1 |Atelier sur l'élaboration de plans stratégiques nationaux pour la lutte

contre la tuberculeuse. Rabat, Maroc, March 12th 2014

La planification de la mise en œuvre de nouveaux diagnostics

Diego ZalloccoProgramme Mondial de Lutte à la TB, Genève

Unité Laboratoire, Diagnostic & Pharmaco-résistance(GTB-LDR)

GLOBAL TB

PROGRAMME

Sommaire

• Conditions requise de l`OMS pour l'évaluation des nouveaux diagnostics pour la TB

• Pipeline des diagnostics • Les niveaux de services de laboratoire• Les outils de diagnostic - ce qui est

nécessaire• Prévision et quantification basée sur

l'épidémiologie du pays• Entretien• Assistance technique

Phase 1

Recherche et développement

Phase 2 Évaluation et

démonstration

Phase 3

Évaluation de preuves

GRADE

Phase 4

Implémentation progressive et

collecte de preuves pour le

déploiement

Phase 5

Déploiement et amélioration de la politique

Preuve requise par l'OMS pour la révision des diagnostics

Pipeline de nouveaux diagnosticsPipeline de nouveaux diagnostics

PROGRÈS EN BREF – Global Report 2013

Détection moléculaire de MTB et de la résistance aux médicaments

Alere Q, Alere, USA B-SMART, LabCorp, USAGendrive MTB/RIF ID, Epistem, UKLATE-PCR, Brandeis University, USAGeneXpert XDR cartridge, Cepheid, USATruArray MDR-TB, Akkoni, USAINFINITIMTB Assay, AutoGenomics, USA

Technologies non moléculaireTB Rapid Screen, Global BioDiagnostics, USATBDx, Signature Mapping Medical Sciences, USA

Technologies basées sur la cultureBNP Middlebrook, NanoLogix, USA

MDR-XDR TB Color Test, FIND, Switzerland / Imperial College, UK

TREK Sensititre MYCOTB MIC plate, Trek Diagnostic Systems/ Thermo Fisher Scientific, USA

Détection moléculaire de MTB et de la résistance aux médicaments

iCubate System, iCubate, USA TB drug resistance array, Capital Bio, ChinaNATeasy TB Diagnostic kit, Ustar

Biotechnologies, ChinaTruelab/Truenat MTB, Molbio/bigtec

Diagnostics, India

Détection moléculaire de MTB +/- la résistance aux médicaments

TB LAMP, Eiken, JapanGenotype MTBDRsl, Hain Lifescience,

Germany

Composés organiques volatilsBreathLink, Menssana Research, USA

Prototype breath-analyzer, Next Dimensions Technology, USA

Technologies non moléculaire Alere Determine TB-LAM, Alere,

USA

Détection moléculaire de MTB et de la résistance aux médicaments

Xpert MTB/RIF (échantillons pulmonaires, extra pulmonaires et pédiatriques)

Line probe assays (LPA) pour la détection de MTB et des mutations conférant la résistance à la rifampicine dans frottis positif, ou cultures de MTB

MicroscopieMicroscopie optique et LEDDiagnostic le même jour

Technologies basées sur la cultureSystèmes commerciaux de culture liquide et

spéciation rapideSystèmes non-commerciaux de culture et

antibiogramme (MODS, NRA, CRI)

Sérodiagnostics commerciaux (tous les fabricants)

Interferon-gamma release assays (IGRA) pour la détection de la tuberculose active

Technologies approuvées par l'OMS

MTB et résistance aux médicamentsXpert MTB/RIF (échantillons pulmonaires, extra pulmonaires et pédiatriques)Line probe assays (LiPA) pour la détection de MTB et des mutations conférant la résistance à la rifampicine dans frottis positif, ou cultures de MTB

MicroscopieMicroscopie optique et LEDDiagnostic le même jour

Technologies basées sur la cultureSystèmes commerciaux de culture liquide et spéciation rapideSystèmes non-commerciaux de culture et antibiogramme(MODS, NRA, CRI)

Diagnostic recommandé par l'OMS à utiliser aux différents niveaux de laboratoire

http://www.who.int/tb/dots/laboratory/policy/en

Surveillance Méthodes de référence Supervision du réseau

DépistageTraitement

Mêmes que le niveau intermédiaire, plus:

Mêmes que le niveau périphérique, plus:

Niveau périphérique (communauté)

Niveau intermédiaire (district, sub-district)

Niveaucentral

(référence)

Détection de casTraitement

Niveaux de sécurité biologique pour les laboratoires TB

Laboratoire à haut risque•Culture, Ab, LiPA (cultures)

Laboratoire à risque modéré• Liquéfaction (préparation) des échantillons

Laboratoire à faible risque•Microscopie, Xpert

Laboratoire à haut risque(Laboratoire de confinement)

• Sas double • Entrée d'air séparée• Évacuation de l’air du PSM (via hotte)• Confinement de l‘aérosol • Control de la pression négative • Flux d'air unidirectionnel • Équipements de protection individuelle• Autoclave pour l'élimination des déchets

Nécessaire pour effectuer culture et antibiogramme

Pourquoi effectuer la culture?Pourquoi effectuer la culture?

• Cultures liquides - jusqu'à six semaines - Méthode de référence

• Culture solide - jusqu'à huit semaines• Compte tenu du délai important pour

obtenir un résultat - la culture n'est pas considéré un outil diagnostic optimal

• Indispensable pour effectuer le test d’antibiogramme de deuxième ligne

• Nécessaire pour surveiller la réponse du patient au traitement

11

1. Liquéfaction 2. Échantillon décanté 3. Décontamination NaOH 4. Vortex 5. Tampon phosphate

Complexité de l'exécution des cultures d'expectorations et du LiPA

6. Centrifugation 7. Décantation 8. Re-suspension 9. Inoculation

Pourquoi effectuer le test LiPA?Pourquoi effectuer le test LiPA?

• Le test LiPA peut être utilisée pour détecter des mutations conférant résistance à la rifampicine et l'isoniazide dans: - échantillons à frottis BAAR positifs- cultures positives à la tuberculose

• Résultats disponibles dans les 24 heures

• LiPA pour 2ème ligne N’EST PAS recommandé

• Demande un laboratoire complex

• Demande mécanismes de transport/référence des échantillons fiables

• Convenable pour laboratoires à charge de travail importante, au niveau central ou régional

Infrastructure supplémentaire pour le test LiPA

1. Infrastructure de laboratoire pour garantir la biosécurité et le contrôle de la contamination

1. Laboratoire de confinement pour l'extraction de l'ADN

2. Au moins 2 pièces supplémentaires nécessaires pour la les procédures de pré-amplification de l'ADN et de post-amplification

2. Plusieurs pièces d'équipement sophistiqué

3. Personnel correctement formé et supervisé par des techniciens avec expérience en biologie moléculaire

4. Rigoureux protocoles de laboratoire :

- Procedures standardisées (SOPs), CQ interne/externe

rpoB

katG

CC

AC

TUB

rpoB

rpoB

rp

oB

rpoB

rp

oB

rpoB

rp

oB

rpoB

rp

oB

rpoB

rp

oB

rpoB

rp

oB W

T1W

T2W

T3W

T4W

T5W

T6W

T7W

T8M

UT1

MU

T2A

MU

T2B

MU

T3

katG

katG

katG

ka

tG W

TM

UT1

MU

T2

inhA

inhA

in

hA

inhA

in

hA

inhA

in

hA W

T1W

T2M

UT1

MU

T2M

UT3

AM

UT3

B

TUB

ka

tG W

Tk

atG

MU

T

rpo

B M

UT

inh

A W

Tin

hA

MU

T

++ + +- --+

+

--+ -+

+- +- - +++

--

+- - - +-

- +- +

RMP

++ +

+++

++++

sens

itiv

ere

sist

ant

INH

sens

itiv

ere

sist

ant#

1

2

3

4

5

+

Pourquoi utiliser le Xpert MTB / RIF

1. Infrastructure de laboratoire similaire à celle pour la microscopie

2. Peut être dé-centralisé au niveau inférieur du réseau de laboratoires

3. Adapté pour le diagnostic de la TB et de la résistance à la RIF chez les patients à frottis BAAR négatifs et positifs

4. Nouvelles recommandations et politiques de l’OMS pour l’utilisation chez les adultes, les enfants, et les cas de de TB extra-pulmonaire

Cas à tester avec Xpert MTB/RIF

� Xpert MTB/RIF devrait être utilisé plutôt que la microscopie conventionnelle, la culture et

l’antibiogramme comme test de diagnostic initial chez les ADULTES présumés de TB-MR

ou de TB associée au VIH (forte recommandation; preuve de haute qualité).

� Xpert MTB/RIF devrait être utilisé plutôt que la microscopie conventionnelle, la culture et

l’antibiogramme comme test de diagnostic initial chez les ENFANTS présumés de TB-MR

ou de TB associée au VIH (forte recommandation; preuve de très faible qualité).

� Xpert MTB/RIF peut être utilisée plutôt que la microscopie et la culture conventionnelle

comme test de diagnostic initial chez tous les ADULTES présumés de TB

(recommandation conditionnelle reconnaissant répercussions sur les ressources;

preuve de haute qualité).

� Xpert MTB/RIF peut être utilisée plutôt que la microscopie et la culture conventionnelle

comme test de diagnostic initial chez tous les ENFANTS présumés de TB

(recommandation conditionnelle reconnaissant répercussions sur les ressources;

preuve de qualité très faible).

� Xpert MTB/RIF peut être utilisé comme test supplémentaire à la microscopie pour les cas

de TB présomptif chez les ADULTES non à risque de TB-MR ou TB associée au VIH,

surtout pour les échantillons à frottis négatif (recommandation conditionnelle

reconnaissant implications sur les ressources; preuve de haute qualité).

Test Test Test Test

XpertXpertXpertXpert

MTB/RIFMTB/RIFMTB/RIFMTB/RIF

TB TB TB TB non non non non

détectéedétectéedétectéedétectée

TB TB TB TB

sensiblesensiblesensiblesensible

TB TB TB TB

détectée; détectée; détectée; détectée;

RIF RIF RIF RIF

sensiblesensiblesensiblesensible

TB TB TB TB

sensiblesensiblesensiblesensible

TB TB TB TB

détectée; détectée; détectée; détectée;

RIF RIF RIF RIF

sensiblesensiblesensiblesensible

�� Régime pour la TBRégime pour la TBRégime pour la TBRégime pour la TB----MR MR MR MR

recommandé par l'OMS, recommandé par l'OMS, recommandé par l'OMS, recommandé par l'OMS,

avec avec avec avec INHINHINHINH; ; ; ;

� Enregistrement comme Enregistrement comme Enregistrement comme Enregistrement comme

TBTBTBTB----RRRRRRRR

•• Traitement de Traitement de Traitement de Traitement de

première première première première ligne ligne ligne ligne

recommandé recommandé recommandé recommandé par par par par

l'OMS;l'OMS;l'OMS;l'OMS;

• Enregistrer Enregistrer Enregistrer Enregistrer comme comme comme comme

TB confirmée TB confirmée TB confirmée TB confirmée

bactériologiquementbactériologiquementbactériologiquementbactériologiquement

Si Si Si Si la la la la TB TB TB TB reste reste reste reste

présuméeprésuméeprésuméeprésumée

Enquête plus Enquête plus Enquête plus Enquête plus approfondie approfondie approfondie approfondie

(CXR, répéter (CXR, répéter (CXR, répéter (CXR, répéter XpertXpertXpertXpert MTB / MTB / MTB / MTB /

RIF, culture, etcRIF, culture, etcRIF, culture, etcRIF, culture, etc.).).).)

Ab au moins Ab au moins Ab au moins Ab au moins pour pour pour pour RIF; INH; RIF; INH; RIF; INH; RIF; INH;

Quinolones; Quinolones; Quinolones; Quinolones; DL DL DL DL injectableinjectableinjectableinjectable

TB TB TB TB

résistant résistant résistant résistant

TB TB TB TB

détectée; détectée; détectée; détectée;

RIF RIF RIF RIF

résistant résistant résistant résistant

Répéter Répéter Répéter Répéter

XpertXpertXpertXpert

MTB/RIFMTB/RIFMTB/RIFMTB/RIF

à à à à Dans Dans Dans Dans groupes groupes groupes groupes à à à à

faible risque de faible risque de faible risque de faible risque de

TBTBTBTB----MRMRMRMR

TB TB TB TB

détectée; détectée; détectée; détectée;

RIF RIF RIF RIF

résistant résistant résistant résistant

� Modifier Modifier Modifier Modifier le traitement en le traitement en le traitement en le traitement en

fonction des résultats fonction des résultats fonction des résultats fonction des résultats de de de de l’Abl’Abl’Abl’Ab; ; ; ;

� Mettre à jour l’enregistrementMettre à jour l’enregistrementMettre à jour l’enregistrementMettre à jour l’enregistrement

� Régime pour Régime pour Régime pour Régime pour la la la la TBTBTBTB----MR MR MR MR

recommandé recommandé recommandé recommandé par l'OMS, par l'OMS, par l'OMS, par l'OMS,

avec INH;avec INH;avec INH;avec INH;

� EEEEnregistrement comme TBnregistrement comme TBnregistrement comme TBnregistrement comme TB----

RRRRRRRR

Ab au moins Ab au moins Ab au moins Ab au moins pour INHpour INHpour INHpour INH, , , ,

quinolones, DL injectablequinolones, DL injectablequinolones, DL injectablequinolones, DL injectable

Dans les groupes Dans les groupes Dans les groupes Dans les groupes

à haut risque de à haut risque de à haut risque de à haut risque de

TBTBTBTB----MRMRMRMR

� Modifier le traitement Modifier le traitement Modifier le traitement Modifier le traitement

en fonction des en fonction des en fonction des en fonction des

résultats résultats résultats résultats de de de de l’Abl’Abl’Abl’Ab; ; ; ;

� Mettre Mettre Mettre Mettre à jour à jour à jour à jour

l’enregistrementl’enregistrementl’enregistrementl’enregistrement

En En En En cas de discordance cas de discordance cas de discordance cas de discordance

sur le résultat sur le résultat sur le résultat sur le résultat RIF RIF RIF RIF

référer lréférer lréférer lréférer l’’’’échantillon échantillon échantillon échantillon

pour le pour le pour le pour le séquençageséquençageséquençageséquençage

Interprétation Interprétation Interprétation Interprétation des résultats du des résultats du des résultats du des résultats du testtesttesttest

Stratégie nationale et objectifsStratégie nationale et objectifs

Planifier l'amélioration des infrastructures

Planifier les achats (durée de vie)

Quantification et prévision des besoins

Développer un système d'approvisionnement (chaine froide)

pour les laboratoires de TB

Quel diagnostics seront utilisés?

A quel niveau -périphérique,

district, régional, central?

Quel algorithme diagnostic sera mis

en œuvre?

Quelle infrastructure doit être établie ou renouvèle?

Combien de laboratoires?

À quel niveau?

Est-ce que le système de transport et de

référence des échantillons est

adapté à ce nouveau plan?

La planification des achats est directement lié au Plan

National pour la TB

Outil de planification et budgétisation pour la TB

Fournit un cadre pour laplanification/budgétisation de chaque composant du programme pour la lutte contre la TB

Système basé sur des menus

Résumé et chiffres produit automatiquement

Choix du pays via un menus qui permet la sélection d’unensemble de donnés épidémiologique/démographique/ financier/historiques, valeurs de défaut et projections

Orientation disponible dans l'outil

Options de l'application pour accroître la facilité d'utilisation

Exemple: Pakistan

Nombre de patients MR (projections)

Quels examens sont nécessaires pour les patients déjà traités?

• Besoin d'estimer le Nr. de personnes déjà traités sur la base des notifications de cas.

• Besoin d'estimer la proportion de résistance à la rifampicine

ex. Pakistan• 14.000 personnes déjà

traités • 30% de résistance à la RIF

parmi les patients déjà traités

• 3% de résistance à la RIF parmi les nouveaux cas

- 14,000 personnes ont besoin d'un Ab rapide - Xpert MTB/RIF, ou LPA - 4,200 personnes (30% de 14,000) (patients TB-MR), ont besoin de culture et Ab pour les médicaments de deuxième ligne- Chaque personne aura besoin de cultures supplémentaires pour le suivi du traitement - jusqu'à 12 cultures par personne, ou 50,400 cultures - Beaucoup plus de tests Xpert sont nécessaires pour détecter le 3% de résistance à la RIF parmi les nouveaux cas – objectif: 20% d'ici au 2015

Quels examens sont nécessaires pour les patients déjà traités?

• 14,000 personnes ont besoin d'un Ab rapide - Xpert MTB/RIF, ou LiPA

• La structure du réseau de laboratoires et le mécanisme de transport /référence permettra de déterminer les tests à utiliser, et à quel niveau du réseau.

• Si le réseau est bien structuré, le test peut être dé-centralisé et les patients déjà traités peuvent être testés avec Xpert MTB/RIF

• Si seulement le niveau central est robuste, une proportion majeure des tests pourrait être renvoyée au niveau central pour le test LiPA(là où la capacité existe déjà)

• On pourrait utiliser une combinaison entre référer l'échantillon pour LiPA, et/ou le test Xpert MTB/RIF de-centralisée

Quels examens sont nécessaires pour les patients avec VIH?

ex. Afrique du Sud

2,500,000 PVVIH en contact avec les centres de soins (Pre-ARV + ARV)

100% % de dépistage envisagée2 No. moyen de visites/PVVIH/an

5,000,000 No. totale des cas qui ont besoin d'un test de dépistage d’après le questionnaire de l'OMS

15% % de PVVIH avec TB présumée (au moins 1 symptôme) 100% % de couverture avec Xpert MTB/RIF (à modifier en fonction de la couverture réelle)

750,000 No. de test Xpert MTB/RIF = No. de PVVIH qui ont besoin d'un test de diagnostic rapide pour TB, i.e. XpertMTB/RIF (en fonction de la couverture avec Xpert MTB/RIF)

20% % de cas de TB attendu (= taux de positivité au Xpert MTB/RIF)150,000 No. de cas de TB attendu parmi les PVVIH avec TB présumée (estimation basée sur XXX% de dépistage,

YYY% de couverture avec Xpert MTB/RIF, et taux de positivité au Xpert MTB/RIF)

90% % de nouveaux cas de TB3% Taux de TB-MR parmi les nouveaux cas

4,050 No. de cas de TB-MR attendu parmi les nouveaux cas

10% % des cas de retraitement30% Taux de TB-MR parmi les cas de retraitement

4,500 No. de cas de TB-MR attendu parmi les cas de retraitement

10 jusqu'à 10 cultures par cas85,500 No. totale de cultures pour TOUS les cas de TB-MR (nouveaux + retraitement)

Planifier l'entretien des installations

• Certification annuelle des Poste de Sécurité Microbiologique (PSM)– Coûts variables selon le pays

• Entretien des centrifugeuses• Entretien de l’autoclave • Calibration des modules du GeneXpert• Vérification du système d’extraction d’air• Entretien des bâtiments

– Pour l'entretien annuel il faut considérer env. le 10% du coût de l'installation/achat

Assistance Technique

• Accords de collaboration• Assurance de la Qualité• Biosécurité appropriée• Algorithmes diagnostiques• Réseaux fonctionnels• Planification rationnelle avec des experts de

laboratoire

Global Laboratory Initiative (GLI) – site web(Initiative Mondiale pour les Laboratoires)

• «What’s new»: publications et informations récentes

• Réseau de Laboratoires Supranationaux de Reference pour la TB• “Expand-TB” et “Déploiement du Xpert MTB/RIF”• Accréditation des laboratoires TB• Ressources

• RECOMMANDATIONS et DOCUMENTS TECHNIQUES de l’OMS• OUTILS de FORMATION («TRAINING PACKAGES»)• MANUELS, LIGNE GUIDE et OUTILS TECHNIQUES

http://www.stoptb.org/wg/gli/default.asp

zalloccod@who.int

Remerciements

Unité de Laboratoire, Diagnostic & Pharmaco-résistance du Programme Mondial de Lutte à la Tuberculose, Genève:

Karin Weyer, Chris Gilpin, Fuad Mirzayev, Wayne van Gemert, Jean Iragena, Fraser Wares, Ernesto Jaramillo, Dennis Falzon, Vineet Bhatia, Henriikka Huttunen, Lynne Harrop

Unité Suivi et Evaluation: Philip Glaziou

Partenariat Stop-TB: Thomas Vergès