Initiation à Pubmed

Formation destinée aux bibliothécaires du RBD Santé

Samuel Piret – 17 février 2010

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Plan de l’exposé 1. La base de données Medline

1.1. Vue d’ensemble 1.2. Accès

2. Recherche dans PubMed 2.1. Recherche simple : avantages et inconvénients 2.2. Recherche avancée : avantages et inconvénients 2.3. Le MeSH 2.4. Construire une équation de recherche 2.5. Outils PubMed (détails, limites, historique, …)

3. Exploitation des résultats 3.1. Les formats de visualisation 3.2. Envoyer… 3.3. Open access / accès aux articles 3.4. Veille (RSS)

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1.

La base de données Medline

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1. Vue d’ensemble de Medline MEDLINE = Medical Literature Analysis and Retrieval

System) Système de recherche et d’analyse de la littérature médicale

Base de données bibliographique commencée en 1949 jusqu’à nos jours

Informatisée en 1972, catalogage rétrospectif 1949-1972

Contient plus de 19,5 millions de fiches (màj. 08/02/2010) reprenant approximativement 5.000 périodiques

Couvre les sciences de la vie et l’information biomédicale

Compilé et hébergé par la NLM (NCBI) aux U.S.

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1.2. Accès à Medline Accès via interfaces payantes

Exemples : ERL WebSpirs, EBSCO, Dialog,… Relativement coûteux et langage de recherche

pas toujours évident à maîtriser Politique commerciale douteuse pour certains

Accès via interfaces gratuites Exemples : PubMed, Medsum, GoPubMed,

eTBLAST, Medscape, Twease Disponible sur n’importe quel ordinateur relié à

internet Facilité de recherche PubMed est le plus connu et le plus employé (il

reprend d’autres bases de données également)

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2.

Recherches dans PubMed

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2.1. Recherche simple dans PubMed Avantages

Rapidité Ne nécessite pas de connaissances particulières

(intuitivité) Pratique si on sait précisément ce que l’on

cherche (référence exacte d’un article) Inconvénients

Recherche limitée si on ne connaît pas précisément ce qu’on cherche (bibliographie sur un sujet, d’un auteur, etc.)

Risque d’erreur facile (mauvaise orthographe, etc.)

Peut générer du bruit documentaire oudu silence documentaire (mauvaise recherche, complexité)

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Démonstration de recherche simple Exemple :Je recherche l’article «  Tobacco Control and Free Speech

-- An American Dilemma » de Bayer R. et Kelly M. paru dans le New England Journal of Medicine du 13 janvier 2010.

a) Se rendre sur la page d’accueil de PubMed(pubmed.com ou pubmed.org sont des raccourcis)

b) Introduire : - soit totalité ou partie titre exact ;- soit les noms des auteurs ;- soit un mélange des deux (mots du titre et noms d’un ou plusieurs auteurs) recherche de type « Google »

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2.2. Recherche avancée dans PubMed Avantages

Permet une recherche très fine, très précise Possibilités de recherche approfondies

(bibliographie, etc.) Champs de recherche distincts, clarté des

éléments Aide à la saisie (proposant les termes) Passage par le thésaurus MeSH (voir ci-après)

Inconvénients Nécessité de connaître les possibilités Nécessité de savoir comment utiliser ces

possibilités Est moins intuitive que la recherche simple

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Démonstration simple de recherche avancée Recherche de tous les articles de Prignot J. parus depuis

2000 : Cliquer sur Advanced Search Dans le menu déroulant du Search Builder, choisir le champ Author Entrer le nom de l’auteur : Prignot J (il existe une aide à la saisie) Cliquer sur le bouton AND Les termes s’ajoutent dans le champ supérieur. Dans le Search Builder, choisir le champ Publication Date Entrer les années 2000 à 2010 (ou seulement 2000 ; ‘present’ est mis par

défaut) Cliquer sur le bouton AND Cliquer sur le bouton 6 résultats

Tous les champs comportent un qui facilite la recherche (« autorités ») On peut ajouter autant de champs que nécessaire en les combinant grâce aux

opérateurs booléens

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2.3. Le MeSH MeSH = Medical Subject Headings Thésaurus

Mises à jour et corrections régulières Structure hiérarchisée Recherche automatisée facilitée par l’emploi des

synonymes Plus de 25.000 descripteurs Plus de 160.000 entrées Par ordre alphabétique / hiérarchique

Traduction en français par l’Inserm : « MeSH bilingue »( http://ist.inserm.fr/mesh/html/mesh.html )Rem. : Ne fonctionne pas au moment de rédiger ce document

Ex : ‘vitamin C’ renvoie à ‘Ascorbic Acid’

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2.3. Le MeSH (suite) ‘(Topical) Qualifiers’ / ‘(Topical) Subheadings’

qualificatifs pour préciser la recherche 83 subheadings Liste 2010 :

http://www.nlm.nih.gov/mesh/topsubscope.html Exemple : on recherche des informations sur la

mortalité de la maladie d’Alzheimer en relation avec les effets des médicaments. Recherche dans le MeSH en langage naturel: ‘Alzheimer’

Alzheimer’s disease est le terme retenu Ajout des subheadings ‘mortality’ et ‘drug therapy’

50 résultats

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2.4. Construire une équation de recherche Méthode « facile »

Utiliser les boutons dans la recherche avancée, en combinant les recherches par les boutons AND, OR, NOT

Méthode « expert » Utilisation de crochets pour les qualificatifs de

champs Utilisation de guillemets pour les expressions Opérateurs booléens AND, OR et NOT

AND = ET (restreint la recherche) OR = OU (élargit la recherche) NOT = SAUF (rejette des termes)

Troncature gauche/droite : le symbole utilisé est l’astérique *

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2.5. Outils de PubMed 2.5.1. Le bouton Clear

Permet d’effacer l’équation en cours pour recommencer une nouvelle recherche

2.5.2. Le bouton Preview Affiche un aperçu des résultats, pour vérifier la

pertinence de la recherche sans perdre le temps d’affichage.

2.5.3. Les limites Permettent d’affiner la recherche sur les points

suivants : date, type d’article, espèce (humains/animaux), langues, genre, âges, etc.

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2.5. Outils de PubMed (suite) 2.5.4. L’historique

Affiche toutes les recherches déjà effectuées et leurs résultats. On peut combiner des recherches (pour ne pas devoir recommencer…) ou relancer une recherche déjà effectuée.

2.5.5. Les détails Affichent un détail de l’équation de recherche et

les résultats que cette recherche génère. Le bouton « URL » permet d’enregistrer le lien

hypertexte et de le placer dans les favoris, cela peut servir de veille manuelle, en quelque sorte.

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2.5. Outils de PubMed (suite) 2.5.6. Les ressources

Mesh Database : consultation du MeSH Journals Database : informations sur les

périodiques Single Citation Matcher : trouver les citations d’un

article Clinical Queries : recherche avancée pour

cliniciens Topic-Specific Queries : recherches spécifiques

pour cliniciens et chercheurs dans le domaine de la santé

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3.

Exploitation des résultats

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3.1. Les formats de visualisation

En anglais « Display Settings ».Ce sont des options d’affichage des résultats de la recherche. Il y a 3 types d’options :oLe formatoLe nombre de résultats par pageoLe tri

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3.1. Les formats de visualisation (suite)3.1.1. Les formatsSummary : le format par défaut : références de l’article en HTML avec lien vers l’abstract.Summary (text) : idem que Summary mais au format texte uniquement, sans liens html. Assez rébarbatif…Abstract : idem que Summary, avec l’abstract et des liens supplémentaires. Abstract (text) : idem que Abstract mais au format texte uniquement, sans liens html. Même remarque…

Rem : Les formats texte sont parfois utiles pour l’export vers certains logiciels.

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3.1. Les formats de visualisation (suite)3.1.1. Les formats (suite)MEDLINE : le format le plus complet, similaire à une fiche au format MARC, avec les codes de champs spécifiques à PubMed.XML : format balisé XMLPMID List : simple liste des numéros de référence des articles , au format texte.PMID = PubMed IDentification, qui équivaut au numéro d’inventaire de chaque notice.

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3.1. Les formats de visualisation (suite)3.1.2. Le nombre de résultats par pageVous pouvez choisir le nombre de résultats à afficher par page : 5, 10, 20, 50, 100, 200 résultats.

3.1.3. Le triRecently added : tri par derniers ajouts dans PubMedPub Date : tri par date de publicationFirst / Last author : tri par premier / dernier auteurJournal : tri par périodiqueTitle : tri par titre

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3.2. Envoyer les résultats3.2.1. File : en tant que fichier

- Summary (text) : fichier texte reprenant les références des articles- Abstract (text) : fichier texte reprenant les abstracts des articles- MEDLINE : fiches bibliogaphiques, comparables au MARC (très complet)- XML : fichier balisé en XML- PMID List : uniquement liste des numéros de référence des articles (PubMed I.D.)

Un tri est possible : chronologique, par date d’ajout, par auteur, par titre, par périodique.

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3.2. Envoyer les résultats (suite)3.2.2. Collections

Permet de se connecter à un compte MyNCBI et de sauver sa recherche, comme une sorte de bibliothèque virtuelle des références que l’on veut conserver.

L’enregistrement à MyNCBI est gratuit.MyNCBI permet aussi la veille (voir ci-après)

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3.2. Envoyer les résultats (suite)3.2.3. Order

Se connecte à la plate-forme LoansomeDoc, afin de commander des articles.

3.2.4. ClipboardEnvoie les résultats vers le presse-papiers de PubMed. Ce Clipboard permet de contenir jusqu’à 500 items ; c’est une sorte de « panier ». Il conserve les références pendant 8 heures maximum.

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3.2. Envoyer les résultats (suite)3.2.5. E-mail

Permet d’envoyer les résultats par email. Idem que pour envoyer par fichier, on peut en outre choisir le nombre de références à envoyer, à partir de laquelle commencer, et ajouter un texte éventuel (pour envoyer à un collègue, par exemple).

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3.3. Open Access La plupart des articles ne

proposent quun abstract, et le full text est souvent payant.

Il existe néanmoins des articles « gratuits » en « open access » ou en « free full text ».

Pour ne filtrer que ceux-là : cliquer sur « Free Full Text » en haut à droite de la page de résultats. Si cette option n’apparaît pas, c’est qu’il n’y en a pas…!

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3.3. Open Access (suite) Un article en open access est TOUJOURS signalé dans

la page de résultats par la mention « Free article ».

Un clic sur ce lien amène à l’abstract. Ensuite dans le coin supérieur droit, à côté du « Send to », un lien vers l’article proprement dit est proposé. Un clic redirige vers le site de l’éditeur ou un site proposant l’article en entier.

Il est à noter que ce lien existe aussi pour les articles payants (ou avec abonnement au périodique).

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3.4. VeilleDeux types de veille existent :

via inscription par MyNCBI – envoi par email automatique sur base quotidienne, hebdomadaire ou mensuelle.

Pour cela, utiliser le lien « Save search »

via RSS, par un fichier XML

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Webographie / sources Bibliographic Service Division : Data, News and Update Information / National Library

of Medicine. - NLM, décembre 2009. - URL : http://www.nlm.nih.gov/bsd/revup/revup_pub.html#med_update . - Consulté le 25 janvier 2010.

PubMed Tutorial / National Library of Medicine. - NLM, décembre 2009. - URL : http://www.nlm.nih.gov/bsd/disted/pubmedtutorial/ . - Consulté le 25 janvier 2010.

A la découverte du MeSH Database de Pubmed / Dailland, Françoise ; Kaelblen, Laurent . - Médiathèque de l’Université Paris Descartes, octobre 2008. – URL : http://mediatheque.parisdescartes.fr/article.php3?id_article=2105. -Consulté le 25 janvier 2010.

MEDLINE / Wikipedia. –Wikimedia Fundation, Janvier 2010. - URL : http://en.wikipedia.org/wiki/MEDLINE. -Consulté le 25 janvier 2010.

PubMed Help / National Library of Medicine. –NLM, février 2010. – URL : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bookshelf/br.fcgi?book=helppubmed&part=pubmedhelp . - Consulté le 16 février 2010

Souvenirs personnels du cours de M. Alain Somville (HENaC Malonne)

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