Ingénieur en développement de logiciels de recherche en imagerie médicale et biologique. 28...

Ingénieur en développement de logiciels de recherche en imagerie médicale et biologique.

28 Janvier 2009

Eduardo E. DAVILA S.

Laboratoire : CREATIS-LRMN Ville : Lyon France

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CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S.

http://creatis.insa-lyon.fr

Eduardo E. Davila [email protected]

http://imagine.uniandes.edu.co

Marcela Hernandez [email protected]

CREATIS–LRMN Centre de recherche en imagerie médicale

180 personnes

Acquisition d’images

Traitementd’images

Interprétationclinique


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CREATIS–LRMN Missions de l’Equipe Informatique

• Définition d’un cadre commun de développement logiciel en adéquation avec les besoins :

prototypage, démonstration, évaluation, usage clinique

• Aide aux développements logiciels

• Support et formation aux outils de développement

• Simplification de la gestion de logiciels:• Pérennisation • Mutualisation• Factorisation


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CREATIS-LRMN

Acquisition d’images• Imagerie Ultrasonore • Imagerie et Méthodologie Exploratoires en RMN • Imagerie RMN et Optique • Imagerie Spectroscopique en RMN

Traitement d’images• Imagerie Dynamique • Imagerie Volumique

Interprétation clinique• Imagerie Morphologique et Fonctionnelle (Ischémie Myocardique, Lumière et Paroi Vasculaire , Ischémie Cérébrale, Réponse Pulmonaire à l’Agression)• Microarchitecture et Tissus Osseux

8 équipes de recherche 180 personnes


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Librairies de développement• Librairie IDO~1992 : Collection de fonctions de

traitement• DaVaW~2001 : Collection de widgets

sophistiqués• BBTK ~2006

Applications de traitement d’images• CreaTools Python ~2003 (DaVaW)• Maracas ~2004• CreaTools suite ~2008 (BBTK)

Savoir faire


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MaracasMAgnetic Resonance Angiography Computer Assisted analysiS

C++, gdcm, Vtk, Itk, wxWidgets, OSGI, CMake, CVS, Doxygen, windows, linux

Logiciel d’aide à l’analyse d’images médicales 3D

Logiciel interactif 3D pour la visualisation, l’analyse et la quantification de sténoses vasculaires

- IHM conviviale et utilisable par des médecins- Manipulation et traitement d’images 3D - Visualisation de scènes 3D complexes multi objets


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http://www.creatis.insa-lyon.fr/maracas/

BBTK Black

Box

Tool

Kit

C++, Vtk, Itk, wxWidgets, OSGI, XML, HTML, Latex, CMake, CVS, Doxygen, windows, linux

Environnement simple et flexible pour le design/prototypage de nouvelles chaînes de

traitements d’images et de maillages

- Capitalisation, pérennisation et auto-documentation d’algorithmes - Prototypage rapide : description de workflows par langage de script - Mécanisme de plug-in- Images multi-modalités et multi-dimensionnelles - Composants d’interface graphique et widgets évolués


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http://www.creatis.insa-lyon.fr/creatools/

CREATIS–LRMN Centre de recherche en imagerie médicale

180 personnes





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Chaîne detraitement

Dev

. lo

gici

elChaîne de traitement vs

besoin de développement logiciel

Développement d’applications


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Chaîne detraitement

Dev

. lo

gici

elChaîne de traitement vs

besoin de développement logiciel

Développement d’applications Développement de librairies

BBTK

• Pérennisation • Mutualisation• Factorisation

Efficacité de développement


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Problèmes:- Connexion entre les modules difficile - Maîtrise de l’informatique nécessaire

Avantages:- Capitalisation du travail du laboratoire- Génération des interfaces rapide & simple- Documentation automatique

Problématique

//

Application

withEx. script définition

Module A

Module B

Module C

Module C

Module A Box A Box B Box C

ApplicationEx. Maracas - Creatools Python BBTK

Module B

Avant Aujourd'hui


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12/21

BBTKBBTK

CREACREA


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BBTKBBTK

vtkvtkitkitk

wxwx

bbvtkbbvtkbbitkbbitk

CREACREA

bbwxbbwx bbwxvtkbbwxvtkbbvtkitkbbvtkitk

boostboost


12/21

bbcreaImageIObbcreaImageIO

bbcreaMaracasVisubbcreaMaracasVisu

vtkvtk

wxwx

gdcmgdcm

SQLiteSQLiteBBTKBBTK

vtkvtkitkitk

wxwx


CREACREA


boostboost


12/21

BBTKBBTK

vtkvtkitkitk

wxwx


CREACREA


boostboost

bbNewPackagebbNewPackage


12/21

Bbs: box, appli, examplesData

bbNewPackage

Bbs: box, appli, examplesData

bbNewPackage

box1box1 Box2Box2

personalLIBpersonalLIB

EXEEXE

BBTKBBTK

vtkvtkitkitk

wxwx


CREACREA


boostboost

Box3Box3


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newProject-doc-appli (endUser)-libsrc-bbNewPackage

-doc-bbs-data-src

-box1-box2


-doc-bbs-data-src

-box1-box2

BBTKBBTK

vtkvtkitkitk

wxwx


CREACREA


boostboost


-doc-bbs-data-src

-box1-box2


-doc-bbs-data-src

-box1-box2

BBTKBBTK

vtkvtkitkitk

wxwx


CREACREA


boostboost


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CREA

newProject


-doc-bbs-data-src

-box1-box2


-doc-bbs-data-src

-box1-box2

BBTKBBTK

vtkvtkitkitk

wxwx


CREACREA


boostboost


12/21

BBTK

bbNewPackage


12/21

BBTK


-doc-bbs-data-src

-box1-box2


-doc-bbs-data-src

-box1-box2

BBTKBBTK

vtkvtkitkitk

wxwx


CREACREA


boostboost


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BBTK

box1


12/21


12/21

BBTKBBTK

vtkvtkitkitk

wxwx


CREACREA


boostboost


-doc-bbs-data-src

-box1-box2


-doc-bbs-data-src

-box1-box2


-doc-bbs-data-src

-box1-box2


-doc-bbs-data-src

-box1-box2


12/21

BBTKBBTK

vtkvtkitkitk

wxwx


CREACREA


boostboost


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12/21

-newProject-doc-appli-src-bbNewPackage

-doc-src

-box1-box2

-newProject-doc-appli-src-bbNewPackage

-doc-src

-box1-box2

-newProjectBIN -sln/Makefile-debug/release-doc-appli-src-bbNewPackage

-doc-src

-box1-box2

-newProjectBIN -sln/Makefile-debug/release-doc-appli-src-bbNewPackage

-doc-src

-box1-box2

CMakeCode source Project to be compiled

Compilervisual C++ / gcc

Compilervisual C++ / gcc

lib.dllbblibappli.exe

lib.dllbblibappli.exe


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Collaboration avecL’ECAM pour la

visualisation en stéréo


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Images• img 2.3.A : Modèle 3D d’une hanche pathologique. Le modèle a été

repris pour un logiciel de CAO afin de produire une prothèse adaptée

• img 2.4.A : Segmentation d’une dissection aortique

• img2.6.C : Bifurcation de canaux de corail

• img 2.7.A : Image d’un cheveu acquise avec un scanner de haute résolution

Img 2.3.A img 2.6.C img 2.4.A img 2.7.A


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img 2.3.A : Modèle 3D d’une hanche pathologique. Le modèle a été repris pour un logiciel de CAO afin de

produire une prothèse adaptée


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img2.6.C : Bifurcation de canaux de corail


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img 2.4.A : Segmentation d’une dissection aortique


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img 2.7.A : Image d’un cheveu acquise avec un scanner de haute résolution


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Maracas IRM Quantification


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BBTK


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Merci

pour votre attention …

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