Introduction aux outils de gestion bibliographique Stage 07/05/2009 Marie-Laure Malingre.

Introduction aux outils de gestion

bibliographique

Stage 07/05/2009Marie-Laure Malingre

URFIST Rennes Mai 2009 2

Plan

1. Enjeux et applications de la gestion automatisée des références bibliographiques

2. Qu’est-ce qu’un logiciel de gestion de références bibliographiques ?

3. Etapes et méthodologie

4. Typologie et Panorama des principaux outils de gestion de bibliographie personnelle

5. Présentation comparée exploration de quelques outils (libres et propriétaires)

Initiation à EndNote, Zotero, RefWorks et CiteUlike



Le contexte : travail de recherche et gestion de la bibliographie personnelle À la base : travail de citation

La recherche repose sur la publications de documents (ouvrages, articles) permettant de développer et de valider des hypothèses de recherche

Confrontation aux énoncés et travaux précédents concernant le même sujet ou des sujets connexes

Crédibilité scientifique

Le travail de recherche s’appuie sur un réseau de citations qui seront intégrées dans la publication


1. Enjeux et applications de la gestion automatisée des références

bibliographiques

Les principales opérations à effectuer Recherche documentaire et exploration de

la littérature scientifique sur le sujet de recherche

Récupération et stockage de références bibliographiques

Gestion des références

Mise en forme des références et exploitation pour publication



L’élaboration de la bibliographie Définition (A. Boulogne) :

« liste de références ou de notices bibliographiques classées selon certains critères pour permettre le repérage des documents référencés »

Rédaction de la bibliographie Corpus de références constitué à l’issue de la

recherche documentaire Identification et description précises et normalisées

des documents référencés Transcription selon certaines règles + liens entre

textes, citations et références.



Normalisation La bibliographie doit être rédigée en

conformité avec des normes d’écriture et de présentation des références

Multiplicité des normes, prescriptions et usages en fonction de la bibliographie à produire + question du référencement des ressources électroniques



Les normes :

Normes ISO / AFNOR Norme ISO 690 (Norme AFNOR NF Z 44-

005 de 1987 pour les publications imprimées, livres et publications en série, leurs parties composantes et les brevets)

Norme 690-2 (Norme AFNOR Z 44-005-2) de 1998, pour les documents électroniques



Les normes : Protocoles spécifiques

Style Harvard en Sciences exactes Recommandations de Vancouver en Médecine /

Pharmacie Protocole APA (American Psychological Association) Protocole MLA (Modern Language Association of

America)

Pratiques mises en œuvre par les universitaires et les étudiants dans leurs travaux

Usages mis en place par les éditeurs de livres et de revues



Atouts de la gestion automatisée des références bibliographiques

Au niveau de la constitution de la base de références

Interaction avec la recherche documentaire

Au niveau du stockage et de la gestion des références

Au niveau de la publication



Constitution de la base de références Pouvoir importer automatiquement des lots de références

résultant de recherches sur des bases de données ou de recherches de pages web

Stockage et de la gestion des références : Pouvoir exploiter facilement de gros corpus de références

structurés en base de données

Publication : Pouvoir récupérer des références lors de l’écriture

d’un texte Pouvoir formater automatique des références selon

les normes d’écriture et conventions en vigueur Faire une saisie unique des données et adapter ensuite

en fonction du produit souhaité



Définition :

Les logiciels de gestion bibliographiques sont des outils spécialisés permettant de gérer des fichiers de références bibliographiques issus du travail de recherche, dans le cadre d’une base de données (base de références personnelles)

Outils d’assistance à la recherche documentaire et à la publication



Les logiciels bibliographiques permettent : d’organiser sa documentation

d’intégrer automatiquement des résultats de recherche documentaire informatisée

de formater les références selon des normes de présentation

d’exploiter les références de la base personnelle en les insérant dans une publication scientifique

Citations dans le texte Bibliographie Notes de bas de page



Eléments constitutifs d’un logiciel bibliographique :

« Grilles de saisie » regroupant dans des zones

différenciées = champs, les éléments nécessaires à la description des documents cités

description bibliographique mots clés sujet éventuellement notes de

lecture Exemple d’une grille JabRef



Eléments constitutifs d’un logiciel bibliographique (suite) :

Modules de récupération de références depuis des bases de données

Filtres Fichiers de connexion

Exemple des filtres Refworks




Gestion interne de la base Recherche dans la base Tri des références Modification des

références …

Exemple de recherche EndNote




Modèles d’édition des références conformes aux normes de publication Styles

Exemple des styles Zotero




Éléments complémentaires Gestion d’objets (images, graphiques, tableaux) Passerelles vers les traitements de texte Outils de partage des référence Aides à la saisie Lien vers le texte intégral Possibilités d’annotation, de notes de lecture Fonctionnalités d’export de la base de références …



En résumé, pourquoi se servir d’un logiciel bibliographique ?

Pour récupérer des références directement des bases de données bibliographiques vers sa base de travail

Pour retrouver directement à partir des références stockées le texte intégral du document

Pour conserver et utiliser les références trouvées

Pour gérer de nombreuses références



Pour ajouter des notes personnelles à ses références

Pour présenter ses références suivant des normes, des standards ou les « notes aux auteurs » données par les revues

Pour insérer ses références dans un traitement de texte, sous forme de :

Citation dans le texte Note de bas de page Bibliographie



Pour exporter des références ou des listes bibliographiques suivant le type de document à diffuser (y compris dans le Web)

Pour gagner du temps …



Créer et alimenter une base de références

par saisie manuelle (aidée le cas échéant par des listes de termes)

par import de références à partir de banques de données

récupération directe depuis la page de résultats de la base de données distante

recherche dans une banque de données, sauvegarde des résultats et utilisation de filtres d’import

connexion et transfert sous le logiciel bibliographique



Editer des références formatées en utilisant des styles spécifiques respectant

les normes et conventions d’écritures exigées Format de la référence bibliographique Format de la citation dans le texte Format de la note de bas de page

Application Intégrer, depuis la base de références, des

citations et générer la bibliographie dans un traitement de texte (Word, OpenOffice …)

Générer une bibliographie indépendante


4. Typologie et panorama des outils

Un grand nombre de produits

Développement permanent de nouveaux logiciels

Evolution et multiplication des fonctions

Des outils multi-plateformes ou non



Evolution générale : À l’origine, limités à la gestion de références

saisies manuellement Saisie, Recherche, Tri

Ensuite, multiplication des fonctions Lien avec la recherche documentaire dans les BDD

scientifiques Formatage des références bibliographiques

sélectionnées Proposition de formats d’édition prédéfinis conformes aux

normes d’écriture des revues scientifiques Édition de citations et de bibliographies Interface directe avec les logiciels de traitement de

texte Orientation web


Outils de gestion bibliographique

2 – Définition et applications

Typologies des LGR :

Libres ou propriétaires Gratuits ou commerciaux En ligne ou à installer en local Outils individuels ou de partage Outils à forte intégration web ou outils à

orientation plus bibliographique Outils professionnels ou plus basiques



Quelques logiciels professionnels (commerciaux) sont bien connus et utilisés : EndNote EndNote Web (en ligne) ProCite Reference Manager + WriteNote

RefWorks

édités par Thomson Reuters http://www.thomsonreuters.com/

Logiciel en lignehttp://www.refworks.com



Il existe un grand nombre d’autres logiciels bibliographiques

Voir par exemple la liste proposée par Jean-Pierre Lardy (URFIST de Lyon, http://urfist.univ-lyon1.fr/ > Rubrique Ressources pédagogiques): Les logiciels personnels de gestion documenta

ire

Quelques exemples de logiciels gratuits à télécharger ou à utiliser en ligne Voir diapo suivante



Outils gratuits (références et / ou signets web)

En ligne BibMe BibsonomyCiteUlikeConnoteaHotReference Wikindx (serveur local)WizFolio (version de base)

En local BibusJabRefZotero

Quelques logiciels de bibliographie personnelle



Critères de comparaison et de choix proposés par Sandrine Royer-Devaux de l’Institut Pasteur

Formats de références disponibles (et possibilité d’en créer)

Possibilité de générer une liste de références à partir d’un traitement de texte

Formats d’éditions fournis (et possibilité d’en créer de nouveaux)

Possibilité d’importer depuis différentes sources bibliographiques

Capacité de la base

Outils de recherche et de tri dans les bibliothèques de références

Options



Evaluations comparatives « Comparison of reference management software » sur

Wikipediahttp://en.wikipedia.org/wiki/Comparison_of_reference_management_software

L’évaluation comparative de Francesco Dell’Orso : http://www.burioni.it/forum/ors-bfs/index.html

La page de ressources de Fourmi (URFIST de Paris) sur les logiciels de gestion de références bibliographiques http://www.ext.upmc.fr/urfist/fourmi/fourmibiblio.htm


5. Présentation et exploration de quelques outils : EndNote

EndNote

Outil commercial, professionnel Outil en local (+ récemment un module Web

associé à Web of Knowledge de l’ISI) Édité par Thomson Reuters Site http://www.endnote.com Fournisseur français : Ritme,

http://www.ritme.com



Principales fonctionnalités d’EndNote L’alimentation automatique de la base

personnelle Intégration automatique de références à partir :

des interfaces de recherche de bases de données des portails de revues des catalogues de bibliothèques des plateformes de partage de signets De Google Scholar…

Import des fichiers de résultats des BDD via des filtres d’import

Connexion directe à des bases de données (ex : PubMed) +

Récupération de bibliographies sous traitement de texte Récupération de bases élaborées sous d’autres logiciels

biblio



EndNote (suite) L’organisation et l’exploitation de la

documentation personnelle : Gestion sur un micro-ordinateur des fichiers de

références bibliographiques organisés au sein de bases de données, permettant :

La saisie manuelle de références (aides à la saisie) et l’intégration d’objets (tableaux, graphiques)

Le lien au texte intégral La modification et la mise à jour des références La recherche dans les références Le formatage bibliographique des références L’export des données sous d’autres formats



EndNote (suite) La rédaction et la publication scientifique :

Interface directe avec le traitement de texte Word permettant :

de choisir un format d’édition déterminé = style de créer des citations dans le texte en cours de

rédaction de générer une bibliographie, soit à la suite de

l’article rédigé, soit indépendamment de tout texte (possibilité aussi de générer la liste des tableaux, etc.)

d’élaborer divers produits documentaires : listes de lecture pour les étudiants, listes de publications des chercheurs, catalogues de collections spéciales…



référence

Pour voir une référence dans un style donné

Nombre de références affichées sur nombre total

Liste des références de la base personnelle EndNote



Auteur, année, identifiant unique

Champs de la référence

Type de référence

Naviguer dans les références

Une référence EndNote



Import de références Import direct dans EndNote

Export de la base vers EndNote



Import de références fichier de résultats à importer (.txt)

Choisir le filtre

Options concernant l’import des doublons

Codage du texte du fichier à importer (ANSEL pour formats MARC)

Import de références avec des filtres (> 630)



Import de références Filtre de la base PubMed

Correspondance Champs PubMed // Champs EndNote

On peut modifier les filtres et en créer de nouveaux



Import de référencesImport avec des fichiers de

connexion

Connexion à une base et rapatriement des références en restant sous EndNote



Choix d’un styleChoix du style de présentation des références (>3300 styles disponibles) pour :- la bibliographie- les notes de bas de page - les citations dans le texte

Modification des styles ou création d’un nouveau style avec le Gestionnaire de styles



Cite While You Write : le principe

EndNote permet, au cours de la rédaction d’un texte sous Word, de citer automatiquement une référence en faisant appel à la bibliothèque concernée

le logiciel permet aussi de générer automatiquement une bibliographie avec Word


5. Présentation et exploration de quelques outils : Zotero

Zotero



Zotero

Depuis octobre 2006 Andrew W. Mellon Foundation Center for

History and New Media George Mason University

Extension du navigateur Firefox (à partir de la version 2.0)

Logiciel libre et gratuit, à télecharger à partir du site http://www.zotero.org

Projet de serveur Zotero (outil en ligne)



Principales fonctionnalités de Zotero Récupération de données et constitution

de la base personnelle Références multiples / Référence par référence Intégration dans les « collections » de la

bibliothèque personnelle Liste de sites compatibles (ScienceDirect, SUDOC,

Google Scholar, PubMed …) > voir sur la page http://www.zotero.org/index.php/translators

Capture de documents web (avec métadonnées) et lien au fichier web



Saisie manuelle de références

Gestion de la base personnelle Modification de références Recherche dans la base Tri des notices Ajout de notes de lecture Ajout de tags (marqueurs) Export de la bibliothèque de références Lien de deux notices



Création d’une bibliographie À partir d’une collection donnée Formatage dans une style donné (16 styles +

page Repository pour les styles : http://www.zotero.org/styles )

Passerelle avec les traitements de texte

Avec Word et Open Office Choix d’un style Insertion de citations Création d’une bibliographie



Installation de Zotero A partir de la page http://www.zotero.org Avec Mozilla Firefox, version 2 ou 3 Installation complémentaire du module d’interfaçage

avec le traitement de texte (Word et Open Office) Redémarrer Firefox Icône Zotero en bas à droite de l’écran (réduire ou

développer) + Menu Outils > Zotero

Activation / désactivation de Zotero : Menu « Outils > Modules complémentaires » de Firefox



L’interface de Zotero : en 3 panneaux

La bibliothèque et ses collections

La liste des références d’une collection donnée

Le détail de la référence sélectionnée

+ la barre d’action et le panneau des marqueurs



Bibliothèque et ses

collections

Liste des signets / références

Une référence

Panneau des

marqueurs



La barre d’outils



La barre d’outils Créer une nouvelle collection (ou une sous-collection)

Montrer / cacher le sélecteur de marqueurs

Actions : Importer, exporter une bibliothèque, créer une chronologie, gérer les préférences …

Nouvel élément : créer un type de document et faire le lien vers le fichier de texte intégral

Créer un nouvel élément à partir de la page courante = à partir de la page ouverte dans le navigateur en utilisant les métadonnées du site; une capture d’écran est liée au site



Enregistrer le lien vers la page courante = juste le lien vers le site sans donnée bibliographique

Capturer la page courante = ajouter une capture d’écran (page du site enregistrée sur l’ordinateur personnel)

Nouvelle note indépendante = ajoute une note indépendante d’un élément, ajoutée comme référence

Recherche avancée = recherche dans la base

Passage en mode plein écran



La référence : onglets



La référence Onglet Info = les différents éléments de la référence

Localiser : résolveur de lien Afficher … : la capture d’écran, le fichier, la page

Onglet Notes = possibilité d’ajouter une note liée à la référence bibliographique

Onglet Fichiers joints = possibilité de joindre un ou plusieurs fichiers à l’élément

Onglets Marqueurs = possibilité d’apposer des tags (mots clés libres) sur une référence

Onglet Connexe = possibilité de faire un lien entre deux éléments (référence, notes)



Gestion des collections de la bibliothèque

Créer une collection / des sous-collections

Nouvelle sous-collection

Renommer la collection Supprimer la collection Exporter la collection Classer les références

Clic droit



Importer des références dans sa bibliothèque / sa collection

Sites « Zotero compatibles » : voir http://www.zotero.org/translators

Ex : ScienceDirect, Google Scholar et Books, PubMed, Amazon, Revues.org, Citeseer, Bases Ebsco Host, SUDOC …

Sites partiellement compatibles (ex : HAL)

Récupération de références multiples (en cliquant sur le dossier jaune

dans barre d’adresse)

référence par référence (en cliquant sur l’icône de document)

Source des images :

Maire - AgroParisTech-Engref, Montpellier



Import de pages web

Création d’un élément à partir de la page web courante

Capture d’écran Lien vers page courante

Import de fichiers RDF, MODS, BibTex,

RIS, Refer/BibIx, Unqualified Dublin Core RDF

Choisir la collection adéquate



Entrée manuelle de nouveaux éléments et modification des éléments importés

Modification des éléments



Annoter ses collections de références Ajouter un tag

Afficher les tags et rechercher

par tag



Créer une note indépendante

Créer une note liée à un élément



Recherche dans la bibliothèque de références

Fenêtre de recherche avancée,

accessible par la barre

d’outils

Possibilité d’enregistre

r la recherche



Créer une bibliographie

En utilisant le menu contextuelà partir de la collection souhaitée



Formater sa bibliographie Utilisation des styles fournis par Zotero Voir http://www.zotero.org/styles

Enregistrement en format RTF ou HTML



Citer dans un traitement de texte depuis Zotero Barre d’outils

Zotero dans Word

Editer une

référence

Insérer une référence

Créer la bibliographie

Editer la bibliograph

ie

Choisir / Modifier le style

Rafraîchir l’affichage

des références


5. Présentation et exploration de quelques outils : CiteUlike

CiteUlike



CiteUlike http://www.citeulike.org/

créé en 2004 + développements ultérieurs Gestion de références en ligne gratuite (sur inscription) Sauvegarde, recherche, et partage de références d’articles /

STM Fils RSS pour mettre en place une veille sur un thème ou un tag

+ Watchlist Accès possible aux 13 480 revues auxquelles CiteUlike est

abonné Export vers Zotero

Voir par exemple : Bibliographie collaborative avec Wikindx et CiteUlike, par Carole Giansily

http://pistlr.lirmm.fr/IMG/pdf/Giansily-Wikindx-CiteUlike-23-11-07.pdf



Intégration des références dans CiteUlike 3 modes d’intégration des références :

Intégration automatisée par la bookmarklet à intégrer dans le navigateur

Intégration automatisée à partir d’une liste de sommaires dans CiteUlike

Intégration manuelle Sources diverses :

Sites d’éditeurs commerciaux (ex: Elsevier, Springer) Agrégateurs (ex: Ingenta, JSTOR) Archives ouvertes (ex: ArXiv) Librairies (ex: Amazon)

Edition des références dans diverses normes :

Harvard, Nature, Elsevier…



Ajouter un article :

- depuis une page web

- Manuellement

- avec le bouton Post to CiteUlike (à installer dans Firefox)



Copier l’URL de la page web

Sources consultables



Saisir les données dans chacun des champs :

-Champs obligatoires

- champs optionnels

Aide sur la manière de remplir les champs



Le bouton « Post to CiteUlike » ajoute la référence à la bibliothèque personnelle



Notice de la référence à ajouter

La notice peut être :

- enrichie (tags, notes, fichier attaché…)

- partagée ou non



Les références de la bibliothèque

Gestion des références de la bibliothèque :

- Récentes, non lues

- Recherche dans la bibliothèque

- Auteurs / Tags de la bibliothèque

- Import / Export de références



3 formats d’export :

PDF/ RTF, RIS, bibTeX

Liste de veille et flux RSS



Bibliographie PDF ou RTF

Choix d’un style



Possibilité de créer un groupe



Exemple :Groupe CLIC


5. Présentation et exploration de quelques outils : Refworks

Quelques exemples : RefWorks Qu’est-ce que RefWorks ?

Logiciel de gestion de références bibliographiques

Produit commercial Société éditrice : RefWorks-COS, filiale de

ProQuest Logiciel en ligne, accessible sur Internet,

par identification Adresse : http://www.refworks.com


5. Présentation et exploration de quelques outils : RefWorks

Principales fonctionnalités de RefWorks

Créer sa base de données Par saisie manuelle Par import (PubMed, SUDOC, etc)

Organiser et gérer ses références grâce à des dossiers

Faire des recherches dans la base de données Générer une bibliographie avec un style défini Insérer des références dans un papier Exporter, partager ses références bibliographiques



Créer son compte

Se connecter

Compte établissement



Compte personnel



Utilisation du code-Groupe pour un accès hors établissement



Affichage de la liste des références



Affichage d’une référence



Création d’une nouvelle référence par le Menu Références



Règles de saisie

Champs de saisie



Import direct à partir des interfaces des bases de

données le permettant Bouton d’import direct sous RefWorks

Ex : ScienceDirect

Import d’un fichier de résultats Sauvegarde des résultats sous la forme d’un

fichier .txt Import sous Refworks via le filtre approprié



Option Importer du Menu Référence

Choix du filtre

Choix du fichier



Option Exporter du Menu Références

Choix du format d’export



Utiliser le Menu Rechercher



Option Recherche Avancée du Menu Rechercher

Interface de recherche avancée



Option Index des auteurs du menu Rechercher

Liste alphabétique des auteurs



Option catalogue ou Base de données en ligne du Menu Rechercher

Sélection d’une base de données



Formulation de la stratégie de recherche



Affichage des résultats

Import des résultats



Connexion directe : Fenêtre de processus d’import des références de la base PubMed



Fils RSS :

Option Fils RSS du Menu Rechercher

Saisir l’URL du Fil RSS

Cliquer sur Ajouter un fil RSS



Adresse du fil RSS souhaité



Confirmer le choix de récupération du fil RSS



Affichage des flux RSS



Gérer les références :

Possibilité de répartir et d’afficher les références dans différents dossiers



Gestion des dossiers : créer, renommer, supprimer, partager, vider les dossiers



Partage : Le module RefShare permet de partager ses données avec d’autres utilisateurs



Stocker les références dans « Ma liste » : « ajouter à ma liste » ou « supprimer de ma liste » les références souhaitées



Bibliographie: Cliquer sur le Menu Bibliographie

Choisir le style de présentation

Choisir Bibliographie à partir de la liste de références

Indiquer le type de fichier à créer

Modifier le style



Les styles proposés par RefWorks

Possibilité de modifier les styles



Le module Write-N-Cite permet : de sélectionner des références dans la base

RefWorks d’intégrer les citations de ces références

dans un texte de générer la bibliographie correspondante

en fin de texte

Ce module doit être installé préalablement sur le poste



Accès au module Write-N-

Cite

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