Ingénieur en développement de logiciels de recherche en imagerie médicale et biologique. 30 oct...

Ingénieur en développement de logiciels de recherche en imagerie médicale et biologique.

30 oct 2008

Eduardo E. DAVILA S.

Concours : 141 Laboratoire d’intérêt : CREATIS-LRMN

Ville : Villeurbanne

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Concours: 141 Eduardo E. Davila S.

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PLAN

• Expériences et compétences

• Vision du poste

• Conclusion

Formation

Lycée bilingue en anglais / Bogota, Colombie

Universidad de los Andes – Bogotá, Colombie. - 1999 : 2 Diplômes d’ingénieur

- Génie Mécanique. - Génie Informatique. projet - 2002 : Master of Computer Science Générateur d’applications de présentations multimédia 3D

INSA - Lyon, France. - 2002 : D.E.A. Images et Systèmes.

Interface pour le traitement d’images médicales à distance publications: [ISPA'2003] [3DPVT'2002]

Double culture ingénieur/recherche avec une vision internationale(français / anglais / espagnol)


3/18Expériences et compétences

Expériences en développement logiciel:

~8 ans (France / Colombie)

• En entreprise (Samira Software, Datanex, Theralys, …) ~4 ans multimédia, sites web, traitement d’images médicales

• Au sein du CHU de Lyon, (Hôpital Cardiologique) ~2 ans Développement de l’environnement Maracas

• Laboratoire de recherche multidisciplinaire (CREATIS-LRMN) ~2 ans - Suite logicielle Creatools – BBTK

- Co-développement International de logiciels Collaboration CREATIS-LRMN / UNIANDES




Maracas

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MAgnetic Resonance Angiography Computer Assisted analysiS

C++, gdcm, Vtk, Itk, wxWidgets, OSGI, CMake, CVS, Doxygen, windows, linux

Logiciel d’aide à l’analyse d’images médicales 3D

Logiciel interactif 3D pour la visualisation, l’analyse et la quantification de sténoses vasculaires

- IHM conviviale et utilisable par des médecins- Manipulation et traitement d’images 3D - Visualisation de scènes 3D complexes multi objets

Expériences et compétences

- Chef de projet- Élaboration du cahier des charges avec les médecins- Développement, maintenance et évolution du logiciel (2 ans) - Support pour une dizaine de stages, PFE, Master, thèse - Support à la recherche : 11 publications, 22 communications- Co-auteur d’1 publication, 4 communications

- Licences vendues à Hitachi (Japon) à travers Medasys (Paris)

http://www.creatis.insa-lyon.fr/maracas [IJCARS’2007] [INVEMAR’2008] [CARS’2007] [CARS’2006] [CCR’2006]


Mes contributions à Maracas



BBTK

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Black

Box

Tool

Kit

C++, Vtk, Itk, wxWidgets, OSGI, XML, HTML, Latex, CMake, CVS, Doxygen, windows, linux

Environnement simple et flexible pour le design/prototypage de nouvelles chaînes de

traitements d’images et de maillages

- Capitalisation, pérennisation et auto-documentation d’algorithmes - Prototypage rapide : description de workflow par langage de script - Mécanisme de plug-in- Images multi-modalités et multi-dimensionnelles - Composants d’interface graphique et widgets évolués


- Développement collaboratif (3 développeurs), maintenance et évolution du logiciel (2 ans)

- Élaboration du cahier des charges avec les chercheurs

- Conception et développement de la couche basse de la librairie

- Responsable du développement de modules de haut niveau

- Support d’une dizaine de stages, PFE, Master, thèse

- Evaluation dans le cadre du REX Européen (Virtual Physiological Human) du programme TIC (FP7)

http://www.creatis.insa-lyon.fr/creatools/bbtk Concours: 141 Eduardo E. Davila S.

Mes contributions à BBTK



Communication de savoir faire

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• Coauteur de 7 publications/communications

• Enseignement ~100 heurs UNIANDES, atelier de programmation, algorithmique (35 étud.) INSA, TP et TD, UML, programmation orientée objet (60 étud.)

• Formation interne et documentation des outils développés par l’équipe informatique.

• Suivi des étudiants• Suivi informatique de thèses (8 étudiants)• Suivi et formation des stages informatiques (12 étudiants)

dont 7 par visioconférence UNIANDES / CREATIS-LRMN


CREATIS–LRMN Missions de l’Equipe Informatique


10/18Vision du poste

• Définition d’un cadre commun de développement logiciel en adéquation avec les besoins :

prototypage, démonstration, évaluation, usage clinique

• Aide aux développements logiciels

• Support et formation aux outils de développement

CREATIS–LRMN Centre de recherche en imagerie médicale

180 personnes

Acquisition d’images

Traitementd’images

Interprétationcliniques



Acquisition d’image

Traitementd’image

Interprétationclinique

Chaîne detraitement

Dev

. lo

gici

elChaîne de traitement vs

besoin de développement logiciel



Développement d’applications

Acquisition d’image

Traitementd’image

Interprétationclinique

Chaîne detraitement

Dev

. lo

gici

elChaîne de traitement vs

besoin de développement logiciel


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Développement d’applications Développement de librairies

Vision du poste

BBTK

• Pérennisation • Mutualisation• Factorisation

CREATIS–LRMN Missions de l’Equipe Informatique



• Définition d’un cadre commun de développement logiciel en adéquation avec les besoins :

prototypage, démonstration, évaluation, usage clinique

• Aide aux développements logiciels

• Support et formation aux outils de développement

• Simplification de la gestion de logiciels:• Pérennisation • Mutualisation• Factorisation

Librairies de développement– Librairie IDO~1992 : Collection de fonctions de traitement– DaVaW~2001 : Collection de widgets sophistiqués

Applications de traitement d’images– CreaTools Python ~2003 (DaVaW)

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - – BBTK ~2006

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

– Maracas ~2004– CreaTools suite ~2008 (BBTK)



Mon Savoir faire


Conclusion

16/18Conclusion

• Ma motivation :• Apporter mon savoir faire à la recherche• Utiliser l’informatique et les mathématiques comme outils afin d’aider à résoudre de forts enjeux pour la société (médecine)

• Mes atouts pour accomplir avec succès les missions attribuées à ce poste

• Expérience & savoir faire technique • Sens des relations et de l’écoute • Communication internationale et multidisciplinaire• Goût pour la formation et la transmission de compétences• Mon grand enthousiasme

PublicationsPUBLICATIONS DANS DES REVUES A COMITÉ DE LECTURE

• [IJCARS’2007] Carrillo J.F., Hernández Hoyos M., Dávila E.E., Orkisz M. Recursive tracking of vascular tree axes in 3D medical images. Int J Comp Assisted Radiol Surg, 2007; 1(6): 331-339.

COMUNICATIONS DANS DES COLLOQUES INTERNATIONAUX AVEC ACTES

• [INVEMAR’2008] Ardila N, Hernández Hoyos M, Teillaud S, Orkisz M, Dávila E, Beuf O, Adrien J, Martínez F., Rey C, Sánchez JA. Estudio no destructivo de los canales internos de octocorales por medio del análisis de imágenes

biológicas y médicas. Libro de resumenes del XII Seminario Nacional de Ciencia y Tecnología del Mar, v.1. p.155, Santa Marta, Colombia

• [CARS’2007] Zuluaga M.A., Dávila E.E., Uriza L.F., Hernández Hoyos M. Carotid artery segmentation and characterization in 3D computed tomography (CT) images. Computer Assisted Radiology and Surgery (CARS), June 27 - 30 2007, Berlin, Germany.

• [CARS’2006] Carrillo J.F., Hernández Hoyos M., Dávila E.E., Orkisz M. Vascular Tree Extraction from 3D Images. In: Computer Assisted Radiology and Surgery (CARS), June 28 - July 1, 2006, Osaka, Japan.

• [CCR’2006] Carrillo J.F., Hernández Hoyos M., Dávila E.E., Orkisz M. Segmentación y visualización arterial en ARM y TAC 3D. In: XXXI Congreso Colombiano de Radiología, Octubre 12 – 15, 2006, Cartagena de Indias, Colombia.

• [ISPA'2003] J. Montagnat, Davila-Serrano E.E., and I.E. Magnin. Efficient visualization of 3D medical scenes for remote interactive applications. In: ISPA'03, Roma, Italy, 2003.

• [3DPVT'2002] J. Montagnat, Davila-Serrano E.E., and I.E. Magnin. 3D objects visualization for remote interactive medical applications. In: 3D Data Visualization, Processing, and Transmission (3DPVT'02), Padova, Italy, pages 75-48, 2002.


17/18


Merci

pour votre attention …

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CREATIS-LRMNAcquisition d’images

• Imagerie Ultrasonore • Imagerie et Méthodologie Exploratoires en RMN • Imagerie RMN et Optique • Imagerie Spectroscopique en RMN

Traitement d’images• Imagerie Dynamique • Imagerie Volumique

Interprétation clinique• Imagerie Morphologique et Fonctionnelle (Ischémie Myocardique, Lumière et Paroi Vasculaire , Ischémie Cérébrale, Réponse Pulmonaire à l’Agression)• Microarchitecture et Tissus Osseux


Vision du poste

8 équipes de recherche 180 personnes


Vision du poste

Problèmes:- Connexion entre les modules difficile - Maîtrise de l’informatique nécessaire

Avantages:- Capitalisation du travail du laboratoire- Génération des interfaces rapide & simple- Documentation automatique

Problématique

//

Application

withEx. script définition

Module A

Module B

Module C

Module C

Module A Box A Box B Box C

ApplicationEx. Maracas - Creatools Python BBTK

Module B

Avant Aujourd'hui


Images

Collaboration avecL’ECAM pour la

visualisation en stéréo

Images• img 2.3.A : Modèle 3D d’une hanche pathologique. Le modèle a été

repris pour un logiciel de CAO afin de produire une prothèse adaptée

• img 2.4.A : Segmentation d’une dissection aortique

• img2.6.C : Bifurcation de canaux de corail

• img 2.7.A : Image d’un cheveu acquise avec un scanner de haute résolution


Img 2.3.A img 2.6.C img 2.4.A img 2.7.A

Images


Images

img 2.3.A : Modèle 3D d’une hanche pathologique. Le modèle a été repris pour un logiciel de CAO afin de

produire une prothèse adaptée


Images

img2.6.C : Bifurcation de canaux de corail


Images

img 2.4.A : Segmentation d’une dissection aortique


Images

img 2.7.A : Image d’un cheveu acquise avec un scanner de haute résolution


Images

Maracas IRM Quantification


Images


Images

BBTK

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