outil de g énomique fonctionnelle et de ph énotypage pour ... · La science de l’analyse...
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La La mméétabolomiquetabolomique,,
outil de goutil de géénomique fonctionnelle et de nomique fonctionnelle et de
phphéénotypagenotypage pour traiter des relations plante / pour traiter des relations plante /
environnement et de la renvironnement et de la réésistance aux stresssistance aux stress
Alain Bouchereau,
Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes,UMR 1349, Rennes-Le Rheu
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La La mméétabolomiquetabolomique : : outil de goutil de géénomique nomique
fonctionnelle et de fonctionnelle et de phphéénotypagenotypage pour traiter pour traiter
des relations plante/environnement et de la des relations plante/environnement et de la
rréésistance aux stresssistance aux stress
Plan :
• 1. La métabolomique à l’échelle de « l’ome »Définitions, concepts, méthodologies, performances,…
• 2. La métabolomique au chevet de la planteRelations plante/environnement, résistance aux stress
• 3. Exemples de métabolomique comparativeBases métaboliques et biomarqueurs de tolérance
• 4. Métabotypage et métabolomique fonctionnelleDéterminants génétiques et moléculaires de la résistance
La Métabolomique
SynonymesMetabonomique, Profilage métabolomique,
Profilage métabolique
DéfinitionLa science de l’analyse intégrative et
fonctionnelle du phénotype métabolique
d’un système biologique
L’analyse du métabolome< 1500 Da
1000 – 200000
métabolites primaires et secondaires
Amplitudes extrèmes de concentrations
Grande diversité de propriétés physico-chimiques
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1. La 1. La mméétabolomiquetabolomique àà ll’é’échelle de chelle de «« ll’’omeome »»
Définition de Fiehn et al. (Nat. Biotechnol., 18, 1157-61 (2000))
Identification et quantification exhaustives et non sélectives de tous les
métabolites d’un système biologique
Adapté d’après Kopka et al., 2004
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MMéétabolome de levuretabolome de levure (560 (560 mméétabolitestabolites))
Règne végétal : entre 50 000 et 200 000 métabolites
„ ...seul le sommet de l‘iceberg est accessible“
1. La 1. La mméétabolomiquetabolomique àà ll’é’échelle de chelle de «« ll’’omeome »»
Adapté d’après Kopka et al., 2004
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1. La 1. La mméétabolomiquetabolomique àà ll’é’échelle de chelle de «« ll’’omeome »»
Trethewey, 2004
Métabolite unique
Analyse ciblée
Profilage métabolique
Empreinte métabolique
Métabolomique
„ ...un compromis analytique entre qualité et profondeur“
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1. La 1. La mméétabolomiquetabolomique àà ll’é’échelle de chelle de «« ll’’omeome »»
Design
expérimental,
échantillonnage
Acquisition des
données, analyse
Epuration,
Traitement des
données
Analyses
statistiques
Visualisation,
interprétation
biologique Hagel and Facchini, 2008
(qt_ ms ri _ i d_ eig tms 10 2 ) EIRO E_ 15 0 00 2-1 01 -9_ METB_ 15 0 0.5 4_ Ery thri tol (4TMS)
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OOOSiOSiSiSi
(qt_ ms ri _ i d_ eig tms 10 2 ) EIRO E_ 15 0 00 2-1 01 -9_ METB_ 15 0 0.5 4_ Ery thri tol (4TMS)
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(qt_ ms ri _ i d_ eig tms 10 2 ) EIRO E_ 15 0 00 2-1 01 -9_ METB_ 15 0 0.5 4_ Ery thri tol (4TMS)
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OOOSiOSiSiSi
„ ...la métabolomique, pas une technique, une démarche analytique et chimiométrique“
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1. La 1. La mméétabolomiquetabolomique àà ll’é’échelle de chelle de «« ll’’omeome »»
„ ...à chaque étape, des choix, des outils, des difficultés et des besoins de développement “
Bhalla et al., 2005
Bino et al., 2004
ArMet
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1. La 1. La mméétabolomiquetabolomique àà ll’é’échelle de chelle de «« ll’’omeome »»
Cevallos-Cevallos et al., 2009
Samples sorting
Screening
Phenotyping
Diagnostic - Prevention
Quality testing
Control
Functional analysis
Post-genomics
Physiology
HealthHealth sciencessciences
NutritionalNutritional sciencessciences
Food scienceFood science
MicrobiologyMicrobiology
Animal, plant productionAnimal, plant production
BiotechnologyBiotechnology
System System biologybiology
EnvironmentalEnvironmental sciencessciences
AnalyticalAnalytical
objectiveobjective
Scope of Scope of
applicationapplication
„ ...la métabolomique, une orientation à définir, une finalité à prévoir“
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1. La 1. La mméétabolomiquetabolomique àà ll’é’échelle de chelle de «« ll’’omeome »»
„ ... pas une, mais des plateformes analytiques dédiées à la métabolomique“
Dunn and Ellis, 2004
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1. La 1. La mméétabolomiquetabolomique àà ll’é’échelle de chelle de «« ll’’omeome »»
„ ... la performance dans le couplage“
Last et al., 2005
„ ... avec des configurations diversifiées en GC ou LC/MS “
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1. La 1. La mméétabolomiquetabolomique àà ll’é’échelle de chelle de «« ll’’omeome »»
De Vos et al., 2007
180 RILs d’Arabidopsis thaliana5780 ions
Profilage par LC-QTof MS
Fruits de tomate
Feuilles d’Arabidopsis
Fraise
αααα-tomatineGlucoiberine
Rutine
„ ... la performance dans le couplage, adaptable à du haut débit“
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1. La 1. La mméétabolomiquetabolomique àà ll’é’échelle de chelle de «« ll’’omeome »»
Kim et al., 2011
„ ... la performance dans le bidimensionnel à partir d‘extraits bruts “
Spectroscopie de RMN, HSQC (1H/13C)
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1. La 1. La mméétabolomiquetabolomique àà ll’é’échelle de chelle de «« ll’’omeome »»
„ ... des moyens bioinformatiques de plus en plus puissants pour traiter l‘information initiale “
Fiehn et al., 2011
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1. La 1. La mméétabolomiquetabolomique àà ll’é’échelle de chelle de «« ll’’omeome »»
„ ... après traitement des données brutes, une analyse statistique adaptée “
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2. La 2. La mméétabolomiquetabolomique au chevet de la planteau chevet de la plante
Roessner and Bowne ., 2009
FinalitFinalitéés multiples :s multiples : - fonctionnement, évolution, adaptation des organismes photosynthétiques
- sélection, amélioration génétique ( productions alimentaires et non alimentaires)
- biotechnologies, ingenierie métabolique, chimie verte, OGM, biologie synthétique
- biodiversité, écologie, protection, rémédiation
„ ... la démarche de métabolomique mise au service de la plante et de sa biologie “
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2. La 2. La mméétabolomiquetabolomique au chevet de la planteau chevet de la plante
Matsuda et al., 2010
„ ... une énorme diversitéphytochimique “
dérivée des métabolismes primaires et secondaires
Métabolisme secondaire
d’Arabidopsis thaliana
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2. La 2. La mméétabolomiquetabolomique au chevet de la planteau chevet de la plante
Kooke and Keurentjes, 2012
„ ... une grande flexibilitémétabolique “
Sous contrôle :
• génétique,• développemental• spatial• environnemental
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2. La 2. La mméétabolomiquetabolomique au chevet de la planteau chevet de la plante
Lugan et al., 2010
„ ... des variations au rhythme circadien“
Evolutions
nycthémérales
des teneurs en
métabolites
primaires dans
des feuilles
d’Arabidopsis
thaliana
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2. La 2. La mméétabolomiquetabolomique au chevet de la planteau chevet de la plante
-2.0 -1.0 0.0 1.0
LysineMelibiose[Sorbitol]Arginine
GlutamineAsparagineCadaverine
GlucoseGABA
TrehaloseProline
GalactoseFructose
TryptamineLactose
SpermineSpermidine
TyraminePutrescinePhenethyla
MaltoseTyrosine
MyoinositolQuinate
TryptophaneHistidine
AgmatineRaffinose
LeucineIsoleucine
ValinePhenylalanin
GalactinolThreonine
MethionineAlpha-Serine
AmmoniumOrnithine
AspartateGlutamate
GlycineBeta-Alanine
GlycerateCitrate
Saccharose[Ascorbate]
MannoseFumarate
DiaminopropMalate
Succinate
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SuccinateMalateDiaminopropaneFumarateMannose[Ascorbate]SaccharoseCitrateGlycerateBeta-AlanineGlycineGlutamateAspartateOrnithineAmmoniumSerineAlpha-AlanineMethionineThreonineGalactinolPhenylalanineValineIsoleucineLeucineRaffinoseAgmatineHistidineTryptophaneQuinateMyoinositolTyrosineMaltosePhenethylaminePutrescineTyramineSpermidineSpermineLactoseTryptamineFructoseGalactoseProlineTrehaloseGABAGlucoseCadaverineAsparagineGlutamineArginine[Sorbitol]MelibioseLysine
Jeune feuille / Limbe “Pétiole” / Limbe
Lugan et al., 2010
„ ... des variations au gré des organes et des tissus et de leur âge“
Profils métaboliques
comparés de différents
organes et tissus foliaires
d’Arabidopsis thaliana
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2. La 2. La mméétabolomiquetabolomique au chevet de la planteau chevet de la plante
„ ... des profils métaboliques différenciés entre compartiments sub-cellulaires “
Cartographie métabolique de
différents compartiments
cellulaires de feuilles
d’Arabidopsis thalianaKrueger et al., 2011
chloroplastes
Cytosol
Vacuole
Krueger et al., 2010
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2. La 2. La mméétabolomiquetabolomique au chevet de la planteau chevet de la plante
„ ... des dispositions à répondre à des contraintes environnementales de natures variées“
Jahangir et al., 2009
„ ... un arsenal particulièrement sophistiqué“
Cramer et al., 2011
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2. La 2. La mméétabolomiquetabolomique au chevet de la planteau chevet de la plante
Vinocur and Altman., 2005
„ ... des enjeux importants à décrypter les modalités moléculaires de tolérance / résistance aux stress“
Des cascades de régulation de
mieux en mieux décrites mais de
plus en plus complexes (cross-talks)
Des effecteurs de réponses aux stress
qui mobilisent de multiples pans du
métabolisme (osmorégulation, énergie,
redox, défenses, nutrition, …)
Schranz et al., 2007
15.00 20.00 25.00 30.00 35.00 40.00 45.00 50.00 55.000
200000
400000
600000
800000
1000000
1200000
1400000
1600000
1800000
2000000
2200000
2400000
2600000
Optimiser/régulariser le rendement dans un contexte de réduction des intrants azotés et d’aléas climatiques, tout en assurant la qualité des produits finaux (huile/tourteau de colza)
• Améliorer l’efficience d’utilisation des nutriments et de l’eau par la plante• Rechercher les déterminants génétiques et physiologiques de la tolérance aux stress nutritionnels, hydriques, thermiques et de la résistance aux maladies
Démarches intégratives de génétique quantitative, de génomique fonctionnelle, de transcriptomique et de métabolomique.Exploitation de ressources génétiques variées intra-spécifiques (RILs, TILLING, PGM,…) et inter-spécifiques (espèces modèles)
„ ... problématiques de recherche“
2. La 2. La mméétabolomiquetabolomique au chevet de la planteau chevet de la plante
15.00 20.00 25.00 30.00 35.00 40.00 45.00 50.00 55.000
200000
400000
600000
800000
1000000
1200000
1400000
1600000
1800000
2000000
2200000
2400000
2600000
3. 3. MMéétabolomiquetabolomique comparative et tolcomparative et toléérance aux rance aux
stressstress
Profilage mProfilage méétabolique compartabolique comparéé dd’’ArabidopsisArabidopsis thalianathaliana et deet de
ThellungiellaThellungiella salsugineasalsuginea ((halophilahalophila) ) ((11HH--NMR ) : NMR ) : sous stress salin modsous stress salin modéérréé
Lugan et al., Metabolomics, 2006
Ghars et al., J. Plant Physiol., 2008
Lugan et al., Plant J., 2010
Arabidopsis
Thellungiella
0 mM NaCl
100 mM NaCl
15.00 20.00 25.00 30.00 35.00 40.00 45.00 50.00 55.000
200000
400000
600000
800000
1000000
1200000
1400000
1600000
1800000
2000000
2200000
2400000
2600000
3. 3. MMéétabolomiquetabolomique comparative et tolcomparative et toléérance aux rance aux
stressstress
Phénotypes métaboliques divergents entre les
deux espèces, génétiquement proches mais
contrastées quant à leur tolérance à la salinité
105 métabolites
GC-MS,
UPLC-DAD
ACP
Control
NaCl
1
2
3
4
5
6
7
8
9
101112
13
14
15
16
17
18
19
20
21
2223
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
3839
40
41
4243
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
5455
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
6869
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
-1.2 -1.0 -0.8 -0.6 -0.4 -0.2 0.0 0.2 0.4 0.6 0.8 1.0 1.2-0.6
-0.4
-0.2
0.0
0.2
0.4
0.6
0.8
1.0
Fact. 3
PC1 (43%)
PC
3 (1
1%
)
BGalactinol
Raffinose Melibiose
[Digalactosylglycerol]
Glutamate
Fumarate
Sinapate
Spermidine
Urate
Putrescine
Gentiobiose
Trans caffeoylquinic acid
Galactose
Quinate
ProlineFructose
GABA
Glucose
Asparagine
Sucrose
Shikimate
Trans caffeic acid
Glutamine
-10 -8 -6 -4 -2 0 2 4 6 8 10-6
-4
-2
0
2
4
6
8
PC1 (43%)
PC
3 (1
1%
)
A
Shikimate
Caffeoylquinate
GABA
COOH
OH
OH OH
NH3
O
OH
Caffeate
Proline
Sucrose
Spermidine
Fumarate
Galactinol Raffinose
Putrescine
Lugan et al., Metabolomics, 2006
Ghars et al., J. Plant Physiol., 2008
Lugan et al., Plant J., 2010
15.00 20.00 25.00 30.00 35.00 40.00 45.00 50.00 55.000
200000
400000
600000
800000
1000000
1200000
1400000
1600000
1800000
2000000
2200000
2400000
2600000
3. 3. MMéétabolomiquetabolomique comparative et tolcomparative et toléérance aux rance aux
stressstress
Analyse hiérarchique des ajustements
métaboliques observés chez Thellungiella et
Arabidopsis en réponse à des traitements
salins d’amplitudes croissantes
Tryptophane 0.00 0.04 0.08 0.17 0.17 -0.23 -0.37 -0.34 -0.32 -0.39 -0.23 -0.47 0.85 0.23 0.87 0.12
Phenylalanine 0.00 0.03 0.03 ### ### ### -0.20 -0.19 -0.20 -0.25 ### -0.38 0.06 0.86 0.97 1.45
Lysine 0.00 0.19 0.15 0.20 0.29 ### ### ### ### ### 0.14 ### 0.50 0.93 1.12 1.17
Arginine 0.00 0.24 0.12 0.03 0.06 ### ### ### 0.03 ### 0.03 0.04 1.12 0.73 0.89 1.15
Histidine 0.00 0.17 0.12 0.10 0.16 ### ### ### ### ### ### 0.13 0.80 0.27 0.66 0.61
GABA 0.00 ### -0.25 -0.40 -0.28 ### -0.41 0.09 -0.23 0.25 0.70 0.37 0.73 1.26 1.40 1.44
Leucine 0.00 0.14 0.23 0.20 0.30 0.19 0.00 0.05 0.06 0.06 0.36 ### 0.61 1.49 1.60 1.99
Glycine 0.00 ### 0.04 ### 0.15 0.01 ### ### 0.01 ### 0.17 0.18 0.45 1.26 1.60 1.77
Beta-Alanine 0.00 0.14 ### ### -0.30 0.52 0.52 0.58 0.66 0.48 0.07 0.25 0.36 1.24 1.50 1.40
Isoleucine 0.00 0.12 0.15 0.17 0.24 0.39 0.34 0.37 0.38 0.27 0.37 0.11 0.83 1.29 1.42 1.77
Maltose 0.00 0.46 0.43 0.57 0.70 0.43 0.10 0.46 0.40 0.43 0.38 0.40 1.00 1.16 1.12 1.76
Saccharose 0.00 0.11 0.07 0.23 0.48 0.25 0.25 0.19 0.24 0.28 0.51 0.72 0.97 0.57 0.79 0.87
Valine 0.00 0.16 0.13 0.10 0.15 0.27 0.22 0.22 0.24 0.09 0.21 0.15 0.43 0.86 1.03 1.30
Galactose 0.00 ### 0.05 0.50 0.48 0.26 0.02 ### 0.12 0.21 0.45 0.39 0.44 0.96 0.87 1.63
Fructose 0.00 0.11 0.10 0.09 0.14 0.59 0.54 0.09 0.37 0.34 0.61 0.61 0.66 0.91 0.85 1.54
Hydroxyproline 0.00 0.44 0.64 0.86 0.89 0.71 0.83 0.89 1.01 1.02 1.14 1.19 1.21 0.50 0.83 1.03
Proline 0.00 0.32 0.54 0.90 1.13 0.92 1.00 1.09 1.23 1.22 1.41 1.37 1.59 1.23 1.46 1.54
Cellobiose 0.00 0.22 0.29 0.34 0.08 0.94 0.99 0.30 0.24 1.26 1.14 0.64 0.36 0.05 0.02 0.94
Citrate 0.00 -0.18 -0.20 -0.31 -0.36 0.34 0.37 0.53 0.57 0.60 0.75 0.68 0.48 -0.30 ### 0.04
Quinate 0.00 ### ### -0.57 ### 0.82 0.77 0.79 0.69 0.80 0.89 1.07 0.90 0.63 0.46 1.35
Malate 0.00 ### ### 0.00 0.04 0.78 0.79 0.77 0.79 0.81 0.83 0.87 0.80 0.07 0.27 0.59
Raffinose 0.00 -0.18 0.10 0.60 0.82 -0.53 -0.57 -0.22 -0.35 -0.53 -0.49 ### -0.59 -1.25 -1.15 -0.74
Galactinol 0.00 -0.30 ### 0.57 0.62 -0.51 -0.62 ### ### ### -0.32 ### ### -1.52 -1.84 -1.11
Shoots growth rate 0.00 ### ### -0.21 -0.46 -0.34 -0.31 -0.36 -0.29 -0.42 -0.47 -0.68 -0.90 -0.86 -1.03 -1.01
Spermidine 0.00 ### -0.24 -0.39 -0.59 -0.40 -0.46 -0.54 -0.65 -0.63 -0.74 -0.85 -0.83 -1.05 -1.17 -1.63
[Ascorbate] 0.00 -0.58 -0.35 -0.37 -0.44 ### ### -0.42 -0.35 ### ### ### -0.25 -1.77 -1.86 -1.30
Ornithine 0.00 ### ### ### -0.26 -0.21 -0.41 -0.45 -0.47 -0.45 -0.44 -0.73 -0.36 0.34 0.50 0.64
Alpha-Alanine 0.00 0.06 ### ### ### ### ### ### ### -0.37 -0.34 -0.55 -0.57 0.30 0.48 0.58
Ammonium 0.00 0.05 ### -0.23 -0.26 ### ### -0.27 -0.36 -0.49 -0.39 -0.60 -0.49 0.22 0.27 0.40
Tyrosine 0.00 -0.26 ### 0.15 0.12 -0.47 -0.69 -0.60 -0.63 -0.64 -0.50 -0.63 ### 0.31 0.49 0.89
Trehalose 0.00 -0.37 -0.52 ### -0.19 -0.52 -0.74 -0.46 -0.81 -0.87 -0.65 -0.86 -0.91 0.10 -0.21 0.44
Fumarate 0.00 -0.29 -0.22 ### 0.03 -1.41 -1.57 -1.70 -1.80 -1.98 -1.75 -2.09 -1.94 -0.43 -0.38 0.11
Methionine 0.00 0.07 ### 0.03 ### 0.23 0.18 0.26 0.28 0.19 0.32 0.10 0.18 -0.84 -0.20 -0.54
Glutamate 0.00 0.06 0.04 0.00 0.01 0.06 0.08 0.06 0.08 ### ### ### -0.39 -0.74 -0.62 -0.62
Aspartate 0.00 0.06 0.06 ### ### 0.17 0.20 0.17 0.14 0.02 ### -0.20 -0.44 -0.49 -0.41 -0.37
Glutamine 0.00 0.14 ### ### -0.24 0.10 0.08 0.11 0.13 0.00 0.06 ### -0.42 -0.77 -0.51 -0.27
Spermine 0.00 ### ### -0.21 ### ### ### ### ### ### ### -0.23 ### ### -0.23 -1.04
Putrescine 0.00 ### 0.06 0.12 ### ### -0.30 ### 0.05 ### 0.04 -0.31 0.45 0.17 0.06 -0.40
Agmatine 0.00 0.16 0.27 0.34 0.22 -0.22 ### -0.21 ### -0.20 ### -0.33 -0.55 0.33 0.12 -0.33
Homoserine 0.00 -0.46 -0.38 -0.50 -0.54 0.01 -0.25 ### -0.25 -0.21 ### -0.44 0.00 0.07 0.30 0.51
Melibiose 0.00 ### -0.26 0.41 0.47 ### ### ### -0.22 -0.52 -0.20 -0.29 ### ### -0.26 0.42
Glucose 0.00 ### ### 0.39 0.34 0.09 0.04 ### 0.08 ### 0.25 -0.54 0.39 0.43 0.34 1.11
Total metabolites 0.00 ### ### 0.02 0.08 0.07 0.09 0.13 0.17 0.17 0.28 0.24 0.25 0.04 0.18 0.48
Myoinositol 0.00 ### 0.03 0.16 0.24 ### 0.01 0.06 0.10 0.12 0.23 0.17 0.08 ### ### 0.44
Threonine 0.00 0.13 0.21 0.18 0.10 0.09 0.10 0.11 0.10 ### 0.09 ### ### 0.14 0.31 0.52
Serine 0.00 0.12 0.14 0.07 0.07 0.18 0.20 0.16 0.17 0.09 0.14 0.02 -0.19 0.36 0.34 0.69
Glycerate 0.00 ### ### ### ### 0.13 0.13 0.19 0.14 0.12 0.23 0.10 0.01 0.55 0.44 1.04
Asparagine 0.00 0.15 ### ### ### 0.12 0.07 0.09 0.10 ### ### -0.25 -0.39 ### 0.08 0.23
Succinate 0.00### ### 0.04 -0.20 0.02 0.07 0.15 0.11 ### ### -0.25 -0.24 0.24 0.28 0.90
At-
0
At-
25
At-
50
At-
75
At-
12
0
Th-
0
Th-
25
Th-
50
Th-
75
Th-1
20
Th-2
40
Th-3
60
Th-4
80
At-
24
0
At-
36
0
At-
48
0
-1.26
-0.78
-0.48
-0.18
0.00
0.18
0.48
0.78
1.26
1.56
Alanine
Shoot growth rate reduction indicator
Arabidopsis signature
Metabolic modules responsive to NaCl
NaCl (mM) 0 75 120 240 480
A
B
Lugan et al., Plant J., 2010
15.00 20.00 25.00 30.00 35.00 40.00 45.00 50.00 55.000
200000
400000
600000
800000
1000000
1200000
1400000
1600000
1800000
2000000
2200000
2400000
2600000
3. 3. MMéétabolomiquetabolomique comparative et tolcomparative et toléérance aux rance aux
stressstress
Molar mass
Solubility (mg.ml-1)
N to C ratio (N/C)
Gibbs free energy of formation(∆fG0’ )
Octanol:Water partition coefficient (logP)Carbon oxidation number n°(C)
Propriétés physico-chimiques
du métabolome
Lugan et al., Metabolomics, 2006
Lugan et al., Plant J., 2010
Adaptation du métabolome de Thellungiella à la déshydratation
15.00 20.00 25.00 30.00 35.00 40.00 45.00 50.00 55.000
200000
400000
600000
800000
1000000
1200000
1400000
1600000
1800000
2000000
2200000
2400000
2600000
3. 3. MMéétabolomiquetabolomique comparative et tolcomparative et toléérance aux rance aux
stressstress
2 populations d’Arabis alpina
Sordet et al., unpublished
Lugan et al., unpublished
Profilage métabolique (métabolisme azoté et carboné)
des organes foliaires de trois espèces de Brassicacées
apparentées exposées 4 jours à 21 ou 4°C
Arabidopsis thaliana
Thellungiella halophila
Arabis alpina
Arabidopsis thaliana Thellungiella halophila Arabis alpina
15.00 20.00 25.00 30.00 35.00 40.00 45.00 50.00 55.000
200000
400000
600000
800000
1000000
1200000
1400000
1600000
1800000
2000000
2200000
2400000
2600000
4. 4. MMéétabotypagetabotypage et et mméétabolomiquetabolomique fonctionnellefonctionnelle
Recherche des caractéristiques
métaboliques des organes sources
(remobilisateurs) et des organes puits
(importateurs)
Albert et al., Planta, 2012
Feuille puits
Feuille source
15.00 20.00 25.00 30.00 35.00 40.00 45.00 50.00 55.000
200000
400000
600000
800000
1000000
1200000
1400000
1600000
1800000
2000000
2200000
2400000
2600000
N+ W+N+ W+ NN-- W+W+ N+ WN+ W-- NN-- WW--
Scores plotScores plot
Profilage métabolique (métabolisme azoté et carboné)
des organes foliaires de colza exposé à un stress azoté
combiné ou non à un stress hydrique
4. 4. MMéétabotypagetabotypage et et mméétabolomiquetabolomique fonctionnellefonctionnelle
HyPro
His
x1 Asn
x2
x3
Ser
Gln
Arg
Gly
x4
HSer
Asp
x5
Glu
ß-Ala
x6
Thr
a-Ala
GABA
x7
x19
Pro
x8
x9
x10
MetCys
x11
Orn
x12
x13
x14
x15
Cys
Lys
Tyr
x16
Met
x17
Val x18
Ile
Leu Phe
Trp
Tot_N_met
y1
y2
y3
y4
y5
y6
y7
y8
Succ
Glyce
Fum y9 Mala
y10
y11
y12
Xyl
y13
y14
y15
y16
y17
Cit
y18
y19
Qui
Fruc
Gluc
y20
y21
Myo
y22
y23
y24
Suc
Malt y25
y26
y27
y28
y29
y30
Tot_C_met
-1.0 -0.5 0.0 0.5 1.0
PC1 (31.07%)
-1.0
-0.5
0.0
0.5
1.0
PC
2 (
20
.08
%)
0
04
444
10
10
10
10 14
14
14
14
1717
17
17 22
22
22
22
-8 -6 -4 -2 0 2 4 6 8 10 12
PC1 (34.92%)
-12
-10
-8
-6
-4
-2
0
2
4
6
8
10
PC
2 (
21.2
6%
)
N+W+
N+W-
N-W+
N-W-
Rehydration
Rehydration
Albert et al., Plant Physiol., submitted
Les plantes carencées en azote sont
métaboliquement moins perturbées
par le stress hydrique
15.00 20.00 25.00 30.00 35.00 40.00 45.00 50.00 55.000
200000
400000
600000
800000
1000000
1200000
1400000
1600000
1800000
2000000
2200000
2400000
2600000
N+ W+N+ W+ NN-- W+W+ N+ WN+ W-- NN-- WW--
Profilage métabolique (métabolisme azoté et carboné)
des organes foliaires de colza exposé à un stress azoté
combiné ou non à un stress hydrique
4. 4. MMéétabotypagetabotypage et et mméétabolomiquetabolomique fonctionnellefonctionnelle
Repérage de marqueurs
d’exposition aux stress
Albert et al., Plant Physiol., submitted
15.00 20.00 25.00 30.00 35.00 40.00 45.00 50.00 55.000
200000
400000
600000
800000
1000000
1200000
1400000
1600000
1800000
2000000
2200000
2400000
2600000
4. 4. MMéétabotypagetabotypage et et mméétabolomiquetabolomique fonctionnellefonctionnelle
Marqueurs de sensibilité
Wagner et al., MPMI, 2012
Profilage métabolique (métabotypage) des
racines de variétés de colza plus ou moins
résistantes à la hernie des crucifères
RILs et mQTLs
15.00 20.00 25.00 30.00 35.00 40.00 45.00 50.00 55.000
200000
400000
600000
800000
1000000
1200000
1400000
1600000
1800000
2000000
2200000
2400000
2600000
Profilage mProfilage méétabolique du mutant tabolique du mutant EskimoEskimo dd’’ArabidopsisArabidopsis thalianathaliana ::
Constitutivement acclimatConstitutivement acclimatéé au froidau froid
Accumulateur constitutif de prolineAccumulateur constitutif de proline
Wild type
Mutant
Profils métaboliques comparés
(ICA) de WT et esk1 dans les
racines et les rosettes en
conditions contrôlées
Shoots (94 analytes) Roots (112 analytes)
At3g55990 (esk1)
DUF231 family : 45 proteines
Fonctions inconnues
Absent des microarrays
Lugan et al., Metabolomics, 2006
Lugan et al., Plant Cell Env, 2009
4. 4. MMéétabotypagetabotypage et et mméétabolomiquetabolomique fonctionnellefonctionnelle
15.00 20.00 25.00 30.00 35.00 40.00 45.00 50.00 55.000
200000
400000
600000
800000
1000000
1200000
1400000
1600000
1800000
2000000
2200000
2400000
2600000
4. 4. MMéétabotypagetabotypage et et mméétabolomiquetabolomique fonctionnellefonctionnelle
Lugan et al., Metabolomics, 2006
Lugan et al., Plant Cell Env, 2009
Control
Déshydration
NaCl
Froid
Contrôle 6°C Déshydratation NaCl
WT
esk1
Contrôle 6°C Déshydratation NaCl
WT
esk1
Ajustements métaboliques
observés chez le WT et le
mutant au cours de l’exposition
à différents stress abiotiques
Water status
Transpiration rate RWC
Water stress phenotype
15.00 20.00 25.00 30.00 35.00 40.00 45.00 50.00 55.000
200000
400000
600000
800000
1000000
1200000
1400000
1600000
1800000
2000000
2200000
2400000
2600000
4. 4. MMéétabotypagetabotypage et et mméétabolomiquetabolomique fonctionnellefonctionnelle
Conséquences métaboliques corrélatives de la mutation
Asp AsnSer Glu Gly Gln ArgThr Ala Prol Tyr Val Met Lys Ile Leu Phe Trp A B C D Fru E Gal Glc F Myo G H I Suc Tre Mal J K L Galol M N Raff
Asp 1.0
AsnSer 0.3 1.0
Glu 0.4 0.3 1.0
Gly -0.2 0.3 -0.1 1.0
Gln 0.3 0.6 0.4 0.3 1.0
ArgThr 0.1 0.3 0.2 0.3 0.5 1.0
Ala 0.1 0.4 -0.2 0.7 0.1 0.0 1.0
Prol 0.0 0.2 -0.6 0.3 -0.1 0.1 0.5 1.0
Tyr 0.2 0.5 -0.2 0.3 0.3 0.0 0.4 0.5 1.0
Val -0.1 0.4 -0.5 0.3 -0.1 -0.1 0.5 0.8 0.6 1.0
Met 0.1 0.1 -0.5 0.2 0.1 -0.1 0.4 0.6 0.9 0.5 1.0
Lys 0.2 0.2 -0.4 0.2 0.2 0.0 0.3 0.7 0.8 0.5 0.9 1.0
Ile 0.0 0.5 -0.3 0.3 -0.1 -0.1 0.5 0.7 0.5 0.9 0.4 0.5 1.0
Leu -0.1 0.4 -0.4 0.4 -0.1 -0.1 0.6 0.8 0.6 1.0 0.5 0.5 1.0 1.0
Phe -0.1 0.5 -0.3 0.4 -0.1 0.0 0.6 0.7 0.6 0.9 0.4 0.4 0.9 0.9 1.0
Trp -0.3 0.2 -0.5 0.5 -0.2 0.0 0.5 0.8 0.5 0.9 0.5 0.4 0.8 0.8 0.9 1.0
A 0.4 0.7 0.2 0.1 0.6 0.2 0.3 0.3 0.6 0.4 0.4 0.4 0.5 0.4 0.5 0.2 1.0
B 0.2 0.5 0.7 0.1 0.5 0.3 0.1 -0.4 0.0 -0.1 -0.4 -0.3 0.0 -0.1 0.1 -0.2 0.5 1.0
C 0.2 0.0 0.1 -0.1 0.1 -0.1 0.0 -0.2 0.0 0.0 -0.1 0.0 0.1 0.2 0.1 -0.1 0.0 0.2 1.0
D 0.2 0.5 0.6 0.0 0.5 0.3 0.0 -0.4 -0.1 -0.2 -0.4 -0.3 0.0 -0.2 0.0 -0.3 0.5 1.0 0.2 1.0
Fru -0.1 0.2 -0.6 0.3 -0.1 0.0 0.4 0.9 0.7 0.9 0.7 0.7 0.8 0.8 0.8 0.9 0.4 -0.3 -0.1 -0.3 1.0
E 0.3 -0.1 0.0 0.2 0.3 0.3 0.1 0.2 0.1 -0.2 0.3 0.4 -0.3 -0.3 -0.3 -0.2 0.0 -0.2 -0.3 -0.1 0.0 1.0
Gal 0.2 0.0 -0.3 0.0 0.1 0.0 0.1 0.5 0.6 0.2 0.7 0.8 0.1 0.1 0.0 0.1 0.2 -0.4 -0.3 -0.4 0.4 0.6 1.0
Glc 0.3 0.1 -0.1 0.0 0.3 0.0 0.2 0.4 0.5 0.1 0.6 0.7 0.0 0.0 -0.1 0.0 0.3 -0.3 -0.3 -0.3 0.3 0.7 0.9 1.0
F 0.3 0.2 -0.1 0.1 0.2 0.0 0.3 0.4 0.4 0.2 0.4 0.5 0.1 0.1 0.0 0.1 0.2 -0.2 -0.2 -0.2 0.3 0.6 0.7 0.9 1.0
Myo -0.1 0.1 -0.7 0.1 -0.2 -0.1 0.3 0.9 0.5 0.8 0.6 0.7 0.7 0.7 0.7 0.7 0.3 -0.4 -0.1 -0.3 0.9 0.0 0.3 0.2 0.2 1.0
G -0.3 -0.5 -0.2 0.0 -0.2 -0.1 -0.1 -0.2 -0.3 -0.3 -0.1 -0.2 -0.4 -0.3 -0.4 -0.1 -0.7 -0.6 -0.1 -0.6 -0.2 0.2 0.0 0.0 -0.1 -0.2 1.0
H 0.3 0.4 0.6 0.0 0.2 0.3 0.0 -0.2 0.0 0.1 -0.2 -0.2 0.2 0.1 0.2 -0.1 0.4 0.5 0.1 0.6 -0.1 -0.2 -0.2 -0.2 -0.1 -0.1 -0.5 1.0
I -0.5 -0.2 0.0 0.3 -0.4 0.1 0.0 -0.3 -0.5 -0.3 -0.4 -0.5 -0.3 -0.3 -0.2 0.0 -0.6 -0.2 -0.3 -0.2 -0.3 -0.2 -0.4 -0.4 -0.3 -0.3 0.5 -0.3 1.0
Suc -0.6 0.1 -0.5 0.4 -0.3 0.1 0.2 0.6 0.2 0.6 0.3 0.2 0.5 0.5 0.6 0.8 0.0 -0.3 -0.2 -0.3 0.6 -0.2 0.0 -0.2 -0.1 0.6 0.0 -0.2 0.3 1.0
Tre -0.4 -0.2 -0.2 0.4 -0.3 0.2 0.1 0.1 -0.2 -0.1 0.0 0.0 -0.2 -0.1 -0.1 0.1 -0.4 -0.4 -0.3 -0.4 0.0 0.1 0.1 0.0 0.0 0.0 0.4 -0.4 0.8 0.5 1.0
Mal 0.3 0.1 -0.3 0.1 0.2 0.0 0.3 0.5 0.7 0.2 0.8 0.9 0.2 0.2 0.1 0.1 0.3 -0.3 -0.2 -0.3 0.4 0.5 0.8 0.8 0.6 0.4 -0.1 -0.3 -0.4 0.0 0.1 1.0
J 0.3 0.1 -0.3 0.0 0.2 -0.1 0.3 0.4 0.6 0.2 0.7 0.7 0.1 0.2 0.0 0.0 0.3 -0.3 -0.1 -0.3 0.3 0.4 0.8 0.8 0.6 0.3 0.0 -0.2 -0.4 -0.1 0.0 0.9 1.0
K 0.1 -0.1 -0.3 -0.1 0.1 0.0 -0.1 0.3 0.4 0.0 0.6 0.7 -0.1 0.0 -0.2 -0.1 0.1 -0.4 -0.2 -0.4 0.2 0.4 0.8 0.8 0.6 0.2 0.0 -0.3 -0.2 -0.1 0.2 0.8 0.8 1.0
L 0.5 0.1 -0.2 -0.1 0.2 -0.2 0.2 0.4 0.5 0.2 0.6 0.7 0.2 0.3 0.1 0.0 0.2 -0.3 0.3 -0.4 0.3 0.3 0.7 0.7 0.6 0.3 -0.1 -0.2 -0.5 -0.2 -0.1 0.8 0.9 0.7 1.0
Galol -0.1 -0.2 -0.2 -0.3 -0.1 -0.1 -0.4 0.1 0.1 -0.1 0.3 0.4 -0.2 -0.2 -0.3 -0.1 -0.2 -0.5 -0.2 -0.4 -0.1 0.3 0.6 0.5 0.4 0.0 0.1 -0.3 0.0 0.1 0.3 0.5 0.5 0.8 0.5 1.0
M 0.0 -0.4 -0.1 -0.4 0.0 0.1 -0.5 -0.2 -0.2 -0.5 0.0 0.1 -0.5 -0.5 -0.6 -0.4 -0.5 -0.6 -0.1 -0.4 -0.2 0.5 0.3 0.3 0.2 -0.1 0.6 -0.2 0.0 -0.2 0.1 0.2 0.2 0.4 0.2 0.5 1.0
N 0.3 0.2 -0.5 0.1 0.1 -0.1 0.5 0.7 0.7 0.6 0.8 0.8 0.5 0.5 0.4 0.3 0.4 -0.3 0.0 -0.3 0.6 0.3 0.7 0.6 0.6 0.6 -0.2 -0.2 -0.6 0.1 -0.1 0.9 0.8 0.6 0.8 0.2 0.0 1.0
Raff 0.2 0.0 -0.4 -0.1 0.0 -0.2 0.1 0.4 0.5 0.2 0.6 0.7 0.3 0.3 0.1 0.1 0.2 -0.4 0.2 -0.4 0.3 0.2 0.7 0.6 0.5 0.3 -0.1 -0.2 -0.4 0.0 0.0 0.8 0.8 0.8 0.9 0.6 0.2 0.8 1.0
Columbia
Proline
ControlGBProSaltSalt + GBSalt + Pro
Myo-i
nosito
l
Lysine
Meth
ion
ine
ControlGBProSaltSalt + GBSalt + Pro
Asp AsnSer Glu Gly Gln ArgThr Ala Prol Tyr Val Met Lys Ile Leu Phe Trp A B C D Fru E Gal Glc F Myo G H I Suc Tre Mal J K L Galol M N Raff
Asp 1.0
AsnSer 0.0 1.0
Glu 0.6 0.2 1.0
Gly -0.2 0.4 -0.3 1.0
Gln 0.1 0.7 0.3 0.3 1.0
ArgThr 0.3 0.7 0.3 0.3 0.6 1.0
Ala 0.0 0.5 -0.1 0.5 0.3 0.2 1.0
Prol -0.3 0.2 -0.3 0.4 -0.1 0.0 0.4 1.0
Tyr -0.1 0.1 -0.4 0.1 -0.1 0.0 0.3 0.2 1.0
Val -0.4 0.4 -0.5 0.5 0.1 0.2 0.5 0.7 0.3 1.0
Met 0.1 -0.1 -0.3 0.2 -0.1 -0.1 0.3 0.5 0.4 0.3 1.0
Lys 0.2 0.0 -0.3 0.2 0.0 0.1 0.3 0.4 0.3 0.3 0.9 1.0
Ile -0.4 0.2 -0.6 0.4 -0.1 0.1 0.2 0.6 0.3 0.8 0.5 0.5 1.0
Leu -0.3 0.0 -0.7 0.4 -0.2 0.1 0.2 0.5 0.6 0.7 0.7 0.7 0.9 1.0
Phe -0.5 0.3 -0.6 0.5 0.0 0.1 0.4 0.7 0.3 0.9 0.4 0.3 0.8 0.8 1.0
Trp -0.6 0.1 -0.5 0.4 -0.2 -0.1 0.1 0.6 0.1 0.7 0.3 0.2 0.8 0.6 0.7 1.0
A 0.0 0.5 0.1 0.4 0.5 0.5 0.2 0.2 -0.1 0.3 0.3 0.4 0.3 0.3 0.3 0.1 1.0
B -0.1 0.4 0.1 -0.1 0.5 0.3 0.1 -0.4 -0.3 -0.1 -0.5 -0.4 -0.2 -0.3 0.0 -0.2 0.1 1.0
C -0.1 0.3 0.1 -0.1 0.2 0.1 0.1 0.0 -0.3 0.1 -0.4 -0.3 -0.1 -0.2 0.1 -0.1 0.1 0.8 1.0
D 0.2 0.4 0.4 0.0 0.6 0.5 0.1 -0.4 -0.3 -0.2 -0.5 -0.3 -0.3 -0.3 -0.1 -0.3 0.4 0.8 0.6 1.0
Fru -0.5 0.1 -0.5 0.5 -0.2 0.0 0.3 0.8 0.4 0.8 0.4 0.4 0.8 0.7 0.7 0.7 0.2 -0.3 -0.2 -0.4 1.0
E 0.2 -0.2 0.1 -0.1 -0.1 -0.1 0.1 0.0 -0.2 -0.3 0.1 0.2 -0.3 -0.1 -0.2 -0.2 0.0 0.0 0.2 0.2 -0.2 1.0
Gal -0.1 -0.1 -0.4 0.2 -0.2 -0.1 0.3 0.3 0.5 0.1 0.6 0.6 0.3 0.4 0.1 0.3 0.0 -0.5 -0.4 -0.4 0.4 0.5 1.0
Glc 0.1 -0.1 -0.2 0.2 0.0 -0.1 0.3 0.2 0.3 0.0 0.7 0.7 0.1 0.3 0.0 0.1 0.2 -0.5 -0.4 -0.3 0.2 0.4 0.9 1.0
F 0.2 0.0 -0.1 0.2 0.1 0.1 0.4 0.3 0.3 0.1 0.7 0.7 0.2 0.4 0.1 0.0 0.3 -0.3 -0.2 0.0 0.3 0.5 0.7 0.8 1.0
Myo -0.1 -0.1 -0.1 0.1 -0.4 -0.2 0.1 0.4 0.3 0.1 0.3 0.3 0.2 0.3 0.1 0.2 -0.1 -0.3 -0.2 -0.4 0.4 0.2 0.6 0.3 0.3 1.0
G -0.1 0.0 -0.1 -0.1 -0.1 0.0 -0.1 0.1 -0.2 0.0 0.0 0.1 0.2 0.1 0.1 0.3 -0.1 -0.1 0.1 -0.1 0.0 0.2 0.2 0.0 -0.1 0.1 1.0
H 0.2 0.2 0.3 0.0 0.3 0.3 0.1 -0.4 -0.1 0.0 -0.4 -0.5 -0.2 -0.3 0.0 -0.2 0.1 0.6 0.3 0.5 -0.2 -0.3 -0.5 -0.4 -0.2 -0.4 -0.5 1.0
I -0.3 0.0 0.0 0.1 -0.2 -0.3 0.0 0.2 0.1 0.0 -0.2 -0.3 -0.1 -0.2 0.0 0.0 -0.4 -0.2 -0.2 -0.4 0.1 -0.1 0.0 -0.1 -0.2 0.3 -0.1 -0.2 1.0
Suc -0.5 0.1 -0.2 0.2 -0.2 -0.1 0.2 0.7 0.0 0.7 0.2 0.0 0.5 0.4 0.6 0.6 0.2 0.0 0.2 -0.2 0.7 -0.3 -0.1 -0.1 0.0 0.2 -0.2 0.1 0.2 1.0
Tre -0.2 -0.2 0.0 0.1 -0.3 -0.4 -0.1 0.2 0.0 -0.1 0.1 0.0 -0.1 -0.1 -0.1 0.0 -0.4 -0.4 -0.3 -0.6 0.1 -0.1 0.1 0.1 0.0 0.4 0.0 -0.4 0.9 0.1 1.0
Mal 0.2 -0.1 -0.3 0.1 0.0 0.1 0.2 0.1 0.2 0.1 0.7 0.8 0.4 0.5 0.2 0.1 0.3 -0.3 -0.3 -0.2 0.1 0.2 0.5 0.6 0.5 0.1 0.2 -0.4 -0.3 -0.2 0.0 1.0
J 0.2 0.2 -0.1 0.0 0.0 0.1 0.2 0.3 0.1 0.1 0.6 0.6 0.4 0.3 0.1 0.2 0.2 -0.4 -0.2 -0.3 0.1 0.1 0.4 0.5 0.4 0.2 0.5 -0.5 -0.3 -0.1 0.0 0.7 1.0
K 0.1 0.1 0.0 -0.1 0.0 0.1 0.0 0.1 -0.2 -0.1 0.2 0.4 0.1 0.0 -0.1 0.1 0.1 -0.3 -0.2 -0.2 0.0 0.2 0.4 0.4 0.2 0.0 0.6 -0.4 -0.2 -0.2 0.1 0.5 0.7 1.0
L 0.2 0.1 -0.1 0.0 0.0 0.3 0.1 0.1 -0.1 0.0 0.4 0.6 0.2 0.2 0.0 0.1 0.2 -0.2 -0.1 0.0 0.0 0.3 0.4 0.4 0.3 -0.1 0.6 -0.4 -0.4 -0.3 -0.1 0.8 0.8 0.8 1.0
Galol 0.1 -0.1 0.1 -0.2 -0.1 0.1 -0.2 -0.2 -0.4 -0.3 0.0 0.2 -0.1 -0.2 -0.3 0.1 0.1 -0.1 -0.1 0.0 -0.2 0.4 0.2 0.2 0.0 -0.1 0.6 -0.3 -0.2 -0.3 0.1 0.4 0.5 0.9 0.8 1.0
M 0.4 0.0 0.4 -0.2 0.0 0.3 0.1 -0.3 -0.2 -0.4 0.0 0.1 -0.2 -0.3 -0.3 -0.2 0.0 0.1 0.0 0.3 -0.3 0.2 0.1 0.2 0.1 -0.1 0.2 0.3 -0.2 -0.4 -0.1 0.3 0.2 0.4 0.5 0.5 1.0
N 0.1 -0.1 -0.4 0.2 -0.1 0.0 0.2 0.3 0.4 0.3 0.8 0.8 0.5 0.7 0.4 0.1 0.3 -0.4 -0.3 -0.3 0.4 -0.1 0.4 0.6 0.5 0.3 -0.1 -0.3 -0.3 0.1 -0.1 0.7 0.5 0.1 0.3 -0.1 0.0 1.0
Raff 0.1 -0.1 -0.2 -0.1 0.0 0.0 0.1 0.3 0.1 0.1 0.7 0.7 0.4 0.4 0.2 0.1 0.3 -0.3 -0.2 -0.3 0.2 0.0 0.4 0.5 0.4 0.2 0.1 -0.4 -0.3 0.1 -0.1 0.6 0.6 0.4 0.4 0.1 0.1 0.8 1.0
Eskimo
Proline
ControlGBProSaltSalt + GBSalt + Pro
Myo
-ino
sito
l
Lysine
ControlGBProSaltSalt + GBSalt + Pro
Me
thio
nin
e
Lysine and methionine amounts exhibited
strong correlation through all the individuals
under investigation. This could be expected
because lysine and methionine biosynthesis
result from aspartate as a common precursor
In the mutant Eskimo, the relationship
between proline and myo-inositol was
not confirmed. This could result from
deregulation of proline accumulation.
In the WT Columbia, the proline level correlated with that of myo-inositol,
although the metabolic pathways involved does not seem to be
directely connected.
Pearson coefficients
> 0.95
> 0.9
> 0.8
> 0.7
> 0.6
Asp AsnSer Glu Gly Gln ArgThr Ala Prol Tyr Val Met Lys Ile Leu Phe Trp A B C D Fru E Gal Glc F Myo G H I Suc Tre Mal J K L Galol M N Raff
Asp 1.0
AsnSer 0.3 1.0
Glu 0.4 0.3 1.0
Gly -0.2 0.3 -0.1 1.0
Gln 0.3 0.6 0.4 0.3 1.0
ArgThr 0.1 0.3 0.2 0.3 0.5 1.0
Ala 0.1 0.4 -0.2 0.7 0.1 0.0 1.0
Prol 0.0 0.2 -0.6 0.3 -0.1 0.1 0.5 1.0
Tyr 0.2 0.5 -0.2 0.3 0.3 0.0 0.4 0.5 1.0
Val -0.1 0.4 -0.5 0.3 -0.1 -0.1 0.5 0.8 0.6 1.0
Met 0.1 0.1 -0.5 0.2 0.1 -0.1 0.4 0.6 0.9 0.5 1.0
Lys 0.2 0.2 -0.4 0.2 0.2 0.0 0.3 0.7 0.8 0.5 0.9 1.0
Ile 0.0 0.5 -0.3 0.3 -0.1 -0.1 0.5 0.7 0.5 0.9 0.4 0.5 1.0
Leu -0.1 0.4 -0.4 0.4 -0.1 -0.1 0.6 0.8 0.6 1.0 0.5 0.5 1.0 1.0
Phe -0.1 0.5 -0.3 0.4 -0.1 0.0 0.6 0.7 0.6 0.9 0.4 0.4 0.9 0.9 1.0
Trp -0.3 0.2 -0.5 0.5 -0.2 0.0 0.5 0.8 0.5 0.9 0.5 0.4 0.8 0.8 0.9 1.0
A 0.4 0.7 0.2 0.1 0.6 0.2 0.3 0.3 0.6 0.4 0.4 0.4 0.5 0.4 0.5 0.2 1.0
B 0.2 0.5 0.7 0.1 0.5 0.3 0.1 -0.4 0.0 -0.1 -0.4 -0.3 0.0 -0.1 0.1 -0.2 0.5 1.0
C 0.2 0.0 0.1 -0.1 0.1 -0.1 0.0 -0.2 0.0 0.0 -0.1 0.0 0.1 0.2 0.1 -0.1 0.0 0.2 1.0
D 0.2 0.5 0.6 0.0 0.5 0.3 0.0 -0.4 -0.1 -0.2 -0.4 -0.3 0.0 -0.2 0.0 -0.3 0.5 1.0 0.2 1.0
Fru -0.1 0.2 -0.6 0.3 -0.1 0.0 0.4 0.9 0.7 0.9 0.7 0.7 0.8 0.8 0.8 0.9 0.4 -0.3 -0.1 -0.3 1.0
E 0.3 -0.1 0.0 0.2 0.3 0.3 0.1 0.2 0.1 -0.2 0.3 0.4 -0.3 -0.3 -0.3 -0.2 0.0 -0.2 -0.3 -0.1 0.0 1.0
Gal 0.2 0.0 -0.3 0.0 0.1 0.0 0.1 0.5 0.6 0.2 0.7 0.8 0.1 0.1 0.0 0.1 0.2 -0.4 -0.3 -0.4 0.4 0.6 1.0
Glc 0.3 0.1 -0.1 0.0 0.3 0.0 0.2 0.4 0.5 0.1 0.6 0.7 0.0 0.0 -0.1 0.0 0.3 -0.3 -0.3 -0.3 0.3 0.7 0.9 1.0
F 0.3 0.2 -0.1 0.1 0.2 0.0 0.3 0.4 0.4 0.2 0.4 0.5 0.1 0.1 0.0 0.1 0.2 -0.2 -0.2 -0.2 0.3 0.6 0.7 0.9 1.0
Myo -0.1 0.1 -0.7 0.1 -0.2 -0.1 0.3 0.9 0.5 0.8 0.6 0.7 0.7 0.7 0.7 0.7 0.3 -0.4 -0.1 -0.3 0.9 0.0 0.3 0.2 0.2 1.0
G -0.3 -0.5 -0.2 0.0 -0.2 -0.1 -0.1 -0.2 -0.3 -0.3 -0.1 -0.2 -0.4 -0.3 -0.4 -0.1 -0.7 -0.6 -0.1 -0.6 -0.2 0.2 0.0 0.0 -0.1 -0.2 1.0
H 0.3 0.4 0.6 0.0 0.2 0.3 0.0 -0.2 0.0 0.1 -0.2 -0.2 0.2 0.1 0.2 -0.1 0.4 0.5 0.1 0.6 -0.1 -0.2 -0.2 -0.2 -0.1 -0.1 -0.5 1.0
I -0.5 -0.2 0.0 0.3 -0.4 0.1 0.0 -0.3 -0.5 -0.3 -0.4 -0.5 -0.3 -0.3 -0.2 0.0 -0.6 -0.2 -0.3 -0.2 -0.3 -0.2 -0.4 -0.4 -0.3 -0.3 0.5 -0.3 1.0
Suc -0.6 0.1 -0.5 0.4 -0.3 0.1 0.2 0.6 0.2 0.6 0.3 0.2 0.5 0.5 0.6 0.8 0.0 -0.3 -0.2 -0.3 0.6 -0.2 0.0 -0.2 -0.1 0.6 0.0 -0.2 0.3 1.0
Tre -0.4 -0.2 -0.2 0.4 -0.3 0.2 0.1 0.1 -0.2 -0.1 0.0 0.0 -0.2 -0.1 -0.1 0.1 -0.4 -0.4 -0.3 -0.4 0.0 0.1 0.1 0.0 0.0 0.0 0.4 -0.4 0.8 0.5 1.0
Mal 0.3 0.1 -0.3 0.1 0.2 0.0 0.3 0.5 0.7 0.2 0.8 0.9 0.2 0.2 0.1 0.1 0.3 -0.3 -0.2 -0.3 0.4 0.5 0.8 0.8 0.6 0.4 -0.1 -0.3 -0.4 0.0 0.1 1.0
J 0.3 0.1 -0.3 0.0 0.2 -0.1 0.3 0.4 0.6 0.2 0.7 0.7 0.1 0.2 0.0 0.0 0.3 -0.3 -0.1 -0.3 0.3 0.4 0.8 0.8 0.6 0.3 0.0 -0.2 -0.4 -0.1 0.0 0.9 1.0
K 0.1 -0.1 -0.3 -0.1 0.1 0.0 -0.1 0.3 0.4 0.0 0.6 0.7 -0.1 0.0 -0.2 -0.1 0.1 -0.4 -0.2 -0.4 0.2 0.4 0.8 0.8 0.6 0.2 0.0 -0.3 -0.2 -0.1 0.2 0.8 0.8 1.0
L 0.5 0.1 -0.2 -0.1 0.2 -0.2 0.2 0.4 0.5 0.2 0.6 0.7 0.2 0.3 0.1 0.0 0.2 -0.3 0.3 -0.4 0.3 0.3 0.7 0.7 0.6 0.3 -0.1 -0.2 -0.5 -0.2 -0.1 0.8 0.9 0.7 1.0
Galol -0.1 -0.2 -0.2 -0.3 -0.1 -0.1 -0.4 0.1 0.1 -0.1 0.3 0.4 -0.2 -0.2 -0.3 -0.1 -0.2 -0.5 -0.2 -0.4 -0.1 0.3 0.6 0.5 0.4 0.0 0.1 -0.3 0.0 0.1 0.3 0.5 0.5 0.8 0.5 1.0
M 0.0 -0.4 -0.1 -0.4 0.0 0.1 -0.5 -0.2 -0.2 -0.5 0.0 0.1 -0.5 -0.5 -0.6 -0.4 -0.5 -0.6 -0.1 -0.4 -0.2 0.5 0.3 0.3 0.2 -0.1 0.6 -0.2 0.0 -0.2 0.1 0.2 0.2 0.4 0.2 0.5 1.0
N 0.3 0.2 -0.5 0.1 0.1 -0.1 0.5 0.7 0.7 0.6 0.8 0.8 0.5 0.5 0.4 0.3 0.4 -0.3 0.0 -0.3 0.6 0.3 0.7 0.6 0.6 0.6 -0.2 -0.2 -0.6 0.1 -0.1 0.9 0.8 0.6 0.8 0.2 0.0 1.0
Raff 0.2 0.0 -0.4 -0.1 0.0 -0.2 0.1 0.4 0.5 0.2 0.6 0.7 0.3 0.3 0.1 0.1 0.2 -0.4 0.2 -0.4 0.3 0.2 0.7 0.6 0.5 0.3 -0.1 -0.2 -0.4 0.0 0.0 0.8 0.8 0.8 0.9 0.6 0.2 0.8 1.0
Columbia
Proline
ControlGBProSaltSalt + GBSalt + Pro
Myo-i
nosito
l
Proline
ControlGBProSaltSalt + GBSalt + Pro
Myo-i
nosito
l
ControlGBProSaltSalt + GBSalt + Pro
Myo-i
nosito
l
Lysine
Meth
ion
ine
ControlGBProSaltSalt + GBSalt + Pro
Lysine
Meth
ion
ine
ControlGBProSaltSalt + GBSalt + Pro
Asp AsnSer Glu Gly Gln ArgThr Ala Prol Tyr Val Met Lys Ile Leu Phe Trp A B C D Fru E Gal Glc F Myo G H I Suc Tre Mal J K L Galol M N Raff
Asp 1.0
AsnSer 0.0 1.0
Glu 0.6 0.2 1.0
Gly -0.2 0.4 -0.3 1.0
Gln 0.1 0.7 0.3 0.3 1.0
ArgThr 0.3 0.7 0.3 0.3 0.6 1.0
Ala 0.0 0.5 -0.1 0.5 0.3 0.2 1.0
Prol -0.3 0.2 -0.3 0.4 -0.1 0.0 0.4 1.0
Tyr -0.1 0.1 -0.4 0.1 -0.1 0.0 0.3 0.2 1.0
Val -0.4 0.4 -0.5 0.5 0.1 0.2 0.5 0.7 0.3 1.0
Met 0.1 -0.1 -0.3 0.2 -0.1 -0.1 0.3 0.5 0.4 0.3 1.0
Lys 0.2 0.0 -0.3 0.2 0.0 0.1 0.3 0.4 0.3 0.3 0.9 1.0
Ile -0.4 0.2 -0.6 0.4 -0.1 0.1 0.2 0.6 0.3 0.8 0.5 0.5 1.0
Leu -0.3 0.0 -0.7 0.4 -0.2 0.1 0.2 0.5 0.6 0.7 0.7 0.7 0.9 1.0
Phe -0.5 0.3 -0.6 0.5 0.0 0.1 0.4 0.7 0.3 0.9 0.4 0.3 0.8 0.8 1.0
Trp -0.6 0.1 -0.5 0.4 -0.2 -0.1 0.1 0.6 0.1 0.7 0.3 0.2 0.8 0.6 0.7 1.0
A 0.0 0.5 0.1 0.4 0.5 0.5 0.2 0.2 -0.1 0.3 0.3 0.4 0.3 0.3 0.3 0.1 1.0
B -0.1 0.4 0.1 -0.1 0.5 0.3 0.1 -0.4 -0.3 -0.1 -0.5 -0.4 -0.2 -0.3 0.0 -0.2 0.1 1.0
C -0.1 0.3 0.1 -0.1 0.2 0.1 0.1 0.0 -0.3 0.1 -0.4 -0.3 -0.1 -0.2 0.1 -0.1 0.1 0.8 1.0
D 0.2 0.4 0.4 0.0 0.6 0.5 0.1 -0.4 -0.3 -0.2 -0.5 -0.3 -0.3 -0.3 -0.1 -0.3 0.4 0.8 0.6 1.0
Fru -0.5 0.1 -0.5 0.5 -0.2 0.0 0.3 0.8 0.4 0.8 0.4 0.4 0.8 0.7 0.7 0.7 0.2 -0.3 -0.2 -0.4 1.0
E 0.2 -0.2 0.1 -0.1 -0.1 -0.1 0.1 0.0 -0.2 -0.3 0.1 0.2 -0.3 -0.1 -0.2 -0.2 0.0 0.0 0.2 0.2 -0.2 1.0
Gal -0.1 -0.1 -0.4 0.2 -0.2 -0.1 0.3 0.3 0.5 0.1 0.6 0.6 0.3 0.4 0.1 0.3 0.0 -0.5 -0.4 -0.4 0.4 0.5 1.0
Glc 0.1 -0.1 -0.2 0.2 0.0 -0.1 0.3 0.2 0.3 0.0 0.7 0.7 0.1 0.3 0.0 0.1 0.2 -0.5 -0.4 -0.3 0.2 0.4 0.9 1.0
F 0.2 0.0 -0.1 0.2 0.1 0.1 0.4 0.3 0.3 0.1 0.7 0.7 0.2 0.4 0.1 0.0 0.3 -0.3 -0.2 0.0 0.3 0.5 0.7 0.8 1.0
Myo -0.1 -0.1 -0.1 0.1 -0.4 -0.2 0.1 0.4 0.3 0.1 0.3 0.3 0.2 0.3 0.1 0.2 -0.1 -0.3 -0.2 -0.4 0.4 0.2 0.6 0.3 0.3 1.0
G -0.1 0.0 -0.1 -0.1 -0.1 0.0 -0.1 0.1 -0.2 0.0 0.0 0.1 0.2 0.1 0.1 0.3 -0.1 -0.1 0.1 -0.1 0.0 0.2 0.2 0.0 -0.1 0.1 1.0
H 0.2 0.2 0.3 0.0 0.3 0.3 0.1 -0.4 -0.1 0.0 -0.4 -0.5 -0.2 -0.3 0.0 -0.2 0.1 0.6 0.3 0.5 -0.2 -0.3 -0.5 -0.4 -0.2 -0.4 -0.5 1.0
I -0.3 0.0 0.0 0.1 -0.2 -0.3 0.0 0.2 0.1 0.0 -0.2 -0.3 -0.1 -0.2 0.0 0.0 -0.4 -0.2 -0.2 -0.4 0.1 -0.1 0.0 -0.1 -0.2 0.3 -0.1 -0.2 1.0
Suc -0.5 0.1 -0.2 0.2 -0.2 -0.1 0.2 0.7 0.0 0.7 0.2 0.0 0.5 0.4 0.6 0.6 0.2 0.0 0.2 -0.2 0.7 -0.3 -0.1 -0.1 0.0 0.2 -0.2 0.1 0.2 1.0
Tre -0.2 -0.2 0.0 0.1 -0.3 -0.4 -0.1 0.2 0.0 -0.1 0.1 0.0 -0.1 -0.1 -0.1 0.0 -0.4 -0.4 -0.3 -0.6 0.1 -0.1 0.1 0.1 0.0 0.4 0.0 -0.4 0.9 0.1 1.0
Mal 0.2 -0.1 -0.3 0.1 0.0 0.1 0.2 0.1 0.2 0.1 0.7 0.8 0.4 0.5 0.2 0.1 0.3 -0.3 -0.3 -0.2 0.1 0.2 0.5 0.6 0.5 0.1 0.2 -0.4 -0.3 -0.2 0.0 1.0
J 0.2 0.2 -0.1 0.0 0.0 0.1 0.2 0.3 0.1 0.1 0.6 0.6 0.4 0.3 0.1 0.2 0.2 -0.4 -0.2 -0.3 0.1 0.1 0.4 0.5 0.4 0.2 0.5 -0.5 -0.3 -0.1 0.0 0.7 1.0
K 0.1 0.1 0.0 -0.1 0.0 0.1 0.0 0.1 -0.2 -0.1 0.2 0.4 0.1 0.0 -0.1 0.1 0.1 -0.3 -0.2 -0.2 0.0 0.2 0.4 0.4 0.2 0.0 0.6 -0.4 -0.2 -0.2 0.1 0.5 0.7 1.0
L 0.2 0.1 -0.1 0.0 0.0 0.3 0.1 0.1 -0.1 0.0 0.4 0.6 0.2 0.2 0.0 0.1 0.2 -0.2 -0.1 0.0 0.0 0.3 0.4 0.4 0.3 -0.1 0.6 -0.4 -0.4 -0.3 -0.1 0.8 0.8 0.8 1.0
Galol 0.1 -0.1 0.1 -0.2 -0.1 0.1 -0.2 -0.2 -0.4 -0.3 0.0 0.2 -0.1 -0.2 -0.3 0.1 0.1 -0.1 -0.1 0.0 -0.2 0.4 0.2 0.2 0.0 -0.1 0.6 -0.3 -0.2 -0.3 0.1 0.4 0.5 0.9 0.8 1.0
M 0.4 0.0 0.4 -0.2 0.0 0.3 0.1 -0.3 -0.2 -0.4 0.0 0.1 -0.2 -0.3 -0.3 -0.2 0.0 0.1 0.0 0.3 -0.3 0.2 0.1 0.2 0.1 -0.1 0.2 0.3 -0.2 -0.4 -0.1 0.3 0.2 0.4 0.5 0.5 1.0
N 0.1 -0.1 -0.4 0.2 -0.1 0.0 0.2 0.3 0.4 0.3 0.8 0.8 0.5 0.7 0.4 0.1 0.3 -0.4 -0.3 -0.3 0.4 -0.1 0.4 0.6 0.5 0.3 -0.1 -0.3 -0.3 0.1 -0.1 0.7 0.5 0.1 0.3 -0.1 0.0 1.0
Raff 0.1 -0.1 -0.2 -0.1 0.0 0.0 0.1 0.3 0.1 0.1 0.7 0.7 0.4 0.4 0.2 0.1 0.3 -0.3 -0.2 -0.3 0.2 0.0 0.4 0.5 0.4 0.2 0.1 -0.4 -0.3 0.1 -0.1 0.6 0.6 0.4 0.4 0.1 0.1 0.8 1.0
Eskimo
Proline
ControlGBProSaltSalt + GBSalt + Pro
Myo
-ino
sito
l
Proline
ControlGBProSaltSalt + GBSalt + Pro
Myo
-ino
sito
l
ControlGBProSaltSalt + GBSalt + Pro
Myo
-ino
sito
l
Lysine
ControlGBProSaltSalt + GBSalt + Pro
Me
thio
nin
e
Lysine
ControlGBProSaltSalt + GBSalt + Pro
Me
thio
nin
e
Lysine and methionine amounts exhibited
strong correlation through all the individuals
under investigation. This could be expected
because lysine and methionine biosynthesis
result from aspartate as a common precursor
In the mutant Eskimo, the relationship
between proline and myo-inositol was
not confirmed. This could result from
deregulation of proline accumulation.
In the WT Columbia, the proline level correlated with that of myo-inositol,
although the metabolic pathways involved does not seem to be
directely connected.
Pearson coefficients
> 0.95
> 0.9
> 0.8
> 0.7
> 0.6
Pearson coefficients
> 0.95
> 0.9
> 0.8
> 0.7
> 0.6
Lugan et al., Metabolomics, 2006
15.00 20.00 25.00 30.00 35.00 40.00 45.00 50.00 55.000
200000
400000
600000
800000
1000000
1200000
1400000
1600000
1800000
2000000
2200000
2400000
2600000
Plus grande sensibilitPlus grande sensibilitéé du mutant :du mutant :
-- au au NaClNaCl
-- au Gabaau Gaba
2 131 45 47
6
4 81
0 50 100 150
Ler pop2-
1Ler pop2-
1
Ler pop2-
1
Ler pop2-
1
NaCl (mM)
Profilage mProfilage méétabolique du mutant tabolique du mutant pop2pop2 dd’’ArabidopsisArabidopsis thalianathaliana ::
Catabolisme du Gaba, mCatabolisme du Gaba, méétabolite de stresstabolite de stress
Actions rActions réégulatrices, fonction gulatrices, fonction anaplanapléérotiquerotique
Renault et al., BMC Plant Biol., 2010
Renault et al., Plant Cell Physiol., 2011
Renault et al., Plant Cell Env., 2012
Catma arrays
Roles régulateurs du Gaba
pop2-4
pop2-1
Col-0
Ler
GABA 1 mM
4. 4. MMéétabotypagetabotypage et et mméétabolomiquetabolomique fonctionnellefonctionnelle
15.00 20.00 25.00 30.00 35.00 40.00 45.00 50.00 55.000
200000
400000
600000
800000
1000000
1200000
1400000
1600000
1800000
2000000
2200000
2400000
2600000
PhPhéénotypagenotypage mméétabolique du mutant tabolique du mutant pop2pop2 dd’’ArabidopsisArabidopsis thalianathaliana ::
Action racinaire du mAction racinaire du méétabolisme du Gabatabolisme du Gaba
ActivitActivitéé rréégulatrice du rapport C/Ngulatrice du rapport C/N
Renault et al., Plant Cell Env., 20112
4. 4. MMéétabotypagetabotypage et et mméétabolomiquetabolomique fonctionnellefonctionnelle
15.00 20.00 25.00 30.00 35.00 40.00 45.00 50.00 55.000
200000
400000
600000
800000
1000000
1200000
1400000
1600000
1800000
2000000
2200000
2400000
2600000
GB
(µmol/g MS) 0 6 0 10.6 9.1 0
avec Cho 0 6.1 0 13.2 12.7 0
M
WT
AN
T5
36 cycles
A/A
20
AN
T7
36 cycles
A/A
2
A20
Expression du transgène et teneurs en GB dans
différentes lignées transformées
Voies de biosynthèse de la glycine
bétaïne chez différents organismes
4. 4. MMéétabotypagetabotypage et et mméétabolomiquetabolomique fonctionnellefonctionnelle
Alia et al., Plant Mol. Biol., 1999
PhPhéénotypagenotypage mméétabolique de ligntabolique de lignéées transformes transforméées (35Ses (35S--OE) OE) dd’’ArabidopsisArabidopsis
thalianathaliana exprimant le gexprimant le gèène ne CodACodA dd’’ArthrobacterArthrobacter globiformisglobiformis impliquimpliquéé dans la dans la
synthsynthèèse de glycine se de glycine bbéétataïïnene ::
Action Action osmoprotectriceosmoprotectrice de la GBde la GB
Lugan et al., unpublished
Log (codA control / WT control) Log (WT NaCl / WT control) Log (codA NaCl / WT control)
Hierarchical classification (Ward) of metabolite levels in WT and codA
transformants of Arabidopsis after Nacl treatment
15.00 20.00 25.00 30.00 35.00 40.00 45.00 50.00 55.000
200000
400000
600000
800000
1000000
1200000
1400000
1600000
1800000
2000000
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4. 4. MMéétabotypagetabotypage et et mméétabolomiquetabolomique fonctionnellefonctionnelle
Lugan et al., unpublished
PhPhéénotypagenotypage mméétabolique de ligntabolique de lignéées transformes transforméées (35Ses (35S--OE) OE) dd’’ArabidopsisArabidopsis
thalianathaliana exprimant le gexprimant le gèène ne CodACodA dd’’ArthrobacterArthrobacter globiformisglobiformis impliquimpliquéé dans la dans la
synthsynthèèse de glycine se de glycine bbéétataïïnene ::
Action Action osmoprotectriceosmoprotectrice de la GBde la GB
15.00 20.00 25.00 30.00 35.00 40.00 45.00 50.00 55.000
200000
400000
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800000
1000000
1200000
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1600000
1800000
2000000
2200000
2400000
2600000 ElElééments de conclusionments de conclusion
L’investigation des ajustements métaboliques mis en oeuvre par les plantes exposées aux
stress a largement été encouragée ces dernières années grace au développement des
techniques et des outils de métabolomique.
Des expériences récentes de profilage métabolique comparé d’espèces modèles
apparentées à Arabidopsis ont contribué à la mise en évidence de configurations
métaboliques adaptées à des environnements osmotiquement ou thermiquement
contraignants.
………………………..
Dans un futur très proche, davantage d’études intégreront la métabolomique comme
moyen d’appréhension de la biologie systémique appliquée à la compréhension des
moyens d’adaptation des plantes aux stress.
La sélection et l’amélioration génétique pour une agriculture performante et durable,
adaptée à l’évolution prévisible du climat, encourage également à renforcer le
développement des outils de phénotypage métabolique à haut débit apropriés à des
environnements biotiques et abiotiques contraignants et à la combinaison de stress.
15.00 20.00 25.00 30.00 35.00 40.00 45.00 50.00 55.000
200000
400000
600000
800000
1000000
1200000
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2000000
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2400000
2600000
RemerciementsRemerciements
Carole Deleu, Benjamin Albert
Antoine Gravot, Raphaël Lugan
François Larher, Geoffrey Wagner
Laurent Leport, Elise Sorin
Françoise Le Cahérec,
Maria Manzanares-Dauleux,
Marie-Françoise Niogret,
Chantal Monnier,
Solenne Berardocco,
Christine Lariagon
Nathalie Marnet
Dany Saligaut
Institut de GInstitut de Géénnéétique, tique,
Environnement et Environnement et
Protection des Plantes, Protection des Plantes,
Rennes, Le Rennes, Le RheuRheu
Collaborateurs : D. Renault (Rennes) ; A. Savouré (Paris VI) : M. Herzog (Grenoble) ;
Y. Gibon (Bordeaux) ; JC Avice (Caen) ; R. Sulpice (Golm, Germany) ; J. Kopka (Golm,
Germany)
Plateau de profilage métabolique
et de métabolomique (P2M2)
NantesNantes
RennesRennes
RoscoffRoscoff
BrestBrest
Axe Analyse structurale et métabolomiqueAnimateurs : Hélène Rogniaux et Alain Bouchereau
Biopolymères, biologie structurale (BiBS)Hélène Rogniaux
Analyses métaboliques et métabolomique (Corsaire) Alain Bouchereau et Michel Krempf
Laurent Rivet
NantesNantes
RennesRennes
RoscoffRoscoff
BrestBrest
Axe Analyse structurale et métabolomiqueAnimateurs : Hélène Rogniaux et Alain Bouchereau
Biopolymères, biologie structurale (BiBS)Hélène Rogniaux
Analyses métaboliques et métabolomique (Corsaire) Alain Bouchereau et Michel Krempf
Laurent Rivet
CORSAIREPlate-forme de Métabolomique de Biogenouest
