non linguistiques (de l’ethnologie à la génétique, de l’écologie à la musicologie en passant par l’agronomie ou l’histoire), font toutefois un usage conséquent de données langagières à un stade ou un autre de leur travail au quotidien. Une initiation à la linguistique peut s’avérer très profitable dans leur cas car cela permet d’optimiser la compréhension et l’utilisation des données langagières dans le cadre de leur discipline. Dans tous les cas il s’agit à la fois de proposer une compréhension d’ensemble de la linguistique entendue au sens large et une initiation à des procédures et à des outils variés et complémentaires. _________________________________________________________________________________________________________________ PROGRAMME : Dans un premier temps, l’enseignement aborde les notions fondamentales de la linguistique moderne tout en explicitant ce qu’il en est de l’architecture fondamentale dont relèvent les langues du monde : qu’il s’agisse de la structuration interne des langues ou de ce qu’il touche aux usages multiples du langage sur le versant social et culturel. Dans un deuxième temps, l’enseignement se concentre très concrètement sur les questions de méthode qui se posent sur les plans complémentaires que sont la collecte des données de langue, l’enregistrement puis la transcription de ces données, enfin l’analyse et l’exploitation des mêmes données. De nouveau on tient compte des lois propres aux systèmes linguistiques et également des manières dont interagissent les traits internes d’une langue et les usages de celle-ci. Dans un troisième temps on considère de façon plus systématique les voisinages entre linguistique et disciplines non linguistiques : quelles sont les spécificités disciplinaires qu’il convient d’identifier et de respecter quelles sont les conditions d’une interdisciplinarité que les objets retenus par les scientifiques appellent bien souvent par eux-mêmes, qu’en est-il des emprunts ou transferts de modèles théoriques ou de méthodes entre disciplines ?

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Du 18 au 22 Février 2019 _________________________________________________________________________________________________________________ RESPONSABLES : Anne Dozières & Laure Turcati UNITE DE RECHERCHE : UMR 7204 CESCO DEPARTEMENT : Homme & Environnement ADRESSE : Laboratoire CESCO, 55 rue Buffon CP 135 TEL : 5359 COURRIEL : anne.dozieres@mnhn.fr , laure.turcati@sorbonne-universite.fr LIEU DE LA FORMATION : MNHN- Salle Claude Hélène _________________________________________________________________________________________________________________ PRESENTATION DU MODULE: Les sciences et recherches participatives peuvent être définies comme des formes de production de connaissances scientifiques auxquelles participent - avec des chercheurs - des acteurs de la société civile, de façon active et délibérée. Les objectifs de cet enseignement seront : 1) De caractériser les sciences et recherches participatives en embrassant la diversité des disciplines concernées et des approches existantes; et 2) d’apporter aux étudiants des outils théoriques et méthodologiques pour la mise en place de recherches participatives. _________________________________________________________________________________________________________________ PROGRAMME : 1. Panorama de la diversité des disciplines – Ecologie, astronomie, sciences de l’environnement, linguistique, muséologie, anthropologie, géologie, préhistoire, etc. 2. Enjeux des recherches participatives : questions éthiques et motivations des parties prenantes – Partage de connaissances, appui au processus de décision, récolte de données, empowerment des populations locales, sensibilisation du public, production de connaissances. 3. Impact sociétal – Sur le métier de chercheur, sur les participants, reconfiguration des relations science société, prise en compte des résultats par la société.

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Du 8 avril 2019 au 12 avril 2019 _________________________________________________________________________________________________________________ RESPONSABLE : Sandrine Pavoine UNITE DE RECHERCHE : UMR 7204 « Centre d'Ecologie et des Sciences de la Conservation DEPARTEMENT : Homme et Environnement ADRESSE : 61 rue Buffon 75005 Paris TEL : 01 40 79 39 28 COURRIEL : sandrine.pavoine@mnhn.fr LIEU DE LA FORMATION : salle SEP préfabriqué (salle informatique MAC) _________________________________________________________________________________________________________________ PRESENTATION DU MODULE: Ce module permet aux étudiants d'acquérir les bases de l'analyse multivariée (ACP, AFC etc.) sous l'environnement de statistiques R. _________________________________________________________________________________________________________________ PROGRAMME : Lundi 8 avril 2019 09h 30 à 12h 30 : (enseignant : Séverine Zirah) Introduction. Présentation du contenu du module. Présentation du logiciel R : modules de base et bibliothèques spécialisées ; types de données et manipulation des données (lectures-écritures, sélections, modifications, génération). 14h 00 à 17h : (enseignant : Séverine Zirah) Types de données et manipulation des données (lectures-écritures, sélections, modifications, génération) : suite. Rappels de statistiques descriptives, histogrammes et boxplots. Graphes bivariés.analyses exploratoires Mardi 9 avril 2019 09h 30 à 12h 30 : (enseignant : Cédric Hubas) Biais des approches univariées, justification des approches multivariées. Paramètres des distributions, moyennes, (co)variances et corrélations, matrices correspondantes Analyse en Composantes Principales (ACP), première partie : principes, réalisations, variantes. Diagonalisation et décomposition en valeurs singulières. Signification géométrique de l'ACP. 14h 00 à 17h : (enseignant : Cédric Hubas) ACP, deuxième partie : interprétation des composantes, vecteurs propres, corrélations, biplots. Exemples, limites. Conclusions. ACP en tant qu'analyse factorielle. Mercredi 10 avril 2019 09h 30 à 12h 30 : (enseignant : Cédric Hubas) Analyses et comparaison de matrices de distances. Matrices de similitude et de distances. Distances usuelles. Analyse d'un tableau de distances, cadrage multidimensionnel, positionnement non-métrique. Comparaison de deux tableaux de distances : tests de Mantel, Procustes et RV. Exemples. 14h 00 à 17h : (enseignant : Jérôme Sueur) Classifications et partitions. Classifications hiérarchiques. Moyennes mobiles ; mélanges gaussiens. Jeudi 11 avril 2019 09h 30 à 12h 30: (enseignant : Alain Paris) Discrimination linéaire et analyse factorielle discriminante

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14h 00 à 17h : (enseignant : Alain Paris) Régressions PLS Vendredi 12 avril 2019 09h 30 à 12h 30 : (enseignant : Sandrine Pavoine) Analyse Factorielle des Correspondances (AFC) simples. 14h 00 à 17h : (enseignant : Sandrine Pavoine) Analyse Factorielle des Correspondances multiples. Synthèse.

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Du 1er avril au 5 avril 2019 _________________________________________________________________________________________________________________ RESPONSABLES : Laure BONNAUD-PONTICELLI UNITE DE RECHERCHE : UMR BOREA MNHN CNRS 7208/SU/UCN/IRD207/UA DEPARTEMENT : AVIV ADRESSE : 43 rue Cuvier CP51 75005 PARIS TEL :01 40 79 53 48 COURRIEL : laure.bonnaud@mnhn.fr LIEU DE LA FORMATION : MNHN-Cours : Site Jardin des Plantes. Salle Claude Hélène du 1er au 4 avril TP : Ecole des Joailliers/Van Cleef&Arpels (matin), site JdP (Après-midi) _________________________________________________________________________________________________________________ PRESENTATION DU MODULE: L’objectif de ce module est de donner une vision transversale et transdisciplinaire sur le thème de la/des couleur(s). La couleur se décline en effet dans toutes les disciplines et le MNHN en est une belle illustration : sciences biologiques, physiques et chimiques, géologiques et artistiques. L’origine des couleurs est multiple et leurs rôles, leurs fonctions chez les plantes, les Métazoaires,…et leur utilisation par l’homme sont très diversifiées mais répondent à des constantes chimiques et physiques. Ce module donne ainsi des connaissances complémentaires et permet d’explorer différentes échelles, de la nano à la macrostructure, en se basant sur des exemples concrets. Ce module comprend des cours, une visite d’exposition et des applications pratiques sous forme de Atelier/TP. L’atelier sur la connaissance des pierres sera externalisé à l’Ecole des Joailliers (Van Cleef & Arpels). Les doctorant.e.s sont prioritaires mais ce module est ouvert à tous et toutes. Une attestation de suivi sera donnée en fin de module. _________________________________________________________________________________________________________________ PROGRAMME:

Lundi 1er avril 2019 09h00 à 9h15 : Laure BONNAUD-PONTICELLI (MNHN) Introduction du cours 09h15 à 10h00 : Pierre-Michel FORGET (MNHN) La vision des couleurs 10h00 à 12h30: Serge BERTHIER (Univ. Paris Diderot) Photonique 14h00 à 17h00 : Serge BERTHIER (Univ. Paris Diderot) Optique de la lumière et des couleurs Mardi 2 avril 2019 10h00 à 12h00 : François FARGES (MNHN) Couleur dans le monde minéral 1 : les couleurs chimiques 14h00 à 16h00 : François FARGES (MNHN) Couleur dans le monde minéral 2 : les phénomènes physiques 16h00 à 17h30 : François FARGES (MNHN) Visite de l’exposition « Trésors de la Terre » Mercredi 3 avril 2019 10h00 à 12h00 : Dominique MARTOS-LEVIF (CRC-MNHN) Couleurs et restauration des tableaux 14h00 à 16h00 : Christine ANDRAUD (MNHN) Patrimoine : Pigments et effets visuels 16h15 à 17h45 : Manuel VALENTIN (MNHN) Approche anthropologique des couleurs Jeudi 4 avril 2019 09h30 à 12h00 : Michel MENU (C2RMF)

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Art et couleurs 13h30 à 15h30 : Laure BONNAUD-PONTICELLI (MNHN) La couleur chez les métazoaires et les plantes 1 15h45 à 17h45 :Laure BONNAUD-PONTICELLI (MNHN) François BOUTEAU (Univ Paris Diderot) La couleur chez les métazoaires et les plantes 2 Vendredi 5 avril 2019

09h00 à 13h00 : Atelier/TD-TP inter-disciplinaire (F. FARGES) A l’école des Arts Joailliers

14h30 à 17h00: Atelier/TD-TP inter-disciplinaire (C. ANDRAUD, L. BONNAUD-PONTICELLI

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Du 15 avril au 19 avril 2019 _________________________________________________________________________________________________________________ RESPONSABLES : François Farges (professeur MNHN) et Amandine Straetmans (Haute Ecole de joaillerie / BJOP) Unité de recherche : UMR 7590 « Institut de minéralogie, physique des matériaux et cosmochimie » DEPARTEMENT : Origines et Évolution ADRESSE : 61 rue Buffon, 75005 Paris TEL : 01 40 79 35 29 ; fax : 01 40 79 38 76 ; courriel : farges@mnhn.fr LIEU : Ce module d’une semaine est organisé conjointement entre le MNHN et la Haute Ecole de Joaillerie (Union Française de la Bijouterie, Joaillerie, Orfèvrerie et Perles, UFBJOP). Des visites de grands musées parisiens et d’ateliers de création illustrent les cours. ___________________________________________________________________ OBJECTIFS : Ce module se propose d’aborder une sélection atypique de thèmes autour des minéraux précieux qui ont toujours constitué des instruments essentiels de structuration sociétale. Des outillages servant à la quête de nourriture aux différentes affirmations du pouvoir, certains géomatériaux ont pu être appréciés de manière extrêmement variée en fonction des cultures qui les ont encensés. Si l’or et le jade ont été célébrés entre Amérique, Europe et Asie depuis le néolithique, le diamant est longtemps resté un apanage des sociétés indo-européennes depuis le Moyen-Age. D’autres cultures ont valorisé des géomatériaux spécifiques : de l’ambre du néolithique balte à l’aluminium du Second Empire, une infinité de particularismes culturels ont célébré le précieux de multiples manières. De nos jours, la notion de précieux englobe autant la recherche de gemmes étonnantes que l’affirmation d’une créativité contemporaine, qu’elle soit joaillière ou poétique. Cette semaine se propose de découvrir, bien au delà des « big4 » (diamant, émeraude, rubis et saphir), l’extraordinaire géodiversité qui a transfiguré la créativité humaine. Cette semaine s’articule autour de conférences et de visites guidées inédites « sur mesure ». Les conférenciers représentant aussi bien la sphère académique scientifique (archéologues, minéralogistes, ethnologues) que des représentants majeurs du privé (UFBJOP, Van Cleef & Arpels et Dior Joaillerie). Cette formation associe aussi bien des étudiants en Bachelor Design Bijou des Ecoles BJOP que des thésitifs de l’Ecole doctorale du MNHN. Elle est également ouverte à 5 permanents du MNHN. ___________________________________________________________________ PLAN PREVISIONNEL DES COURS : Lundi 15 avril 2019 09h15 à 12h00 : Amandine Straetmans (UFBJOP) et François Farges (MNHN) Bienvenue – Du silex aux « pierres de rêves ». Haute Ecole de Joaillerie, UFBJOP, 58 rue du Louvre, 75002 Paris (Métro : Sentier OU Bourse) 13h30 à 16h30 : Visite du musée Guimet, Paris (Métro : Iéna) Mardi 16 avril 2019 Matinée au Musée de l’Homme (métro Trocadéro). Le musée est fermé ce jour au public. Attendre l’enseignant devant les portillons d’entrée : 9:00 à 11h00 : Au Musée de l’Homme : Les industries lithiques préhistoriques 11h00 à 13h00 : François Gendron (MNHN/Institut de Paléontologie Humaine) Le précieux dans l’Amérique précolombienne 15h00 à 17h30 : François Farges (MNHN/Institut de minéralogie IMPMC) Visite guidée de « Trésors de la Terre » Galerie de minéralogie du MNHN, Jardin des Plantes, 75005 Paris (Métro : Censier-Daubenton OU Jussieu OU Gare d’Austerlitz) ATTENTION : la galerie est fermée au public, attendre sous le porche. Mercredi 17 avril 2019 10h00 à 13h00 : François Farges (MNHN Institut de minéralogie IMPMC) Diamants historiques, entre Inde et Occident Amphithéâtre de paléontologie, MNHN-Jardin des Plantes, 75005 Paris

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(accès à la galerie/amphithéâtre pas avant 10h) (Métro : Gare d’Austerlitz) 15h00 à 17h30 : François Farges (MNHN Institut de minéralogie IMPMC) Visite guidée des gemmes du musée du Louvre Rendez-vous sous la pyramide du Louvre, 75001 Paris (prévoir 15-30 minutes d’attente pour inspection de sécurité à l’entrée du musée du Louvre). On recommande d’entrer au Louvre par le centre commercial du Carrousel du Louvre (éviter l’entrée de la Pyramide). (Métro : Palais Royal - Musée du Louvre) Jeudi 18 avril 2019 09h45 à 12h00 : Pierre Michel (glypticien indépendant) Visite de l’atelier lapidaire « Au 100ème". Rendez-vous au 16 rue de la Grange Batelière, 75009 Paris (Métro : Le Peletier OU Richelieu-Drouot) 14h30 à 18h30 : Amandine Straetmans (UFBJOP) Jean Vendome Haute Ecole de Joaillerie, 58 rue du Louvre, 75002 Paris Vendredi 19 avril 2019 09h45 à 12h00 : Ecoie des Arts Joailliers - Van Cleef & Arpels Pierres, lapidages, savoir-faire et visite des ateliers Rendez-vous sous le porche du 31 rue Danièle Casanova, 75002 Paris 14h00 à 17h00 : Philippe Scordia (Dior Joaillerie) Comment un service « Pierres » peut-il servir un projet de création ? Haute Ecole de Joaillerie, 56 rue du Louvre, Paris

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Du 18 octobre 2018 au 20 juin 2019 _________________________________________________________________________________________________________________ RESPONSABLES Claude BLANCKAERT (DR CNRS), Arnaud HUREL (IR MNHN) UNITES DE RECHERCHE UMR 8560 Centre Alexandre Koyré Histoire des sciences et des techniques UMR 7194 Histoire naturelle de l’homme préhistorique DEPARTEMENT Homme Environnement du MNHN ADRESSES Centre Koyré UMR 8560, 27, rue Damesme, 75013 Paris HNHP UMR 7194, 1 rue René Panhard, 75013 Paris TEL : 01 45 65 97 42 ; courriel : blanckaertmc@wanadoo.fr TEL : 01 40 79 27 41 ; courriel : arnaud.hurel@mnhn.fr https://objethistoire.hypotheses.org/ LIEU DE LA FORMATION Amphithéâtre Rouelle, Muséum national d’histoire naturelle, 57 rue Cuvier, 75005 Paris _________________________________________________________________________________________________________________ PRESENTATION

Les commémorations du bicentenaire du Muséum national d’histoire naturelle, en 1993, ont permis de démontrer la validité d’une histoire historienne du Muséum. Depuis, la recherche s’est révélée féconde. Dans un cadre national et international, elle se lie aux développements de tout le champ, de l’histoire naturelle à l’histoire des sciences de l’Homme, dont l’anthropologie et la préhistoire, et met en valeur les ressources archivistiques et patrimoniales du Muséum. Le séminaire « Le Muséum national d’histoire naturelle, objet d’histoire. Recherches, hommes, institutions, patrimoine, enseignement » entend contribuer au partage de la vitalité de ces travaux autour d’un établissement, de ses métiers, de ses réseaux et de ses modèles intellectuels. Il est spécifiquement consacré à la longue histoire du Muséum, depuis le Jardin du Roi jusqu’au Musée de l’Homme rénové. Il intègre toutes les composantes de la recherche historique en lien avec le passé de l’institution et tient la part égale entre études de contexte, des idées et des controverses, des chaires et de leur transformation, des savoirs théoriques et techniques, des matériaux et ressources de la recherche. Ce séminaire d’enseignement et de recherche, lieu d’expression d’un dynamisme scientifique, est destiné en priorité aux étudiants et aux chercheurs, dans une optique d’échange et de réflexion. Il se fixe également pour objectif d’offrir un cadre d’incitation et de soutien aux travaux d’étudiants autour de l’histoire du Muséum. _________________________________________________________________________________________________________________ PROGRAMME Jeudi 18 octobre 2018 (amphi Rouelle) 17h30 à 19h30 : Monsieur André Delpuech (Muséum national d’histoire naturelle, directeur du musée de l’Homme) Le Muséum, Cuvier et les anthropolithes de la Guadeloupe. Histoire et actualité des « hommes fossiles » de la Guadeloupe Jeudi 15 novembre 2018 (amphi Rouelle) 17h30 à 19h30 : Monsieur Éric Buffetaut (CNRS) André Tournouër (1871-1929), éleveur, géologue et explorateur en mission paléontologique en Patagonie pour le Muséum Jeudi 20 décembre 2018 (amphi Rouelle) 17h30 à 19h30 : Monsieur Pascal Riviale (Archives nationales, Laboratoire d’ethnologie et de sociologie comparative CNRS-Paris 10, Institut français d’études andines)

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Une vie de recherche scientifique tient-elle dans un appartement ? L'inventaire après décès d'Alcide d'Orbigny (1857) Jeudi 24 janvier 2019 (amphi Rouelle) 17h30 à 19h30 : Monsieur Pierre Pénicaut (Muséum national d’histoire naturelle, DGD collections) L’apport des objets, instruments et mobiliers, dans la compréhension de l’histoire de l’institution et de la science dans l’institution Jeudi 28 févier 2019 (amphi Rouelle) 17h30 à 19h30 : Madame Mathilde Lequin (université Paris Nanterre, université Toulouse Jean Jaurès) De l’ordre des Bimanes à la sous-tribu des homininés : les enjeux philosophiques d’une querelle taxinomique Jeudi 21 mars 2019 (amphi Rouelle) 17h30 à 19h30 : Monsieur Nathan Schlanger (École nationale des chartes, UMR 8215 Trajectoires) Du musée au terrain. L'objet ethnographique et l'objet de l'ethnologie chez André Leroi-Gourhan Jeudi 11 avril 2019 (amphi Rouelle) 17h30 à 19h30 : Monsieur Arnaud Hurel (Muséum national d’histoire naturelle, Histoire naturelle de l’homme préhistorique UMR 7194, Centre Koyré UMR 8560) L’affaire de Moulin Quignon (1863-1864). Archéologie d’un topique de l’histoire de la préhistoire (archives, collections, site, actualité scientifique) Jeudi 16 mai 2019 (amphi Rouelle) 17h30 à 19h30 : Madame Anne Loyau (université Paris 1) Une histoire muséographique de l’ethnologie, du second musée d’Ethnographie du Trocadéro au premier musée de l’Homme, 1928-1972 Jeudi 20 juin 2019 (amphi Rouelle) 17h30 à 19h30 : Monsieur Serge Reubi (Muséum national d’histoire naturelle, Centre Koyré UMR 8560) Jeanne Cuisinier, ethnographe et collectionneuse pour le Musée de l’homme (1926-1961). Premières esquisses d’une enquête sur les femmes et leurs pratiques de collecte au service du Muséum

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29-30-31 mai 2018 RESPONSABLES : Anne DAMBRICOURT MALASSÉ UMR 7194 CNRS Histoire naturelle de l’Homme préhistorique ADRESSE : Département Homme et Environnement du Muséum national d'Histoire naturelle Institut de Paléontologie Humaine, 1 rue René Panhard, 75013 Paris TEL : 01 43 31 62 91 INSCRIPTIONS: iphadm@mnhn.fr Fabrice DEMETER UMR 7206 CNRS Eco-anthropologie et Ethnobiologie ADRESSE : Département Homme et Environnement du Muséum national d'Histoire naturelle Musée de l’Homme, 17 place du Trocadéro, 75016 Paris TEL : 01 44 05 73 50 EMAIL : demeter@mnhn.fr LIEU : Amphithéâtre de la galerie de paléontologie et d'anatomie comparée du Muséum national d'Histoire naturelle, Jardin des Plantes, place Valhubert (face à la gare d'Austerlitz)

OBJECTIFS: L'évolution du genre Homo se caractérise par une diversification d'encéphalisations et de comportements jusqu’à l’émergence de l'Homme anatomiquement moderne (Homo sapiens, Linné 1758). Les cours montreront différentes méthodes et exemples permettant d'identifier les taxons du genre Homo, leurs évolutions, leurs radiations, leurs comportements et associations fauniques.

PROGRAMME MARDI 29 MAI Accueil Anne DAMBRICOURT MALASSÉ et Fabrice DEMETER 9h00 -10h00 Julien GARGANI (UMR GEOPS-Paris-Sud), Cécile CHAPON-SAO, Pierre VOINCHET et Anne DAMBRICOURT MALASSÉ (UMR 7194 CNRS-Département Homme et Environnement, MNHN) De nouvelles méthodes de datations pour les plus anciennes activités humaines (Masol, piémonts himalayens, ~ 2,7 Ma). 10h00 – 11h00 Anne-Marie MOIGNE (UMR 7194 CNRS- Département Homme et Environnement) Comment identifier les migrations animales entre l'Afrique orientale et le bassin de l'Indus au Pliocène final (3-2,8 Ma). 11h00-12h00 Dominique CAUCHE (Institut de Paléontologie Humaine et UMR 7194 CNRS- Département Homme et Environnement, MNHN) Les industries à bifaces du Pléistocène inférieur en Chine (plus de 900 000 ans), les recherches en cours. 14h00-15h00 Elise PATOLE-EDOUMBA (Directrice du Muséum d'Histoire Naturelle, La Rochelle) L'industrie hoabinhienne en Asie du Sud-Est. 15h00-16h00 16h00-17h00 Erik GONTHIER (UMR 7194 CNRS- Département Homme et Environnement, MNHN) Les pierres vertes dans la société Ormu, Papua occidentale, un lien d’amitié et de respect entre des sociétés éloignées. MERCREDI 30 MAI

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9h00-10h00 Philippe DURINGER (École et Observatoire des Sciences de la Terre, Université de Strasbourg-CNRS) Comment interpréter les fossiles humains en milieu karstique. L'exemple des grottes de Dinaledi (Afrique du Sud) et de Tam Pa Ling (Laos). 10h00-11h00 Fabrice DEMETER, UMR 7206 CNRS-Département Homme et Environnement, MNHN. Les plus vieux Homo sapiens en Asie continentale, les recherches en cours. 11h00-12h00 Stéphane PEAN et Laëtitia DEMAY (UMR 7194 CNRS-Département Homme et Environnement, MNHN). Utilisation des ressources issues du mammouth par les Néandertaliens et les Homo sapiens en Moldavie et en Ukraine occidentale. 14h00-15h00 Céline BON (UMR 7206 CNRS-Département Homme et Environnement, MNHN) L'éclairage paléogénétique sur les populations humaines d'Asie centrale à l'âge du Bronze. 15h00-16h00 Odile ROMAIN (UMR 7194 UMR 7194 CNRS-Département Homme et Environnement, MNHN). Les nouvelles gravures rupestres néolithiques de la Vallée des Merveilles (Mont Bégo, Alpes-Maritimes). 16h00-17h00 François GENDRON (UMR UMR 7194 UMR 7194 CNRS-Département Homme et Environnement, MNHN) Silex et obsidiennes excentriques des Amériques pré-hispaniques : de l’archéologie aux faussaires. JEUDI 31 MAI 9h00-10h00 Martin FRIESS, (UMR 7206 CNRS-Département Homme et Environnement, MNHN) Evolution craniofaciale dans le genre Homo: Taille, conformation et allométrie statique. 10h00-11h00 Amélie VIALET, (UMR 7194 CNRS-Département Homme et Environnement, MNHN). Comment la face d'Homo sapiens se distingue-t-elle des autres taxons ? 11h00-12h00 Aurélien MOUNIER (UMR 7194 CNRS-Département Homme et Environnement, MNHN). La place des neurocrânes de Jebel Irhoud dans le genre Homo, comparaison avec les taxons heidelbergensis, neanderthalensis et sapiens. 14h00-15h00 Djillali HADJOUIS (Laboratoire départemental d'Archéologie du Val de Marne et UMR 5288 CNRS-Université Toulouse 3) Statuts de Néandertal et de Sapiens dans le bassin méditerranéen à la lumière des nouvelles découvertes. 15h00-16h00 DAMBRICOURT MALASSÉ (UMR 7194 CNRS-Département Homme et Environnement, MNHN). Diversification neurocrânienne au Pléistocène supérieur en Europe centrale et orientale : ni sapiens, ni néandertaliens. 16h00-17h00 Patrick AUGUSTE (UMR CNRS 8198, UFR des Sciences de la Terre, Université de Lille) Diversification de la grande faune mammalienne au Pléistocène supérieur en Europe : bilan des connaissances paléontologiques et paléogénétiques.

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Du 15 au 19 avril 2019

RESPONSABLE : Roseli Pellens UNITE DE RECHERCHE : ISYEB, UMR 7205 CNRS MNHN UPMC EPHE Muséum national d'Histoire naturelle, Sorbonne Universités DEPARTEMENT Origine et Evolution ADRESSE : CP 50, 45 rue Buffon 75005 - Paris TEL : 0140793561 COURRIEL : pellens@mnhn.fr LIEU DE LA FORMATION : Salle Baleine 1, Amphi Rouelle + Graineterie/Banque de graines PRESENTATION DU MODULE Les collections naturalistes des Muséums d’histoire naturelle, herbiers et universités du monde entier contiennent des milliards de spécimens qui documentent la distribution de la vie sur la terre et qui permettent de retracer les transformations des organismes et de l’environnement au cours des siècles passés. Ces données ont été historiquement utilisées pour les études en systématique et taxonomie. Cependant, au cours des deux dernières décennies, elles ont acquis une importance centrale dans plusieurs autres domaines scientifiques. Les raisons de ce renouvellement sont multiples. D’une part, les collections contiennent des informations essentielles à la compréhension des changements globaux et de la crise d’extinction actuelle de la biodiversité. D’autre part, le développement récent des nouvelles technologies informatiques, moléculaires et analytiques rendent dorénavant accessible des informations qui auparavant restaient confinées dans les collections. Les données des collections ont alors pu être utilisées à des fins scientifiques mais aussi éducatives. Tous ces aspects montrent l’intérêt de faire une revue et une synthèse sur l’importance des collections naturalistes dans la science actuelle et le besoin de communiquer en direction de la communauté scientifique sur le potentiel de ces données.

OBJECTIFS Le but de ce module est de fournir un panorama sur l’utilisation des collections naturalistes dans la recherche scientifique actuelle et ainsi contribuer à leur valorisation. Pour atteindre cet objectif nous proposons une semaine de travail avec des spécialistes qui gèrent et/ou utilisent des collections au quotidien. Il sera apporté à l’étudiant une compréhension du contenu de ces collections, des méthodes et des moyens qui facilitent l’accès aux données et des questions pour lesquelles elles sont incontournables.

PROGRAMME LUNDI, 15 AVRIL 2019 : Matinée Lieu : Amphi GGE 10h00 – Présentation générale du module : Roseli Pellens (ISYEB, UMR 7205) Panorama général des collections et son utilisation dans la recherche scientifique 10h15 – Les collections du MNHN, contenu, gestion, enjeux – Michel Guiraud (DGDcoll, MNHN) 11h00 – Collections : un concept ancien dans une perspective scientifique actuelle et ... future (Philippe Grandcolas - ISYEB, UMR 7205) 11h35 – Pause café 11h50 – Aspects réglementaires pour la constitution et gestion des collections à nos jours Anne Nivart (DGDcoll, MNHN)

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12h30 – Collections d'Histoire naturelle : mieux les connaître pour mieux les valoriser (Véronique Rouchon – CRC, USR 3224) 13h10 – Pause déjeuner Lundi, 15 avril 2019 : Après-midi Lieu : Amphi GGE Les collections géologiques et l’évolution des connaissances sur le système solaire 14h30 – L’apport des météorites à la connaissance des origines de la Terre et du système solaire (François Guyot, IMPMC - UMR 7590) 15h00 – Roches terrestres, anciens témoins de la co-évolution Terre-Vie François François Guyot, IMPMC - UMR 7590 15h45 – Pause café 16h00 – Histoire des gemmes (François Farges - IMPMC - UMR 7590) MARDI, 16 AVRIL 2019 : Matinée Lieu : Salle réunion Bota Les collections vivantes et leurs apports à l’étude de l’évolution, de la toxicologie, de la dynamique des populations 10h00 – La collection de souches fongiques du Muséum, une mine pour l'expérimentation in vitro en écologie microbienne, en biologie évolutive et pour l'étude de la résistance antimicrobienne (Joëlle Dupont– ISYEB, UMR 7205) 11h00 – Pause-café 11h15 – L’importance des collections vivantes pour l’étude des relations toxiques et contrôle environnemental (Cécile Bernard) 12h00– L’importance des collections pour la détection de pathogènes, étudier et prédire leurs distributions, la dynamique de ses populations, leurs rapports avec le(s) hôtes dans l’espace et le temps (Philippe Grellier - MCAM, UMR 7245) 12h45 – La banque de cellules vivantes applications et perspectives (Bernard Dutrillaux– ISYEB, UMR 7205) 13h30 – Pause déjeuner Mardi, 16 avril 2019 : Après-midi Lieu : Graineterie/Banque de graines 14h45 – 17h00 Graines, banques de graines et leur utilisation pour la reconstitution de la diversité génétique et pour la restauration de la biodiversité (Denys Larpin, Yves Pauthier, Simon Lang, Banque de graines, MNHN) Attention : cette partie du cours aura lieu à la Graineterie/Banque de graines MERCREDI, 17 AVRIL 2019 : Matinée Lieu : Salle Claude Helene Les technologies qui donnent accès aux données dans les collections Un monde de bases de données – Qu’est-ce qu’elles contiennent ? 10h00 – Le GBIF comme infrastructure fédérative des données systématique d’occurrence : statu, but, enjeux (Anne-Sophie Archambeau - GBIF France, UMS Patrinat) 10h45 – L'INPN : un système d’information de partage et de diffusion des données sur les espèces, espaces et écosystèmes français (Laurent Poncet – INPN UMS Patrinat) 11h30 – Pause-café 11h45 – L’importance des concepts à propos des collections et des bases de données : espèces, connaissances et données (Philippe Grandcolas - ISYEB, UMR 7205)

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12h30 – Pause déjeuner Mercredi, 17 avril 2019 : Après-midi Lieu : Salle Claude Helene 14h00 – Implication des jardins botaniques dans la mise en œuvre de la Stratégie mondiale de conservation des plantes (Maité Delmas - DREI MNHN) 14h45 – Numérisation massive des collections botaniques et apports de ces données dans l'estimation de l'état de conservation des plantes (Thomas Haevermans - ISYEB UMR 7205) 15h30 – Pause-café 15h45 – L’apport des nouvelles technologies d'imageries 2D, 3D ... 4D à l’étude de l’évolution (Romain Garrouste - ISYEB UMR 7205) 16h30 – Les nouvelles méthodes de séquençage pour accéder à l’ADN historique et ancien et leurs avancées dans l’étude de l’évolution (Régis Debruyne - OMSI UMS 2700) JEUDI, 18 AVRIL 2019 : Matinée Lieu : Salle Claude Helene L’utilisation des collections pour l’étude des populations humaines et leurs modes de vie 10h00 – L'importance des collections pour l’étude de la diversité humaine et l'histoire des populations – (Martin Friess et Aline Thomas - EAE UMR 7206) 11h00 – Pause café 11h15 – Utilisation des collections botaniques dans la reconstitution des pratiques d'exploitation et d'utilisation des végétaux par les populations du passé (domaine de l'archéobotanique) (Margareta Tengberg - AASPE UMR 7209) 12h00 – Le rôle des collections archéozoologiques pour étudier l’histoire de la pêche (Philippe Béarez - AASPE UMR 7209) 12h45 – Pause déjeuner Jeudi, 18 avril 2019 : Après-midi Lieu : Salle Claude Helene 14h00 – Comment mieux appréhender la dispersion des filovirus (Ebola et Marburg) grâce à l'étude phylogéographique des chauves-souris ? (Alexandre Hassanin - ISYEB, UMR 7205) 15h00 – Pause-café 15h45 – La diversité des composantes dans les collections de mammifères et l’impact de leur informatisation pour l’accès aux collections - Cécile Callou (UMR 7209 et UMS BBEES) 16h30 – Les collections d'invertébrés marins, un outil scientifique moteur dans la description de la biodiversité marine (Laure Corbari – ISYEB, UMR 7205) VENDREDI, 19 AVRIL 2019 : Matinée Lieu : Salle Claude Helene Les différentes collections nécessaires pour la documentation des changements globaux 10h00 – Les carottes océaniques – documents des paléoenvironnements et paléoclimats (Eva Moreno - LOCEAN, UMR 7159) 10h45 – L’étude des paléo-environnements associées aux extinctions et aux conditions de récupération des écosystèmes grâce à des micro-crustacés (Marie-Béatrice Forel - CR2P UMR 7207) 11h30 – Les collections pour étudier l’effet de l’acidification des océans et de la pollution (Line Le Gall - ISYEB UMR 7205) 11h45 – Pause-Café

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12h00 – Utilisation des collections de mammifères pour mieux comprendre l'influence des changements climatiques sur leur évolution au cours du Quaternaire (Alexandre Hassanin - ISYEB, UMR 7205) 12h45 – Pause déjeuner Vendredi, 19 avril 2019 : Après-midi Lieu : Salle Claude Helene 14h00 – Importance des collections végétales pour documenter les impacts des changements globaux (pertes de biodiversité, déplacements d'espèces et invasions biologiques, impact du changement climatique sur la phénologie et la croissance des végétaux) (Serge Muller- ISYEB UMR 7205) 14h45 – L’invasion du frelon asiatique et l’importance des collections pour étudier l’évolution de sa distribution et ses impacts (Claire Villemant - ISYEB UMR 7205) 15h30 – Pause-café 15h45 – L'effet du réchauffement climatique sur la phénologie des pollinisateurs (Colin Fontaine, CESCO UMR 7204) 16h30 – Qu’est qu’il reste comme biodiversité inexplorée ? Le rôle des grandes expéditions pour la connaissance de la vie sur terre (Philippe Bouchet - ISYEB UMR 7205)

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Du 03/12/2018 au 07/12/2018

RESPONSABLES : Nathalie Machon (Pr) UNITE DE RECHERCHE : CESCO DEPARTEMENT : H&E ADRESSE : 61 rue Buffon, 75005 Paris TEL : 01 40 79 38 71 courriel : machon@mnhn.fr LIEU : Amphi de paléontologie 2 rue Buffon ou amphi Rouelle 47 rue Cuvier _________________________________________________________________________________________________________________ OBJECTIFS : Exposer les grands enjeux de la biologie de la conservation

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PROGRAMME LUNDI 3 DECEMBRE 10h30 – 12h00 : Denis COUVET Cours introductif 14h00 – 17h00 : Emmanuelle PORCHER Biodiversité – agriculture : quelles relations ? MARDI 4 DECEMBRE 10h00 - 13h00 : Frédéric JIGUET Impacts des changements globaux : oiseaux, usages des sols et climat - des constats aux scénarios 14h00 - 17h00 : Benoit FONTAINE Sciences participatives : apport des citoyens à la connaissance de la biodiversité MERCREDI 5 DECEMBRE 10h00 - 13h00 : Maud MOUCHET Ecologie fonctionnelle et services écosystémiques 14h00 - 17h00 : Francois SARRAZIN Ecologie de la restauration (1) JEUDI 6 DECEMBRE 10h00 - 17h00 : Aurélie LACOEUILHE et Patrick HAFFNER Biodiversité - entreprises et expertises VENDREDI 7 DECEMBRE 10h00 - 13h00: Jean-Baptiste MIHOUB et Charles THEVENIN Ecologie de la restauration (2) 14h00 - 17h00 : Michel SAINT-JALME Les parcs zoologiques comme outil de restauration de la biodiversité

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Du 15 au 19 avril 2019 RESPONSABLES : Sylvain Gerber, Vincent Debat et Raphaël Cornette UNITE DE RECHERCHE : UMR 7205 ISYEB DEPARTEMENT « Origines et Évolution » ADRESSE : 45 rue Buffon, 75005 Paris TEL : 01.40.79.39.98 COURRIEL : sylvain.gerber@mnhn.fr LIEU DE LA FORMATION : Salle informatique de Phanérogamie

PRESENTATION DU MODULE L’objectif de cette formation est d’offrir un panorama général des concepts et des méthodes de la morphométrie (traditionnelle/géométrique, 2D/3D), et d’illustrer ses diverses applications aux sciences du vivant (systématique, écologie et évolution). Le module inclut des cours, des travaux dirigés et une visite du Plateau de Morphométrie (UMS 2700). Des connaissances des statistiques multivariées et du logiciel R sont recommandées.

PROGRAMME LUNDI 15 AVRIL 2019 09h30 à 12h00 : Sylvain GERBER et Vincent DEBAT Introduction au module. Définitions, problématiques et objectifs. Aperçu historique. Notion d’espace morphologique. Type de données et logiciels d’acquisition. 14h00 à 16h00 : Sylvain GERBER et Vincent DEBAT Acquisition de données 2D (points repères et contours). 16h15 à 17h30 : Amandine BLIN (lieu : Plateau de Morphométrie) Visite du Plateau de Morphométrie (UMS 2700 – Outils et méthodes de la Systématique Intégrative). Systèmes de numérisation 2D/3D. Principes de fonctionnement du Plateau. MARDI 16 AVRIL 2019 09h30 à 12h00 : Sylvain GERBER Morphométrie traditionnelle : Allométrie simple et multivariée. Comparaison de trajectoires allométriques. Allométrie multigroupe. log-shape ratios 14h00 à 17h30: Sylvain GERBER, Vincent DEBAT et Raphaël CORNETTE Applications sous R.

MERCREDI 17 AVRIL 2019 09h30 à 12h00 : Sylvain GERBER Morphométrie géométrique : Points repères. Analyses Procrustes. Espaces des formes. Visualisation des changements de forme. Thin-Plate Spline (TPS) et décomposition de la déformation. 13h30 à 17h30: Sylvain GERBER, Vincent DEBAT et Raphaël CORNETTE Applications aux données digitalisées. Logiciel de la série TPS, package Geomorph. JEUDI 18 AVRIL 2019 09h30 à 12h00 : Vincent DEBAT Morphométrie géométrique : Analyse de contours. Contours simples/complexes, ouverts/fermés. Polynômes, splines, analyses de Fourier, sliding semilandmarks. 14h00 à 17h30: Vincent DEBAT, Sylvain GERBER et Raphaël CORNETTE Mise en œuvre des sliding semilandmarks.

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VENDREDI 19 AVRIL 2019 09h30 à 12h00 : Raphaël CORNETTE Morphométrie géométrique : Analyse 3D et surfacique. Acquisition et traitement préparatoire. Sliding semilandmarks en 3D. 14h00 à 17h00: Raphael CORNETTE, Sylvain GERBER et Vincent DEBAT Mise en œuvre des approches 3D et surfaciques. 17h00 à 17h30: Sylvain GERBER, Vincent DEBAT et Raphaël CORNETTE Synthèse et conclusions du module.

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Du 11 au 15 mars 2019 (4 jours) RESPONSABLES : CécileCALLOU et Anne-Sophie ARCHAMBEAU UNITE DE RECHERCHE : UMS 3468 BBEES et UMS 2006 PatriNat DEPARTEMENT : DGD REVE ADRESSE : Unité Bases de données sur la Biodiversité, Écologie, Environnement et Sociétés (BBEES), Muséum national d'Histoire naturelle, CNRS, CP55, 57 rue Cuvier 75005 Paris, France GBIF, Muséum national d'Histoire naturelle, CNRS, CP 48, 57 rue Cuvier 75005 Paris, France TEL : 01.40.79.32.94

COURRIEL : callou@mnhn.fr – archambeau@mnhn.fr LIEU DE LA FORMATION : Salle Leroi-Gourhan, salle informatique du Musée de l’Homme

PRESENTATION DU MODULE Module proposé par les personnels de l’UMS 3468 BBEES (CNRS, Muséum) et du GBIF France (UMS 2006 PatriNat) Ce module s’adresse à ceux, de plus en plus nombreux, qui souhaitent mieux gérer leurs données et désirent mettre en place une base de données. Il n’est pas nécessaire d’avoir des connaissances informatiques puisque l’objectif est de présenter toutes les étapes de réflexion et de conception ainsi que toutes les compétences et intervenants nécessaires lors du processus de création. La formation alternera théorie/pratique et les participants pourront apporter des exemples de leurs jeux de données ou de leurs bases de données. Pendant ces 4 jours plusieurs formateurs seront disponibles pour apporter des réponses personnalisées.

OBJECTIF A l’issue de la formation, les participants seront capables de : Comprendre les enjeux autour de la gestion des données (qualité, utilisation) Réfléchir à un schéma conceptuel de bases de données Réaliser des requêtes simples de consultation Participer à la rédaction d’un cahier de charges pour l’élaboration d’un outil informatique de gestion des données Identifier les interlocuteurs pertinents

PROGRAMME JOUR 1 Introduction à la qualité et à l’adaptation des données à leur utilisation (un exemple fil rouge : gestion des données sur la biodiversité) Quels types de données ? Principes de la gestion des données pendant la numérisation Nettoyage, mise en forme et transformation des données Concepts de base sur le nettoyage des données Utilisation d’OpenRefine JOUR 2 Introduction à la qualité et à l’adaptation des données à leur utilisation Nettoyage, mise en forme et transformation des données (suite) Session pratique/théorique sur de jeux de données dans trois catégories : nomenclature, format et information géographique Publication des données (standards et outils), Data Papers Concepts de base sur la publication des données, exemple du GBIF

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Présentation des data papers Exemple d’utilisations des données JOUR 3 Initiation aux bonnes pratiques dans le domaine des bases de données et identification des principales étapes dans leur conception Comment mobiliser les différents intervenants ? Quelles compétences sont nécessaires ? Quel système de gestion de bases de données utiliser ? Propriétaire versus OpenSource, quelles différences ? Présentation du SGBD PostgreSQL. Réalisation d’un schéma conceptuel de données : principes et application selon un exemple JOUR 4 Introduction au langage SQL (requêtes de consultation) Questions juridiques posées par les bases et les données qu’elles contiennent