Master Microbiologie Parcours Microbiologie Fondamentale ...
Microbiologie
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![Page 1: Microbiologie](https://reader035.fdocuments.fr/reader035/viewer/2022062718/56812f90550346895d950d16/html5/thumbnails/1.jpg)
Microbiologie
Formation correspondants 2010
Dr C. Simac
![Page 2: Microbiologie](https://reader035.fdocuments.fr/reader035/viewer/2022062718/56812f90550346895d950d16/html5/thumbnails/2.jpg)
Écologie
répartition des micro-organismes responsables d'IAS (ENP 2006)
bactéries
virus
parasit/myco
![Page 3: Microbiologie](https://reader035.fdocuments.fr/reader035/viewer/2022062718/56812f90550346895d950d16/html5/thumbnails/3.jpg)
![Page 4: Microbiologie](https://reader035.fdocuments.fr/reader035/viewer/2022062718/56812f90550346895d950d16/html5/thumbnails/4.jpg)
Cellule animale
bactérie myces virus
noyau eucaryote procaryote eucaryote
Acides nucléiques
ADN
ARN
ADN
ARN
ADN
ARN
ADN OU ARN
reproduction
mitose mitose Bourgeonnement -
sexuée
Cellule hôte
![Page 5: Microbiologie](https://reader035.fdocuments.fr/reader035/viewer/2022062718/56812f90550346895d950d16/html5/thumbnails/5.jpg)
![Page 6: Microbiologie](https://reader035.fdocuments.fr/reader035/viewer/2022062718/56812f90550346895d950d16/html5/thumbnails/6.jpg)
Origine des microorganismes
Flore endogène : flore propre à l’individu (flore cutanée, muqueuse, digestive…)
Flore exogène :Autre individu : soignant, patientEnvironnement : eau, air, surfaces…
![Page 7: Microbiologie](https://reader035.fdocuments.fr/reader035/viewer/2022062718/56812f90550346895d950d16/html5/thumbnails/7.jpg)
Classification « fonctionnelle » des µ-org
Pathogène stricte
commensales saprophytes
réservoir Homme malade Homme sain (flore)
environnement
pathogénicité +++
intrinsèque
- à +
potentielle
- à +
limitée
Type d’infection :
Communautaire ++ +++ +
Nosocomiale + +++ ++
Professionnelle +++ + +
exemples M tuberculosis
virus
E coli, SA
Candida
Paeruginosa, Legionelles
Aspergillus
![Page 8: Microbiologie](https://reader035.fdocuments.fr/reader035/viewer/2022062718/56812f90550346895d950d16/html5/thumbnails/8.jpg)
Réservoir :Patient
Personnelenvironnement
µ-org :Bactérie, virus, champignons..
Receveur :patient
transmission
![Page 9: Microbiologie](https://reader035.fdocuments.fr/reader035/viewer/2022062718/56812f90550346895d950d16/html5/thumbnails/9.jpg)
Classification des virus
Acide nucléique : ADN – ARN Enveloppe ou non : virus nus beaucoup
plus résistants Forme : cylindrique, cubique, hélicoïdale
Diagnostic : culture difficile (cellules), PCR, sérologie
![Page 10: Microbiologie](https://reader035.fdocuments.fr/reader035/viewer/2022062718/56812f90550346895d950d16/html5/thumbnails/10.jpg)
VIRUS Transmission par le sang et liq biologique :
Hépatites B et C, HIV, CMV……
Transmission respiratoire :
VRS, RhinoV, VZV, grippe…
Transmission par contact cutanéo-muqueux
Herpesv, VZV, AdénoV (kératoconjonctivite)….
transmission par voie digestive :
RotaV….
Transmission interhumaine
TTT lourds (anti-viraux), vaccins
![Page 11: Microbiologie](https://reader035.fdocuments.fr/reader035/viewer/2022062718/56812f90550346895d950d16/html5/thumbnails/11.jpg)
Parasites et champignons
Parasites : Ectoparasites : poux, gale, puces…Transmission inter-humaine (poux – gale…)Environnement : poux de poules….Transmission – épidémie – traitement
contraignant en cas d’épidémie
![Page 12: Microbiologie](https://reader035.fdocuments.fr/reader035/viewer/2022062718/56812f90550346895d950d16/html5/thumbnails/12.jpg)
Champignons :Levures : Candida albicans….Ch. filamenteux : Aspergillus
![Page 13: Microbiologie](https://reader035.fdocuments.fr/reader035/viewer/2022062718/56812f90550346895d950d16/html5/thumbnails/13.jpg)
Champignons Environnement : Aspergillus,
Pneumopathies Infections systémiques graves ISO
Flore endogène : Candida Infections localisées Infections généralisés
![Page 14: Microbiologie](https://reader035.fdocuments.fr/reader035/viewer/2022062718/56812f90550346895d950d16/html5/thumbnails/14.jpg)
BACTERIES
répartition des bactéries les plus isolées d'IAS (ENP 2006)
Ecoli
autre Enterobacterie
Enterobacter
Enterocoque
Staph blancs
Staph aureus
Proteus mirabilis
Klebsiella
pyoAcineto
baumannii Clostridium difficile
Staph aureus : 19 %Ecoli : 25 %Pyo = P aeruginosa : 11 %
![Page 15: Microbiologie](https://reader035.fdocuments.fr/reader035/viewer/2022062718/56812f90550346895d950d16/html5/thumbnails/15.jpg)
Classification des bactéries
Forme : Cocci Bacilles
Propriétés tinctoriales : GRAM Gram + Gram –
Pouvoir respiratoire : Aérobie Anaérobie Aéro-anaérobies
![Page 16: Microbiologie](https://reader035.fdocuments.fr/reader035/viewer/2022062718/56812f90550346895d950d16/html5/thumbnails/16.jpg)
Cocci à Gram +
Staphylocoques Aureus Epidermidis Autre Staph blanc
Streptocoques Strepto A Strepto B Pneumocoque Autre Strepto
Enterocoque
![Page 17: Microbiologie](https://reader035.fdocuments.fr/reader035/viewer/2022062718/56812f90550346895d950d16/html5/thumbnails/17.jpg)
Bacilles à Gram +
Corynébactéries Anaérobie : Clostridium difficile
![Page 18: Microbiologie](https://reader035.fdocuments.fr/reader035/viewer/2022062718/56812f90550346895d950d16/html5/thumbnails/18.jpg)
Bacilles gram -
Enterobactéries : Ecoli Klebsiella Enterobacter Proteus Salmonelles, ….
Autres BGN : P aeruginosa A baumannii Haemophilus… Legionella
![Page 19: Microbiologie](https://reader035.fdocuments.fr/reader035/viewer/2022062718/56812f90550346895d950d16/html5/thumbnails/19.jpg)
Gram + Gram -
cocci Staph
Strepto
Neisseria
bacilles Listeria
Clostridium
Pseudomonas
Entérobactéries
Acinetobacter
Légionelles
![Page 20: Microbiologie](https://reader035.fdocuments.fr/reader035/viewer/2022062718/56812f90550346895d950d16/html5/thumbnails/20.jpg)
Autres bactéries :
Peu concernés par les IAS Mycobactéries Chlamydiae Mycoplasmes
![Page 21: Microbiologie](https://reader035.fdocuments.fr/reader035/viewer/2022062718/56812f90550346895d950d16/html5/thumbnails/21.jpg)
BACTERIES
répartition des bactéries les plus isolées d'IAS
Ecoli
autre EB
Enterobacter
Enterocoque
Staph blancs
Staph aureus
Proteus mirabilis
Klebsiella
pyoAbau CD
CG+
BG-
BG+
![Page 22: Microbiologie](https://reader035.fdocuments.fr/reader035/viewer/2022062718/56812f90550346895d950d16/html5/thumbnails/22.jpg)
Corps humain : 1013 cellules – 1014 bactéries
Peau : StaphylocoquesCoryne…
Flore digestive :Enterobactéries,Ana (CD)Enterocoque…
VAS : Strepto, Neisseria, ana…
Flore génitale :Lactob, strepto,enteroB…
Flore endogène
![Page 23: Microbiologie](https://reader035.fdocuments.fr/reader035/viewer/2022062718/56812f90550346895d950d16/html5/thumbnails/23.jpg)
Principales espèces
S aureus : Habitat : flore cutanée (nez) Infections sur matériel (KT, SU, prothèse…) ISO, pneumopathies, infect° cutanée….
S epidermidis Habitat : Flore cutanée ILK, ISO (os)….
Clostridium difficile : Habitat : Flore digestive colite
enterocoque Habitat : Flore digestive IU, septicémie, inf abdominales, (ISO…)
![Page 24: Microbiologie](https://reader035.fdocuments.fr/reader035/viewer/2022062718/56812f90550346895d950d16/html5/thumbnails/24.jpg)
E coli :Habitat : Flore digestive, génitale IU, septicémie (ISO, inf° cut-muq…)
Autres entérobactéries : Kpne, E aerogenes, E cloacae, Proteus mirabilis…)
Habitat : Flore digestive IU, septicémie, pneumoP (ISO, inf° cut-
muq…)
![Page 25: Microbiologie](https://reader035.fdocuments.fr/reader035/viewer/2022062718/56812f90550346895d950d16/html5/thumbnails/25.jpg)
Pseudomonas aeruginosaHabitat : EnvironnementPeu pathogène ISO, Pneumopathie, IU, septicémie, peau…
Acinetobacter baumannii :Habitat : Environnement / peauPeu pathogène ISO, Pneumopathie, IU, septicémie, peau…
![Page 26: Microbiologie](https://reader035.fdocuments.fr/reader035/viewer/2022062718/56812f90550346895d950d16/html5/thumbnails/26.jpg)
Les bactéries multirésistantes (BMR)
![Page 27: Microbiologie](https://reader035.fdocuments.fr/reader035/viewer/2022062718/56812f90550346895d950d16/html5/thumbnails/27.jpg)
définition
Les bactéries sont dites multirésistantes aux antibiotiques (BMR) lorsque, du fait de l'accumulation des résistances naturelles et acquises, elles ne sont plus sensibles qu'à un petit nombre d'antibiotiques habituellement actifs en thérapeutique.
![Page 28: Microbiologie](https://reader035.fdocuments.fr/reader035/viewer/2022062718/56812f90550346895d950d16/html5/thumbnails/28.jpg)
Les principales BMR
SA résistant à la méticilline (SARM) S aureus résistant aux glycopeptides Entérobactéries résistant aux C3G (BLSE) P aeruginosa résistant à la ceftazidime Entérocoque résistant à la vancomycine A baumannii résistant aux βlactamines
![Page 29: Microbiologie](https://reader035.fdocuments.fr/reader035/viewer/2022062718/56812f90550346895d950d16/html5/thumbnails/29.jpg)
Risques liés aux BMR
Virulence proche souches sauvages Mais erreur TTT +++ Impasses TTT Diffusion +++ Coût +++ Transfert de résistances
![Page 30: Microbiologie](https://reader035.fdocuments.fr/reader035/viewer/2022062718/56812f90550346895d950d16/html5/thumbnails/30.jpg)
SARM en Europe 2002 (EARSS)
Pas de données
< 1 %
1 à 5 %
10 à 25 %
25 à 50 %
> 50 %
5 à 10 %
EARSS data. Available at: http://www.earss.rivm.nl
![Page 31: Microbiologie](https://reader035.fdocuments.fr/reader035/viewer/2022062718/56812f90550346895d950d16/html5/thumbnails/31.jpg)
Pas de données
< 1 % 1 à 5 %
10 à 25 %
25 à 50 % > 50 % EARSS data. Available at: http://www.earss.rivm.nl
5 à 10 %
![Page 32: Microbiologie](https://reader035.fdocuments.fr/reader035/viewer/2022062718/56812f90550346895d950d16/html5/thumbnails/32.jpg)
P aeruginosa CAZ R en Europe 2005 (EARSS)
Pas de données
< 1 %
1 à 5 %
10 à 25 %
25 à 50 %
> 50 %
5 à 10 %
EARSS data. Available at: http://www.earss.rivm.nl
![Page 33: Microbiologie](https://reader035.fdocuments.fr/reader035/viewer/2022062718/56812f90550346895d950d16/html5/thumbnails/33.jpg)
E coli C3G R en Europe 2005 (EARSS)
Pas de données
< 1 %
1 à 5 %
10 à 25 %
25 à 50 %
> 50 %
5 à 10 %
EARSS data. Available at: http://www.earss.rivm.nl
![Page 34: Microbiologie](https://reader035.fdocuments.fr/reader035/viewer/2022062718/56812f90550346895d950d16/html5/thumbnails/34.jpg)
E faecium VancoR en Europe 2005 (EARSS)
Pas de données
< 1 %
1 à 5 %
10 à 25 %
25 à 50 %
> 50 %
5 à 10 %
EARSS data. Available at: http://www.earss.rivm.nl
![Page 35: Microbiologie](https://reader035.fdocuments.fr/reader035/viewer/2022062718/56812f90550346895d950d16/html5/thumbnails/35.jpg)
Maitrise des BMR
Limiter l’apparition des BMR :Bon usage des antibiotiques : le bon Atb à la
bonne dose, au bon momentLimiter l’utilisation des ATB, à l’hôpital et en
ville
![Page 36: Microbiologie](https://reader035.fdocuments.fr/reader035/viewer/2022062718/56812f90550346895d950d16/html5/thumbnails/36.jpg)
Maitrise des BMR
Limiter la diffusion des BMRPrécautions standard+/- précautions complémentairesDépistageSignalementUtilisation des SHA
![Page 37: Microbiologie](https://reader035.fdocuments.fr/reader035/viewer/2022062718/56812f90550346895d950d16/html5/thumbnails/37.jpg)
Exemple de BMR : E coli
sauvage BLSE :Diminution du Ø d’inhibition« bouchon de champagne »
![Page 38: Microbiologie](https://reader035.fdocuments.fr/reader035/viewer/2022062718/56812f90550346895d950d16/html5/thumbnails/38.jpg)
Exemple de BMR :P aeruginosa
sauvage
Multi R
![Page 39: Microbiologie](https://reader035.fdocuments.fr/reader035/viewer/2022062718/56812f90550346895d950d16/html5/thumbnails/39.jpg)
Surveillance des IAS
![Page 40: Microbiologie](https://reader035.fdocuments.fr/reader035/viewer/2022062718/56812f90550346895d950d16/html5/thumbnails/40.jpg)
Coût des IAS
Coût humain : 5 à 10 % des patients hospitalisés ≈ 4000 DC par an en France
Coût économique Direct : 300 à 700 M € / an
75 % : ↑ hospitalisation 20 % : antibiotique 5 % : biologie
Indirect ?
![Page 41: Microbiologie](https://reader035.fdocuments.fr/reader035/viewer/2022062718/56812f90550346895d950d16/html5/thumbnails/41.jpg)
Surveillance épidémiologique
Définition : Système d ’information consistant à collecter, analyser et interpréter des données dans le cadre de programmes de prévention.
BUTS : Il est utilisé comme outil d’évaluation et de réduction du risque infectieux. Il permet de définir des objectifs quantifiés de prévention
![Page 42: Microbiologie](https://reader035.fdocuments.fr/reader035/viewer/2022062718/56812f90550346895d950d16/html5/thumbnails/42.jpg)
Programme de prévention
Étape diagnostic = identification du problème (surveillance)
Étape « Thérapeutique » : mise en place de mesures correctives, protocoles, formations…
Étape de suivi : Audit : évaluation des pratiquessurveillance des IN : évaluation des résultats
![Page 43: Microbiologie](https://reader035.fdocuments.fr/reader035/viewer/2022062718/56812f90550346895d950d16/html5/thumbnails/43.jpg)
Pourquoi surveiller
détecter et quantifier un risque
Détecter les événements inhabituels = outil d’alerte
Détecter les dérives = outil de vigilance
Évaluer les mesures mises en place = outil d’évaluation
définir des priorités, des objectifs
améliorer la qualité des soins
Sensibiliser l’ensemble du personnel
![Page 44: Microbiologie](https://reader035.fdocuments.fr/reader035/viewer/2022062718/56812f90550346895d950d16/html5/thumbnails/44.jpg)
Comment surveiller les IAS
Indicateurs simples et pertinents Méthode rigoureuse :
Définir la période : continue, discontinue Avoir un (des) référentiel(s) Définir :
les IN surveillées Les actes à risque Les patients La population de l’étude (numérateur)…
![Page 45: Microbiologie](https://reader035.fdocuments.fr/reader035/viewer/2022062718/56812f90550346895d950d16/html5/thumbnails/45.jpg)
Les enquêtes
Prévalence :Photographie à un instant (réservoir)Enquête « un jour donné » = transversale
Incidence :Film (durée)Évolution = longitudinale
![Page 46: Microbiologie](https://reader035.fdocuments.fr/reader035/viewer/2022062718/56812f90550346895d950d16/html5/thumbnails/46.jpg)
Les enquêtes
Patient 1
Patient 2
Patient 3
Patient 4
Patient 5
Patient 6
Patient 7
t0t1
PP = 2/4 I = 3/7
Taux de prévalence = nbre de cas / nbre patients présents X 100
Taux d’incidence = nbre de Nx cas / nbre JH X 1000 (ou
nbre de patients présents X 100)
![Page 47: Microbiologie](https://reader035.fdocuments.fr/reader035/viewer/2022062718/56812f90550346895d950d16/html5/thumbnails/47.jpg)
prévalence
Enquête un jour donné, transversale Inclus tous les cas « actifs » Peu précise, estimat° des IN Ne permet pas de voir les bouffées
épidémiques Facile à mettre en œuvre sensibilise
![Page 48: Microbiologie](https://reader035.fdocuments.fr/reader035/viewer/2022062718/56812f90550346895d950d16/html5/thumbnails/48.jpg)
incidence
Surveillance longitudinale : au moins 3 mois ou 100 patients inclus
Détermination plus précise des IN Bouffées épidémiques Identification des facteurs de risque Très lourde, temps +++
![Page 49: Microbiologie](https://reader035.fdocuments.fr/reader035/viewer/2022062718/56812f90550346895d950d16/html5/thumbnails/49.jpg)
prévalence incidencedéfinition Enregistrement un jour
donné des IN actives chez
tous les patients présents
(ancien + nouveaux cas)
Enregistrement continue de tous
les nx cas d’IN survenant dans
une population donnée, pendant
une période donnée
Type d’étude
Évalue un réservoir Mesure la vitesse d’apparition de
l’infection
transversale Longitudinale et prospective
Période courte (1j) Période longue (3 mois ou 100
patients)
Non exhaustive (échantillon) exhaustive
![Page 50: Microbiologie](https://reader035.fdocuments.fr/reader035/viewer/2022062718/56812f90550346895d950d16/html5/thumbnails/50.jpg)
réseaux
Surveillance globale Surveillance ciblée sur une population à risque ou un
facteur de risque : Ex : taux d’incidence des IU rapporté à 100 jours de sondage Ex : prévalence des ISO / 100 patients opérés
Participation à un réseau de surveillance (CCLIN SE) : BMR, réa, bactériémies, mater, dialyse, ISO, AES… Méthodologie Comparaison Transparence
![Page 51: Microbiologie](https://reader035.fdocuments.fr/reader035/viewer/2022062718/56812f90550346895d950d16/html5/thumbnails/51.jpg)
BMR CCSE : évolution de l’incidence (‰JH)
des infections à BMR de 2000 à 2005
0
0,1
0,2
0,3
0,4
0,5
0,6
0,7
0,8
2000 2001 2002 2003 2004 2005
SARm
PARC
ERC