Réaliser une application Web sémantique grâce à l’outil VIVO - Cas pratique de LOP Inra
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VIVO pour une application Web sémantique Linked Open Publications (LOP) Esther Dzalé Yeumo Thomas Francart
description
Le but de cette présentation est de faire découvrir les plateformes Vitro et VIVO développées par l’université de Cornell. Vitro est une plate-forme d’édition, de navigation, de recherche et de publication de données en RDF. Son interface permet de modifier à la fois l’ontologie et les instances, et peut être customisé (pour la présentation ou la recherche). VIVO quant à lui est une adaptation particulière de Vitro pour les acteurs de la recherche scientifique. À l’Inra, nous avons utilisé VIVO pour proposer une version sémantique des publications scientifiques de l’Inra contenues dans l’archive institutionnelle Prodinra. Le résultat offre des fonctions de recherche/découverte/visualisation des acteurs de la recherche (personnes, structures), de leurs activités et productions, ainsi que des événements auxquels ils participent. Le projet a consisté en une migration des données de ProdInra vers VIVO, un chargement des données dans VIVO, une customisation de l’ontologie utilisée par VIVO ainsi que des templates d’affichage des données.
Transcript of Réaliser une application Web sémantique grâce à l’outil VIVO - Cas pratique de LOP Inra
VIVO pour une application Web sémantique
Linked Open Publications (LOP)
Esther Dzalé Yeumo Thomas Francart
Objectifs du projet LOP
Objectifs
• Objectif 1 : mettre à disposition le contenu de la base des publications de l’Inra dans le Web de données
Objectifs
• Objectif 2 : lier le contenu de la base des publications à d’autres référentiels Inra décrivant la recherche – Structures de recherche (centres, départements,
unités, etc.)
– Activités de recherche
– Personnes
– Champs thématiques
Objectifs
• Objectif 3 : utiliser les technologies du text-mining pour annoter le contenu et mettre le résultat dans le Web de données – Lier les contenus Inra à des vocabulaires de référence
dans nos domaines (Agrovoc, Gene Ontology, etc.)
– Lier les contenus de l’Inra à des sources de données variées (banques de données génomiques et génétiques, etc.)
– Offrir des fonctions de recherche, de visualisation et d’analyse intelligentes
Choix de VIVO
Pourquoi VIVO
• VIVO nous permet de répondre rapidement aux objectifs 1 et 2 – Intégration et mise à disposition d’informations
actualisées, pertinentes et précises sur les personnes, les structures, leurs activités et leurs réalisations
• VIVO offre des fonctions de recherche et de visualisation clé en main intéressantes
Intégration des données et mise à disposition dans le Web de données
Customisation de l’interface VIVO
Chargement des données dans VIVO
Rapprochement vers des référentiels externes
Transformation au format RDF
Récupération des données à partir des référentiels Inra
Annotation sémantique des contenus
Cust
omis
atio
n de
l’on
tolo
gie
Itér
atio
ns s
ucce
ssiv
es
Résultats
Résultats
• Résultat 1 : synthèse d’informations pertinentes et actualisées sur les personnes (agents Inra), les structures Inra, leurs activités et leurs productions – Mise en réseau de données de « silos » différents
Résultats
• Résultat 2 : identification rapide/facile des experts d’un domaine
Champ thématique Structures/Personnes Map Of Science
Temporal graph
Disciplines dans lesquelles la
structure/personne publie, sur la base des publications
chargées dans VIVO
Comparaison graphique de la prodution des structures et
des personnes
Limites, difficultés
Limites, difficultés • Mise à jour des informations
– Modifications faites par les personnes via l’interface de VIVO vs mises à jour (semi)automatiques à partir des sources
– Doublons avec les mêmes URIs lors de chargements successifs
• Solution de contournement: réinitialisation de la base de données + reconfiguration de l’interface Web à chaque chargement
• Solution à moyen terme: chargement des données dans un triple store Sesame
• Performances : ralentissements observés pour • Le chargement des données via l’interface • La génération des graphiques
VIVO / VITRO
“Plateforme web sémantique et open-source de publication et de découverte
de chercheurs et de leurs travaux de recherche”
Un peu de background
• Cornell University, 2009, puis University of Florida – Suite d’autres projets de publications à Cornell depuis
2003
• Portail officiel (liens vers les déploiements VIVO) – http://vivoweb.org
• WIKI et documentation – https://wiki.duraspace.org/display/VIVO/VIVO
• Introduction – https://wiki.duraspace.org/display/VIVO/Introduction
+to+VIVO+2014+Workshop
(ORCID)
VITRO • Plate-forme « nue » de
recherche, navigation, édition, publication de données RDF
• 90% du code de VIVO
• Permet d’éditer son ontologie et ses données pour prototyper des applications
VIVO • Customisation de VITRO
• Ontologie • Templates de pages
(regroupement, ordre des propriétés)
• Menus de navigation • Visualisations
foaf (personnes, organisations)
bibo (publications)
Skos (classifications)
event
vcard
vivo relationships
Gestion de l’ordre des auteurs
Gestion des personnes inconnues
Extension de l’ontologie
Conserver à la fois la sémantique riche des données et les
fonctionnalités de l’application
.029
A use case of ontology adaptation: the Vivo Ontology adapted to the INRA 25/ 09/ 2014
1st European Ontology Network (EUON) Workshop, Amsterdam, The Netherlands 25 / 09 / 2014
Agent
Organization
Division
Private Sector Actor
Local Government
Specialized Public Institution
Research Center
Research Department
Ministry or Parliament
International Organization
INRA Unit
Experimental Unit
Research Support Unit
Research Unit
Service Unit
Person INRA Staff
Other Person
European Organization
Authorship Information Resource has authorship to an
Geopolitical Entity
Subject Area
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Dataset
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Research Report Vision Document
Contract of Agreed Objectives
Directoriales Report
Activity Report
Self Assessment Report
Situation Report
Charter Guide Booklet Quality Plan Certification
Audit Report
Website
Database
Terminology
Ontology
FOAF
VIVINRA VIVO core BIBO
Event
Other Relation Subtype Relation
.030
A use case of ontology adaptation: the Vivo Ontology adapted to the INRA 25/ 09/ 2014
1st European Ontology Network (EUON) Workshop, Amsterdam, The Netherlands 25 / 09 / 2014
Agent
Organization
Division
Private Sector Actor
Local Government
Specialized Public Institution
Research Center
Research Department
Ministry or Parliament
International Organization
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Experimental Unit
Research Support Unit
Research Unit
Service Unit
Person INRA Staff
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Congress
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Summer School
Exposition
Forum Working Meeting
Open House Event
Study Day
Trade Exhibition
Symposium
Seminar
Round Table
Periodical Journal
Published in
FOAF
VIVINRA VIVO core BIBO
Event
Other Relation Subtype Relation
vivosearch.org • Portail de recherche fédérée sur les données provenant de
plusieurs déploiements VIVO • Possible seulement grâce à des données ouvertes et connectées
Merci!
• Contributeurs au projet – Andro Mathieu – Aubin Sophie – Aventurier Pascal – Cocaud Sylvie – Dedet Fanny – Dzalé Yeumo Esther – Francart Thomas – Lehenaff Diane – Li Linlu – Mader Claudine
