Notice d’utilisation des outils informatiques du CBNBP

Conservatoire botanique national du Bassin parisien UMS 304 – Unité Inventaire et suivi de la biodiversité

Muséum national d’Histoire naturelle 61, rue Buffon - CP 53 - 75005 Paris– France

Tél. : 01 40 79 35 54 – [email protected]

Notice d’utilisation des outils

informatiques du CBNBP – site web,

couches d'information géographique etc.

Version mars 2018

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Notice d’utilisation des outils

informatiques du CBNBP – site web, couches

d'information géographique etc.

Version mars 2018

Auteur du rapport : Jeanne Vallet

CBNBP, délégation Île-de-France

Mars 2018 Conservatoire botanique national du Bassin parisien

UMS 304 – Unité Inventaire et suivi de la biodiversité

Muséum national d’Histoire naturelle

61, rue Buffon - CP 53 - 75005 Paris Cedex 05 – France

Tél. : 01 40 79 35 54 – [email protected]

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Notice d’utilisation des outils informatiques du CBNBP – site web, couches

d'information géographique etc.

Version mars 2018 Ce document a été réalisé par le Conservatoire botanique national du Bassin parisien, sous la responsabilité de Frédéric Hendoux, directeur du Conservatoire Conservatoire botanique national du Bassin Parisien Muséum national d’Histoire naturelle 61 rue Buffon CP 53, 75005 Paris Cedex 05 Tel. : 01 40 79 35 54 – Fax : 01 40 79 35 53 E-mail : [email protected] Sébastien Filoche, directeur scientifique adjoint Conservatoire botanique national du Bassin Parisien Muséum national d’Histoire naturelle 61 rue Buffon CP 53, 75005 Paris Cedex 05 Tel. : 01 40 79 56 47 – Fax : 01 40 79 35 53 E-mail : [email protected] Rédaction et mise en page : Jeanne Vallet

Relecture : Sébastien Filoche, Caroline Bernus

Les partenaires de ce programme sont :

Illustration de couverture J. Vallet, H. Bressaud (CBNBP/MNHN) Citation : Vallet J., 2018. Notice d'utilisation des outils informatiques du CBNBP – site web, couches d'information géographique etc. Conservatoire botanique national du Bassin parisien - Muséum national d’Histoire naturelle, délégation Île-de-France, Paris. 32 p. + annexes.

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Préambule Le Conservatoire botanique national du Bassin parisien a développé depuis sa création un certain nombre d'outils pour consulter ses bases de données Flora et Habitat ainsi que des documents de référence sur la flore et les végétations. Le site internet du CBNBP diffuse de l'information sur la flore vasculaire (trachéophytes et ptéridophytes), les bryophytes, les characées, les champignons, les lichens ainsi que sur les végétations. La page internet : http://cbnbp.mnhn.fr/cbnbp/biodiversite/outils.jsp présente les différents outils pour rechercher de l'information sur une espèce, une végétation, un territoire ou une thématique. Cette notice, qui comporte dix fiches, vise à préciser l'utilisation des différents outils du site web qui permettent d'exploiter l'information disponible. À partir des explications données, il est parfois suggéré la possibilité d'aller plus loin grâce à l'usage de certains logiciels et notamment Excel, Inkscape, QGis. Ce document n'ayant vocation qu'à être une notice du site web du CBNBP, nous laisserons l'utilisateur se reporter aux notices adéquates pour aller plus loin avec ces logiciels.

Certaines informations sont accessibles librement à tout utilisateur tandis que d'autres nécessitent l'obtention d'un login fourni par le CBNBP ; lorsqu'un login est nécessaire pour réaliser une opération, cela sera signalé par un icone de cadenas : Nécessite un login d'accès au site internet. Voir fiche n°1 pour son utilisation. Dans la liste des fiches disponibles, un code couleur précise si l'outil présenté est d'un usage basique (en bleu) ou avancé (en rouge). Certaines fiches présentent à la fois des accès aux données très simples et proposent des approfondissements plus avancés ; elles seront affichées par une alternance de lettres bleues et rouges. Il est conseillé de lire les fiches 2 à 4 (ainsi que les fiches 1 et 5 pour les possesseurs d'un login) car dans les fiches de niveau "avancé", les opérations de base ne sont pas reprises. Les outils des fiches 9 et 10 ne sont actuellement disponibles que pour la région Île-de-France. Cela est signalé par l'icone suivant :

Outil disponible uniquement en Île-de-France Nous avons choisi pour illustrer cette fiche de travailler sur une espèce : Actaea spicata et une commune du département de l'Essonne (91) : Boutervilliers.

Actaea spicata S. Filoche, CBNBP/MNHN

Boutervilliers Territoire

d'agrément du CBNBP

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Cette notice a été illustrée avec de nombreuses captures d'écran. Afin de se repérer, des numéros dans le texte (ex : ) renvoie à la capture d'écran en-dessous. Les éléments sur lesquels il faut cliquer sont généralement indiqués en police verte dans le texte. Des cadres verts sur la capture d'écran attirent le regard sur les éléments cités dans le texte. Une flèche verte ( ) indique une ouverture de fenêtre.

Nota Bene : Cette notice est une première version ; n'hésitez pas à faire remonter toute remarque au CBNBP.

Liste des fiches disponibles dans la notice

Fiche n°1 : Utiliser le login d'accès privilégié au site web ........................................... 5

Fiche n°2 : Afficher une synthèse des informations floristiques communales et la liste des espèces qui y ont été observées ......................................................................... 6

Fiche n°3 : Rechercher des informations de synthèse sur une espèce .................... 10

Fiche n°4 : Extraire la liste des communes d'un département dans lesquelles une espèce a été vue ...................................................................................................... 13

Fiche n°5 : Afficher les données détaillées d'un relevé............................................. 15

Fiche n°6 : Extraire une carte de répartition communale d'une espèce pour une région ou un département ......................................................................................... 19

Fiche n°7 : Générer des URL pour consulter la carte de répartition d'une même espèce sur différents territoires ou de différentes espèces sur un même territoire ou changer de date de référence ................................................................................... 21

Fiche n°8 : Créer une liste d'espèces compilée à partir de différents relevés effectués sur un site ................................................................................................................. 22

Fiche n°9 : Visualiser des couches d'information thématiques – carte d'alerte, carte des milieux humides….............................................................................................. 24

Fiche n°10 : Exploiter la cartographie des végétations d'Île-de-France avec les documents complémentaires .................................................................................... 29

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Conditions de délivrance du login Le login doit être sollicité auprès du responsable de délégation de la région concernée. En premier lieu, assurez-vous que les informations ou données dont vous avez besoin pour la réalisation de votre projet ne sont pas accessibles librement. Il vous sera demandé de préciser votre besoin (description du projet) et de définir un territoire géographique d'accès aux données ainsi qu'une durée de validité du login en lien avec le projet. Si la demande de login est justifiée, un acte d'engagement vous sera remis précisant notamment que toute donnée floristique que vous seriez susceptible de recueillir dans le cadre de votre projet devra être remontée au CBNBP pour alimenter Flora. Utilisation du login Pour se loguer, je me rends sur la page d'accueil du site web du CBNBP : http://cbnbp.mnhn.fr/cbnbp/ En haut, à droite, j'indique mon login et mon mot de passe et je valide sur "ok". Après un temps d'inaction, la déconnection est automatique. Vous pouvez vérifier si vous êtes bien logué en haut à droite sous l'onglet "forum".

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Fiche n°1 : Utiliser le login d'accès privilégié au site web




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Je me rends sur la page de l'observatoire des collectivités : http://cbnbp.mnhn.fr/cbnbp/observatoire/collTerrForm.jsp

Je saisis le nom de la commune qui m'intéresse et je clique sur ok :

J'arrive sur la page suivante :

Dans l'onglet "Présentation", je dispose de statistiques communales (attention, ces

informations sont calculées de façon brute sur la base de données Flora ; pour avoir

des résultats plus exacts, une extraction auprès du CBNBP est recommandée afin de

traiter certains cas particuliers (ex: espèces des groupes apomictiques…)).

Dans l'onglet "Espèces observées", j'ai la liste de toutes les espèces qui ont été

notées sur la commune aussi bien de flore vasculaire que des bryophytes, characées,

champignons et lichens.

Si je dispose d'un login, j'ai la possibilité d'accéder à la liste des espèces dites

non prises en compte ; tout en bas du tableau présentant la liste des espèces, il faut

cliquer sur : "Voir les espèces non prises en compte dans les cartes et les synthèses". Ces

espèces sont soit des espèces dont la donnée a été invalidée par le CBNBP (donnée

considérée douteuse) soit des données dont il a été précisé sur le bordereau

d'inventaire que la station de l'espèce était subspontanée, accidentelle ou

plantée/cultivée (cf. notice des bordereaux pour la définition du statut d'indigénat

Fiche n°2 : Afficher une synthèse des informations floristiques communales et la liste des espèces qui y ont été observées

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stationnel (http://cbnbp.mnhn.fr/cbnbp/cbnbp/telechargement/Notice2012.pdf)). Sont

aussi dans cette liste les espèces qui ont été notées comme absentes (i.e. il s'agit

généralement d'espèces qui ont été spécifiquement recherchées par un observateur

sur une station où l'espèce était connue et qu'il n'a pas réussi à observer lors de son

passage).

Pour chaque espèce, je dispose de son nom scientifique valide (actuellement le

référentiel au CBNBP est Taxref7) ("Taxon de référence"), de son (ses) nom(s)

français ("Nom vernaculaire") de ses statuts patrimoniaux éventuels

("Protection/Réglementation") et de sa date d'observation la plus récente dans la

commune ("Dernière observation").

NB : J'ai la possibilité d'afficher aussi les taxons infra-spécifiques via la liste

déroulante "Niveau de regroupement" en haut à droite du tableau.

Ce tableau peut être importé dans excel de deux façons :

- Je sélectionne le tableau et par un clic droit, je fais "copier". Je me rends dans

excel et je fais un "collage spécial", "Texte".

- J'utilise la méthode d'import d'un tableau d'une page html décrite en détail sur

ce tuto : https://www.numelion.com/importer-des-donnees-dun-tableau-html-dans-excel.html. Dans

excel, je me rends dans l'onglet "Données", dans la rubrique "données externes", je

clique sur "Page web". Je renseigne le lien web de la page à importer

(http://cbnbp.mnhn.fr/cbnbp/communeAction.do?action=obs&cdInsee=91098), et je clique sur la

petite flèche jaune au niveau des onglets qui va alors devenir bleue (et non sur la

flèche juste en haut à gauche du tableau) : . Je clique sur "importer" puis sur "Ok".

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Ainsi on lit pour notre exemple qu'Actaea spicata dite Actée en épi ou Herbe aux

poux est une espèce protégée régionale en Île-de-France (PR), inscrite sur la liste

rouge régionale (LR) et déterminante ZNIEFF et qu'elle a été observée pour la dernière

fois à Boutervilliers en 1999.

Quant à la colonne "Source", si on clique sur la flèche derrière une espèce, on

obtient la liste des observations de l'espèce qui ont été faites dans cette commune.

Pour notre exemple, on apprend que l'espèce a été observée à trois reprises par

deux observateurs différents.

Accès sans login

Accès avec login

Là, j'aurais accès à la totalité de l'information détenue par le CBNBP soit le détail de

toutes les informations de chaque relevé en cliquant sur la flèche de la colonne

"Détails" et la localisation exacte des différents relevés de l'espèce dans la commune

(onglet "Cartographie").

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Les trois onglets suivants : "Espèces protégées/règlementées", "Espèces invasives"

et "Espèces spontanées" sont des sous-listes de la liste des espèces observées dans

la commune. L'onglet "Espèces protégées/réglementées" permet d'avoir le détail des listes

patrimoniales des espèces ayant un statut de "Protection/Réglementation".

Attention : pour l'Île-de-France la liste des espèces déterminantes ZNIEFF indiquée

est la liste de 2002 ; or une nouvelle liste d'espèces déterminantes ZNIEFF a été

validée en 2017. En attendant la mise à jour sur le site web, se reporter aux

documents : http://www.driee.ile-de-france.developpement-durable.gouv.fr/liste-des-habitats-et-

especes-determinants-de-a3340.html ou au catalogue régional

(http://cbnbp.mnhn.fr/cbnbp/ressources/catalogues/Catalogue%20de%20la%20flore%20vasculaire%2

0de%20l'Ile-de-France%20mai%202016%20_TAXREF%207.xls).

L'onglet "Espèces invasives" se base sur la liste nationale des plantes invasives de

Müller et al. de 2004 ; cette liste étant relativement obsolète et le CBNBP ayant travaillé

à la production de listes régionales, il est conseillé de se reporter aux catalogues

floristiques régionaux pour identifier la liste des espèces invasives d'une région.

L'onglet "Espèces spontanées" filtre la liste des espèces indigènes et naturalisées c'est-

à-dire la flore considérée sauvage (sont exclues les espèces accidentelles,

subspontanées et plantées/cultivées ; cf. les notices des catalogues floristiques

régionaux pour les définitions des statuts d'indigénat).

Pour l'onglet "Végétations" qui n'est disponible que pour les communes d'Île-de-France,

se reporter à la fiche n°11.

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Je me rends sur la page de l'observatoire des espèces : http://cbnbp.mnhn.fr/cbnbp/biodiversite/especes.jsp, je saisis le nom de l'espèce pour

laquelle je recherche des informations et je clique sur Ok :

Je valide mon choix d'espèce en cliquant sur le nom de référence "Actaea spicata L.,

1753". Cette étape permet de gérer les synonymies ; si on avait saisi un nom non valide actuellement, cette fenêtre nous aurait permis de sélectionner le nom de référence adéquat (le nom saisi non valide est indiqué dans la colonne "Résultats de votre recherche").

Je laisse chacun découvrir les informations auxquelles il peut avoir accès dans les

différents onglets "Taxonomie", "Protection/réglementation", "Fiche descriptive" et

"Statuts d'indigénat".

Attention, le CBNBP peine malheureusement à maintenir un certain nombre de ces

informations à jour. Ainsi :

- les statuts d'indigénat qui sont affichés n'ont pas été actualisés par rapport aux

catalogues régionaux ;

- la liste des espèces déterminantes ZNIEFF d'Île-de-France est celle de 2002 et non

celle réactualisée et validée en 2017 ;

- le texte de la "Fiche descriptive" (non disponible pour la totalité des espèces) a été

rédigé au début des années 2000 (la date exacte de rédaction est précisée dans la

citation de la fiche). On se méfiera notamment des informations phytosociologiques

(rubrique "Habitats concernés") qui ne correspondent souvent plus à la nomenclature

phytosociologique actuelle. La "Répartition géographique" n'est plus toujours en

conformité avec l'évolution des connaissances sur la répartition des espèces. La

"Bibliographie" n'a pas été actualisée ; d'autres ouvrages plus récents sont souvent

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Fiche n°3 : Rechercher des informations de synthèse sur une espèce

Fiche n°3 : rechercher des informations de synthèse sur une espèce

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disponibles sur le territoire du CBNBP notamment les atlas floristiques

départementaux ou régionaux du CBNBP.

À l'heure actuelle, il est donc fortement conseillé de vérifier les informations

sur les statuts d'une espèce (indigénat, protection, liste rouge…) de

l'observatoire des espèces du CBNBP sur les catalogues floristiques régionaux.

Regardons plus en détail les onglets sur les cartes de répartition des espèces :

"Répartition communale" et "Répartition par maille (5 km)".

Quand je passe la souris sur les centroïdes des communes où l'espèce est (ronds

rouges pleins) ou a été présente (cercles rouges vides), j'ai le nom de la commune qui

s'affiche (respectivement nom des mailles pour la carte de répartition par maille).

Si je dispose d'un login, j'ai la possibilité de modifier la date de référence de la légende (1990, 2000, 2010). Je peux même choisir une date "à la carte" via l'URL (voir fiche n°7).

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J'ai la possibilité de n'afficher qu'une partie des observations communales en fonction de leur date. Par exemple, si je décoche la première case, je n'aurai plus que les communes où les observations sont postérieures à 2000. Si je dispose d'un login, j'ai la possibilité d'ajouter à la carte les données non prises

en compte. Ces données sont ou bien des espèces dont la mention a été invalidée par

le CBNBP (donnée considérée douteuse) ou bien des espèces dont il a été précisé

sur le bordereau d'inventaire que la station de l'espèce était subspontanée,

accidentelle ou plantée/cultivée (cf. notice des bordereaux pour la définition du statut

d'indigénat stationnel

(http://cbnbp.mnhn.fr/cbnbp/cbnbp/telechargement/Notice2012.pdf). Sont aussi dans

cette liste les espèces qui ont été notées comme absentes (i.e. il s'agit généralement

d'espèces qui ont été spécifiquement recherchées par un observateur sur une station

où l'espèce était connue et qu'il n'a pas réussi à observer lors de son passage).

En cliquant sur un département, j'obtiens la liste des communes dans lesquelles

l'espèce a été observée (voir fiche n°4).

En cliquant sur un point d'observation d'une commune, on obtient le détail des

observations de l'espèce dans la commune (fiche n°2, point ).

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Je me rends sur la page de l'observatoire des espèces : http://cbnbp.mnhn.fr/cbnbp/biodiversite/especes.jsp Je saisis le nom de l'espèce que je recherche et je tape sur ok.

Je valide mon choix d'espèce en cliquant sur le nom de référence "Actaea spicata L.,

1753". Cette étape permet de gérer les synonymies ; si on avait saisi un nom non valide actuellement, cette fenêtre nous aurait permis de sélectionner le nom de référence adéquate.

Sur la carte qui s'est affichée, je clique sur le département qui m'intéresse, l'Essonne dans notre exemple.

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Fiche n°4 : Extraire la liste des communes d'un département dans lesquelles une espèce a été vue

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On obtient la liste des communes de l'Essonne sur lesquelles l'espèce a été observée. En cliquant sur la flèche de la colonne "Détails" ( ), on obtient la liste des observations de la commune soit en résumé sans login soit en détail avec login.

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CETTE OPERATION EST RESERVEE AUX POSSESSEURS D'UN LOGIN. Accès via l'onglet "Liste des relevés" d'une fiche communale Je vous laisse refaire les étapes décrites dans la fiche n°2, point 2 afin d'obtenir la liste des relevés de la commune de Boutervilliers. Cliquons sur la flèche "Détails" ( ) d'un des relevés. La fenêtre qui s'ouvre va contenir, via ses différents onglets, toutes les informations qui étaient sur le bordereau sur lequel l'observation a été reportée. Je vous laisse examiner les différentes informations figurant sur l'onglet "Description". Notons la possibilité de vérifier la commune indiquée par l'observateur "Commune(s) notée(s) sur le bordereau" avec la commune calculée par croisement géographique sous SIG ("Commune(s) concernée(s) par le relevé").

Fiche n°5 : Afficher les données détaillées d'un relevé

Fiche n°5 : afficher les données détaillées d'un relevé

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Dans l'onglet "Liste des espèces", on trouve la liste de toutes les espèces qui ont été notées sur le relevé. Dans la colonne "+", en cliquant sur la flèche, on a la possibilité d'accéder aux informations stationnelles et populationnelles de l'espèce, c'est-à-dire aux informations renseignées au verso du bordereau "espèces à enjeu".

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Nous apprenons ainsi que dans cette station l'Actaea spicata occupait une surface de 1 à 10 m² et que la population comptait 11 à 100 individus. Enfin, nous disposons de deux onglets permettant d'afficher la cartographie de la station : "Cartographie Scan 25 ®" et "Cartographie Google ©". Examinons le premier des onglets. Le relevé est cartographié avec un contour rouge. J'ai la possibilité de personnaliser ma carte en affichant différentes couches telles que les limites administratives, des périmètres d'espaces protégés ou de choisir mon fond cartographique.

En appuyant sur le petit en bas de la carte, j'ouvre un volet qui me permet de voir les coordonnées du curseur quand je le promène sur la carte. J'ai la possibilité de choisir dans quelles unités (degrés décimaux, degrés-minutes-secondes…), je veux afficher mes coordonnées. Malheureusement, le système de coordonnées WGS 84 ne peut être modifié (on ne peut mettre du Lambert 93 par exemple). Il est aussi possible d'exporter un fichier "kml" qui pourra être ouvert dans Google Earth (ou dans des logiciels SIG moyennant un recodage des coordonnées en format WKT). L'onglet "Cartographie Google" permet d'avoir l'affichage du relevé sur les fonds de carte et d'orthophotoplan de Google.

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Accès via l'onglet "Cartographie scan 25" d'une fiche communale J'affiche les informations de la commune de Boutervilliers (fiche n°2, point 2). Je me rends sur l'onglet "Cartographie Scan 25 ®". Je clique sur le relevé dont je souhaite visualiser les informations. Sur la fenêtre qui s'ouvre, je clique sur "Consulter la station". Cela m'ouvrira la fiche de la station (cf. point ).

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Je me rends sur la page de l'observatoire des collectivités : http://cbnbp.mnhn.fr/cbnbp/observatoire/collTerrForm.jsp Je choisis le département ou la région qui m'intéresse dans la liste déroulante adéquate et je clique sur ok. Sur la page qui s'ouvre, je me rends sur l'onglet : "espèces observées".

Je clique sur le nom de l'espèce qui m'intéresse (Actaea spicata pour l'exemple) :

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Fiche n°6 : Extraire une carte de répartition communale d'une espèce pour une région ou un département

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J'obtiens la carte de répartition d'Actaea spicata en Essonne. Il est possible de récupérer la carte par une capture d'écran. Cependant, pour avoir un fichier de meilleure qualité, l'opération suivante peut être réalisée : - je fais un clic droit sur la carte (en évitant les points rouges) ; - sur la fenêtre qui s'est ouverte, je choisis : ce cadre → Ouvrir ce cadre dans un

nouvel onglet. Sur la carte qui s'est ouverte, je fais un clic droit, je choisis "enregistrer sous" et dans la fenêtre qui s'est ouverte, dans type, je choisis : "Page web, SVG uniquement". Je choisis l'emplacement du fichier à enregistrer et indique un nom de fichier. Le fichier enregistré de type vectoriel (.svg) peut être ouvert avec un logiciel de dessin vectoriel tel qu'inkscape qui est un logiciel libre (https://inkscape.org/fr/). Il sera alors possible de modifier la carte par exemple de modifier la couleur du fond de carte etc. et de l'exporter vers un format d'image de type jpg ou png.

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L'URL de la carte de répartition d'Actaea spicata dans le département de l'Essonne est la suivante (cf. fiche n°6) : http://cbnbp.mnhn.fr/cbnbp/departementAction.do?action=cartoEsp&cdDept=91&cdNom=80137&date=2000 L'adresse de la page web contient donc respectivement le n° du département, le code de l'espèce et la date de référence (point rouge plein si observation après 2000, cercle rouge vide si observation avant 2000 et cercle et point si observations avant et après 2000). Il suffit de modifier ces trois éléments pour changer de département, d'espèce ou de date de référence. - Ainsi, si on veut la carte de répartition d'Actaea spicata dans le Val d'Oise, l'adresse sera : http://cbnbp.mnhn.fr/cbnbp/departementAction.do?action=cartoEsp&cdDept=95&cdNom=80137&date=2000 - Si on veut changer d'espèce, il faut consulter le catalogue régional et recopier le numéro de la colonne CD_REF de l'espèce souhaitée. Par exemple, pour avoir la carte de répartition de Bellis perennis (pâquerette) dans l'Essonne, il faut indiquer : http://cbnbp.mnhn.fr/cbnbp/departementAction.do?action=cartoEsp&cdDept=91&cdNom=85740&date=2000 - Si on veut changer la date de référence, par exemple avoir la carte de répartition d'Actaea spicata dans le Val d'Oise avec comme date charnière 2008, l'adresse sera : http://cbnbp.mnhn.fr/cbnbp/departementAction.do?action=cartoEsp&cdDept=95&cdNom=80137&date=2008 - Si on souhaite changer de territoire de référence (région plutôt que département), et obtenir la carte de répartition d'Actaea spicata en Île-de-France, l'adresse sera : http://cbnbp.mnhn.fr/cbnbp/regionAction.do?action=cartoEsp&cdReg=11&cdNom=80137&date=2000 NB : les codes régions disponibles sur le site web du CBNBP sont ceux des anciens périmètres régionaux : Bourgogne → 26 ; Champagne-Ardenne → 21 ; Centre → 24 ; Île-de-France →11. De la même façon, l'URL pour consulter la liste des espèces sur une commune est de ce type : http://cbnbp.mnhn.fr/cbnbp/communeAction.do?action=obs&cdInsee=91098 Si on veut remplacer la commune de Boutervilliers par Évry, l'adresse devient : http://cbnbp.mnhn.fr/cbnbp/communeAction.do?action=obs&cdInsee=91228 Vous avez donc compris le principe ; vous êtes aptes à exploiter les autres possibilités qui peuvent exister ! Cet usage peut permettre d'obtenir des résultats non disponibles par "clic" comme le fait de pouvoir mettre n'importe quelle date charnière (dans le menu déroulant, pour les possesseurs de login, seules trois dates sont disponibles : 1990, 2000, 2010).

Fiche n°7 : Générer des URL pour consulter la carte de répartition d'une même espèce sur différents territoires ou de différentes espèces sur un même territoire ou changer de date de référence

Fiche n°7 : Générer des URL pour consulter la carte de répartition d'une même espèce sur différents territoires ou de différentes espèces sur un même territoire ou changer de date de référence ; établir une liste d'espèces sur différentes communes



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CETTE OPERATION EST RESERVEE AUX POSSESSEURS D'UN LOGIN. Je vous laisse refaire les étapes décrites dans la fiche n°3 afin d'obtenir la liste des relevés d'Actaea spicata dans la commune de Boutervilliers. Je repère le nom des trois relevés avec leurs observateurs.

Je me rends sur la page de l'observatoire des collectivités (http://cbnbp.mnhn.fr/cbnbp/observatoire/collTerrForm.jsp) et je recherche la commune de Boutervilliers. Je me rends sur l'onglet "Relevés". Je clique sur le + de la colonne "Select." de chacun des relevés qui m'intéressent. Tant que je n'ai pas fini de faire ma sélection, je ferme l'onglet qui s'ouvre suite au clic et je reviens sur la page "Relevés". Une fois que j'ai sélectionné mes trois relevés, je me rends sur le dernier onglet qui s'est ouvert et je clique sur "Edition du tableau croisé Relevés/Taxons". Je clique sur "Exporter au format xls" pour ouvrir le tableau qui s'est affiché dans excel. On obtient la liste des espèces en une seule colonne et trois colonnes pour chacun des relevés, le symbole "x/x" indiquant que l'espèce a été citée dans le relevé de la colonne considérée. NB : dans quelques cas, le "x/x" est remplacé par une strate et/ou un coefficient d'abondance-dominance (ex : arbustive/4).

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Fiche n°8 : Créer une liste d'espèces compilée à partir de différents relevés effectués sur un site

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Outre l’intérêt de faire une compilation des espèces compagnes d’un taxon donné,

cela peut aussi permettre de faire une compilation de l’ensemble des données liées à

un lieu-dit. Cette compilation peut aussi se faire sur plusieurs communes (ex : lieux-

dits à cheval sur plusieurs communes).

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CES DONNEES ET OUTILS NE SONT DISPONIBLES QU'EN ÎLE-DE-FRANCE.

Afin de rendre accessible à différents publics et notamment aux échelons territoriaux

l’information qu’il détient sur la flore et les végétations, le CBNBP développe un

programme de mise en place de couches d’informations thématiques ciblées.

Les couches d'informations du CBNBP sont diffusées :

via l'observatoire des territoires de l'Agence Régionale de la Biodiversité :

http://observatoire.natureparif.fr/public/

Ce mode d'accès a l'avantage de ne nécessiter aucune compétence informatique

particulière. Par contre, il n'y a pas d'information attributaire associée à chaque zone.

La synthèse d'information ne se fait qu'à l'échelle communale.

via des flux WFS et WMS disponibles à cette adresse :

http://cbnbp.mnhn.fr/data/PUBLIC/wms?

Ce flux doit être "lu" dans un logiciel SIG et demande donc d'en maîtriser l'usage de

base (une notice a été rédigée à cet effet :

http://cbnbp.mnhn.fr/cbnbp/biodiversite/carteAlerte/Notice_utilisation_carte_alerte_Q

gis.pdf). Le CBNBP a préparé des projets QGis "clé en main" pour chacune des

couches d'informations diffusées. L'avantage de ce mode d'accès est que l'on a accès

aux informations attributaires des zones (nombre d'espèces protégées et/ou

menacées par exemple pour la carte d'alerte). De plus, il est possible d'afficher

d'autres couches d'informations géographiques, de superposer les différentes couches

pour identifier des enjeux croisés…

La carte d'alerte flore et végétation est disponible à cette

adresse : http://cbnbp.mnhn.fr/cbnbp/biodiversite/carteAlerte.jsp

Elle permet de localiser rapidement des enjeux réglementaires

et/ou patrimoniaux :

Fiche n°9 : Visualiser des couches d'information thématiques – carte d'alerte, carte des milieux humides…

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1. Accès via l'observatoire des territoires de l'Agence Régionale de la Biodiversité Je me rends sur la page de l'observatoire des territoires : http://observatoire.natureparif.fr/public/ Je saisis le nom de la commune

2. Accès via les flux WFS et WMS intégrés au projet Qgis Pour rechercher une commune, ou bien je dispose d'un accès à la couche vecteur des communes françaises de l'IGN ou bien j'installe l'extension Geosearch de Qgis. Je peux ainsi centrer la carte alerte sur la commune de Boutervilliers. J'utilise

l'outil d'identification pour connaître les informations relatives à la couche "Alerte flore". Je clique sur un des polygones "rouge". J'apprends que dans ce secteur, une espèce protégée a été observée pour la dernière fois en 2011.

Si je veux connaître quelle espèce protégée se trouve à cet endroit, je dois utiliser

l'observatoire des collectivités (fiche n°2) ; je me rends dans l'onglet "Cartographie

Scan 25", localise le relevé effectué à cet endroit et affiche les informations relatives

au relevé (voir fiche n°5, point 12). Malheureusement, si beaucoup de relevés se

superposent, il est difficile de savoir dans lequel se trouve l'espèce protégée. Je peux

tenter (s'il y a peu d'espèces protégées/menacées dans la commune), d'utiliser l'onglet

"espèces protégées/règlementées" et d'afficher les relevés associés ainsi (voir fiche

n°2, point 6). Il s'agit dans notre exemple de Carex halleriana

(http://cbnbp.mnhn.fr/cbnbp/releveAction.do?action=carto&cdReleve=201112190939

37Mon).

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NB : dans la couche "Alerte flore" de la carte alerte, seules sont prises en compte les

observations effectuées à partir de 1990. Sur un même espace, plusieurs inventaires

ont pu être effectués et peuvent se chevaucher. Afin de faciliter la lecture des

informations fournies, les zones d'inventaires ont été regroupées en secteurs par la

méthode de dilatation-érosion à l'aide de zones tampons de 50 mètres de rayon : elles

ne correspondent donc pas exactement aux limites des relevés (ils sont généralement

un peu plus vastes). Enfin, les polygones de plus de 10 hectares ont été écartés de la

carte d'alerte lorsque les espèces protégées et/ou menacées qu'ils contiennent sont

citées dans des relevés de plus petite taille qui les chevauchent.

Les zones en "Alerte végétation" indiquent la présence d'une végétation d'intérêt

régional (cf. guide des végétations remarquables d'Île-de-France). Pour avoir plus

d'informations sur une zone en "alerte végétation", voir la fiche n°10.

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La carte "flore et végétation des milieux humides" est

disponible à cette adresse

: http://cbnbp.mnhn.fr/cbnbp/biodiversite/milieux_humides.jsp

Cette couche d'information a vocation à informer l'utilisateur

de l'existence de données d'inventaire de flore et de

végétations pouvant indiquer la présence potentielle de

milieux humides (NB : les milieux aquatiques ne sont pas

inclus dans la conception de zones humides que nous avons

utilisée).

Il est conseillé de l'utiliser en complément des enveloppes d'alerte zones humides d'Île-

de-France de la DRIEE : http://www.driee.ile-de-france.developpement-

durable.gouv.fr/enveloppes-d-alerte-zones-humides-en-ile-de-france-a2159.html

Les listes de végétations et de flore de milieux humides, bien qu'inspirées très

largement des listes de l'arrêté du 24 Juin 2008 ont cependant été adaptées aux

spécificités régionales franciliennes.

Pour la flore, on peut considérer que plus le nombre d'espèces indicatrices de zones

humides est élevé, plus la probabilité de présence d'une zone humide dans le secteur

"allumé" est élevée. Pour les végétations, les limites sont liées à la méthodologie de

cartographie (interprétation ex situ) notamment. La superposition d'une végétation de

milieu humide avec une zone contenant de la flore de milieux humides augmente la

probabilité de présence de milieux humides.

Cette carte flore et végétations des milieux humides ne peut en aucun cas répondre à

elle seule à la définition et à la délimitation des zones humides au titre de l'arrêté du

24 juin 2008.

La couche n'est actuellement diffusée qu'en flux WFS et WMS.

Pour rechercher une commune, ou bien je dispose d'un accès à la couche vecteur des communes françaises de l'IGN ou bien j'installe l'extension Geosearch de Qgis. Je peux ainsi centrer la carte sur la commune de Boutervilliers. J'ai une végétation mésohygrophile sur la commune et aucune zone "Flore" de milieu humide ; nous prendrons l'exemple de la zone "Flore" au sud de la commune pour illustrer la suite.

J'utilise l'outil d'identification pour connaître les informations relatives aux couches "végétations" ( ) et "flore" ( ) de milieux humides. J'obtiens ainsi 1

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l'information sur le syntaxon mésohygrophile (Fraxino excelsioris – Quercion roboris). Pour la légende des autres champs, se reporter au site web : http://cbnbp.mnhn.fr/cbnbp/biodiversite/milieux_humides.jsp Pour la zone "Flore" au sud de la commune, elle contient 7 espèces de milieux humides et l'observation d'espèces floristiques de milieu humide la plus récente date de 2009.

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CES DONNEES ET OUTILS NE SONT DISPONIBLES QU'EN ÎLE-DE-FRANCE.

Je veux savoir rapidement s'il existe des végétations patrimoniales à Boutervilliers.

Je me rends sur la carte alerte de l'observatoire des territoires de l'ARB : http://observatoire.natureparif.fr/public/AlerteFlore# Par précaution, je décoche la couche "Alerte flore" qui pourrait masquer la couche "Alerte végétation". Il y a donc bien une végétation patrimoniale à Boutervilliers.

Fiche n°10 : Exploiter la cartographie des végétations d'Île-de-France avec les documents complémentaires

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Sur l'observatoire des territoires, je ne pourrais guère avoir plus d'informations sur la végétation (seule la superficie communale de végétation remarquable est accessible).

Je veux savoir quelle est la végétation patrimoniale présente à Boutervilliers : nom, codes, statuts de patrimonialité.

Je me rends sur la page de la carte d'alerte : http://cbnbp.mnhn.fr/cbnbp/biodiversite/carteAlerte.jsp Je télécharge le projet Qgis (si je n'ai pas sur mon ordinateur le logiciel Qgis, je suis les instructions de la notice pour l'installer avant d'ouvrir le projet : http://cbnbp.mnhn.fr/cbnbp/biodiversite/carteAlerte/Notice_utilisation_carte_alerte_Qgis.pdf). Pour rechercher une commune, ou bien je dispose d'un accès à la couche vecteur des communes françaises de l'IGN ou bien j'installe l'extension Geosearch de Qgis.

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J'utilise l'outil d'identification pour connaître les informations relatives à cette végétation patrimoniale. Cette végétation a été identifiée ex-situ comme du Fraxino excelsioris – Quercion roboris. Pour avoir plus d'informations sur cette végétation, je peux me rendre sur le tome II du guide des végétations remarquables (http://cbnbp.mnhn.fr/cbnbp/ressources/telechargements/Guide%20Vegetaux-Tome%202%20complet-Web.pdf). L'index syntaxonomique – Latin (page 209) nous indique que la fiche de cette végétation est la F44. J'apprends que cet habitat relève pour partie de la directive habitat-faune-flore (DHFF) sous le code 9160.

Attention les statuts patrimoniaux sont susceptibles d'avoir évolué depuis la publication du guide. Ainsi, le statut ZNIEFF qui figure dans le guide est celui de 2002 alors que la liste a été révisée en 2017.

Si j'ai besoin de connaître les statuts les plus récents, je consulte les référentiels phytosociologiques régionaux des végétations (pour l'Île-de-France : http://cbnbp.mnhn.fr/cbnbp/ressources/telechargements/referentiels_phyto/REF_VEG_IDF_2015-10.zip).

Je veux afficher la cartographie de toutes les végétations (y compris non patrimoniales) de la commune de Boutervilliers.

Je peux y accéder via l'observatoire des collectivités :

http://cbnbp.mnhn.fr/cbnbp/observatoire/collTerrForm.jsp (cf. fiche n°2).

Je me rends sur l'onglet des "Végétations" et je peux visualiser les végétations

cartographiées. Je vois ainsi que les végétations naturelles et semi-naturelles se

situent toutes au sud de la commune dans la vallée sèche.

Je clique sur la carte et cela me permet d'obtenir les détails : nom des végétations, nature de l'observation etc. Je peux obtenir la notice de cette carte. J'ai aussi la possibilité d'avoir plus d'informations (codes Corine biotope, DHFF…) en affichant la carte des végétations d'Île-de-France dite VegIdF : http://cbnbp.mnhn.fr/cbnbp/ressources/telechargements/VegIdF.zip Je dézippe le dossier et j'ajoute la couche à un projet Qgis (on peut le mettre dans le projet précédent). Je peux utiliser l'outil d'identification ( ) pour avoir accès aux informations sur les végétations. Enfin, j'ai la possibilité d'effectuer une jointure avec le référentiel phytosociologique régional des végétations : http://cbnbp.mnhn.fr/cbnbp/ressources/telechargements/referentiels_phyto/REF_VEG_IDF_2015-10.zip pour obtenir des informations supplémentaires (inscription de la végétation à la liste des déterminantes ZNIEFF, rareté, habitat relevant de l'arrêté zones humides par exemple).

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Je dois enregistrer le fichier excel du référentiel en ".csv", ajouter ce fichier csv au projet Qgis et faire la jointure sur les champs "Id" du référentiel et "Idsyntprec" de VegIdF. Il me suffit ensuite de consulter l'information d'une végétation à l'aide de l'outil d'identification ( ).

Attention les données de végétation diffusée dans VegIdF ou dans les couches d'information sont celles du programme de cartographie régionale. Le CBNBP a pu réaliser des cartographies plus récentes sur certains secteurs : Bassée, petit Morin, Moisson, pelouses du Gâtinais, certains ENS… Elles ne sont actuellement pas diffusées en ligne.

Même si la couverture de ces documents n'est pas régionale (départements de Seine-et-Marne et Seine-Saint-Denis), en complément du guide des végétations remarquables, je peux avoir des informations sur une végétation non patrimoniale dans les deux ouvrages suivants :

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Téléchargeable sur : http://fr.calameo.com/read/00063492422b96d60279f

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Pour en savoir plus : http://www.cbnbp.mnhn.fr

Contacts

Conservatoire botanique national du Bassin

parisien

Muséum national d’Histoire naturelle

Directeur : Frédéric Hendoux

Directeur scientifique adjoint : Sébastien Filoche

61 rue Buffon - CP53

75005 PARIS

Tél. : 01 40 79 35 54 - Fax : 01 40 79 35 53

E-mail : [email protected]

Délégation Bourgogne

Responsable : Olivier Bardet

Maison du Parc naturel régional du Morvan

58230 SAINT-BRISSON

Tél. : 03 86 78 79 60 - Fax : 03 86 78 79 61


Délégation Centre-Val de Loire

Responsable : Jordane Cordier

DREAL Centre-Val de Loire - BP6407

5 avenue Buffon - 45064 ORLEANS Cedex 2

Tél. : 02 36 17 41 31 - Fax : 02 36 17 41 30


Délégation Champagne-Ardenne

Responsable : Frédéric Hendoux

30 Chaussée du Port - CS 50423

51035 CHALONS-EN-CHAMPAGNE

Tél. : 03 26 65 28 24


Délégation Île-de-France

Responsable : Jeanne Vallet

61 rue Buffon - CP53

75005 PARIS

Tél. : 01 40 79 56 47 - Fax : 01 40 79 35 53


Le Conservatoire botanique national du

Bassin parisien est un service scientifique

du Muséum national d’Histoire naturelle.

Ses missions La connaissance de l'état et de l'évolution de la flore sauvage et

des habitats naturels et semi-naturels. L'identification et la conservation des éléments rares et menacés

de la flore et de la végétation in situ et ex situ ;

La fourniture aux pouvoirs publics (État, Collectivités territoriales,

Établissements publics…), aux gestionnaires et aux partenaires

d'un concours technique et scientifique pouvant prendre la forme de missions d'expertise ;

L'information et l'éducation du public à la connaissance et à la

préservation de la diversité végétale.

Son agrément Un agrément national conféré par le ministère en charge de

l’environnement (arrêté du17 août 2017 - JORF du 23 septembre 2017).

Le territoire d’agrément du CBNBP couvre le cœur du Bassin parisien : intégralité des régions Centre-Val de Loire et Île-de-France, départements bourguignons de la Bourgogne-Franche-Comté et départements champardennais de la région Grand-Est.

Notice d’utilisation des outils informatiques du CBNBP

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