Microbial eukaryotes in the

hypersaline anoxic

L’Atalante deep-sea basinBazañez-Marquez TaniaAccolla Chiara

Intérêt croissant pour les environnements hyper salés

Études précédentes : présence d’eucaryotes unicellulaires négligeable

Découvertes récentes : diversité inattendue au sein de la communauté eucaryote

Frontières de la vie des eucaryotes?

1:500 000

35o18.29’N 21o 23.33E

LE BASSIN PROFOND DE L’ATALANTE:UN DHAB (Deep Hypersaline Anoxic Basin)

Caractéristiques Couche entre 3499 m et 3501 m de profondeur

caractérisée par un gradient de salinité très fort

Surface à 3499 m Surface à 3501 m

Salinité (‰) 39 365

Température (°C) 14.03 14.03

Oxygène (μM) 19.08 n.d.

Ammonium (μM) 5.05 3000

LE BASSIN PROFOND DE L’ATALANTE:UN DHAB (Deep Hypersaline Anoxic Basin)

Système Modus-Scipack:

une sonde CTD

une série de bouteilles de Niskin

un senseur de pression

D’après E. Malinverno et al. (2006).

Annals of Geophysics,vol.49,N.2/3

1. Échantillonnage à 3499 et 3501 m

Filtration Destruction chimio-mécanique des cellules Enlèvement de l’ADN avec DNase I Isolement de l’ARN et inhibition de la

RNase Détermination de la concentration de

l’ARN (spectrophotométrie) et de son intégrité

Méthode non liée à la culture traditionnelle suivie par l’observation au microscope ARN ribosomal

2. Extraction des acides nucléiques

transcriptase inverse

ARN cDNA

PCR amplification

Clonage

3. Construction du cDNA

Séquences partielles regroupées en

phylotypes

(unités opérationnelles

taxonomiques)

4. Séquençage et regroupement en phylotypes

similarité de séquence: 99.0%

(DOTUR)

Comparaison des séquences de cDNA avec celles de GenBank

Alignement (programme plus alignement manuel)

Construction d’un premier arbre

Analyse plus détaillée et construction de sous-

arbre

1000 Bootstrap et analyse bayesienne

Affiliation phylogénétique approximative

5. Analyse phylogénétique

•Ciliés

•Uncult. Marine Alveolate

•Fungi

•Radiolaires

•Choanoflagellés

•Jakobida•Métazoaires•Chlorobiontes•Cercomonads•Haptobiontes•Straménopiles

•Ciliés

•Uncult. Marine Alveolate

•Fungi

•Radiolaires

•Choanoflagellés

•Jakobida

•Métazoaires

•Dinobiontes

•Cryptobiontes

UPPER HALOCLINE

LOWER HALOCLINE

Oligohymenophorea

Prostomatea

Plagiopytea

Phyllopharyngea

Séquence non assignable à aucune classe connue

Spirotrichea

Armophorea

Litostomatea

Karyorelictea

Heterotrichea

6 espèces lower halocline1 espèces upper halocline

1 espèces lower halocline1 espèces upper halocline

2 espèces lower halocline

1 espèces upper halocline

4 espèces lower halocline4 espèces upper halocline

2 upper et lower halocline

La mer des les Sargasses

Lost City Vent

lagunes

Zones abyssales

CILIÉS

Apicomplexes

Gonyaulacales

Blastodiniales

Prorocentrales

Peridiniales

Gymnodiniales

Non cultivable Alvéolés Groupe II

Non cultivable Alvéolés Groupe I

Ciliés

La mer des Sargasses

Côte Atlantique

Zone Antarctique

Zones abyssales

L’océan pacifique

Amoebophrya sp.

DINOBIONTES

Bacillariophyta

Hypochytriomycota

Labyrinthulidae

Oomycota

Bicosoecida

Blastocystis nominis

Stramenopiles marins GroupeIII

La mer des Sargasses

Côte Atlantique

Zone Antarctique

Zones abyssales

L’océan pacifique

STRAMÉNOPILES

La Méditerranée

CERCOBIONTESCercomones

2 espèces

La mer des Sargasses

Lost City Vent

L’océan Pacifique

Acantharia

Polycystinea

Acanthoecidae

Choanoflagelle

Amoebidium parasiticum

Ascomycota

Bymenomycetes

Urodinomycetes

Ustilaginomycetes

enivrement non assignable

Basidiomycota

Haplosporidia

Jakobia

Mesodinium/ Myrionecta

Euglenozoa

Heterobosea

Microsporidia

Diplomonadida

Parabasalida

•Antarctique•Groenland•Lagunes oligothrophiques•La mer des Sargasses

cet article donne une possibilité de poursuivre la recherche dans ce domaine.

Ils ont trouvé une grande diversité d’organismes

Les auteurs ont conclu que la méthode d’hybridation in situ est très efficace pour les organismes non cultivables.

Beaucoup de séquences sont proches

des séquences trouvées dans

d’autres environnements

Diversité entre les communautés des

deux couches du gradient

Pression sélective (salinité,ammonium)

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