INTEGRATION DES PIPELINES D’ANALYSEProjet e-Biogenouest

• Porteur : Olivier Collin (IRISA) – Animateur : Yvan Le Bras (IRISA)

• Tester une approche e-Science en Sciences de la vie

• Proposer une structuration e-Science dans le Grand Ouest

LE PROTOTYPE E-BIOGENOUESTUn environnement virtuel de recherche en sciences de la vie

Une application e-Science : Le VREEnvironnement de Recherche Virtuel

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Une propriété essentielle : la flexibilité

e-infrastructure test : le VRE eBiogenouest

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Le HUB eBGOHUBzero pour partager les connaissances et gérer les

groupes et projets

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La gestion des données et métadonnées

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données et métadonnées

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Protocoles sur mesureColorimétrieDosage d’ions plasmatique…

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Protocoles existantMétabolomique, Protéomique, GénomiqueProtocoles sur mesureBio-informatique, Protéomique ICPL, …

La gestion des données et métadonnéesEMME suite ISA tools : isacreator

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Ouverture / création d’un projet

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Description d’une étude du projet

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Description d’une expérience de l’étude du

projet

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Validation de l’ISAtab

ISA

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Création de l’ISArchive

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L’analyse de données

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données

Informations22729 jobs105 utilisateursPlus de 800 outils-NGS-Génomique des populations-Génétique quantitative-Protéomique-Nombreux utilitaires-…

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L’analyse de donnéesGalaxy by GenOuest : Traitement de l’ISArchive

Upload de l’ISArchive

Un début de structuration e-Science?Galaxy by GenOuest : Récupération des données

Téléchargement des données brutes pointées

par les URL

Un début de structuration e-Science?Galaxy by GenOuest : workflow

Présentation du workflow

Un début de structuration e-Science?Galaxy by GenOuest : workflow

Sélection des fichiers et paramètres d’entrée du

workflow

Un début de structuration e-Science?Galaxy by GenOuest : Analyse des données

Exécution du workflow

• Pour les scientifiques en sciences de la vie et environnement• Optimiser son temps (programmation vs compréhension)• Préserver (données et processus analytiques)• Accéder, partager et visualiser de n’importe où• Une aide à la gestion de projet …

• Pour les développeurs• Faciliter l’utilisation des outils : Bioinfo Recherche Service• Accélérer la mise en production

• Pour la gestion des infrastructures• Optimiser l’utilisation (stockage, calcul et réseaux…)

• Infrastructure pour la donnée infastructure de données

Buts

Merci de votre attention

Y. Le Bras et al. Towards a Life Sciences Virtual Research Environment : an e-Science initiative in Western

France. JOBIM 2013.

Cyril MonjeaudOlivier Collin

La plate-forme Bio-informatique GenOuestLe groupe Symbiose IRISA/INRIA

GenOuest-Dyliss-Genscale

http://www.e-biogenouest.org/Entrée du VRE :

Référence :

Projet INCa NGS Rennes :

Génomique fonctionnelle intégrée et biomarqueurs-Marie de Tayrac-Jean Mosser

Génétique Somatique des Cancers -Alexandra LESPAGNOL-Birama NDIAYEPlateforme Génomique Santé Biogenouest-Marc AUBRY