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DR ALEXANDRE GAYMARD

PLACE DES TESTS DE DÉPISTAGE DU SARS-COV-2 : QUEL EXAMEN RÉALISER À QUEL MOMENT ?

16/12/2020

VIRUS SARS_COV-2 hCoV saisonniers: 220E, OC43, NL63, HKU1

SARS-CoV MERS-CoV

ANNEEd’EMERGENCE

2019-… Découvert en 1960

2003 2012-…

TAUX DE MORTALITE

2,3% 0-0,1% 10% 37%

RESERVOIRZOONOTIQUE

Pangolin chauves- souris civette dromadaire

NB DE CAS / NB DE DECES

65 millions / 1,5 millions de DC

Des milliards! 8000 cas / 800 DC dans le monde

1219 cas / 449 DC

SARS-CoV-2

MERS-CoV

Na Zhu et al. NEJM 2020 Jan

Zhou P et al. Nature 2020 Feb

N. Petrosillo et al. CMI 2020 Mar

Xiao K et al. Nature 2020 May

SARS-CoV-2

SARS-CoV-2 = Virus à ARN enveloppé appartenant à la famille des Coronaviridae, genre betacoronavirus

LE VIRUS : SARS-COV-2

hCoV

• Virus très épidémiogène = forte capacité à se

disséminer rapidement

• R0 = le taux de reproduction de base du virus /

Nb d’individus qu’une personne porteuse va

infecter pendant la durée de son infection au

début de l’épidémie

• L’ampleur de l’épidémie dépend du R0 et du

Reffectif:• objectif des mesures sanitaires : Reffectif < 1

• Reffectif actuel (15/12/2020 / 2ème confinement ) = 0,83

https://www.visualcapitalist.com/history-of-pandemics-deadliest/

TRANSMISSION

• Durée médiane d’incubationo 5 jours

• Risque de transmissiono Débute 2 jours avant les symptômeso Pic d’excrétion 1 jours avant le début des

symptômeso Les asymptomatiques sont contagieux ++

• Contagiosité très faible au delà de 7jours après le début des symptômes siCOVID non grave & patientimmunocompétent

EXCRÉTION VIRALE

Néant N et al. 2020 in press

Début des symptômes

Infectiosité faible

4

ASYMPTOMATIQUES VS SYMPTOMATIQUES 5

●Aucune différence de charge virale lors du diagnostic dans les prélèvements NP

●Excrétion virale plus longue chez les asymptomatiques (19 vs 14 jours)

Q.X Long et al ; Nat.Med. 2020

6EXCRÉTION VIRALE

Excrétion dans les selles possible et prolongée mais pas ou peu de virus infectieux

Virémie possible / lien avec la gravité

Négativation des RT-PCR sur prélèvements respiratoires environ 10j après le début des symptômes

Lescure X et al, Lancet ID 2020

7

● Diagnostic direct : on cherche le virus

• Dans un prélèvement respiratoire (ANP)

• Avec une technique sensible : biologie moléculaire (RT-PCR, TMA, LAMP…)

• Avec un technique moins sensible :

• Détection d’Ag (immunochromatographie)

• Culture cellulaire (labo spécialisé)

● Diagnostic indirect : on cherche les anticorps

• Avec un test rapide (immunochromatographie)

• Avec un test « classique » type ELISA

DIAGNOSTIC VIROLOGIQUE

8

● L’écouvillonnage nasopharyngé est la référence

● Alternative possibles :• Oro-pharyngé => Si contre indication au NP

• Salive => Etude en cours (COVISAL / SALIVCOV)

• 80% de sensibilité en comparaison du prélèvement NP perte significative de sensibilité (<40%) chez les asymptomatiques Temps d’analyse augmenté

● Autres prélèvements possibles :• LBA, ATB, expectoration

• Sang, Selles

• Autres : biopsies, LCR…

LES PRÉLÈVEMENTS POUR LA RT-PCR

Avis de la SFM publié le 29/09/2020

« 1 narine&

1 tour »

https://www.youtube.com/watch?v=DVJNWefmHjEhttps://www.sfm-microbiologie.org/wp-content/uploads/2020/09/Fiche-COVID-19_V6.0.pdf (actualisation 25/09/2020)https://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/330374/WHO-2019-nCoV-laboratory-2020.1-eng.pdf

9

● Technique de référence diagnostic et suivi avec bonne performance

● Evaluation semi-quantitative possible

EXAMENS BIOLOGIQUES : BIOLOGIE MOLÉCULAIRE

RT-PCR routine4h

RT-PCR Rapide 1h

LAMP-PCR15 min

Qu’est ce que le Ct ?

Ct > 37 = excrétion

extrêmement faible / nulle

10PERFORMANCE DE LA BIOLOGIE MOLÉCULAIRE

https://www.lemonde.fr/les-decodeurs/article/2020/09/09/covid-19-l-

hypersensibilite-des-tests-pcr-entre-intox-et-vrai-debat_6051528_4355770.html

11

● La référence est la RT-PCR sur prélèvement nasopharyngé

• Sensibilité > 95%

• Spécificité 99,9%

● Performance sur personnel soignant

PERFORMANCE DE LA BIOLOGIE MOLÉCULAIRE

Serology a V5

pos neg

PCR

a V1

pos 67 0

neg 6 183

Value 95% CI

Sensitivity 0,92 0,83 to 0,97

Specificity 1,00 0,98 to 1,00

Bal A, et al. 2020, in press

Kim H, et al. A Meta-Analysis. Radiology. 2020

12TEST ANTIGÉNIQUE

• Jusqu’à J4 / DDS• Pas de confirmation des positifs

• Si > 65 ans et/ou FR : faire PCR si négatifNON OUI

OUI

INDICATIONS DE LA HAS AU 28 NOVEMBRE 2020

Place des tests antigéniques NP10-15 min

13

● Performances analytiques des tests Ag et leur rapidité (OMS)

• Sensibilité : 80%

• Spécificité : 97%

● Revue JM PAWLOTSKY et al. , AP-HP HENRI MONDOR (09/20)

PERFORMANCE DES TESTS ANTIGÉNIQUES

634 échantillons - 297 positifs (2020)

• Gravité infection• Strates valeurs Ct• DDS

- 337 négatifs (2019)

SpécificitéSensibilité

globale

Coris 100% 35,3%

Biosensor 93,2% 60,1%

Abbott 100% 55,3%

Biosynex 98,5% 59,6%

NG Biotech 100% 32,3%

AAZ 100% 61,7%

Ct ≤ 33 Excrétion virale significative

SpécificitéSensibilité

globale

Sensibilité

sympto <4 j

Coris 100% 35,3% 53,6%

Biosensor 93,2% 60,1% 80,4%

Abbott 100% 55,3% 79,4%

Biosynex 98,5% 59,6% 81,4%

NG Biotech 100% 32,3% 52,6%

AAZ 100% 61,7% 81,4%

SpécificitéSensibilité

globale

Sensibilité

sympto <4 j

Sensibilté

Ct ≤ 33

Coris 100% 35,3% 53,6% 42,6%

Biosensor 93,2% 60,1% 80,4% 71,8%

Abbott 100% 55,3% 79,4% 65,7%

Biosynex 98,5% 59,6% 81,4% 71,3%

NG Biotech 100% 32,3% 52,6% 38,9%

AAZ 100% 61,7% 81,4% 73,5%

14

● Revue JM PAWLOTSKY et al. , AP-HP HENRI MONDOR (12/20)

PERFORMANCE DES TESTS ANTIGÉNIQUES302 échantillons

- 152 positifs (2020)• Gravité infection• Strates valeurs Ct• DDS

- 150 négatifs (2019)

Ct ≤ 33 Excrétion

virale significative

SpécificitéSensibilité

globale

AAZ 100% NR

CerTest 100% NR

GenBody 100% NR

Nadal 100% NR

Gensure 100% NR

AMP 100% NR

QuickProfile 100% NR

Novel 100% NR

Toda 100% NR

Sofia 99% NR

SpécificitéSensibilité

globale

Sensibilité

sympto <4 j

AAZ 100% NR 69,6%

CerTest 100% NR 50,0%

GenBody 100% NR 48,1%

Nadal 100% NR 55,4%

Gensure 100% NR 45,5%

AMP 100% NR 69,1%

QuickProfile 100% NR 47,3%

Novel 100% NR 69,6%

Toda 100% NR 46,4%

Sofia 99% NR 77,3%

SpécificitéSensibilité

globale

Sensibilité

sympto <4 j

Sensibilté

Ct ≤ 33

AAZ 100% NR 69,6% 63,3%

CerTest 100% NR 50,0% 45,3%

GenBody 100% NR 48,1% 41,0%

Nadal 100% NR 55,4% 47,7%

Gensure 100% NR 45,5% 35,7%

AMP 100% NR 69,1% 66,9%

QuickProfile 100% NR 47,3% 40,2%

Novel 100% NR 69,6% 62,7%

Toda 100% NR 46,4% 38,9%

Sofia 99% NR 77,3% 67,0%

15

• Se : 30% - Cut-off / Genexpert ≈ Ct 25

• Économie de tests moléculaires : 7%

• Gain temps : données CHLS Benjamin Touchon

• TROD + : - 6 min

• TROD - : + 20 min

RETOURS D’EXPÉRIENCEEN DÉPORTÉ POUR LES URGENCES DES HCL

Période d’étude : 10 au 20 novembreSites : Sud, Est et NordSupport RH : étudiants 5 AHU PharmacieTest Ag respiratoire : Panbio™ Abbott

Nb demandes Ag pos % Ag + Test Moleculaire +* % totale

GHC 167 11 6,6 43 32,3

GHN 107 5 4,7 14 17,8

GHE 63 3 4,8 16 30,2

GHS 253 24 9,5 26 19,2

Total 590 43 7,3 99 24,1* Test Genexpert ou Biofire

Sérologie routine : 30 minTROD: 10 minSEROLOGIE SARS-COV-2

Q.X Long et al ; Nat.Med. August 2020

Taux d’IgG significativement plus élevé chez les sujets symptomatiquesPas de différence observée du taux d’IgM

Comparaison entre le patient symptomatique vs. asymptomatique

SEROLOGIE SARS-COV-2

Q.X Long et al ; Nat.Med. April 2020

18

● Chute des anticorps au cours du temps (90% des patients)

PERSISTANCE DES ANTICORPS

● Négativation IgG chez 40% des patients asymptomatique après 8 semaines

Q.X Long et al ; Nat.Med. 2020

19PERFORMANCE DES TESTS SÉROLOGIQUESManufacturer

(platform)Abbott (Architect)

DiaSorin (Liaison®)

Siemens(Atellica®)

Bio-Rad WantaibioMérieux

(Vidas®)

Assay name SARS-CoV-2 IgGSARS-CoV-2 S1/S2

IgGSARS-CoV-2

TotalPlatelia SARS-CoV-

2 Total AbSARS-CoV-2

Total AbSARS-CoV-2 IgG

Assay type CMIA CLIA CLIA ELISA ELISA ELFAAntigen N S1+S2 RBD N RBD RBD

Sensitivity vs SARS-CoV-2 RT-PCR [95%CI]days after symptom onset

(n)

[1-7] (61) 9.84 [5.17-17.91] 6.56 [2.98-13.83] 6.56 [2.98-13.83]18.03 [11.35-

27.43]22.95 [15.36-32.84] 8.20 [4.05-15.90]

[8-14] (63)59.68 [49.23-

69.31]32.26 [23.41-

42.59]41.94 [32.18-

52.37]74.19 [64.18-

82.19]79.03 [69.41-86.23]

39.68 [30.17-50.04]

[15-21] (59)91.53 [83.60-

95.81]83.05 [73.61-

89.59]89.83 [81.52-

94.65]96.61 [90.26-

98.87]100.00 [95.62-

100.00]86.44 [77.50-

92.19]

[22-28] (59)93.22 [85.73-

96.92]86.44 [77.50-

92.19]93.22 [85.73-

96.92]94.92 [87.94-

97.95]100.00 [95.62-

100.00]93.22 [85.73-

96.92]

[29-35] (65)86.15 [77.66-

91.76]92.31 [85.03-

96.21]93.85 [86.98-

97.21]92.19 [84.81-

96.15]100.00 [96.00-

100.00]90.77 [83.13-

95.15]

[36-42] (59)89.83 [81.52-

94.65]93.22 [85.73-

96.92]98.31 [92.75-

99.62]91.53 [83.60-

95.81]100.00 [95.62-

100.00]94.92 [87.94-

97.95]

[43-85] (73)89.04 [81.58-

93.71]89.04 [81.58-

93.71]95.89 [90.15-

98.35]88.89 [81.34-

93.62]100.00 [96.38-

100.00]87.67 [79.97-

92.68]

Bal A, et al. 2020, in press

20CONCLUSION

Sérologie SARS-CoV-2 Diagnostic rétrospectif

Statut immunitaire

RT-PCR routine

Examen de référence pour le diagnostic d’une infection en cours

Evaluation du risque de transmission à l’entourage

Evaluation du contrôle de l’infection par le patient (suivi)

Tests antigéniques NP

Diagnostic chez le patient symptomatique < 4 jours

Pas de place à l’hôpital sur une population à J7 DDS

Dépistage de masse uniquement si PCR impossible

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MERCI

https://myhclpro.sante-ra.fr/webinaires.aspxhttps://www.youtube.com/playlist?list=PLOL9Y1jpXhkYiNZC5Tehxau5oimj5lzbP