Pratique en microbiologie de laboratoire

Recherche de bactries et de levures-moisissures

Camille DelarrasCamille DelarrasAncien matre de confrences en microbiologie lIUT de BrestAncien matre de confrences en microbiologie lIUT de Brest

www.editions.lavoisier.fr

Chez le mme diteur

Le technicien d'analyses biomdicalesJ. Braud, 2e dition, 2014

Comportements et consommations alimentaires en FranceP. Hbel, coord., 2012

Aliments fonctionnelsCollection Sciences et techniques agroalimentaires M. Roberfroid, B. Coxam, N. Delzenne, coord., 2008

Analyse des risques alimentairesCollection Sciences et techniques agroalimentaires M. Feinberg, P. Bertail, J. Tressou, P. Verger, coord., 2006

Droit communautaire et international de la scurit des alimentsM. Lewandowski-Arbitre, 2006

Risques et crises alimentairesCollection Sciences et techniques agroalimentaires C. Lahellec, coord., 2005

Les comportements alimentairesCollection Sciences et techniques agroalimentaires D. Chapelot, J. Louis-Sylvestre, coord., 2004

Direction ditoriale : Emmanuel Leclercdition : Cline Poiteaux

Fabrication : Estelle PerezCouverture et mise en pages : Patrick Leleux PAO

Images de couverture : Dmytro Sukharevskyy Sebastian Kaulitzki - Fotolia.com

2014, Lavoisier, Paris

ISBN : 978-2-7430-1565-7

Avant-propos

Les risques microbiologiques lis aux denres alimentaires constituent une source majeure de maladies dorigine alimentaire chez lHomme.

Rglement (CE) n 2073/2005 du 15 novembre 2005 concernant les critres microbiologiques appli-cables aux denres alimentaires (Journal Officiel de lUnion europenne du 22 dcembre 2005, L398/1).

Micro-organismes recherchs

Les bactries font lobjet des chapitres spcifiques 3 8 et 10 15 ; le chapitre 9 traite des levures et des moisissures.

Pour la recherche des bactries, sont proposes : une partie thorique comportant classifications, habitats, surveillance et pidmiologie, caractres principaux et ventuellement spcifiques ;

une partie pratique prsentant les protocoles de recherche et de dnom-brement des micro-organismes dans les diffrents produits destins lhomme, en incluant les milieux de culture utiliss ; cette prsentation est complte par lidentification de ces micro-organismes laide de la micro-mthode API bioMrieux SA et/ou de milieux chromognes didentification.

Produits analyser ou contrler

Pour les eaux, les analyses microbiologiques ont fait lobjet de la deuxime dition de Surveillance sanitaire et microbiologique des eaux (2010). Cependant, des lments nouveaux ou essentiels sont rapports ici, ainsi que les chapitres spcifiques pour les eaux Legionella , Leptospira et Vibrio avec des nouveauts.

Pour les denres alimentaires, sont prsentes les analyses microbiolo-giques imposes par le rglement (CE) n 2073/2005 de la Commission des Communauts europennes du 15 novembre 2005, modifies par le rglement (CE) n 1441/2007 du 5 dcembre 2007.

IV Pratique en microbiologie de laboratoire

Pour les produits pharmaceutiques, seuls quelques lments dinformations sont apports, sans entrer dans les dtails des Pharmacopes franaise et europenne.

Pour les produits cosmtiques, le contrle microbiologique est expos dans les chapitres concerns, en se fondant sur les donnes actuelles et sur la nouvelle rglementation ; par ailleurs, le lecteur pourra galement prendre connaissance des informations sur les produits cosmtiques (sources de contamination) dans le chapitre 11 dun prcdent ouvrage (Delarras, 2007).

Pour lenvironnement hospitalier et industriel, des lments sont proposs en sappuyant principalement sur les donnes des fabricants de milieux de culture.

Milieux de culture

Les milieux de culture dusage courant, disolement, didentification, etc., pour la microbiologie mdicale, alimentaire, des eaux, des produits cosmtiques et phar-maceutiques prsents dans cet ouvrage rsultent de notre choix. Leur composition chimique est reproduite avec laimable autorisation des fabricants ou distributeurs de ces produits : AES Chemunex (A bioMrieux Company), bioMrieux SA, Bio-Rad, Laboratoires Humeau et VWR International SAS (produits Merck) (se reporter lannexe 6 pour les adresses des fabricants et la bibliographie).

Les informations techniques relatives la lecture et linterprtation de ces milieux sont tablies partir des fiches techniques des milieux de culture de ces fabricants, mais aussi parfois partir de la bibliographie. La disponibilit commerciale indique pour les milieux de culture (milieu dshydrat, flacons, tubes, botes de Petri) est purement indicative car elle peut tre modifie tout moment par le fabricant.

Par ailleurs, les utilisateurs de ces milieux de culture doivent imprativement prendre connaissance des prcautions dutilisation, des conditions de stockage, du mode opratoire, du contrle de qualit, des performances, de llimination des dchets, etc., mentionns dans les fiches techniques des fabricants, toutes ces informations ne pouvant tre reprises dans cet ouvrage.

Les normes NF et/ou EN et/ou ISO (Afnor) relatives aux mthodes de travail en microbiologie et aux milieux de culture (mentionns dans les fiches tech-niques des fabricants) sont simplement cites titre dinformation, car elles ne sont pas reproductibles.

Classification des bactries recherches

Les bactries recherches en microbiologie des aliments, des eaux, clinique ou autres sont classes dans cet ouvrage dans la nouvelle classification phylog-nique (Larpent, 2000 ; Bergeys manual of systematic bacteriology, 2e edition, 2004) avec des mises jour ventuelles. Lobjectif est de fournir une base de classification de ces bactries, sachant que celle-ci est en volution permanente avec des remaniements taxonomiques et la description de nouvelles espces ou sous-espces.

Avant-propos V

Pour les salmonelles, la taxonomie actuelle de ces germes (2005) est prsen-te dans le chapitre 6 Enterobacteriaceae (entrobactries) . Les srovars de la sous-espce Salmonella enterica subsp. enterica cits dans cet ouvrage sont crits sous la forme recommande ; par exemple Salmonella Typhi a comme dnomination complte Salmonella enterica subsp. enterica srovar Typhi.

Mthodes de travail de la biologie molculaire

Les mthodes de travail de la biologie molculaire (polymerase chain reac-tion ou PCR, reverse transcriptase-PCR ou RT-PCR, real-time PCR) sont illustres seulement par des exemples de PCR en temps rel (Campylobacter, Cronobacter, Legionella, Listeria, Salmonella). Toutefois, la prsentation com-plte de ces mthodes sort du cadre de cet ouvrage.

Nouveaux services de ltat

Dans le cadre de la modernisation de ltat, le gouvernement a lanc en juin 2007 la rvision gnrale des politiques publiques (RGPP) qui a pour effet de regrouper des services de ltat.

Voici un tableau de correspondance entre les nouvelles et les anciennes direc-tions de ltat cites.

Tableau 1. Nouvelles directions de ltat.

Nouvelles directions1

(noms et sigles) Regroupant...

DREAL, DDEA

Directions rgionales de lenvironnement, de lamnagement et du logementDREAL2 (cration au 1er janvier 2009)

Diren, DRE et Drire

Directions dpartementales de lquipement et de lagriculture DDEA2

(cration au 1er janvier 2009 et au 1er janvier 2010 suivant les dpartements) (voir ci-dessous DDT)

Lessentiel de lex-DDE et la Ddaf

Directions dpartementales interministrielles DDI (cration au 4 dcembre 2009, au nombre de 2 ou 3 suivant les dpartements)

1re direction : DDT ou DDTMCration au 1er janvier 2010

DDTDirections dpartementales des territoires

DDEA (voir ci-dessus) et une partie des services de la Prfecture

VI Pratique en microbiologie de laboratoire

Tableau 1. suite

Directions dpartementales interministrielles DDI (cration au 4 dcembre 2009, au nombre de 2 ou 3 suivant les dpartements)

DDTMDirections dpartementales des territoires et de la mer pour les rgions littorales

DDEA (voir ci-dessus), une partie des services de la Prfecture et de lex-direction des affaires maritimes (DDAM ou DIDAM)

2e direction : DDCSPP et parfois 3e direction : DDPP et DDCSCration au 1er janvier 2010

DDCSPPDirections dpartementales de la cohsion sociale et de la protection des populations

Ex-DDSV et ex-DDCCRF, une partie des ex-DDASS, ex-DDJS et ex-Dlgation aux droits des femmes

DDPP pour les villes de plus de 400 000 habitantsDirections dpartementales de la protection des populations

Ex-DDSV et ex-DDCCRF

DDCS pour les villes de plus de 400 000 habitantsDirections dpartementales de la cohsion sociale

Une partie des ex-DDASS, ex-DDJS et ex-dlgation aux droits des femmes

1. Pour les missions en rapport avec la thmatique de cet ouvrage : voir chapitre 1, paragraphes 5, 6 et 7.

2. Voir Delarras et al., 2010.

Remerciements

Christiane Delarras, mon pouse, pour la relecture et la correction du manuscrit.

toutes les personnes qui avaient soutenu Microbiologie pratique publi en 2007, dont la deuxime partie a servi de base ce nouvel ouvrage.

Aux socits de produits de microbiologie ou de matriels qui nous ont auto-riss utiliser leur documentation technique pour le prsent ouvrage et qui sont reprsentes par :

Madame Isabelle Desforges, Monsieur Xavier Salleyron et Madame Anne Suisse-Vitrant (bioMrieux, Marcy ltoile),

Monsieur Christophe Fisch-Farkas (Laboratoires Humeau, La Chapelle-sur-Erdre),

Monsieur Christophe Gincheleau (AES Chemunex, groupe bioMrieux, Combourg),

Monsieur Frderic Martinez, Monsieur Yannick Bichot (Bio-Rad, Marnes-la-Coquette),

Madame Kathy Spinosi (VWR International SAS, Fontenay-sous-Bois),et galement Madame Col