Introduction partie I: Quest-ce que lIRM cérébrale? Oury monchi, PhD Centre de Recherche, Institut...

Introduction partie I:Qu’est-ce que l’IRM cérébrale?

Oury monchi, PhD

Centre de Recherche, Institut Universitaire de Gériatrie de Montréal & Université de Montréal

RAD6005 – Introduction à l’IRMf

Plan du cours RAD6005, hiver 2014

11 conférences de 3 heures

5 travaux pratiques de 3 heures devant ordinateur

1 examen devant ordinateur (30%)

1 présentation (10%)

1 examen écrit (70%)

3 crédits

9 avril9 avril

21 avril21 avril

24 et 31 mars

24 et 31 mars

Cours théoriques1. (13 janvier) ‐‐‐‐‐‐ Introduction IRM et anatomie

2. (20 janvier) ‐‐‐‐‐‐ Introduction aux contrastes d'IRM (Dr. Rick Hoge)

3. (27 janvier) ‐‐‐‐‐‐ Reconstruction d'images (Dr. Rick Hoge)

4. (3 février) ‐‐‐‐‐‐ BOLD et devis expérimentaux

5. (10 février) ‐‐‐‐‐‐ Prétraitement

6. (17 février) ‐‐‐‐‐‐ Analyses d'images IRMf

7. (10 mars) ‐‐‐‐‐‐ Normalisation

8. (17 mars) ‐‐‐‐‐‐ IRM structurelle

9. (24 mars) ‐‐‐‐‐‐ ***Présentations orales 1***

10. (31 mars) ‐‐‐‐‐‐ ***Présentations orales 2***

11. (7 avril) ‐‐‐‐‐‐ Etudes de connectivité par IRMf (Dr. Pierre Bellec)

11. (21 avril) ‐‐‐‐‐‐ **Examen théorique**

Ateliers informatiques(Jean-Sebastien Provost)

1. Vérification des données et pré-traitement (19 février)

2. Modèle linéaire (26 février)

3. Moyennage et normalisation (12 mars)

4. Seuillage et visualisation des données (19 mars)

5. Repérage des zones et report des résultats (26 mars)

6. Examen pratique (données à analyser, 9 avril)

Résolutions temporelles et spatiales

Chaque technique a une résolution temporale et spatiale différente.

Études anatomiques

Études Fonctionnelles

Études physiologiques

Techniques d’IRM

Pas couverts dans ce coursPas couverts dans ce cours

Notre Siemens

3T

Histoire La première image IRM a été publiée en

1973

La première image d’un sujet humain a été complétée en 1977 et a pris presque 5 heures à acquérir (Damadian et al.)

En 2003, Dr. Paul Lauterbur et Sir Peter Mansfield ont reçu le prix Nobel pour leur découverte

Bobine de radiofréquence

La bobine de radiofréquence nous donne différents champs de vision dépendemment de sa forme

Principes de base de l’IRMAimant: Champ magnétique (B0) très puissant (de 1 à 7T)

et homogène, qui va inciter les protons d’hydrogène à s’aligner. **Champ magnétique de la terre = 0.00005T!!**

Bobine de radiofréquence: envoie une impulsion (B1) à la fréquence de résonance de l’hydrogène. Après être entrés en état de résonance, ces protons reviennent à leur état de base à des vitesses différentes suivant le tissu dans lequel ils se trouvent. Ceci génère un contraste (p.ex. T1)

Bobine de gradients: le signal généré par la RF ne nous donne pas d’information spatial en temps que tel, ce sont les bobines de gradients alignées sur trois axes (x,y,z) qui nous permettent de le faire.

• Spins des protons d’Hydrogène

IRM: Principes de Base

• Spins des protons dans le champ statique B0


• Effets de radiofréquences en résonance


• Temps de relaxation des spins (T1 et T2)


• Temps de relaxation de T1 et T2


Principes de base de l’IRMGradients:

Chaque gradient crée un champ dans une direction différente. Il y en a donc trois, pour couvrir les trois axes.

IRM: Sécurité

Le champ magnétique B0 est toujours présent, même lorsque le scanner n’est pas en marche.

Ceci veut dire que tout métal est interdit à tout temps dans la salle d’IRM

IRM: Sécurité

Différentes méthodesAnatomie

Peut être acquise avec différents contrastes (T1, T2, PD) donne des informtions complémentaires, ou anatomie vasculaire

Voxel-based morphometry (méthode d’analyse)Méthode pour regarder les différences de volume de matière blanche ou grise entre plusieurs cerveaux

DTI (imagerie à tenseurs de diffusion)Sert à regarder les fibres de la matière blanche

SpectroscopieUtilise les “spins” d’autres molécules que l’hydrogène (tel que le carbone) pour créer une image

Anatomie: T1

Anatomie vasculaire

Voxel Based Morphometry

Brenneis et al., 2004 - JNNP

Imagerie en tenseurs de diffusion (DTI)

Spectroscopie

Imagerie en résonance magnétique fonctionnelle

(IRMf)

Principes de base de l’IRMf

On connait une relation entre l’activité cérébrale et le taux d’hémoglobine déoxygéné dans le sang

Début des années 90, il a été découvert qu’une séquence d’impulsions produites par l’IRM pourrait mesurer le taux d’hémoglobine déoxygénée

Ceci a donné naissance au Blood Oxygenation Level Dependent (BOLD) fMRI, ou T2*, qui nous donne une mesure indirecte de l’activité cérébrale

Principes de base de l’IRMf

Principes de base de l’IRMf (BOLD)

Arterial spin-labeling (ASL)Utilise des pulses de RF sélectionnés spécialement

pour marquer le sang artériel qui circule dans le cerveau.

Nul besoin d’injecter un agent de contraste (Comme en PET ou SPECT)

Les mesures de flux peuvent s’acquérir rapidement

Principes de l’ASL

1. Marquer le sang arteriel rentrant par inversion magnétique

2. Acquérir l’ image marquée

3. Répéter l’éxpérience sans marquage

4. Acquérir l’image contrôle

K.J. Bangen et al. / Neurobiology of Aging 30 (2009) 1276–1287

Principes de base de l’IRMfPour pouvoir

visualiser un effet, il faut moyenner beaucoup de sujets avec beaucoup de runs chacun

Types de dessins expérimentaux et analyses

Dessins expérimentauxBlock design (dessin en blocks)

Comparaison de longues périodes (ex 16s) d’une condition avec une longue période d’une autre condition

Approche traditionnelleLe plus puissant en termes statistiquesDépend moins du modèle hémodynamique créé

Event-related design (dessin évènementiel):Comparaison de conditions à périodes courtes (ex 1s)Plus récent environ 1998Moins puissant statistiquement, mais a beaucoup

d’avantages

Dessins expérimentaux

Dessin en

blocks

Dessin évènementiel espacé

Dessin évènementi

el mixte

AnalysesCorrection du mouvement

Chaque sujet bouge un peu pendant la sessionSi une structure est à une place au début et une autre à

la fin, les analyses ne seront pas valides

“Smoothing”, ou lissage

NormalisationChaque cerveau est différent, il faut qu’ils se ressemblent

pour pouvoir les comparer les uns aux autres

Application d’un modèle linéaire

Création de cartes statistiques

Pre-processin

g

Analyses

Modeling the expected response (fmridesign)

(From Dr. J. Armony)

Modeling the data (GLM)

(From Dr. J. Armony)

Connectivité

Connectivité fonctionelle: On choisit une région

d’intérêt, et on voit quelles régions corrèlent avec

On ne verrait pas de différence entre ces deux situations

Connectivité effective: On choisit plusieurs région

d’intérêt et une région avec laquelle on pense qu’elle corrèle, et on regarde si c’est une corrélation directe ou non

On peut voir la différence entre ces deux situations

Connectivité

Le but est d’identifier les régions qui se co-activent – i.e. d’après le modèle linéaire, quelles régions varient ensemble?

Importance des hypothèses

“Science sans conscience n’est que ruine de l’âme!” (François Rabelais)

Une expérience sans question ou hypothèse ne sert pas à grand chose et peut être coûteuse!

L’important c’est la question, si l’IRMf peut y répondre. Il faut savoir faire des dessins expérimentaux appropriés.

Importance des hypothèses“We are also believers in good old-fashioned experimental

design, like those dreaded psychophysicists that you keep mentioning. We try to teach our students that the most amazing patient or the most advanced method is useless if you don’t design the experiments right. Which may seem obvious, but apparently it isn’t always!”

“I worry that many of my colleagues have become so entranced with neuroimaging that they think cognitive neuroscience is just cognitive neuroimaging. This is really unfortunate because there are fundamental questions that imaging can’t answer and patient-based research can.”

Prof. Martha Farah

Variations dans l’IRMf

Attention: Attention les différences BOLD entre 2 groupes surviennent des différences d’activité neuronale, mais aussi différences dans le métabolisme chez les individus.

Cette différence augmente si l’on compare des individus d’âge différent ou atteints de maladies différentes

Certains chercheurs essaient de répondre à cette question, en faisant d’autres types d’acquisitions qui s’intéressent plus spécifiquement au métabolisme (ex Dr. Rick Hoge au CRIUGM)

Paramètres Nécessaires lors Paramètres Nécessaires lors de la Publication d’Articles en de la Publication d’Articles en

IRMfIRMf

Paramètres Nécessaires lors Paramètres Nécessaires lors de la Publication d’Articles en de la Publication d’Articles en

IRMfIRMf

Théorie proposéeThéorie proposéeMonitoring/Monitoring/associationassociation

Comparaison/Comparaison/SélectionSélection

AssociationAssociationstimulus/actionstimulus/action

OrganisationOrganisationdans la mémoire dans la mémoire

de travailde travail

Planification,Planification,sélection ou sélection ou

exécution d’une exécution d’une nouvelle action nouvelle action

NiveauxNiveaux

PutamenPutamen

CORTEXCORTEXPréfrontalPréfrontal

Caudé Caudé ventralventral

Caudé Caudé dorsaldorsal

DorsalDorsal9, 469, 46

VentralVentral47/1247/12

PostérieurPostérieurint 6, 8, 44int 6, 8, 44

STRIATUMSTRIATUM

Montreal Card Sorting Task, Étude I

Cue card

• Retrieval w/o shift

• Retrieval w/ shiftvs

Monchi et al., Ann. Neurol., 2006

Prédictions

avec changement: CPF-VL+ Noyau caudé

sans changement: CPF-VL, PAS de striatum

Montreal Card Sorting Task• Changement de règle continu

Matching according to colourMatching according to colour Matching according to numberMatching according to number

• Condition contrôle Prédictions

Changement de règle continu: CPF-VL, PAS de striatum

IRMf MCST: IRMf MCST: Contrôles en santéContrôles en santé

33

77T-stat T-stat

CueCue CardCard

Retrieval NO shiftRetrieval NO shift

VS

ControlControl

CueCue CardCard

Retrieval WITH shiftRetrieval WITH shift ControlControl

VS

X = 18X = 18Continuous shiftContinuous shift ControlControl

VS

Y = -4Y = -4

VL-PFC

Caudate

VL-PFC

No striatumNo striatum

VL-PFC

No striatumNo striatum

Monchi et al. Feb 2006, Annals of NeurologyMonchi et al. Feb 2006, Annals of Neurology

Continuous shiftContinuous shiftRetrieval WITH shiftRetrieval WITH shift

VS

Retrieval WITH shiftRetrieval WITH shift

VS

Retrieval NO shiftRetrieval NO shift

fMRI MCST: Healthy Controls

X = 12X = 12 2.52.5

55T-stat T-stat

Caudate

Le noyau caudé n’est pas particulièrement impliqué dans le changement de règle en soi, mais dans la planification d’une

nouvelle action.Monchi et al. Feb 2006, Annals of NeurologyMonchi et al. Feb 2006, Annals of Neurology

Cue CardCue Card CueCue CardCard

Cue CardCue Card

33

55T-stat T-stat

X = 12X = 12

CaudatePutamenPutamen

Lecture recommandée et remerciements

Functional Magnetic Resonance Imaging, de Scott A. Huettel, Allen W. Song et Gregory McCarthy

Mise en place des diapos Kristina Martinu, PhD, alumni PCAN lab

Diapositives:http://unfweb.criugm.qc.ca/oury/Site/Downloads.html

Introduction partie II: Neuroanatomie

RAD6005 – Introduction à l’IRMf

Comment peut-on “voir” le cerveau ?

Autopsies

Neurochirurgies

Techniques d’imageriesComputerized axial tomography (CT)Spectroscopie (SPECT)Tomographie par émission de positron (PET)Imagerie par résonance magnétique (MRI)

Très utile de connaître votre neuroanatomieImages sont fantastiques si vous savez ce que vous devez

voir…

Comment doit-on regarder un cerveau ?

12

3

5

4



1

1

n=1 n=12

Devant (vue antérieure) Derrière (vue postérieure)

Dessous (vue inférieure)

Côté gauche (vue latérale) Côté droit (vue latérale)

Dessus (vue supérieure)

Terminologie d’orientation: les différentes vues

Terminologie d’orientationSupérieur / Dorsal i.e. vers le dos

Inférieur / Ventrali.e. vers le ventre

Antérieur / Rostrali.e. vers le nez

Postérieur / Caudali.e. vers la queue

Toujours supérieur

Toujours inférieur

Toujours antérieur

Toujourspostérieur

Pour un humain dans la position verticale:

Terminologie d’orientationSupérieur / Dorsal

Inférieur / Ventral

Antérieur /Rostral Postérieur / Caudal

Ventral/Antérieur Caudal/Inférieur

Rostral/Supérieur

Dorsal/Postérieur

CERVEAU

TRONC CÉRÉBRAL

Vue dorsale Vue ventrale

Fissure longitudinale

Médian

Latéral

Terminologie d’orientation

Plan de coupes

Axial (transversal) Sagittal (latéral) Coronal

Trois types de classification

2- Classification fonctionelle: Identification de régions basée sur des observations comportementales:

a) de lésion b) de scanc) de maladie

1- Classification cytoarchitectonique: Identification de régions basée sur l’organisation neuronale

3- Classification neuroanatomique: Identification de régions basée sur les structures macroscopiques

Trois types de classification

Structures corticalesLe cerveau est constitué de deux types de« matières »:

La matière blanche est constituée de fibres (ex.:axones) & cellules gliales

La matière grise est constituée de neurones (corps cellulaire) ex. cortex couche entourant le cerveau + structures sous-corticales

Matière blancheMatière grise

Lobes cérébrauxLe cortex est formé de « bosses » et de « creux ».

Les « bosses » s’appellent gyrus (gyri)

Les « creux » s’appellent sulcus (sulci)

Extérieur

Intérieur

LobesFissure pariéto-occipitale

(voir vue médiane)Sulcus central/Fissure de Rolando

Fissure occipitale

Sulcus latéral/fissure de Sylvius

Lobe frontal

Lobe temporal

Lobe occipital

Lobe pariétal

Lobes

Lobe frontal

Lobe parietal

Lobe temporal

Insula

Sulcus central

Lobes

Lobe frontal

Lobe parietal

Lobe temporal

Insula

Vue latérale hémisphèrique

Lobes – vue médiane

(Cervelet)

Lobe occipital

Lobe parietal

Lobe temporal

Lobe frontal

Sulcus central

Fissure pariéto-

occipitale

Structures corticales

fissurepariéto-occipitale

Fissure de Calcarine

Cuneus

Gyrus lingual

Précuneus

Lobule Paracentral

Sulcus cingulaire

Sulcus marginal

Gyrus cingulaire

Sulcus paracentralSulcus central

Thalamus

Hypothalamus

Structures sous-corticales

Noyaux sous-corticaux:

Thalamus

Noyau caudé

Putamen

Globus Pallidus

Amygdale

Hippocampe

Ganglions dela base

Globus pallidusSubstance noire

Thalamus

Noyau caudé

Noyau rougePutamen

STN



Putamen

Noyau caudé

Putamen

Noyau caudé

Amygdale

Amygdale


Putamen

Globus Pallidus

Noyau caudé Ventricules latéraux

Insula

Capsule interneThalamus

3e ventricule

Cervelet


Putamen

Corps calleux

Ventricules latéraux

Insula

Noyau caudé

Hippocampe

Capsule interne

Globus pallidus

Conclusion…

Apprendre la neuroanatomie

Ou

Dépendre des atlas anatomiques

Vous pouvez soit:

Questions?

[email protected]

Pour étudier les structures plus en détail,vous pouvez aller regarder le Digital Anatomist:

http://www9.biostr.washington.edu/da.html

mailto:[email protected]

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