La Microbiologie Des Milieux Hydriques Par Melle BENABDALLAH 1

8/14/2019 La Microbiologie Des Milieux Hydriques Par Melle BENABDALLAH 1

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Benabdallah.S

DCE/M

La microbiologiedu

milieu hydrique


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Sommaire

Quelques notions fondamentales importante de la microbiologie

Les microorganismes du milieu hydrique

Importance de ltude approfondie des bactries

Le contrle bactriologique obligatoire et indispensable

Devenir des bactries du milieu hydrique lors des

tapes de traitement

Mthodes dtude des bactries

Le prlvement en bactriologie transport et conservation

Les mthodes en bactriologie de leau


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DCE/M

Quelques notionsfondamentales

importante de la

microbiologie


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Quest ce que la microbiologie ?

La microbiologie :

Science ayant pour objet ltude des microbes

Microbe ou microorganismes :

tous les organismes vivants, de petite dimension,qui ncessite pour leur observation un microscope


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Quest ce que la microbiologie ?

La microbiologie englobe lensemble des disciplines

biologiques qui concernent ces micro-organismes,

notammentla bactriologie, la virologie et la parasitologie.

La microbiologie, qui sest dveloppe avec lala

microscopiemicroscopie, tudie non seulement la morphologie desmicro-organismes, mais galement leur mode de vie, leur

mtabolisme, leur structure molculaire, leurs ventuelles

proprits pathognes et leurs caractristiques

antigniques


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Naissance et essor de la microbiologie

La naissance de la microbiologie correspond la

dcouverte, grce au microscope, de lexistence

dune vie minuscule, notamment dans des gouttes

deau ou autres surfaces :

cest le naturaliste hollandais Antonie Van

Leeuwenhoek qui, le premier, en 1683, observe detels micro-organismes (bactries et protozoaires),

quil baptise animalcules .


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Naissance et essor de la microbiologie

Le dveloppement de la microbiologie est toutparticulirement stimul par les implications mdicales de

la microbiologie. (touche la sant humaine)

Ainsi, les travaux des chercheurs permettent de mettre en

vidence un certain nombre de micro-organismes

pathognes, des bactries, des unicellulaires parasites, etc.

De plus, Pasteur, fait admettre un principe capital pour

lavancement des recherches : les micro-organismes,

comme tous les autres tres vivants, napparaissent pas

spontanment, mais partir de germes existants


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Les eaux des ressources naturelles superficielles ou

souterraines ltat naturel (sans traitement) contiennent

toutes sortes de microorganismes :

Les microorganismes du milieu hydrique

algues microscopiques

protozoaires (parasites)

champignons

bactries

virus

Ncessit de les classifier


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Classification simplifie

Procaryotes

Eucaryotes

Animaux

Algues bleu vert

Algues

Protozoaires

Champignons

Eubactries

Bactries

Structure complexeet diffrencie

Structure simple etrudimentaire


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Principales caractristiques des eucaryotes et procaryotes

Procaryotes Eucaryotes

Bactries Algues p rotozoaires my ctes

T aille de la cellule Gn ralem ent 1 ou 2 m delong

Gn raleme nt 10 ou 100 m delong

Mtabolisme Ana robies ou arobies Arobies

Organites Peu ou pas Noyau- m itochondries chloroplastes

ADN AD N cytoplasm ique circulaire ADN trs long contenant denom breuses rgions non codantes

ARN et proteines AR N et proteines synthtisesdans le m me com partiment

ARN synthtis et assembl dansle cytoplasm e

Cytoplasme Pas de cytosquelette Cytosquelette com pos defilame nts proteiques

Division cellulaire Par de scissiparit Par m i tose

Organisat ioncellulaire

unicellulaire Un icellulaire, et pluricellulaire


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Dimensions des microorganismes

virus

(10m)

bactries(1)

cellulessanguines(10)

protozoaires

(1mm)


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Les algues microscopiques ou phytoplancton

pediastrum duplex

oocystis lacustris

Non obligatoire rechercher (normes)Mais elles sont recherches en gnrale pour :

Dterminer le degr trophique ou de pollution des

eaux superficielles susceptibles d'tre utilises pourl'alimentation humaine

Contrler lefficacit des stations de traitement

liminer le plancton

Rechercher les causes ventuelles de got et d'odeur

dans l'eau


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Les ufs de parasites

Non obligatoire rechercher dansleau potable (normes)Mais elles sont de plus en plus recherches en

gnrale pour

Dterminer une prsence suspecte

surtout des espces parasites

pathognes comme giardia et

cryptosporidium

Dtecter un problme de

fonctionnement de la station de

traitement notamment les filtres

Strongles

Larves


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Les ufs de parasites (obligatoire- eau use)

Le laboratoire de microbiologie procdergulirement la recherche et dnombrement des

ufs dhelminthes dans les eaux uses pour :

vrifier la conformit de ses eaux par rapport aux recommandations

de lOMS visant la protection des agriculteurs et des consommateurs

Le contrle de lefficacit des stations dpuration

Le renforcement du contrle de la qualit des eaux traites.


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Les champignons microscopiques

Non obligatoire rechercherdans leau potable (normes)

Actuellement des tudes sonten cours pour dterminer

leur action sur les gots et

odeurs dans leau

Leur ventuelle toxicit


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Les virus

Non obligatoire rechercherdans leau potable (normes)

Actuellement beaucoupdtudes visent rechercher

les entrovirus et les

bactriophages


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Les bactries

Plan rglementaire : obligatoire rechercherdans leau potable (normes marocaines )

Labsence de bactries

(germes tests tmoin de contamination fcale)indique la potabilit dune eau


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Importance de ltude

approfondie desbactries


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types de bactries

Il est possible de classer les micro-organismes selonleur capacit provoquer ou non des maladies

infectieuses.

Certains microbes sont inoffensifs ou mme utiles :cest le cas de ceux utiliss pour la fabrication de

produits alimentaires (fromage, vin, etc.)

Dautres sont pathognes car ils peuvent provoquer des

maladies infectieuses sils sont transmis lhomme

(bactrie diphtrique, virus de la rage, etc.)


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Place des bactries dans le monde vivant

Exigence nutritionnelle simple

Pouvoir de multiplication considrable

Reprsente une grande partiede la biomasse terrestre

Les bactries

Plusieurs critres les diffrencient les unes des autres

Ncessit de classifier les bactries


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Classification des bactries

Dans la classification standard du monde vivant les

bactries constituent celui des procaryotes, qui se

distinguent des eucaryotes par le fait que leur matriel

gntique (ADN) n'est pas isol du reste du contenucellulaire par une membrane.

On connat environ 1 600 espces de bactries, parmi

lesquelles on distingue deux grands groupes :les archobactries et les eubactries.


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Origine de la classification des bactries

Les bactries, sont gnralement classes partir de diffrents critres

morphologiques ou physicochimiques :

la structure de la paroi cellulaire, qui permet de distinguer les bactries

parois fines, de type Gram ngatif (Gram -), celles paroi paisse de type

Gram positif (Gram +), les formes dpourvues de parois et enfin, celles qui

prsentent des parois constitues d'un matriau diffrent du polypeptide

typique de la plupart des bactries ;

leurs besoins en oxygne : les bactries arobies se dveloppent en prsence

doxygne, et les anarobies en labsence de cet lment ;

leur aptitude former des spores, qui permettent certaines espces de

rsister des conditions extrmes ;

leur forme : sphrique (cocci ou microcoques), en btonnet (bacilles), ouspirale (spirochtes).


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Critres de classification des bactries

Morphologiques

Tinctoriaux

structurale

Trophique

Mtabolique

Aspect des cellules ...

Coloration de Gram...

Aspect de la paroi ...

Arobies, anarobies, htrotrophes ...

Action sur les glucides, les lipides.

Sensibilit

Rsistance

certains agents : oxydants,antibiotiques ...


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Structure des bactries

capsule (ventuelle)

paroi cellulaire

membrane cytoplasmique

ribosomes

msosome

appareil nuclaire

granules cytoplasmiques

vacuoles

cytoplasmecorpuscules mtachromatiques

flagelle (ventu el)


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Morphologie des bactries

d i p l o c o q u e d i p l o b a c i l l e

s t r e p t o c o q u e s t r e p t o b a c i l l e

d i p l o s t r e p t o c o q u e b a t o n n e t s

i n c u r v se x : V i b r i o n

e n t t r a d e s p i r i l l e s

e n g r a p p ee x : s t a p h y l o c o q u e

e x e m p l e s d e f o r m e s e x e m p l e s d ef o r m e ss p h r i q u e s e n b a t o n n e t sC O C C I B A C I L L E


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multiplication des bactries


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Les bactries pathognes

Le pouvoir pathogne des bactries varie considrablementen fonction des espces et dpend la fois de la virulence

de la souche bactrienne et de l'tat de l'organisme hte,

cest--dire de lefficacit de son systme immunitaire.

Il existe environ deux cents espces de bactries pathognes

pour l'espce humaine. Parmi les germes responsables des

maladies les plus graves, on trouve les bactries du cholra,de la fivre typhode


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Les microorganismesdu milieu hydrique


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Les bactries du milieu hydrique : 3 origines

Origine purement aquatique : parfaitement adaptes auxconditions de temprature et aux concentration des diffrents

nutriments

Origine terrestre avec des facults dadaptation ou de rsistancequi leur permettent de survivre et mme se dvelopper dans le

milieu aquatique

Origine animale ou humaine : ce sont des germes de contamination

le plus souvent fcales dont la temprature normale dedveloppement est de 37 C environ et qui sont accoutumes un

milieu nutritif riche en matire organique. On parlera de survie de

ces microorganismes dans leau et non de multiplication ou

dveloppement


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transmission des microorganismes

La transmission par contact entre un sujet infect et un sujet sainLe contact est direct lorsquil y a attouchement entre un sujet malade et un sujet

sain

Le contact peut-tre indirect, lorsquun objet a servi de lien entre le sujet malade

et le sujet sain. (seringue, )

Les autres voies de transmission

par arosol ;

Dans ce cas, les micro-organismes pathognes sont transmis par des gouttelettes

de mucus mises lorsque le sujet infect tousse, ternue ou parle. Exemple : la

grippe.

par leau ;

De nombreux germes pathognes sont transmis par leau : cholra, amibes,

poliomylite, etc.


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transmission des microorganismes

par lalimentation ;Le lait et les produits laitiers provenant danimaux infects transmettent la

tuberculose bovine, la brucellose.

par le sol ;

Le sol hberge de nombreux micro-organismes qui peuvent tre transmis : agentsdu charbon, du ttanos, etc.

par des vecteurs animaux.

Il peut sagir dun simple transfert de microbes dun animal infect sur un sujet

sain ou sur un objet : la mouche transporte ainsi, sur ses pattes, des microbesquelle rcupre quand elle pond sur des matires fcales.

Lorganisme est ainsi constamment confront la possibilit de pntration

(contamination) dlments manant de son environnement.


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vie survie et mort des bactries dans leau

Dans les eaux naturelles (souterraines ou de surface),dans les eaux traites (avant ou sans traitement)

La varit des bactries rencontres est infini

Sur le plan sant publique :

Bactries htrotrophes

Indicateurs de pollution

Pathognes


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vie survie et mort des bactries dans leau

Peuvent survivre + ou longuementmais jamais se multiplier

Ex : E Coli :survivent + ou durablement

Bactries htrotrophes

Indicateurs de pollution

Pathognes

Appartiennent plusieurs espces

et groupes donc impossible

classifier dans ce sens


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caractristiques des micro-organismes

Persistance dans l eauds quils quittent l organisme hte les org pathognes perdent

graduellement de leurs vitalit et de leur pouvoir infectant .

Leur persistance dans leau dpend de plusieurs facteurs comme la

temprature, les UV

dose infectanteen gnral dans l eau les pathognes sont trs disperss

valeur guideles pathognes ne sont pas en solution mais sous forme de particules spares

les pathognes sont agglomrs et s attachent aux solides en suspension

la relation des doses effet des pathognes n est pas cumulative ect...


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infections d origine hydrique

les germes pathognes ont le pouvoir de s implanter, de semultiplier chez l homme et de produire des troubles

dans le cas des maladies hydriques les agents contaminateursproviennent habituellement du tube digestifs de l homme ou del animal et sont limins principalement dans les matires fcales

pour dclencher une infection intestinale aigue, le micro-organisme doit coloniser le tube digestif et des doses ingresinfectieuses

Maladies / troubles / signes cliniques


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Les micro-organismes pathognes de l eau

F i v r e s t y p h o d e s e t p a r a t y p h o i d e s

D y s e n t e r i e b a c i l l a i reC h o l r a

G a s t ro - e n t r iq u e s a i g u e s e t d i a r r h e s

S a l m o n e l la t y p h iS a l m o n e l l a p a r a ty p h i A e t B

S h i g e l laV i b r o c h o l r a e

E . c o l i e n t r o t o x i n o g n eC a m p y l o b a c t e r je n u j e n i / c o l i

Y e r s i n i a e n t e r o c o l i t ic a

S a l m o n e l l a s pS h i g e l la s p

O r ig i n e v i r a l e

H p a t i t e s A e t EP o l io m y l i t e s

G a s t ro - e n t r i t e s a i g u e s e t d i a r rh e s

V i r u s h p a t it e A e t EV i r u s p o l io m y e l it iq u e

V i r u s d e N o r w a l kR o t a v i r u sA s t r o v i r u sC a l i c i v i r u s

C o r o n a v i ru sE n t r o v i r u sA d n o v i r u s

R o v i r u s

O r ig i n e p a r a s i t a i r e

D y s e n t e r i e a m i b i e n n eG a s t r o - e n t r i t e s

E n t a o m o e b a h i s t o l y ti c aG i a r d i a l a m b l i a

C r y p t o s p o r id i u m

M a l a d i e s A g e n t s

O r ig i n e b a c t r ie n n e


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Le contrlebactriologique

obligatoire etindispensable


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ncessit du contrle bactriologique

parmi tous les critres physiques, chimiques et microbiologiquesqui permettent de juger si une eau est potable , les critresbactriologiques sont indispensables.

l eau destine la consommation humaine ne doit pas contenirde micro-organismes pathognes, agents d infections humainesredoutables

la grande majorit de ces org nocifs diffusent dansl environnement aquatique par l intermdiaire de souilluresfcales humaines ou animales.


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Les org pathognes pour l homme, susceptible de souillerl eau de boisson sont par exemple :

les salmonelles,

les vibions cholriques,

Yersinia

entrovirus

giardia

kystes amibiens ...

Ces org sont difficiles mettre en vidence dans

l eau car ils sont peu nombreux et parce que la

souillure n est le plus souvent qu intermittente


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Les org pathognes sont difficiles mettre en vidence dans l eau carils sont peu nombreux et parce que la souillure n est le plus souvent

qu intermittente

ces agents pathognes sont d origine fcale

ncessit de trouver des germes plus facile rechercher et ayant la mme

origine fcale

germes tmoins de contamination fcaleleur prsence dans leau : doute sur la potabilit (en gnral, ces

germes accompagnent les germes pathognes )


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germes tmoins de contamination fcale

Les org les plus reprsentatifs sont :

les coliformes totaux

les coliformes fcaux ou thermotolrants

les streptocoques fcaux

grande importance sanitaire

spcificit et une sensibilit diffrente

recherche simultane permet une meilleureinterprtation des rsultats

NB. L analyse est complte gnralement par la recherche deBHR (37C et 22C)


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Choix des germes tmoins de contamination fcale en fonction de

leurs exigences

pidmiologique :les tudes devraient tablir la relation qui existe entre un indicateur, sa nature, son taux et laprobabilit d apparition d infections dans une population

cologique :doit tre spcifique d une contamination fcale, et tre toujours absent d un environnement nonpollu. Doit exister avec d autres germes et tre sensibleson taux doit tre lev , plus que celui des pathognes

bactriologique :il doit tre plus rsistant aux dsinfectants que les pathognes. Il sera incapable de se multiplierdans l eau

taxonomique :

il doit tre parfaitement reconnu et class en tant qu espce selon les critres bactriologiques encours

techniques :doit tre facile dtecter, rapidement et au moindre cot. Doit tre capable d se Xsur des milieuxusuels slectifs ou non doit tre identifiable sans ambigut l aide de raction ou de tests simple.(Cf. techniques)


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les coliformes totaux

Ceux sont des Enterobacteriaceabacille GRAM ngatif

non sporuls

oxydase ngative

arobies ou anarobies facultatif

capable de se multiplier en prsence de sels biliairescapables de fermenter le lactose avec production d acideet gaz en 48 heures une temprature de 35 37C

il existe dans ce groupe des bactries d origine fcale etdes bactries d origine non fcale

limite lutilit de ce groupe comme indicateurs de pollutionfcale


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les coliformes fcaux

Ceux sont des Enterobacteriacea

bacille GRAM ngatifnon sporuls

oxydase ngative

arobies ou anarobies facultatif

capable de se multiplier en prsence de sels biliaires

capables de fermenter le lactose avec production d acide et gazen 48 heures une temprature de 41 44C

( germes thermotolrants)

exclusivement d origine fcale

groupe le plus important comme indicateurs de pollution fcale

l identification pousse des espces est importante, elle permet de classer

ces CF selon leur origine


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classification traditionnelle des coliformes d origine fcale

Genre espece remarque

Escherichia

Klebsiella

Enterobacter

Citrobacter

E.Coli

K. pneumoniaeK. oxytoca

E. cloacaeE. aerogenes

C. freundiC. koseriC. amalonatica

rare

rare

seul un petit nombre de genre et d espces sont rpertoris dansce tableau

en ralit les donnes taxonomiques modernes (nouvelles techniquesde biologie) montrent que ce nombre est beaucoup plus lev : + de

50 espces


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classification moderne des coliformes d origine fcale

C o l i f o r m e s d o r ig i n ef c a l e

C o l i f o r m e s d o r i g i n ea q u a t i q u e o u t e l l u r i q u e

C o l i f o r m e s i s o l s e nc l in i q u e : c o l o n i s a t e u r s

o u p a t h o g n e s

o p p o r t u n i s t e sE s c h e r ic h i aE . C o l i

E . f e r g u s o n i iE . h e r m a n i iE . v u l n e r i s

C i t ro b a c t e rC . f r u n d i iC . k o s e r iC . a m a l o n a t i c u sE n t e r o b a c t e rE . c lo a c a eE . a e r o g e n e s

E . a m n i g e n u sE . d i s s o l v e n sE . i n t e r m e d i u sE . n i m i p r e s s u l a r i s

E . a s b u r i aE . g e r g o v i aE . h o r m a e c h e iE . s a k a z a k i iE . t a y l o r a e

K l e b s i e l l aK . o x y t o c aK . p n e u m o n i a e s a lm o n e l l a

K . p l a n t ic o l aK . t e r r i g e n a

K . o r n i th i n o l y t ic aK . o z e n a e

Y e r s i n i aY . e n t e r o c o l i t i c a Y . a l d o v a e

Y . b e r c o v i e r iY . f re d e r i k s e n i iY . i n t e r m e d i aY . k r i s t e n s e n i iY . m o l l a r e t iY . r o h d e i

S e r r a t ia S . f o n t i c o l aS . g r im e s i iS . l i q u e f a c i e n sS . p l y m u t h i c aS . p r o t e a m a c u l a n sS . r u b i d e aB u d v i c i a a q u a t ic aB u t t i a u x e l l a a g r e s t isH a f n a i a l v e iL e c l e r c i a a d e c a r b o x y l a t aP a n t o e a a g g l o m e r a n sP . d i s p e r s aR a h n e l la a q u a t il i sT r a b u l s ie l la g u a m e n s i s

S . m a r c e s c e n sS . o s o r i f e r a

E w i n g e l la a m e r i c a n aK l u y v e r a a s c o r b a t aK . c ry o c r e n s e n sK o s e r e l la t r a b u l s i i

T h e r m o t o p h e s o u

t h e r m o t o l r a n t s

P s y c h o t r o p h e s o u

p s y c h o t o l r a n t s

M s o p h i l e s o u

t h e r m o t r o p h e s o up s y c h r o t r o p h e s


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les streptocoques fcaux

on distingue 2 genres

streptococcusenterococcus

tmoins plus rsistants E.Coli

ceux sont des germes tmoins de contamination fcale

ils se multiplient rarement dans l eauindicateurs supplmentaires de l efficacit du traitement

groupe indicateurs supplmentaires pour des rsultats douteux pour les CF

les SF tant trs rsistants la dessiccation ils peuvent tre utile pour lescontrles la suite de la pose de nouvelles canalisations ou lorsque des

rparations ont t effectues dans le rseau


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les clostridiums sulfito-rducteurs

appels aussi : Cl anarobies sulfito-rductrice ou Cl perfringens esthabituellement pris en compte dans les rglementations destines garantir la potabilit des eaux

ne sont pas d origine exclusivement fcale

les spores de Cl survivent dans l eau (+ que les CF)

ils rsistent la dsinfection (+ que les CF ou SF)

groupe indicateurs supplmentaires pour des rsultats douteux pour les CF et SFcapables d indiquer une pollution intermittente ou distanceOMS ne recommande pas de faire leur recherche en routine

les Cl tant rsistants la dsinfection, leur prsence dans les eaux dsinfectespeut indiquer un traitement dficient et que des pathognes ont pu galement

survivre


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les bactries htrotrophes revivifiables

appels aussi : germes totaux2 types fondamentaux

les germes saprophytes qui se dveloppent 22C (ge rmes spcifiques l eau)les germes dits pathognes qui se multiplient 37C(germes d origine fcale, se X 37C)

le dnombrement des bactries est souvent considr comme accessoirecomparativement aux autres tests

donnent une indication sur la salubrit gnral du milieu

une seule numration des BHR est non significative

c est la comparaison des chiffres obtenus sur des chantillons de la mme eau prleve desmoments diffrents de l anne dans des conditions diffrentes peut apporter des lments

d apprciation sur la protection de la nappe ou du rseau de distribution


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DCE/M

Devenir des bactriesdu milieu hydrique lors

des tapes de traitement


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Les caractristiques propres aux microorganismestendance se fixer, dcanter sagrer .

va jouer un rle trs important dans leur devenir

La paroi des bactries (mme les virus) charge ngativement permetla neutralisation des bactries au cours de la coagulation /floculation

par les collodes amens par le traitement

une grosse partie des bactries est donc limine ds les premierstraitement : dcantation coagulation et floculation

Remarque : en ce qui concerne les parasites leffet mcanique de lafiltration est nettement plus important que pour les bactries et les

virus tant donne la taille des protozoaires


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mode d action des oxydants

le mode d action est trs mal connu car il y a un grand nombre de

variables interfrentesnature de la ciblede la concentration de l oxydant et du temps de contactdes conditions exprimentales

mcanisme d inactivation des bactries

Le mcanisme peut s oprer sur les diffrentes structures :la membrane cytoplasmique (cible prfrentielle), -

augmentation de la permabilit cellulaire, pntration de l oxydant vers le cytoplasme

le enzymes intervenant dans le cycle respiratoire

les acides nucleiques (ADN et ARN)


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DCE/M

rsistance des micro-organismes aux oxydants

La dsinfection a pour ambition d inactiver les micro-organismes pathognes

la rsistance de certains micro-organismes aux dsinfectants dpend denombreux facteurs :

la tempraturela nature de l organisme

son tat physique ou physiologique (fix, libre )

les bactries sont plus sensibles aux dsinfectants que les virus

les virus sont plus sensibles aux dsinfectants que les kystes de protozoairespathognes comme giardia ou cryptosporidium

les org fixs sur un support sont + rsistants aux dsinfectants que les orglibres


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Mthodes dtude desbactries


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mthodes d tude des bactries au laboratoire

Dans le but de connatre la forme, le mtabolisme, la structure des bactries plusieurs techniques de plus en plus perfectionnes sont employes

Culture des bactries au laboratoireMicroscopie photonique

Microscopie lectronique

Au laboratoire techniques d isolement , d identification et de conservation dessouches

technique de la membrane filtrantetechnique du nombre le plus probabletechnique d incorporation en glose

technique d identification des entrobacteriacea par le systme API 20 E


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tude des bactries grce au microscope

observation l tat frais :une seule observation est possible avec l objectif X100 . Les bactries sont montesentre lame et lamelles avec un liquide physiologique par exemple. Elle concerne la mobilitet la non mobilit des bactries. Il n est pas possible de distinguer la forme

observation d un frottis :les bactries sont sches et fixes sur une lame puis colores2 types de coloration

coloration simple : ex bleu de mthylnecoloration complexe : coloration spcifique ou coloration de GRAM . On peutdistinguer les colonies roses : Gram - et les colonies violet : Gram +

Microscope photonique

Microscope lectroniqueTechnique qui ncessite une prparation pralable

fixationcoupe ultra fine

visualisation de la structure interne et externe


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Examen des bactries au microscope

Le microscope est un instrument fondamental dans l'tude desbactries.

Cette technique fut dterminante dans l'tude et l'identification

des bactries. La prparation est d'abord dpose sur une lame deverre, puis colore aprs schage pour tre plus facile observer.

Les colorations utilises peuvent avoir une relative spcificit.

Le microscope lectronique, grce ses grossissements beaucoupplus importants que ceux des microscopes ordinaires, a aussi

constitu un progrs considrable.


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Coloration de gram

La mthode de coloration mise au point par Hans Christian Gram (1853-

1938) permet de distinguer deux types fondamentaux de bactries : celles

dont la paroi est paisse (comme Lactobacillus acidophilus qui apparat

ici en bleu fonc), ou bactries Gram positives, et celles dont la paroi est

trs mince, les Gram ngatives.


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tude des bactries grce la culture au laboratoire

l tude des bactries a connu son plein essor partir du moment ou furent mises aupoint les techniques d isolement au laboratoire

dcouverte des milieux de culture liquide et solide

les milieux de culture liquides ou solides contiennent des substances nutritivesindispensables la croissance des bactries

les milieux liquides sont rparti dans des tubesles milieux solides sont rparti dans des boites de ptri

la croissance des bactries se manifeste par un trouble du milieu liquide et par laprsence de colonies caractristiques dans le cas des milieux solides


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les milieux de culture

Leur composition varie en fonction du but que l on veut atteindre (mettre en vidence tel ou tel germe)et des besoins que requiert la bactrie

milieu d isolement : mise au point de milliers de milieux de culture empiriques.cesmilieux de culture sont commercialises sous forme de poudre

ex : le bouillon nutritifmilieu simple trs riche en composants nutritif, trs utilis en analyse bactriologique

extrait de viande de buf

peptone trypsiquechlorure de sodium

milieu slectif ou d enrichissementil s agit de milieux qui favorisent la multiplication de telle ou telle bactrie en mettant dans le milieudes nutriments spcifiques de la bactrie ou en mettant un inhibiteur chimique.

ex : le tergitol 7 TTC

milieu simple qui permet la recherche des bactries coliformes tergitol 7 , a un effet bactricide sur les germes GRAM -le TTC permet la reconnaissance rapide des colonies jaune avec halo jaune

milieu d identification :milieux qui servent mettre en vidence 1 ou plusieurs proprits chez les bactries ex : Kligler pourla recherche de la fermentation d un sucre.Actuellement les galeries de type API 20E, systme perfectionn est de plus en plus utilis


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Prsence des bactries dans leau

Se manifeste par : augmentation de la taillemais aussi du nombre de cellules

Vie et prsenceDes bactries

Colonies Trouble du milieu


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Le prlvement enbactriologie


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le prlvement en bactriologie

on dit trs souvent : lanalyse commence au prlvement . Limportancede l chantillonnage est capitale :

a quoi serviraient les efforts prodigus pour avoir des moyens analytiquesfiables , prcis et reconnus si l chantillon est contestable ou si le rsultatne peut tre reli de faon sre la matire d origine dont on recherche les

caractristiques ???

le prlvement bactriologique est trs important car il faut veiller ce que les

chantillons soient le plus reprsentatifstrois types de questions se posent :

quelles prcautions prendre pour que le prlvement destin lanalysesoit correctement reprsent ??

Comment viter que l chantillon soit modifi avant son arrive aulaboratoire ??

Quelles informations doivent tre consignes par crit pour s assurer de

la rponse aux deux questions prcdentes ??


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Prcautions prendre

I - Flacons de prlvements

- les flacons en verre ou en matire plastique conviennent- le lavage et rinage des flacons ne doit pas laisser de rsidu toxiqueou inhibiteur pour les bactries

- le volume l plus frquent est 500 mL

- le bouchon doit tre parfaitement tanche et ne doit pas fuir sous la

pression

strilisation par la chaleur :- l autoclavage (121C, 20 minutes en vapeur humide)

- le chauffage en chaleur sche pendant 1 heure et demi 2 heures 175C est le plus commode pour la verrerie vide

CQA :

- un CQA permettant d assurer le lavage adquat et la bonne

strilisation doit tre effectu


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Prlvement au robinet

- les conditions d asepsie maximum doivent tre assures : propret des

mains, protection contre les courants d air, protection contre lesclaboussures

- aucune souillure ne doit aller de la surface externe du robinet versl chantillon d eau : enlever les salets, les brises jets

- un flambage du robinet assure une dsinfection externe

- laisser couler leau en dbit maximum pendant 5 10 secondes puis laissercouler dbit moyen pendant 2 3 minutes puis faire le prlvement.

- ne pas remplir au maximum le flacon, le 1/4 doit rester vide pour pouvoireffectuer une agitation avant analyse

- le rebouchage doit tre immdiat et ne pas se servir du flacon pour faire lesautres paramtres sur place (T, pH)


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prlvementdans les puits et forages

connatre la nappe :il faut d abord remplacer l eau du puits par l eau de nappe, aussi, il faut faire unpompage prolong. La lgislation prconise 30 heures au dbut d utilisation du puits. Ilfaut obtenir 2 ou 3 renouvellement du volume dans le puits au minimum avant deprlever par immersion d un flacon lest

qualit de l eau chez l usager :cette qualit ne dpend pas de la qualit de la nappe car des modificationsmicrobiologiques prennent place dans le puits lui mme. Par ailleurs descontaminations externes ( oiseaux ruissellement, rongeurs, seaux ) peuvent survenirsi des prcautions ne sont pas prises

les flacons lests qui sont utiliss sont striliss( flacons +lest + corde) sont striliss

RemarqueRemarque : si les puits ou forage sont quips d une pompe de refoulement, leprlvement est ralis comme dcrit pour un robinet


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prlvementdans les lacs, rivires, meruses

Lune des principales sources de variation tient l absorption prfrentielle des particules sur les particulesfines.

Les praticiens recommandent de plonger le flacon de prlvement col vers le

bas jusqu a 20 30 cm sous la surface puis de le redresser pour prsenter lecol vers l amont

le flacon est maintenu en gnral contre courant

remarque :pour le prlvement des eaux uses, il est en gnral recommand d utiliserdes gants striles et ce pour viter la contamination du prleveur


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fiche de prlvement

le prlvement est toujours accompagn d une fiche derenseignement qui indique

la localit ou lieu de prlvement

le point spcifique de prlvementnature de l eaul originedate et heure du prlvementnom du prleveur

et tous les rsultats des PSP (temprature, pH)

observations ou anomalie notes sur le lieu du prlvement


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Transport etconservation des

chantillons


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transport des chantillons

l analyse bactriologique doit tre commence le plus rapidement possible aprs le

moment ou l eau est prleveds la mise en flacon des phnomnes se produisent qui vont modifier sa teneuroriginelle en germes

la tempratureLe prlvement a une charge originelle en germes, avec l augmentation de latemprature, les bactries exigeant une Tleve po ur se Xet se dvelopper audpend des autres germes (ex: E.Coli). Le nombre d E.Coli va augmenter rapidement,alors que les bactries saprophytes vont voir leur nombre baisser

pour viter tous ces phnomnes majeurs, il faut bloquer en maintenant l eauprleve une temprature telle qu aucune Xde germ es ne sera possible

la temprature conseille est de +4Cles chantillons peuvent tre mis dans des glaciaires jusqu arrive au laboratoire

l analyse au labo doit tre fait le + rapidement

au maximum 24 heures aprs le prlvement


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Conservation des chantillons

la temprature de conservation conseille est de +4Cles chantillons peuvent tre mis dans des glaciairesjusqu arrive au laboratoireVeillez a ne pas contaminer lchantillon

l analyse au labo doit tre fait le + rapidementau maximum 24 heures aprs le prlvement


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Conservation des chantillons

il faut que l chantillon soit le plus reprsentatif du milieu, les changements l intrieur de l chantillon doivent tre rduits au maximum

pour tous les types d eau traite, naturelle, use l chantillon destine l analyse bactriologique ne doit pas tre congel

les chantillons doivent tre maintenus une temprature basse de 4C environ( rfrigrateur pour la voiture)

les analyses doivent commencer le plus tt possible, immdiatement l arrivede l chantillon au laboratoire

chaque retard doit tre pris en compte dans l interprtation des rsultats etsignal dans le rapport


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mthode de la membrane filtrante

Entonnoir rservoir

Membrane filtrante

Support mtallique

Robinet

Bouchon en caoutchouc

Fiole vide

Vide

Plaque poreuse

Mthode qui consiste filtrer un volume dtermin de l chantillon travers unemembrane de 0, 45 m de porosittoutes les bactries prsentent sont retenues la surface de la membrane

cette membrane est ensuite mise sur des milieux de culture glos appropriincubation des boites aux tempratures diffrentes selon les germes recherchs


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mthode du nombre le plus probableMthode statistique

Mthode qui consiste ensemencer un volume dtermin d chantillon ou ses dilutions dans destubes contenant des milieux appropris

on place ensuite ces tubes l tuve des tempratures diffrentes selon les germes recherchs

toutes les bactries ventuellement prsentes sont rvls par des proprits caractristiques quileur sont propres

exemple pour les coliformes , leur prsence est rvle par la prsence du trouble du milieu et la

prsence de gaz dans la cloche

on compte le nombre de sries de tubes positifs et le nombre de sries de tubes ngatifs et onobtient les rsultats en extrapolant sur une table statistique appele : table de MAC CRADY


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mthode d incorporation en glose

Mthode qui est utilise pour tous les types d eau

mthode qui permet de faire un dnombrement des bactries vivantes sans faire dedistinction entre les diffrentes espces

cette mthode permet de dnombrer les bactries vivantes mais celles qui arrivent se Xsur glose seulement

elle s effectue en dposant sur une aliquote d un chantillon dans une boite de ptri laquelle est ajout de la glose nutritive maintenue liqufie environ 45 C.

La boite de ptri est ensuite agite doucement afin de rpartir uniformment lesbactries dans tout le volume de milieu disponible

la boite de glose est laisse refroidir sur une surface et ensuite incubes unetemprature de 22C et 37C pendant 24 et 72H

le nombre de colonies est compt et les rsultats sont exprims en UFC/mL

La Microbiologie Des Milieux Hydriques Par Melle BENABDALLAH 1

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