CleFlore

Guide d'utilisation

Elisabeth Auguste

7-03-2015

- 2 -

TABLE DES MATIERES

INTRODUCTION ............................................................................................................................................... 4

PREMIERE UTILISATION ................................................................................................................................ 5

LANCER CLEFLORE ......................................................................................................................................... 6

DEFINITIONS ...................................................................................................................................................... 7

CLAVIER VIRTUEL ........................................................................................................................................... 8

COMMANDES DU CLAVIER VIRTUEL ........................................................................................................ 9

APERÇU DE QUELQUES POSSIBILITES .................................................................................................... 10

AFFICHAGE DES ILLUSTRATIONS ET DES PHOTOS ......................................................................... 11

RECHERCHE PAR ENTREE TEXTUELLE ................................................................................................. 12

CLAVIER VIRTUEL pour la recherche texte ................................................................................................. 13

AFFICHER TOUTES LES ESPECES D'UN GENRE .................................................................................... 14

SE DEPLACER DANS UNE LISTE ................................................................................................................. 15

AUTRES RECHERCHES .................................................................................................................................. 16

RECHERCHE INDEX ....................................................................................................................................... 17

CONSULTER LES FLORES ............................................................................................................................ 18

NAVIGATION DANS COSTE .......................................................................................................................... 19

DETERMINATION DICHOTOMIQUE.......................................................................................................... 21

GLOSSAIRES ..................................................................................................................................................... 22

DOCUMENTS SCANNES ................................................................................................................................. 23

CHOROLOGIE .................................................................................................................................................. 24

PEINTURES & PLANCHES ............................................................................................................................. 25

CREATION MANUELLE D'UNE LISTE ....................................................................................................... 26

- 3 -

ENREGISTREMENT DE DONNEES .............................................................................................................. 27

MODE ETENDU & MODE NORMAL ............................................................................................................ 28

FILTRES ............................................................................................................................................................. 29

FILTRE PHYTOSOCIOLOGIQUE ................................................................................................................. 30

FILTRE PERIMETRE ....................................................................................................................................... 32

PRESENCE - PROTECTION ........................................................................................................................... 33

APPRENDRE ...................................................................................................................................................... 34

MODE APPRENDRE "FLASHCARDS" ........................................................................................................ 35

ENREGISTREMENT D'UNE PHOTO .......................................................................................................... 37

FUSIONNER DES FICHIERS DE PHOTOS .................................................................................................. 38

AJOUT D'UN TEXTE ................................................................................................................................... 39

AJOUT DE DOCUMENTS SCANNES ............................................................................................................ 40

Cas particuliers : VARIANTS (dans Coste uniquement) .............................................................................. 41

Cas particulier : AGREGAT ............................................................................................................................. 42

Cas particulier : CHANGEMENT DE NOM D'ESPECE ............................................................................... 43

Cas particulier : CHANGEMENT DE FAMILLE .......................................................................................... 44

MENUS & PARAMETRAGES ....................................................................................................................... 45

QUELQUES FICHIERS DE CLEFLORE ....................................................................................................... 50

AIDE SPECIFIQUE A LA DETERMINATION DICHOTOMIQUE ........................................................... 51

AIDE - UTILISATION DES TOUCHES DU CLAVIER .............................................................................. 52

BARRE D'INFORMATIONS ............................................................................................................................ 55

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INTRODUCTION 1

CleFlore est un logiciel de détermination pour utilisation sur un ordinateur "tenu en main" n'ayant pas d'interface

tactile élaborée. Il n'est pas disponible sous iOS (iPad) ou Android.

Presque toutes les commandes sont donc disponibles par "touches clavier". La nouvelle version intègre un

clavier virtuel qui en facilite l'utilisation.

Il est gratuit, librement distribuable et copiable (freeware, Copyright © Malcolm Bennett).

CleFlore contient les descriptions, dessins et fac-similés des livres de Coste et Bonnier ("Flore descriptive et

illustrée de la France" de l'abbé H. Coste et "Flore complète portative de la France et de la Suisse" de G. Bonnier

et G. de Layens). Un navigateur de tables de décision permettant la détermination selon Bonnier et Layens est

également intégré, ceci en symbiose étroite avec la base de données.

Toute plante peut être associée à un texte, à des photos et des notes personnelles. De nombreuses photos sont

déjà fournies, mais bien trop peu dans la version actuelle (les problèmes de droits n'étant toujours pas résolus).

CleFlore fait le pari de pouvoir intégrer des données de sources disparates en les harmonisant par le biais d'un

pivot unique.

L'Installation

L'expansion du fichier “zip” peut être faite à tout emplacement, mais de préférence à la racine d'une partition

(ex: c:\ , /d). L'expansion ne crée qu'un seul dossier "CleFlorex" contenant tous les fichiers requis aussi bien que

la documentation (dans le sous-dossier “documentation”).

Pour fonctionner, CleFlore a besoin de "Java" (disponible sur http://www.java.com/getjava pour Linux et

Windows). L'utilisation de la version 1.7 (ou 7) est préférable (mais voir le fichier LISEZ-MOI).

NOTE :

Cette documentation peut être utilisée pour CleFlore2 ou CleFlore3.

La version CleFlore2 correspond à la hiérarchie taxonomique Bdnff4 alors que la version CleFlore3 correspond à

la Bdtfx.

"CleFlorex" est utilisé dans ce guide d'utilisation.

REMERCIEMENTS

Merci à Malcolm Bennett pour sa patience dans ses explications, la relecture et correction du texte.

1 CleFlore : copyright © Malcolm Bennett

Cette page est extraite de "CleFlorex/documentation/CleFlore.doc"

- 5 -

PREMIERE UTILISATION

- lire le fichier LISEZ-MOI.doc dans le dossier2 "CleFlorex"

- & les fichiers du sous-dossier "CleFlorex\Documentation",

- lancer "InstallCleFlorex.exe" 3

CleFlore fonctionne avec Java. S'il n'est pas présent ou dans une version trop ancienne, cette commande vous

proposera une installation gratuite de Java "par internet".

Si le message ci-dessous s’affiche :

Ouvrir le menu Fichier / Base de données / Choisir….

L'arborescence de votre PC s'affiche ;

- la parcourir & sélectionner le répertoire "CleFlorex".

- cliquer sur le bouton [OK]

2 "répertoire" ou "dossier" pour Windows - "dossier" sera utilisé dans ce guide d'utilisation 3 pour Windows uniquement ;

Pour les informations propres au Mac et à Linux consultez le fichier "CleFlorex/documentation/CleFlore.doc".

- 6 -

LANCER CLEFLORE

L'installation de CleFlore a créé une icône sur votre bureau.

Cliquez sur l'icône pour lancer l'application. *

La fenêtre CleFlore apparaît. 4

QUITTER CLEFLORE

Cliquez sur la case de fermeture en haut à droite de la fenêtre *

ou

Choisissez Quitter dans le menu Fichier

ou

Appuyez simultanément sur les touches [Ctrl - Q]

* sous Windows

4 Le dessin du panneau de gauche et le texte du panneau de droite sont extraits de la" FLORE descriptive et

illustrée de la France et de la Corse et des contrées limitrophes par l'Abbé H. COSTE"

- 7 -

DEFINITIONS

Faites passer le curseur sur la barre d'informations pour visualiser la signification de chaque élément. 5

L'historique

Les listes construites par les recherches ou commandes sont sauvegardées dans l'historique.

Chaque nouvelle liste s'empile sur la précédente, préservant ainsi l'historique des commandes.

Seul un élément de la liste est visible, mais on peut naviguer dans la liste.

Une liste peut contenir soit des espèces, soit des genres, soit des familles, soit des ordres.

Dans une liste de genres, familles ou ordres seul un "échantillon" du genre, famille ou ordre est représenté ; mais

il est possible de créer une nouvelle liste comprenant toutes les espèces du genre, tous les genres d'une famille ou

toutes les familles de l'ordre, tous les ordres...

Il est possible de descendre dans l'historique pour visualiser les listes précédentes [↓] ou de remonter vers les

listes "abandonnées" [Ctrl-Z].

En sortant de CleFlore, vous perdez l'historique de vos commandes.

5 Détail des éléments de la barre d'information en dernières pages de ce guide

- 8 -

CLAVIER VIRTUEL

Clic sur l'écran fait apparaître un clavier virtuel.6 En passant le curseur sur les touches, un texte d'aide apparaît.7

Ex: ci-dessous en passant le curseur sur la touche (b) un pavé jaune affiche "Bonnier & Layens"

Le clavier secondaire est utilisé pour des commandes moins fréquentes.

6 Si le clavier virtuel n'apparaît pas, allez dans le menu Choix / Panneaux et mettez une coche devant Tactile 7 Si le texte d'aide n'apparaît pas en passant le curseur sur les touches,

allez dans le menu Choix / Apprendre et mettez une coche devant Aide Clavier

Clavier secondaire

Retour clavier principal Permet de consulter les

derniers fac-similés visités

Le clavier virtuel du bas est utilisé pour se déplacer dans une liste

& regarder les photos de l'espèce affichée.

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COMMANDES DU CLAVIER VIRTUEL8

CLAVIER PRINCIPAL CLAVIER SECONDAIRE

(à) Agrégat (bascule entre l'agrégat et ses éléments – création d'une liste)

(b) Bonnier & Layens

(B) Bonnier & Layens (tableau général)

(c) Coste

(C) Coste (tableau général)

(d) Détermination dichotomique Bonnier & Layens

(D) Détermination dichotomique Bonnier & Layens (tableau général)

(e) Enlever filtre phytosociologique

(E) Filtre phytosociologique (voir texte secondaire)

(ɛ) Filtre phytosociologique "fin" (voir texte secondaire)

(f) Famille (liste des genres)

(F) Famille (liste des espèces)

(g) Genre (liste des espèces)

(h) Glossaire de Bonnier ou Coste (selon le contexte)

(i) Recherche texte

(I) Recherche index

(k) Copyright (gauche)

(K) Copyright (droite)

(l) "Log" (saisie d'un commentaire dans le "log")

(λ) Visualiser le "log" [Ctrl-L]

(m) Déposer espèces marquées et enlever marques

(μ) 9 Déposer espèces marquées dans une liste [Ctrl-M]

(o) Ordre (liste des familles)

(p) Peinture

(P) Planche Poinsot et Bonnier

(r) Aléatoire – Mode "flashcards" uniquement (en mode normal)

(s) Enlever filtre périmètre

(S) Appliquer filtre périmètre (voir Choix -> Périmètre)

(t) Bascule texte / photo (gauche)

(T) Bascule texte / photo (droite)

(v) Variants (de Coste) – (bascule entre les variants)

(w) Informations diverses : auteur, taxref, nomenclature Bdnff4

(x) Chorologie (carte de France et répartition de l'espèce)

(X) Etendu Normal 10 - (bascule entre les 2 modes)

(y) Documents scannés

(z) Rotation des photos (vers la gauche)

(&) Intégration d'une photo (mode "étendu" uniquement)

(") Enregistrement dans le "log" (taxon, date, heure, famille & nom de l'espèce)

(3) Enlever dernier enregistrement du "log"

() Photos (gauche) [Z]

() Photos (droite) [µ]

() Historique (monter dans la pile) [Ctrl-Z]

() Historique (descendre dans la pile) []

(*) Marquer l'élément [] (◊) Entrée sans expansion [Maj-Entrée]

8 Les touches du clavier virtuel sont entre parenthèses et les touches du clavier physique entre crochets ;

ex : pour visualiser le log, faites (λ) sur le clavier virtuel secondaire ou [Ctrl-L] sur le clavier physique. Si rien

n’est indiqué pour le clavier physique, c’est que la commande est la même : ex (f) = [f] 9 (µ) sur le clavier virtuel uniquement – ([µ] sur le clavier physique a une autre fonction) 10 La base de données de CleFlore2 contient tous les noms valides de taxons Bdnff4.02, celle de CleFlore3

contient tous les noms valides de taxons Bdtfx ; ils sont tous visibles en mode "étendu".

Le mode "normal" est un filtre affichant uniquement les espèces qui ont au moins une information utile (soit une

photo, soit un texte (hors Baseflor), soit un dessin, soit qu'ils figurent dans l'une des flores, Bonnier, Coste ou

Flora Helvetica 2001).

Le mode "étendu" permet l'ajout de photos ou de textes, les paramétrages.

- 10 -

APERÇU DE QUELQUES POSSIBILITES

- 11 -

AFFICHAGE DES ILLUSTRATIONS ET DES PHOTOS

NOUVEAU depuis la version CleFlore3.4

12 photos à gauche

[z] pour les afficher

9 photos à droite

[*] pour les afficher

[P] pour afficher la

planche présente

Peinture disponible

[p] pour afficher la peinture

Affichage de l’altitude

2 dessins : dessin de Coste et dessin

italien (Iconographia florae italicae

Fiori & Paoletti 1895-1904)

Une flèche pour ouvrir un menu

déroulant, facilitant la recherche par

entrée textuelle (voir ci-dessous)

- 12 -

RECHERCHE PAR ENTREE TEXTUELLE

Généralités : la recherche permet de trouver une espèce, une liste d'espèces, de genres, de familles, d'ordres.

Chaque recherche crée une nouvelle liste qui se rajoute sur la pile, qui est l'historique des recherches et des

commandes. Il est possible de naviguer (de monter et descendre) dans cet historique en utilisant les flèches du

clavier virtuel.

La recherche :

Cliquez sur (i) du clavier virtuel ou cliquez directement dans la zone de recherche avec texte ;

votre curseur clignote dans la zone de recherche texte

Utilisez la flèche (ou éventuellement ) pour choisir le type de recherche :11

- Recherche : genre | nom binomial

- Recherche: famille | nom binomial

- Recherche: ordre

- Recherche: nom vernaculaire (un trait vert s'affichera à gauche de la zone de recherche) 12

- Recherche: [Bdnff4] (genre | nom binomial) (un trait rouge s'affichera à gauche de la zone de recherche) 13

- Recherche: livre (genre | nom binomial) (nom dans Coste ou Bonnier) (un trait bleu s'affichera à gauche de la zone de

recherche)

Puis tapez le début du genre, famille, ordre à rechercher avec votre clavier ou le clavier virtuel (voir page

suivante) et [Entrée]

Un pavé beige indique que la frappe est suffisante pour la recherche (genre, famille, ordre). Faites [Entrée]

Une écriture en bleu souligné indique une erreur de frappe pour l'option de recherche 14

Il est possible d'utiliser la flèche (ou éventuellement ) pendant la saisie

Rappel : depuis la version CleFlore3.4 un menu déroulant facilite cette recherche

Le résultat est une liste par ordre alphabétique qui est déposée sur la pile de l'historique des recherches. 15

Quelques exemples En tapant "orc" avec le choix Recherche: genre | nom binomial, on a une liste de 18 espèces du genre Orchis.

En tapant "orc" avec le choix Recherche: famille | nom binomial, on a une liste de 27 genres dans la famille des

Orchidacées. Seul un échantillon de chaque genre apparaît dans la liste.

(classement par ordre alphabétique)

En tapant "acera" avec le choix Recherche : livre (genre | nom binomial) on trouvera Orchis anthropophora qui

est le nouveau nom de Aceras anthropophora.

11 Il s'affichera en bas à droite. 12 Avec la recherche sur le nom vernaculaire, il est possible de trouver des plantes qui appartiennent à des

familles différentes, d'où l'intérêt de ce trait vert. 13 Utilisez si le nom existe uniquement dans la base de données Bdnff4. 14 Ces indications ne figurent pas dans la recherche sur le nom vernaculaire. 15 On pourra monter ou descendre dans l'historique pour retrouver les recherches antérieures.

- 13 -

CLAVIER VIRTUEL pour la recherche texte

Un clavier différent apparaît si vous cliquez dans la zone de recherche texte ou sur le (i) du clavier virtuel

principal.

Ce clavier virtuel permet une saisie de la recherche sans utiliser le clavier de l'ordinateur.

Les touches "*" et "retour arrière" pour effacement n'ont pas été oubliées.

Astuce :

ou [Ctrl-P] (previous - précédent) permet d'afficher le texte de la recherche précédente dans la zone de

recherche.

Il est possible de modifier ce texte, de cliquer plusieurs fois pour revenir sur des recherches précédentes.

[Ctrl-N] (next - suivant) permet d'afficher la recherche suivante si on est allé trop loin.

- 14 -

AFFICHER TOUTES LES ESPECES D'UN GENRE

Lors d'une recherche sur une famille, généralement il n'y a qu'un seul échantillon de chaque genre ; le nombre

d'espèces du genre figure entre parenthèses dans le panneau de noms.

Le nombre de genres apparaît en bas à gauche sur la barre d'informations ; les éléments sont classés par ordre

alphabétique..

Pour afficher les 10 espèces du genre Anacamptis, faites [Entrée] ou cliquez sur à droite. 16

Les 10 espèces du genre Anacamptis sont dans la liste, par ordre alphabétique

16 Seul le nom de genre est affiché sur la première ligne du panneau de noms

- 15 -

SE DEPLACER DANS UNE LISTE & regarder les photos de l'espèce affichée

Clic à l'intérieur du panneau de droite ou de gauche fait apparaître un clavier virtuel.

Seul le clavier en bas de l'écran est utilisé pour le déplacement dans la liste active. Une aide apparaît quand on

déplace le curseur sur les touches.

1. Echappement

2. Texte/photo temporaire (gauche) [!]

3. Photo [z]

4. Premier [Maj-]

5. Précédent []

6. Suivant []

7. Dernier [Maj-]

8. Photo [*]

9. Entrée [Entrée]

Explications des touches :

1 Echappement ou Recherche rapide

[Echap] ou permet d'aller plus vite à une espèce de la liste courante.

Cette fonction fait apparaître un clavier virtuel pour faciliter la saisie ; un carré bleu à losanges noirs sur la barre

d'informations nous indique que nous sommes en recherche rapide.

Dans l'exemple précédent, [ Echap] puis [m] va directement à Anacamptis morio.

2 basculement entre photos et dessin(s) de gauche [!]

3 défilement des photos de gauche ou [z] 17

4 premier élément de la liste

5 élément précédent

6 élément suivant

7 dernier élément de la liste

8 défilement des photos de droite ou [*] 18

9 [Entrée] permet de basculer entre le texte primaire et secondaire - NOTE IMPORTANTE 19

Astuce :

[Clic droit] de la souris = basculement temporaire entre texte et photos (sur une espèce)

[t] ou [T] = basculement entre texte et photo mais garde la préférence texte ou photo sur toutes les espèces.

Si la préférence est "photo", on aura un [i] (image) sur la barre d'informations

[Maj-Entrée] ou (◊) sur le clavier virtuel = Entrée sans expansion

17 [Z] permet de faire défiler les photos en sens inverse 18 [µ] permet de faire défiler les photos en sens inverse 19 MAIS si on fait [Entrée] sur l'échantillon d'un genre ou famille, [Entrée] aura une action différente et mettra

sur la pile de l'historique une nouvelle liste avec toutes les espèces du genre ou les genres de la famille. Pour

revenir en arrière il faudra alors descendre dans la pile pour retrouver la liste précédente.

- 16 -

AUTRES RECHERCHES

RECHERCHER UNE ESPECE

Pour aller directement à une espèce connue, tapez le début du genre jusqu'à ce que le pavé beige indique que la

saisie est suffisante, un espace et le début de l'espèce, puis [Entrée]

"phyte n" aboutira à Phyteuma nigrum

RECHERCHER UNE CHAINE DE CARACTERE DANS UN GENRE

[*bar] & Recherche : genre | nom binomial

donnera une liste des genres

Barbarea

Bartsia

Limbarda

Nothobartsia

RECHERCHER UNE CHAINE DE CARACTERE DANS UN NOM BINOMIAL (genre espèce)

[** bar] & Recherche : genre | nom binomial 20

donnera une liste d'espèces

Althenia filiformis var. barrandonii

Anthyllis barba-jovis,

Avena barbata etc.

RECHERCHER TOUTES LES ESPECES, GENRES, FAMILLES, ORDRES avec [*]

[**] Recherche : genre | nom binomial crée une liste avec toutes les espèces 21

[*] Recherche : genre | nom binomial crée une liste avec tous les genres 22

[*] Recherche : famille | nom binomial crée une liste avec toutes les familles 23

[*] Recherche : ordre crée une liste avec tous les ordres 24

RECHERCHER LE GENRE, FAMILLE, ORDRE D'UNE PLANTE

[g] Toutes les espèces dans le genre de l'espèce courante

[f] Tous les genres dans la famille de l'espèce courante

[F] Toutes les espèces dans la famille de l'espèce courante

[o] Toutes les familles dans l'ordre de l'espèce courante

Dans les listes de genres, de familles ou d'ordres, nous n'aurons qu’un échantillon des plantes.

Afin d'afficher tous les éléments de la liste, faites [Entrée]

20 [**bar] sans espace et [** bar] avec espace donnent un résultat différent 21 Toutes les espèces : 5571 en mode normal & 14430 en mode étendu (chiffres au 08-03-2013) – Bdnff4 22 Tous les genres : 1148 en mode normal & 1526 en mode étendu (chiffres au 08-03-2013) – Bdnff4 23 Toutes les familles : 192 en mode normal & 222 en mode étendu (chiffres au 08-03-2013) – Bdnff4 24 Tous les ordres : 56 en mode normal & 61 en mode étendu (chiffres au 08-03-2013) – Bdnff4

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RECHERCHE INDEX

Un CLAVIER VIRTUEL s'affiche après avoir cliqué sur (I) (Recherche index)

Ce clavier numérique virtuel permet la saisie de la recherche sans utiliser le clavier de l'ordinateur.

La touche (C) efface tout et la touche à sa droite efface un seul chiffre.

La recherche "Entrée avec index primaire " permet d'afficher l'espèce correspondant à l'index primaire choisi

dans le menu Choix / Index / Primaire

Par défaut, c'est l'index de Coste 25

Exemple : [I] et la saisie de "1234" dans la zone "Entrée avec index primaire" affiche "Agrimonia eupatoria"

25 Ne pas commencer par le chiffre "0", sinon la recherche se fera sur le numéro de taxon et non pas sur l'index

primaire

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CONSULTER LES FLORES

[b] affiche la flore Bonnier à la page de l'espèce concernée [c] affiche la flore Coste à la page du genre concerné

Clic sur cette page ouvre un clavier contextuel

Clavier contextuel flore Bonnier Clavier contextuel flore Coste

c Coste

p planches

y documents scannés

d détermination dichotomique Bonnier & Layens

i aller à la page xx de Bonnier

© copyright

x contexte – affiche le nom de l'élément, son nom dans

Bonnier et la page où il figure

m dépose sur la pile les espèces de la page de Bonnier

dans une liste, et retour

h glossaire de Bonnier

(pas de rotation possible)

b Bonnier

p planches

y documents scannés

d détermination dichotomique Bonnier & Layens

e / g / f / o voir page suivante

i aller à la page xx de Coste26

© copyright

x contexte – affiche le nom de l'élément, son nom dans

Coste et la page où il figure

m dépose sur la pile les espèces de la page de Coste

dans une liste, et retour

r rotation de la page

h glossaire de Coste

Le pavé de droite permet de naviguer dans la flore

26 Pour aller à la page 33 par exemple, comme il y a 3 volumes : tapez 33 ou 1033 pour la page 33 du volume 1,

2033 pour le volume 2 et 3033 pour le volume 3

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NAVIGATION DANS COSTE

Vous pouvez déterminer une plante en naviguant dans le fac-similé de Coste.

Exemple de navigation en partant de l'espèce Swertia perennis

() affiche Gentianées

() une deuxième fois affiche Monopétales

En avançant avec la touche de changement de page on voit des familles

suivies d'un numéro.

(f) puis le numéro correspondant à la famille recherchée et (Entrée) amène à la page de la

famille choisie.

En avançant avec la touche de changement de page on voit les genres de la famille suivis d'un

numéro.

(g) puis le numéro correspondant au genre recherché et (Entrée) amène à la page du genre choisi.

En avançant avec la touche de changement de page on voit les espèces du genre précédées d'un

numéro.

(e) puis le numéro correspondant à l'espèce recherchée et (Entrée) sort l'espèce du fac-similé et l'affiche dans la

base.

En cas d'erreur le pavé de droite du clavier secondaire permet de revenir au dernier fac-similé visité.

Lors de cette navigation il est possible de marquer son point de cheminement par la touche

ou [barre d'espacement].

(◊) navigation

permet de revenir au dernier point de cheminement .

(*) retour du contexte

crée une liste

- de toutes les espèces du genre où l'on se trouve dans le fac-similé Coste

- de tous les genres de la famille où l'on se trouve dans le fac-similé Coste

(m) retour

crée une liste de toutes les espèces qui sont imprimées sur la page du fac-similé uniquement

- 20 -

MENU CONTEXTUEL avec choix dans les flores

si un rectangle bleu apparaît sur la barre d'informations, [Ctrl-B] ou [Ctrl-C] affiche un menu contextuel

permettant un choix entre des genres ou familles, suite aux changements de répartition de la nomenclature.

Ex des Orchidacées.

- 21 -

DETERMINATION DICHOTOMIQUE

d : Détermination dichotomique "Bonnier et Layens"

NOTES :

Flèche 1 : En passant la souris sur les losanges bleus, on fait apparaître les dessins figurant dans le fac-similé.

Flèche 2 : En passant la souris sur [Information] on affiche le n° de page de Bonnier & Layens…

Flèche 3 : IMPORTANT - Tabulation (ou cliquer-glisser sur la barre verticale gauche) ouvre une barre

verticale de recherche avec les familles et les genres.

Le document "AIDE SPECIFIQUE A LA DETERMINATION DICHOTOMIQUE

Bonnier et Layens" se trouve à la fin de ce guide.

3

2

- 22 -

GLOSSAIRES

GLOSSAIRE DE COSTE

[h] dans le fac-similé Coste ou sur un élément de la liste

Clic sur le glossaire affiche un menu contextuel qui permet de naviguer dans le fac-similé.

GLOSSAIRE DE BONNIER

[h] dans le fac-similé Bonnier ou la détermination dichotomique

Clic sur le glossaire affiche un menu contextuel qui permet de naviguer dans le fac-similé.

Recherche suivi d'une lettre : Recherche rapide dans le fac-similé

Rotation : fait pivoter l'image vers la gauche

Les flèches : Page précédente

Page suivante

- 23 -

DOCUMENTS SCANNES

Cliquez sur [y] pour afficher les documents scannés.

Clic sur le document affiche un clavier contextuel.

- 24 -

CHOROLOGIE ou REPARTITION

Tapez sur [x] CHOROLOGIE

pour afficher la répartition de la plante en France.

Pour sortir

tapez [x] 27 ou cliquez " sur la carte.

Clic sur les bandes latérales fait apparaître un menu contextuel.

27 la commande qui permet d'afficher un fac-similé permet aussi d'en sortir

- 25 -

PEINTURES & PLANCHES

Un losange orange sur la barre d'informations indique la présence d'une peinture pour l'espèce.

En passant la souris sur ce losange orange, le nom figurant sur la planche apparaît : "Erythraea littoralis" pour

l’exemple ci-dessous.

Cliquez sur [p] peinture pour afficher une peinture allemande de l'espèce.

"Rotation" permet de visualiser la peinture en portrait. L'image pivote sur la gauche.

Copyright : Otto Wilhelm Thomé

Numérisation: © Kurt Stüber 1999 GNU Free Documentation License Version 1.2

De même [P] affiche une planche de Poinsot et Bonnier

Et un clic sur la planche affiche un clavier contextuel :

c Coste

b Bonnier

y Documents scannés

d détermination dichotomique

i aller à la page xx du fac-similé

© copyright

x affiche le nouveau nom et celui du livre

m crée une liste avec les espèce de la page

h glossaire Bonnier

r rotation

page précédente

page suivante

- 26 -

CREATION MANUELLE D'UNE LISTE

C'est la commande "marquer" qui permet de créer une liste manuelle, utile pour comparer du texte, des dessins,

des photos de 2 ou plusieurs plantes, de créer une liste pour la sauvegarder, l'imprimer ou l'utiliser dans le mode

apprendre.

La touche [] du clavier ou (*) sur le clavier virtuel permet de marquer une plante.

Un cadre bleu turquoise entoure le panneau de gauche – La même touche supprime la marque.

Afin de créer votre liste manuelle, marquez toutes les espèces désirées avec la touche [] du clavier ou (*) du

clavier virtuel.

(m) dépose les espèces marquées sur la pile de l'historique dans une liste et enlève les marques,

(μ) 28 dépose les espèces marquées sur la pile dans une liste et garde les marques.

On peut ensuite

- naviguer dans la liste,

- sauvegarder le nom des espèces marquées (voir page suivante).

NOTE

On perd les marques en sortant de CleFlore.

28 ou [Ctrl-M]

- 27 -

ENREGISTREMENT DE DONNEES

3 possibilités :

LE LOG (l) pour "log" permet d'écrire un texte court dans la zone de recherche avec texte. Cette zone change de

couleur et devient verte.

Tapez le texte et (Entrée) – Ce texte sera sauvegardé dans le fichier "remarques.htlm"

SAUVEGARDE DU NOM DE L'ESPECE dans le LOG (") sauvegarde le nom de la plante affichée dans le même fichier "remarques.htlm" du dossier "dataout"

sur une ligne, sous la forme

N° taxon Bdnff - date – heure – famille et nom de la plante.

Vous pouvez "annuler" la ligne précédente en cliquant sur la touche (З) du clavier virtuel secondaire :

"taxon Bdnff - date – heure - ANNULATION" s'inscrit sur la ligne suivante.

Vous pouvez visualiser le log :

- en tapant (λ) sur le clavier secondaire

- par le menu Aide / Log ou [Ctrl-L]

Il est possible de supprimer le fichier "remarques.htlm", qui sera recréé automatiquement au prochain

enregistrement.

SAUVEGARDE D'UNE LISTE Menu Fichier / Sauver

permet de garder le nom de toutes les espèces d'une liste de plantes MARQUEES.

Nommez le fichier, qui aura une extension .TXT sauvegardé dans le dossier de votre choix (pour

Windows).

NOTE 1

L'option "Sauver" du menu "Fichier" sauvegarde uniquement les éléments marqués.

La touche (m) dépose sur la pile une liste d'espèces marquées, mais enlève les marques.

La touche (µ) dépose sur la pile une liste d'espèces marquées, mais garde les marques - [Ctrl-M] du clavier

physique.

NOTE 2

Le menu Fichier / Ouvrir ou [Ctrl-O] permet d'ouvrir une liste sauvegardée mais efface la pile.

- 28 -

MODE ETENDU & MODE NORMAL (X) permet de basculer entre ces deux modes

ou

Menu Choix / Etendre… = mode étendu

Menu Choix / Réduire… = mode normal

Tous les taxons de la base sont visibles en mode étendu. On voit ainsi également des éléments où seul le nom de

l'espèce figure.

Le mode étendu permet l'ajout de photos ou de textes, de modifier des paramètres.

Le mode normal permet de faire des recherches sur les espèces qui ont au moins une information utile (soit une

photo, soit un texte, soit un dessin, soit qu'ils figurent dans l'une des flores : Bonnier, Coste ou Flora Helvetica

2001). 29

Comment savoir si on est en mode normal ou en mode étendu ?

En mode étendu on a un menu supplémentaire "Action", une icône d'outils en haut à droite de la barre de titre, et

une icône de réglette en bas de l'écran.

Ces éléments disparaissent en mode normal.

29 le texte secondaire de Botaflor seul n'est pas une information utile dans ce contexte.

- 29 -

FILTRES

- le filtre phytosociologique (présent à titre expérimental, car ici une espèce n'est associée qu'à un seul

biotope)

- le filtre périmètre (ex : un département)

Quand un de ces 2 filtres est actif, un drapeau à damiers apparaît en haut à gauche sur la barre de titre, à droite

des menus.

Il est possible d'utiliser en même temps le filtre phytosociologique et le filtre périmètre .

ATTENTION !!!

Vérifiez qu'aucun filtre n'est actif avant une recherche ou action (présence d'un ou deux

petits drapeaux à damiers sur la barre de titres), sinon vous trouverez uniquement les

espèces correspondant aux critères du filtre.

Les filtres peuvent être ajoutés / enlevés à tout moment.

- 30 -

FILTRE PHYTOSOCIOLOGIQUE Il existe 2 filtres phytosociologiques, basés sur les critères phytosociologiques du texte Baseflor. 30

NOTE

La touche [Entrée] permet de basculer entre les textes.

La commande (E) va filtrer sur le premier chiffre du texte phytosociologique de l'espèce visible,

et un drapeau à damiers verts clairs et verts foncés permet de visualiser la présence du filtre ;

(e) le désactive.

Exemple : Recherche sur toutes les espèces de la famille des Gentianacées = On obtient une liste de 56 espèces.

Sur cette liste de 56 espèces Gentianacées,

(E) sur l'espèce Gentiana alpina var. alpina a trouvé 9 espèces, correspondant tous aux critères 11/

NOTE

Il est possible de marquer tous les éléments de la liste afin de sauvegarder cette information :

Gentianacées – Pelouses permanentes des étages alpins.

Ouvrez le menu Fichier / Sauver et donnez un nom à votre fichier, qui aura une extension .txt, sauvegardé dans

le dossier de votre choix.

Gentiana alpina var. alpina

Gentiana angustifolia

Gentiana bavarica var. bavarica

Gentiana brachyphylla

Gentiana clusii subsp. clusii

Gentiana nivalis

Gentiana orbicularis

Gentiana verna subsp. verna

30 informations phytosociologiques de Ph.Julve : http://philippe.julve.pagesperso-orange.fr/catminat.htm

- 31 -

FILTRE PHYTOSOCIOLOGIQUE "FIN"

La commande (є) du filtre phytosociologique "fin" filtre sur les deux chiffres des critères phytosociologiques

visibles du texte Botaflor de l'espèce courante (le deuxième étant une sous-catégorie du premier).

Cliquez sur (є) filtre phytosociologique "fin"

et un drapeau à damiers verts clairs et jaunes permet de visualiser la présence du filtre ;

(e) le désactive.

Seules 2 espèces sont associées à ce biotope :

Gentiana alpina var. alpina

Gentianella tenella

- 32 -

FILTRE PERIMETRE

1) Choisir le périmètre souhaité 31

Menu Choix / Périmètre

2) Cliquez sur la touche (S) du clavier secondaire

Un drapeau à damiers noirs et jaunes permet de visualiser la présence du filtre périmètre.

(s) ou (S) le désactive

22 espèces de Gentianacées poussent dans l'Isère sur les 56 de notre base.

NOTE

Les filtres peuvent s'ajouter

ATTENTION !!!

Toujours vérifier la présence ou non des drapeaux de filtre avant de faire une recherche.

31 Il est conseillé de choisir le périmètre avant de partir sur le terrain et de l'utiliser avec parcimonie car les

données sont loin d'être fiables à 100%

- 33 -

PRESENCE - PROTECTION

Ce sont des informations et non des filtres 32

- Présence

- Protection

Menu Choix / Présence Choisir le département

Etoile violette en haut à gauche = espèce non signalée dans le département choisi. 33

Point turquoise = sous-espèce ou variante non signalée dans le département mais l'espèce a été signalée.

Si rien n'apparaît, l'espèce a été signalée comme présente dans le département choisi.

NOTE : Depuis la version CleFlore3.4 une nouvelle information est disponible en passant la souris sur le

rectangle gris qui apparaît sur la barre des menus : Supposé présent ('?' sur fond gris) ex: Ophrys aveyronensis x Ophrys exaltata

Présence douteuse ('!' sur fond gris) ex: Dactylorhiza traunsteineri subsp. lapponica

Présence accidentelle ('!' sur fond gris) il n'y en a pas dans le bdtfx3.00

Absent/Disparu/Eteint (pavé gris) ex: Anacamptis collina

Pas de rectangle gris : Présent

Dans l'exemple ci-dessous, on voit que l'espèce est absente; le livre noir à droite indique que l'espèce est éteinte.

Menu Choix / Protection Un livre apparaît sur la barre de titre en haut à droite si l'espèce est protégée.

- livre noir : livre rouge 2012 (éteinte)

- livre écarlate : protection nationale

- livre bleu : protection régionale

- livre vert : protection départementale

- livre rouge : livre rouge 2012 (critique / en danger)

- livre brun : livre rouge 2012 (menacées de disparition / quasi menacées)

- livre gris: restrictions

32 choisir d'afficher ces informations avant de partir sur le terrain. 33 selon les données fournies par Tela Botanica – non fiables à 100%.

- 34 -

APPRENDRE

Menu Choix / Apprendre / Aide Clavier

Si "Aide Clavier" est coché, un texte d'aide apparaît en passant le curseur sur les touches

du clavier virtuel.

Menu Choix / Apprendre / Clavier tablette

Si "Clavier tablette" est coché, les touches du clavier virtuel du bas seront plus grandes pour en faciliter

l’utilisation sur une tablette.

- 35 -

MODE APPRENDRE "FLASHCARDS"

Apprentissage par "flashcard", ou jeu de cartes mémoire en français, est un outil d'apprentissage basé sur la

technique de la répétition espacée.

Typiquement, une carte mémoire est une fiche cartonnée avec une question sur sa face et la réponse sur le

verso.34

Dans CleFlore, la cartes sont remplacées par une liste d'espèces qui défilent selon les paramètres choisis par

l'utilisateur. Le principe est de reconnaître une plante et de trouver son nom.

Possibilité de marquer les espèces non trouvées pour les inclure dans une nouvelle liste que l'on pourra relancer

afin d'apprendre le nom des plantes et de savoir les reconnaître.

Menu Choix / Apprendre et cochez Flashcards pour activer le mode APPRENDRE. 35

Des icônes faisant penser aux touches d'un lecteur CD sont visibles en haut à droite sur la barre de titres. Elles

permettent de lancer / arrêter l'application...36

Une flèche bleue au milieu de la barre d'information permet de basculer du mode ordre alphabétique au mode

aléatoire. 37

Utiliser les boutons situés sur la barre de titre, en haut à droite pour lancer l'application.

Chaque espèce de la liste active va rester quelques secondes à l'écran, d'abord sans le nom ou sans l'image (au

choix) afin de vous laisser le temps de trouver le nom de la plante.

34 Wikipedia 35 L'option n'est disponible qu'en mode normal. 36 l'icône flèche pour "Démarrer" devient un carré pour "Arrêter" 37 l'icône flèche sur la barre d'information devient un carré selon l'option choisie (séquentielle – aléatoire)

- 36 -

Vous pouvez

- marquer les éléments que vous ne connaissez pas,

- retourner en arrière,

- avancer plus vite,

- temporiser : donne plus de temps en remettant le compteur à zéro.

"Marquer" va vous permettre de créer une nouvelle liste pour ne garder que les espèces non reconnues et

continuer à apprendre.

Vous pouvez regarder des photos de l'espèce affichée pendant l'apprentissage ; le compteur se remet alors à zéro.

Astuces : La touche [Fin] du clavier = pause (appuyez une deuxième fois sur [Fin] pour relancer).

Clic dans le panneau de gauche marque l'espèce.

PARAMETRAGE

Vous pouvez décider, avant de lancer l'application

de" l'ordre" d'affichage

Photo au début

Nom au début

de ce que vous voulez faire "A la fin".

Arrêter

Répéter

Dialoguer qui ouvre une boite de dialogue à la fin du cycle et permet de choisir entre

"Répéter" ou "Arrêter".

D'autres paramétrages sont possibles en mode étendu, mais le mode apprendre fonctionne correctement avec les

paramètres par défaut (voir "Menu & paramètrage")

SORTIR DU MODE APPRENDRE

Menu Choix / Apprendre

Enlevez la coche devant "Flashcards"

- 37 -

ENREGISTREMENT D'UNE PHOTO

L'intégration des photographies personnelles se fait en deux étapes.

- La commande (&), disponible uniquement en mode étendu, permet d'associer une photo de format JPEG à

l'espèce courante. Cette commande ne fait que copier ladite photo, soit dans le dossier "gauche", soit dans le

dossier "droite"; la photo ne sera pas visualisée dans l'application pour autant ! La copie s'effectue avec un

changement de nom, évitant ainsi tout écrasement d'autres photos déjà associées avec la même espèce.

- C'est la commande "Action->Construction->Gauche" qui construit le fichier "gauche.jpgs" à partir des

fichiers dans "gauche" et qui visualise son contenu. Il s'agit d'une commande lente, car tous les fichiers de

photos sont paramétrés pour permettre une visualisation rapide même sur un ordinateur lent. 38

Passer en mode étendu : (X) du clavier virtuel.

1) Se placer sur l'espèce où l'on veut insérer une photo

Sur le clavier virtuel, cliquez sur (&) (enregistrer une photo)

Une boite de dialogue s'ouvre ; recherchez la photo désirée sur votre ordinateur ou disque dur.

Rechercher dans (sélectionnez votre dossier)

Nom du fichier (Sélectionnez la photo en un seul clic)

Le choix Gauche ou Droite se fera automatiquement : gauche pour une photo en portrait et droite pour

une photo en paysage ; mais vous pouvez le changer.

Fichiers du type (.jpg .JPG)

Clic sur Copier

Le fichier .JPG sera copié dans le dossier "gauche " ou "droite "

38 Extrait de CleFlorex/documentation/CleFlore.doc de Malcolm Bennett

- 38 -

Menu Action / Construction

Sélectionnez "gauche" si vos photos ont été copiées à gauche et "droite" si

elles ont été copiées à droite.

Cette action va créer un fichier gauche.jpgs ou droite.jpgs.

La création du fichier peut prendre du temps selon le nombre de photos à

intégrer.

Vos photos se placeront en premier sur la pile de photos dans le panneau de

gauche ou de droite.

NOTE

Il existe maintenant une option "Déconstruction" qui permet d’éclater les fichiers .jpgs de vos photos

personnelles.

ANNULER UNE PHOTO

Si une photo ne convient pas lors de la visualisation, la commande [Ctrl-Maj-] en mode étendu, écrit le nom

du fichier de la photo dans "dataout/photos.txt".

Repérer le nom du fichier tel qu'il figure dans le dossier "gauche" ; le supprimer du dossier "gauche", et refaire

"Action->Construction->Gauche".

Il va de même (droite au lieu de gauche) pour le panneau de droite...

FUSIONNER DES FICHIERS DE PHOTOS

Il est possible de fusionner deux dossiers de photographies personnelles (provenant de deux personnes

différentes)

Les photos à intégrer au format JPEG se trouvent

dans un dossier à l'extérieur du dossier "CleFlorex"

En mode étendu : menu Action / Intégration /

Gauche ou Droite

- sélectionnez avec votre souris le dossier contenant

les photos à intégrer,

- cliquez sur le bouton "Choisir répertoire"

Cette commande fera la fusion des fichiers et

copiera les photographies vers votre sous/dossier

"CleFlorex\gauche" ou "CleFlorex\droite".

NOTE :

N'oubliez pas de faire une sauvegarde de vos dossiers avant de lancer cette application.

- 39 -

AJOUT D'UN TEXTE 39

L'intégration des textes personnels.

Un seul fichier texte est utilisé comme point de départ pour la création d'un fichier "data.htms", fichier qui sera

pris en compte en tant que texte secondaire. Ceci est généré à partir du fichier texte en invoquant la commande

"Action->Construction->Texte" (mode étendu).

Le fichier texte, formulé en utilisant le jeu de caractères par défaut du système, doit respecter un format bien

défini. Pour chaque espèce souhaitée, une ligne distincte contenant uniquement le nom d'espèce est suivie

immédiatement par un ensemble de lignes contenant le texte secondaire désiré. Ce texte, écrit en utilisant un

HTML minimaliste, ne doit contenir aucune ligne vide. Si nécessaire, la commande HTML "<br>" de brisure de

ligne doit donc être utilisé. Chaque unité ainsi définie est séparée d'autres unités par au moins une ligne vide.

À titre d'exemple, un texte se trouve dans le sous-dossier "documentation/exemple" (exemple.txt pour Windows,

exemple-mac.txt pour OS-X ou Linux).

Si nécessaire, écrire "<b>mot</b>" pour "mot" en gras, ou bien "<i>mot</i>" pour le mettre en italique.

Pour éviter les erreurs d'orthographe dans le nom d'espèce, soit 'copier' 40 le nom du panneau de noms, soit

obtenir les noms de toutes les espèces marquées (avec ↑) en utilisant la commande "Fichier->Sauver". En cas de

non-reconnaissance d'une unité, le nom mal orthographié sera déposé dans "dataout/nomsinvalides".

En mode étendu,

menu Action / Construction / Texte

Choisir le nom de votre fichier.txt (ici : test exemple.txt)

Le texte s'affichera en texte secondaire.

39 extrait de CleFlorex/documentation/CleFlore.rft de Malcolm Bennett 40 Maj-Cliquer-Glisser pour copier

- 40 -

AJOUT DE DOCUMENTS SCANNES

Pour ce faire, les fichiers au format JPEG ou PNG numérotés doivent être déposés dans le dossier " notes" et la

commande "Action / Construction / Notes" exécutée.

Cette commande va créer un fichier "notes.imgs".

CleFlorex ouvre ce fichier à la place du fichier "notes.pngs" contenant les documents scannés fournis avec

l'application.

Afin de conserver ces documents scannés initiaux, il vous faudra recopier ces fichiers

- depuis le sous-dossier "CleFlorex\exemples\notes"

- vers le sous-dossier "CleFlorex\notes"

Et ceci avant de lancer la commande "Action / Construction / Notes"

Ce sont les fichiers

01.png

02.png

03.png

04.png

05.png

06.png

07.png

08.png

09.png

10.png

11.png

12.png

13.jpg

Vous pouvez donc numéroter vos fichiers à partir de 14.jpg, 15.jpg.

NOTES

- il peut y avoir des trous dans la numérotation,

- il est possible de copier dans le dossier "notes" des fichiers .jpg, et des fichiers .png,

- ne pas créer de doublons dans les chiffres.

Après la commande "Action / Construction / Notes", les documents scannés apparaîtront dans l'ordre des

numéros – commande (y).

NOTE IMPORTANTE !!!

Sauvegarde de l'information :

Les données personnelles contenues dans les dossiers “gauche”, “droite” et “notes” devraient

être sauvegardées.

Dans une version ultérieure, ces dossiers seront à l'extérieur du dossier CleFlorex.

- 41 -

Cas particuliers : VARIANTS (dans Coste uniquement)

Un variant est une plante qui a 2 ou 3 entrées dans Coste, chacune avec son index, croquis, texte , mais qui ne

correspond plus qu'à un seul taxon aujourd'hui.

Les 2 ou 3 n° de référence apparaissent en bas du panneau de texte à droite – celui qui est entre parenthèses est

affiché.

La touche (v) du clavier virtuel ou [v] du clavier physique permet de basculer entre ces entrées.

Ex : Campanula scheuchzeri subsp. lanceolata qui correspond dans Coste à

Campanula lanceolata & Campanula linifolia

- 42 -

Cas particulier : AGREGAT

Σ AGREGAT

(à) agrégat

Un agrégat est un nom latin scientifique qui n'a pas de taxon et qui correspond à plusieurs espèces.

Il n'a qu'un numéro nomenclatural.

Le nom est précédé de Σ

Ex [2] Σ Juncus communis

[2] Σ signifie que ce nom correspond à 2 plantes : Juncus conglomeratus et Juncus effusus.

Cliquez sur (à) du clavier virtuel pour basculer sur une liste de 2 éléments 41 : Juncus conglomeratus et Juncus

effusus.

Une étoile verte sur la barre d'informations indique l'existence d'un agrégat.

La touche (à) du clavier virtuel permet de basculer vers l'agrégat Juncus communis.

dans Bonnier, on peut voir :

41 ou sur [Entrée]

- 43 -

Cas particulier : CHANGEMENT DE NOM D'ESPECE

Δ INDIQUE UN CHANGEMENT DE NOM

Le signe Δ indique que le nom de la base Bdtfx est différent du nom de la base de données Bdnff4.

Exemple :

∆ Lysimachia tenella a changé de nom et s’appelait Anagallis tenella dans la Bdnff4

Une recherche sous l’ancien nom en tapant « Anagallis » dans - Recherche: [Bdnff4] (genre | nom binomial)

affichera Lysimachia arvensis f. parviflora Lysimachia arvensis subsp. arvensis

Lysimachia arvensis subsp. caerulea

Lysimachia tenella Lysimachia tyrrhenia

Lors d'une recherche, uniquement les noms ayant changé sont trouvés.

Note:

Un petit trait rouge à coté de la zone de recherche texte indique que la recherche a été faite sur la base de

données Bndff – attention ! la liste peut être une liste d'échantillons.

Pour la version Bndff4 (CleFlore2), le signe ∆ signifie que le nom a changé dans la Bdtfx.

Pour la version Bdtfx (CleFlore3), le signe ∆ indique que le nom a changé depuis la Bndff4.

- 44 -

Cas particulier : CHANGEMENT DE FAMILLE ( ) INDIQUE UN CHANGEMENT DE FAMILLE

Le signe () indique que la famille était différente dans la base de données Bdnff4 - la commande (w) ouvre une

boite donnant des informations diverses : auteur, taxref, nomenclature Bdnff4

Note :

Les informations contenues dans la boite sont parfois importantes – utiliser les flèches de droite pour tout

afficher

- 45 -

MENUS & PARAMETRAGES

Menu FICHIER

en mode normal

Ouvrir un fichier

Menu Fichier / Ouvrir [Ctrl-O]

Sélectionner le fichier désiré et cliquez sur "Ouvrir"

Le logiciel mémorise le dossier que vous avez ouvert la dernière fois.

Sauvegarder un fichier marqué

L'option est valide uniquement si des espèces ont été marquées.

Menu Fichier / Sauver

Vous pouvez choisir votre dossier.

Le logiciel mémorise le dossier où vous avez sauvegardé la dernière fois.

Menu Fichier / Base de données

n'est utilisé que pour l'installation de CleFlore

Menu Fichier / Quitter [Ctrl-Q]

pour sortir de CleFlore

En mode étendu

Paramétrage du mode apprendre

Menu Fichier / Séquence

en entrée (ordre du fichier ouvert par [Crl-O])

ordonnée (ordre du fac-similé choisi dans Fichier /Ordre)

aléatoire (à la journée) (même ordre aléatoire sur la journée pour le fichier ouvert par [Crl-O])

aléatoire (classique) (change l'ordre aléatoire à chaque fois)

Menu Fichier / Ordre

Bonnier & Layens

Coste

Flora Helvetica (2001)

Poinsot & Bonnier

(option visible si "ordonnée" est coché)

- 46 -

Menu Choix

en mode normal

Bascule entre mode normal & mode étendu Menu Choix / Etendre Choix / Réduire… [X]

Mode apprendre

Menu Choix / Apprendre Aide Clavier (affiche l'aide quand le curseur passe sur les touches du clavier virtuel)

Clavier tablette (les touches du clavier virtuel bas sont plus grandes) Flashcards (lance le mode apprendre)

Menu Choix / Ordre (option visible si "flashcards" est coché) Photo au début (photo sans le nom de la plante - pendant la durée du "flash ") Nom au début (nom sans la photo de la plante - pendant la durée du "flash")

Menu Choix / A la fin (option visible si "flashcards" est coché) Arrêter Répéter

Dialoguer (ouvre une boite de dialogue à la fin du cycle avec le choix "Répéter" ou "Arrêter").

Préférence affichage des panneaux

Menu Choix / Panneaux

Dessin (gauche) [t] Texte (droite) [T]

Tactile (activer ou désactiver le clavier virtuel)

Préférence couleurs

Menu Choix / Couleur >Texte >Arrière-plan

>Marquer

>Dichotomie

Paramétrage de formatage dans le texte de Coste (panneau de droite)

Menu Choix / Point-virgule

Choix du nom sur la 4e ligne du panneau nom

Menu Choix / Nom (4e ligne) Bdnff4

Flora Helvetica 42

Poinsot et Bonnier 43 Néant

Paramétrage de l'index (index apparaissant sur la barre d'informations)

Menu Choix / Index

>Primaire Coste

Flora Helvetica

Néant >Secondaire

Coste

Flora Helvetica Néant

Présence

Menu Choix / Présence Drôme

Haute Savoie

Hautes Alpes Isère

42 utile si on a le livre (Flora Helvetica 2001) 43 utile si on a le livre

- 47 -

Savoie

Néant (paramétrable)

Protection

Menu Choix / Protection Ain

Corse Drome

Haute Savoie

Hautes Alpes Isère

Languedoc Roussillon

Loire Paca

Rhône Alpes

Néant (paramétrable)

Périmètre

Menu Choix / Périmètre Drôme Haute Savoie

Hautes Alpes

Isère Savoie

Néant (paramétrable)

Menu Action

Ne s'affiche qu'en mode étendu

Marquer des espèces

Menu Action / Liste courante >Marquer [non-étendu]

>Marquer [tous] >Démarquer [tous]

Menu Action / Partout >Marqués Pile

>Démarquer [tous]

Changer l'espèce en entrée à l'ouverture de CleFlore

Se positionner sur l'espèce choisie

Choisir menu Action / Espèce en entrée

Permet de remplacer l'espèce en entrée par votre plante favorite.

Ajout de photos, de texte et de notes

Menu Action / Construction >Gauche (ajouts de photos – panneau de gauche)

>Droite (ajouts de photos – panneau de droite) >Texte (ajouts de texte personnel) >Notes (ajouts de documents scannés)

Fusion de fichiers photos

Menu Action / Intégration >Gauche (fusion panneau de gauche)

>Droite (fusion panneau de droite)

Eclatement des fichiers de photos personnelles

Menu Action / Déconstruction >Gauche (fichier photos du panneau de gauche)

- 48 -

>Droite (fichier photos du panneau de droite)

Paramètres de l'apprentissage en mode "flashcards"

Menu Action / délai flash

Modifie la durée du cycle (temps pour passer d'une espèce à une autre) en déplaçant le curseur de la réglette

en bas de l'écran.

&

Menu Action / durée d'un cycle

Modifie la durée de "flash" (temps pour répondre) en déplaçant le curseur de la réglette en bas de l'écran.

Menu Action / Réactiver (uniquement sur Linux)

Action sur la reprise du focus.

Menu Aide

Menu Aide / Aperçu

Aide sommaire de CleFlorex

Menu Aide / Clavier

Raccourcis clavier

Menu Aide / Log

Contenu du "log" [Ctrl-L]

Menu Aide / Version

Informations sur la version de CleFlore & mention de l'emplacement du fichier

"CleFlorexProperties"

Menu Aide / Mentions

Reconnaissances

Menu Aide / Copyright

Droits d'auteur

Menu Aide / Contact

site et adresse email

- 49 -

NOTES SUR LES PARAMETRAGES DU MODE APPRENDRE

En mode normal

Lancer l'application par :

Menu Choix / Apprendre

et cocher "Flashcards".

Choisir d'afficher la photo ou le nom au début du cycle :

Menu / Choix : Photo au début / Nom au début

Choisir comment finir :

Menu / Choix / A la fin

En mode étendu

Choisir l'ordre de déroulement du mode apprendre :

(Valable uniquement pour un fichier ouvert par [Ctrl-O] ou Fichier/Ouvrir)

Menu Fichier / Séquence

&

Menu Fichier / Ordre

Définir le délai du "flash" et la durée du cycle

Menu Action / Délai "flash" / durée du cycle

NOTES SUR LE CHOIX DES DEPARTEMENTS DANS "PRESENCE" &

"PERIMETRE"

Il est possible de rajouter des départements dans le Menu – Choix / Présence ou Choix /Périmètre

Pour rajouter des départements au menu existant, copier les départements depuis le dossier "base-presence" vers

le dossier "presence" pour les informations sur la "Présence" & vers le dossier "scopes" pour le filtre

"Périmètre".

Pour la protection, les fichiers sont à copier de 'base-protection' vers le répertoire 'protection'.

Attention : ne pas toucher au dossier "base-protection" qui contient une liste des taxons présents selon les

données de l'INPN (Institut National du Patrimoine Naturel)….

Les informations sur la protection sont valables sur le plan national, régional et départemental (pour les lois,

mais pas pour les arrêtés préfectoraux). 44

44 Voir CleFlore.doc (§12 En vrac) dans le dossier "documentation".

Pour la législation de portée nationale, régionale et départementale, voir: http://inpn.mnhn.fr/accueil/recherche-

de-donnees/reglementation

- 50 -

QUELQUES FICHIERS DE CLEFLORE

bdrawings.pngs = petits dessins de Bonnier affichés en passant le curseur sur les losanges bleus, dans la

détermination dichotomique Bonnier & Layens (CleFlore de Tela Botanica) [d]

bonnier.pngs = fac-similé Bonnier & Layens

coste.pngs = fac-similé Coste

drawings.pngs = dessins de Coste –panneau de gauche

engraving.jpgs = peintures d'un livre allemand [p] + la carte de France [x]

flore.htms = texte secondaire (Botaflor)

glossary.pngs = les 2 glossaires de Coste et de Bonnier [h]

idroite.jpgs = photos de droite

igauche.jpgs = photos de gauche

inform.htms = informations [w]

notes.pngs = documents scannés

plates.jpgs = planches Poinsot & Bonnier [P]

texte.htms = texte de Coste – panneau de droite

base-presence = liste des présences dans les départements

presence = départements apparaissant dans le menu Choix / Présence

base-protection = liste de départements ou régions

protection = départements ou régions apparaissant dans le menu Choix / Protection

scopes = départements apparaissant dans le menu Choix / Périmètre

Fichiers personnels soit dans le dossier "dataout", soit dans un dossier personnel, soit dans le dossier CleFlorex.

data.htms = textes personnels

defaut.txt = éléments marqués à la sortie (dossier "dataout")

droite.jpgs = photos personnelles de droite

gauche.jpgs = photos personnelles de gauche

invalides.txt (dossier "dataout") = espèces non reconnues dans une liste d'espèce à l'ouverture d'une liste par

[Ctrl-O] ou par le menu Fichier / Ouvrir

notes.imgs = documents scannés

photos.txt = noms des fichiers photos marqués pour l'élimination (dossier "dataout")

remarques.htlm = le log (dossier "dataout")

XXXX.txt = fichier créé par Fichier / Sauver (dans le dossier de son choix)

CleFlorexProperties=les propriétés

NOTE

Le menu Aide / Version affiche l'emplacement du fichier "CleFlorexProperties".

Ce fichier contient la façon dont CleFlorex a été utilisé la dernière fois, par exemple les préférences photos ou

texte, la position sur l'écran...

Pour retrouver les paramètres par défaut, supprimez le fichier " CleFlorexProperties" qui sera recréé

automatiquement à la prochaine ouverture de CleFlorex.

- 51 -

AIDE SPECIFIQUE A LA DETERMINATION DICHOTOMIQUE

de Bonnier et Layens 45 - commande [d] [D] Les données sont de la version "Pda Bonnier 1.0" (avec corrections et homogénéisation spécifiques à cette version) ; il reste certainement quelques erreurs. En cas de doute sur la transformation des noms d'espèces vers leurs équivalents modernes, ces noms sont coloriés en vert.

Sans clavier, l'utilisation devrait être intuitive. Seules exceptions pour le retour arrière: 'Clic-droit' ou 'Maj.-Clic-unique', et pour la mise de

l'espèce sur la pile de CleFlore: 'Clic-centre' ou 'Ctrl.-Clic-unique'.

Commandes clavier

Pour ouvrir et fermer l'index arborescent: 'Tabulation'.

Retour vers l'écran principal: 'c', 'q', 'Entrée' ou 'Échap'.

Défiler: flèches Page-↑ et Page-↓.

Quitter l'application: 'Ctrl-Q'.

Spécifique à l'index

- Expansion ou compression d'un nœud: 'Entrée'.

- Expansion d'un nœud: →.

- Compression d'un nœud: ←.

- Fermeture de l'arborescence (sur une feuille): 'Entrée'.

- Saut vers le premier nœud commençant par une lettre: lettre

soit minuscule soit majuscule.

(permet aussi la circulation entre chacun de ces nœuds).

- navigation: flèches ↑ et ↓.

Spécifique à l'écran principal:

- Aide: '?'.

- Les caractères: &, é, ", ', (, - pour naviguer

(chiffres sans majuscule).

- Les chiffres (1..9, 0) remontent vers un parent.

- Rotation des étiquettes en cas de multiples parents: 'r'

('R' en sens inverse).

- Monter vers le parent dont l'étiquette est visualisée: ↑.

- Tableau général: 'Début'.

- Historique simple: flèches ← et →.

- Historique (précédent): Entrée.

- Historique des marques: flèches Ctrl-← et Ctrl-→.

- Premier écran de l'historique: Maj.-←.

- Dernier écran de l'historique: Maj.-→.

- Famille: 'f'.

- Genre: 'g'.

- Déposer ou enlever une marque: 'espace'.

- Circuler autour de plusieurs panneaux nécessitant

un 'défilement': 's' ('S' en sens inverse).

Spécifique à la version integrée sous CleFlore:

- Saut vers CleFlore: 'd'

- Montrer la page courante (édition 1909): 'b'

- Si possible, mise sur la pile de CleFlore (famille ou espèce) ; retour vers CleFlore: 'm'

Spécifique à la page espèce:

- Retour vers l'écran principal: &, é, ", ', (, - .

- Les chiffres (1..3) remontent vers un parent.

- Monter vers le parent dont l'étiquette est visualisée: ↑.

Spécifique à la version integrée sous CleFlore:

- Saut vers CleFlore: 'd'

- Mise de l'espèce sur la pile de CleFlore; retour vers CleFlore: 'm'

45 Extrait de CleFlorex/documentation/determination-aide.html de Malcolm Bennett

- 52 -

AIDE - UTILISATION DES TOUCHES DU CLAVIER 46

Utilisation des touches du clavier (sauf ceux en combinaison avec 'Ctrl') [hors fac-similé]:

b : 'Bonnier et Layens' (vers fac-similé)

B : Tableau général 'Bonnier et Layens' (vers fac-similé)

c : 'Coste' (vers fac-similé)

C : Tableau général 'Coste' (vers fac-similé)

d : Détermination dichotomique 'Bonnier et Layens' (vers CleFloreTD)

D : Tableau général de la dichotomie 'Bonnier et Layens' (vers CleFloreTD)

e : Enlever la limitation à un groupe phytosociologique (voir 'E' et ctrl-E)

E : Limiter la visibilité de la base de données au groupe phytosociologique auquel appartient l'espèce

courante [Environnement]

f : Famille : un échantillon de chaque genre est mis sur la pile

F : Toutes les espèces de la famille sont mises sur la pile

g : Genre : chaque espèce dans le genre est mise sur la pile

h : Glossaire (vers fac-similé) [Help]

i : Ouvrir le panneau de recherche par texte

I : Ouvrir le panneau de recherche par chiffre pour insérer un numéro d'index (primaire) ; pour les taxons,

faire précéder le numéro par '0'

k : Copyright sur panneau gauche

K : Copyright sur panneau droit

l : Enregistrement d'un commentaire (dans "dataout/remarques.html") [Log]

m : Mettre toutes les espèces marquées sur la pile, enlever le marquage

: Ordre : un échantillon de chaque famille est mis sur la pile

p : Peinture ou gravure (vers fac-similé) [Peinture]

P : Planches (vers fac-similé)

r : Mettre la liste en ordre aléatoire en mode apprentissage (mode "flashcards" uniquement) [Random]

s : Enlever la limitation à un périmètre (voir 'S')

S : Limiter la visibilité de la base de données à un périmètre défini (Choix->Périmètre) [Scope]

t : Basculement global (reste valable même en changement de l'espèce) entre textes et photos dans le

panneau de gauche

T : Basculement (global) entre textes et photos dans le panneau de droite

v : Basculer entre les variants de Coste (indication en bas du panneau texte de Coste)

w : Montrer l'auteur (autorité) associé à l'espèce, et éventuellement d'autres informations (nom Bdtfx1.01

…)

x : Carte de distribution (chorologie)

X : Basculer entre les modes étendus et normaux

y : Scans de documents divers (vers fac-similé)

z : Basculement temporaire vers photo sur panneau à gauche ; rotation des photos si déjà en mode photo [z-

ordre]

Z : Identique à 'z', mais rotation -ve

Operations spécifiques au clavier PC:

: Basculement temporaire vers photo sur panneau à droite ; rotation +ve des photos si déjà en mode

photo

µ (souvent Maj-*): Identique à '*', mais rotation -ve

! : Basculement temporaire entre modes photo et dessin dans le panneau de gauche

Touche 'Menu' : Identique à '!' ci-dessus

Opérations spécifiques au clavier Mac:

` : Basculement temporaire vers photo sur panneau à droite ; rotation +ve des photos si déjà en

mode photo

£ (Maj-`): Identique à '`', mais rotation -ve

= : Basculement temporaire entre modes photo et dessin dans le panneau de gauche

46 Extrait de CleFlorex/documentation/cleflore-clavier.html de Malcolm Bennett

- 53 -

" : Enregistrement de l'espèce (heure, taxon et nom) (dans "dataout/remarques.html")

'Échap.' suivi par une lettre : Recherche rapide dans une liste

& : Menu d'intégration de photographies (mode "étendu" uniquement)

à : Mettre les composants d'un agrégat (nom collectif) sur la pile, ou mettre l'agrégat d'un composant sur la

pile

Entrée : Élargir un échantillon (ou un agrégat) en mettant tous ses composants sur la pile. Basculement

temporaire vers mode texte ou entre texte principal (Coste) et texte secondaire

Fin : Démarrer ou arrêter un déroulement automatique (mode "flashcards" uniquement)

↑ : Marquer l'espèce courante ou enlever la marque

↓ : Descendre un niveau dans la pile (voir aussi 'Ctrl-Z')

← : Précédent sur la liste

→ : Suivant sur la liste

Page-↑(⇞ ) et Page-↓(⇟ ) : Scroller le panneau des noms

Utilisation des touches du clavier (avec Maj.) [hors fac-similé]:

Lettres : voir ci-dessus

Entrée : Sans élargir l'échantillon, basculement temporaire vers mode texte ou basculement entre texte

principal (Coste) et texte secondaire

↑ ou ↓ : Scroll le panneau des noms

← : Premiér élément de la liste

→ : Dernier élément de la liste

Utilisation des touches du clavier (avec Ctrl) [hors fac-similé]:

B : Utilisation du genre (nomenclature moderne) pour entrer dans 'Bonnier et Layens' (fac-similé)

C : Utilisation du genre (nomenclature moderne) pour entrer dans 'Coste' (fac-similé)

D : Utilisation du genre (nomenclature moderne) pour entrer dans la dichotomie 'Bonnier et Layens'

E : Limiter la visibilité de la base de données à un groupe phytosociologique réduit auquel appartient

l'espèce courante [Environnement]

L : Visualiser le fichier "dataout/remarques.html" [Log]

M : Mettre toutes les espèces marquées sur la pile, sans perdre les marques

: Ouvrir une liste (en perdant toute la pile)

P : Utilisation du genre (nomenclature moderne) pour entrer dans les Planches (fac-similé)

Q : Quitter l'application

Z : Monter dans la pile

↑ ou ↓ : Scroll le panneau de texte

Utilisation des touches du clavier (avec Maj. ET Ctrl) [hors fac-similé]:

B : Saut vers Bonnier (fac-similé) (dernière position utilisée)

C : Saut vers Coste (fac-similé) (dernière position utilisée)

D : Saut vers CleFloreTD (dernière position utilisée)

P : Saut vers les Planches (dernière position utilisée)

↓ : Vider la pile (il ne restera que la liste initiale)

← : Marquer une photo à gauche (mode "étendu" uniquement)

→ : Marquer une photo à droite (mode "étendu" uniquement)

Dans les panneaux de recherche (insertion de texte en bas à droite, ou chiffres en bas à gauche):

↑ et ↓ : Circuler entre les options de recherche (uniquement insertion de texte)

Entrée : Lancer la recherche

Insérer, Ctrl-V : Coller

Commandes 'emacs' avec ctrl indiquées ci-dessous

Quelques commandes 'emacs' sont disponibles

Ctrl-G : Avorter la demande d'insertion

Ctrl-A, Ctrl-B, Ctrl-F, Ctrl-E : Mouvement

Ctrl-N et Ctrl-P : Navigation dans l'historique

Ctrl-D : Effacement en avant

- 54 -

Utilisation des Boutons de la souris:

Panneau de gauche:

gauche: Clavier virtuel (sauf mode "flashcards")

gauche: Marquer l'espèce (mode "flashcards" uniquement)

Ctrl-gauche: Vers CleFloreTD

droite: Basculer photo/dessin

Panneau de droite:

gauche: Clavier virtuel

Maj-gauche: Utilisé pour 'copier' du texte

Ctrl-gauche: Vers CleFloreTD

droite: Basculer texte/photo

Panneaux en haut à droite:

gauche: Clavier virtuel

Maj-gauche: Utilisé pour 'copier' du texte'

Panneaux d'insertion:

gauche: Ouvrir le panneau

Dans les panneaux d'insertion:

centre: 'Coller'

Fac-similé:

gauche: Clavier virtuel

En mode fac-similé d'un livre de détermination ou de planches:

[hors fac-similé des peintures/gravures]

b : Si le fac-similé est 'Bonnier et Layens', alors quitter le mode. Sinon, passage vers le fac-similé de

'Bonnier et Layens'

c : Si le fac-similé est 'Coste', alors quitter le mode. Sinon, passage vers le fac-similé de 'Coste'

d : Passage vers la détermination dichotomique (CleFloreTD)

e : Commande d'insertion d'un numéro d'espèce"Coste"

f : Commande d'insertion d'un numéro de famille "Coste"

g : Commande d'insertion d'un numéro de genre "Coste"

h : Glossaire (de Bonnier si fac-similé Bonnier; autrement de Coste)

i : Commande d'insertion d'un numéro de page (NB: pour la page 36 du volume 3 de Coste, utilisez le

numéro 3036)

k : Copyright

m : Mise sur pile de la page courante; quitter le mode

: Commande d'insertion d'un numéro d'"ordre" (Bonnier, Coste)

p : Si le fac-similé est 'Planches', alors quitter le mode. Sinon, passage vers le fac-similé de 'Planches'

q : Quitter le mode

r : Rotation (sauf Bonnier et Layens)

x : Rappel du nom recherché

y : Si le fac-similé est d'un document, alors quitter le mode. Sinon, passage vers les fac-similés des

documents scannés

'Échap.' suivi par une lettre: dans glossaire uniquement: recherche rapide

Espace : Déposer ou enlever une marque de navigation

Entrée : Quitter le mode

←, →, Page-↑(⇞ ) et Page-↓(⇟ ) : Changement de page

↑ et ↓ : Pleine page : changement de page ; page scrollable : scroll

Ctrl-Maj-↑ : Scroll très doucement

Ctrl-←, Ctrl-→ : Historique de navigation

Ctrl-↑ : Naviguer vers le 'tableau général'

Ctrl-↓ : Réactualisation du dernier noeud de navigation

Ctrl-M : Mise sur pile si noeud de genre ou de famille; quitter le mode

- 55 -

BARRE D'INFORMATIONS

- 56 -