Groupe 42Groupe 42

Muylaert AdelineMuylaert Adeline

Ovaert PascalOvaert Pascal

Padie LaetitiaPadie Laetitia

Travail de génétique Travail de génétique quantitative quantitative

Estimation du maximum de Estimation du maximum de vraissemblance des paramètres vraissemblance des paramètres génétiques des caractères de génétiques des caractères de

production d' oeuf en relation avec le production d' oeuf en relation avec le poids au jeune age chez les poulets à poids au jeune age chez les poulets à

rôtir.rôtir.

PlanPlan IntroductionIntroduction Présentation du sujetPrésentation du sujet But de l’étudeBut de l’étude Matériels et méthodesMatériels et méthodes Modèle génétiqueModèle génétique RésultatsRésultats DiscussionsDiscussions ConclusionConclusion Critiques éventuellesCritiques éventuelles Usages vétérinairesUsages vétérinaires BibliographieBibliographie

IntroductionIntroduction

Comment les paramètres de Comment les paramètres de population ont ils été affectés par population ont ils été affectés par une sélection prolongée sur les une sélection prolongée sur les caractères de performance ?caractères de performance ?

Présentation du sujetPrésentation du sujet La sélection extensive réalisée sur de nombreuses générations La sélection extensive réalisée sur de nombreuses générations

pourrait avoir changé la corrélation génétique entre le poids au pourrait avoir changé la corrélation génétique entre le poids au jeune âge et les caractères de production des oeufs ,du fait des jeune âge et les caractères de production des oeufs ,du fait des objectifs de sélection.objectifs de sélection.

Ceux ci ont conduit les fréquences des gènes dans différentes Ceux ci ont conduit les fréquences des gènes dans différentes directions et donc ont créé des paramètres propres à des directions et donc ont créé des paramètres propres à des populations individuelles.populations individuelles.

Augmentation probabilité de fixation du pleiotropisme ou des Augmentation probabilité de fixation du pleiotropisme ou des gènes étroitement liés gènes étroitement liés

=> changements de la corrélation génétique au cours de la => changements de la corrélation génétique au cours de la ségrégation des gènességrégation des gènes

Les changements environnementaux au cours de ce temps ont Les changements environnementaux au cours de ce temps ont aussi eu un impact sur l’importance de la corrélation génétique.aussi eu un impact sur l’importance de la corrélation génétique.

Les programmes de sélection habituels (sur les poulets à rôtir) Les programmes de sélection habituels (sur les poulets à rôtir) sont généralement une sélection séquentielle dans laquelle la sont généralement une sélection séquentielle dans laquelle la sélection pour la reproduction est obtenue après la sélection sur la sélection pour la reproduction est obtenue après la sélection sur la croissance .croissance .

Présentation du sujetPrésentation du sujet L’évaluation de nombreux caractères génétiques L’évaluation de nombreux caractères génétiques

peut nécessiter de surmonter un déclin de la peut nécessiter de surmonter un déclin de la sélection et du progrès génétique.sélection et du progrès génétique.

Dans ces cas, l’estimation des matrices de Dans ces cas, l’estimation des matrices de covariances nécessite 2 évaluations génétiques covariances nécessite 2 évaluations génétiques par des méthodes type ANOVA produisant des par des méthodes type ANOVA produisant des résultats extrêmement biaisés.résultats extrêmement biaisés.

croissance rapide des capacités des ordinateurs+ croissance rapide des capacités des ordinateurs+ récents progrès des algorithmes:récents progrès des algorithmes:

=>IAM REML possible pour résoudre quelques uns =>IAM REML possible pour résoudre quelques uns des problèmes décrits ici ,incluant de grands des problèmes décrits ici ,incluant de grands nombres d’animaux.nombres d’animaux.

But de l’étudeBut de l’étude

Les objectifs de cette étude étaient:Les objectifs de cette étude étaient: 1)d 'estimer:1)d 'estimer:*les covariances génétiques et les paramètres pour la *les covariances génétiques et les paramètres pour la

production d'oeuf en relation avec le poids au jeune âge.production d'oeuf en relation avec le poids au jeune âge.

*les covariances génétiques et des paramètres parmi des *les covariances génétiques et des paramètres parmi des caractéristiques de production d’œufs par REML en utilisant caractéristiques de production d’œufs par REML en utilisant le modèle animal individuel bi et multivarié dans une lignée le modèle animal individuel bi et multivarié dans une lignée femelle de poulets viandeux.femelle de poulets viandeux.

2)de rechercher :2)de rechercher :*l'effet de transformation de données de production d’oeufs *l'effet de transformation de données de production d’oeufs

sur l’importance de l’héritabilitésur l’importance de l’héritabilité*les corrélations entre les caractères de production d’oeufs et *les corrélations entre les caractères de production d’oeufs et

le poids au jeune âge et parmi les caractères de production le poids au jeune âge et parmi les caractères de production d’oeuf.d’oeuf.

Matériels et méthodesMatériels et méthodes Données:Données: données relatives à plus ou moins 8 générations de lignée femelle données relatives à plus ou moins 8 générations de lignée femelle

de poules à rôtirde poules à rôtir Caractères considérés:Caractères considérés: JWTJWT:poids au jeune âge mesure à 6 semaines:poids au jeune âge mesure à 6 semaines AFEAFE:âge du 1er oeuf en jours (indiquant la maturité sexuelle):âge du 1er oeuf en jours (indiquant la maturité sexuelle) nombre d’oeufnombre d’oeuf jusqu’à 48 semaines d’âge jusqu’à 48 semaines d’âge HHPHHP:production d’oeuf par poule pondeuse:production d’oeuf par poule pondeuse taux de pontetaux de ponte à partir de l’âge au 1er oeuf jusqu’à 48 semaines à partir de l’âge au 1er oeuf jusqu’à 48 semaines HD%HD%:taux de ponte en % par jour de ponte:taux de ponte en % par jour de ponte poids moyen des oeufspoids moyen des oeufs à 28 semaines à 28 semaines

La population fut soumise à quelques sélections pour des traits La population fut soumise à quelques sélections pour des traits secondaires (ex:conformation et défauts au niveau des pattes) secondaires (ex:conformation et défauts au niveau des pattes)

La grande partie de la pression de sélection reposait sur le poids La grande partie de la pression de sélection reposait sur le poids au jeune âge et les caractéristiques de reproduction.au jeune âge et les caractéristiques de reproduction.

Matériels et méthodesMatériels et méthodes Transformation des données:Transformation des données: HHPHHP: transformation de 2,5: transformation de 2,5 HD%HD%: transformation de 3,5: transformation de 3,5 =>pour réduire la non normalité et la =>pour réduire la non normalité et la

curvilinéarité de l’héritabilitécurvilinéarité de l’héritabilité

transformation logarithmique de l’âge au 1er oeuf transformation logarithmique de l’âge au 1er oeuf après un changement de 140 jours dans le tempsaprès un changement de 140 jours dans le temps

le poids moyen des oeufs à 28 semaines :non le poids moyen des oeufs à 28 semaines :non transformé car déjà distribué normalement et transformé car déjà distribué normalement et d’héritabilité linéaired’héritabilité linéaire

Modèle génétiqueModèle génétiqueApplication du modèle animal individuel aux données relatives au poids au jeune âgeApplication du modèle animal individuel aux données relatives au poids au jeune âge

Y=µ + SEX + HW + AGE + a + p + eY=µ + SEX + HW + AGE + a + p + e

YY:phénotype= poids de l’animal au jeune âge:phénotype= poids de l’animal au jeune âgeµµ:moyenne:moyenneSEXSEX:effet fixe du sexe:effet fixe du sexeHWHW:effet fixe de la semaine d’éclosion:effet fixe de la semaine d’éclosionAgeAge:effet fixe de la classe d’âge des mères (effet responsable de la taille de l’oeuf):effet fixe de la classe d’âge des mères (effet responsable de la taille de l’oeuf)aa:somme des effets génétiques additifs de l’animal:somme des effets génétiques additifs de l’animalpp:somme des effets de l’environnement permanent du à la mère:somme des effets de l’environnement permanent du à la mèreee:somme des effets génétiques associés au phénotype (environnement temporaire):somme des effets génétiques associés au phénotype (environnement temporaire)

Modèle univarié:Modèle univarié:On envisage la variation d’un seul caractèreOn envisage la variation d’un seul caractère=>y= le seul caractère=>y= le seul caractèreModèle bivarié:Modèle bivarié:On envisage la bivariation de poids corporel et production d’oeuf.On envisage la bivariation de poids corporel et production d’oeuf.=>y= les 2 caractères=>y= les 2 caractères Modèle multivarié:Modèle multivarié:On envisage la variation d’une multitudes de caractères ensemble.On envisage la variation d’une multitudes de caractères ensemble.

RésultatsRésultats

corrélation génétique entre JBWT et EWT (poids de l’oeuf) corrélation génétique entre JBWT et EWT (poids de l’oeuf) élevée (0,63)élevée (0,63)

corrélation de HHP et HD% très élevée et proche de 1corrélation de HHP et HD% très élevée et proche de 1 corrélation négative entre AFE et HHP (-0,76), et entre AFE corrélation négative entre AFE et HHP (-0,76), et entre AFE

et HD% (-0,45)et HD% (-0,45) corrélations de EWT avec HHP , HD% et AFE est nullescorrélations de EWT avec HHP , HD% et AFE est nulles corrélations de JBWT avec HHP et HD% sont proches de 0corrélations de JBWT avec HHP et HD% sont proches de 0

=>soit on a des corrélations très élevées, càd proches de 1=>soit on a des corrélations très élevées, càd proches de 1=>soit on a des corrélations très faibles, càd proches de 0=>soit on a des corrélations très faibles, càd proches de 0

Discussions:Discussions:Estimations de l’héritabilités des Estimations de l’héritabilités des

caractères reproducteurscaractères reproducteurscaractèrescaractères Héritabilité Héritabilité

estiméeestimée

Ideta et Ideta et SiegelSiegel

KinneyKinney notre notre étudeétude

HHPHHP // // 0.140.14

HD%HD% 0.480.48 0.150.15 0.100.10

AFEAFE 0.190.19 0.390.39 0.340.34

EWTEWT 0.530.53 0.570.57 0.550.55

Explications du tableauExplications du tableau

Héritabilités (h² )très différentes dans la Héritabilités (h² )très différentes dans la 1ere étude<=pas de sélection préalable 1ere étude<=pas de sélection préalable sur la production d’œufssur la production d’œufs

=>variances génétiques additives plus =>variances génétiques additives plus élevéesélevées

h² de AFE influencée par le hasardh² de AFE influencée par le hasard 2ème et 3ème études: h² plus faibles2ème et 3ème études: h² plus faibles

<=sélection réalisée plus intense<=sélection réalisée plus intense

Estimations de la corrélation entre Estimations de la corrélation entre le poids corporel et la reproductionle poids corporel et la reproduction

Effet possible sur la corrélation génétique d’une restriction Effet possible sur la corrélation génétique d’une restriction de nourriture appliquée à la population => prévenir de nourriture appliquée à la population => prévenir l’obésité et ses effets – sur la reproductionl’obésité et ses effets – sur la reproduction

Restriction de nourriture Restriction de nourriture =>change signe de corrélation entre GQM et quantité de =>change signe de corrélation entre GQM et quantité de

graissegraisse=>si restriction :dépôt de muscle plutôt que de graisse=>si restriction :dépôt de muscle plutôt que de graisse Corrélation – entre AFE et dépôt de graisseCorrélation – entre AFE et dépôt de graisse Animaux à poids supérieur d’un point de vue génétique => Animaux à poids supérieur d’un point de vue génétique =>

plus efficients: effet + sur AFEplus efficients: effet + sur AFE Effet + sur AFE =>corrélation faible entre JBWT et HHPEffet + sur AFE =>corrélation faible entre JBWT et HHP Effet – du poids corporel sur l’ action de la photopériode Effet – du poids corporel sur l’ action de la photopériode

(2ème étude)(2ème étude)=>corrélation + entre JBWT et AFE=>corrélation + entre JBWT et AFE

ConclusionConclusion

L’article insiste sur l’existence d’une L’article insiste sur l’existence d’une relation entre le caractère viandeux et les relation entre le caractère viandeux et les performances de production d’œuf.performances de production d’œuf.

Une meilleure compréhension des relation Une meilleure compréhension des relation génétiques et physiologiques entre ces génétiques et physiologiques entre ces caractères peut optimiser la stratégie de caractères peut optimiser la stratégie de sélection et de management à l’intérieur sélection et de management à l’intérieur du programme de sélection.du programme de sélection.

Critiques éventuelles:Critiques éventuelles:inconvénientsinconvénients

Selon les conditions d’expériences, on obtient des Selon les conditions d’expériences, on obtient des corrélations et des héritabilités variables. corrélations et des héritabilités variables. Exemple de variations:Exemple de variations:

*Choix de la population*Choix de la population *Nourriture,etc…*Nourriture,etc… Manque de comparaison à des études récentes Manque de comparaison à des études récentes

vu les progrès actuels de la génétique.vu les progrès actuels de la génétique. Manque de précision à propos de la race des Manque de précision à propos de la race des

poules utilisées.poules utilisées. Restriction de l’environnement (ex: influence Restriction de l’environnement (ex: influence

parasitaire, climat ,pays choisi dans l’étude…)parasitaire, climat ,pays choisi dans l’étude…)

Critiques éventuelles:Critiques éventuelles:avantagesavantages

Étude regroupant de nombreux Étude regroupant de nombreux paramètres relatifs à la production paramètres relatifs à la production cunicole. cunicole.

Ouverture vers des études ultérieures Ouverture vers des études ultérieures grâce aux nombreux points de vue grâce aux nombreux points de vue abordés.abordés.

Ouverture à la réflexion sur de nouveaux Ouverture à la réflexion sur de nouveaux horizons de recherche.horizons de recherche.

Insistance sur l’existence d’une relation Insistance sur l’existence d’une relation entre le caractère viandeux et la entre le caractère viandeux et la production des œufs (par opposition aux production des œufs (par opposition aux idées préconçues des industriels)idées préconçues des industriels)

Usages vétérinairesUsages vétérinaires Mise à la production d’œufs la plus précoce possible:Mise à la production d’œufs la plus précoce possible: âge recommandé (6 semaines) tout en respectant âge recommandé (6 semaines) tout en respectant

l’évolution du poids de la poulel’évolution du poids de la poule Mise en place sur le marché d’un poulet « double fin »Mise en place sur le marché d’un poulet « double fin » Intérêts pour les pays en voie de développementIntérêts pour les pays en voie de développement Création d’un nouveau type de poulet labelCréation d’un nouveau type de poulet label Retour du « contact » exploitant-VT-animalRetour du « contact » exploitant-VT-animal Conseils=>vétérinaire de guidanceConseils=>vétérinaire de guidance *normes alimentaires*normes alimentaires *bien être animal*bien être animal *progrès génétiques=>nouveau type de programme de *progrès génétiques=>nouveau type de programme de

sélection=>nouvelle finalité de la recherche sélection=>nouvelle finalité de la recherche

Bibliographie:Bibliographie: Detilleux,J. cours de 1er doctorat en medecine vétérinaire.Detilleux,J. cours de 1er doctorat en medecine vétérinaire.

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