Le catalogue de référence pour la biologie médicale

13/10/2021Copyright 2021 –PHAST 1

François MACARY

-

13 octobre 2021

Le catalogue de référence pour la biologie médicale

13/10/2021 2

contribue

adapte

déploie

Organisations de standardisation :

HL7, IHE, SNOMED, Regenstrief, GMDN

Cadreinstitutionnel

national

médicament dispositif médical

biologiemédicale

Catalogues de référence Services de terminologies de santé

Copyright 2021 - PHAST

13/10/2021 3

EDQM Standard

TermsUCD,CIP,CIS,

NCHFS,LES…

ATC

médicament

LPP, CLADIMED

…

GMDNEMDN

dispositif médical

NABMCOFRAC

biologie médicale

Terminologies de référence exploitées par les catalogues de référence de PHAST

Objectif : l’interopérabilité

sémantique


13/10/2021

Interopérabilité sémantique

13/10/2021 5

Dossier patient

SIlaboratoire

→ Examen cytobactériologique type de prélèvement ?

motif ? traitements en cours ?

Température ? → Vérification prélèvement reçu→ Planification de l’examen

Demande : • Examen : cytobactériologie • Type de prélèvement : échantillon d’expectoration• Motif : bronchopneumonie aigüe• Traitement médicamenteux en cours :

- chlorhydrate de vancomycine en gélule orale 250 mg• Température corporelle : 39,5 °C

Message combinant une syntaxe et des concepts codésinterprétable par le système destinataire

La capacité d’échanger des données dotées d’un sens non ambigu, non vague et inaltérable, interprétable par les professionnels et par leurs applications

Interopérabilité sémantique


13/10/2021 6

Demande d’examen de biologie médicale : Cytobactériologie sur expectoration Motif : bronchopneumonie aigüeTraitement en cours : chlorhydrate de vancomycine en gélule orale 250 mgTempérature : 39,5°C

SNOMED CT: |Examen de laboratoire|

(108252007)

Standardisation des mots de l’énoncé pour que les applications puissent agir ou raisonner dessus

LOINC : |Cytobactériologie - expectoration|

(88837-0)

SNOMED CT: |échantillon

d’expectoration|(119334006)

LOINC: |Motif de la demande|

(67098-4)

LOINC: |traitement en cours|

(18606-4)

SNOMED CT: |bronchopneumonie aigüe|

(406520001)

SNOMED CT: |chlorhydrate de vancomycine en gélule orale 250 mg|

(262001002)

Situation fréquente : Question LOINC ? -> réponse codée SNOMED CT ✓

?

DPI SIL

LOINC: |température corporelle|

(8310-5)

39,5UCUM

|degré celsius|(Cel)

?


13/10/2021 8

Les mots des deux énoncés sont placés dans les éléments de donnéesappropriés d’une structure standardisée : ressources HL7 FHIR® ou messageHL7 v2 profilé par IHE, ou compte rendu CDA R2 N3

Message HL7 v2 de demande d’examen de biologie

MSH|^~\&| … |OMLÔ33ÔML_O33| … |EN|…

PID| … |EVERYMANÂDAM^^JR^^^L|19800101|M|…

PV1|…

SPM|1|123^Card||258529004^Throat swab specimen^SCT|…

ORC|…

TQ1|…

OBR|1|123^Card||88836-2^Microbiology CNAMTS panel - Throat^LN|…

OBX|1|CE|67098-4^Reason for test or procedure^LN|

|123587001Âcute bronchopneumonia^SCT|…

OBX|2|CE|18606-4^Current medication, Name and Identifier^LN|

|262001002^vancomycin chlorhydrate, oral caps 250 mg^SCT|…

Extrait du niveau 3 du compte rendu CDA de biologie

<observation classCode="OBS" moodCode="EVN"><templateId /><code code="19000-9" codeSystem="2.16.840.1.113883.6.1"

codeSystemName="LOINC"displayName="Vancomycin susceptibility"/>

<statusCode /><effectiveTime /><value xsi:type="IVL_PQ">

<low value=“32" unit="ug/mL" inclusive="true"/></value><interpretationCode code="R" displayName="Résistant"

codeSystem="2.16.840.1.113883.5.83“codeSystemName=“SNOMED CT"/>

</observation>


13/10/2021

Zoom sur LOINCLogical Obervation Identifiers Names and Codes

1013/10/2021Copyright 2021 –PHAST

Les 6 attributs qui définissent un terme LOINC

94500-6 Coronavirus SARS-CoV-2 ARN [Présence/Seuil] Respiratoire ; Qualitatif ; PCR amplification de cible

Composant Grandeur Milieu Echelle Méthodetemps

20624-3 Créatinine [Masse/Volume] 24H ; Urine ; Numérique

(ponctuel)

Il existe dans LOINC de très nombreux termes qui laissent vide l’attribut « méthode ». Il s’agit de méthodes générales (immunoblot, PCR, comptage automate …) et non pas de trousses de réactifs.


Les informations que ne porte pas LOINC

❑ Le site anatomique de prélèvement

❑ L’automate ou le kit de réactif utilisé

❑ L’unité de mesure

❑ Les caractéristiques du sujet de l’observation

❑ Le niveau de validation ou de complétude du résultat

Ces autres propriétés de l’observation sont portées par la syntaxe (HL7 V2, CDA, ...)


Couverture de LOINC (88 200 termes actifs dans la version 2.71)

❑ Observations

▪ cliniques et imagerie (antécédents personnels = 11348-0) ~ 25 000 termes

▪ de laboratoires (temps de quick INR = 6301-6) ~ 58 000 termes

❑ Examens multi-analyses (« panels ») (hémogramme = 57022-6)

❑ Types de documents de santé (CR de biologie = 11502-2)

❑ Sections/chapitres de documents de santé (biochimie = 18719-5)

13/10/2021

Le catalogue de référence CIOlab

13/10/2021 14

❑ Circuit de biologie hospitalier ou clinique : profil IHE LTW (HL7 v2)▪ Demande▪ Plan de prélèvements▪ Résultats

❑ Circuit de sous-traitance inter-laboratoires : profil IHE ILW (HL7 v2)▪ Examen sous-traité▪ Résultats▪ Extension française en préparation par GT biologie au sein d’Interop’Santé

❑ Compte rendu de biologie structuré électronique : profil IHE XD-LAB (HL7 CDA R2)

❑ Catalogue d’examens & manuel de prélèvement : profil IHE LCSD (HL7 v2) ou HL7 FHIR Catalogs

CIOlab apporte les vocabulaires codés standards pour dématérialiser les flux de biologie …


13/10/2021 15

❑ Identification univoque des examens prescriptibles, de leurs analyses, et des éléments cliniques pertinents

➢ Traduction en français par l’ANS

❑ Valeurs des éléments cliniques pertinents (symptômes, traitements …)

❑ Spécimens biologiques, procédures et tubes

❑ Résultats codés (ex : nom de bactérie, présence cylindres, aspect …)

➢ Traduction française commune associant Canada, Belgique, Suisse, Luxembourg, coanimée par PHAST

❑ Unités de mesure (pour résultats d’analyses, volumes à prélever, mesures cliniques et anthropométriques, signes vitaux)

➢ Manuel de référence traduit en français par PHAST

… en exploitant les terminologies de référence internationales


13/10/2021 16

MédicamentDéfinition d’un examen de biologie

Elément clinique

pertinent

Jeu de valeurs

Observations qualitatives, interprétations

Observations numériques

Définition d’une analyse

porteuse de résultat

RésultatsDonnées d’entrée pour la réalisation de l’examen

Définition d’un

spécimen

tubesconditions,

préparation, conservation,

transport

Déclenche

NABM

Contenu du référentiel


13/10/2021 17

Systèmes d’information demandeurs et/ou

consommateurs de résultats

Plan de prélèvements

Demande d’examens

Résultats

Serveur de catalogues d’examens et manuels

de prélèvements

SIL

Recueil à bon escient des éléments cliniques pertinents et des spécimens biologiques

But 1 : Flux médicaux exploitables par les applications


13/10/2021 18

SIL

Logiciels cliniques

▪ surveillance des infections▪ épidémiologie▪ business intelligence▪ continuité des soins (DMP)▪ big data, recherche

But 2 : Utilisation secondaire des données de biologie


13/10/2021 19

Plan de soins

But 3 : Synergie entre circuit de biologie et circuit du médicament


13/10/2021 20

❑ Patient accueilli au laboratoire avec une demande d’examen : « test respiratoire à l’urée pour recherche d’Helicobacter pylori ».

à distancede ❑ Le référentiel CIOlab indique que cet examen doit être réalisé à

distance de toute prise d'antibiotique, d’antiacide, ou d’inhibiteur de la pompe à protons.

❑ Le traitement en cours est oméprazole. Le module d’accueil détecte que le concept représentant ce médicament dans le référentiel CIOdc, est un descendant du concept d’inhibiteur de la pompe à protons.

➢ Alerte déclenchée : Le patient est renvoyé chez lui sans être prélevé.

Il reviendra deux semaines après l’arrêt du traitement oméprazole.

|oméprazole comprimé oral 20 mg|(317306008)

descendant de

|agent antibactérien| (346325008)

|agent antiacide| (60169008)

|inhibiteur de la pompe à protons|

(108665006)

: concept SNOMED CT

Exploitation de la relation entre CIOlab et CIOdc pour détecter une interaction entre traitement et examen


13/10/2021 21

Consultation gratuite en ligne

www.phast.fr

Visionneuse CIOlab


13/10/2021 22

❑ Alignement LOINC entre le « jeu de valeurs circuit de biologie » publié par l’ANS sur bioloinc.fr et le catalogue de référence CIOlab qui représente un sur-ensemble.

❑ Implique aussi l’AP-HP et la SFIL, membres du consortium

PHAST membre du consortium de traduction et de maintenance des jeux de valeurs LOINC pour le compte de l’ANS


13/10/2021

Offre de services de PHAST pour la biologie médicale

13/10/2021 24

1. Export du catalogue d’examens du LBM ou de l’établissement• Chapitres et sous-chapitres du compte rendu (nom, numéro ou code)

• Examens (libellés, code local, chapitre, secteur, code NABM, nature d’échantillon …)

• Analyses (libellés, code local, unités, code phadia (allergie), nature d’échantillon …)

2. Contrôle du fichier par PHAST - OK → bon de commande émis par le LBM

3. Prestation de mapping LOINC + UCUM

Niveau de prestation Ségur : Seuls sont transcodés LOINC les éléments du fichier complètement documentés, non vagues et non ambigus.

4. Restitution

5. Validation par le laboratoire → VA émise par le LBM

1ère marche souvent demandée : mapping LOINC du catalogue d’examens

Prix fixe de 3 500 €, entièrement financé. Le LBM n’a rien à payer.


13/10/2021 25

❑ Le plateau technique du LBM évolue, et donc son catalogue de même.

❑ LOINC internationale évolue (2 version par an)

❑ Le référentiel français Jeu de valeurs circuit de biologie évolue.

❑ Il est important de synchroniser au fil de l’eau le mapping LOINC des catalogues locaux avec les référentiels.

❑ Diverses possibilités d’API qui seront précisées dans la vague 2 du Ségur, à laquelle nous participons.

2ème marche : Maintenance évolutive du mapping, appuyée sur le référentiel CIOlab


13/10/2021 26

Pilotage de l’IHM de la saisie de la prescription d’examens

Exemple : Les contextes de remboursement de l’examen « Dosage de la 25-(OH)-vitamine D » (NABM 1139)

• suspicion de rachitisme

• suspicion d’ostéomalacie

• suivi ambulatoire de l’adulte transplanté rénal au-delà de trois mois après transplantation

• avant et après chirurgie bariatrique

• évaluation et prise en charge des personnes âgées sujettes aux chutes répétées

• respect du résumé des caractéristiques du produit (RCP) du médicament en cours du patient

Codage à l’aide de LOINC et SNOMED CT de ces éléments cliniques pertinents dans le dictionnaire de l’application du prescripteur.

3ème marche : l’intégration dans le logiciel prescripteur des éléments cliniques pertinents associés à un examen de biologie


13/10/2021 27

Résumé de l’offre de services de PHAST pour la biologie médicale

1ère marche 2ème marche 3ème marche


13/10/2021

Comment contacter l’équipe CIOlab

Service de mapping et licence : [email protected]

Dialogue technique et métier : [email protected]

mailto:[email protected]

mailto:[email protected]

Le catalogue de référence pour la biologie médicale

Documents

Transcript of Le catalogue de référence pour la biologie médicale