Le programme d'études post-doctorales en biochimie clinique du ...
URFIST Rennes, Mars 20091 Introduction à la pratique des logiciels de gestion de références...
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URFIST Rennes, Mars 2009 1
Introduction à la pratique des logiciels de gestion de
références bibliographiques
Écoles Doctorales - Nantes
Marie-Laure MalingreURFIST de Rennes
19 Mars 2009
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Outils de gestion bibliographique
Plan
1 - Contexte d’utilisation 2 - Définition et applications 3 - Panorama général 4 - Présentation de quelques
outils et méthodologie
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Outils de gestion bibliographique 1 – Contexte
A la base de toute recherche : Le travail de citation
Confrontation aux énoncés et travaux précédents, concernant le même sujet ou des sujets connexes crédibilité scientifique
Le travail de recherche s’appuie sur un réseau de citations qui seront intégrées dans la publication Citations dans le texte Notes de bas de page Bibliographie
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Outils de gestion bibliographique 1 – Contexte d’utilisation
Les principales étapes Recherche documentaire et exploration
de la littérature scientifique sur le sujet de recherche Bases de données Recherche dans le web
Récupération et stockage de références bibliographiques Constitution d’un corpus de références Identification et description précises des
documents référencés
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Outils de gestion bibliographique 1 – Contexte d’utilisation
Les principales étapes (suite) : Exploitation des références
Citations dans le texte de la thèse et notes de bas de page
Élaboration de la bibliographie Réutilisation des références pour d’autres travaux
: communications à des congrès, articles de revues spécialisées …
Mise en forme des références En conformité avec des normes d’écriture et de
présentation
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Outils de gestion bibliographique
1 – Contexte d’utilisation Les normes :
Norme ISO/AFNOR Norme ISO 690 (Norme AFNOR NF Z 44-005 de 1987
pour les publications imprimées, livres et publications en série, leurs parties composantes et les brevets)
Norme 690-2 (Norme AFNOR Z 44-005-2) de 1998, pour les documents électroniques
Protocoles spécifiques Protocole MLA (Modern Language Association of America) Protocole APA (American Psychological Association)
Pratiques mises en œuvre par les universitaires et les étudiants dans leurs travaux
Usages mis en place par les éditeurs de livres et de revues
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Outils de gestion bibliographique
2 – Définition et applications
Qu’est-ce qu’un logiciel de gestion de références bibliographiques (LGR) ? Un outil spécialisé qui permet principalement :
de stocker des références issues d'une recherche documentaire (par saisie manuelle ou import automatisé)
d'organiser et de gérer ces références dans une base de données
de formater les références selon un style donné
de générer automatiquement dans une publication scientifique les citations et la bibliographie ainsi formatées.
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Outils de gestion bibliographique
2 – Définition et applications
Typologies des LGR :
Libres ou propriétaires Gratuits ou commerciaux En ligne ou à installer en local Outils individuels ou de partage Outils à forte intégration web ou outils à
orientation plus bibliographique Outils professionnels ou plus basiques
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Outils de gestion bibliographique 2 – Définition et applications
Atouts des LGR Pour le stockage et la gestion des
références : facilités d’exploitation de gros corpus de références par
la structuration en base de données
Pour la publication : récupération des références lors de l’écriture d’un texte formatage automatique des références selon les normes
d’écriture en vigueur saisie unique des données et choix d’un format d’édition
Pour le suivi de la recherche documentaire : liens entre la recherche documentaire et la base
personnelle
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Outils de gestion bibliographique
2 – Définition et applications
Eléments constitutifs d’un logiciel bibliographique :
« Grilles de saisie » regroupant dans des zones
différenciées = champs, les éléments nécessaires à la description des documents cités description bibliographique mots clés sujet éventuellement notes de
lecture Exemple d’une grille JabRef
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Outils de gestion bibliographique
2 – Définition et applications
Eléments constitutifs d’un logiciel bibliographique (suite) :
Modules de récupération de références depuis des bases de données
Filtres Fichiers de connexion
Exemple des filtres Refworks
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Outils de gestion bibliographique
2 – Définition et applications
Eléments constitutifs d’un logiciel bibliographique (suite) :
Gestion interne de la base Recherche dans la
base Tri des références Modification des
références …
Exemple de recherche EndNote
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Outils de gestion bibliographique
2 – Définition et applications
Eléments constitutifs d’un logiciel bibliographique (suite) :
Modèles d’édition des références conformes aux normes de publication
Styles
Exemple des styles Zotero
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Outils de gestion bibliographique
2 – Définition et applications
Eléments constitutifs d’un logiciel bibliographique (suite) :
Éléments complémentaires Gestion d’objets (images, graphiques, tableaux) Passerelles vers les traitements de texte Outils de partage des référence Aides à la saisie Lien vers le texte intégral Possibilités d’annotation, de notes de lecture Fonctionnalités d’export de la base de
références …
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Outils de gestion bibliographique
3 – Panorama des outils
Un grand nombre de produits
Développement permanent de nouveaux logiciels
Evolution et multiplication des fonctions Interfaçage avec les traitements de texte Orientation web …
Des outils multi-plateformes ou non
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Outils de gestion bibliographique
3 – Panorama des outils
Quelques logiciels professionnels (commerciaux) sont bien connus et utilisés : EndNote ProCite Reference Manager
RefWorks
édités par Thomson ResearchSoft (ISI) de Thomson Corporation + WriteNotehttp://thomsonisiresearchsoft.com/
Logiciel en lignehttp://www.refworks.com
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Outils de gestion bibliographique
3 – Panorama des outils
Il existe un grand nombre d’autres logiciels bibliographiques
Voir par exemple la liste proposée par Jean-Pierre Lardy (URFIST de Lyon, http://urfist.univ-lyon1.fr/ > Rubrique Ressources pédagogiques): Les logiciels personnels de gestion documentaire
Sur le site de Plume, fiches techniques de logiciels
Le projet Eclore (en cours) propose de tester 20 logiciels
Quelques exemples de logiciels gratuits à télécharger ou à utiliser en ligne Voir diapo suivante
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Outils de gestion bibliographique 3 – Panorama des outils
Outils gratuits (références et / ou signets web)
En ligne ConnoteaCiteUlikeBibsonomyWizFolio (version de base)HotReferenceBibMeWikindx (serveur local)
En local ZoteroJabRefBibus
Quelques logiciels de bibliographie personnelle
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Outils de gestion bibliographique 3 – Panorama des outils
Critères de comparaison et de choix proposés par Sandrine Royer-Devaux de l’Institut Pasteur : Formats de références disponibles (et possibilité d’en
créer de nouveaux) Possibilité de générer une liste de références à
partir d’un traitement de texte Formats d’éditions fournis (et possibilité d’en créer de
nouveaux) Possibilité d’importer depuis différentes sources
bibliographiques Capacité de la base Outils de recherche et de tri dans les bibliothèques de
références Options
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Outils de gestion bibliographique
3 – Panorama des outils Evaluations comparatives
« Comparison of reference management software » sur Wikipediahttp://en.wikipedia.org/wiki/Comparison_of_reference_management_software
L’évaluation comparative de Francesco Dell’Orso : http://www.burioni.it/forum/ors-bfs/index.html
La page de ressources de Fourmi (URFIST de Paris) sur les logiciels de gestion de références bibliographiques http://www.ext.upmc.fr/urfist/fourmi/fourmibiblio.htm
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Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
Quelques outils à explorer : Plateformes en ligne
CiteUlike Connotea WizFolio Web 2.0
Logiciels à installer en local Zotero JabRef Bibus EndNote
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Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
CiteUlike
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Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils / méthodologie
CiteUlike http://www.citeulike.org/
créé en 2004 + développements ultérieurs Gestion de références en ligne gratuite (sur inscription) Sauvegarde, recherche, et partage de références d’articles / STM Fils RSS pour mettre en place une veille sur un thème ou un tag Accès possible aux 13 480 revues auxquelles CiteUlike est abonné
Voir : Bibliographie collaborative avec Wikindx et CiteUlike, par Carole Giansily
http://pistlr.lirmm.fr/IMG/pdf/Giansily-Wikindx-CiteUlike-23-11-07.pdf
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Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils / méthodologie
Intégration des références dans CiteUlike 3 modes d’intégration des références :
Intégration automatisée par la bookmarklet à intégrer dans le navigateur
Intégration automatisée à partir d’une liste de sommaires dans CiteUlike
Intégration manuelle Sources diverses :
Sites d’éditeurs commerciaux (ex: Elsevier, Springer) Agrégateurs (ex: Ingenta, JSTOR) Archives ouvertes (ex: ArXiv) Librairies (ex: Amazon)
Edition des références dans diverses normes :
Harvard, Nature, Elsevier…
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Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
Connotea
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Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
Connotea http://www.connotea.org/
Lancé en 2004 par la revue Nature (Nature Publishing Group)
Service en ligne gratuit Création, gestion, partage de sa bibliographie de
références en ligne gratuit / accès à l’ensemble des références partagées dans Connotea
Partage de signets dans le monde académique Annotation / Tags Extraction automatique de références bibliographiques Abonnement RSS aux listes des autres utilisateurs ou
tags spécifiques Export des références
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Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
Import automatique de références possible depuis :
Nature.com PubMed PubMed Central Science PloS BioMed Central Supported EPrints repositories Supported Highwire Press
publications Blackwell Synergy
Import par filtres d’import
Wiley Interscience Scitation arXiv.org Smithsonian/NASA
Astrophysics Data System
Amazon HubMed D-Lib Magazine + autres sources
compatibles…
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Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
WizFolio Web 2.0
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Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
WizFolio Web 2.0 https://home.wizfolio.com/
Outil de gestion de références en ligne Version de base gratuite = 100 mb ou 200 références Toutes les fonctionnalités propres à un logiciel de gestion
de références bibliographiques Récupération de références à la volée (référence par
référence) Localisation du texte intégral (PDF) Intégration avec Word / Windows 68 styles bibliographiques Partage des références Intégration des références d’une biliographie depuis le
traitement de texte (exportable ensuite au format RIS)
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Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
Zotero
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Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
Zotero
Depuis octobre 2006 Andrew W. Mellon Foundation Center for
History and New Media George Mason University
Extension du navigateur Firefox (à partir de la version 2.0)
Logiciel libre et gratuit, à télecharger à partir du site http://www.zotero.org
Projet de serveur Zotero (outil en ligne)
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Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
Principales fonctionnalités de Zotero Récupération de données et constitution
de la base personnelle Références multiples / Référence par référence Intégration dans les « collections » de la
bibliothèque personnelle Liste de sites compatibles (ScienceDirect, SUDOC,
Google Scholar, PubMed …) > voir sur la page http://www.zotero.org/index.php/translators
Capture de documents web (avec métadonnées) et lien au fichier web
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Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
Saisie manuelle de références
Gestion de la base personnelle Modification de références Recherche dans la base Tri des notices Ajout de notes de lecture Ajout de tags (marqueurs) Export de la bibliothèque de références Lien de deux notices
Création d’une bibliographie À partir d’une collection donnée Formatage dans une style donné (16 styles + page
Repository pour les styles : http://www.zotero.org/styles )
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Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
Passerelle avec les traitements de texte Avec Word et Open Office Choix d’un style Insertion de citations Création d’une bibliographie
L’interface de Zotero : en 3 panneaux La bibliothèque et ses collections La liste des références d’une collection donnée Le détail de la référence sélectionnée + la barre d’action et le panneau des marqueurs
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Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
Quelques exemples : Bibushttp://bibus-biblio.sourceforge.net/wiki/index.php/Main_Page
Spécificités : (Source Gabriel Gallezot, nov. 2007)
Gratuit (GNU GENERAL PUBLIC LICENSE) MultiOS avec quelques spécificités et plusieurs
développements à venir Connexion avec MsWord et OOo Import/export avec format Endnote et Bibtex Orienté « Biomed » (connexion Pubmed et EtBlast…)
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Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologieSource : G. Gallezot
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Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils
/méthodologie
Insertion manuelle de référence Menu Références > Nvelle référence Fenêtre « éditeur de références »
Choix du type de doc Champ auteur :
Nom1, AB;Nom2, CDI;Nom3, XYZ Choix revues :
attention aux abréviations … et à la saisie en général
Editer une ref : double-click
Source : G. Gallezot
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Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils
/méthodologie
Recherche de références Dans la base « Bibus » Dans Pubmed
Le principe des tampons Online/import
Source : G. Gallezot
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Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils
/méthodologie
Import / Export
Test avec Science Direct, ProQuest, HAL (CCSD), Google Scholar … et d’autres bases ou d’autres sites (CiteUlike, Connotea)
Test via Zotero (utile pour grouper des ref avant export vers Bibus)
Echange de Fichier entre utilisateurs :Bibus<>Bibus, EndNote<>Bibus, … Export en HTML > lister une biblio
Bien regarder les formats import/export
Source : G. Gallezot
URFIST Rennes, Mars 2009 40
Outils de gestion bibliographique
Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils
/méthodologie
Lien avec le traitement de texte
Choix à l’installation Possibilité de changer après
l’installation Edition > Préférences > Onglet « traitement de
texte » ( utiliser l’ascenseur latéral) Choix du traitement de texte Ouverture du traitement de texte
A partir du menu MsWord ou OOo Insérer une citation
Source : G. Gallezot
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Outils de gestion bibliographique 4 - Présentation de quelques outils
/méthodologie
Choix du style Dépend de la communauté scientifique, des revues, de
l’éditeur, … Les styles répandus > Menu « Styles » Liste de styles crées par d’autres utilisateurs
(« Charger »): http://bibus-biblio.sourceforge.net/wiki/index.php/Bibus_Styles , http://www-cbd.ups-tlse.fr/imagerie/tech/bibus/index.php
Possibilité de créer son(ses) style(s) Edition du style
Citations dans le texte Bibliographie en fin de texte
Source : G. Gallezot
URFIST Rennes, Mars 2009 42
Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
Quelques exemples : JabRef Qu’est-ce que JabRef ?
Application écrite en Java, utilisant nativement le format Bibtex pour enregistrer ses données
Outil gratuit et OpenSource (Licence GPL)
Cf. Fiche technique du Cemagref : http://ist.cemagref.fr/tutoriaux_de_gestion_bibliogr
aphique_article363.html
URFIST Rennes, Mars 2009 43
Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
Principales fonctionnalités de JabRef Saisie des données dans les champs
existant dans BibTeX (Ajout possible des champs personnalisés, génération automatique des clés BibTeX, groupement des entrées, gestion partielle des autorités)
Fonctions de recherche Recherche par mots-clés Surlignage de certaines entrées Recherche par groupes / sous-groupes
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Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
Imports de données dans JabRef : Dans les formats suivants : BibTeXML,
Biblioscape, Biomail, CSA, INSPEC, ISI, JStor (tabulations), Medline, Ovid, REPEC (New Economic Paper), RIS, Refer/EndNote, Scifinder, SilverPlatter, Sixpack
Bases : Web of Science (ISI), ScienceDirect et EconLit (RIS), CAB, Francis (SilverPlatter), EndNote (RIS)
Option Fetch : recherche sur serveurs distants pour les bases Medline, CiteSeer
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Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
JabRef : Gestion du lien vers le texte intégral depuis la référence (pdf, ps, url, doi)
Export : html, BibTeXML, Harvard RTF, EndNote…
Citations : Liens vers éditeurs LaTeX Automatisation de l’attribution d’une étiquette
BibTeX de type AuteurDate (icône baguette magique)
Insertion de la référence à citer dans un fichier Latex par CTRL-K / CTRL-V {\citeToto2005}
Option « Push selection » to WinEdt (éditeur LateX)
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Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
Créer une base de
références
Import de données
Fonctions d’export
JabRef
URFIST Rennes, Mars 2009 47
Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
Saisie manuelle
des données
JabRef
URFIST Rennes, Mars 2009 48
Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
Choix du type de référence
JabRef
URFIST Rennes, Mars 2009 49
Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
Saisie des données dans
les champs
JabRef
URFIST Rennes, Mars 2009 50
Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
présence d’une image
référence
Pour voir une référence dans un style donné
Nombre de références affichées sur nombre total
Groupes de références
EndNote
URFIST Rennes, Mars 2009 51
Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
EndNote
Outil commercial, professionnel Outil en local (+ un module Web lié au Web of
Science) Édité par Thomson ResearchSoft (ISI) Site http://www.endnote.com Fournisseur français : Ritme,
http://www.ritme.com
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Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
Principales fonctionnalités d’EndNote Recherche documentaire et constitution
de la base : Connexion directe à des bases de données distantes Intégration automatique de références sous
EndNote à partir des interfaces de recherche de bases de données
Import des fichiers de résultats issus de bases de données via des filtres d’import
Récupération de bibliographies rédigées avec un traitement de texte
Récupération de bases élaborées sous d’autres logiciels bibliographiques
URFIST Rennes, Mars 2009 53
Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
L’organisation et l’exploitation de la documentation personnelle : Gestion des fichiers de références bibliographiques
organisés au sein de bases de données, permettant : La saisie manuelle de références (aides à la saisie)
et l’intégration d’objets (tableaux, graphiques); l’import de références
Le lien au texte intégral La modification et la mise à jour des références La recherche dans les références Le formatage bibliographique des références L’export des données sous d’autres formats
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Outils de gestion bibliographique
4 - Présentation de quelques outils /méthodologie
La rédaction et la publication scientifiques : Interface directe avec le traitement de texte
Word permettant : de créer des citations dans le texte en cours de
rédaction de générer une bibliographie, soit à la suite de
l’article rédigé, soit indépendamment de tout texte (possibilité aussi de générer la liste des tableaux, etc.)
de choisir un format d’édition déterminé = style (correspondant aux normes de présentation bibliographique des revues scientifiques)