Juin 2013

GoTaq® G2 Hot Start Polymerase Un master mix Hot Start offrant la commodité d’une préparation à température ambiante

L’importance d’authentifier les lignées cellulaires

Numération de colonies : facilitez-vous la vie

Focus technique : les applications de la protéinase K

Interview P. Pasquier, DG Promega France à Forum Labo

D A N S C E N U M E R O

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Echantillonnez et partagez vos résultats pour avoir une chance de gagner des prix fantastiques ! Que ferez-vous de votre bac à glace ?Tweetez une image sur @Promega du recyclage de votre bac à glace. Taggez le avec #GoTaq® G2, et votre image fera aussi partie de ce mur !

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N O U V E AU P R O D U I T

La GoTaq® G2 Hot Start Polymerase et les Master Mix facilitent la préparation de votre réaction, en alliant la commodité d’un dispositif expérimental à température ambiante, à la spécificité d’une polymérase Hot Start.

Le mélange GoTaq® G2 Master Mix est prêt à l’emploi et simplifie la mise en place de la réaction. Le colorant contenu dans le tampon de réaction permet un dépôt direct sur gel. Pour vos applications ultérieures qui exigent une lecture de fluorescence ou d’absorbance, un tampon incolore est fourni. Les master mix permettent l’amplification d’une grande variété de cibles. Ils sont également optimisés pour éliminer les produits non spécifiques et garantir un rendement et une sensibilité supérieurs aux produits concurrents.

Avec GoTaq® G2 Hot Start Polymerase, vous pouvez optimiser vos conditions réactionnelles avec le MgCl2 fourni séparément.

Par ailleurs, les réactions utilisant la GoTaq® G2 Hot Start Polymerase ou les Master Mix peuvent être laissées pendant 24 heures à température ambiante avant de démarrer la PCR sans diminution de la performance. Cette stabilité accrue est idéale pour une configuration automatisée.

Toute la commodité de la PCR à température ambianteavec GoTaq® G2 Hot Start Polymerase et les Master Mix

Amplification du fragment de 1,5 kb du gène oméga du Corynephage, à partir de 500 ng d’ADN plasmidique en utilisant les mélanges GoTaq® G2 Hot Start Green (G) ou Colorless (C) et leurs principaux concurrents (L1, Q, TS et L2).

Des rendements accrus et une plus grande spécificité

11415TB

1.5kb

M

T G C L1 Q TS L2

M

Higher yields

No nonspecific products

Nonspecific amplicons produced using standardTaq

1141

8TBImmediate

cycling

M

1 2 3 4 5 6

MM

24-hour RTincubation

Same great yield and specificity after sitting at room-temperature for 24 hours Nonspecific

product with standardTaq

Rendement et spécificité intacts après 24 heures à température ambiante

GoTaq® G2 Hot Start Polymerase (2 & 5) et GoTaq® G2 Hot Start Green Master Mix (3 & 6) ont été utilisés pour amplifier un plasmide de 1,5 kb immédiatement après la préparation de la réaction et après 24 heures à température ambiante. La bande de la Taq standard (1 & 4) indique une hybridation non spécifique et la formation de dimères de primers.

WHA

T W

ILL YOU DO WITH YOURS?

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ACTUALITES RECHERCHE Une Appli pour la numération des colonies sur iPhone™

La toute nouvelle application Promega “Colony Counter” a été conçue pour faciliter la numération de vos colonies bactériennes sur boîte de Petri grâce à l’utilisation de votre iPhone.

• Comptez les colonies sur une seule plaque ou calculez la moyenne pour un ensemble de boîtes.

• Zoomez sur la boîte pour faciliter la numération.

• Sélectionnez la zone de comptage pour éliminer tout risque d’erreur.

• Sauvegardez les images de la boîte pour un comptage ultérieur.

L’application “Colony Counter” utilise la méthode de comptage la plus répandue, qui consiste à faire une moyenne des colonies dénombrées sur plusieurs plaques.

Au démarrage, l’application demande à l’utilisateur de débuter avec une nouvelle plaque ou d’ajouter une plaque à une série existante. L’utilisateur peut ainsi visualiser et/ou éditer un ensemble de plaques qui ont fait l’objet d’un précédent comptage. A chaque nouveau comptage, l’appareil passe instantanément en mode caméra.

Cette image, une fois prise, est immédiatement traitée par l’algorithme de comptage de façon à fournir une première estimation. Pour plus de facilité, zoomez sur les différents quadrants de la plaque, et naviguez ensuite

d’un quadrant à l’autre. Affinez ensuite la numération en marquant manuellement les colonies supplémentaires. Le nombre de colonies s’affiche en haut de l’écran et est mis à jour instantanément à chaque opération de comptage.

La façon la plus rapide et la plus facile de compter les colonies

L’image agrandie de la plaque est décalée d’un quadrant vers la droite en tirant l’icône de positionnement de la plaque vers le quadrant approprié.

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Publications OutilsP U b L I C AT I O N S

PubHubPubHub

ARTICLES TECHNIQUES DU PUbHUb

(PORtAiL DEs PUbLicAtiONs EN LigNE)

Frequently Asked Questions About STR Uses

Making a Complex Solution

Video Protocol: ReliaPrep™ Large Volume HT gDNA Isolation System bLOG PROMEGA CONNECTIONS (AstUcEs, NOUvEAUtés…)

The “Simple” Capillary Finds Its Niche

Science Confirms What We’ve Always Suspected: Potato Chips are Irresistible

The Price for Convenience May Not Be That Pricey After All

ARTICLES ExTRAITS DU JOURNAL “PROFILE IN DNA”

Evaluation of the PowerPlex® Fusion System for Use on the ABI PRISM® 310 Genetic Analyzer

High-Throughput Genetic Data Gathering From Bone Samples Recovered from an Air Crash Site

& formations pour le labo

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J E U C O N C O U R S P R E S E N TAT I O N S

Webinars

voir le règlement informations et inscription

Nous vous offrons un programme de conférences en ligne conçu sur-mesure, à but non lucratif, couvrant une vaste gamme de sujets scientifiques, allant des concepts fondamentaux jusqu’à des présentations de recherche à contenu très technique.

Ces webinars sont GRATUITS, nous vous demandons simplement de vous inscrire à l’avance. Assister en direct à ces conférences vous permettra d’échanger avec le speaker. L’enregistrement ainsi que le PDF des présentations sont mis à votre disposition le lendemain de chaque webinar si vous êtes dans l’impossibilité d’y participer.

Mardi 16 juillet 2013

How to Identify Physiologically Relevant Protein Interactions Using Covalent-Capture HaloTag®Technology

HaloTag® is a protein fusion tag, which binds rapidly and covalently to synthetis small molecule HaloTag® ligands with diverse functionalities - it’s a system that can simutaneously drive multiple research directions with a single protein fusion construct. Read below to learn more.

Rob Chumanov, PhD., Proteomics Product Manager

Webinars à venir

1. Pourquoi pouvez-vous travailler sans glace lorsque vous utilisez la GoTaq® G2 ?

2. Qu’est-ce que l’analyse STR ?

Pour participer, répondez aux questions en cliquant ci-dessous.Les réponses se trouvent dans ce numéro.

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FOCUS TECHNIQUE

La stabilité de la Protéinase K dans l’urée et le SDS, ainsi que sa capacité à digérer les protéines natives, en font un outil de choix pour des applications variées. Nous avons regroupé à travers une liste, les publications qui illustrent l’utilisation de la protéinase K pour la purification d’ADN et d’ARN, la digestion de protéines dans les échantillons de tissus fixés dans le formol et inclus dans la paraffine (FFPE), les immunoprécipitations de chromatine et les essais de protection par la protéinase K.

Elimination des protéines lors de la purification d’ADN et d’ARN

1. Biran, J et al. (2012) Neurokinin Bs and neurokinin B receptors in zebrafish-potential role in controlling fish reproduction. Proc. Natl. Acad. 109, 10269–274.

2. Guo, C. et al. (2012) Global identification of MLL2 -targeted loci reveal MML2 role in diverse signaling pathways. Proc. Natl. Acad. Sci. 109, 17603–608.

3. Martinez, F. et al. (2012) Leucine Zipper Domain is required for Kaposi Sarcoma-associated Herpesvirus K-bZIP Protein to interact with Histone Deacetylase and is important for KSHV Replication. J. Biol. Chem. 287, 15622–634.

4. Lin, X. et al. (2012) MicroRNAs and Unusual Small RNAs Discovered in Kaposi’s Sarcoma-Associated Herpesvirus Virions. J. Vir. 86, 12717–730.

Digestion des protéines dans les tissus fixés au formol et inclus en paraffine (FFPE)

1. Bric, L. et al. (2012) Morphologic and Clinicopathologic Features of Lunf Squamous Cell Carcinomas Expressing Sox2. Amer. J. Clin. Path. 138, 712–18.

2. Wang, B. et al. (2012) RelB/NF-kappaB2 Regulates Corticotropin-Releasing Hormone in the Human Placenta. Mol. Endocrinol. 26,1356–69.

3. Zeng, M. et al. (2012) Critical role of CD4 T cells in maintaining lymphoid tissue structure for immune cell homeostatsis and reconstitution. Blood 120, 1856–67.

immunoprécipitation de la chromatine (CHIP)

1. Zhao, L-F. et al. (2012) Liver X Receptor alpha is involved in the Transcriptional regulation of the 6-Phosphofructo-2-Kinase/Fructose -2,6-Bisphosphatase Gene. Diabetes 61, 1062–71.

2. He, X. et al. (2012) Redox Regulation of Nuclear Factor Erythroid 2 -Related Factor 2: Gatekeeping for the Basal and Diabetes-Induced Expression of Thioredoxin-Interacting Protein. Mol. Pharmacol. 82, 887–97.

3. Wang, B. et al. (2012) RelB/NF-kappaB2 Regulates Corticotropin-Releasing Hormone in the Human Placenta. Mol. Endocrinol. 26, 1356–69.

La Protéinase K : une enzyme pour denombreuses applications

Essais de protection par la protéinase K (détermination de la translocation des protéines à l’aide de vésicules microsomiales)1. Minn, I. et al. (2009) SUN-1 and ZYG-

12, mediators of centrosome-nucleus attachment, are a functional SUN/KASH pair in Caenorhabditis elegans. Mol. Biol. Cell. 20, 4586–95.

2. Padhan, K. et al. (2007) Severe acute respiratory syndrome coronavirus Orf3a protein interacts with caveolin. J. Gen. Virol. 88, 3067–77.

3. Tews, B.A. et al. (2007) The pestivirus glycoprotein Erns is anchored in plane in the membrane via an amphipathic helix. J. Biol. Chem. 282, 32730–41.

4. Pidasheva, S. et al. (2005) Impaired cotranslational processing of the calcium-sensing receptor due to signal peptide missense mutations in familial hypocalciuric hypercalcemia. Hum. Mol. Gen. 14, 1679–90.

Commande Proteinase K

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NOUVEAU PRODUIT Le système genePrint® 10Votre garantie contre l’identification erronée des lignées cellulaires

La mauvaise identification ou la contamination de vos lignées cellulaires peuvent conduire à l’invalidation des résultats de vos recherches. Heureusement, il existe un moyen facile de confirmer l’identité des lignées de cellules humaines dans votre laboratoire : l’analyse des séquences répétées de l’ADN (STR). Reconnu comme un expert de la technologie STR, Promega lance le système GenePrint® 10 permettant la co-amplification de 9 loci humains incluant les STR recommandés dans le guide de l’ATCC (American Tissue Culture Collection) ceci avec 3 fluorophores différents. L’ensemble des loci analysés par le système GenePrint® 10 donne un profil génétique avec une probabilité de concordance de 1 sur 2,92 × 109, ce qui vous donne toute confiance dans l’identité de votre lignée cellulaire.

L’analyse des STR commence par une amplification et le système GenePrint® 10 contient tous les réactifs nécessaires pour amplifier les loci STR humains, à savoir :

• des protocoles détaillés étape par étape pour l’amplification des STR et leur détection par électrophorèse capillaire

• une ADN polymérase thermostable pour Hot Start

• un mélange contenant les amorces (5X)

• de l’eau nucléase free

• un ADN contrôle 2800M

• un standard interne (Internal Lane Standard, ILS) et une échelle allélique permettant de déterminer la taille de chaque amplicon et d’identifier les allèles lors de la phase de traitement des données

Gagnez du temps et de l’argent dans vos recherches en authentifiant avec précision vos lignées cellulaires.

L’importance d’authentifier les lignées cellulaires

Un grand nombre d’entre-nous travaille quotidiennement sur des cellules de cultures tissulaires sans aucune arrière-pensée quant à l’identité ou la contamination éventuelle de ces cellules. Cependant, de nombreuses lignées sont mal identifiées ou contaminées par d’autres cellules (2,3), ce qui représente une perte considérable de temps, d’efforts et de ressources, sans compter le risque d’invalider des résultats déjà publiés. Dans un effort pour juguler ce problème, les Instituts Nationaux de la Santé et de nombreuses revues scientifiques demandent - voire exigent - désormais une preuve de l’authentification des lignées cellulaires avant d’accorder une autorisation ou accepter des résultats en vue de leur publication.

Les lignées cellulaires peuvent être authentifiées grâce à un profiling génétique fondé sur le polymorphisme des loci STR, lesquels sont des séquences répétées de 3 à 7 paires de bases. Pour normaliser ce processus, le groupe de travail chargé du développement des normes au sein de l’ATCC a publié un guide qui recommande l’utilisation d’au moins huit loci STR (TH01, TPOX, vWA, CSF1PO, D16S539, D7S820, D13S317 et D5S818), auxquels il faut ajouter le locus de l’amélogénine. Assurez-vous que vos procédés d’authentification de lignées cellulaires répondent à ces normes ou les dépassent, en particulier lorsque vous travaillez sur des lignées étroitement apparentées et sur des cellules cancéreuses, qui présentent souvent des aberrations génétiques.

Références 1. ANSI/ATCC ASN-0002-2011. Authentication of human cell lines: Standardization of STR profiling. ANSI eStandards Store 2012.

http://webstore.ansi.org/RecordDetail.aspx?sku=ANSI%2FATCC+ASN-0002-2011

2. Chatterjee, R. (2007) Cell biology. Cases of mistaken identity. Science 315, 928–31

3. Capes-Davis, A. et al. (2010) Check your cultures! A list of cross-contaminated or misidentified cell lines. Int. J. Cancer 127, 1–8. An updated list of misidentified or contaminated cell lines can be found at: http://standards.atcc.org/kwspub/home/the_international_cell_line_authentication_committee-iclac_/Cross_Contaminations_v6_8.pdf

Pour en savoir plus sur l’authentification des lignées cellulaires

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Patrice Pasquier à Forum Labo & biotech 2013Directeur Général Promega France

I N T E R V I E W

Vidéo : Interview Patrice Pasquier à Forum Labo 2013

A l’issue de Forum Labo, Industrie Mag fait le point avec M. Patrice Pasquier, Directeur Général Promega France, sur les évolutions du groupe et de la filiale.

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