Pourquoi R dans QGIS ?

QGIS, un soft plutt pythonesque

Python 2.7 inclus ! Numpy, une bibliothque pour le

calcul matricielf exemple : calculatrice raster

PyQGIS, une bibliothque pour interagir avec linterface de QGIS f exemple : crer des plugins

Mais lintgration de R offre des possibilits supplmentaires

Pour les habitus de R ! Intgration doutils trs

spcialiss et bass sur des packages R comme adehabitatHR(domaines vitaux ou home range)

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Intgration de scripts R dans QGIS

Bote outils de traitements de QGIS 2.6f lorigine un plugin (Sextante), plus tard intgr

dans QGIS

But : appeler des outils Grass, SAGA, R, OrfeoToolbox depuis QGIS

Un certain nombre doutils R sont dj prsents dans QGIS par dfaut comment les faire fonctionner ?

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Installation et configuration

Installer R si ce nest pas dj fait ! Activer R + Configurer le chemin daccs de R et des scripts .rsx dans QGIS f Menu Traitement / Options

Installer les packages R ncessaires au fonctionnement des scripts

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Packages obligatoires

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sp

Ces 3 packages sont obligatoires pour la lecture / criture des donnes SIG

rgdal raster

Ils seront systmatiquement chargs chaque excution dun outil R dans QGIS

Utilis pour charger des vecteurs Utilis pour charger des rasters

Classes pour les donnes spatiales

Quelques packages recommands

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spatstat

adehabitatHR Outils Home Range analysis

rgeos, rasterVis,

maptools

Outils Point pattern analysis

Susceptibles dtre utilis par dautres outils

Clic-droit + Editer script pour voirquel package il utilise

Quel diffrence entre un script .R classique et un script .rsx dans QGIS ?

Le script .rsx intgre une liste des paramtres prcds par des ##f Couches vecteur ou raster en entref Choix dun champ dans la table dun vecteurf Paramtres numriques en entre f Couches vecteur ou raster en sortie

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Source : https://conservationecology.wordpress.com/2013/08/14/port-your-r-scripts-to-qgis-using-sextante/

Interface des outils R dans QGIS

Linterface est automatiquement gnre daprs les paramtres du fichier .rsx !f Dans cet exemple de script, le calcul de polygone convexe partir dune couche de points

ne reprsente quune seule ligne de code (appel de la fonction mcp {adehabitatHR} )

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Outils R pour afficher des graphiques

Possibilit dappeler la fonction plot dans un script .rsxf Exemple : outil Raster Histogramf Gnre un fichier PNG (inclus dans un HTML)

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Outils R pour gnrer des vecteurs / raster

Une bonne connaissance des packages sp, raster et rgdal est requise pour crire vos propres scripts

Exemple : gnrer le trajet dun animal (relier des points ordonnes)f La lecture et lcriture de donnes font

appel aux classes de donnes spatiales du package sp

f Code concis mais complexe

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