rapport au 80708 - Ifremer · Zambonino José C (HDR) Brest Pouvreau Stéphane C Argenton Robert...

Département Physiologie Fonctionnelle des Organismes Marins Juin 2008

Rapport d’activité 2007

Oeufs de thon rouge

Photo Aldo Corriero

Sommaire 1 Introduction..................................................................................................................... 3

1.1 Présentation du Département ................................................................................................ 3 1.2 Bilan et faits marquants de l’année........................................................................................ 5

2 Moyens et effectifs........................................................................................................... 8 2.1 Personnels IFREMER ............................................................................................................ 8 2.2 Mouvement de personnel..................................................................................................... 10 2.3 Formations reçues................................................................................................................ 10 2.4 Nouveaux diplômes des personnels permanents ................................................................ 10 2.5 Doctorants ............................................................................................................................ 11 2.6 Stagiaires ............................................................................................................................. 12 2.7 Personnels titulaires d’un contrat à durée déterminée, dont post-doctorants Ifremer ......... 13 2.8 Post-doctorants étrangers.................................................................................................... 13 2.9 Echanges de Chercheurs, Ingénieurs ou Techniciens avec les laboratoires extérieurs ..... 14 2.10 Missions à l’étranger ............................................................................................................ 15 2.11 Formations données ............................................................................................................ 16

3 Résultats obtenus en 2007 ............................................................................................ 17 3.1 Nutrition et développement des poissons ............................................................................ 17 3.2 Remplacement des huiles et farines de poisson dans l’alimentation des poissons ............ 22 3.3 Bien-être du poisson ............................................................................................................ 26 3.4 Projet SoleBemol.................................................................................................................. 27 3.5 Physiologie des mollusques marins: du gène à l’organisme ............................................... 28 3.6 Ecophysiologie des mollusques marins: de l’organisme à l’écosystème............................. 33

4 Perspectives 2008 .......................................................................................................... 40 4.1 Evolution du personnel et des laboratoires.......................................................................... 40 4.2 Projets de recherche pour l’année 2008 .............................................................................. 40

5 Publications ................................................................................................................... 43 5.1 Publications dans revues à comité de lecture...................................................................... 43 5.2 Publications sans comité de lecture..................................................................................... 45 5.3 Articles dans ouvrages......................................................................................................... 45 5.4 Communications dans colloques avec actes de colloques.................................................. 46 5.5 Communications sans actes ................................................................................................ 47 5.6 Rapports de contrats CEE, FAO, privés .............................................................................. 49 5.7 Thèses.................................................................................................................................. 49 5.8 Activité de diffusion des connaissances .............................................................................. 50 5.9 Mémoires d’étudiants ........................................................................................................... 50 5.10 Colloques et séminaires organisés par un membre de l’unité ............................................. 51 5.11 Activité de diffusion de connaissance .................................................................................. 51 5.12 Participation à des conseils nationaux et internationaux à caractère scientifique ou

technique.............................................................................................................................. 51 5.13 Activité de soutien aux laboratoires et services de l’Ifremer................................................ 51 5.14 Activité de reviewing pour des revues scientifiques ou techniques ..................................... 51

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Rapport d’activités, année 2007

1 Introduction

1.1 Présentation du Département Le département Physiologie Fonctionnelle des Organismes Marins a été créé le 1er janvier 2005. Il est composé de deux laboratoires :

– Le laboratoire Adaptation Reproduction et Nutrition des poissons. Dans le cadre de l’UMR 1067 NUAGE, ce laboratoire est associé aux équipes de l’INRA de St Pée sur Nivelle et du Laboratoire Génomique et Physiologie des Poissons de l’Université Bordeaux 1. Cette UMR existe depuis 1993.

– Le laboratoire de Physiologie des Invertébrés, constitué en UMR (PE2M) en association avec le laboratoire de Biologie et Biotechnologies Marines de l’Université de Caen. L’UMR 100 existe depuis 2004.

Le département est composé de 42 permanents et accueillait en 2007 13 doctorants et post-doctorants et une dizaine de stagiaires. Il regroupe des compétences en physiologie, zootechnie, nutrition, biochimie, biologie moléculaire, génomique, microbiologie. En plus du partenariat fort des UMR, des collaborations avec différentes universités européennes sont effectives dans de nombreuses disciplines, notamment en nutrition. Les compétences en biologie moléculaire et génomique, qu’il est indispensable de renforcer, sont développées dans un partenariat avec l’INRA et la participation au REX Marine Genomic Europe.

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Département Physiologie Fonctionnelle des Organismes Marins

Responsable département: Chantal Cahu (HDR)

Secrétaire Département: Yvette Cassou

Laboratoire ARN Laboratoire LPI Buchet Vincent RL Brest Nicolas Jean-Louis RL (HDR) Brest Cassou Yvette S Brest Loiseau Véronique S Brest Darias-Caceres Maria Post-D Brest Alunno-Bruschia M. C Brest Gatesoupe Joël C (HDR) Brest Boudry Pierre C (HDR) Brest Gouillou-Coustans Marie- Françoise C Brest Corporeau Charlotte C Brest Mazurais David C Brest Daniel Jean-Yves I Brest Omnes Marie Hélène C Brest Fabioux Caroline Post-D Brest Person Jeannine C (HDR) Brest Huvet Arnaud C Brest Robin Jean C (HDR) Brest Le Coz Jean René I Brest Santigosa I Culi Ester Post D Brest MoaL Jeanne C Brest Suquet Marc C Argenton Petton Bruno I ArgentonZambonino José C (HDR) Brest Pouvreau Stéphane C Argenton Robert René C (HDR) Argenton Seguineau Catherine C Brest Desbruyeres Elisabeth T Brest Bizouarn Yvon T Détaché Gastineau Olivier T – CDD Brest Garnier Mathieu T Brest Hervy Magali T – CDD Brest Le Souchu Pierrick T ArgentonHuelvan Christine T Brest Lebrun Luc T ArgentonLe Bayon Nicolas T Brest Miner Philippe T Brest Le Delliou Hervé T Brest Mingant Christian T ArgentonLe Gall Marie Madeleine T Brest Quillien Virgil T Brest Quazuguel Patrick T Brest Queau Isabelle T Brest Ramage Yannick T – CDD Brest Quere Claudie T Brest Severe Armelle T Brest De Paula e Silva Flavia D Brest Azandegbe Afi D Brest Geay Florian D Brest Ben Kheder Rym D ArgentonRaguenes Morgane D Brest Bourles Yves D ArgentonVagner Marie D Brest Fleury Elodie D Brest Frouel Stéphane D Brest Rico Villa Benjamin D Argenton RL: responsable laboratoire, S: secrétaire, C: Chercheur, I: Ingénieur, T: technicien, D: Doctorant, Post-D: post-doctorant, HDR: Habilité à diriger des Recherches

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1.2 Bilan et faits marquants de l’année

Personnel et excellence scientifique Jean-François Samain est parti en retraite en 2007 après avoir finalisé le défi MOREST, notamment avec l’édition d’un ouvrage (Editions QUAE) en français et en anglais.

Le département s’est renforcé de 3 chercheurs. Deux chercheurs sont arrivés en septembre en mobilité interne, Pierre Boudry effectuant des recherches à l’interface de la physiologie et la génétique sur les huîtres, et Marianne Alunno Bruscia, qui renforce la thématique en écophysiologie et bioénergétique des espèces aquacoles (DEB). Par ailleurs, Charlotte Corporeau a été recrutée pour développer des approches post-génomiques, dans un premier temps afin de comprendre les mécanismes de reproduction chez les mollusques.

Le département comprend actuellement 18 chercheurs dont 8 avec HDR, et plusieurs sont prévues à court terme. Le nombre de publications dans des revues à comité de lecture est de 32 en 2007 (24 en 2006) pour le département, dans des revues d’un impact factor de 1,0 à 4,0.

En décembre 2007, le point H moyen pour l’ensemble des chercheurs du département était de 13, allant jusqu’à 21, le nombre moyen de citations par chercheur de 504 (410 en 2006), allant jusqu’à 1034.

Quatre thèses réalisées dans le département ont été soutenues cette année: Universités de Rennes, Caen, Brest et Nantes ! (voir liste des publications). Le nombre de HDR n’est donc pas le facteur limitant de l’encadrement des doctorants, le facteur limitant étant l’accès aux financements post-doctoraux.

Evolution des axes de recherche Le but du département est de développer des connaissances sur les grandes fonctions physiologiques des poissons et des mollusques, en prenant comme modèle les deux espèces les plus élevées en France, le bar Dicentrarchus labrax et l’huître Crassostrea gigas.

Après avoir activement contribué au développement de ressources de génomique (banque à ADNc, puce à ADN, séquençage, bases de données de séquences) chez ces deux espèces dans le cadre des projets européen Aquafirst et dans le consortium européen Marine Genomics, les équipes du département ont pu mettre en oeuvre des approches d’analyses transcriptomiques basées sur l’hybridation de puces à ADNc sur deux problématiques: 1- recherche du déterminisme moléculaire à l’origine de la survie estivale chez l’huître creuse; 2- mise en évidence des gènes clés, et des processus dans lesquels ils sont associés, impliqués dans l’ontogenèse larvaire chez le bar.

Un grand effort a été déployé cette année pour élargir nos recherches à d’autres espèces qui apparaissent comme des modèles biologiques intéressants et en outre, permettent d’étendre des collaborations dans un cadre européen ou international. Il s’agit par exemple du mulet (collaboration avec la Tunisie), du wolffish (collaboration avec le Canada), du thon (projet européen) de l’huître plate (projet européen), de la coquille st-Jacques, la sole (projet ANR).

Les connaissances générées peuvent aussi bien être utilisées dans des buts d’aquaculture, de gestion halieutique, ou de préservation de la biodiversité. En 2007, les recherches du département étaient rattachées aux deux programmes du thème 3: « Durabilité des systèmes de production » et « Qualité des procédés et des produits » et en partie au thème 2, projet « Devenir et effet des contaminants sur les populations ».

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Projets nouveaux Le département s’investit largement dans l’animation de l’axe 1 du GIS Europole Mer (C. Cahu coordinatrice) et a déposé 3 projets en réponse au premier appel d’offre dont deux ont été financés. http://www.europolemer.eu/.

Le projet Européen SETTLE, « Bivalve conditionning and settlement- Keys to competitive hatchery production » sur l’amélioration de la production de naissain d’huître plate et de coquille st-Jacques a été financé (R. Robert).

Le projet Européen SELFDOTT, “From captured-based to self sustained aquaculture and domestication of bluefin tuna, Thunnus thynnus production” pour l’étude de la reproduction, du développement larvaire et de la nutrition du thon rouge a été également financé, les partenaires Ifremer étant les départements BOME et PFOM.

Le projet National VELYGER, sur la variabilité de recrutement de l’huître creuse, soutenu par le comité national de la conchyliculture est finalisé pour dépôt au FEP (Fond Européen pour la Pêche) (St. Pouvreau). http://wwz.ifremer.fr/velyger/

Le projet RISCO, étude des mortalités d’huîtres en baie de Quiberon selon la méthodologie développée dans le programme MOREST. Financement INSU (EC2CO) et labellisation en cours auprès du « pôle mer » (J.L. Nicolas).

Organisation de congrès et séminaires Le département a été organisateur ou co-organisateur de plusieurs congrès ou séminaires en 2006 :

– 8eme International Symposium on Reproductive Physiology of Fish, à Saint Malo (Marc Suquet)

– Journées recherche Filière Piscicole, Paris 3-4 juillet 2007

– Colloque de lancement de l’axe 1 du GIS Europole Mer 5-6 juillet, Roscoff

– Par ailleurs, nous avons eu une forte représentation à l’International Conference on Shellfish Restoration, Vlissingen, Netherland, Novembre 2007 ainsi qu’au 2nd International Oyster Symposium (IOS2), November 26-29, 2007 Hangzhou, China.

Collaborations internationales hors Europe Outre les liens que nous entretenons depuis longtemps avec la Tunisie, une nouvelle collaboration de 3 ans avec l’INSTM, Tunisie, a commencé en 2006, et permet l’accueil de doctorants sur des durées de quelques mois chaque année. Elle porte sur le développement larvaire des mollusques et de poissons et a déjà donné lieu à 2 publications. Par ailleurs, l’accueil de deux doctorants (tunisien et algérien) travaillant sur les probiotiques est prévu à partir de 2008, financé par l’Agence Universitaire pour la Francophonie.

Une collaboration bilatérale franco-néozélandaise a été initiée en 2007 avec le Cawthron Institute de Nelson à travers un appel à propositions Dumont d’Urville. Elle porte sur les sujets d’intérêt commun: cryoconservation, développement d’un modèle DEB pour la moule verte Perna canaliculus, recherche de nouvelles microalgues pour les larves d’huître et de moule, dérive de la qualité nutritionnelle des diatomées. Elle permet l’échange de chercheurs sur des séjours d’environ un mois.

Des collaborations se sont renforcées avec des chercheurs mexicains de l’Institut CIBNOR. Un chercheur senior (séjour d’une année) et un étudiant (séjour de 3 mois) ont été accueillis en 2007 dans le département.

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La collaboration avec le Canada (ISMER-UQAR) sur l’évaluation de la qualité des naissains, se poursuit (R. Robert et J.L. Nicolas), ainsi qu’une forte implication dans le Réseau Aquaculture Québec (C. Cahu membre du Conseil Scientifique du RAQ).

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2 Moyens et effectifs

2.1 Personnels IFREMER Cadres ARN

Répartition du temps agent par principaux projets (h par an) Nom, Prénom Catégorie % activité B0106 C0101 C0201 C0202 C0203 C0204 C0207 C0209 C0210 D0207 H0301 I0201 I0401 Autres

Buchet Vincent C2 100 242 966 2 310 62 51 Cahu Chantal C3 100 4 146 309 12 10 721 286 45 Gatesoupe Joël IR1 100 1821 Gouillou-Coustans Marie-Françoise1 C1 50 Mazurais David C1 100 139 1142 365 Omnès Marie-Hélène C2 100 1331 232 Person Jeannine C2 100 19 71 1296 50 40 Robin Jean C2 100 25 1467 8 Suquet Marc C1 100 1170 200 160 9 Zambonino José C2 100 171 1273 72

Cadres PI

Répartition du temps agent par principaux projets (h par an) Nom, Prénom Catégorie % activité B0107 C0101 C0104 C0107 C0202 C0204 H0405 I0201 I0203 I0101 Autres

Alunno-Bruschia Marianne (spt 2007) C1 80 500 Boudry Pierre (sept 2007) C2 100 125 100 75 200 Corporeau Charlotte (déc. 2007) C1 100 Daniel Jean-Yves C1 100 90 1373 24 26 Huvet Arnaud C1 100 70 1383 60 Le Coz Jean-René C1 100 191 772 190 162 198 Moal Jeanne C2 100 173 1340 Nicolas Jean-Louis C2 100 331 320 542 320 Petton Bruno C1 100 1240 273 Pouvreau Stéphane C1 100 102 251 579 513 68 Robert René C2 100 58 1183 44 12 Samain Jean-François C3 100 320 240

1 En arrêt maladie toute l’année 2007

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Techniciens/Administratifs ARN

Répartition du temps agent par principaux projets (h par an) Nom, Prénom Catégorie % activité B0106 C0202 C0203 C0204 D0207 H0208 H0301 H0302 H0405 I0201 Autres

Cassou Yvette AA 100 876 599 24 Desbruyeres Elisabeth CTA 91 63 1129 12 Huelvan Christine TP 91 153 1250 12 Le Bayon Nicolas TP 100 527 701 121 8 28 Le Delliou Hervé TS 100 74 1242 260 9 Le Gall Marie-Madeleine TP 100 77 954 409 Quazuguel Patrick TP 100 886 20 40 471 Severe Armelle TP 80 139 8 1057 8

Techniciens/Administratifs PI

Répartition du temps agent par principaux projets (h par an) Nom, Prénom Catégorie % activité B0107 C0101 C0104 C0107 C0108 C0202 C0204 H0405 I0201 I0203 H0301 Autres

Garnier Matthieu TS 100 381 693 165 274 Lebrun Luc TS 100 80 80 232 1100 21 Le Souchu Pierrick TS 100 480 162 711 160 Loiseau Véronique SD 85 1227 Miner Philippe TP 100 1068 445 Mingant Christian TP 100 497 936 80 Queau Isabelle TS 80 374 388 448 Quere Claudie TS 50 140 617 Quillien Virgile TS 100 1513

Correspondants informatiques et plongeurs professionnels

Nom, Prénom Plongeur professionnel Correspondant informatique Le Coz Jean-René X Le Delliou Hervé X Mingant Christian X Le Souchu Pierrick X

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2.2 Mouvement de personnel Nom, Prénom Laboratoire Date

Arrivée Départ

Alunno-Bruschia Marianne PI 3/9/07

Boudry Pierre PI 3/9/07

Corporeau Charlotte PI 17/12/07

Loiseau Véronique PI 15/1/07

Quillien Virgile PI 23/10/06

Samain Jean-François PI 30/9/07

2.3 Formations reçues Nom / Prénom Laboratoire Intitulé Formateur Cahu Chantal ARN Ethique de la recherche interne Buchet Vincent ARN Formation EndNote RITME InformatiqueBuchet Vincent ARN Formation anglais English Appart Cassou Yvette ARN Formation Excel perfectionnement interne Cassou Yvette ARN Formation Word fonctions avancées interne Desbruyères Elisabeth ARN Formation Powerpoint interne Huelvan Christine ARN Formation Powerpoint interne Le Bayon Nicolas ARN Formation aux modules de formation aux outils statistiques interne Mazurais David ARN Formation Nouveaux embauchés interne Mazurais David ARN Formation Base de données: création et gestion (réseau)? ? Mazurais David ARN Formation anglais English Appart Omnes Marie-Hélène ARN Formation Access interne Omnes Marie-Hélène ARN ISI Web of knowledge BLP & Thomson

Scientific Omnes Marie-Hélène ARN Formation EndNote RITME InformatiquePerson Jeannine ARN Ethique de la recherche interne Corporeau Charlotte LPI Formation endnote interne Corporeau Charlotte LPI Séminaire jeunes embauchés Interne

Petton Bruno PI Access (conception et gestion de bases de données) interne

Pouvreau Stéphane PI MATLAB initiation Acsystème Quéré Claudie PI Initiation à la protéomique IUT Brest Quéré Claudie PI Risques chimiques interne

2.4 Nouveaux diplômes des personnels permanents / néant

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2.5 Doctorants Nom, Prénom Dates Etablissement

d’origine Financement Sujet Tuteur

Azandegbe Afi 14/12/06 au 3/12/09 Univ. de Brest Ifremer Etude de l’écologie de Vibrio aesterianus pathogène de l’huître creuse: un modèle d’interaction huître-environnement-pathogène. Comparaison des modalités de l’infection avec des souches pathogènes de Vibrio splendidus.

J.L. Nicolas

Bourles Yves 1/12/04 au 30/11/08 Ifremer/Poitou-Charente

Conception et mise en application d'un modèle générique de croissance, de gamétogenèse et de survie de l'huître creuse (Crassostrea gigas).Projet: GENERIC (Generic model of ENERgetics in Crassostrea gigas

M. Alunno-Bruscia S. Pouvreau

Fleury Elodie 1/12/05 au 30/11/08 INSA Lyon Ifremer/Région Basse-Normandie

Exploration fonctionnelle de gènes différentiellement exprimés entre les souches d’huîtres résistantes et sensibles à la mortalité estivale

A. Huvet

Geay Florian 1/11/07 au 31/10/10 Univ. de Brest Ifremer Possibilité d'utilisation des huiles végétales dans les aliments pour poissons marins. Fonctionnement et héritabilité de la voie de synthèse des acides gras polyinsaturés chez les poissons

C. Cahu D. Mazurais

Gonzales Ricardo 24/9/07 au 23/10/10 Univ.de Brest Minist. Recherche Chilien

Incidence des principaux facteurs de l’environnement sur le conditionnement et le développement larvaire d’Ostrea edulis

R. Robert

Raguenes Morgane 1/11/06 au 31/10/09 arrêt 01/08

Univ. de Bordeaux Inra/Ifremer Lipides alimentaires, développement et processus de morphogenèse chez la truite arc en ciel et le bar européen

J. Zambonino

Rico Villa Benjamin 15/09/04 au 15/09/08 Univ. de Brest Bourse CONACY (Mexique)

Définition des besoins écophysiologiques des larves de Crassostrea Gigas en conditions contrôlées.

R. Robert

Vagner Marie 1/10/04 au 30/09/07, prolongation au 31/01/08

Univ. de Brest IFREMER puis INRA

Orientation des processus métaboliques des juvéniles de bar (Dicentrarchus labrax) par un conditionnement nutritionnel et environnemental durant les phases larvaires

J. Person

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2.6 Stagiaires Nom, Prénom Durée Diplôme préparé Etablissement d'origine Sujet Tuteur Beaudin Marie-Lou 25/06 AU 24/08/07 Baccalauréat en biologie Univ. Rimouski, Québec Effet de l'addition de probiotiques sur la survie des différents

stades larvaires de Pecten maximum en relation avec la présence d'agents bactériens

J.L. Nicolas

Berthollet Elisa 8/1 au 1/6/07 Master 2 Sc. Biol. Marines Univ. de Brest Amélioration du modèle individuel de croissance et de reproduction de type "dynamic energy budget" chez l'huître creuse (Crassostrea gigas) et application aux cas particuliers des huîtres triploïdes

S. Pouvreau

Geay Florian 8/1 au 8/6/07 Master 2 IUEM Plouzané Etude de l'expression de l'endotheline 1 dans la larve de bar D. Mazurais

Gonzalez Ricardo 8/1 au 31/08/07 Master 1 Sc. de la mer Univ. de Brest Besoins écophysiologiques des larves de l'huître plate ostrea edulis. Etude sur l'ingestion

R. Robert

Hortopan Gabriela 10/09 au 10/12/09 Etudiante Biologie moléculaire Univ. de Turin

Formation à la technique de quantification d'expression génique par amplication en temps réel D. Mazurais

Jaufrais Thierry 21/05 au 18/08/07 Master 1 Sc. de la mer ESA Angers Mise au point d'élevages larvaires de l'huître plate Ostrea edulis en flux ouvert

R. Robert

Kermoysan (de) Goulwen 16/4 - 22/6/07 DUT Génie biologique IUT de Brest Détermination de la qualité de spermatozoïdes d'huître creuse par cytométrie de flux M. Suquet

Lan Chow Wing Olivier 8/1 au 2/3/07 Master 1 IUEM de Plouzané Clonage et étude de l'expression du gène codant l'osteomodulin chez la larve de bar D. Mazurais

Le Goasduff Julien 2/1 au 30/3/07 Licence pro IUT de Quimper Etude des effets des polyphémols dans l'alimentation du bar M.H. Omnes

Loiseau Eloise du 16/10/07 pendant 2 ans

BTS assistante direction Groupe scolaire AM Javouey Préparation site internet/intranet du laboratoire V. Loiseau

Minier Marie 5/2 AU 29/6/07 Master 2 PRO Univ. de Lyon 1 Effets des polyphénols dans l'alimentation chez le bar sur la croissance, la fonction digestive et la flore du tractus M.H. Omnes

Sotomayor Maria 3/11/06 au 3/12/07 Master 2 Microbiologie fondamentale et appliquée

IUEM de Plouzané Purification et caractérisation des molécules J.L. Nicolas

Thomas Rozenn 2/05 AU 18/06/07 Master 1, Sciences de l'Univers

Univ. P&M Curie, Paris Etude du différentiel d'expression du gène oyster-TGFB-MBP-like entre les souches d'huîtres Crassostrea gigas résistantes et sensibles à la mortalité estivale

A. Huvet

E. Fleury

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2.7 Personnels titulaires d’un contrat à durée déterminée, dont post-doctorants Ifremer Fabioux Caroline: du 01/07/06 au 31/03/07, post doc

Gastineau Olivier: du 16/10/07au 15/10/08, CDD

Hervy Magali: 5/7/06 au 20/4/07, CDD

Ramage Yannick: du 24/9/07 au 25/3/08, CDD

2.8 Post-doctorants étrangers Nom, Prénom Dates Etablissement d'origne Financement Sujet Tuteur Darias-Caceras M. 1/10/06 au

39/09/08 Univ. Cadiz Espagne Gouvernement espagnol Génomique des poissons J. Zambonino

Santigosa i Culi Ester 1/10/07 au 30/09/09

Fondation Alfonso Martin Escudero, Madrid

Gouvernement espagnol Mise en place des cultures d'hépatocytes de bar: intérêt dans l'étude des acteurs et mécanismes impliqués dans le métabolisme des acides gras polyinsaturés chez le bar

D. Mazurais

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2.9 Echanges de Chercheurs, Ingénieurs ou Techniciens avec les laboratoires extérieurs (si chercheurs étrangers, préciser pays, organismes et cadre de l’opération)

Nom, Prénom Qualification Organisme Sujet Période Tuteur Diplôme préparé De Paula e Silva Flavia TDoctorant Univ. Fédérale de

Minas Gerais (Brésil) Elevage larvaire des poissons – ontogenèse des fonctions digestives des larves et utilisation précoce des aliments microparticulaires

1/4/06 au 28/2/07 J. Gatesoupe Thèse

Gisbert Enric Chercheur IRTA, Espagne Travaux de coordination de projets de recherche en cours sur l'élevage larvaire de poissons marins avec la UMR/Nuage

15-19/1/07 J. Zambonino

Bado-Nilles Anne Doctorant CEDRE Travaux de détermination de gènes sur des échantillons de rein et de rate chez le bar commun Dicentrarchus labrax

15/2 au 15/12/07 régulière mais non permanente

D, Mazurais thèse

Cobcroft Jennifer Chercheur TAFI, Australie Culture larvaire de poissons marins 19/2 au 9/3/07 C. Cahu J. Zambonino

Drozco Medina Caesar Doctorant CIBNOR, Mexique Evaluer l'intérêt de deux souches de bactéries probiotiques pour l'élevage larvaire du bar

3/9 au 30/11/07 J. Gatesoupe thèse

Gisbert Casas Enric Chercheur IRTA Travaux de coordination de projets de recherche en cours sur l’élevage larvaire de poissons marins avec la UMR/NUAGE

15-19/1/07 J. Zambonino

Harpaz Sheenan M. Chercheur The Volcany Center, Israël

Concertation sur une expérimentation en cours dans le cadre d'un programme de recherche franco-israelien. Expérimentation conjointe en cours à Brest avec des bars élevés en eau de mer, en Israël avec des bars élevés en eau douce, avec les mêmes aliments expérimentaux

12-13/6/07 J. Robin

Milinkovitch Thomas Doctorant CEDRE Travaux de PCR quantitatives 10 au 21/12/07 D. Mazurais Thèse Monzon Ignacio Doctorant IRTA, Espagne Travaux de préparation d'aliments pour larves de poissons marins,

techniques de biologie moléculaire (clonation de gènes liés au développement de la larve

26/3 au 26/5/07 J. Zambonino

El Abed Medhi Doctorant INSTPM, Monastir, Tunisie

Larviculture/mollusques 1/10 au 28/12/07 R. Robert Thèse

Racotta Ilie Chercheur CIBNOR Mexique Travaux de recherche pour développer des techniques d'analyses en HPLC et CPG sur les lipides et les nucléotides ademphiques pour l'amélioration des élevages de mollusques en relation avec les aspects nutritionnels

11/07/07 au 11/10/08

J. Moal

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2.10 Missions à l’étranger Alunno Bruscia Marianne 12-16/11, Vlissingen (Pays-Bas), participation au congres ICSR 2007 Alunno Bruscia Marianne 27-29/11, Bruxelles (Belgique), stage hyperion Boudry Pierre 19-22/09, Bergen (Norvège), mini Symposium Aquagenome Boudry Pierre 8-16/11, Vlissingen (Pays-Bas), participation à la réunion finale du projet "blue seed" du 9 au 12/11 puis au congres

ICSR Boudry Pierre 25-27/11, Porto (Portugal), soutenance de thèse de Frédérico Batista Boudry Pierre 6-8/12, Bangor (Grande-Bretagne), réunion projet européen AAAAG2 Cahu Chantal 4-8/2, Héraklion (Crète), réunion projet UE FEUFAR Cahu Chantal 22-24/2, Bergen (Norvège), membre jury de thèse de Audil Kvale Cahu Chantal 21-23/5, Bruxelles (Belgique), réunion GT projets UE - FEUFAR Cahu Chantal 25-28/6, Haarlem (Pays-Bas), réunion GT projet UE FEUFAR Cahu Chantal 24-26/9, Bergen (Norvège), conférence sur les phospholipides Cahu Chantal 21-24/10, Tromso (Norvège), réunion GT projet UE FEUFAR Cahu Chantal 26-28/11, Bruxelles (Belgique), réunion GT projet UE FEUFAR Cahu Chantal 23-26/4, Tunis (Tunisie), collaboration IFREMER/INSTM : pisciculture marine et élevage larvaire des poissons Fleury Elodie 26/02-8/03, San Antonio (USA), présentation orale des travaux de thèse au congres international "Aquaculture 2007" Gastineau Olivier 17-19/12, IJmuiden (Pays-Bas), récupération de juvéniles de soles Le Bayon Nicolas 23-25/4, IJmuiden (Pays-Bas), récupération de juvéniles de soles Le Bayon Nicolas 17-19/12, IJmuiden (Pays-Bas), récupération de juvéniles de soles Mazurais David 8-9/2, Louvain (Belgique), réunion projets UE - 7e PCRD Mazurais David 8-11/10, Héraklion (Crète), réunion projet UE Rex Genomics Moal Jeanne 19/05-06/06, La Paz (Mexique), coopération franco-mexicaine (accord CNRS-CONACYT) n° 20237 interaction entre la

production et le système immunitaire des huîtres modulation par les acides gras Person Jeannine 5-10/2, Malte réunion nouveau projet UE BENEFISH Person Jeannine 4-7/6, Swansea (Royaume Uni), réunion projet UE GRRAS Person Jeannine 26-28/9, Parme (Italie), participation à groupe experts sur le Bien-être (truite et saumon) Pouvreau Stéphane 12-16/11, Vlissingen (Pays-Bas), Participation au congres ICSR 2007 Robert René 25/03 au 03/04, Tunis (Tunisie), état d'avancement de thèses en co-tutelle IFREMER/INSTM : R. Ben kheder et M. El

Abed et mise au point de l'action "production contrôle de naissains" Robert René 14-22/06, Bergen (Norvège), finalisation projet « Benefit for Sme’s » - Avancement projet « Safo » Robert René 25/11-02/12, Hangzhou (Chine), participation aux 2 symposium de la World Oyster Society Robert René 8-18/12, Nelson (Nouvelle-Zélande), mise en place du projet OPELB : optimisation des élevages larvaires de bivalves

avec le Cawthron Institute de Nelson Robert René 12-16/11, Vlissingen (Pays-Bas), participation au 10th ICSR Samain Jean-Francois 28/03-08/04,Norfolk, Atlanta, Miami (USA), présentation séminaire sur MOREST au VIMS et à Marine And Ecological

Sciences Vagner Marie 4-15/6, Stirling (Royaume Uni), travaux sur techniques de mesures de l'activité enzymatique de la delta6 des

saturages à l'univ. de Stirling (Ecosse) Zambonino José 8-9/2, Louvain (Belgique), réunion projets UE - 7ePCRD Zambonino José 15-18/4, Patras (Grèce), réunion 18 mois du projet UE FINEFISH

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Zambonino José 20-22/5, IJmuiden (Pays-Bas), réunion réponse sur appel d'offres UE KBBE - 20071-2-16 Zambonino José 26-28/11, Sunndalsora (Norvège), participation aux réunions OPTIPROD à Akvaforsk Center Zambonino José 3-6/12, Tromsoë (Norvège), réunion de préparation du projet UE FLIP

2.11 Formations données Formateur Intitulé Durée Cadre de la formation Boudry Pierre Variabilité du succès reproducteur et taille efficace des

populations d’huîtres plates et creuses

Stratégies d’amélioration des caractères d’intérêt aquacole chez l’huître creuse Crassostrea gigas

3h Univ. Montpellier 2, Ecole doctorale SIBAGHE, Cours pour le module de biologie et génétique des populations marines

Boudry Pierre Diversité génétique et amélioration des caractères d’intérêt aquacole chez les huîtres

3h Univ. Paris 6, Master 2, Génétique et gestion de la biodiversité

Boudry Pierre Structuration des populations et variabilité du succès reproducteur chez l’huître plate Ostrea edulis.

Stratégies d’amélioration des caractères d’intérêt aquacole chez l’huître creuse Crassostrea gigas

4h Univ. Nantes, Master 2 Sciences biologiques et médicales, spécialité Mécanismes et optimisation de la production marine

Buchet Vincent Formation à l’expérimentation animale 2h Ecole Vétérinaire de Nantes Cahu Chantal Bases biologiques de l’aquaculture 3h Univ. Brest/Esmisab Cahu Chantal Valeur nutritionnelle des produits de la mer 2h Univ. Brest; Master 2 Alimentation-Droit-Nutrition-Santé Cahu Chantal L’aquaculture pour l’alimentation humaine 2h Conférence grand public Ifremer Huvet Arnaud Approches pluridisciplinaires des mortalités estivales de l’huître

creuse 3h Univ. Rennes I, Master Biologie, productions animales et qualité

Moal Jeanne Aquaculture des bivalves marins 1.30h Univ. Brest, Master 2 Alimentation-droit-nutrition-santé Moal Jeanne Présentation des activités du laboratoire 30min La Paz (Mexique), contrat CNRS-CONACYT Nicolas Jean-Louis Ecologie microbienne appliquée à l’aquaculture de mollusques. 3h Univ. Brest , Master 2, Microbiologie fondamentale et appliquée Robin Jean Techniques et méthodologie des expériences en nutrition des

poissons 1h Ecole Vétérinaire de Nantes

Robin Jean Mieux nourrir les poissons d’aquaculture pour mieux nourrir les consommateurs dans une démarche de qualité

2h+débat Réunion des aquaculteurs corses organisée par l’ADRIA (Corte) - Les acides gras: remplacement des huiles de poissons, effet sur le besoin et la qualité en n-3 - Influences et interactions des facteurs nutritionnels et des facteurs du milieu

Suquet Marc Les gamètes d’animaux marins 1h Univ. Brest, Master 2 Suquet Marc Présentation des activités du laboratoire 1h Intechmer, Cherbourg, Robert René Présentation de la station d’Argenton et du projet OJUVE 1h Univ. Brest, Master 2

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3 Résultats obtenus en 2007

3.1 Nutrition et développement des poissons Action (C020303): Nutrition et Développement des poissons Intervenants: C. Cahu, M. Darias (post-doc), E. Desbruyères, J. Gatesoupe, M.F. Gouillou-Coustans, C. Huelvan, H. Le Delliou, D. Mazurais, P. Quazuguel, J. Zambonino

L’action Nutrition et Développement a pour objectif général de mieux connaître la physiologie des larves de poissons, en relation avec leur alimentation, pour améliorer la qualité de juvéniles en sortie d’écloserie.

3.1.1 Projet Européen FINEFISH (2005-2008) sur les malformations Rappel: Ce projet coordonné par la FEAP (Fédération Européenne des Aquaculteurs), regroupe 9 SME et 8 Universités/Instituts de Recherche. Son objectif est de déterminer les causes des malformations en s’intéressant à 3 paramètres d’élevage: la température, la nutrition et la zootechnie du bassin.

L’équipe de Brest étudie l’impact de certaines vitamines (Vit A, C et D) sur la morphogenèse de la larve de bar, en s’intéressant aux acteurs moléculaires mis en jeu. Au cours de cette année 2007, notre équipe a poursuivi les analyses moléculaires et biochimiques des expériences précédentes, et réalisé l’expérience sur la vitamine C, quatrième expérience sur les vitamines prévue dans le contrat FINEFISH.

Expérience Taux de vitamine A Sept régimes ont été testés en triplicat: 0, 5, 10, 15, 25, 35 et 70 mg rétinol acétate (RET)/kg d’aliment et correspondant à 0, 16600, 33200, 50000, 83300, 116600, 233300 IU/ kg d’aliment. L’expérience a duré 42 jours.

Les résultats montrent que les aliments expérimentaux RET5, RET10 et RET15 induisent les meilleures croissances. Par ailleurs, la quantification de la surface d’os minéralisé par larve à J42, basée sur une coloration histologique (rouge alizarin) permet d’établir une très bonne corrélation entre la croissance et la quantité d’os minéralisé par larve (0.92).

La surface d’os minéralisé rapportée au poids de l’animal ne présente pas de différences significatives entre les groupes (Figure 1).

0123456789

10

RT0 RT5 RT10 RT15 RT25 RT35 RT70

diets

min

eral

ized

bon

e/ b

ody

wei

ght

(A.U

.)

0123456789

10


diets

min

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bon

e/ b

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0

0.5

1

1.5

2

2.5


Groups

oste

ocal

cine

exp

ress

ion

(rel

ativ

e le

vels

)

* *

0

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1

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Groups

oste

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* *

Figure 1: Analyse de la surface d’ossification rapportée au poids de la larve et de l’expression de l’osteocalcine à J42.

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Toutefois, l’étude de l’expression de l’ostéocalcine (acteur impliqué dans l’ossification) montre que les niveaux d’ARN du gène sont significativement plus faibles chez les larves des groupes RT0 et RT5. L’intégration des données histologiques et d’expression de gène indiquent donc que si la surface d’os minéralisé est équivalente dans tous les groupes, les niveaux d’ossification ou de minéralisation sont différents. Cette hypothèse est confirmée lorsque l’on compare les intensités de coloration entre les groupes RT5 et RT35 (Figure 2). Nos données suggèrent donc que les taux de vitamine A supérieurs à 15mg/kg sont nécessaires pour permettre un bon niveau d’ossification.

RT5RT35

% high red int ensit y

% low red int ensit y30

35

40

45

50

55

60

Gr oups

per cent ageof t ot al r ed

Figure 2: Analyse de l’intensité de la coloration histologique dans les deux groupes RT5 et RT35 à J42.

En parallèle, une analyse des taux de malformation a été effectuée sur les différents groupes en collaboration avec l’Université de Patras (Grèce). Ces analyses indiquent (Tableau 1) que selon le type de malformation considérée les doses optimales de vitamine A dans l’aliment varient. Sachant que les structures telles que le squelette crânio-facial, la colonne vertébrale et les nageoires se forment et s’ossifient chronologiquement à des stades de développement différent, ces données suggèrent que les besoins nutritionnels en vitamine A fluctuent au cours du développement larvaire.

Malformations touchant: Doses optimales de VitA pour les éviter

Colonne vertébrale > 5 mg/Kg

Nageoire caudale > 5 mg/Kg

Nageoire dorsale Entre 5 et 15 mg/Kg

Hyoid arch < mg/Kg

Neurocrâne < 5 mg/Kg Tableau 1: Tableau résumant les doses optimales de vitamine A à utiliser pour éviter les différents types de malformations.

Par ailleurs, les analyses effectuées indiquent que les groupes d’animaux RT0 se caractérisent par l’absence d’une ou des deux nageoires pelviennes. Le gène Hoxd9 étant décrit dans la littérature comme impliqué dans le développement des membres (chez les mammifères) et des nageoires (chez les poissons), le clonage puis l’étude de l’expression de ce gène dans les groupes RT0 et RT35 ont été entrepris. Les analyses effectuées par quantification en temps réel indiquent des taux d’expression de Hoxd9 significativement plus bas dans le groupe RT0 en comparaison avec RT35 à J33 post éclosion. La formation des nageoires pelviennes s’initialisant à ce stade du développement, nos données suggèrent que la vitamine A interviendrait dans la formation des nageoires pelviennes en régulant l’expression de Hoxd9.

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Expérience Taux de vitamine D Cette étude s’intéresse à l’effet du taux de vitamine D dans l’aliment. Six régimes ont été testés en 4 réplicats: 0, 250, 480 (témoin), 600, 960 et 3500 µg de vitamine D3 non hydroxylée/kg d’aliment et correspondant à 0, 10000, 19200, 24000, 38400, 140000 IU/ kg d’aliment. L’expérience a duré 44 jours. Les croissances observées sont équivalentes entre les groupes à l’exception des larves du régime D0 qui présentent une croissance légèrement plus faible (voir rapport d’activité 2006). L’analyse de l’état d’ossification révèle que les larves des groupes D0 et D250 présentent des surfaces d’os minéralisé/poids de l’animal significativement inférieures à celles des autres groupes (Figure 6). Ce résultat est confirmé par les données d’expression d’ostéocalcine. L’analyse des malformations réalisées en collaboration avec l’Université de Patras (Grèce) ne révèle aucune différence significative entre les groupes. L’ensemble des résultats obtenus au cours de cette étude indique que des régimes carencés en vitamine D distribués pendant la période larvaire sont néfastes au processus d’ossification et à un degré moindre sur la croissance.

Expérience Taux de vitamine C Six régimes ont été testés en 4 réplicats: 0, 5, 15, 30, 50, 400 (témoin) mg de vitamine C/kg d’aliment. L’expérience a duré deux fois 45 jours.

Les larves ont été échantillonnées régulièrement au cours de leur développement afin d’évaluer leur croissance, le processus de maturation des fonctions digestives (dosages des enzymes pancréatiques et intestinales), l’expression des gènes impliqués dans la morphogenèse. Au jour 45, l’incidence des malformations squelettiques (au niveau de la tête et des vertèbres) a été déterminée sur 30 larves par réplicat expérimental, par coloration au bleu d’alcian et rouge alizarine pour révéler respectivement le cartilage et le tissu osseux.

3.1.2 Construction d’une banque soustractive larve/adulte de bar Afin de compléter les bases de données ESTs du REX MGE (Réseau d’Excellence Marine Genomic Europe) issues de banques d’ADNc qui ont été réalisées à partir de tissus adultes, la construction d’une banque soustractive (SSH) enrichie en gènes spécifiquement exprimés aux stades larvaires a été réalisée. Le principe de sa construction (Kit Clontech: PCR select cDNA Substraction Kit User Manual) a reposé sur la soustraction de l’ARN de stade juvénile (animaux prélevés à J45) à des ARN de stades larvaires (J5 et J15) afin d’obtenir une banque enrichie en ADNc correspondant à des gènes exprimés spécifiquement durant les stades de développements précoces; gènes jouant a priori, de par leur fenêtre d’expression, un rôle durant ces stades de développement. 1524 clones issus de cette banque ont été séquencés. 1123 séquences (74%) répondent aux critères de qualité (longueur >500pb; q>20). Le contiguage de ces séquences donne lieu à 494 unigenes (gènes potentiellement différents) dont 206 contigs. L’annotation par Blast X de ces unigenes a permis d’en annoter 162 (32%). L’annotation fonctionnelle de ces gènes basée sur les GO (gene ontology) révèle qu’une grande partie d’entre eux est impliquée dans le métabolisme des protéines (synthèse et dégradation). Cette donnée témoignant d’une stimulation de ces processus au cours du développement précoce a pu être confirmée par les résultats obtenus sur puce à ADN lors du suivi du transcriptome au cours du développement larvaire.

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3.1.3 Autres expériences menées dans le cadre de partenariats bilatéraux

– Mise en place des fonctions digestives chez le mullet (Chelon labrosus) élevé en mésocosme- Collaboration avec l’INSTM, Tunisie

– Besoins en phospholipides du sandre (Sander lucioperca) au cours du développement larvaire- Collaboration avec l’INSTM, Tunisie

– Effet des phospholipides marins et phospholipides végétaux sur le développement larvaire de la morue Gadus morhua – Collaboration avec NUST et SINTEF, Norvège

– Développement larvaire et effet d’une alimentation avec des protéines hydrolysées chez le wolffish Anarhichas minor, Collaboration avec Université du Québec, Canada

3.1.4 Orientation des processus métaboliques des juvéniles par un conditionnement nutritionnel pendant les jeunes stades larvaires

Cette thématique évalue dans quelle mesure il est possible d’orienter, par une alimentation et un conditionnement adéquats, certains processus physiologiques pour conférer aux poissons une plus grande adaptabilité nutritionnelle aux aliments intégrant majoritairement des ingrédients d’origine végétale. Dans ce cadre, nous nous intéressons au métabolisme des lipides (expression des gènes codant pour PPARα, β, γ, delta 6 desaturase, lipase, phospholipase A2), et plus particulièrement à la possibilité d’induire les voies d’élongation des acides gras, voies faiblement exprimées chez les poissons marins (travaux menés dans le cadre d’une thèse Ifremer-INRA, Marie Vagner, et décrits dans l’action remplacement des farines et huiles d’origine marine par des produits d’origine végétale).

La capacité d’adaptation de quatre lots initiaux à un régime fortement carencé en HUFA n-3 (0,3% EPA+DHA) a été testée pendant 35 jours. Cet aliment a été élaboré par l’incorporation de 6,6% d’huile de colza. Le conditionnement nutritionnel larvaire n’a pas significativement affecté le taux de survie des larves à J45 (40-50% selon les groupes) mais les larves recevant une alimentation carencée en HUFA montraient une croissance plus faible. De même, la faible teneur en DHA des phospholipides corporels (PL) de ces larves montrait une déficience en HUFA n-3. Lors du challenge des juvéniles (aliment sévèrement carencé en HUFA), aucun effet significatif du conditionnement larvaire sur les performances de croissance des juvéniles n’a été observé: taux de survie supérieurs à 95% et gains de poids similaires dans tous les groupes.

Cette seconde série expérimentale a montré qu’il était possible d’amplifier la stimulation des capacités d’adaptation des juvéniles de bar à un aliment sévèrement carencé en HUFA chez des lots conditionnés dès la première alimentation. Dans nos conditions expérimentales, l’augmentation du niveau d’ARN de la Δ6D mesurée chez les larves carencées a persisté chez les juvéniles. Elle est retrouvée à l’issue des quatre mois d’expérience, malgré une période intermédiaire utilisant un aliment riche en HUFA. Cependant, cette stimulation n’était associée à aucun effet bénéfique en terme de croissance ni de modification de la teneur corporelle en HUFA des PL chez les juvéniles. Cette étude a également permis de mieux comprendre la régulation des mécanismes de désaturation chez les poissons marins. Comme montré chez les mammifères, les PPARs semblent impliqués dans la stimulation du niveau d’ARN de la Δ6D. Le dosage enzymatique de la Δ6D aurait permis de mieux comprendre les mécanismes de désaturation des acides gras chez les juvéniles de bar.

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3.1.5 Evaluation de l’intérêt de deux souches de bactéries en tant que candidats probiotiques pour l’élevage larvaire du bar

Intervenants: César Orozco (CIBNOR, La Paz, Mexique) et F.J. Gatesoupe

Dans le cadre de son travail de doctorat, César Orozco avait déjà caractérisé à La Paz l’action probiotique de deux souches de bactéries, Microbacterium sp. 8L et Exiguobacterium mexicanum 8N, sur Artemia franciscana cultivé en conditions gnotobiotiques.

En pratique, des larves de bar ont été nourries avec des Artemia recevant ou non une ou deux des souches probiotiques. Les effets sur la croissance et la survie des larves de bar ont été évalués. La microflore associée à Artemia et aux larves a été caractérisée par des tests biochimiques et des méthodes de biologie moléculaire (TTGE).

État d’avancement: TTGE à poursuivre en 2008

Principaux résultats: La souche 8N reste active dans le tube digestif d’Artemia et des larves de bar, alors que la souche 8L est inactivée et vraisemblablement digérée par Artemia (Figure 3).

Artemia

Culture pure 8L8N

Produits de RT-PCR

8N (faib le dose)

8L (faible dose)

contrôle

Culture pure 8L8N

Produits de PCR

8L (forte dose)

8N (forte dose)

8N (faib le dose)

8L (faible dose)

contrôle

8L (forte dose)

8N (forte dose)

Artemia

Culture pure 8L8N

Produits de RT-PCR

8N (faib le dose)

8L (faible dose)

contrôle

Culture pure 8L8N

Produits de PCR

8L (forte dose)

8N (forte dose)

8N (faib le dose)

8L (faible dose)

contrôle

8L (forte dose)

8N (forte dose)

Figure 3: TTGE des amplicons correspondants à la microflore associée à Artemia. Les dépôts obtenus à partir des cultures permettent de localiser la position des bandes correspondant à la souche 8N, alors que la souche 8L n’est pas détectée. L’activité en fonction de la dose administrée est quantifiable grâce aux produits de RT-PCR.

Si la souche 8L ne semble pas avoir d’effet significatif, la souche 8N a eu une influence néfaste sur la survie des larves exposées à une souche pathogènes de Vibrio anguillarum (2% de survie contre 22 et 28% de survivants pour les groupes de contrôle et traités avec la souche 8L, respectivement). La souche 8N ne peut donc être retenue pour un traitement probiotique des larves, même si une croissance supérieure a été observée avec ce traitement en conditions normales d’élevage (poids moyens au jour 24: 4,83 ± 0,15 mg pour le traiement 8N, contre 4,41 ± 0,12 mg pour le groupe contrôle).

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3.2 Remplacement des huiles et farines de poisson dans l’alimentation des poissons

Action (C020304): Substituts nutritionnels aux farines et huiles de poisson

3.2.1 Etude par une approche multifactorielle des effets des facteurs environnementaux sur les performances zootechniques et la qualité de la chair de bar

Intervenants: V. Buchet, J. Person, J. Robin, N. Le Bayon, H. Le Delliou, A. Sévère

Le projet Multibar réalisé dans le cadre d'une l’action incitative INRA-Ifremer a démarré en 2004-2005 et s'est poursuivi au cours de l'année 2007 avec les analyses des échantillons recueillis fin 2006 lors de la seconde expérience sur des bars de taille commerciale. L'évaluation de l’impact de l’origine des lipides et de leur taux d'incorporation dans l’aliment associés à la température et à la photopériode sur la qualité finale de la chair du bar était le but de cette expérimentation. La hiérarchisation établie par les performances zootechniques obtenues lors de la première expérience qui mettait en évidence la prépondérance de la température sur les autres facteurs (photopériode, origine et taux d'incorporation des lipides) a été confirmée lors de cette seconde phase.

Le taux de lipides de l’aliment influence de façon plus importante le taux de lipides du poisson entier que le taux de lipides du muscle. Dans la première expérimentation des différences de taux de lipides du muscle étaient liées à la température et la photopériode en interaction avec le taux de lipides alimentaires, ceci n'a pas été observé dans l’expérience 2 qui reprend pourtant ces trois facteurs. Ce résultat peut être dû à l’entrée en maturation sexuelle des animaux plus âgés, ce qui est susceptible de mobiliser les réserves en lipides.

La composition en acides gras des poissons dépend principalement des acides gras des aliments. Ceux-ci sont d’autant plus influents que la croissance est forte (effets indirects des facteurs agissant sur la croissance). Ceci permet de relativiser des idées préexistantes, comme l’effet de la température sur les phospholipides. Parmi les facteurs dont l’action sur les acides gras était peu connue, l’influence de la photopériode semble particulièrement intéressante et devra être confirmée.

La température, le taux d'incorporation et l’origine des lipides alimentaires sont les 3 facteurs prépondérants qui induisent des modifications du métabolisme lipidique chez le bar. La température a globalement un impact plus important que la teneur en lipides de l’aliment, en particulier sur les voies d'apport des lipides vers les tissus. Le captage tissulaire de lipides, évalué par l’activité de la LPL est maximal dans le foie, ce qui confirme le rôle de ce tissu comme site de stockage des lipides chez le bar; il n’est modifié qu'avec des lipides d'origine végétale.

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Si les effets sur la majorité des critères sont faibles, on peut noter cependant un effet de l’origine marine des lipides entraînant paradoxalement une odeur globale légèrement plus marquée "poisson d’eau douce". Il existe également un effet de la photopériode (photophase courte) sur la texture de la chair (Figure 4).

Figure 4: Effets des facteurs testés sur les performances zootechniques du bar.

De nombreux travaux antérieurs ont étudié l’influence des facteurs de l’environnement sur le bar en condition d’élevage, par une approche monofactorielle. Ce projet nous a permis d’aborder pour la première fois de façon globale l’étude de plusieurs de ces facteurs et dans définir leur importance relative et leurs possibles interactions. Nous disposons d’une méthode expérimentale puissante pour les futures études sur les déterminants de la qualité de la chair du poisson d’élevage.

3.2.2 Utilisation du phosphore chez le bar nourri d’aliments riches en protéines végétale

Intervenants: J. Robin, N. Le Bayon, H. Le Delliou, S. Kaushik

Expérience réalisée dans le cadre du Programme Franco-israélien: Agriculture et développement durable (contrat CNOUS)

L’objectif de l’étude est d’établir un bilan nutritionnel et des pertes en azote et phosphore de bars alimentés en sources végétales de protéines.

Un aliment type marin (R1) a été comparé à des aliments riches en protéines végétales soit non supplémenté en phosphore (R2), soit supplémenté phosphore minéral (R3), soit organique (R4) avec du son de blé (riche en phosphore et apportant théoriquement de la phytase). Les 4 régimes ont été comparés en 6 réplicats, bacs de 35l (20 de poissons de 8,8 g initial par bacs) nourris ad libitum pendant 60j. L’ingéré, la composition initiale et finale des poissons ont été mesurés pour évaluer retentions et pertes en N et P.

Les poissons nourris en farine végétale supplémentés (R3 et R4) ont eu un retard de croissance modéré (-7 à –10%) par rapport aux poissons témoins, en partie induit par un ingéré réduit. L’aliment végétal non supplémenté (R2) a entraîné une carence en phosphore (faible teneur tissulaire) avec un retard de croissance important (-24%). L’efficacité alimentaire et la rétention protéique sont significativement affectées par cette carence, induisant une perte azotée (par kilo de poisson produit) de 20% supérieure aux autres régimes. Aucune différence significative n’est observée entre R3 et R4, l’utilisation du son n’apporte pas d’avantage par rapport à la supplémentation en phosphore minéral. Ces deux régimes entraînent une perte azotée équivalente au témoin R1, mais réduisent de 30% la pollution en phosphore.

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P loss (g/KgWG)

0

2

4

6

8

R1 R2 R3 R4

a

c

b b

N loss(g/KgWG)

0

20

40

60

80

R1 R2 R3 R4

a ab

a

Figure 5: Pertes en azote et phosphore par kilo de poisson produit.

3.2.3 Effet du tannin (facteur anti-nutritionnel) sur les performances de croissance, la flore, la fonction digestive et la structure du tractus digestif chez le bar

Intervenants: M.H. Omnes, J. Gatesoupe, J. Robin, J. Zambonino, N. Le Bayon, H. Le Delliou, P. Quazuguel, A. Sévère, M.M. Le Gall

Divers ingrédients végétaux (soja, colza…) devenus communs dans l’aliment des espèces aquacoles, en tant que sources protéiques, sont reconnus contenir des facteurs anti-nutritionnels, comme les phénols. Les effets du tannin (métabolite polyphénolique) ont été étudiés dans l’alimentation du bar, Dicentrarchus labrax, espèce carnivore.

Des juvéniles de bar ont été nourris sur une période de 5 semaines, selon 4 régimes en triplicat (40 poissons par réplicat), à base de farine de poisson, enrichie ou non en tannin à 0, 1, 2 ou 3% (poids sec de l’aliment). La digestibilité des aliments, les performances de croissance et la composition proximale des poissons ont été mesurées. De plus, des segments du tractus digestif et des organes ont été collectés pour les dosages enzymatiques d’une part, et l’examen structurel de l’épithélium, suivant les techniques histologiques standards d’autre part. Enfin, la biodiversité des bactéries actives dans les contenus stomacaux et la microflore fécale chez les poissons ayant 3% d’acide tannique a été analysée en comparaison avec celles des poissons du témoin, mettant en œuvre les techniques d’extraction (ADN, ARN) d’amplification de fragments correspondants au gène codant pour l’ARN 16S bactérien et d’une caractérisation par électrophorèse TTGE.

La prise alimentaire des poissons T3% diminue lentement après le 17ème jour de nourrissage. La digestibilité apparente des protéines et de l’énergie est significativement affectée par la présence de tannin. Les teneurs en lipides et en énergie dans la carcasse sont significativement diminuées. La rétention protéique des poissons T2% et T3% est significativement inférieure (27.4±4.0 & 21.8±3.7%) à celle du Control et T1% (36.1±1.0 & 34.3±3.3%), respectivement.

Les activités des enzymes de la bordure en brosse des entérocytes montrent une inhibition significative dès le gradient 1%, caractérisée par une rapide inhibition de la phosphatase alcaline et une réduction graduelle de l’aminopeptidase. Parallèlement, nous observons un raccourcissement de la hauteur des villosités au niveau du segment antérieur de l’intestin, ainsi qu’un plus grand nombre de cellules à mucus. Ces observations suggèrent que les tannins puissent avoir un effet indirect défavorable à l’absorption des nutriments. Plus de recherches seraient à réaliser sur le devenir via le tractus digestif du poisson, des métabolites produits de l’hydrolyse des tannins, en relation avec leurs possibles propriétés antioxydantes.

Par ailleurs, il a été difficile de conclure à un effet du tannin sur la microflore, mais il est à noter que la diversité de la flore augmente au cours du transit. La mise œuvre d’une RT-PCR sur les amplicons d’ARN et migrés en TTGE a donné des informations complémentaires sur l'activité des taxons présents dans l’estomac ou l’intestin (Figure 6, page suivante).

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Régimes

Activ

ité s

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U.m

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a

ab ab

b

ab Aminopeptidase-N (B)

Figure 6: Activité des enzymes de la bordure en brosse intestinale du bar suivant le gradient de tannin dans l'aliment.

3.2.4 Etude de la contribution de la microflore à la digestion de glucides d’origine végétale dans l’intestin des poissons

Intervenants: (travail de thèse de Flavia Silva). J. Gatesoupe, M.H. Omnes, A. Sévère.

Cette étude débutée en 2006 a été complétée en 2007 par des travaux de microbiologie et d’histologie. Il s’agissait de rechercher des critères d’évaluation de l’effet deux sources de protéines d’origine végétale, le tourteau de colza et la farine de lupin, chez la daurade Sparus aurata et le cyprin doré Carassius auratus.

La microflore cultivable dominante dans le contenu du tube digestif a été conjointement étudiée par des méthodes phénotypiques et génotypiques. Les isolats, d’abord classés selon des critères biochimiques, ont fait l’objet d’une étude phylogénétique portant sur l’analyse de séquences du gène codant pour l’ARN 16S. Vibrio sp., Photobacterium damselae, et Photobacterium phosphoreum ont été le plus fréquemment isolés chez la daurade, tandis qu’Aeromonas veronii, Shewanella sp. et Staphylococcus sp. dominaient chez le cyprin doré. A la fin des expériences, la dominance de quelques souches bactériennes était particulièrement visible dans la partie antérieure du tube digestif des poissons nourris avec du lupin ou du colza. Cette influence des régimes incorporant des matières premières végétales a été confirmée par une analyse de la biodiversité du métagénome dans le tube digestif. En particulier, la forte activité de quelques taxons dominants, différents selon le régime alimentaire, a été observée par RT-PCR-TTGE. La richesse en espèces bactériennes a été affectée au cours du transit intestinal, avec une décroissance particulièrement nette chez les poissons nourris avec du lupin. La forte teneur de cette matière première en glucides autres que l’amidon a probablement favorisé cette spécialisation de la microflore.

L’étude morphologique du tube digestif, par histologie et microscopie, a été complétée par l’analyse biométrique sur des images numériques des organes et de l’épithélium. La taille des hépatocytes croît chez le cyprin doré alimenté avec le colza, alors qu’elle tend à diminuer avec lupin chez les deux espèces de façon non significative, et coïncide chez la daurade à un faible indice hépatosomatique. Une réduction des indices somatiques de la rate et une prévalence des centres mélanomacrophages de la rate et du rein chez la daurade, sont observées. Le cyprin doré, agastre montre un segment antérieur ou bulbe intestinal, un segment postérieur ou intestin propre, tous deux tapissés de villosités similaires. Chez la daurade, une hypertrophie des villosités est stimulée dans le segment intestinal proximal par l’apport de fibres végétales. Le cyprin doré, omnivore, ingère dans son alimentation naturelle des débris végétaux, contrairement à la daurade qui est carnivore. Plus de recherches sur l’effet bénéfique ou négatif de l’apport des fibres sur l’épithélium chez les espèces carnivores, seraient à poursuivre.

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3.3 Bien-être du poisson (C020702F, C020305)

3.3.1 Projet Européen BENEFISH Intervenants: J. Person, N. Le Bayon, 2 mois de CDD

L’objectif de ce programme européen est d’évaluer le coût-bénéfice de l’application des normes de bien être aux élevages de saumon, truite et bar; les indicateurs opérationnels de bien être retenus étant la survie, la prise alimentaire, l’état des nageoires et le CO2 ambiant. Notre intervention porte sur la synthèse des données « adaptation aux conditions d’élevage » acquises précédemment sur la truite arc-en-ciel et le bar et qui se reposent sur ces 4 indicateurs.

Pour la truite arc-en-ciel, nous avons publié une grille d’évaluation de l’état des nageoires et finalisé l’exploitation des résultats d’une expérience portant sur les interactions qualité d’eau et densité d’élevage.

Les effets combinés de deux qualité d’eau, concentration en oxygène et azote ammoniacal total et trois densités d’élevage ont été étudiés chez la truite arc-en-ciel élevée en eau douce pendant 84 jours. Les poissons sont nourris au moyen d’auto-nourrisseurs avec une récompense proportionnelle à la densité.

La croissance est significativement affectée par la qualité de l’eau et de la densité, elle est la plus élevée en eau de bonne qualité et la plus faible à 120 kg m-3. La prise alimentaire (PA) est significativement affectée par la qualité de l’eau. Des changements marqués dans la morphologie et la qualité du poisson selon la qualité de l’eau sont observés. L’état des nageoires dorsales et pectorales est affecté par la densité et la qualité de l’eau: les nageoires sont significativement plus longues et moins érodées dans le groupe à faible densité. Les paramètres physiologiques mesurés sont dans les gammes usuelles mais diffèrent entre les traitements. Les valeurs du plasma sanguin de l’osmolarité, de l’équilibre hydrominéral (Na+) et de l’équilibre acide-base (HCO3

-) montrent que les poissons sont plus affectés par la qualité de l’eau que par la densité. Il n’y a pas de signe de stress aigu chez les poissons acclimatés, taux de cortisol et glycémie plasmatique similaires pour tous les traitements. Cette étude met en évidence que les effets de la densité d’élevage sur le bien-être du poisson ne peuvent pas être considérés sans référence à la qualité de l’eau et aux conditions d’alimentation.

La grille érosion de la pectorale et la dorsale de la truite arc-en-ciel a été validée en entreprise (Murgat), et étendue à la caudale (publication soumise, Roque et al.).

Chez le bar, une grille permettant d’évaluer l’état d’érosion de l’ensemble des nageoires sera disponible à court terme. Cette grille est en cours de test en entreprises (bassin ou cages). Une synthèse de données acquises précédemment au laboratoire utilisant les 4 indicateurs de bien-être retenus dans Benefish est de même en cours pour le bar (effet de la température, de l’hypoxie, des interactions densité-qualité d’eau…).

3.3.2 Ralentissement de croissance en circuits fermés, GRRAS Intervenantes: J. Person, A. Sévère

Dans ce projet Européen nous avons la responsabilité du work package physiologie, et intervenons dans les deux expériences conduites en 2007 à France Turbot (Noirmoutier).

Des prélèvements de sang et de tissus (foie, branchies) ont été réalisés à 3 dates (mars, juillet et septembre) dans les 18 bassins des 3 circuits testés: circuit ouvert, et les 2 circuits re-circulés qui se différencient par leur niveau d’ouverture (4% et 1 %).

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Au début du test croissance (mars-septembre) les circuits étaient en service depuis un an (sans qu’aucun ralentissement de croissance des poissons ait pu être mis en évidence). Dans les 2 circuits vieillis, un ralentissement de croissance par rapport au circuit ouvert a été observé dans le circuit le plus fermé après 3 mois chez les poissons de petite taille et après 6 mois chez les gros. Cette perte de poids de l’ordre de 20 % ne touche pas systématiquement le circuit le moins fermé testé.

Des mesures faites avec l’I-Stat mettent en évidence quelques différences selon le traitement dans les paramètres sanguins mesurés (équilibre acide base). Des mesures complémentaires sont en cours d’analyses au laboratoire. Elles devraient confirmer d’une part un état de santé globalement satisfaisant quelque soit le circuit et d’autre part des différences de l’équilibre ionique et acide base qui peuvent en partie expliquer les différences de croissance observées.

3.4 Projet SoleBemol Ce projet a pour objectif principal d’étudier chez des juvéniles de soles le devenir et les effets biologiques des contaminants chimiques de l’individu à la population. Le premier objectif est d’étudier les phénomènes de biodisponibilité, de bioaccumulation et de biotransformation de trois familles de contaminants organiques (PCB, HAP et PBDE) chez la sole. Le projet prévoie des études in situ dans 4 zones de nourricerie différentes et, pour évaluer précisément les effets spécifiques d’une substance donnée, une approche expérimentale en milieu contrôlé.

C’est dans ce cadre que notre équipe intervient, afin de caractériser au niveau physiologique (ingestion, croissance, processus digestifs et métaboliques) l’effet de polluants incorporés dans l’aliment. Les aliments testés sont enrobés avec l’huile de foie de morue contaminée avec les polluants dissous dans du solvant. De ce fait, un témoin supplémentaire, témoin« solvant », a donc été considéré.

L’expérience comprend une phase de contamination de 90 jours, suivie d’une phase de décontamination de 90 jours.

Effets des contaminants testés sur la croissance de la sole Intervenants: V. Buchet, O. Gastineau, N. le Bayon, H. Le Delliou

On n'observe aucune différence significative sur les taux de croissance selon les différents contaminants reçus. L'efficacité alimentaire est également identique, ce qui semble montrer qu'il n'y a eu aucune modification du métabolisme chez les poissons quelle que soient les conditions.

Analyses de la réponse du tractus gastro-intestinal aux polluants testés Intervenants: E. Desbruyères, C. Huelvan, H. Le Delliou, M.M. Le Gall, D. Mazurais, A. Sévère, J. Zambonino

3 pools de 5 poissons ont été prélevés par condition expérimentale, à J3, J7, J27, J83 et J167. Deux segments de 1 cm environ de l’intestin antérieur des poissons ont été prélevés pour 1/ des analyses histologiques et 2/ des analyses moléculaires. Le restant de l’intestin a servi pour les études enzymatiques (scrapping de muqueuse, purification des bordures en brosse des entérocytes). Le foie (dosage des transaminases et mesure de calorimétrie) a aussi été prélevé.

3 enzymes intestinales ont été dosées: la phosphatase alcaline (marqueur des structures villositaires), l’aminopeptidase N (impliquée dans la digestion des peptides, indicateur de la fonctionnalité des villosités) et la γ-glutamyltranspeptidase (impliquée dans les processus de détoxification).

L’analyse ANOVA à deux facteurs (polluant et temps) révèle uniquement un effet significatif des polluants sur l’activité de la phosphatase alcaline. Les valeurs d’activité spécifique des enzymes montrent que le témoin-solvant se comporte différemment du témoin, en particulier lors de la phase de démarrage de la contamination et décontamination, indiquant que la présence de solvant dans l’aliment a été ressentie par les poissons (effet appétence?). HAP et PCB semblent globalement affecter le plus fortement les activités enzymatiques, mais du fait de la forte variabilité, les

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tendances ne sont pas significatives. L’effet des polluants sur l’activité de la phosphatase alcaline indiquerait que ceux-ci affecteraient la structure de l’intestin (données à confirmer avec les observations histologiques).

Les analyses calorimétriques du foie ne montrent pas de différence entre les groupes. De la même manière, aucune différence n’a pu être révélée à l’examen des activités des transaminases hépatiques (Aspartate Amino Transférase, Glutamate Pyruvate Transférase), car la variabilité intra groupe était très élevée.

Cette forte variabilité nous a incités à renoncer aux analyses moléculaires.

Lors de la prochaine expérience, prévue en 2008, nous modifierons notre protocole de prélèvement pour minimiser la variabilité observée chez les soles (les lots de poissons dont nous disposons ne sont pas homogènes en taille…)

Evaluation de l’état physiologique selon les polluants testés Intervenants: A. Sévère, J. Person

Des prélèvements de sang et de foie ont été effectués à j28, j84 (fin de contamination) et à J168 (fin de décontamination) pour évaluer d’une part l’évolution dans le temps de l’état physiologique selon le traitement et d’autre part le niveau des réserves en glycogène hépatique. Les faibles volumes de sang collectés ont nécessité un regroupement des échantillons analysés (n=12 par condition). La biomasse de foie disponible va nécessiter un regroupement de tous les échantillons, ce qui va nuire à l’exploitation de cet indicateur d’état nutritionnel (les analyses ne sont encore disponibles).

Les paramètres plasmatiques mesurés (osmolarité, natrémie, chlorémie, calcémie, kaliémie) ne mettent en évidence aucune perturbation physiologique majeure des lots exposés par rapport au lot de référence (lot non contaminé). Les valeurs mesurées chez le lot de référence sont stabilisées dans le temps. En comparaison une réponse statistiquement significative est observée à J28 chez les lots exposés pour tous les paramètres mesurés dans le sens d’une dilution pour le PBDE et d’une concentration pour le PCB et HAP. En fin de décontamination une augmentation significative de la concentration ionique est observée uniquement pour le PCB, sans modification de l’osmolarité.

Dans la prochaine expérience la procédure de prélèvement du sang devra être modifiée (prélèvement plus rapide et conforme à la méthode de référence) et les mesures étendues à d’autres paramètres sanguins (hématocrite par exemple).

3.5 Physiologie des mollusques marins: du gène à l’organisme

3.5.1 Génomique de la survie estivale et de la reproduction chez l’huître creuse Crassostrea gigas

Action (C040404A): Aquafirst et (C020401): générique Intervenants: E. Fleury, C. Fabioux, A. Huvet, J. Moal, J.F. Samain, J.Y. Daniel, J.R. Le Coz, V. Quillien, C. Quéré, P. Boudry

Dans le cadre du défi Morest dédié à l’étude du phénomène complexe des mortalités estivales, une composante génétique aux variations observées de la survie estivale du naissain a été démontrée permettant de disposer d’huîtres « résistantes » (R) et « sensibles » (S) aux mortalités estivales. Dans le but d’identifier des gènes différentiellement exprimés entre ces deux souches et permettre ainsi de rechercher le(s) mécanismes(s) impliqué(s) dans la survie estivale, nous avons réalisé une approche transcriptomique (puces à ADN) pour comparer les souches R et S.

Pour ce faire, nous avons, dans un premier temps, développé des outils de génomique fonctionnelle. Un grand nombre de séquences transcrites (ESTs) du génome de l’huître ont été produites à partir de 4 banques normalisées d’ADNc dans le cadre du réseau d’excellence Marine Genomic Europe, et 12 banques soustractives entre R et S, dans le cadre du programme européen Aquafirst. Nous avons ainsi traité bio-informatiquement l’ensemble des séquences obtenues, en y

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ajoutant les séquences publiques préalablement disponibles chez C. gigas, avec l’aide de la plateforme Sigenae (INRA, Toulouse). La base unique annotée et assemblée est formée de 1758 contigs et 7518 singletons, soit 9216 unigenes (http://www.sigenae.org/aquafirst), utilisés pour produire une puce à ADN, contenant 22176 spots, (MPI, Berlin) (Figure 7). A cette base, s’ajoute les nouveaux séquençages massifs d’ESTs du projet Genoscope permettant d’agrandir ce nombre d’ESTs C. gigas à 55074 assemblés en 26724 contigs.

Figure 7: La puce à ADN dédiée à Crassostrea gigas. Ici n'est représenté seulement un quart de la lame contenant au total 12 blocs de 462 sports chacun (soit plus de 9000 gènes en duplicat).

A partir de la puce à ADN produite, des expériences d’hybridation ont été réalisées à la plateforme IFR140-Génopole Ouest (Rennes) à partir d’échantillons R et S prélevés in situ au cours de la gamétogénèse et entourant l’épisode de mortalité. A noter que nous avons participé en parallèle à deux expériences d’hybridation d’échantillons R et S prélevés après un stress hypoxique et un challenge bactérien, tous deux étant potentiellement impliqués dans les phénomènes de mortalités estivales observées in situ. Pour l’expérience in situ, l’analyse statistique a permis d’identifier 438 gènes différentiellement exprimés entre R et S (thèse Elodie Fleury, Figure 8).

Figure 8: Représentation graphique d'une analyse de clustering hiérarchique.

Elle est réalisée sur 438 gènes différentiellement exprimés (False Discovery Rate= 4%) dans la gonade entre échantillons d’huîtres Résistantes et Sensibles aux mortalités estivales prélevées in situ sur 5 temps (de avril (T1), mai (T2), juin (T3 & T4) à juillet (T5)). Chaque ligne représente un gène et chaque colonne représente un pool de 3 échantillons. Pour chaque gène, le niveau d’expression est indiqué par une échelle de couleur, le rouge et le vert correspondent respectivement à une sur- ou sous-expression entre R et S et le noir à une expression médiane. Le dendogramme sur la gauche représente les distances de corrélation entre les profils des gènes étudiés.

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Les analyses d’annotation de ces gènes ont révélé qu’ils étaient potentiellement impliqués dans des processus biologiques tels que le stress, la production d’énergie ou encore la reproduction. De plus, cette analyse a permis d’identifier des « gènes candidats » particulièrement intéressants par rapport à la problématique étudiée. Par exemple, l’EST Og-TGFb-like (oyster gonadal Transforming Growth Factor beta) a été sélectionné pour son différentiel entre R et S et son implication potentielle dans des processus liés à la reproduction. En effet, la spécificité d’expression de ce gène dans les cellules somatiques de la gonade suggère fortement que ce gène ait un rôle dans le développement gonadique et la maturation des cellules germinales de l’huître (Fleury et al., 2008). Il devient donc important de comprendre son interaction (si elle existe) avec la survie estivale. Or, nous savons déjà que la reproduction interagit avec la survie estivale. Des différences significatives ont été observées entre souches R et S au niveau de leur stratégie de reproduction, notamment de l’effort de reproduction (Samain et al, 2007). De ce fait, un autre EST différentiellement exprimé entre R et S nous est apparu fortement intéressant, un EST annoté en tant que « récepteur Neuropeptide Y », potentiellement impliqué dans la balance énergétique de la reproduction d’après la littérature. L’ensemble des ESTs identifiés dans ce travail constituent les premières pistes d’études ultérieures, à la fois, en physiologie pour comprendre leur fonction dans l’huître et leur éventuel rôle dans la survie différentielle de R et S, et en génétique pour rechercher des Quantitative Trait Loci associés au caractère survie estivale (collaboration S. Lapègue, LGP Ifremer La Tremblade). Ce travail souligne le manque d’informations dont nous disposons sur la reproduction et sa régulation chez les bivalves marins et l’intérêt que nous avons à les étudier. C’est un des principaux axes de recherche développé au sein de l’UMR M100.

L’identification de gènes d’intérêt pour une problématique posée va nécessiter de comprendre le rôle de ces gènes pour répondre à la question posée. Pour ce faire, il va nous falloir développer de nouveaux outils, notamment de génétique inverse. Cette démarche s’inscrit plus largement dans la compréhension du fonctionnement du génome de l’huître dont la connaissance en données de séquence s’accroit très rapidement ces dernières années. D’un point de vue méthodologique, la mise au point d’une technique d’inhibition de l’expression de gène chez l’huître constitue un objectif majeur car aucune stratégie de ce type n’a été réalisée chez les mollusques marins alors qu’elle devient incontournable à de nombreuses recherches en physiologie.

L'interférence génétique par des ARN doubles brins (RNAi) nous est apparue parfaitement adaptée à l'analyse fonctionnelle du gène Oyster vasa-like (Oyvlg) chez l'huître, exprimé spécifiquement dans les cellules de la lignée germinale et qui nous a permis de mettre en évidence l'origine et les mécanismes de renouvellement des cellules germinales chez cette espèce (Fabioux et al., 2004a,b). Il est intéressant de noter que l’inactivation du gène vasa a été réalisée chez plusieurs organismes, le phénotype visible extrême observé étant la stérilité totale (Kuznicki et al., 2000). La mise au point de la technique RNAi a été entreprise au cours du stage post-doctoral de C. Fabioux réalisé au sein de l’UMR M100. Après synthèse par transcription in vitro d’ARN double brins (dsRNA), spécifiques du gène Oyvlg, nous les avons injectés à des huîtres adultes. Nos résultats montrent que l'injection de dsRNA-Oyvlg provoque une diminution de l'expression d’Oyvlg de 25% en moyenne chez les individus traités par rapport aux individus témoins (mesurée par RT-PCR en temps réel); ces valeurs peuvent atteindre 67% d’inhibition pour certains individus. En lipofectant des Oyvlg-dsRNA dans des ovocytes, une diminution d’environ 35% de l'expression d’Oyvlg a été observée dans les ovocytes lipofectés par rapport aux ovocytes non lipofectés. Nous avons donc mis en évidence une inhibition partielle de l'expression d’Oyvlg dans la gonade d’huître adulte et chez des ovocytes en primoculture, sans pour autant révéler de phénotypes visible suite à ces administrations. Ces résultats sont encourageants et permettent de poser les bases de l'exploration fonctionnelle de gènes par RNAi chez les bivalves marins.

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3.5.2 Pathologie et écopathologie de l’huître creuse et de la coquille st-Jacques Intervenants: J.L. Nicolas, M. Garnier

Facteurs de virulence des Vibrios: Bilan du projet GIS-Génomer Vibrios (2004-2007)

Deux souches de V. aestuarianus ont été sélectionnées pour leur proximité génomique par hybridation ADN-ADN et par séquençage de 3 gènes d’intérêt phylogénétique (16S, gyrB et toxR). La souche 02/041 est pathogène alors que 01/308 ne provoque aucune mortalité d’huîtres en infection expérimentale.

Une banque soustractive a été établie à partir de ces souches. Après criblage en macroarrays, 751/1157 clones ont été sélectionnés comme spécifiques de la souche O2/041 (65%) et un total de 527 séquences exploitables ont été obtenues. Les inserts des clones sélectionnés comme spécifiques de la souche virulente 02/041 ont été amplifiés par PCR et déposés sur des membranes de nylon. Chacune des membranes a été hybridée avec l’ADN génomique marqué issu de souches très virulentes (n=4) et peu ou pas virulentes (n=5). Très peu de corrélations ont pu être faites entre résultats de macroarrays et le statut de virulence. La classification fonctionnelle des gènes correspondant montre que 34% correspondent à des protéines hypothétiques conservées ou non. Parmi les fragments séquencés, certains correspondent à des gènes de virulence candidats. Outre une métalloprotéase (étudiée par Yannick Labreuche), il s’agit de gènes codant pour une protéine impliquée dans le transport de sidérophore, et d’une hémaglutinine. Enfin certains gènes pouvant intervenir dans la sécrétion de toxines ont été détectés: gène de sécrétion extracellulaire(EPS) de la voie type II impliquée la sécrétion des toxines cholériques et de l’hémagglutinine/protéase chez Vibrio cholerae et du gène aprE impliquée dans l’exportation de protéases alcalines chez Pseudomonas aeruginosa. Le gène de la métallo-protéase a été recherché dans une collection de souches de V. aestuarianus et préalablement caractérisées d’un point de vue virulence en infection expérimentale. Il a été détecté dans la plupart des souches testées, qu’elles soient virulentes ou non, exception faite de la souche 01/308 utilisée comme « driver » au moment d’établir la banque SSH. La comparaison des séquences du gène vam de chaque souche révèle 100% d’identité en acide aminés.

Une description phénotypique et génotypique des souches françaises a conduit à proposer de constituer une sous-espèce Francesis qui se caractérise notamment par des déficiences au niveau de la croissance de la non utilisation de plusieurs substrat, de l’incapacité à se développer sur milieu TCBS et par une colonie différente. Publication acceptée.

Probiotiques: Recherche de molécules stimulant des activités enzymatiques digestives des crustacés: les essais de purification à partir d’ECPs (produits extracellulaires) de Lactobacillus farciminis et L. rhamnosus de protéines entrepris l’an dernier se sont poursuivis. Le fractionnement sur colonne d’exclusion de tailles a été modifié. En prenant du tampon PBS à la place de l’eau comme éluant un plus grand nombre de pics sont apparus (Figure 9).

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Figure 9: Chromatogramme des ECPs passés sur colonne d’exclusion de taille.

Si les effets de stimulation de quelques pics sur les activités enzymatiques digestives des artémias ont été nets, les protéines disparaissaient sans doute en devenant insolubles à la lyophilisation empêchant leur caractérisation. Ces essais de purification seront repris dans le cadre d’une thèse qui normalement devrait démarrer en septembre 2008 (Financement AUF; Agence Universitaire our la Francophonie).

Sélection de nouveaux probiotiques.pour les bivalves: des screenings sur des larves réparties dans des cupules de plaques de culture cellulaire ont permis de sélectionner quelques bactéries dont des lactobacilles qui à fortess concentrations n’avaient pas d’effet négatif sur les larves de Pecten maximus et qui présentent a priori des potentialités probiotiques. Des tests seront à faire en élevage larvaire pour vérifier celles-ci et de travailler sur l’optimisation de leurs effets.

Ecologie de Vibrio aestuarianus Dans le cadre de la thèse d’Afi Azandegbe 2 sites ateliers ont été choisis: Fort Espagnol (rivière d’Auray ou MO) et L’aber Benoît (ou AB), l’un étant à forte mortalité, l’autre généralement non sujet aux mortalités estivales. Des poches d’huîtres de 18 mois ont été placées sur des tables existantes. Des suivis physico-chimique et microbiologique du sédiment ont démarré en juin 2007 et seront poursuivis jusqu’en juin 2008. Les mortalités sont enregistrées régulièrement et les bactéries de l’hémolymphe sont comptées et analysées.

Concentrations bactériennes du sédiment (Aber-Benoît)

1.E+02

1.E+03

1.E+04

1.E+05

1.E+06

1.E+07

4.0% 15.0% 13.0% 8.3%

Juin Juillet Août Septembre

Temps (mois) et taux de mortalité

CFU

/g s

ed. s

ec

Totale viableVibrio TCBSV. aest.

Figure 10: Evolution de V. aestuarianus en fonction des autres vibrios et de la microflore totale.

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Les facteurs physico-chimiques mesurés ne sont pas en rapport avec une variabilité de la microflore. En effet de fortes teneurs en ammoniac apparaissent sous les tables pendant les mois d’été et s’estompent progressivement tandis que la microflore est soit très variable (MO) (Figures 9 et 10) soit très stable (AB). L’anorexie est sensible dès les premiers millimètres que ce soit sous les tables ou en dehors.

Les huîtres de l’aber Benoît ont subi une forte mortalité surtout vers la fin de l’été confirmant ainsi les observations des ostréiculteurs dans cette zone. A Fort Espagnol les mortalités ont été plus limitées. Dans de nombreuses huîtres, apparemment saines, des concentrations très élevées en bactéries ont été retrouvées jusqu’à 107 cell./ml ou plus sans entraîner leur mort. V aestuarianus est très souvent présent mais il n’est pas toujours dominant.

3.6 Ecophysiologie des mollusques marins: de l’organisme à l’écosystème

3.6.1 Projet Obtention de Juvéniles de Qualité

Intervants: R. Robert, B. Petton, C. Mingant, I. Quéau, L. Lebrun, P. Le Souchu

Finalisation de la thèse de Rym Ben Kheder Ce travail portait sur la recherche d’indices de qualité chez les larves de Crassostrea gigas. Cette thèse conduite dans le cadre d’une cotutelle franco-tunisienne a été soutenue le 05 décembre 2007 à l’Université de Brest.

Poursuite de la thèse de Benjamin Rico-Villa Ce travail porte sur la recherche des besoins écophysiologiques des larves de C. gigas. La soutenance est prévue pour décembre 2008.

Maîtrise de la production en écloserie de l’huître plate Ostrea edulis Cette espèce a été décrite à plusieurs reprises comme étant sujette à de brusques mortalités larvaires et postlarvaires dont l’origine reste méconnue. Les premières expérimentations ont porté sur l’incidence de la qualité de l’alimentation sur le conditionnement et les performances larvaires. Les meilleurs résultats sont donc obtenus avec des géniteurs conditionnés sous régime bi-specifique (Rhodomonas salina ou Thalassiosira weissflogii), qui sont capables de maintenir une période de ponte plus regroupée dans le temps, et qui malgré une croissance moyenne et une plus faible survie larvaire conduit à de meilleures performances de métamorphose.

Dans le cadre d’un plan de relance de l’huître plate en Languedoc Roussillon une production de 100 000 naissains T8 avait été programmée à partir de géniteurs issus de Méditerranée (mer et étang) reçus au laboratoire en mai 2007. Cette prestation n’a pu être conduite correctement au vue des fortes mortalités larvaires survenant souvent en fin d’élevage. Seule une émission de 150 000 larves a permis l’obtention de 5 000 naissain qui ont été fournis au CEPRALMAR cet automne pour des premiers essais de prégrossissement en étang. Des travaux de recherche d’éventuels vibrios dans notre dispositif expérimental ont par conséquent été conduits au cours de l’été et des travaux d’amélioration de nos systèmes d’élevage en flux ouvert entrepris à l’automne sur C. gigas.

Mise en place d’une démarche qualité Lors de la phase précoce d’élevage de C. gigas, des échecs épisodiques ont été relevés à Argenton en 2007 tout comme dans certaines écloseries privées. Ils se sont caractérisés par des mortalités brutales de la quasi totalité de la population larvaire à un stade de développement avancé. Ce constat était encore plus fort avec l’huître plate Ostrea edulis

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L’hypothèse généralement émise pour expliquer les phénomènes de mortalité larvaire est celle d’une infestation bactérienne des élevages (vibrios). La figure suivante présente l’impact « Qualité » sur le résultat de la phase précoce d’élevage. Elle assimile la nécessité d’une approche concomitante en prophylaxie et optimisation des procédés de production. De même, y sont intégrées les composantes proches ou satellites du système d’élevage larvaire. La performance finale est donc sujette au niveau de contrôle « Qualité »: des intrants indirects et directs, de la gestion des interactions générées par ces derniers, de la présence ou non d’agents potentiellement perturbateurs (vibrios).

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L’approche microbiologique quantitative s’est avérée un outil efficace. Il a permis d’expliquer au moins partiellement les mauvaises performances zootechniques enregistrées. L’eau de mer et les algues sont apparues comme les principaux vecteurs de vibrions. Certaines erreurs conceptuelles et carences sont aujourd’hui parfaitement ciblées, comme le traitement de l’eau de mer et de l’air ou encore la nécessité de contrôler la qualité des algues produites. Enfin, l’optimisation du conditionnement des animaux reproducteurs semble être le point clé de la production de juvéniles d’huître plate. En effet, la mise en élevage de larves présentant une forte charge bactérienne comme relevée lors de ce suivi est rédhibitoire et ne permettra pas de développer, puis fiabiliser une production de juvéniles. La valeur bactérienne (totale ou spécifique), d’un milieu, d’un animal est un précieux descripteur qualitatif d’une condition, d’un état physiologique, donc un critère qualité fiable à développer.

Optimisation des techniques d’élevage larvaire en petits volumes. Ces petits systèmes d’élevage larvaire en 5L conçus par l’équipe d’Argenton ont pour objectif de développer les techniques d’élevages larvaires en flux ouvert pour des espèces à faible reproduction (O. edulis ou R. decussatus: 1-2 millions d’ovocytes par femelle) ou pour la sélection familiale d’espèce plus prolifique (C. gigas ou P. maximus) mais nécessitant un grand nombre de familles élevées en parallèle (programmes de sélection génétique).

Les différents essais, menés avec C. gigas, ont permis de définir et de hiérarchiser les facteurs clés de cette phase d’élevage. Le résultat principal est la mise en évidence du rôle prépondérant de l’hydrodynamisme dans la gestion du milieu de vie. Le sens d’alimentation de l’eau de mer (par le bas) permet des différences significatives en survie et en croissance, de même un apport d’air s’avère nécessaire. Par contre l’augmentation du débit horaire de 30 à 300% pour l’eau de mer et de 300 ml à 3000 ml pour l’air n’apportent pas de différence significative. Pour un taux de renouvellement horaire de 30%, l’oxygène disponible n’est pas limitant puisqu’il est en fin de période larvaire supérieur à 80% de la saturation dans le milieu d’élevage (40 larves par ml).

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Les valeurs moyennes de survie et de croissance obtenues avec ce nouvel outil sont bonnes et même supérieures significativement à celles relevées dans les anciennes structures de références d’Argenton (35L).

Comparaison des besoins nutritionnels des larves de C. gigas et de R. decusssatus. Ce travail conduit dans le cadre d’une coopération franco-tunisienne engageant Ifremer et l’INSTM et d’une thèse de l’Université de Tunis a permis à Medhi El Abed d’effectuer un deuxième séjour de trois mois à l’écloserie d’Argenton d’octobre à décembre 2007. La première expérience concernait l’étude comparée de la consommation journalière chez des larves de C. gigas et de R. decussatus, élevées en système statique, sur la base d’un régime bispécifique de référence, Isochrysis aff. galbana + Chaetoceros pumilum. La deuxième concernait l’effet de trois espèces de microalgues fourrage isolées du littoral tunisien (Chaetoceros minus, Piccochlorum sp, Tetraselmis sp) sur la survie et le développement larvaire d’huître et de palourde en se basant sur des assemblages monospecifiques et bispécifiques à proportion variable trispécifique. L’ensemble était comparé à des élevages maintenus à jeun (témoin négatif) et alimentés sur le régime de référence (témoin positif).

L’analyse de la consommation de t. Iso dans un régime plurispécifique a été tentée via des techniques d’immunologie: fabrication d’anticorps/anti-iso. Cette mise au point n’a pas encore abouti et sera donc poursuivie en 2008 en Tunisie chez la palourde européenne avant d’être validée à Argenton chez l’huître creuse.

Activité d’accompagnement de la recherche et coopérations internationales Collaboration avec le Québec

Une collaboration bilatérale franco-canadienne a été renforcée suite à une mission d’étude (voir rapport mission joint en annexe) s’inscrivant dans les échanges Pôles Mer Bretagne/Région PACA et les Créneaux Québecquois (Pêches et Aquaculture et Océanographie opérationnelle). Un partenariat recherche a été redéfini entre le LPI et l’ISMER dont l’objectif est de sécuriser les méthodes de production larvaire et phytoplanctonique chez deux pectinidés d’intérêt commercial. Trois axes de recherche sont proposés: optimisation des élevages larvaires de mollusques, amélioration des productions phytoplanctoniques et amélioration de la prophylaxie en élevage larvaire de pectinidés.

Collaboration avec la Nouvelle Zélande

Une collaboration bilatérale franco-néozélandaise a été initiée en 2007 avec le Cawthron Institute de Nelson à travers un appel à propositions Dumont d’Urville. Parmi les quatre dossiers retenus, un seul concernait les mollusques, notre contribution intitulée « Optimisation des Elevages Larvaires de Bivalves: OPELB ». Au cours du séjour d’une semaine de Nick King au LPI/Agenton en juin dernier des travaux sur la dérive de la qualité alimentaire de Chaetoceros calcitrans forma pumilum ont été conduits sur des larves de C. gigas. Ils n’ont pas permis de reproduire les phénomènes observés au Glenhaven Aquaculture Centre (Nouvelle Zélande). Le séjour de René Robert d’une semaine en décembre 2007 avait pour objectif de visiter les installations expérimentales du Cawthron Institute, de rencontrer différents acteurs de la conchyliculture et de discuter des thèmes de recherche d’intérêt commun (cryoconservation, développement d’un modèle DEB pour la moule verte Perna canaliculus, recherche de nouvelles microalgues pour les larves d’huître et de moule, dérive de la qualité nutritionnelle des diatomées).

Transfert auprès de l’industrie Un transfert de notre savoir-faire en élevage larvaire en flux ouvert a été opéré auprès de l'’écloserie de France Turbot et nous avons accompagné l’installation d’une nouvelle écloserie en Bretagne (NovOstrea) en expertisant leur dossier à la demande d’Emergys.

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3.6.2 Modélisation de l’Ecophysiologie des mollusques filtreurs Intervenants:M. Alunno-Bruscia, S. Pouvreau

Les mollusques filtreurs et a fortiori les huîtres, Crassostrea gigas, sont des organismes dont la physiologie est directement sous la dépendance de l’environnement. L’étude de l’effet des facteurs environnementaux (température, nourriture) sur la physiologie (éco-physiologie) est donc primordiale quand on s’intéresse à l’optimisation (et à la prédiction) des performances de développement, de croissance et de reproduction de cette espèce, en condition contrôlée ou in situ. Cependant, comme tous les facteurs interagissent ensemble, une meilleure compréhension de l’éco-physiologie des mollusques passe par l’utilisation d’outils de modélisation, et en particulier le modèle des budgets d’énergie dynamique (DEB). Dans ce contexte, l’année 2007 a consisté à améliorer le modèle DEB d’éco-physiologie de l’huître creuse publié en 2006 (Pouvreau et al. 2006), en revoyant notamment les valeurs de certains paramètres et en le validant sur des données de croissance d’huîtres dans une claire ostréicole. Cette nouvelle validation a permis de confirmer que le nombre de cellules phytoplanctoniques conduisait à de meilleures prédictions de la croissance des huîtres, par rapport à la chlorophylle a; par ailleurs, le modèle a révélé que certaines algues, e.g. Tetraselmis suecica n’étaient pas ou prou ingérées et/ou assimilées par les huîtres (Figure 11). La validation du modèle actuel se poursuit sur des jeux de données du bassin de Marennes-Oléron, ainsi que sur d’autres sites conchylicoles (baie du Mont Saint-Michel, baie de Veys, baie de Bourgneuf).

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Figure 11: Comparaison entre la masse de chair sèche d’huîtres observée et simulée de janvier 2006 à janvier 2007 dans une claire ostréicole (marais du Plomb, Charente Maritime): simulations à partir de la concentration phytoplanctonique exprimée en nombre de cellules/L (A) et en volume/L (B), et simulations en ne sélectionnant que certaines espèces phytoplanctoniques exprimées en nombre de cellules/L (C) et et en volume/L (D).

L’outil de modélisation DEB est également au cœur du Groupement de Recherche Européen (GdRE) AquaDEB, créé à l’initiative d’Ifremer (2007-2011) et qui regroupe 9 partenaires français et néerlandais. L’objectif d’AquaDEB est d’étudier la sensibilité d’espèces clés du point de vue aquacole, halieutique ou écologique (e.g. huître, sole, anchois) à la variabilité environnementale d’origine naturelle ou anthropique, et de comparer les réponses physiologiques de ces espèces à différentes échelles biologiques (individu, population, écosystème) et temporelles (cycle de vie, dynamique de population, évolution). Ce modèle va servir à prévoir, pour différents scénarios de perturbations environnementales (eutrophisation excessive, pollution, exploitation, changement climatique), les répercussions sur la croissance, la reproduction et la survie des individus, et de préciser les stratégies de survie et d’expansion des populations selon les espèces. En 2007, deux

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réunions du GdRE AquaDEB ont été organisées, réunissant entre 30 et 40 personnes (France, Pays-Bas, Norvège, Portugal). Le travail commun et les discussions scientifiques de ces réunions ont porté principalement sur: i/ l’interprétation et l’estimation des paramètres du modèle DEB pour chacune des espèces étudiées (mollusques, poissons), primordiale pour d’une part comparer la physiologie des espèces et pour passer aux échelles temporelles et biologiques supérieures; ii/ la bioaccumulation et la biotransformation de contaminants et leurs effets sur la physiologie des organismes, avec des répercussions à l’échelle de la population, voire au niveau évolutif. AquaDEB fonctionne également comme un réseau de formation de jeunes chercheurs, avec 8 projets de doctorat et 3 de post-doctorat en cours en 2007, qui ont contribué à AquaDEB2.

3.6.3 Variabilité du recrutement de l’Huître Creuse en France Intervenants: S. Pouvreau

Depuis une dizaine d'années en France, le captage de l'huître creuse, Crassostrea gigas, est très variable: à des années de captage nul ou très faible (e.g. 2002, 2005 et 2007) succèdent des années pléthoriques (e.g. 2003, 2006). Cette forte variabilité inter-annuelle du recrutement inquiète le Comité National de la Conchyliculture et les causes de ce phénomène méritent d'être identifiées. Sur les bassins d'Arcachon et de Marennes-Oléron, principaux centres de captage français pour C. gigas, il semble qu'une grande part de la variabilité du recrutement soit d'origine bio-climatique: température, régime de vent, salinité et abondance phytoplanctonique réguleraient le déroulement de la reproduction et la rapidité du développement larvaire.

Cette dépendance aux aléas climatiques reste à être vérifiée sur de nouvelles années, sur plusieurs bassins et de façon déterministe afin d'identifier clairement le lien entre les causes et les effets. ObserVEr, AnaLYser et GERer la variabilité du recrutement de l'huître creuse en France constituent donc les objectifs premiers de ce nouveau projet, intitulé: VeLyGer (Figure 12). En outre, ce projet permettra aussi de mieux analyser les éventuels effets du changement climatique sur la reproduction de cette espèce de prime importance pour la conchyliculture française.

Initié toute fin 2006, ce projet est passé en 2007, par une phase d’avant-projet permettant d’établir avec les différents partenaires la liste des actions du projet. La maquette d’avant-projet a ensuite était été présentée au CNC et à différentes SRC ainsi qu’en interne Ifremer. Le dossier d’avant-projet a ensuite été validé par le CCO en mars 2008, ce qui a permis d’initier une phase de démarrage du projet pour l’année 2008. Il a été convenu que cette phase de démarrage sera tout d’abord réalisée sur un nombre de sites minimal (rade de Brest, Marennes Oléron et Arcachon) et étendue à d’autres sites sous réserve d’obtention des fonds FEP demandés pour ce projet.

En savoir plus: http://wwz.ifremer.fr/velyger

Figure 12: VeLyGer: un projet qui démarre en 2008 à l'Ifremer.

2 http://www.ifremer.fr/aquadeb/fr/presentation/chercheurs_debutants.htm

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3.6.4 Qualité des gamètes de mollusques et poissons

Intervenants: M. Suquet et collaborateurs

Travaux menés sur l’huître creuse (programme Triplofimer) Des outils de détermination de la qualité des spermatozoïdes d’huîtres tétraploïdes ont été mis au point, permettant la détermination de la concentration en spermatozoïdes par spectrophotométrie, la mesure des nucléotides intracellulaires par HPLC et l’estimation de la qualité de certains compartiments cellulaires (membrane plasmique et mitochondries). Des protocoles expérimentaux d’incubation d’embryons d’huître creuse ont été établis.

0102030405060708090

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Figure 13: Effet du rapport spermatozoïdes/ovocyte sur le taux de larves D (échantillons de sperme de 3 individus tétraploïdes et de pools d'animaux diploïdes et tétraploïdes).

L’utilisation de ces outils a permis de décrire quelques unes des caractéristiques biologiques des spermatozoïdes: la capacité de fécondation de spermatozoïdes d’huîtres tétraploïdes, définie en terme de rapport optimal spermatozoïdes/œuf, est 10 fois inférieure à celle relevée chez les animaux diploïdes.

La phase de nage des spermatozoïdes d’huîtres tétraploïdes a été décrite: comparée aux travaux réalisés sur les spermatozoïdes de poissons, cette phase est de longue durée: 50% des spermatozoïdes sont toujours mobiles 9 à 24h après activation, selon les individus. La concentration en ATP des spermatozoïdes d’huîtres tétraploïdes est supérieure à celle relevée chez les animaux diploïdes et reste relativement constante au cours de la phase de nage, à l’exception de la 1ère heure de mouvement durant laquelle une chute est observée. En fin de mouvement, la structure des spermatozoïdes d’huîtres diploïdes, vue par microscopie électronique à transmission, apparaît altérée (coopération A. Donval, IUEM).

Une méthode de conservation à 4°C d’échantillons de sperme a été mise au point montrant une bonne survie après 7 jours. L’apport d’un cocktail d’antibiotiques lors de la conservation inhibe totalement le développement de la flore bactérienne. Des outils moléculaires permettant la détection des principales espèces de bactéries réputées pathogènes ainsi que de la présence d’herpes virus, ont été mis au point. La transmission du virus des reproducteurs aux gamètes et à sa descendance n’a pu être établie.

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Figure 14: Effet de la durée de conservation à 4°C sur le taux de larves D obtenu, pour des échantillons de sperme d'individus 2n et 4n.

La méthode de conservation des spermatozoïdes d’huîtres tétraploïdes a été validée à l’échelle de production (expérimentation réalisée à l’écloserie de la Satmar), montrant des survies embryonnaires équivalentes ou supérieures à celles observées avec des échantillons de sperme frais.

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Figure 15: Effet de l'origine du sperme et de la conservation à 4°C sur les taux de larves D.

L’utilisation des techniques acquises lors du contrat Triplofimer sur la gestion des semences d’huîtres tétraploïdes doit favoriser la diffusion d’échantillons de sperme et soutenir le développement de la filière de production d’huîtres triploïdes.

D’autre part, la qualité des membranes de spermatozoïdes d’huîtres diploïdes a été caractérisée par utilisation de la cytométrie de flux (coopération P. Soudant, IUEM). De plus, les premiers éléments d’un protocole d’anesthésie d’huîtres creuses adultes ont été précisés. Un chlorure de magnésium d’origine agricole permet l’anesthésie d’un pourcentage élevé d’huîtres sans qu’une mortalité importante puisse être constatée.

Travaux menés sur le merlu (programme Crocomer) Les principales caractéristiques des spermatozoïdes de merlu ont été décrites à partir d’échantillons prélevés lors de la campagne Mercap 1, mise en place par le Lasaa: concentration en spermatozoïdes, pourcentages de cellules mobiles, composition du liquide séminal. Des essais de conservation à 4°C ont montré une bonne survie des échantillons de sperme (coopération A.L. Groison, Université de Bergen). Une analyse plus complète de la mobilité sera réalisée au CNRS de Villefranche sur mer (coopération J. Cosson).

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4 Perspectives 2008 L’année 2008 va voir apparaître des évolutions significatives dans le département PFOM.

4.1 Evolution du personnel et des laboratoires Trois nouveaux chercheurs sont arrivés en 2007 dans le groupe mollusque, Charlotte Corporeau, Marianne Alunno-Bruscia, Pierre Boudry. Jean-François Samain est parti en retraite. Dans le groupe poisson, trois chercheurs vont partir en 2008 ou début 2009: Jean Robin et Jeannine Person en retraite, MF Gouillou-Coustans, en arrêt maladie depuis 2006 ne prévoit pas de réintégrer le département. Le remplacement des chercheurs sur les thématiques poisson ne se fait plus depuis plusieurs années à l’Ifremer, l’objectif étant de diminuer l’effort en recherche sur les poissons suivant les recommandations de la cour des comptes.

La perte de compétences du groupe poisson est à déplorer et contraindra très fortement les orientations scientifiques et les partenariats de ce groupe. Les recrutements dans le groupe mollusque ont bien sûr été fait de façon à conforter les orientations scientifiques du département.

4.2 Projets de recherche pour l’année 2008 La réunion démarche stratégique du département (19 mai 2008) a conforté les orientations de recherche déjà engagées.

« Le département Physiologie des Organismes Marins a été créé il y a 4 ans pour acquérir des connaissances sur le cycle de vie d’espèces marines exploitées, et les modifications de leurs fonctions physiologiques en réponse aux changements environnementaux. La finalité de ces recherches était le développement de l’aquaculture principalement, ces connaissances étant également utiles à la recherche halieutique.

Au cours des dernières années, la demande sociétale a évolué. L’alarme a été lancée sur les espèces menacées de disparition par une surexploitation halieutique et/ou une dégradation de l’environnement. L’aquaculture a été perçue comme intervenant de façon majeure dans la dégradation :

– de l’environnement côtier: pollution organique des élevages de poisson,

– dans la biodiversité et la dégradation des habitats: l’huître creuse Crassostrea gigas est une espèce invasive, responsable maintenant de la banalisation et de l’homogénéisation des communautés biologiques littorales.

La demande sociétale s’est renforcée vers une protection des espèces (cf. Greenpeace, wwf) et de l’environnement. Il s’agit encore moins qu’avant de produire telle ou telle ressource alimentaire sans prendre en compte tout l’écosystème. La demande mondiale en produits de la mer augmentera considérablement au cours des prochaines années, il faudra s’efforcer d’y répondre notamment par l’augmentation de l’aquaculture, mais dans une perspective de développement durable.

En conséquence, les recherches conduites par le département se sont progressivement orientées vers une approche écosystémique de l’aquaculture, tout à fait en cohérence avec la réflexion menée par A. Gérard et P.h. Gros (Exploitation et production durable des ressources alimentaires marines, Plan stratégique 2009-2012) ».

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Les projets qui seront développés en 2008 s’inscrivent dans ces philosophies:

Protection de la biodiversité et des ressources génétiques:

– le projet européen SELFDOTT (faisant intervenir des chercheurs de Brest et Palavas) a pour but la maîtrise de la reproduction et du développement larvaire et de l’alimentation du thon rouge, espèce très menacée par la surpêche.

– Projet Européen SETTLE sur la diversification de la production des bivalves en écloserie: huître plate et coquille St Jacques.

– Le projet Interreg SEAFARE pour lequel l’Ifremer (La Tremblade et Brest) sera en particulier impliqué dans le sous-projet « aquaculture pour maintenir la biodiversité » avec des travaux sur l’huître plate et aussi l’étude du caractère invasif de l’huître creuse.

– Réponse à un appel d’offre européen sur la reproduction et le développement larvaire de l’anguille.

Préservation de l’environnement Impact des polluants et contaminants sur les poissons et mollusques, à l’échelle de l’individu et des populations

ANR SOLEBEMOL, action des contaminants sur les soles et le programme

ANR RHYMER, action des hydrocarbures sur le bar, l’anguille et l’huître (le département prenant en charge l’étude des microflores associées), en relation avec le Cedre.

Impact du changement global

– sur le recrutement des naissains, projet VELIGER, demandé par la profession (CNC), et renforcé par le développement de la thématique DEB (Dynamic Energy Budget) grâce à l’arrivée de Marianne Alumno Bruscia,

– sur la survie et reproduction de l’huître creuse, projet ANR REPROMITO (déposé),

Par ailleurs, les recherches sur les thématiques engagées depuis plusieurs années dans le département se poursuivent :

Survie estivale et reproduction des huîtres creuses

– Projet ANR RISCOSOL sur l’étude des mortalités en baie de Quiberon) mené en collaboration avec le LER de La trinité.

– Projet Oxygène, financé par l’axe 1 Europole Mer, sur l’expression de gènes liés à la reproduction et au stress oxydatif chez les huîtres, qui bénéficie notamment de l’apport des compétences de Charlotte Corporeau.

Remplacement des farines et huiles de poisson marins Dans l’alimentation des poissons, notamment l’étude par approche génomique de l’expression de gènes intervenant dans la synthèse d’acides gras polyunsaturés chez le bar.

Mise en place et bénéfices apportés par des communautés microbiennes dans le tractus digestif des poissons. Projet Européen PROMICROBE.

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Par ailleurs, l’investissement du département dans des projets de séquençage de génomes s’est renforcé, grâce à l’arrivée de Pierre Boudry, interlocuteur des groupes américains et chinois pour le séquençage du génome de l’huître creuse.

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5 Publications

5.1 Publications dans revues à comité de lecture Cahu C.L. & J.L. Zambonino-Infante (2007). Ontogenesis of digestive functions and nutritional

requirements in marine fish larvae. Cybium 31, 217-226.

Cara J.B., Moyano F.J., Zambonino J.L. & C. Fauvel (2007). Trypsin and chymotrypsin as indicators of nutritional status of post-weaned sea bass larvae. J. Fish Biol. 70, 1-11.

David E., Boudry P., Dégremont L., Tanguy A., Quéré N., Samain J.F. & D. Moraga (2007). Study of genetic polymorphism of glutamine synthetase and delta-9 desaturase, in families of Pacific oyster Crassostrea gigas, during summer mortality events. J. Ex . Mar. Biol. Ecol. 349, 272–283.

Delaporte M., Chu F.L., Langdon C., Moal J., Lambert C., Samain J.F. & P. Soudant (2007). Changes in biochemical and hemocyte parameters of the pacific oysters Crassostrea gigas fed T-iso supplemented with lipid emulsions rich in eicopentaenoic acid. J. Exp. Mar. Biol. Ecol. 343, 261-275.

Delaporte M., Soudant P., Lambert C., Jegaden M., Moal J., Pouvreau S., Dégremont L., Boudry P. & J.F. Samain (2007). Characterisation of physiological and immunological differences between Pacific oysters (Crassostrea gigas) genetically selected for high or low survival to summer mortalities and fed different rations under controlled conditions. J. Exp. Mar. Biol. Ecol. 353, 45-57.

Ducasse-Cabanot S., Zambonino-Infante J.L., Richard N., Médale F., Corraze G., Mambrini M., Robin J.H., Cahu C.L., Kaushik S. & S. Panserat (2007). Reduced lipid intake leads to changes in digestive enzymes in the intestine but has minor effects on key enzymes of hepatic intermediary metabolism in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss). Animal 1(9), 1272-1282.

Flye Sainte Marie J., Pouvreau S., Paillard C. & F. Jean (2007). Impact of Brown Ring Disease on the energy budget of the Manila clam Ruditapes philippinarum. J. Ex . Mar. Biol. Ecol. 349 (2), 378-389.

Gagnaire B., Gay M., Huvet A., Daniel J.Y., Saulnier D. & T. Renault (2007). Combination of a pesticide exposure and a bacterial challenge: in vivo effects on immune response of Pacific oyster, Crassostrea gigas (Thunberg). Aquatic Toxicology 84, 92-102.

Garnier M., Labreuche Y., Garcia C. & J.L. Nicolas (2007). Evidence for the involvement of pathogenic bacteria in summer mortalities of the oyster (Crassostrea gigas). Microb. Ecol. 53 (2), 187-196.

Gatesoupe F.J. (2007). Live yeasts in the gut: Natural occurrence, dietary introduction, and their effects on fish health and development. Aquaculture 267, 20-30.

Geurden I., Aramendi M., Zambonino-Infante J.L. & S. Panserat (2007). Early feeding of carnivorous rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) with a hyperglucidic diet during a short period: effect on dietary glucose utilisation in juveniles. Am. J. Physiol. 292, R2275-R2283.

Hamard A., Mazurais D., Boudry G., Le Huerou-Luron I., Seve B. & N. Le Floc’h (2007). Physiological aspects and ileal gene expression profile of early-weaned piglets fed a low threonine diet. Livestock Science 108, 17-19.

Jenny M.J., Chapman R.W., Mancia A., Chen Y.A., McKillen D.J., Trent H., Lang P., Escoubas J.M., Bachere E., Boulo V., John Liu Z., Gross P.S., Cunningham C., Cupit P.M., Tanguy A., Guo X., Moraga D., Boutet I., Huvet A., De Guise S., Almeida J.S. & G.W. Warr (2007). A cDNA Microarray for Crassostrea virginica and C. gigas. Marine Biotechnology 9, 577-591.

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Kotzamanis Y.P., Gisbert E., Gatesoupe F.J, Zambonino-Infante J.L. & C.L. Cahu (2007). Effects of different dietary levels of fish protein hydrolysates on growth, digestive enzymes, gut microbiota, and resistance to Vibrio anguillarum in European sea bass (Dicentrarchus labrax) larvae. Comp. Biochem. Physiol. 147A, 205-214.

Lambert C., Soudant P., Dégremont L., Delaporte M., Moal J., Boudry P., Jean F., Huvet A. & J.F. Samain (2007). Hemocyte characteristics in families of oyster, Crassostrea gigas selected for differential survival during summer and reared in three sites. Aquaculture 270, 276-288.

Lambert C., Soudant P., Jegaden M., Delaporte M., Labreuche Y., Moal J. & J.F. Samain (2007). In vitro modulation of reactive oxygen and nitrogen intermediate (ROI/RNI) production in Crassostrea gigas hemocytes. Aquaculture 270 (1-4), 413-421.

Le Moullac G, Bacca H., Huvet A., Moal J., Pouvreau S. & A. Van Wormhoudt (2007). A Transcriptional regulation of pyruvate kinase and phosphoenolpyruvate carboxykinase in the adductor muscle of the oyster Crassostrea gigas during prolonged hypoxia. Journal of Experimental Zoology Part A: Ecological Genetics and Physiology, 307A , 7, 371-382.

Le Moullac G., Queau I., Le Souchu P, Pouvreau S., Moal J. & J.F. Samain (2007). Metabolic adjustments in the oyster Crassostrea gigas according to oxygen level and temperature. Marine Biology Research 3, 357-366.

Mazurais D., Rome V., Cahu A. & I. Le Huerou-Luron (2007). Fasting and refeeding impacts on piglet jejunal transcriptome during weaning period. Livestock Science 108, 13-16.

Morais S., Conceição L.E.C., Rønnestad I., Koven W., Cahu C.L., Zambonino-Infante J.L. & M.T. Dinis (2007). Dietary neutral lipid level and source in marine fish larvae: Effects on digestive physiology and foodntake. Aquaculture 268, 106-122.

Mylonas C.C., Bridges C.R., Gordin H., Belmonte Ríos A., García, A., De la Gándara F., Fauvel C., Suquet M., Medina A., Papadaki M., Heinisch G., De Metrio G., Corriero A., Vassallo-Agius R., Guzmán J.M., Mañanos E. & Y. Zohar (2007). Preparation and administration of gonadotropin-releasing hormone agonist (GnRHa) implants for the artificial control of reproductive maturation in captive-reared Atlantic bluefin tuna (Thunnus thynnus thynnus). Fisheries Science 15: 183-210.

Nicolas J.L., Gatesoupe F.J., Frouel S., Bachère E. & Y. Gueguen (2007). Quelles stratégies alternatives aux antibiotiques en aquaculture? INRA Prod. Anim. 20 (3), 253-258.

Palacios E., Racotta I.S., Arjona O., Marty Y., Le Coz J.R., Moal J. & J.F. Samain (2007). Lipid composition of the Pacific lion-paw scallop, Nodipecten subnodosus, in relation to gametogenesis. 2. Lipid classes and sterols. Aquaculture 266, 266-273.

Person-Le Ruyet J., Le Bayon N. & S. Gros (2007). How to assess fin damage in rainbow trout, Oncorhynchus mykiss? Aquat. Living Resour.20, 191-195.

Robin J.H. & A. Skalli (2007). Incorporation of dietary fatty acid in European sea bass (Dicentrarchus labrax) – A methodological approach evidencing losses of highly unsaturated fatty acids. Aquaculture 263, 227-237.

Samain J.F., Dégremont L., Soletchnik P., Haure J., Bédier E., Ropert M., Moal J., Huvet A., Bacca H., Van Wormhoudt A., Delaporte M., Costil K., Pouvreau S., Lambert C., Boulo V., Soudant P., Nicolas J.L., Le Roux F., Renault T., Gagnaire B., Géret F., Boutet I., Burgeot T.& P. Boudry (2007). Genetically based resistance to summer mortality in the Pacific oyster (Crassostrea gigas) and its relationship with physiological, immunological characteristics and infection process. Aquaculture 268, 227-243.

Suquet M., Amourda C., Mingant C., Quéau I., Lebrun L. & R. Brizard (2007). Setting of a procedure for experimental incubation of Pacific oyster (Crassostrea gigas) embryos. Aquaculture 273, 503-508.

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Tremblay R., Cartier S., Miner P., Pernet F., Quéré C., Moal J., Muzellec M.L., Mazuret M. & J.F. Samain (2007). Effect of Rhodomonas salina addition to a standard hatchery diet during the early ontogeny of the scallop Pecten maximus. Aquaculture 262 (2-4), 410-418.

Vagner M. , Zambonino-Infante J.L., Robin J.H. & J. Person-Le Ruyet (2007). Is it possible to influence European sea bass (Dicentrarchus labrax) juvenile metabolism by a nutritional conditioning during larval stage? Aquaculture 267, 165-174.

Vagner M., Robin J.H., Zambonino Infante J.L & J. Person-Le Ruyet (2007). Combined effects of dietary HUFA level and temperature on sea bass (Dicentrarchus labrax) larvae development. Aquaculture 266, 179-190.

Wold P.A., Hoehne-Reitan K., Cahu C.L., Zambonino-Infante J.L., Rainuzzo J. & E. Kjorsvik (2007). Phospholipids vs. neutral lipids: Effects on digestive enzymes in Atlantic cod (Gadus morhua) larvae. Aquaculture, 272: 502-513.

Zambonino-Infante J.L.& C.L. Cahu (2007). Dietary modulation of some digestive enzymes and metabolic processes in developing marine fish: Applications to diet formulation. Aquaculture 268, 98-105.

5.2 Publications sans comité de lecture Zambonino-Infante J.L. (2007). New solution to fish oil and meal dependency. Fish Farming

International, septembre 2007, p.36.

5.3 Articles dans ouvrages Calmels T. & D. Mazurais (2007). In situ hybridization: a technique to study localization of cardiac

gene expression. Humana Press. Methods Mol. Biol. 366, 159-80.

Huvet A., Royer J., Moal J., Burgeot T., Lapègue S., Boulo V., Nicolas J.L., Lambert C., Van Wormhoudt A. & J.F. Samain (2007). Synthèse du thème 4b: Caractérisation phénotypique des souches Résistantes et Susceptibles à la mortalité estivale. Défi Morest, Mortalités estivales de l’huître creuse Crassostrea gigas. Éd. Ifremer/Quæ, 185-227.

Lambert C., Moal J., Le Moullac G & S. Pouvreau (2007). Les risques associés à la physiologie de l’huître en période de reproduction. In: Mortalités estivales de l’huître creuse Crassostrea gigas. Défi Morest. Samain J.F. and McCombie H. (eds). Éd. Ifremer/Quæ, 51-94.

Moal J., Lambert C., Pouvreau S., Le Moullac G. & J.F. Samain (2007). Le facteur risque Température. In: Mortalités estivales de l’huître creuse Crassostrea gigas. Défi Morest. Samain J.F. and McCombie H. (eds). Éd. Ifremer/Quæ, 271-289.

Nicolas J.L., Renault T., Gagnaire B., Garcia C., Le Roux F., Miossec L., Pepin J.F. & D. Saulnier (2007). Risques associés aux pathogènes In: Mortalités estivales de l’huître creuse défi Morest (J.F. Samain). Éd. Ifremer/Quæ, 224-263.

Samain J.F., Ropert M., Bédier E., Soletchnik P., Mazurié J., Le Coz F., Blin J.L., Costil K., Mille D., Trintignac P., Boudry P., Haffray P., Bacher C., Grangeré K., Pouvreau S., Bourles Y., Sylvand B., Misko P., Gohin F. & P. Woerther (2007). Le facteur risque Température. In: Mortalités estivales de l’huître creuse Crassostrea gigas. Défi Morest. Samain J.F. and McCombie H. (eds). Éd. Ifremer/Quæ, 291-331.

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5.4 Communications dans colloques avec actes de colloques Ben Khemis I., Hamza N., Zouiten D., Mhetli M. & C.L. Cahu (2007). Importance of life feed and

replacement diets in aquaculture. Sustainability Science and Management Symposium. Kuala Lumpur, Malaysia, 15 mars 2007.

Ben-Kheder R., Henocq A. & R. Robert (2007). Effect of transitory starvation on C. gigas larval development and physiological indices evolution. 2nd International Oyster Symposium (IOS2), 26th-29th November 2007 in Hangzhou, China.

Boudry P., Huvet A., Lapègue S., Sauvage C., Tanguy A., Moraga D., Goostrey A., Prunet P., Boulo V., Gueguen Y., Moal J., Fleury E., Samain J.F., Mathieu M. & P. Favrel (2007). Recent advances in EST sequencing in Crassostrea gigas: towards the sequencing of the Pacific oyster genome. Marine Genomics Europe Exploratory Workshop: High-throughput sequencing applied to marine organisms, a European perspective. Roscoff, France, April 15-17, 2007 .

Cahu C.L. (2007). Effect of dietary phospholipids on fish larvae development. Workshop AKER Biotechnology, 25 septembre 2007, Bergen.

Cosson J., Groison A.L., Suquet M., Fauvel C., Dreanno C. & B. Billard (2007). Traits of sperm motility in marine fishes. 1st International Worshop on the Biology of Fish sperm, Vodnany, République tchèque, 29-31 août 2007 (communication orale).

Cosson J., Groison A.L., Suquet M. & C. Fauvel (2007). Motility characteristics of spermatozoa in cod (Gadus morhua) and hake (Merluccius merluccius). 8e ISRPF, St Malo, France, June 3-7, 2007.

Fauvel C., Suquet M., Sévère A., Mylonas C. & P. Nikos (2007). Slow release GnRHa therapy prevented atresia during vitellogenesis and induced ovulation of captive wreckfish (Polyprion americanus). 8e ISRPF, St Malo, France, June 3-7, 2007.

Fleury E, Fabioux C, Lelong C, Samain J.F., Favrel P, & A. Huvet (2007). Identification of a novel transforming growth factor-b in the oyster Crassostrea gigas that is differentially expressed in progeny exhibiting opposed susceptibility to summer mortality. Annual conference of the National Shellfisheries Association, San Antonio, USA Feb 26 – March 2.

Fleury E., Fabioux C., Lelong C., Favrel P. & A. Huvet (2007). Identification of a gonad-specific transforming growth factor-beta superfamily member differentially expressed during the reproductive cycle of the oyster Crassostrea gigas. 2nd International Oyster Symposium, Hangzhou, China, November 26-29, 2007 (poster).

González-Araya R., Petton B., Mingant C., Le Brun L. & R. Robert (2007). Influence of diet assemblage on Ostrea edulis broodstock conditionning and subsequent larval development. 2nd International Oyster Symposium (IOS2), 26th-29th November 2007 in Hangzhou, China.

Groison A.L., Suquet M., Cosson J., Le Coz J.R., Jolivet A. & F. Garren (2007). Sperm biological characteristics in European hake (Merluccius merluccius). 8e ISRPF, St Malo, France, June 3-7, 2007.

Mazurais D. (2007). Analyse intégrative des effets de la nutrition sur le développement de la larve de bar: apport de la génomique expressionnelle. Colloque de lancement: Axe « Génomique et chimie bleue » Europôle Mer, 5-6 juillet 2007. Station biologique de Roscoff.

Normand J., Huvet A., Fabioux C., Raguenes M. & P. Boudry (2007). Physiological and molecular basis of gametogenesis in triploid pacific oysters Crassostrea gigas. 10th International Conference on Shellfish Restoration, The Netherlands, November 12-16 2007.

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Pouvreau S., Davenel A., Mariette F., Quellec S., Suquet M., Rambeau M., Foucat L. & R. Robert (2007). Investigation of Pacific Oyster morphology by in vivo MRI. 2nd International Oyster Symposium (IOS2), November 26-29, 2007 Hangzhou, China (poster).

Rico-Villa B., Pouvreau S., Quéau I., Mingant C. & R. Robert (2007). Dynamic Energy Budget (DEB) growth model for Crassostrea gigas larvae. 10e International Conference on Shellfish Restoration (ICSR10)12-16 November 2007, Vlissingen (Holland) (poster).

Rico-Villa B., Woerther P., Mingant C., Pouvreau S., Hamon M., Lepiver D. & R. Robert (2007). SILO: a new tool for molluscs larvae ecophysiological studies 2nd International Oyster Symposium (IOS2), 26th-29th November 2007 in Hangzhou, China (poster).

Suquet M., de Kermoysan G., Queau I., Lebrun L., Brizard R. & C. Mingant (2007). Anaesthesia in Pacific oyster (Crassostrea gigas). 2nd International Oyster Symposium (IOS2), November 26-29, 2007 Hangzhou, China (poster).

5.5 Communications sans actes Blanchard M., Pouvreau S., Bucas K., Vuillemin R., Le Souchu P., Caisey X. & I. Quéau I. (2007)

Estimation de l’excrétion ammoniacale et du bilan énergétique de 3 mollusques de la baie du Mont Saint-Michel. Colloque final du PNEC, Ensar, Rennes, 23-24/05/07 (poster).

Blancheton J.P., Lemarie G. & J. Person-Le Ruyet (2007). Fish welfare in land-based production systems from flow-through to recirculation in relation to water quality and fish density. Aquanor Forum “welfare as a driver for technological development in aquaculture” Trondheim Norway, August 2007.

Boudry P., Huvet A., Lapègue S., Sauvage C., Tanguy A., Moraga D., Goostrey A., Prunet P., Boulo V., Gueguen Y., Moal J., Fleury E., Samain J.F., Mathieu M. & P. Favrel (2007). Recent advances in EST sequencing in Crassostrea gigas: towards the sequencing of the Pacific oyster genome. Marine Genomics Europe Exploratory Workshop: High-throughput sequencing applied to marine organisms, a European perspective. Roscoff, France, April 15-17 2007.

Bourles Y., Pouvreau S., Alunno-Bruscia M., Leguay D., Arnaud C., Goulletquer P. & S.A.L.M. Kooijman (2007). Modelling growth and reproduction in the Pacific oyster Crassostrea gigas: 1. What's new with the oyster-DEB model? 10th International Conference of Shellfish Restoration (ICSR) 2007. 12-16 november 2007 (oral communication).

Cugier P., Struski C., Blanchard M., Mazurié J. & S. Pouvreau(2007). Rôle des principaux filtreurs dans le contrôle de la production phytoplanctonique en baie du Mont Saint Michel. Colloque final du PNEC, Ensar, Rennes, 23-24/05/07 (communication orale).

Fabioux C., Quilien V., Daniel J.Y., Favrel P. & A. Huvet (2007). Vers l'inhibition du gène vasa par RNAi chez Crassostrea gigas. Journées Ifremer du projet Bases Moléculaires et Cellulaires des fonctions physiologiques, Paris, 17 janvier 2007.

Fabioux C., Raguenes M., Quilien V., Daniel J.Y., Benabdelmouna A., Normand J., Boudry P. & A. Huvet (2007). Vasa: marqueur moléculaire de stérilité/fertilité des huîtres triploïdes? Journées Ifremer du projet Bases Moléculaires et Cellulaires des fonctions physiologiques, Paris, 17 janvier 2007.

Fleury E., Fabioux C., Lelong C., Favrel P. & A. Huvet (2007). Exploration fonctionnelle de gènes impliqués dans la différence de stratégie de reproduction des souches d’huître creuse Crassostrea gigas résistantes et sensibles à la mortalité estivale. Journées Ifremer du projet Bases Moléculaires et Cellulaires des fonctions physiologiques, Paris, 17 janvier 2007.

Gardeur J.N., Bugeon J., Cardinal M., Corraze G., Le Bayon N., Lefèvre F., Person J., Robin J. & V. Buchet (2007). Optimisation du système aquacole par expérimentation multifactorielle:

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Effet des facteurs environnementaux sur les performances chez le bar. Premières Journées de la Recherche Filière Piscicole, Paris, 3-4 juillet 2007.

Huvet A. (2007). Apports des outils de la génomique pour l’exploration des mécanismes moléculaires de la reproduction et de la survie de l’huître creuse Crassostrea gigas. Colloque de lancement Europôle Mer, axe 1 « Génomique et chimie bleue », Roscoff, 5-6 juillet 2007.

Huvet A., Boulo V., Fleury E., Daniel J.Y. & J. Moal (2007). Aquafirst program: Combined genetic and functional genomic approaches for stress and disease resistance marker assisted selection in fish and shellfish. Journées Ifremer du projet Bases Moléculaires et Cellulaires des fonctions physiologiques, Paris, 17 janvier 2007.

Huvet A., Fleury E., Lelong C., Moal J. & P. Favrel (2007). Objectifs et plan de travail du partenaire UMR M100 dans le projet ANR-CgPhysiogene. Journées Ifremer du projet ANR CgPhysiogene, Paris, 15-16 janvier 2007.

Huvet A., Moal J., Daniel J.Y., Quilien V., Pouvreau S., Boudry P. & J.F. Samain (2007). Polymorphisme de gènes clés impliqués dans l’acquisition et la gestion de l’énergie chez l’huître C. gigas. Journées Ifremer du projet Bases Moléculaires et Cellulaires des fonctions physiologiques, Paris, 17 janvier 2007.

Lautraite A., Michel C. & J. Person (2007). Santé et bien être des poissons en élevage. Journées Piscicoles Inra-Ifremer, Paris 3-4 juillet 2007.

Nicolas J.L. & M. Garnier (2007). Vibrio aestuarianus, pathogenic bacterium with highly variable phenotype. Congrès Vibrio 2007 – Institut pasteur 28 nov. 2007

Normand J., Huvet A., Fabioux C., Raguenes M. & P. Boudry (2007). Physiological and molecular basis of gametogenesis in triploid Pacific oysters, Crassostrea gigas. Talk at the 10th International Conference on Shellfish Restoration, Vlissingen, Netherlands, 12-16 November 2007.

Person-Le Ruyet J. (2007). Travaux du TA-P du Conseil de l'Europe sur la protection des animaux en élevage, Point sur les annexes Poissons. Communication au SFAM, Montpellier, mars 2007.

Pouvreau S., Blanchard M., Thomas Y., Bourles Y., Mazurié J., Le Souchu P., Caisey X., Quéau I., Lebrun L. & C. Mingant (2007). Écophysiologie des principaux filtreurs de la Baie (Moules, Huîtres et Crépidules): de la mesure expérimentale à la modélisation in situ de leur croissance. Colloque final du PNEC, Ensar, Rennes, 23-24/05/07 (communication orale).

Pouvreau S., Maurer D., Bernard I., Bourles Y., Neaud-masson N., Rumèbe M. & M. Alunno-Bruscia (2007). Modelling growth and reproduction in the Pacific oyster Crassostrea gigas: 2. Application of the oyster-DEB model in Arcachon Bay (France)? 10th International Conference of Shellfish Restoration (ICSR) 2007. 12-16 november 2007 (oral communication).

Rico-villa B., Pouvreau S., Queau I., Mingant C. & R. Robert (2007). Dynamic energy budget (DEB) growth model for Crassostrea gigas larvae. 10th International Conference of Shellfish Restoration (ICSR) 2007. 12-16 november 2007 (poster).

Robin J.H. (2007). Effect of lipid level and feeding level on fish fed with diets low in fish meal and fish oil. Dans le programme S. Kaushik et S. Harpaz “Reduction of environmental impacts of intensive fish production through enhancement of nutrient utilization”. Séminaire Franco-israélien: Programme Agriculture et développement durable 24-25 janvier 2007, Paris (intervention).

Robin J.H. (2007). Modélisation de la qualité en acides gras de la chair de bar en fonction de son alimentation. Journée recherche Filière piscicole, Paris 3-4 juillet 2007.

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Thomas Y., Mazurié J., Pouvreau S., Bacher C., Gohin F., Struski C. & P. Le Mao (2007). Modelling the growth of Mytilus edulis (L.) by coupling a dynamic energy budget model with satellite derived environmental data. 10th International Conference of Shellfish Restoration (ICSR) 2007. 12-16 november 2007 (oral communication).

Travers M.A., Basuyaux O., Nicolas J.L., Huchette S. & P. Paillard (2007). A disease temperature dependant impact of Vibrio harveyi on the abalone Haliotis tuberculata. Congrès Vibrio 2007 –Institut pasteur 28 nov. 2007.

Vagner M. (2007). Est-il possible d’orienter les processus métaboliques des juvéniles de bars par un conditionnement larvaire? programmation précoce des capacités d’élongation/désaturation des acides gras chez le bar. Journées Piscicoles Inra-Ifremer, Paris 3-4 juillet 2007.

5.6 Rapports de contrats CEE, FAO, privés Bachère E., Leroux F., Lapègue S., Moraga D., Huvet A. & D. Piquemal (2007). CgPhysiogène:

Bases moléculaires des fonctions physiologiques de l’huître Crassostrea gigas: interactions hôte/pathogène/milieu. Rapport d’avancement scientifique du projet CgPhysiogène, contrat ANR-06-GANI-009, 14p.

Buchet V., Bugeon J., Cardinal M., Corraze G., Gardeur J.N., Lefèvre F. & J. Robin (2007). MULTIBAR: Etude par une approche multifactorielle des effets des facteurs environnementaux sur les performances zootechniques et la qualité de la chair du bar. Rapport final Action Incitative IFREMER-INRA 2004, 45p.

Gatesoupe F.J. (2007). Expertise dans le cadre de l'appel à proposition PNEC 2008, 3p.

Huvet A., Tanguy A., Boudry P., Moraga D. & A. Van Wormhoudt (2007). Polymorphisme de gènes clés impliqués dans l’acquisition et la gestion de l’énergie chez l’huître creuse Crassostrea gigas. Rapport final du projet Polygigas, contrat BRG-05/5 210 559, 35p.

Suquet M., Agogue J., Brizard R., Haffray P., Labbe C., Le Coz J.R., Pepin J.F., Rault P. & D. Saulnier (2007). Compte rendu final du projet Triplofimer: Fiabilité et qualité de la production de naissains triploïdes d'huitres creuses (Crassostrea gigas). Rapport final Ofimer, 87p.

5.7 Thèses Bacca H. (2007). Régulations des voies métaboliques des sucres chez l’huître creuse Crassostrea

gigas: intérêt pour l’étude des relations entre réserves, cycle reproducteur et survie estivale. Thèse de Doctorat, Université de Rennes I, soutenance le 08 novembre 2007

Ben Kheder R. (2007). Étude sur le développement larvaire de Crassostrea gigas (Thunberg, 1793) en conditions contrôlées: recherche d’indices de qualité. Thèse de Doctorat, Université de Brest, soutenance le 05 décembre 2007, 181p.

Frouel S. (2007). Utilisation de probiotiques comme substituts aux antibiotiques et étude de leurs effets chez 3 espèces: Pecten maximus, Litopenaeus stylirostris, Dicentractus labarx. Thèse de Doctorat, Université de Caen, soutenance le 23 février 2007, 310p.

Olivo E. (2007). Conception et étude d’un photobioreacteur pour la production en continu de microalgues en écloseries aquacole. Thèse de Doctorat, Université de Nantes, soutenance le 21 septembre 2007, 260p.

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5.8 Activité de diffusion des connaissances – cf. tableau 3.11 Participation du département PFOM à la Fête de la Science, Brest, 12-14 octobre 2007 « les poissons ».

5.9 Mémoires d’étudiants Beaudin M.L. (2007). Sélection de probiotiques pour les élevages larvaires de bivalves (licence).

Encadrant: J.L. Nicolas.

Berthollet E. (2007). Amélioration du modèle individuel de croissance et de reproduction de type « Dynamic Energy Budget » chez l’huître creuse (Crassostrea gigas) et application aux cas particuliers des huîtres triploïdes. Mémoire de Master 1 Sciences de la mer et du littoral, mention Sciences Biologiques Marines, 33p. Encadrant: S. Pouvreau.

Gastineau O. (2007). Effet d’une intoxication aux sulfures sur l’expression de la pyruvate kinase et de la phosphoenolpyruvate carboxykinase chez l’huître creuse Crassostrea gigas. Comparaison des lignées résistantes et sensibles aux mortalités estivales. Rapport IUT Brest, département Génie biologique, option ABB, 25p. Encadrant: J. Moal.

Geay F. (2007). Clonage et expression du transcrit codant l’endothéline 1 chez le bar (Dicentrarchus labrax). Contribution à l’étude des mécanismes impliqués dans la genèse des malformations craniofaciales. Rapport Master 2 sciences biologiques marines, IUEM Plouzané, 39p. Encadrant: D. Mazurais.

González-Araya R. (2007). Incidence de la nutrition pour la reproduction, élevage larvaire et la métamorphose de l’huître plate Ostrea edulis L. Mémoire de Master 2 « Sciences de la mer et du littoral » mention Sciences Biologiques Marines, Université de Bretagne Occidentale, 39p. Encadrant: R. Robert.

Jauffrais T. (2007). Travaux d’optimisation de la phase précoce d’élevage de l’huître plate, Ostrea edulis L. Mémoire d’ingénieur, Ecole Supérieure d’Agriculture, 44p. Encadrant: R. Robert.

Kermoysan G. (de) (2007). Mise au point de méthodes d'anesthésie d'huitres creuses (Crassostrea gigas) et d'analyse de la qualité des spermatozoïdes par cytométrie de flux. Mémoire IUT Brest, 44p. Encadrant: M. Suquet.

Lan Chow Wing O. (2007). Etude du processus d’ossification au cours du développement larvaire du bar (Dicentrarchus labrax): caractérisation phénotypique et moléculaire. Rapport Master 1 Sciences Biologiques Marines, IUEM Plouzané, 24p. Encadrant: D. Mazurais.

Le Goasduff J. (2007). Etude des effets du tannin sur les performances de croissance du bar Dicentrarchus labra. Licence Professionnelle Aliments – Santé, UBO-IUT Quimper, 35p. Encadrant: M.H. Omnes.

Loiseau E. (2007). Préparation du site internet/intranet du laboratoire PI. Encadrant: V. Loiseau.

Minier M. (2007). Effets du tannin sur la flore microbienne, la fonction et la structure du tractus digestif du juvénile de bar Dicentrarchus labrax. Master 2 Pro. Technologies en Physiologie et Biochimie marines, UFR de Biologie- Univ. Cl. Bernard Lyon, 39p. Encadrant: M.H. Omnes.

Paula e Silva F. (de) (2007). Étude de la contribution de la microflore à la digestion de glucides d’origine végétale dans l’intestin des poissons, rapport interne de stage (thèse 'sandwich' brésilienne). Encadrant: J. Gatesoupe.

Sotomayor M. (2007). Recherche de molécules stimulant la physiologie de l’hôte dans une préparation microbienne probiotique. Mémoire Master 2, Microbiologie fondamentale et appliquée. Encadrant: J.L. Nicolas.

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Thomas R. (2007). Etude de l’effet de la nutrition sur l’expression du gène oyster-gonadal TGFbeta chez l’huître creuse Crassostrea gigas. Rapport Master 1 Sciences de l’Univers, Environnement et Ecologie, parcours Océanographie et environnement marin, Université de Paris 6. Mai-Juillet 2007. Encadrant: A. Huvet/E. Fleury.

5.10 Colloques et séminaires organisés par un membre de l’unité Suquet M. (2007). 8e International Symposium on Reproductive Physiology of Fish, St-Malo, 3 au

8 juin 2007. Membre du Comité local d'organisation.

5.11 Activité de diffusion de connaissance (cf. tableau formation donnée 3.11

5.12 Participation à des conseils nationaux et internationaux à caractère scientifique ou technique

Boudry P. (2007). Membre du conseil de groupement du GIS « Cryobanque Nationale ».

Boudry P. (2007). Membre du conseil scientifique du GIS « Cryobanque Nationale ».

Boudry P. (2007). Membre du Conseil Scientifique du Bureau des Ressources Génétiques (BRG).

Boudry P. (2007). Membre du Working Group on the Application of Genetics in Fisheries and Mariculture” (WGAGFM) du CIEM: Position paper adopted by the Working Group on the Application of Genetics in Fisheries and Mariculture” (WGAGFM), Ispra, Italy, March 19-23, ICES CM 2007/MCC:03, 8-31.

Cahu C.L. (2007). Commission scientifique Spécialisée INRA- Physiologie animale (4-5 décembre 2007).

Cahu C.L. (2007). Concours des directeurs de recherche INRA (7 sept, 3-4 octobre).

Cahu C.L. (2007). Concours recrutement chercheurs IRD, 2 jours (septembre et octobre 2007).

Cahu C.L. (2007). Groupe de travail PMC, AFSSA (7 jours dans l’année).

Suquet M. (2007). Conseil de Groupement et Commission Scientifique de la Cryobanque Nationale, Paris, 13/11/2007.

Suquet M. (2007). Conseil scientifique Ofimer, Paris, décembre 2007.

Zambonino-Infante J.L. (2007). Commission Scientifique Spécialisée « Nutrition et Toxicologie », INRA, 10-12 décembre 2008.

5.13 Activité de soutien aux laboratoires et services de l’Ifremer Omnes M.H. (2007). Participation au Comité d'animation du site WEB Aquaculture (CAWA).

Fiches espèces: données de production piscicole (mise à jour 2007). Fiches Infos Aquaculture: "Farine de poisson"; "Remplacement de la farine et l'huile de poisson".

5.14 Activité de reviewing pour des revues scientifiques ou techniques: 82

Animal Genetics 3 Anaerobe 1 Animal Feed Science and Technology 2 Aquaculture 24 Aquaculture International 10

52

Département PFOM


Aquaculture Nutrition 2 Aquaculture Research 1 Aquatic ecology 1 Aquatic Living Ressources 3 Bulletin de la Société Zoologique de France Developmental & Comparative Immunology 1 Canadien Journal of Microbiology 1 Comp Biochem Physiol 1 Cybium 4 Developmental & Comparative Immunology 1 Disease of Aquatic Organism 1 FEMS Immunology & Medical Microbiology 1 Fish and Shellfish Immunology 1 Fish Physiology and Biochemistry 2 Journal of Applied Ichthyology 3 Journal Food Biochemistry 1 Journal food composition and analysis 1 Journal of Comparative Physiology-B 2 Journal of Environmental Science and Health 1 Journal of fish diseases 1 Journal World Aquaculture Society 3 Marine Biology 3 Microbial Ecology 3 North American Journal of Aquaculture 1 Theriogenelogy 1 The Israeli Journal of Aquaculture 1 USDA for BMC Genetics 1

rapport au 80708 - Ifremer · Zambonino José C (HDR) Brest Pouvreau Stéphane C Argenton Robert...

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