FORMATION DOCTORALE ED 227 · 2017. 1. 17. · Règles de l’ED 227 « Sciences de la Nature et de...

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MINISTERE DE L’EDUCATION NATIONALE DE L’ENSEIGNEMENT SUPERIEUR ET DE LA RECHERCHE MINISTERE DE L’ECOLOGIE, DU DEVELOPPEMENT DURABLE ET DE L’ENERGIE

MUSÉUM NATIONAL D'HISTOIRE NATURELLE Direction de l'Enseignement, de la Pédagogie et des Formations

Ecole doctorale 227 « Sciences de la Nature et de l’Homme : évolution et écologie » Bâtiment de la Baleine – 57, rue Cuvier – CP 27 – 75231 – Paris cedex 05

FORMATION DOCTORALE

ED 227

SCIENCES DE LA NATURE ET DE L’HOMME :

ÉVOLUTION ET ÉCOLOGIE

Année 2014-2015

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Préambule

Plan individuel de formation doctorale

Les doctorants doivent établir, en concertation avec leur directeur de thèse, dès l’inscription en première année, leur plan de formation doctorale et le communiquer à l’école doctorale pour accord préalable sur son contenu lequel pourra néanmoins être modifié, en cours de thèse, si cela s’avère nécessaire.

Ce plan individuel de formation doctoral doit être validé par le conseiller ou la conseillère doctoral(e) et un membre correspondant unité ou site du Conseil de l’ED 227. Cadre général

Les doctorants doivent suivre, durant la préparation de leur thèse, des formations utiles à leur projet de recherche et à leur projet professionnel, ainsi que des formations nécessaires à l’acquisition d’une culture scientifique élargie. Ces formations doivent non seulement permettre de préparer les futurs docteurs au métier de chercheur dans le secteur public, l’industrie et les services, mais aussi à tout métier requérant les compétences acquises lors de la formation doctorale (voir l’arrêté du 7 août 2006 relatif à la formation doctorale).

Règles de l’ED 227 « Sciences de la Nature et de l’Homme : évolution et écologie »

Les doctorants inscrits à l’ED 227 devront suivre, au cours de leurs trois années de thèse, un minimum de 72 heures de formation doctorale (équivalent, selon les types de formations suivies, à quatre modules de 18 heures de formation doctorale complémentaire, ou d’environ 12 journées de formation). La moitié au moins de la formation doctorale sera obligatoirement à vocation d’insertion professionnelle. Les heures de formation devront être validées par l’ED (sur présentation du contenu et d’un certificat de réussite ou d’assiduité), cette validation étant requise pour la signature de l’autorisation de soutenance. Pour les doctorants qui doivent justifier à l’étranger de l’obtention d’ECTS, l’ED délivre des attestations sur demande, la formation doctorale complémentaire ne pouvant excéder un total de 30 ECTS et la thèse proprement dite étant créditée de 150 ECTS formant un forfait indivisible.

De nombreuses formations sont proposées par le MNHN et l’Institut de Formation Doctorale (IFD) de l’UPMC. Elles peuvent notamment être constituées de journées d’insertion professionnelle ou de modules scientifiques nécessaires à la réalisation du projet professionnel du doctorant. L’information sur les formations disponibles est relayée par l’ED. Des formations pourront aussi être suivies à l’extérieur (autres écoles doctorales…). Quelques autres activités (par exemple l’organisation du congrès des doctorants de l’ED 227 ou l’organisation totale des missions de terrain) pourront aussi être validées comme formation par l’ED.

Pour chaque activité, le doctorant devra joindre une attestation de réussite ou d’assiduité à son dossier.

La formation doctorale complémentaire est obligatoire. Elle ne doit être confondue ni avec des formations que le doctorant peut être amené à suivre pour acquérir des connaissances nécessaires au bon déroulement de sa thèse, ni avec toutes autres activités liées directement au travail de thèse et qui relèvent du travail normal d’un chercheur.

Sont donc notamment exclus de la validation : la présentation de résultats aux séminaires de laboratoire ou de département et aux congrès/colloques, les publications, les missions de terrain, la participation à la fête de la science et aussi tout module en relation étroite avec le sujet de thèse.

Les doctorants peuvent et sont encouragés à suivre tout enseignement qui leur semblerait souhaitable, pour leur thèse ou leur culture générale, en plus de cette formation doctorale obligatoire ; aucun accord préalable de l’ED n’est alors nécessaire.

Les doctorants recrutés pour une mission doctorale MNHN suivent la formation scientifique et

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pédagogique qui y est associée (10 jours par an ; formation scientifique et pédagogique, muséologie, etc.). En conséquence, ils sont dispensés du plan individuel de formation doctorale obligatoire, à l’exception de deux journées d’insertion professionnelle. Cette formation spécifique doit être suivie les deux premières années de la thèse, la formation complémentaire (insertion professionnelle) pouvant être complétée jusqu’en troisième année.

Formations proposées et procédure de validation

Les formations proposées par le MNHN sont mises en ligne, chaque année, à l’adresse : http://www.mnhn.fr/fr/enseignement-formation/enseignement-superieur/ecole-doctorale/formation-doctorale Les formations proposées par l’IFD sont en ligne à l’adresse : http://www.ifd.upmc.fr/fr/formation/inscriptions.html

La procédure standard (quelques exceptions sont possibles), pour les doctorants souhaitant suivre et valider une formation, est la suivante :

- S’inscrire auprès du (des) responsable(s) de module, ou auprès du Département formation et carrières de l’IFD (adresse ci-dessus). Certaines demandes d’inscription nécessitent une validation de la demande par l’ED.

- Suivre la totalité de la formation.

- Suivre les règles de validation de la formation (par exemple, remettre au responsable d’un module, s’il le requiert, un travail écrit sanctionnant le module, tel que rapport de synthèse, analyse d’article, etc.).

- Faire parvenir à l’ED, pour validation des heures correspondantes de formation continue, les attestations de présence et/ou de validation des formations suivies. Dans le cas d’enseignements ou formations suivis à l’extérieur (autres écoles doctorales…), fournir également le programme de ces formations.

Au total, quatre attestations de formation doctorale doivent obligatoirement être jointes au dossier de demande d’autorisation de soutenance.

Les modules d’enseignement du présent document

Les modules présentés dans ce document s’adressent aux doctorant(e)s de l’ED227 et à ceux et celles d’autres établissements et écoles doctorales, intéressé(e)s par les Sciences de l’Univers, de la Terre, de la Vie et de l’Homme. Chaque module est généralement organisé sur la base de :

- plusieurs conférences d'une heure trente, questions-réponses comprises ou sous forme d'ateliers.

- d’accompagnement scientifique du corps enseignant du primaire : « main à la pâte »…

Cette année, 33 modules sont proposés et répartis dans les cinq thématiques suivantes : Valorisation/Méthodologies/concepts (18) ; Biodiversité actuelle et fossile (2) ; Histoire naturelle de l’homme (5) ; Histoire naturelle des mécanismes du vivant (6) ; Géodiversité et chimiodiversité (2).

Vous trouverez, dans les pages suivantes :

- les programmes détaillés et les horaires des modules de l’école doctorale dispensés à partir du 6 octobre 2014 - les activités entérinées par l’école doctorales et susceptibles d’être validées ; - la copie de l’affiche « calendrier » des modules ;

La Direction de l’école doctorale ED 227

« Sciences de la Nature et de l’Homme : évolution et écologie »

Octobre 2014

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VALORISATION, MÉTHODOLOGIE ET CONCEPTS

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Atelier Anglais scientifique

Du 06 octobre 2014 au 30 juin 2015

Responsable : Philip HINDLEY (Maître de Conférences, Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne) Direction de l’enseignement, de la pédagogie et des formations. Adresse : 47 rue Cuvier, CP 27 Courriel : [email protected] Téléphone : 01 40 79 54 02 Les précisions sur le lieu, les heures et dates précises des ateliers seront transmises ultérieurement _________________________________________________________________________ Objectifs : L’atelier a pour objectif de préparer les étudiants à leur vie professionnelle de chercheurs en leur fournissant les compétences linguistiques nécessaires à plusieurs domaines de l’anglais scientifique. Entre autres, les étudiants apprennent à :

-aborder un texte scientifique ; -rédiger un article scientifique en anglais ; -entreprendre une correspondance professionnelle de chercheur (lettres formelles, rapports, proposition de projets, courriels, etc.) ; -réaliser un poster scientifique en anglais ; -faire une communication en anglais ; -répondre aux questions sur leur recherche et parler de leur recherche, tant dans des situations formelles qu’informelles.

Des activités de compréhension orale seront en outre organisées afin d’améliorer leurs compétences d’écoute. ________________________________________________________________________ Conditions de validation de ce module : Les étudiants devront avoir été présents pendant un minimum de 24 heures aux ateliers de leur choix et avoir complété l’une des tâches mentionnées ci-dessous.

1) Réalisation d’un poster scientifique en anglais 2) Présentation orale sur PowerPoint d’un sujet de recherche en anglais 3) Rédaction d’un rapport de recherche en anglais 4) Une rédaction en anglais proposée par l’étudiant et agréée au préalable par

l’enseignant.

La validation de cette formation est organisée afin de donner le plus de flexibilité possible.

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Valorisation des travaux de recherche et technologies du vivant

Du lundi 15 décembre au jeudi 18 décembre 2014

Responsable : Hélène SALIN, Responsable du Service de la valorisation Muséum national d'Histoire naturelle Service de la valorisation – CP 26 - 57 rue Cuvier -75 231 PARIS Cedex 05 Tél: 01 71 21 46 84 ; courriel : [email protected] Lieu : - Le 15/12/14 toute la journée et le 16/12/14 matin: Muséum national d'Histoire naturelle,

Bâtiment 39, entrée Phanérogamie, Salle de cours au Rez-de-chaussée, 16 rue Buffon, 75005 Paris. - Le 16/12/14 après-midi: Bibliothèque à Agoranov, 96 bis boulevard Raspail, 75006

Paris - Le 17/12/14 et le 18/12/14: Université Pierre et Marie Curie (Place Jussieu, 75005), salle précisée ultérieurement ______________________________________________________________________

Lundi 15 décembre 2014

10h00 -10h45 : Hélène SALIN, Responsable du Service de la valorisation, MNHN

Introduction: De la recherche à la valorisation de ses travaux

10h45-11h30 : Vanessa DEMANOFF, Chargée des contrats européens et ANR, MNHN

Opportunités offertes par l'Europe aux étudiants et aux jeunes chercheurs

11h30 - 12h00: Hélène SALIN, Responsable du Service de la valorisation, MNHN

Les cahiers de laboratoire, outils de valorisation

14h00 -17h00 : Véronique DURANTHON, Ingénieur-examinateur, Département des Brevets, INPI

La propriété industrielle et plus particulièrement les brevets

Mardi 16 décembre 2014

9h30 -11h30 : Ingénieur en Propriété Intellectuelle, SATT Lutech

Logiciel, savoir-faire, droits d'auteur

11h30 -12h30 : Barbara DEMENEIX, Professeur, MNHN

Parties inséparables d'un tout: recherches fondamentale et appliquée, historique et exemples récents.

14h30-17h00 : Emmanuel VINCENT, Chargé d'Affaires, Agoranov

L'entrepreneuriat innovant:

- Valorisation, maturation technologique, prototypage

- La "triple hélice" de la maturation

- Les acteurs de l'entrepreneuriat innovant

Mercredi 17 décembre 2014

9h30 - 12h30 : Charles BERGER, Marketing, Business Development Manager, WatchFrog

Nouveaux marchés & nouvelles entreprises

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14h00 - 15h30 : Grégory LEMKINE, PDG, WatchFrog

Des petits organismes modèles aux grandes entreprises

15h30 -17h00 : Jean-Dominique WAHICHE, Délégué à la Valorisation de la Recherche, MNHN

Accès à la biodiversité et valorisation des ressources génétiques

Jeudi 18 décembre 2014

9h30 -11h00 : Cédric POIGNEAU, Directeur Général, Regulaxis

Economie des Biotechnologies

11h00-12h30 : Cédric POIGNEAU, Directeur Général, Regulaxis

Innovation & Réglementation

14h00 -15h30 : Norin CHAI, Responsable vétérinaire, MNHN

De l'expertise vétérinaire à la création d'un laboratoire de suivi de la faune sauvage

15h30 -17h00 : en attente de réponse

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Formalisation des connaissances en biodiversité taxique :

Analyse à trois éléments

Du 26 au 30 janvier 2015

Responsables : René ZARAGÜETA, (MC UPMC) Unité de recherche : UMR 7205 ISyEB Département : Systématique et Evolution Adresse : Bât de Géologie CP 48 57 rue Cuvier Tél : 01 40 79 80 54 ; courriel : [email protected] Lieu : A déterminer _____________________________________________________________________________________________________________ Objectifs : Donner aux étudiants une base épistémologique des entités théoriques de la biologie comparée des organismes et proposer une justification théorique de ces entités : lorsqu'on dit que Pisces n'existe pas mais que Mammalia existe, qu'est-ce qu'on veut réellement dire ? Mammalia existe où et comment ? Actuellement, les doctorants et les chercheurs sont confrontés à une multiplicité de théories qui utilisent des concepts incomparables (on parle d'incommensurabilité nomologique) pour étudier le déroulement historique des taxons et leur changement au cours du temps. Comment choisir alors la meilleure de ces théories ? Sur quelles bases ? Comment savoir si une méthode correspond à ces présupposés théoriques ? ______________________________________________________________________________

Lundi 23 à Mercredi 25 janvier 2012

9h00 à 12h00 et 14h00 à 17h00 :

Aspects théoriques de la formalisation en Analyse à trois éléments et son application à la Systématique et à la Biogéographie.

Jeudi 26 et vendredi 27 janvier 2012

9h00 à 12h30 et 14h00 à 17h00 :

Exercices théoriques et pratiques d'analyse à trois éléments.

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Introduction à l'analyse des données et aux statistiques multivariées

Du 02 au 06 février 2015

Responsables : Michel BAYLAC (1), Sandrine PAVOINE (2) (1)UMR 7205 : ISYEB ; Plate-forme Morphométrie UMS 2700 ; MNHN-CNRS Département « Systématique et Evolution » Tél : 01 40 79 34 06 ; fax : 01 40 79 36 99 ; e-mail: [email protected] (2) UMR 7204 Centre d'Ecologie et de Sciences de la Conservation , Département « Ecologie et Gestion de la Biodiversité » Tél. : 01 40 79 39 28 ; fax : 01 40 79 38 35 ; courriel : [email protected]

Lieu : salle informatique de Phanérogamie

Inscription obligatoire sur : http://rug.mnhn.fr/semin-r/inscription.html

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Objectifs du module : fournir les connaissances et outils nécessaires à la pratique de l’analyse des données multivariées. Le module inclut une introduction au logiciel R, environnement graphique et statistique puissant, largement utilisé en recherche et disponible gratuitement sur la plupart des plateformes informatiques. Un rappel des principales notions vues lors d’un cursus universitaire standard sera fait : le module ne nécessite donc pas de connaissances particulières en statistiques ou en informatique. Avant tout pratique, le module sera illustré par de nombreux exemples. Des fichiers pdf reprenant l'ensemble des diapositives des cours seront téléchargeables pour les participants inscrits.

Lundi 2 février 2015

09h 30 à 12h 30 : Michel BAYLAC

Introduction. Présentation du contenu du module. Présentation du logiciel R : modules de base et bibliothèques spécialisées ; types de données et manipulation des données (lectures-écritures, sélections, modifications, génération).


Rappels de statistiques descriptives, histogrammes et boxplots. Graphes bivariés.analyses exploratoires. Biais des approches univariées, justification des approches multivariées. Paramètres des distributions, moyennes, (co)variances et corrélations, matrices correspondantes

Mardi 3 février 2015


Recherche de directions dans un espace multivarié centré : ggobi ; Analyse en Composantes Principales (ACP), première partie : principes, réalisations, variantes. Diagonalisation et décomposition en valeurs singulières. Signification géométrique de l'ACP.


ACP, deuxième partie : interprétation des composantes, vecteurs propres, corrélations, biplots. Exemples. Conclusions. ACP en tant qu'analyse factorielle. Présentation des différents types d'analyses factorielles.

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Mercredi 4 février 2015

09h 30 à 12h 30 : Sandrine PAVOINE

Analyse des données qualitatives. Analyse Factorielle des Correspondances (AFC) simples. Introduction. Exemples, interprétations.

14h 00 à 17h 30 : Sandrine PAVOINE

Analyse Factorielle des Correspondances multiples

Jeudi 5 février 2015


Discrimination linéaire et analyse factorielle discriminante ; Probabilités a priori et a posteriori, classements, validations croisées et bootstrap. Interprétation des axes discriminants. Distance de Mahalanobis. Problèmes de dimensionalité.


Matrices de similitude et de distances. Distances usuelles. Analyse d'un tableau de distances, cadrage multidimensionnel, positionnement non-métrique. Comparaison de matrices de distances : test de Mantel, test RV et test Procuste. Applications.

Vendredi 6 février 2015


Classifications et partitions. Classifications hiérarchiques. Moyennes mobiles. Mélanges Gaussiens

14h00 à 17h 30 : Michel BAYLAC et Sandrine PAVOINE

Synthèse. Quelle(s) méthode(s) utiliser. Méthodes, alternatives. Pour aller plus loin.

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Éléments d'épistémologie des sciences de la vie Du 9 au 11 février 2015

Responsable : Donato BERGANDI (1) et René ZARAGÜETA i BAGILS(2) (1)USM/MNHN 101, UMR/CNRS-MNHN 8560 : « Centre Alexandre Koyré, Histoire des Sciences et des Techniques », Département « Hommes, Nature, Sociétés » ; 57 rue Cuvier 75005, Paris. Tél. : 01 40 79 54 52 ; fax : 01 40 79 39 02 ; courriel : [email protected] (2)UMR 7207 CR2P, CNRS, MNHN, UPMC : « Laboratoire Informatique et Systématique », UPMC Université Paris 06 ; 57 rue Cuvier 75005 Paris (Bâtiment de Géologie) Tél. : 01 40 79 80 54 ; @ : [email protected] Lieux : Salle d’Entomologie (45 rue Buffon, rez-de-chaussée, première porte à droite) ___________________________________________________________________ Objectifs : La finalité première de ce cours est de permettre d'analyser et d'approfondir un large éventail de problématiques propres aux sciences de la vie. Une introduction des thèmes classiques de l'histoire et de la philosophie des sciences sera suivie par l'analyse de problématiques spécifiques qui permettront de mieux comprendre le développement des sciences, en général, et de saisir avec une plus grande acuité les enjeux scientifiques et sociaux actuels des sciences de la vie. La validation du module est faite à la suite d’une analyse d’ouvrages qui seront communiqués aux participants. ______________________________________________________________________________ Lundi 9 février 2015

09h30 à 11h00 : Donato BERGANDI (MNHN)

Environnement, éthique et politique : l’impuissance de la démocratie face à la destruction de la nature

11h15 à 12h45 : Alain FROMENT (IRD-MNHN)

Conserver des crânes humains par milliers: pour quoi faire ?

14h00 à 15h30 : Amandine PEQUIGNOT (MNHN)

Biodiversité et les collections d’histoire naturelle dans le musée


09h30 à 11h00 : Florence RAULIN-CERCEAU (MNHN)

Les conceptions sur le commencement de la vie au XIX siècle

11h15 à 12h45 : Jean-Louis FISCHER (CNRS)

Quelques aspects des représentations de l'embryon et du fœtus humains dans l’histoire de la médecine

14h00 à 15h30 : 14h00 à 15h30 : André LANGANEY (à préciser)


09h30 à 11h00 : Claude BLANCKAERT (CNRS)

La Vénus hottentote au regard des naturalistes du XIXe siècle. De la mémoire à l'histoire

11h15 à 12h 45 : François BOUVIER (MNHN)

Science et société: une représentation éclairée par l’évolution de l’art européen au 14ème siècle

14h00 à 15h30 : René ZARAGÜETA I BAGILS (UPMC)

Biodiversité : la malmesure de la nature du point de vue de la «pattern cladistics »

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Initiation à LaTeX Comment rédiger ses documents (sa thèse) en LaTeX

Du 9 au 12 février 2015

Responsables : Loïc PONGER (MCM) et Jérôme SUEUR (MCM)

Unités de recherche : USM503, MNHN (LP) et USM601, MNHN (JS) Tél : 01 40 79 37 27 (LP) ; fax : 01 40 79 37 05 (LP) ; courriel : [email protected] Lieu : salle informatique du Muséum National d'Histoire Naturelle Objectifs : L'objectif de cette formation est de présenter les bases de LaTeX. LaTeX est un langage libre qui est utilisable sur toutes les plateformes (MacOS, Windows ou Linux). Il se caractérise par la qualité typographique et la portabilité des documents générés ainsi que par sa capacité à gérer des documents de grande taille. En revanche, sa prise en main demande un effort non-négligeable. C'est la raison de cette formation ... Au cours de cette formation, nous prendrons l'exemple de la rédaction d'un manuscrit de thèse mais il faut noter que la plupart des notions abordées peuvent également être appliquées à la rédaction d'articles ou d'autres types de documents. ________________________________________________________________________

Lundi 9 février 2015

9h00 à 17h00* : Loïc PONGER et Jérome SUEUR

Les concepts de base de la rédaction d'un document, la mise en pages (marges, polices, titres, ...)



La gestion des tableaux, des équations et des figures



La gestion des références bibliographiques.

Jeudi 12 février 2015


Les présentations avec LaTeX (Beamer)

* avec la pause déjeuner réglementaire !!!

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L’Origine des Espèces

Du 2 mars au 6 mars 2015 Responsables : Pierre-Henri GOUYON, PrEx MNHN (avec Sylvia De Cesare, ATER MNHN) Unité de recherche : « Institut de Systématique, Évolution, Biodiversité » (ISYEB - UMR 7205 CNRS MNHN UPMC EPHE) Département : « Systématique & Évolution» Adresse : MNHN BP 39, 12 rue Buffon, 75005, Paris Tél : 01 40 79 31 94 ; Port : 06 08 48 36 54 ; courriel : [email protected] Lieu : MNHN _________________________________________________________________________________________ Objectifs : - D’une part, aider ceux qui suivent ce séminaire à lire et comprendre le livre fondateur de Darwin sur un plan à la fois historique et contemporain. - D’autre part, développer une série de concepts fondamentaux en biologie en explicitant la démarche qui a conduit à l’état actuel des idées - Enfin, promouvoir la discussion dans le groupe concernant les développements actuels des questions abordées.

L’idée est qu’à la suite de ce module, les étudiants qui l’ont suivi acquièrent une vision dynamique de la pensée en biologie et général et de l’évolution en particulier ; et qu’ils sachent situer les concepts qui leur ont été enseignés dans le contexte d’une pensée en mouvement.

Les participants devront avoir lu L’Origine des Espèces au moins dans la traduction française La version anglaise de la première édition se trouve sur le web. Elle sera nécessaire pour certaines discussions. ______________________________________________________________________________

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Lundi 2 mars 2015

09h00 à 10h30 : Pierre-Henri GOUYON & Silvia De CESARE (MNHN)

Introduction du séminaire, situation épistémologique de l’œuvre. Qu’est-ce qu’une théorie ?


Plan, avant propos, style, Introduction du livre


Chapitre I : La variation, la domestication, la sélection « artificielle ».


Chapitre II : La variation dans la nature, la biodiversité.

Mardi 3 mars 2015


Chapitre III : La lutte pour l’existence, Malthus, La démographie,


Chapitre III suite : L’écologie, place dans l’économie de la nature, niche habitat.


Chapitre IV : La sélection naturelle, Mode d’action, processus lent et cumulatif, pouvoir de la sélection, la sélection sexuelle.

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Chapitre IV suite : La divergence, la dynamique le diagramme, la biodiversité revisitée.

Mercredi 4 mars 2015


Chapitre V : Les lois de la variation l’hérédité, Lamarck/Darwin, diversité et niveau systématique.


Chapitre VI : Difficultés de la théorie, perfection, imperfections, changements…


Chapitre VII : L’instinct, les insectes sociaux, l’altruisme, la sélection de parentèle, la sociobiologie.


Chapitre VIII : Hybridation et métissage, la spéciation, la consanguinité, l’hétérosis.

Jeudi 5 mars 2015


Chapitre IX : Les imperfections des registres géologiques, chainons manquants, stases/ponctuations, collections.


Chapitre X : Paléontologie, espèces nouvelles, extinctions, ressemblances, paléobiogéographie.


Chapitre XI : Biogéographie, dispersion, barrières, centres d’origine, ressemblances locales.


Chapitre XII : Iles océaniques, Galapagos, colonisation, endémisme, particularités.

Vendredi 6 mars 2015


Chapitre XIII : Systématique, règles de classification, classification naturelle, phylogénétique, généalogie.


Chapitre XIII suite : Morphologie, embryologie, homologie.


Récapitulation et conclusion, le projet de recherche (dérive des continents, génétique), ce qui changera quand tout le monde aura compris, le rivage luxuriant


Discussion générale, le darwinisme dans ses rapports avec la biologie, la philosophie, la religion, la politique, la société…

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R : Initiation

Du 2 au 4 mars 2015

Responsable : Jérôme SUEUR (Maître de Conférences, MNHN)

UMR 7205 « Origine Structure et Évolution de la Biodiversité » Département : « Systématique et Évolution » Adresse : 45 rue Buffon, 75005 Paris Tél : 01 40 79 33 98 ; courriel : [email protected] Intervenant : Loïc PONGER (Maître de Conférences, MNHN) UMR 7196 « Régulation et Dynamique des Génomes » Lieu : salle informatique de Phanérogamie Inscription : 20 places, inscription en ligne obligatoire : http://rug.mnhn.fr/semin-r/cours.html ____________________________________________________________________________________________________________ R est un environnement pour l'analyse de données majoritairement utilisé par la communauté scientifique. Il est disponible gratuitement sur toutes les plates-formes. Accompagné de plus de 3 000 librairies annexes, il permet des analyses dans presque tous les domaines scientifiques. Extrêmement puissant mais peu convivial, son utilisation peut demander un petit temps d'adaptation. Cette formation est donc destinée aux personnes n'ayant jamais utilisé R. Ce module inclut la prise en main de R, la gestion des données, la production de graphiques et la réalisation des tests statistiques classiques. Cette formation devrait permettre aux participants d'être autonomes et d'analyser leurs propres données. Ils pourront alors suivre les modules de niveau plus élevé : « R : approfondissements » et « R : applications ». ____________________________________________________________________________________________________________ Lundi 2 mars 2015

9h30 à 12h30 : Jérôme SUEUR

Gestion des données : installation de la base, installation des packages, structure, fonctionnement, fenêtres, classes et modes des objets, arguments des fonctions, indexation des objets


Gestion des données (suite) : comment trouver de l'aide, import et export des données, récurrence et conditions, écriture d'une fonction

Mardi 3 mars 2015 9h30 à 12h30 : Jérôme SUEUR

Visualisation des données : principe, librairies dédiées, fonctions graphiques de base (nuages, profils, diagrammes en bâton, histogrammes, boîtes à moustaches, camembert, ...), fonctions graphiques accessoires (axes, légendes, étiquettes, polygones, ...)


Visualisation des données (suite) : fonctions paramétriques (couleurs, marges, police, ...), mises en pages (superposition, division de la fenêtre), graphiques animés, exportation, sauvegarde.

Mercredi 4 mars 2015 9h30 à 12h30 : Loïc PONGER

Tests statistiques : tests de normalité, tests de proportions, tests de comparaison de moyennes

14h00 à 17h00 : Loïc PONGER

Tests statistiques (suite) : tests de comparaisons de médianes, tests de comparaisons de variances, tests de corrélation, régression linéaire

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Taxonomie intégrative et expertise taxonomique dans le contexte des projets code-barres ADN

Du 9 au 13 mars 2015 Responsables : Sarah SAMADI (PR MNHN), Line LEGALL (MC MNHN) & Nicolas PUILLANDRE (MC MNHN) Unité de recherche : UMR 7205 ISyEB Département : Systématique & Evolution Adresse : 43 rue Cuvier Tél : 01 40 79 37 59 ; fax : 01 40 79 38 44 ; courriel : [email protected]; [email protected]; [email protected] Lieu : Amphi Rouelle, Salle Claude Hélène et Salle TP informatique de Phanérogamie. ____________________________________________________________________________________________________________

Lundi 9 mars 2015 (Amphi Rouelle)

09h00 : Accueil

09h30 à 10h30 : Sarah SAMADI (MNHN)

Introduction au module

10h30 à 11h30 : Philippe BOUCHET (MNHN)

La magnitude de la biodiversité: 3, 30, 100 millions d’espèces ?

11h30 : Pot de bienvenue

14h00 à 15h00: Line LEGALL (MNHN)

L’organisation des projets « code-barres ADN » au niveau international.

15h05 à 18h00 : Sar ah SAMADI (MNHN)

Les concepts et méthodes sous-jacents aux projets de « code-barres ADN ».

Mardi 10 mars 2015

Matin : Amphi Rouelle

08h30 à 10h30 : Nicolas PUILLANDRE (MNHN)

Taxonomie intégrative, quelques exemples chez les gastéropodes marins.

10h45 à 13h00 : Jean-Yves RASPLUS & Astrid CRUAUD (INRA Montpelliers)

Taxonomie moléculaire et expertise: exemple chez les insectes.

Après-midi

Groupe 1 (salle TP informatique Phanérogamie)

14h30 à 18h00 : Line LEGALL (MNHN)

TP : Des données brutes aux premières analyses.

Groupe 2 (Amphi Rouelle):

14h30 à 16h00 : Frédéric AUSTERLITZ (CNRS MNHN)

Données code-barres ADN et méthodes d’analyses.

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Questions sur l’échantillonnage, le choix des marqueurs et les méthodes d’analyse phylogénétique.


Groupe 1 (salle Claude Hélène):

9h00 à 10h30 : Sarah SAMADI (MNHN)

Avant l’analyse: questions sur l’échantillonnage & le choix des marqueurs.


Rudiments d’analyse des données moléculaires.



TP : Analyses des jeux de données.


9h00 à 12h30 : TP1: Nicolas PUILLANDRE (MNHN)

TP : Des données aux premières analyses.

Groupe 2 (salle Claude Hélène)


Visites du Service de Systématique Moléculaire et des collections (Herbier et zoothèque).

Jeudi 12 mars 2015



Visites du Service de Systématique Moléculaire et des collections (Herbier et zoothèque).



TP : Base de données BOLD.



TP : Délimitations d’espèces.


14h00 à 17h00 : Jawad ABDELKRIM, Régis DEBRUYNE & Eric PANTE (MNHN – Univ. la Rochelle)

Introduction à la manipulation des données NGS.

Vendredi 13 mars 2015 – Amphi Rouelle

8h30 à 10h00 : Philippe BOUCHET (MNHN)

Espèces cryptiques, espèces nominales et types porte-noms: lier la taxonomie moléculaire à la nomenclature.

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10h00 à 11h00 : Joëlle DUPONT (MNHN)

Le code-barre ADN comme outil d’expertise taxonomique (Applications en écologie des communautés ; expertise alimentaire, police judicaire, etc….).

11h15 à 12h30 : Nicolas PUILLANDRE et Régis DEBRUYNE (MNHN)

Gestion et valorisation des collections à l’ère de la génomique.

14h00 à 15h30 : Anouk BARBEROUSSE (Univ. Lille 1)

Projet exploratoire et idées nouvelles en science : cas du séquençage des génomes complets.

15h30 à 16h30 : Régis DEBRUYNE & Eric PANTE (MNHN – Univ. La Rochelle)

L’apport des Nouvelles Technologies de Séquençage aux problématique de taxonomie moléculaire et aux projets « barcode-ADN ».

16h30 : Discussion / table ronde

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La phylogénie : support à l'analyse de l'évolution

Du 23 au 26 mars 2015

Responsable : Eric GUILBERT, MC MNHN Unité de recherche : UMR7205 MNHN CNRS EPHE UPMC Département : Systématique et Evolution Adresse : CP50, 45 rue Buffon Tél : 01 40 79 34 11 ; fax : 01 40 79 56 79 ; e-mail : [email protected] Lieu : Salle 3 bat. la Baleine CP27

Lundi 23 mars 2015

09h30 à 10h00 : Eric GUILBERT, MC, MNHN, Paris

Accueil, présentation du module

10h15 à 11h45 : Céline BROCHIER, PR, Université Lyon 1

De la phylogénie à la phylogénomique

13h00 à 14h30 : Olivier GASCUEL, DR CNRS, Montpellier 2

Modèles pour la reconstruction phylogénétique

14h45 à 16h15 : Olivier GASCUEL, DR CNRS, Montpellier 2

Méthodes et algorithmes pour la reconstruction phylogénétique

Mardi 24 mars 2015

09h30 à 11h00 : Cyrille D'HAESE, CR CNRS, MNHN, Paris

La phylogénie... et les avantages de l'optimisation directe.

11h15 à 12h45 : Agnès DETTAI, MC, MNHN, Paris

Phylogénomique et prise en compte des différents marqueurs en phylogénie

14h00 à 15h30 : Philippe GRANDCOLAS, DR CNRS, MNHN, Paris

Les caractères non orthodoxes, du comportement à la répartition géographique: comment les analyser et selon quels principes généraux

15h45 à 17h15 : Frédéric LEGENDRE, MC, MNHN, Paris

Evolution du comportement social: intérêt de l'analyse des séquences comportementales


09h30 à 11h00 : Violaine NICOLAS, MC, MNHN, Paris

Phylogéographie de quelques espèces de rongeurs en Afrique tropicale

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11h15 à 12h45 : Marianne ELIAS, CR CNRS, MNHN, Paris

Phylogénie et structure des communautés: interaction entre espèces et adaptation locale chez les papillons mimétiques

14h00 à 15h30 : Herve ISAMBERT, CR CNRS, Institut Curie, Paris

Duplication de génome, radiation des vertébrés et cancer

15h45 à 17h15 : Pierre DARLU, DR CNRS, MNHN, Paris

Approches phylogénétiques en linguistique

Jeudi 26 mars 2015

09h30 à 11h00 : Thierry WIRTH, DE2, EPHE-MNHN, Paris

Histoire évolutive de la tuberculose: origine, dispersion et démographie

11h15 à 12h45 : Thierry WIRTH, DE2, EPHE-MNHN, Paris

Sexe et virulence chez les bactéries: concepts et conséquences sur les reconstructions phylogénétiques

14h00 à 15h30 : Sébastien STEYER, CR CNRS, MNHN, Paris

L'inclusion des données ontogénétiques dans l'analyse phylogénétique

15h45 à 17h15 : Malika AINOUCHE, PR, Université de Rennes 1

Spéciation polyploïde et évolution des génomes

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Approches 3D pour recherche, conservation et muséographie

Du 30 Mars au 3 Avril 2015

Responsables : Martin FRIESS, (MCM) Unité de recherche : UMR 7206 « UMR 7206«Eco-anthropologie et Ethnobiologie » Département : « HNS» Adresse : 43, rue Buffon, 75005 Paris Tél : 01 40 79 80 56 ; fax : 01 40 79 38 91 ; courriel : [email protected]

Lieu : Musée de l'Homme (en rénovation, sous réserve) ____________________________________________________________________________________________________________ Objectifs : L'objectif principal sera de donner aux étudiants-chercheurs une ouverture sur les différentes techniques de numérisation existantes (digitaliseurs, microscopie, Scanner médical, Micro-CT, Scanner surfacique), et de les familiariser avec les différentes méthodes d'analyse et de visualisation (reconstitutions 3D, mensuration linéaires, surfaciques et volumétriques, topométrie, réalité virtuelle) ____________________________________________________________________________________________________________ Lundi 30 Mars 2015

14h00 à 16h00 : Martin FRIESS (MNHN)

Introduction et aperçu technologique: L'intérêt de la 3D pour la recherche et pour la muséologie

16h00 à 18h00 : Florent DETROIT (MNHN)

Evolution et migration des populations humaines en Asie du Sud-est depuis le Pléistocène inférieur: Approches morphométriques tridimensionnelles

Mardi 01 Avril 2015 14h00 à 15h30 : Martin FRIESS (MC – MNHN)

Utilisation du scanner surfacique et de la photogrammétrie en paléoanthropologie et anthropologie du vivant

15h45 à 18h00 : Laurent PUYMERAIL, Clément ZANOLLI, Roberto MACCHIARELLI (MNHN)

Caractérisation non-invasive des tissus osseux et dentaires en paléobiologie et paléoanthropologie

Mercredi 02 Avril 2015

14h00 à 16h30 : Markus BASTIR (museo nacional de cencia naturales, Madrid)

Geometric morphometric approaches to hominin evolution

16h45 à 18h00 : Manon GALLAND (MNHN)

Le premier peuplement de l'Amérique: Une approche 3D

Jeudi 03 Avril 2015 14h00 à 15h00 : Roman KHONSARI (Pitié-Salpétrière, Paris)

Analyse de crânes déformés par imagerie médicale

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15h00 à 16h30 : Marc GEZE (MNHN)

Imagerie 3D et microscopie

16h30 à 18h00 : Martin FRIESS (MNHN)

Bases de données 3D : l'enjeu pour la recherche et la conservation

Vendredi 04 Avril 2015 14h00 à 18h00 : Divers

Séances pratiques, démonstrations: Scanner surfacique, photogrammétrie

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Mécanismes de l’Evolution

Du 30 mars au 3 avril 2015

Responsables : Sarah SAMADI (PR, MNHN) & Patrice DAVID (DR CNRS, Montpellier) Unité de recherche : UMR 7205, ISyEB Département : Systématique et Evolution Adresse : MNHN, 43 rue Cuvier, 75005 Paris Tél : 01 40 79 37 59, courriel : [email protected] Lieu : Salle Claude Hélène ______________________________________________________________________________________ Objectifs : Ce module est organisé en demi-journée centré sur un seul thème. Chaque demi-journée comprendra un exposé formel de la thématique abordée par un intervenant (1h30), puis une présentation par les étudiants inscrits au module de travaux récents choisis par le ou les intervenants de cette thématique (1h30) et s’achèvera par une discussion générale selon un axe prédéfini (30min). Les étudiants inscrits au module recevront en avance la liste des articles par thème. Chaque étudiant inscrit devra choisir un thème et présenter un ou plusieurs des articles qui y seront attachés. La liste des articles qui avaient été retenus pour le module en 2014 est consultable sur le site web : https://sites.google.com/site/mecanismesdelevolution/documents. Liste non exhaustive des intervenants potentiels: Frédéric Austerlitz (CNRS, MNHN Paris), Anouk Barberousse (Université Lille1), Patrice David (CNRS, Montpellier), Vincent Debat (MNHN, Paris), Marianne Elias (CNRS, MNHN Paris), Mathieu Joron (CNRS, MNHN Paris), Violaine LLaurens (CNRS, MNHN Paris), Manuela Lopez-Villavincencio (MNHN, Paris), Nicolas Puillandre (MNHN, Paris), Sarah Samadi ( MNHN, Paris), Céline Teplisky (CNRS, MNHN Paris). ______________________________________________________________________________

Lundi 30 mars 2015

08h30 à 12h30 : Introduction historique

De Darwin à la biologie évolutive du 21ième siècle en passant par la théorie synthétique.

Axe de la Discussion : décrire vs expliquer l’histoire du vivant ;

Lundi 30 mars 2015

14h00 à 18h00 : Origine des variations

Axe de la Discussion : origine moléculaires des « innovations »

Mardi 31 mars 2015

08h30 à 12h30 : Dérive génétique ou le tri aléatoire des variants par les processus démographiques (la « mécanique » de la dérive, théorie de la coalescence, horloge moléculaire.)

Axe de la Discussion : peut-on reconstruire l’histoire démographique des populations ?

Mardi 31 mars 2015

14h00 à 18h00 : Sélection Naturelle ou « quand les dés sont pipés » (les différents modes de la SN, la difficulté à la mettre en évidence, interaction entre dérive et sélection …)

Axe de la Discussion : la notion de fonction en biologie

Mercredi 1 avril 2015

08h30 à 12h30 : l’individu et ses gènes, un gène n’évolue pas seul (les interactions entre les gènes, background sélection, …)

Axe de la Discussion : qu’est-ce qu’un organisme ?

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14h00 à 18h00 : des gènes aux caractères (génétique quantitative, évo-dévo à l’échelle micro et macro évolutive).

Axe de la Discussion : fardeau historique et contingence

Jeudi 2 avril 2015

08h30 à 12h30 : Quand les règles du jeu changent (effet de la variabilité spatiale et temporelle de l’environnement physique et biotique sur l’évolution des organismes)

Axe de la Discussion : explication évolutive de la plasticité phénotypique…

Jeudi 2 avril 2015

14h00 à 18h00 : Evolution du sexe (recombinaison vs reproduction, diversité des modalités du sexe, diversité des mécanismes qui expliquent le maintien du sexe, …)

Axe de la Discussion : rôle d’une sélection d’espèces dans l’évolution du sexe

Vendredi 3 avril 2015

08h30 à 12h30 : Spéciation : diversité des processus expliquant la cladogenèse.

Axe de la Discussion : qu’est-ce qu’une espèce du point de vue de la Théorie de l’évolution ?


14h00 à 18h00 : En quoi la théorie de l’évolution est-elle bien une théorie ?

Axe de la Discussion : bilan général de la semaine

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Morphométrie et analyses des formes Du 20 au 24 avril 2015

Responsable : Michel BAYLAC UMR 7205 : ISYEB ; Plate-forme Morphométrie UMS 2700 ; MNHN Département « Systématique et Evolution » Tél : 01 40 79 34 06 ; fax : 01 40 79 36 99 ; e-mail: [email protected] Intervenants : Raphaël CORNETTE (MNHN, UMR 7205 et UMS 2700) ; BAYLAC (MNHN), Adrien PERRARD (post-doct. AMNH, New-York), Leo BOTTON-DIVET (doct. MNHN) Lieu : Salle informatique de Phanérogamie Inscription obligatoire sur : http://rug.mnhn.fr/seminr/inscription.html ____________________________________________________________________________________________________________ Objectifs : L'objectif de cette formation est de présenter un large éventail des concepts et des méthodes de la morphométrie classique et géométrique (2D et 3D) appliquées à la systématique et à l'évolution. Les différentes séances comprennent des cours, des séminaires et des travaux dirigés. L'ensemble vise à permettre aux doctorants d'utiliser au mieux les approches morphométriques actuelles tout en leur fournissant les éléments d'une lecture critique des publications. Le module comprend également une visite de la plate-forme de Morphométrie de l'UMS 2700. La dernière journée sera consacrée à une introduction à l'acquisition et aux traitements des données surfaciques (points homologues + contours + surfaces) et la journée de jeudi comprendra une introduction aux interactions entre morphométrie et phylogénie. ______________________________________________________________________________ Lundi 20 avril 2015

09h30 à 12h00 : Michel BAYLAC (MNHN)

Introduction au module. Morphométrie et Biométrie : définitions ; types de données ; acquisition des données ; logiciels et systèmes d'acquisition ; présentation des articles à lire et commenter..


Séminaire : Analyses statistiques des données morphométriques : exemple des Lestodiplosis


Numérisation et acquisition de données 2D. Etude de cas, définition et acquisition de points-repères 2D. Biais de numérisation – mesure, effet opérateur. Acquisition de points de contours 2D.

16h30 à 17h30 : Michel BAYLAC (MNHN) et Raphaël CORNETTE (MNHN)

Visite de la plate-forme Morphométrie (UMS 2700, Systématique Intégrative). Systèmes de numérisation 2D et 3D, démonstrations ; fonctionnement de la plate-forme.

Mardi 21 avril 2015


Morphométrie classique (Morphométrie multivariée) I : distances, allométrie bivariée. Généralisation multivariée de la relation allométrique. Taille allométrique. Comparaison des directions allométriques, angles et tests. Allométrie multigroupe.

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Morphométrie multivariée II : ratios, log-shape ratios et conformations : approches de Mosimann. Equivalences et relations avec les approches de la morphométrie géométrique. Tailles, formes et conformations. Comparaison ratios et résidus hors taille allométrique. Log-shape ratios et composantes de conformations, allométrie

17h00 à 17h30 : Michel BAYLAC(MNHN)

Séminaire : Evolution phénotypique au sein des Lekanosphaera Article commenté


09h30 à 12h00 : Adrien PERRARD (AMNH)

Morphométrie Géométrique I : Superpositions et espaces des conformation. Analyses de coordonnées de points-repères homologues 2D et 3D: superpositions Procustes. Résultats. Paramètres de nuisance. Visualisations ; symétrisation.


Modélisations par les plaques minces (Thin-Plate Splines, TPS) : introduction. Mise en oeuvre des plaques minces 2D : logiciels de la série tps (F.J. Rohlf). Application au traitement des données numérisées le lundi. Shape spaces, différences entre shape space et tangent space (tpsSmall).


Allométries et morphométrie géométrique : calculs et visualisations Morphométrie et phylogénie : une brève introduction

Jeudi 23 avril 2015


Morphométrie Géométrique II : contours et sliding landmarks. Contours et représentations des contours. Différentes méthodes d'analyses : analyses de Fourier, EFA, plaques minces (sliding landmarks). Exemples.


Sliding landmarks 2D : introduction. Mise en oeuvre des sliding landmarks. Application. Comparaison des approches EFA - sliding landmarks. Conclusions.


Articles commentés

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09h30 à 12h30 : Raphaël CORNETTE, Leo BOTTON-DIVET et Michel BAYLAC

Morphométrie Géométrique III : Surfacique 3D. Données : types, caractéristiques, acquisition et traitements préparatoires. Des surfaces aux points-repères 3D : sliding landmarks 3D.

14h00 à 16h30 : Raphaël CORNETTE, Leo BOTTON-DIVET, Adrien PERRARD, et Michel BAYLAC

Mise en œuvre des données surfaciques 3D, traitements statistiques.

16h45 à 17h00 : Adrien PERRARD et Michel BAYLAC

Articles commentés : Mitteroecker et Gunz ; Adams et al.

17h00 à 17h30 : Michel BAYLAC, Raphaël CORNETTE, Leo BOTTON-DIVET et Adrien PERRARD

Synthèse et conclusions au module

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R : Approfondissements

Du 4 au 6 mai 2015 Responsable et intervenant : Jérôme SUEUR (Maître de Conférences, MNHN) UMR 7205 « Origine Structure et Évolution de la Biodiversité » Département : « Systématique et Évolution » Adresse : 45 rue Buffon, 75005 Paris Tél : 01 40 79 33 98 ; courriel : [email protected] Intervenants : Michel BAYLAC (Maître de Conférences des Universités, MNHN) UMR 7205 « Origine Structure et Évolution de la Biodiversité » Christophe POUZAT (CR CNRS, Université Paris 5) UMR 8145 « Mathématiques Appliquées » Lieu : salle informatique de Phanérogamie Inscription : obligatoire sur : http://rug.mnhn.fr/semin-r/cours.html ____________________________________________________________________________________________________________ R est un environnement pour l'analyse de données majoritairement utilisé par la communauté scientifique. Il est disponible gratuitement sur toutes les plateformes et comprend à ce jour plus de 3 000 librairies spécialisées abordant presque tous les domaines scientifiques. Ce module s'adresse uniquement à des utilisateurs de R ayant un niveau de connaissance équivalent à celui fourni par le module « R : initiation ». Après de brefs rappels, il aborde la programmation du langage R : exécutions conditionnelles, boucles, écriture de fonctions, classes, vectorisation et utilisation de calcul matriciel. R est également un puissant langage graphique comportant plusieurs bibliothèques spécialisées. Une journée est ainsi consacrée à une utilisation avancée des graphiques sous R. ____________________________________________________________________________________________________________

Lundi 4 mai 2015

09h30 à 12h30 : Christophe POUZAT

Tests et exécutions conditionnelles, boucles, fonctions de boucles implicites.

Traitement des chaînes de caractères.


Entrées et sorties, manipulations de fichiers sous R.

Mardi 5 mai 2015


Approfondissement des graphiques sous R : graphiques et mises en pages, formats de sorties graphiques, fonctions paramétriques complexes (expression, marges, police, ...), graphiques animés


Introduction à ggplot2.

Mercredi 6 mai 2015

09h30 à 12h30 : Michel BAYLAC

Écriture de fonctions, classes. Accélération des calculs : vectorisation.

13h30 à 17h30 : Michel BAYLAC

Utilisation du calcul matriciel : introduction, intérêts, exemples pratiques et applications statistiques, limites.

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Dynamique des populations et évolution des traits d’histoire de vie - applications de modèles matriciels

Du 04 au 07 mai 2015 Responsables : Samuel Pavard (1) (Maître de conférences, MNHN) et Alexandre Robert (2) (Maître de conférences, MNHN)

(1)Unité de recherche : UMR 7206 Eco-anthropologie Département : Hommes, Natures, Sociétés Adresse : CP 139, 57 rue Cuvier, 75231 Paris Cedex 05 Tél : 01 40 79 81 62 ; Fax 01 40 79 38 91 ; Courriel : pavard @mnhn.fr (2)Unité de recherche : USM 0305 - Conservation des espèces Département : Ecologie et gestion de la biodiversité Adresse : 55 rue Buffon, 75005 Paris Tél : 01 40 79 57 27 ; Fax : 01 40 79 38 35 ; Courriel : [email protected] Lieu : Salle Baleine 2 _______________________________________________________________________________ Objectifs : L’objectif de cette école doctorale est de donner des bases aux étudiants en biodémographie, dynamique des populations, théorie des traits d’histoire de vie et démographie évolutive ; ainsi que de montrer l’importance de ces disciplines en évolution, en anthropologie et en conservation des espèces. Il s’agira également de les amener à appliquer en TD des modèles simples permettant d’illustrer le contenu des cours et de leur donner des outils qu’ils pourront utiliser lors de leurs travaux de recherche personnels. _______________________________________________________________________________

Lundi 04 mai 2015

09h30 à 12h30 : Samuel Pavard et Alexandre Robert (Salle Baleine 2)

La diversité des cycles de vies : Evolution et enjeux en conservation des espèces


Malthus, Verhulst, et Euler-Lotka /TD – Approche intuitive de la dynamique des populations

Mardi 05 mai 2015


Dynamique des populations et théorie des populations stables Matrices de projection de population Valeurs propres et vecteurs propres Sensitivité et élasticité


TD - Dynamique des populations et théorie des populations stables

Mercredi 06 mai 2015


Lorsque l’environnement fluctue : Modèles périodique et stochastique


TD - Dynamique et évolution dans un contexte périodique ou stochastique

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Jeudi 07 mai 2015


Lorsque les ressources manquent : dynamique et évolution dans un environnement fini


TD - Dynamique et évolution dans un environnement fini

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Génomes et transcriptomes : approches NGS

Du 11 au 13 Mai 2015

Responsables : Nicolas BUISINE, (MCMu) et Laurent SACHS, (DR2 CNRS) Unité de recherche : UMR 7221 «Evolution des Régulations Endocriniennes» Département : RDDM «Régulation, Développement et Diversité Moléculaire» Adresse : CP32, 7 rue Cuvier 75231 PARIS cedex 05 Tél : 01 40 79 57 44 (36 04) ; fax : 01 40 79 36 18 ; courriel : [email protected], [email protected] Lieu : Bibliothèque UMR 7221, 7 rue Cuvier 75231 PARIS cedex 05 / Salle informatique du bâtiment de Phanérogamie ______________________________________________________________________________ Pré-requis : Notions de biologie moléculaire (gène, transcrit, génome). Pas de compétence technique sous UNIX requises (bien qu'elles soient abordées). Objectifs : Initiation théorique et pratique aux différentes étapes liées aux traitements et à l'analyse des résultats issus des nouvelles technologies de séquençage : traitement des données brutes, contrôles qualité, filtrage, transformation des données brutes en résultats bruts. Nous aborderons l'interprétation biologique des résultats (analyse). Effectifs : 12 personnes max. ______________________________________________________________________________

Lundi 11 Mai 2015

09h00 à 09h30 : Introduction / Présentation générale / Tour de table (Bibliothèque UMR 7221)

09h30 à 10h30 : Vincent JONCHERE (Bibliothèque UMR 7221)

Les différentes technologies de séquençage 1

11h00 à 12h30 : Vincent JONCHERE (Bibliothèque UMR 7221)

Les différentes technologies de séquençage 2

14h00 à 15h30 : Gwenneg KERDIVEL et Nicolas BUISINE (Salle informatique du bâtiment de Phanérogamie)

Travaux pratique (prise en mains de l'outil informatique sous UNIX)


Travaux pratique (contrôle qualité des séquences)

Mardi 12 Mai 2015

09h00 à 10h00 : Nicolas BUISINE (Bibliothèque UMR 7221)

Assemblage de génome

10h00 à 11h00 : Gwenneg KERDIVEL (Bibliothèque UMR 7221)

Assemblage de transcriptome

11h30 à 12h30 : Nicolas BUISINE (Bibliothèque UMR 7221)

Annotation de génome (transcriptome 1)


Travaux pratique (cartographie 1 et artéfacts)

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Travaux pratique (cartographie 2)

Mercredi 13 Mai 2015

09h00 à 10h30 : Gwenneg KERDIVEL (Bibliothèque UMR 7221)

Mesure de l'expression des gènes (Transcriptome 2)

11h00 à 12h30 : Laurent SACHS (Bibliothèque UMR 7221)

Le génome en 3D


Travaux pratiques (analyse différentielle et visualisation)

16h30 à 17h30 : Table ronde (Salle informatique du bâtiment de Phanérogamie)

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Imagerie scientifique du 11 au 14 mai 2015

Responsable : Patricia WILS (IR UMS 2700 labex BCDiv) Unité de recherche : UMS 2700 Outils et Méthodes de la Systématique Intégrative Département : Systématique et Évolution Adresse : 43 rue Buffon 75005 Paris Tél : 01 40 79 34 03 ; courriel : [email protected] Lieux : Salle Claude Hélène (ex-Baleine 4) (max 25 personnes) pour les cours

Salle informatique Phanérogamie (max 20 personnes) pour les TP ____________________________________________________________________________________________________________ Objectifs : Apprendre à manipuler, analyser et valoriser des images scientifiques quelque soit leur source d'acquisition : photographie numérique, numérisation surfacique, cinéradiographie, microscopie électronique à balayage, tomographie RX, synchrotron et spectrométrie NanoSIMS. Le module propose de présenter un échantillon des principales méthodes et applications d'imagerie utilisées dans le monde des sciences naturelles et dans un large spectre de domaines de recherche des muséums. Trois demi-journées de TP permettront aux étudiants de prendre en main différents logiciels pour le traitement d'images 2D et 3D et la photogrammétrie. Une visite de plateformes du Muséum est également prévue pour présenter les équipements accessibles sur site. ______________________________________________________________________________

Lundi 11 mai 2015 09h30 à 10h30 : Gaël CLEMENT (MNHN) - Patricia WILS (MNHN)

Présentation du module - Applications de la tomographie RX conventionnelle et par lumière - synchrotron en paléontologie

10h30 à 11h30 : Florent GOUSSARD (MNHN)

Entre forme et fonction, l'analyse en éléments finis : principe et applications

11h30 à 12h30 : Damien GERMAIN (MNHN)

La complémentarité 2D/3D en paléohistologie

14h00 à 15h00 : Violaine LLAURENS (MNHN)

Quantification des variations de motifs colorés pour l'étude de l'évolution du mimétisme chez les papillons

15h00 à 17h00 : Lilian CAZES (MNHN) – Patricia WILS (MNHN)

Photogrammétrie : principes de la technique et travaux pratiques d'acquisition des données photographiques

Mardi 12 mai 2015

09h30 à 12h30 : Patricia WILS (MNHN)

TP « 2D » : Visualisation et analyse d'images numériques avec ImageJ –Techniques de dessin vectoriel et de vectorisation (Inkscape, Illustrator) pour la préparation de communications (posters, publications, présentations)

14h00 à 15h00 : Marc HERBIN (MNHN)

Vidéoradiographie à grande vitesse appliquée à l'anatomie fonctionnelle

15h00 à 16h00 : Lilian CAZES (MNHN) – Patricia WILS (MNHN)

Photogrammétrie : traitement des données, réalisation de modèles surfaciques avec Meshlab

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09h30 à 12h30 : Patricia WILS (MNHN)

TP « 3D » première partie : Présentation des logiciels de traitement disponibles au Muséum – Visualisation et analyse d'images numériques 3D avec ImageJ – Manipulation de données surfaciques avec Meshlab

14h00 à 15h00: Sylvain PONT (MNHN)

Texture et chimie élémentaire à l'échelle du micron : ce que nous donne à voir le MEB-EDS

15h00 à 16h00 : Laurent REMUSAT (MNHN)

Imagerie isotopique par NanoSIMS: de la formation du système solaire à la fabrication des squelettes carbonatés

16h00 à 17h00 : visites des plateaux techniques

Sylvain PONT (MNHN) :

Service MEB-EDS de la Direction des Collections

Laurent REMUSAT (MNHN) :

Plateforme NanoSIMS

Miguel GARCIA SANZ (MNHN) :

Plateforme AST-RX

Jeudi 14 mai 2015 09h30 à 12h00 : Florent GOUSSARD (MNHN)

TP « 3D » seconde partie : Segmentation d'images 3D –Création de fichiers pdf3D

14h00 à 17h00 : visite du synchrotron SOLEIL

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R : Applications Du 18 au 20 mai 2015

Responsables : Michel BAYLAC (1) et Alain PARIS (2) (1)UMR 7205 : ISYEB ; Plate-forme Morphométrie UMS 2700 ; MNHN Département « Systématique et Evolution » Tél : 01 40 79 34 06 ; fax : 01 40 79 36 99 ; e-mail: [email protected] (2)UMR 7245 « Molécules de Communication et Adaptation des Microorganismes (MCAM) » Département : «Département Régulations, développement, diversité moléculaire» Tél : 01 40 79 54 12 ; fax : 01 40 79 31 40 ; courriel : [email protected] Intervenants : Michel BAYLAC (MNHN), Alain PARIS (MNHN), Séverine ZIRAH (MNHN), Adrien PERRARD (post-doct. AMNH, New-York), Leo BOTTON-DIVET (doct. MNHN) Intervenant invité : Paul BENTON (Scripps Center for Metabolomics and Mass Spectrometry, La Jolla, CA, USA) Lieu : Salle informatique de Phanérogamie Inscription obligatoire sur : http://rug.mnhn.fr/seminr/inscription.html ____________________________________________________________________________________________________________

Objectifs : Ce module présente deux applications de R pour l’analyse de données multivariées : Rmorph pour l’analyse de données morphométriques et XCMS pour l’analyse de profils chimiques. ______________________________________________________________________________________

Lundi 18 mai 2015


Pourquoi traiter ses données morphométriques sous R ? Bibliothèques morphométriques sous R, applications, spécificités, limites et (in)compatibilités. Séminaires : M. BAYLAC, L. BOTTON-DIVET, A. PERRARD


Rmorph : fonctionnement, classes et utilisation ; plot() et summary(), bibliothèques complémentaires. Transformations et surcharges des objets de base. Superpositions : OPA, GPA, Bookstein's ou Galton's Shape Coordinates ; rotations post-superpositions; gestion des répétitions. Exemples 2D et 3D ; graphiques et visualisations ; symétries et symétrisations. Visualisations. Intérêt des symétrisations. Séminaires : M. BAYLAC, L. BOTTON-DIVET

Mardi 19 mai 2015


Traitements statistiques des données de morphométrie géométrique : ACP, Analyses discriminantes, NJ (ape) ; 2B-Partial-least-squares, interprétations et visualisations.

11h00 à 12h30 : Adrien PERRARD (AMNH) Allométries : régression multivariée, allométries multi-groupes ; Size-shapes analyses. Séminaires : M. BAYLAC, A. PERRARD.


Morphométrie multivariée : allométrie bivariée et multivariée, Log-shape ratios, séminaire

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Morphométrie et phylogénie : méthodes d'analyses comparatives (contrastes indépendants, phylomorphospace, phylogenetic PCA, etc...), séminaire


09h30 à 12h30 : Alain PARIS et Séverine ZIRAH (MNHN)

Analyse de profils chimiques sous R : analyse de données de chromatographie liquide / spectrométrie de masse (LCMS) et applications en métabolomique. Visite de la plateforme de spectrométrie de masse et de RMN du MNHN.


Introduction à la bibliothèque XCMS. Bases de données pour l’identification de composés.

Jeudi 21 mai 2015


Analyse de profils chimiques sous R : analyse de données de RMN du proton et applications en métabolomique. Discrétisation des profils RMN et sélection des variables informatives.

14h00 à 17h30 : Paul BENTON (Scripps Center for Metabolomics and Mass Spectrometry, La Jolla, CA, USA)

The XCMS package. Other packages for the analysis of LCMS data: CAMERA and pcaMethods.

Vendredi 22 mai 2015


Analyses multivariées non supervisées et supervisées sous R : ACP, les méthodes PLS, analyses par classification hiérarchique, analyses de positionnement multidimensionnel (MDS), analyses discriminantes (AFD, PLS-DA, sPLS-DA, SDA). Description des bibliothèques R ad hoc.


Analyses multi-tableaux (PLS2, analyses de corrélations canoniques) et représentation en réseau des variables informatives.

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BIODIVERSITÉ ACTUELLE ET FOSSILE

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Préservation de la biodiversité Du 01 au 5 décembre 2014

Responsable : Nathalie MACHON, Pr MNHN Unité de recherche : UMR 7204 « Conservation des espèces, Restauration et Suivi des Populations » Département : Ecologie et Gestion de la Biodiversité Adresse : 55-61 rue Buffon, 75005 Paris Tél : 01 40 79 38 71 ; courriel : [email protected] Lieu : Amphi Rouelle ou amphi de paléontologie

______________________________________________________________________________

Objectifs : Connaître les principes et les méthodes de la préservation de la biodiversité.

______________________________________________________________________________

Lundi 1er décembre 2014 Amphi Paléontologie

9h30 à 10h00 : Nathalie MACHON (MNHN)

Introduction à la préservation de la biodiversité

10h15 à 12h30 : Denis COUVET (MNHN)

Que souhaite-t-on conserver : des gènes, des espèces, ou des écosystèmes ?

13h45 à 15h15 : Fanny GUILLET (MNHN)

Les acteurs de la conservation

15h30 à 17h : Isabelle LEVIOL (MNHN)

Les indicateurs de biodiversité

Mardi 2 décembre 2014 Amphi Géologie

09h30 à 12h30 : François SARRAZIN (UPMC)

Les réintroductions comme outil de restauration de la biodiversité

14h00 à 17h00 Philippe CLERGEAU (MNHN)

Niveaux fonctionnels et échelles en gestion des espèces et des espaces

Jeudi 4 décembre 2014 Amphi Rouelle

9h00 à 10h30 : Zina SKANDRANI (MNHN)

Gouvernance de la biodiversité en milieu urbain

10h45 à 12h15 : Colin FONTAINE (MNHN)

Les réseaux d’interaction dans les problématiques de conservation

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13h45 à 15h15 : Alexandre ROBERT (MNHN)

Les apports de la modélisation en biologie de la conservation

Vendredi 5 décembre 2014 Amphi Géologie

9h00 à 10h30 : Gabrielle MARTIN (MNHN)

Vigie-Nature et ses programmes flore

10h45 à 12h15 : Frédéric JIGUET (MNHN)

Vigie-plume et ses programmes oiseaux

13h45 à 15h15 : Rose-Line PREUD’HOMME (MNHN)

L’observatoire du milieu agricole

15h30 à 17h : Benoit FONTAINE (MNHN)

Les observatoires des jardins

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Microbiodiversité, entre Écosystèmes, Évolution et Société

Du 30 mars au 1er avril 2015 Responsables : Laurent PALKA(1) et Bruno de REVIERS (2) (1) Maître de Conférences du Muséum, Département d'Ecologie et Gestion de la Biodiversité, Tél. 0140795688 ; [email protected] (2) Professeur du Muséum, UMR 7205, Origine, structure et Evolution de la Biodiversité, Département Systématique et évolution, 12-16 rue Buffon 75005 Paris Tél. 0140793198 ; [email protected]

Lieu : Jardin des plantes (amphi Rouelle) ________________________________________________________________________

Lundi 30 mars 2015 :

09h00 à 10h30: Laurent PALKA (MNHN)

Qu'est-ce que la microbiodiversité?

10h45 à 12h15 : Marc-André SELOSSE (MNHN)

De l'animal au végétal: les microorganismes aux commandes

14h00 à 15h30: Lucie BITTNER (Université Paris 6)

Exploration de la diversité microbienne avec l'expédition Tara Océans

15h45 à 17h15: David MOREIRA (Université Paris Sud)

Diversité microbienne en conditions extrêmes

Mardi 31 mars 2015:

09h00 à 10h30 : Bruno DE REVIERS (MNHN)

La microbiodiversité dans le vivant, évolution par associations

10h45 à 12h15 : Thomas HEAMS (AgroParisTech)

Evolution dirigée et design rationnel : compétition ou synergie ?

14h00 à 15h30 : Olivier TENAILLON (INSERM)

Quel potentiel évolutif chez les microorganismes?

15h45 à 17h15: Bernard BODO (MNHN)

Microbiodiversité et substances naturelles: quand les microbes se font chimistes

Mercredi 1er avril 2015:

09h00 à 10h30 : Olivier VALLON (CNRS, Université Paris 6)

Microalgues et biocarburants: du milieu naturel à l'industrie, en passant par le laboratoire

10h45 à 12h15 : Jacques LIVAGE (Collège de France)

Microbiodiversité et matériaux bioinspirés

14h00 à 15h30 : Philippe LANGELLA (INRA)

Les probiotiques et le microbiome humain

15h45 à 17h15 : Patrick FORTERRE (Institut Pasteur)

La place des virus dans l’évolution

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HISTOIRE NATURELLE DES MÉCANISMES DU VIVANT

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Animaux venimeux et vénéneux Venimologie générale

Du 19 au 25 JANVIER 2015

Responsables : Max GOYFFON (1) (Professeur, attaché honoraire du MNHN) et Christine ROLLARD (2) (Maître de Conférences du MNHN)

(1)Unité de recherche : UMR 7245 « Molécules de communication et adaptation des micro-organismes » Département : Régulation, développement et diversité moléculaire Adresse : 63 rue Buffon – CP 39B - 75005 PARIS Tél : 01 40 79 31; courriel : [email protected] (2)Unité de recherche : UMR 7205 « ISYEB - Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité» Département : Systématique et Evolution Adresse : 61 rue Buffon – CP 53 – 75005 PARIS Lieu : salle de conférences du bâtiment de Géologie et salle de Chimie _____________________________________________________________________________________________________________ Objectifs : Offrir aux participants la possibilité de découvrir et/ou d’approfondir leurs connaissances dans les domaines de la systématique, la biologie et la toxicologie sur des groupes zoologiques susceptibles d’être en contact avec l’homme. ______________________________________________________________________________

Lundi 19 janvier 2015

09h00 à 9h15 : Accueil

09h15 à 11h15 : Christine ROLLARD (MNHN Paris)

Animaux venimeux – Appareils venimeux

11h30 à 12h30 : Max GOYFFON (MNHN Paris)

La fonction venimeuse dans l’évolution

14h00 à 15h30 : Sophie ZINN-JUSTIN (CEA Saclay)

Structure des toxines protéiques

15h45 à 17h15 : Reto STÖCKLIN (Atheris Genève)

Génomique, protéomique et bio-informatique

Mardi 20 janvier 2015

09h00 à 11h00 : Frédéric DUCANCEL (CEA Saclay)

Transcriptomique des venins


Immunothérapie passive : historique et principes

14h00 à 16h00 : Denis SERVENT (CEA Saclay)

Toxines, Récepteurs et canaux ioniques

Mercredi 21 janvier 2015

09h30 à 11h30 : Christian LEGROS (Université Angers)

Utilisation de la spectrométrie dans l’étude des venins

14h00 à 17h00 : Visite des collections de la zoothèque et du bâtiment Arthropodes

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Jeudi 22 janvier 2015

09h00 à 11h00 : Jean-Pierre GASC (MNHN Paris)

Anatomie de l’appareil venimeux des serpents


Risques sanitaires liés aux animaux venimeux

14h00 à 15h00 : Grazyna FAURE (Institut Pasteur Paris)

Résistance naturelle aux venins chez les serpents

15h15 à 17h15 : Grazyna FAURE (Institut Pasteur Paris)

Les phospholipidases A2 et leurs cibles biologiques

Vendredi 23 janvier 2015

09h00 à 11h00 : César MATTEI (Université Angers)

L’électrophysiologie comme méthode d’étude des biotoxines

11h15 à 12h15 : Philippe BILLIALD (MNHN Paris et Université Tours)

Anticorps recombinants

14h00 à 16h00 : Jean LESCURE (MNHN Paris)

Amphibiens venimeux

16h15 à 17h15 : Ali LADRAM (UPMC Paris 6)

La peau des amphibiens, une véritable pharmacopée naturelle

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Animaux venimeux et vénéneux Vertébrés terrestres du 26 au 30 janvier 2015

Responsables : Max GOYFFON (Professeur, attaché honoraire du MNHN) Unité de recherche : UMR 7245 « Molécules de communication et adaptation des micro-organismes » Département : Régulation, développement et diversité moléculaire Adresse : 63 rue Buffon – CP 39B - 75005 PARIS Tél : 01 40 79 31; courriel : [email protected] Michel THIREAU (Professeur du MNHN, retraité) Lieu : salle de conférences du bâtiment de Géologie et salle de Chimie ______________________________________________________________________________ Objectifs : Offrir aux participants la possibilité de découvrir et/ou d’approfondir leurs connaissances dans les domaines de la systématique, la biologie et la toxicologie sur des groupes zoologiques susceptibles d’être en contact avec l’homme. ______________________________________________________________________________



09h15 à 10h15 : Patrick BOUSSES (MNHN Paris)

Mammifères venimeux et oiseaux vénéneux

10h30 à 12h30 : Visite du vivarium de la ménagerie

14h00 à 17h00 : Daniel HEUCLIN (Photographe Vaux-en-Couhé)


09h30 à 12h30 : Xavier BONNET (CNRS Chizé)

Biologie et comportement des serpents

14h00 à 15h15 : Jean-Philippe CHIPPAUX (IRD Cotonou)

Les serpents : classification systématique


Méthodes épidémiologiques appliquées aux envenimations



Venins : mesure de la toxicité


Neutralisation des venins : études expérimentales et cliniques

14h00 à 17h00 : Frédéric DORANDEU (CSSR Grenoble)

Composition et mode d’action des Viperidae


10h00 à 12h00 : David BOELS (CAP Angers)

Immunothérapie passive des envenimations ophidiennes

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Epidémiologie et clinique des envenimations ophidiennes


ATraitements d’urgence des envenimations ophidiennes


09h00 à 10h15 : Nicolas VIDAL (MNHN Paris)

Systématique moléculaire des squamates

10h30 à 12h15 : Frédéric DUCANCEL (CEA Saclay)

Les Atractaspidae

14h00 à 15h15 : Rémi KSAS (Latoxan Valence)

Les nouveaux animaux de compagnie : législation et développement actuel


Utilisation des venins en thérapeutique envenimations ophidiennes

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Animaux venimeux et vénéneux Arthropodes terrestres - parasites

Du 16 au 20 MARS 2015

Responsables : Christine ROLLARD (1) (Maître de Conférences du MNHN) et Max GOYFFON (2) (Professeur, attaché honoraire du MNHN)

(1)Unité de recherche : UMR 7205 « ISYEB - Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité» Département : Systématique et Evolution Adresse : 61 rue Buffon – CP 53 – 75005 PARIS (2) Unité de recherche : UMR 7245 « Molécules de communication et adaptation des micro-organismes » Département : Régulation, développement et diversité moléculaire Adresse : 63 rue Buffon – CP 39B - 75005 PARIS Tél : 01 40 79 31; courriel : [email protected] Lieu : salle de conférences du bâtiment de Géologie ____________________________________________________________________________________________________________ Objectifs : Offrir aux participants la possibilité de découvrir et/ou d’approfondir leurs connaissances dans les domaines de la systématique, la biologie et la toxicologie sur des groupes zoologiques susceptibles d’être en contact avec l’homme. ________________________________________________________________________

Lundi 16 mars 2015



Fonction venimeuse et les venins


Présentation des arthropodes

14h00 à 17h00 : Claire VILLEMANT (MNHN Paris)

Hyménoptères aculéates

Mardi 17 mars 2015

09h00 à 12h00 : Jean-Jacques GEOFFROY (MNHN Paris)

Myriapodes : systématique, biologie et fonction venimeuse


Venins d’hyménoptères

15h15 à 17h15 : Valérie CHOUMET (Institut Pasteur Paris)

Composition et activités biologiques de la salive des arthropodes


09h00 à 12h00 : René CHERMETTE (ENV Maisons-Alfort)

Les acariens : systématique, biologie et fonction venimeuse

14h00 à 16h00 : Patrick BOURDEAU (ENV Nantes)

Insectes piqueurs non-hyménoptères. Insectes vésicants. Protistes, vers parasites

16h15 à 17h00 : Visite des collections non insectes

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Jeudi 19 mars 2015

09h00 à 12h30 : Marie-Louise CELERIER & Christine ROLLARD (Jussieu et MNHN Paris)

Les araignées : systématique, biologie, répartition

14h00 à 15h30 : Sylvie DIOCHOT (CNRS Sophia Antipolis)

Venins d’araignées et canaux ioniques

15h45 à 18h00 : Roland STOCKMANN (Jussieu Paris)

Les scorpions : systématique et biologie


09h00 à 12h00 : Christian LEGROS (Université Angers)

Les venins de scorpions

13h30 à 14h45 : Wilson LOURENCO (MNHN Paris)

Biogéographie des scorpions


Aranéisme - Scorpionisme

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Animaux venimeux et vénéneux Faune marine

Du 23 au 27 MARS 2015

Responsables : Nadia AMEZIANE (1) (Professeure MNHN) et Christine ROLLARD (2) (Maître de Conférences du MNHN)

(1)Unité de recherche : UMR 7208 « Biologie des organismes et écosystèmes aquatiques » Département : Milieux et peuplements aquatiques Adresse : Station de Biologie Marine de Concarneau, BP 225 – 29182 CONCARNEAU cedex (2)Unité de recherche : UMR 7205 « ISYEB - Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité» Département : Systématique et Evolution Adresse : 61 rue Buffon – CP 53 – 75005 PARIS Lieu : salle de conférences du bâtiment de Géologie ____________________________________________________________________________________________________________ Objectifs : Offrir aux participants la possibilité de découvrir et/ou d’approfondir leurs connaissances dans les domaines de la systématique, la biologie et la toxicologie sur des groupes zoologiques susceptibles d’être en contact avec l’homme.

Lundi 23 mars 2015


09h15 à 12h00 : Mireille GUILLAUME (MNHN Paris)

Les cnidaires venimeux

14h00 à 15h30 : Philippe FAVREAU (Service Toxico. Genève)

Les mollusques venimeux

15h45 à 17h30 : Jordi MOLGO (CNRS Gif-sur-Yvette)

Venins de cônes : diversité de leurs peptides et cibles moléculaires

Mardi 24 mars 2015

09h00 à 10h45 : Stephen BAGHDIGUIAN (Université Montpellier)

Panorama de la faune venimeuse de la Méditerranée

11h00 à 13h00 : César MATTEI (Université Angers)

Toxines marines : une source d’outils pharmacologiques et thérapeutiques

14h30 à 16h15 : Patrick LASSUS (IFREMER Nantes)

Les mollusques bivalves toxiques

16h30 à 17h30 : Tarik MEZIANE (MNHN Paris)

Les annélides


09h00 à 12h00 : Françoise GOUDEY-PERRIERE (UFR Pharmacie Châtenay-Malabry)

Les poissons venimeux

14h00 à 15h00 : Jean LESCURE (MNHN Paris)

Intoxications par consommation de tortues marines

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15h15 à 17h00 : Nadia AMEZIANE & Jean-Loup D’HONDT (MNHN Paris)

Les bryozoaires

Jeudi 26 mars 2015

09h00 à 11h00 : Marie-Lise BOURGUET (MNHN Paris)

Les éponges et les ascidies

11h15 à 12h45 : Nadia AMEZIANE (MNHN Paris)

Les échinodermes

14h00 à 17h00 : Patrick BOURDEAU (ENV Nantes)

Ichtyotoxines, toxines ciguatériques et ciguatera


10h00 à 12h00 : Ivan INEICH (MNHN Paris)

Les serpents marins

14h00 à 16h30 : Régis BEDRY (Centre Anti-Poisons Bordeaux)

Prise en charge et traitement des envenimations marines


Conclusions générales

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Interfaces microorganismes-minéraux dans l’histoire de la biogéosphère

Du 30 mars au 3 avril 2015

Responsables : Jennyfer MIOT, (Maitre de conférences Muséum) et François Guyot (Professeur Muséum) Unité de recherche : UMR 7590 IMPMC Département : Histoire de la Terre Adresse : 61 rue Buffon, 75 005 Paris Tél : 01 40 79 48 39 ; fax : 01 40 79 38 76; courriel : [email protected] Lieu : Salle des Elèves, 61 rue Buffon. Paris ____________________________________________________________________________________________________________ Objectifs : Ce module a pour objectifs de replacer les mécanismes de biominéralisation microbienne dans le contexte de l’évolution de la biogéosphère et en particulier de la diversité microbienne au cours des temps géologiques. Il s’appuiera sur des exemples emblématiques de la géomicrobiologie et présentera des méthodologies de pointe spécifiques à la caractérisation des interfaces minéral-microorganismes. ______________________________________________________________________________

Lundi 30 mars 2015

09h30 à 10h30 : Jennyfer MIOT (IMPMC)

Introduction (Notion de biominéralisation microbienne, biosignatures, premières formes de vie dans le registre fossile)

10h30 à 12h30 : François GUYOT (IMPMC, MNHN)

Cycle du carbone dans la biogéosphère actuelle et passée

14h00 à 15h30 : Karim BENZERARA (IMPMC, MNHN)

Méthodes « omiques » pour la biominéralisation


Thermodynamique de la biominéralisation

Mardi 31 mars 2015

09h00 à 11h00 : Laurent REMUSAT (IMPMC, MNHN)

La géochimie isotopique pour tracer les interactions minéral/microorganismes (incluant la visite de la NanoSIMS)

11h00 à 12h30 : Isabelle DOMART-COULON (MCAM, MNHN)

Biominéralisation et symbioses, exemple des coraux

14h00 à 15h30 : Jennyfer MIOT (IMPMC, MNHN)

Cycle du fer dans la biogéosphère actuelle et passée

15h30 à 17h00 : François GUYOT ou N. MENGUY (IMPMC, MNHN)

Les bactéries magnétotactiques, un exemple de biominéralisation contrôlée génétiquement et ses applications

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09h30 à 12h00 : Jennyfer MIOT, Sylvain PONT (IMPMC, MNHN)

Méthodes micro/spectroscopiques pour caractériser les interfaces minéral-microorganismes.

14h00 à 15h30 : Stéphanie AUZOUX-BORDENAVE (Station Concarneau, MNHN)

Interactions protéines-minéraux dans les processus de biominéralisation

15h30 à 17h00 : Pascal Jean LOPEZ (BOREA, MNHN)

Biominéralisation siliceuse

Jeudi 2 avril 2015

09h30 à 11h00 : Adrienne KISH (MCAM, MNHN)

Métabolismes de la bioremédiation.

11h00 à 12h30 : Cédric HUBAS (BOREA, MNHN)

Biofilms microbiens dans l’environnement

14h30 à 17h00 : Karim BENZERARA (IMPMC)

Les stromatolites : un exemple actuel et passé d’interactions entre le minéral et une communauté microbienne complexe


09h30 à 12h00 : Sylvain BERNARD (IMPMC, MNHN)

Evolution de la matière organique et fossilisation expérimentale (incluant la visite du laboratoire de taphonomie epérimentale)


Biominéralisation et environnements hydrothermaux

15h30 à 17h00 : Jennyfer MIOT (IMPMC, MNHN)

Transferts électroniques aux interfaces minéral / biofilm: applications à la production d’énergie

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Epigénétique et programmation cellulaire Du 07 au 09 avril 2015

Responsables : Marie-Noëlle LOMBARD (Dr ès Sciences) et Jean-Baptiste FINI (Dr MNHN). Unité de Recherche : UMR 7221 « Evolution des régulations endocriniennes » Département : Régulation, Développement et Diversité Moléculaire. Adresse : 7 rue Cuvier 75231 - Paris Cedex. Tel : 0140793601 ; 0140793828; Fax : 0140793618 courriel : [email protected] ; [email protected] Lieu : Bibliothèque de Physiologie, 7 rue Cuvier, 1er étage. ____________________________________________________________________________________________________________

Mardi 07 avril 2015

10h15 à 11h15 : Dr Pierre-Antoine DEFOSSEZ, Université Paris 7, CNRS UMR 7216, Paris.

Méthylation de l' ADN, prolifération et différenciation cellulaire.

11h15 à 11h30 : Discussion

11h30 à 12h30 : Pr Ana SOTO, Tufts University, Boston, USA

Waddington’s epigenetics and shape determination (morphogenesis).

12h30 à 12h45 : Discussion 14h30 à 15h30 : Dr Laurent SACHS, MNHN, CNRS UMR 7221, Paris.

Modifications de la chromatine et signalisation thyroïdienne.

15h30 à 15h45 : Discussion 15h45 à 16h45 : Dr Christophe LAVELLE, MNHN

Introduction à l’épigénétique physique

16h45 à 17h: Discussion Mercredi 08 avril 2015

10h15 à 11h15 : Dr Slimane AIT-SI-ALI, Université Paris 7, CNRS UMR7216 Rôle des lysines méthyltranférases d’histones dans la différenciation et la programmation cellulaires.


11h30 à 12h30 : Dr Philippe BASTIN, Institut Pasteur, Paris.

Micro ARNs : petites causes, grands effets.

12h30 à 12h45 : Discussion 14h30 à 15h30 : Dr Jean-Baptiste FINI, MNHN, CNRS UMR7221 Paris

Perturbation endocrinienne et modifications métaboliques : implication de mécanismes épigénétiques ?


15h45 à 16h45 : Intervenant à confirmer Titre à confirmer

16h45 à 17h: Discussion Jeudi 09 avril 2015

10h15 à 11h15 : Dr Sophie POLO (Université Paris 7 Diderot)

Maintien de l’intégrité épigénomique en réponse aux dommages de l’ADN.

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11h30 à 12h30 : Dr Anne GABORY, INRA Jouÿ-en-Josas

Trajectoire pondérale maternelle et impacts sur la descendance chez la souris


14h30 à 15h30 : Dr Flavien DEVUN, DNA therapeutics Dbait : histoire d’un oligonucléotide thérapeutique


15h45 à 16h45 : Dr Claire FRANCASTEL, INSERM- UMR 7216, Univ Paris 7 DNA metylation meets new players. Lessons from immunodeficiency centromere instability in facial anomalies syndroms

16h45 à 17h : Table ronde et discussion finale

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HISTOIRE NATURELLE DE L’HOMME

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Rôle des galeries d’anatomie comparée et de paléontologie dans l’histoire des sciences et des arts

Du 18 septembre 2014 au 11 juin 2015

Responsables : Luc VIVES et Christine ARGOT, MNHN, Département des Galeries & Département Histoire de la Terre, 2-8 rue Buffon, 75005 Paris Tel : 01 40 79 32 13 ; courriel: [email protected] Tel : 01 40 79 30 60 ; courriel: [email protected] Lieu : Amphithéâtre des galeries d’anatomie comparée et de paléontologie, 2 rue Buffon, 75005 Paris Horaire : de 17h à 19h une à 2 fois par mois ________________________________________________________________________________ Objectifs : Ces conférences ont pour but de sensibiliser le public aux rôles multiples des collections exposées dans les galeries d’anatomie comparée et de paléontologie du MNHN. Les objets eux-mêmes, les théories qu’ils ont illustrées, les productions scientifiques, littéraires et artistiques auxquelles ils ont donné lieu, les collecteurs qui ont permis leur présence en ces lieux et les concepteurs mêmes des galeries seront tour à tour évoqués

Jeudi 18 Septembre 2014 – La Ménagerie de pierre

Luc VIVES et Christine ARGOT, (MNHN)

Une déambulation autour des sculptures animalières ornant le bâtiment – un cas particulier : l'orang-outan d’Emmanuel Fremiet

Jeudi 16 Octobre 2014 – Fondateurs et Concepteurs des Galeries


L’art d’exposer la nature, la vie et l’évolution selon Georges Louis Leclerc de Buffon, Georges Cuvier, Albert Gaudry et Georges Pouchet

Jeudi 13 Novembre 2014 – La (dé)monstration anthropologique

Luc VIVES et Christine ARGOT, (MNHN))

La galerie d’Ernest-Théodore Hamy et de Marcellin Boule – deux cas particuliers : l’écorché de Bouchardon et le Premier Artiste de Paul Richer

Jeudi 11 Décembre 2014 – Pères et Abbés


Le rôle d'ecclésiastiques fameux dans la constitution des collections d'anatomie comparée et de paléontologie : Armand David, Pierre Heude, Pierre Teilhard de Chardin, Henri Breuil, etc

Jeudi 15 Janvier 2015 – Des Reptiles et des Mers

Nathalie BARDET, (CNRS-MNHN)

De « l’inconnu de Maëstricht » aux reconstitutions du Crystal Palace : bref historique des premières découvertes de reptiles marins mésozoïques et leur importance dans l’histoire du développement de la paléontologie des vertébrés

Jeudi 12 Février 2015 – Célèbres, incongrus ou maudits : Collecturi te salutant!


Itinéraires des voyageurs-naturalistes au destin parfois tragique dont les découvertes ont fondé la compréhension du vivant et sa classification

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Jeudi 19 Mars 2015 – Les Expéditions d’Egypte


Un panorama des spécimens rapportés ou expédiés d’Egypte, des savants qui leur furent associés et des querelles qui s’ensuivirent parfois

Jeudi 16 Avril 2015 – Histoire naturelle et mythologies


Recension de certains animaux exposés et des légendes qui les caractérisent : sirènes, licornes, cyclopes, géants…

Jeudi 21 Mai 2015 – Métamorphoses et péripéties d’un lieu unique au monde

Cécile COLIN-FROMONT, Luc VIVES et Christine ARGOT, (MNHN)

Vers un renouveau des espaces d’exposition issus de l’Art Nouveau

Jeudi 11 Juin 2015 – A la recherche des temps perdus


Une approche proustienne de l’art de retrouver musicalement en galeries les mondes perdus

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Le Muséum national d’histoire naturelle, objet d’histoireRecherches, hommes, institutions, patrimoine,

enseignement

D’octobre 2014 à mai 2015/ Responsables : Claude BLANCKAERT (1) et Arnaud HUREL (2) (1) UMR 8560, Centre Alexandre Koyré Histoire des Sciences et des techniques, Département « Hommes, Natures, Sociétés » ; Tél : 01 45 65 97 42 ; courriel : [email protected] (2) UMR 7194, « Histoire naturelle de l’Homme préhistorique », département « Préhistoire » ; Adresse : Institut de paléontologie humaine - 1 rue René Panhard - 75013 Paris tel. 01.43.31.62.91 ; [email protected] Fréquence : une fois par mois du 16 octobre 2014 au 21 mai 2015 de 17h30 à 19h30 Lieu : Salle Claude Hélène (baleine 4) ________________________________________________________________________ Des informations complémentaires sont disponibles à l'adresse http://objethistoire.hypotheses.org Les étudiants souhaitant suivre les séances de ce séminaire sont invités à prendre contact avec Arnaud HUREL ______________________________________________________________________________

Jeudi 16 octobre 2014

17h30 à 19h30 : Madame Alice CONKLIN (Ohio State University)

Les conceptions anthropologiques de la race au Musée de l’homme : de l’affaire Dreyfus à la fin de la Seconde Guerre mondiale

Jeudi 20 novembre 2014

17h30 à 19h30 : Monsieur Nicolas WANLIN (Université d’Artois)

Des poètes au Jardin des Plantes

Jeudi 18 décembre 2014

17h30 à 19h30 : Monsieur Pietro CORSI (Université d’Oxford, EHESS-Centre Alexandre Koyré)

La postérité de Lamarck au Muséum et hors les murs


17h30 à 19h30 : Monsieur Fabrice GROGNET (Muséum national d’histoire naturelle)

Du Trocadéro au Jardin des Plantes, de 1878 à 1938 : le Musée d’ethnographie du Trocadéro et le Musée de l’Homme face ou dans le Muséum ? Entre ruptures et ajustements

Jeudi 19 févier 2015

17h30 à 19h30 : Madame Vanessa FERREY (CERLIS Paris 3 - CELAT Université du Québec, Montréal)

Regards sur la muséologie de la collection nord-américaine d’objets ethnographiques du Cabinet de Sérent, l’histoire d’une entreprise scientifique d’Amérique française acquise par le Musée de l’Homme

Jeudi 19 mars 2015

17h30 à 19h30 : Madame Silvia SEBASTIANI (EHESS)

Réceptions de Buffon dans les Lumières écossaises

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Jeudi 16 avril 2015

17h30 à 19h30 : Monsieur Brice GERARD (Labex Hastec-Centre Alexandre Koyré)

L’ethnomusicologie au Musée de l’Homme. Autonomisation et spécificités épistémologiques

Jeudi 21 mai 2015

17h30 à 19h30 : Madame Jehanne-Emmanuelle MONNIER (CRESOI-centre de recherche sur les sociétés de l’Océan indien, université de La Réunion)

Alfred Grandidier (1836-1921) et le Muséum national d’histoire naturelle. Science, explorations et collections naturalistes du Second Empire à la Belle époque, de l’Océan indien au Jardin des Plantes

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Anthropologie de l’alimentation Du 12 au 23 janvier 2015

Responsables : Françoise AUBAILE-SALLENAVE (1) (CNRS-MNHN) et Marylène PATOU-MATHIS (2) (CNRS-MNHN)

(1)Unités de recherche : UMR 7206 Départements : Hommes Natures Sociétés et Préhistoire Adresses : MNHN, 57 rue Cuvier, CP 135 Paris 75005 ; tél 01 40 79 36 77; fax : 01 40 79 38 91 ; courriel : [email protected] (2) Unités de recherche : UMR 7194 « Histoire naturelle de l’Homme préhistorique » Départements : Préhistoire Adresses : IPH, 1 rue Panhard, Paris 75013 ; tél. 01 55 43 27 ; courriel : [email protected] Lieux : MNHN (amphi Rouelle, baleine 4 (= salle Claude Hélène) ;

Salle Chevalier et Muséologie : 43 rue Buffon) ______________________________________________________________________________ I– PRÉHISTOIRE ET ARCHÉOLOGIE

Lundi 12 janvier 2015 (Géologie)

10h00 à 12h00 : Marylène PATOU-MATHIS (DR, CNRS-MNHN)

Perception de l’alimentation : des premiers Hommes à Néanderthal

14h00 à 17h00 : Jean-Denis VIGNE (DR, CNRS-MNHN):

L’histoire néolithique de la viande et du lait

Mardi 13 janvier 2015 (amphi Rouelle)

09h30 à 12h00 : Marie-Pierre RUAS (CR, CNRS-MNHN)

L'histoire des plantes alimentaires en France du Néolithique à la période moderne d'après l'archéobotanique

14h00 à 17h00 : Stéphane PEAN (MC, MNHN)

L'alimentation au Paléolithique supérieur

Mercredi 14 janvier 2015 (Géologie)

10h00 à 12h30 : Estelle HERRSCHER (CR, CNRS)

Apport de l'analyse des squelettes humains pour la restitution des comportements alimentaires

II – MONDE CONTEMPORAIN

Jeudi 15 janvier 2015 : Journée du goût (Baleine 4)

09h30 à 12h30 : Marie-Odile MONNEUSE (CR, CNRS-MNHN)

Goûts et comportements

14h00 à 17h00 : Claude-Marcel HLADIK (DR émérite CNRS- MNHN)

La perception des saveurs

Vendredi 16 janvier 2015 (Baleine 4)

09h30 à 12h30 : Anne-Elène DELAVIGNE (chercheur MNHN)

La viande, entre biologie et social

14h00 à 18h00 : Jane COBBI (CR, CNRS-MNHN)

Système alimentaire et structure du repas : le cas japonais

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Lundi 19 janvier 2015 (amphi Rouelle)

10h00 à 12h30 : Dominique FOURNIER (CR, CNRS-MNHN)

Le boire et les boissons

14h00 à 17h00 : Alain FROMENT (DR, IRD), Patrick PASQUET (DR, CNRS- Muséum) : Alimentation et pathologies

Mardi 20 janvier 2015 (amphi Rouelle)

09h30 à 12h30 : Cécile RAUZY (Directrice Alimentation-Santé, Association Nationale des Industries

Alimentaires) : Les industries agro-alimentaires

14h à 17h : Laurence BERARD (CR, CNRS-MNHN)

Habitudes alimentaires et productions locales

Mercredi 21 janvier 2015 (Géologie)

14h à 17h : Bernadette ROBBE (I. E. CNRS-MNHN)

Ecologie et alimentation d’une société de l’Arctique, les Inuit

Jeudi 22 janvier 2015 (amphi Rouelle)

09h30 à 12h30 : Nathalie ALAIN (chercheur associée Muséum)

Fabrication du fromage d’estive : des Alpes aux Pyrénées

14h00 à 17h00 : Françoise AUBAILE (CR, CNRS-MNHN) (Salle Baleine 4)

Alimentation et environnement

Claire KIEFFER (Agrisud International)

Sécurité alimentaire : les actions de développement et les habitudes alimentaires des populations ciblées (Laos)

Vendredi 23 janvier 2014 (amphi Rouelle)

14h00 à 17h00 : Examen

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Histoire, vie et avenir des collections d’histoire naturelle

Du 30 Mars au 2 Avril 2015

Responsable : Dr Josette RIVALLAIN, Maître de Conférences, MNHN Unité de recherche : UMR 208 « Patrimoines locaux » Département : Homme, Nature et Société Adresse : Musée de l’Homme, 17 Place du Trocadéro, 75116 PARIS Tél : 06 07 30 04 22 ; fax : 01 45 82 62 99 ; courriel : [email protected] Lieu : Laboratoire d’Entomologie, Muséum national d’histoire naturelle 45 rue Buffon, 75005 PARIS

______________________________________________________________________________

Lundi 30 Mars 2014

09h00 à 10h30 : Josette RIVALLAIN, MNHN

Histoire des collections d’ethnologie

11h00 à 12h30 : Jocelyne GUGLIEMI, MNHN

Constitution des collections dans une bibliothèque du Muséum

14h00 à 15h30 : Jean-Dominique WAHICHE, MNHN

Le droit des collections d’histoire naturelle en France

16h00 à 17h30 : Brigitte SENUT, MNHN

De la collection à la quête de nos origines

Mardi 31 Mars 2014

09h00 à 10h30 : Jacques PIERRE, MNHN

Les collections d’entomologie

11h00 à 12h30 : Jacques CUISIN, MNHN

De l’usage à l’usure des collections des mammifères et oisea

14h00 à 15h30 : Cécile AUPIC, MNHN

Les collections de l’herbier du Muséum

16h00 à 17h30 : Pierre-Jacques CHIAPPERO, MNHN

Du cristal à la carotte de sondage

Mercredi 1 Avril 2014

09h00 à 10h30 : M. DOUINEAU, MNHN

Les collections de plantes vivantes : rôle du temps et de l’espace

11h00 à 12h30 : Laure CORBARI, MNHN

Le monde des crustacés

14h00 à 15h30 : Alexis LECU, MNHN

De l’acclimatation des espèces vivantes aux collections

16h00 à 17h30 : Alexis LECU, MNHN

Les parcs zoologiques, nouvelles perspectives

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Jeudi 2 Avril 2014

09h00 à 10h30 : Régine VIGNES-LEBBE, Université de Paris VI

Projets européens sur l’informatisation des collections

11h00 à 12h30 : Cécile COLIN, MNHN

Exposer en gardant l’esprit du l

14h00 à 17h30 : Josette RIVALLAIN, MNHN ; Bernard DUPAIGNE, MNHN ; Michèle LEMAIRE, MHN Bourges, Gérard FERRIERE, MNH Dijon ; Lionel FRANCOIS, MHN Besançon ; Adeline ROUILLY, MHN Nîmes, Michel Van PRAET, MNHN,

Débats avec les intervenants

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Pensées symboliques et actes créateurs chez les Hominidés

Du 26 au 28 mai 2015 Responsable : Anne DAMBRICOURT MALASSÉ Unité de recherche UMR 7194 CNRS –Muséum national d’Histoire naturelle Département de Préhistoire Adresse : Institut de Paléontologie Humaine, 1 rue René Panhard, 75013 Paris Tél : 01 43 31 62 91, fax : 01 43 31 22 79, Courriel : [email protected] Lieu : amphithéâtre de l’Institut de Paléontologie Humaine

Objectifs : La thématique des séminaires est l’émergence de l’identité humaine. Cette identification suit l’acquisition de la verticalité du système nerveux dans le registre fossile, en particulier celle du cervelet et ses connexions avec le cerveau. Si le corollaire classique est la «libération de la main », il reste à s’interroger sur les conséquences de la construction de l’image mentale du corps, du soi, de son environnement et des événements (naissance, santé, mort). Cette approche permet d’aborder le développement de pensées symboliques et d’actes créateurs dans les différentes lignées humaines de manière pluridisciplinaire.

Mardi 26 Mai

09h30 à 10h30 : Yves COPPENS (Professeur honoraire, Collège de France)

Les premières manifestations tangibles d’une pensée symbolique

10h30 à 11h30 : Anne DAMBRICOURT MALASSÉ (Chargé de Recherche HDR, UMR 7194)

L’émergence des symboles et le redressement du système nerveux dans la lignée humaine, quelles relations.

11h30 à 12h30 : Marc-Williams DEBONO (Neurobiologiste, D et R Sanofi, France)

Représentation cérébrale et fonctions cognitives associées à l’image du corps et du soi chez Homo sapiens

14h00 à 15h00 : Erik GONTHIER (Maître de Conférences au MNHN, UMR 7194)

Des codifications instrumentales au Paléolithique et au Néolithique, peuvent-elles avoir influencé les comportements de l'Homme ?

15h00à16h00: Anne DAMBRICOURT MALASSÉ ET Jean Pierre MOHEN (Conservateur général du patrimoine)

La découverte du site rupestre de Shizhucun, témoin de danses chamaniques en Chine du Sud

16h00 à 17h00 : Odile ROMAIN (Ingénieur de recherche MNHN, UMR 7194)

L’art pariétal de Madagascar (800 avant J.C.), un art divinatoire

17h00 à 18h00 : Débat autour de

La verticalité du système nerveux et des codifications de la gestuelle

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Mercredi 27 Mai

10h00 à 11h00 : Marylène PATOU-MATHIS (Directrice de Recherche au CNRS, UMR 7194)

Les différentes expressions symboliques chez les populations néandertaliennes

11h00 à 12h00 : Carole VERCOUTERE (Maître de conférences MNHN, UMR 7194)

La dent humaine percée de l’Abri Pataud, de nouvelles questions sur le comportement symbolique des Homo sapiens du Gravettien

12h00 à 13h00 : Anne DAMBRICOURT MALASSÉ et Sandra JOFFROY (Maitre de conférences Université Paul Sabatier, Toulouse III)

La reconstitution du développement psychomoteur d’Homo neanderthalensis : une nécessité pluridisciplinaire

14h00 à 15h00 : Jean-Jacques MILLET (Université Joseph Fourier, Grenoble)

Des vivants et des morts, évolution des pratiques funéraires dans le nord des Alpes.

15h00 à 16h00 : Amélie VIALET (Maitre de conférences MNHN, UMR 7194)

La sépulture néolithique d’Asselar (l'Adrar des Ifoghas, Mali), des questions sur les circonstances de l’inhumation

Jeudi 28 Mai

09h00 à 10h00 : Patricia SOTO-HEIM (Paléoanthropologue, UMR 7194)

Le peuple des Chinchorros, des momies chiliennes de 7000 ans parmi les vivants

10h00 à 11h00 : Aïcha BACHIR BACHA et Oscar Daniel LLANOS JACINTO (EHESS, Centre de Recherche Préhispanique d’Amérique du Sud)

Animas Altas/Animas Bajas, un centre politico-cérémoniel Paracas, Ica, Pérou

11h00 à 12h00 : François GENDRON (Ingénieur d'Etudes MNHN, UMR 7194)

Emergence de la Mésoamérique : des rites et des divinités aux racines diffuses

12h00 à 13h00 : Agueda VILHENA VIALOU (Professeur, UMR 7194) et Denis VIALOU (Professeur MNHN, UMR 7194)

Les sites rupestres de la Cidade de Pedra (Mato Grosso, Brésil), occupations et symbolismes

14h30 à 15h30 : Jean-Pierre MOHEN (Conservateur général du Patrimoine, membre de l’Académie des Technologies)

L'art pariétal du Tassili et les fluctuations climatiques

15h30 à 17h30 : Djillali HADJOUIS (Directeur de recherche au CNRPAH, Alger) et Colette ROUBET (Professeur émérite du MNHN, UMR 7194)

Le symbolisme dans les pratiques funéraires: exemple des Mechtoïdes (Algérie) et des Franciliens au Moyen Age

17h30 à 18h00 : Débat des intervenants

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GÉODIVERSITÉ ET CHIMIODIVERSITÉ

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Géodiversité et patrimoine

Du 13 au 17 janvier 2015

Responsable : François FARGES (Professeur Muséum) Unité de recherche : UMR 7202 Institut de minéralogie, de physique des matériaux et cosmochimie (IMPMC) – site Buffon (Musuém national d’Histoire naturelle) Département : « Histoire de la Terre » Adresse : CP 52, 61 rue Buffon, 75005 Paris Tél : 01 40 79 35 29; courriel : [email protected] Lieu : IMPMC-site Buffon, MNHN, Salle des Elèves, 2e étage, 61 rue Buffon, 75005 Paris ____________________________________________________________________________________________________________ Objectifs : L’objectif de ce cours est d’illustrer le concept de géodiversité à travers une série de cours fondamentaux et appliqués ayant trait aux approches patrimoniales et environnementales de la minéralogie et des sciences de la Terre en général. Les cours développeront les connaissances des minéraux, les gemmes, leurs classifications, identifications, conditions de formation ainsi que divers aspects environnementaux et sociétaux : géotopes français, histoire des collections et leurs influences culturelles. ____________________________________________________________________________________________________________

Lundi 13 janvier 2015 9h30 à 10h00 : François FARGES (MNHN)

Introduction à la géodiversité

10h15 à 12h30 : François GUYOT (MNHN)

Histoire de la Terre et évolution minéralogique

14h00 à 17h15 : Cristiano FERRARIS (MNHN)

Systématique et classification des minéraux

Mardi 14 janvier 2015 09h30 à 12h45 : Cristiano FERRARIS (MNHN)

Cristallographie et méthodes d’identification (microscopies, diffractions)

14h00 à 17h15 : Sylvain BERNARD (CNRS)

Diagenèse et fossilisation

Mercredi 15 janvier 2015 09h30 à 12h45 : François FARGES (MNHN)

Cristallographie des surfaces, des apériodiques et minéralogie environnementale

14h00 à 17h15 : Pierre-Jacques CHIAPPERO (MNHN)

Les géotopes, la gitologie et le patrimoine géologique français

Jeudi 16 janvier 2015 (lieu / salle à confirmer) 09h30 à 12h45 : Jennifer MIOT (MNHN)

Interactions minéral-vivant

14h00 à 15h30 : François FARGES (MNHN)

Spectroscopies appliquées à la minéralogie

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15h45 à 17h15 : Sylvain PONT (MNHN)

Apports des techniques SEM-EDS et XRD à la caractérisation de la matière minérale.

Vendredi 17 janvier 2015 09h30 à 12h45 : Pierre-Jacques CHIAPPERO (MNHN)

Histoire des collections de minéralogie

14h00 à 17h15 : François FARGES (MNHN)

Gemmologie et patrimoine culturel

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Etre ou ne pas être primitif, les ambiguïtés de la matière extraterrestre

Du 19 janvier 2015 au 23 janvier 2015 Responsables: Matthieu GOUNELLE (Professeur du Muséum) & Emmanuel JACQUET (Maître de Conférences du Muséum)

Unité de recherche : UMR7590 « Institut de minéralogie, de physique des matériaux et de cosmochimie » Département : « Histoire de la Terre » Adresse : IMPMC, MNHN, CP52, 57 rue Cuvier, 75005 Paris. Tél : 01 40 79 35 21; fax : 01 40 79 57 72; courriel : [email protected] Lieu : Salle des élèves, IMPMC, 61 rue Buffon, Paris 5ème. _____________________________________________________________________________________________________________ Objectifs : Certaines météorites sont des échantillons primitifs remontant aux premiers temps de notre système solaire. Mais ces échantillons ont une histoire complexe, à la fois dans le disque protoplanétaire et sur leurs corps-parents. Une large partie du travail du cosmochimiste est de distinguer ce qui est le plus primitif de ce qu’il l’est moins. Mais la notion de primitivité n’est pas aussi univoque qu’on pourrait le croire. Le but de ce cours est double. Son premier objectif est de donner aux étudiants en thèse, aux post-doctorants et aux chercheurs de disciplines connexes des bases en cosmochimie. Son second objectif est d’explorer les différents sens de la notion de primitivité et ses frontières de plus en plus mouvantes dans l’enregistrement météoritique. ______________________________________________________________________________


10h30 à 12h30: Matthieu GOUNELLE (MNHN)

Accueil des participants et introduction générale

14h00 à 15h30 : Brigitte ZANDA (MNHN)

Les chondrites

15h45 à 17h15: Jean-Alix BARRAT (Université de Brest)

Les achondrites différenciées


09h30 à 12h30: Sylvain PONT & Emmanuel JACQUET (MNHN)

Observations des météorites

14h00 à 15h30 : Jérôme ALEON (MNHN)

Les achondrites primitives


09h30 à 12h45: Emmanuel JACQUET (MNHN)

Formation des chondres : une origine planétaire ?

14h30 à 16h00: Yves MARROCCHI (CRPG)

L’altération hydrothermale des chondrites


09h30 à 11h00 : Pierre VERNAZZA (Observatoire de Marseille)

La mission ROSETTA et le continuum astéroïdes-comètes

11h15 à 12h45 : Marc CHAUSSIDON (IPGP)

Le jeune âge des météorites de fer

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14h30 à 16h00 : Alessandro MORBIDELLI (Observatoire de Nice)

Dynamique de la formation planétaire


09h30 à 11h00 : Jérôme GATTACCECA (CEREGE)

Magnétisme des météorites

11h15 à 12h45 : Hugues LEROUX (Université de Lille)

Échantillons cométaires au laboratoire

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AUTRES ACTIVITÉS VALIDABLES

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Formation à l’insertion professionnelle Organisateur : Institut de formation doctorale de l’UPMC

Site : http://ifd.upmc.fr/fr/formation.html Tel. : 01 44 27 81 97 ______________________________________________________________________________

Chaque doctorant doit :

- établir un plan individuel de Formation (à télécharger) sur le site : http://www.ifd.upmc.fr/fr/formation/inscriptions.html

- le faire valider par son directeur de thèse et le directeur de l'Ecole doctorale ;

- choisir ses formations ;

- finaliser l’inscription après consultation du calendrier et téléchargement du formulaire d'inscription puis le transmettre à Marc DUFAUR DESSUS (med- [email protected]) Le site dispose du maximum d'information, notamment un guide plus complet pour toutes ces procédures.

Cette formation ou une formation équivalente est obligatoire et doit être suivie au cours de la première ou deuxième année.

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2nd Young Natural History scientists Meeting Du 4 au 6 février 2015

Responsable : Bureau des Doctorants et Etudiants du Muséum (BDEM) [email protected] Lieu: Grand Amphithéâtre du Muséum _____________________________________________________________________________ Conditions de validation: - Assister à la totalité du congrès et présenter un oral ou un poster ou bien - Assister à la totalité du congrès et participer à l'organisation Informations et inscription : http://ynhm.sciencesconf.org/ ______________________________________________________________________________

Le YNHM (Young Natural History scientists' Meeting) est un congrès international et gratuit sur les sciences naturelles organisé par les jeunes chercheurs pour les jeunes chercheurs (doctorant, post-doctorant, master).

Désireux de mettre à l'honneur l’Histoire naturelle, si chère à notre établissement, le BDEM organise

du 4 au 6 février 2015

la deuxième édition du Young Natural History scientists Meeting (YNHM), et invite les jeunes chercheurs (masters, doctorants et post-doctorants) des divers domaines de l'Histoire naturelle et de toutes institutions, à venir présenter leurs travaux de recherche.

Ce congrès est une occasion unique -dans un lieu unique- de présenter ses travaux en anglais, apprendre et échanger avec des collègues de sa discipline.

Deux jours / Quatre sessions :

- Biodiversity, Dynamics and Conservation

- Earth and Planetary Sciences

- Mankind, Prehistory, Nature and Societies

- Systematics, Evolution and Comparative Anatomy

- Biodiversity, Dynamics and Conservation: Sujets concernant l'écologie et la conservation de la diversité biologique de la Terre, comprenant les études des écosystèmes, la diversité moléculaire, la distribution, l'abondance et la dynamique des organismes micro à macroscopiques, leurs interactions avec à la fois d'autres êtres vivants et/ou leur environnement physique et la biologie de la conservation.

- Earth and Planetary Sciences: Toute thématique liée aux sciences atmosphériques, la biogéochimie, la cosmochimie et la cosmologie, la géochimie, la géologie, la géomorphologie, la glaciologie, l'hydrologie et la limnologie, la minéralogie, l'océanographie, la paléoécologie, la biostratigraphie, la paléobiogéographie, les reconstructions paléoenvironnementales, la taphonomie, la pétrologie, la tectonique et la volcanologie.

- Mankind, Prehistory, Nature and Societies: Tout travail sur l'anthropologie biologique, la génétique, la préhistoire, l'anthropologie sociale et culturelle, l'ethnologie, l'ethno-biologie, l'ethno-musicologie, la géographie et l'histoire et la philosophie des sciences et des techniques.

- Systematics, Evolution and Comparative Anatomy: Tout aspect de l'anatomie et de la morphologie comparative, l'évo-dévo, l'écologie évolutive et le comportement, l'évolution expérimentale, la paléobiologie, la taxonomie, la phylogénétique et la phylogéographie, les théories et les modèles.

Un conférencier invité ouvrira chacune de ces thèmes multidisciplinaires avec une présentation sur un sujet pertinent.

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Accompagnement scientifique du Muséum Année 2014-2015

Responsable : Eric GUILBERT, MC MNHN Unité de recherche : UMR7205 Département : Systématique et Evolution Adresse : CP50, 45 rue Buffon Tél : 01 40 79 34 11 ; fax : 01 40 79 56 79 ; e-mail : [email protected] Lieux : Muséum national d'Histoire naturelle et différentes écoles de Paris

Depuis 10 ans, à partir du dispositif "La main à la pâte" (Fondation LAMAP) reconnu par le Ministère de l'Education Nationale, ce module d'accompagnement scientifique s'intègre dans la formation proposée aux doctorants par l'Ecole Doctorale du MNHN (ED 227). Ce module propose, en collaboration avec LAMAP un accompagnement en sciences et techniques à l’école primaire (ASTEP). Il est effectué en étroite collaboration avec l’ASTEP sur l’académie de Paris (Mme Danièle Perruchon). Il est validé comme tel pour l'autorisation de soutenance du doctorat.

Les enseignants du primaire ayant en majorité une formation non scientifique, le doctorant aide l'enseignant à cerner et à développer son projet de sciences expérimentales en classe. Il aide à en assurer la cohérence et la faisabilité et à y identifier les enjeux et les objectifs. Ensemble, ils se mettent d'accord sur le déroulement et le rythme des activités que les élèves mèneront et les acquisitions qu'ils en retireront.

En aucun cas le doctorant ne se substitue à l'enseignant. Il lui apporte ses connaissances et sa vigilance scientifiques. Il lui fournit des idées et des outils pour mettre en place une démarche scientifique au cours des activités. En retour, il apprend à organiser et à reformuler des notions scientifiques complexes de façon pédagogique et abordable pour un public non spécialiste, ce qui constitue d'ailleurs une compétence fondamentale pour la suite de sa carrière d'enseignant-chercheur.

En bref, l'engagement dans le dispositif comprend :

- Un accompagnement d'enseignant sur l'Académie de Paris , c'est à dire la proposition d'un sujet/projet en adéquation avec l'enseignant, la préparation et le suivi de 8 à 12 séances en classe primaires (cycle 1, 2 ou 3) d’une heure à une heure et demie chacune, en collaboration avec l'enseignant.

- deux réunions réparties sur l'année :

- Une réunion de présentation de l’accompagnement et une mise en contact avec les enseignants;

- Un entretient de synthèse et d'évaluation de l'accompagnement à mi-parcours.

- la remise d'un rapport de synthèse (20-30 pages) au plus tard le 30 juin, ouvrant à validation du module.

Le succès de l'accompagnement ouvrira à la validation de deux modules!

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INFORMATIONS UTILES

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Quelques rappels

Chaque doctorant doit avoir signé, avec son directeur de thèse, la charte des thèses qui énonce les droits et devoirs de chacune des parties.

Il doit aussi avoir signé la charte de dépôt électronique des thèses.

Il doit avoir constitué son plan individuel de formation lequel doit comprendre au moins une formation à l’insertion professionnelle.

Il existe un conseiller doctoral* qui écoute, sert de médiateur afin qu'une solution soit trouvée en cas de : - manquement aux devoirs de l'une des parties (par exemple, absence d'encadrement, absentéisme du doctorant) ; - conflit ; - changement de directeur de thèse.

Tout doctorant doit avoir constitué, avec son encadrant, un comité de thèse, composé d'un petit groupe de personnes compétentes, de préférence choisies en dehors de l'unité de recherche, lequel se réunit une fois par an en présence d’un membre du Conseil de l’ED pour échanger des idées et faire le point sur l'état d'avancement de la thèse .

Toute unité de recherche doit fournir au doctorant un bureau où travailler et un ordinateur. En cas de problème ponctuel, il faut savoir qu'il existe des accès libres à la toile à la bibliothèque centrale du MNHN.

Toute interruption d'inscription en cours de thèse est considérée, administrativement, comme un abandon de thèse. La seule exception est l'interruption pour motif médical ou congé de maternité/paternité. Cette interruption ne doit pas excéder douze mois et suppose la production d’un arrêt de travail d’au moins quatre mois consécutifs pour donner droit à une prolongation d’inscription en thèse équivalente.

Le nombre maximal de doctorants qu'un HDR peut raisonnablement encadrer est de 2,5. Il peut aller jusqu'à trois si, en fin d'année universitaire, le début d'une nouvelle thèse se superpose à la fin d'une autre. Au delà de ce chiffre, le directeur de thèse est considéré en surencadrement et ne peut prétendre à un contrat doctoral.

Toute demande d'inscription en première année de candidats non bénéficiaires d’un contrat doctoral doit être examinée par le conseil de l'école doctorale. Les candidats effectuant une thèse à l’étranger (en co-tutelle ou non) doivent justifier d’un financement leur permettant de vivre dans leur pays ainsi que d’un financement minimal de 1200 euros net par mois durant leurs séjours en France. Ce même conseil examine aussi les demandes relatives à des étudiants possédant un diplôme de master ou de DEA autre que d’un pays de l’UE. Le conseil peut-être amené à demander que l’étudiant fasse d’abord un M2 de l’UE avant d’être inscrit en thèse.

L’inscription administrative est renouvelée chaque année en septembre-octobre pour la durée de préparation de la thèse fixée à trois années consécutives.

La mise en place de ces dispositions vise à améliorer la qualité de la vie doctorale en limitant la durée des thèses et le nombre de doctorants en situation précaire et/ou mal encadrés. Enfin, il faut savoir que sur ces paramètres, le ministère laisse aux écoles doctorales de moins en moins de latitude et conditionne l'attribution des allocations aux succès de leur contrôle.

Cinq représentants des doctorants ou leurs suppléants siègent au Conseil de l’école doctorale. Ils sont élus par leurs pairs lors de l’assemblée générale de l’école doctorale qui se tient généralement en début de chaque année après la clôture des inscriptions.

*Dominique GRIMAUD-HERVÉ : [email protected]

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Présentation de l’école doctorale Intitulé de l’ED : Sciences de la Nature et de l’Homme : évolution et écologie Intitulé de l’ED en anglais : Natural and Human Sciences : evolution and ecology Numéro de l’ED : 227 Année de création : 1995 Etablissement support : Muséum national d’histoire naturelle Bâtiment de la Baleine - CP 27 - 57 rue Cuvier 75231 Paris cedex 05 ; Téléphone : 01 40 79 54 07 ; Fax : 01 40 79 54 22 Adresse(s) électronique(s) : [email protected] Adresse du site web ou de la page de l'ED : http://www.mnhn.fr/ecoledoctorale Etablissement(s) co-accrédité(s) : Université Pierre et Marie Curie Etablissement(s) associé(s) : intégration dans le collège doctoral de la ComUe Sorbonne Universités Domaines et sous domaines AERES : Principal : DS 10, Secondaire(s) : DS 3, DS 5, DS 6 et DS 7 Equipe de direction Directeur de la direction transversale de l’enseignement, de la pédagogie et des formations Directeur-adjoint de la direction transversale de l’enseignement, de la pédagogie et des formations Directeur de l’école doctorale Directeur adjoint de l’école doctorale Cette équipe est élargie à : Coordinateur de l’école doctorale Conseiller doctoral Professeur en charge du suivi des missions doctorales

Fonction Equipe

Directeur Directeur adjoint

Directeur ED

Directeur adjoint de l’ED

Coordinateur ED

Conseiller doctoral

Personnes en charge des missions doctorales

François Semah

Anne-Laure Guieysse

Bruno de Reviers

David Laloi

Madiha Abada

Dominique Grimaud-Hervé

Hervé Tostivint et Madiha Abada

Personnel Mahjouba Fassa, gestionnaire des dossiers de soutenance et des inscriptions administratives des doctorants du MNHN ; Jocelyne Moro, gestionnaire des dossiers de soutenance et des inscriptions administratives des doctorants de l’UPMC Pierre Simoni, responsable administratif et financier à la Direction de l’Enseignement, de la Pédagogie et des formations assure, entre autre, la gestion financière de l’école doctorale.

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Affiche des modules de l’école doctorale

MUSÉUM NATIONAL D’HISTOIRE NATURELLE

ÉCOLE DOCTORALE 227

SCIENCES DE LA NATURE ET DE L’HOMME : EVOLUTION ET ECOLOGIE

ANNÉE UNIVERSITAIRE 2014 – 2015

Chaque module comprend une série de conférences d’une heure trente chacune

VALORISATION/MÉTHODOLOGIES/CONCEPTS ATELIER ANGLAIS SCIENTIFIQUE Du 06 octobre 2014 au 30 juin 2015 Responsable : Philip HINDLEY ; [email protected] VALORISATION DES TRAVAUX DE RECHERCHE ET TECHNOLOGIES DU VIVANT 15,16, 17 et 18 décembre 2014 Responsables : Hélène SALIN ; [email protected] FORMALISATION DES CONNAISSANCES EN BIODIVERSITÉ TAXIQUE : ANALYSE A TROIS ÉLÉMENTS 26, 27, 28, 29 et 30 janvier 2015 Responsable : René ZARAGÜETA ; [email protected] INTRODUCTION À L'ANALYSE DES DONNÉES 2, 3, 4, 5 et 6 février 2015 Responsable : Michel BAYLAC ; [email protected]

ÉLÉMENTS D'ÉPISTÉMOLOGIE DES SCIENCES DE LA VIE 9, 10 et 11 février 2015 Responsables : Donato BERGANDI et René ZARAGÜETA i BAGILS, [email protected] INITIATION À LATEX COMMENT RÉDIGER SES DOCUMENTS (SA THÈSE) EN LATEX 9, 10, 11 et 12 février 2015 Responsables : Loïc PONGER et Jérôme SUEUR ; [email protected] L’ORIGINE DES ESPÈCES 2, 3, 4, 5 et 6 mars 2015 Responsables : Pierre-Henri GOUYON et Sylvia De CESARE ; [email protected] R : INITIATION 2, 3 et 4 mars 2015 Responsable : Jérôme SUEUR ; [email protected] TAXONOMIE INTÉGRATIVE ET EXPERTISE TAXONOMIQUE DANS LE CONTEXTE DES PROJETS CODE-BARRES ADN 9, 10, 11, 12 et 13 mars 2015 Responsables : Sarah SAMADI, Line LEGALL et Nicolas PUILLANDRE ; [email protected] LA PHYLOGÉNIE : SUPPORT À L'ANALYSE DE L'EVOLUTION 23, 24, 25 et 26 mars 2015 Responsable : Eric GUILBERT ; [email protected] APPROCHES 3D POUR RECHERCHE, CONSERVATION ET MUSÉOGRAPHIE 30 et 31 mars, 1er, 2 et 3 avril 2015 Responsable : Martin FRIESS ; [email protected] MÉCANISMES DE L’ÉVOLUTION 30 et 31 mars, 1er, 2 et 3 avril 2015 Responsables : Sarah SAMADI et Patrice DAVID ; [email protected] MORPHOMÉTRIE ET ANALYSES DES FORMES 20, 21, 22, 23 et 24 avril 2015 Responsable : Michel BAYLAC ; [email protected]

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R : APPROFONDISSEMENTS 4, 5 et 6 mai 2015 Responsable : Jérôme SUEUR ; [email protected] DYNAMIQUE DES POPULATIONS ET ÉVOLUTION DES TRAITS D’HISTOIRE DE VIE – APPLICATIONS DE MODÈLES MATRICIELS 4, 5, 6 et mai 2015 Responsables : Samuel Pavard et Alexandre Robert ; [email protected] GÉNOMES ET TRANSCRIPTOMES : APPROCHES NGS 11,12 et 13 mai 2015 Responsables : Nicolas BUISINE et Laurent SACHS ; [email protected] IMAGERIE SCIENTIFIQUE 11, 12, 13 et 14 mai 2015 Responsable : Patricia WILS ; [email protected] R : APPLICATIONS 18, 19, 20, 21 et 22 mai Responsable : Michel BAYLAC ; baylac @mnhn.fr

BIODIVERSITÉ ACTUELLE ET FOSSILE LA PRÉSERVATION DE LA BIODIVERSITÉ 1, 2, 3, 4 et 5 décembre 2014 Responsable : Nathalie MACHON ; [email protected] MICROBIODIVERSITÉ, ENTRE ÉCOSYSTÈME, ÉVOLUTION ET SOCIÉTÉ 30 et 31 mars, 1er avril 2015 Responsables : Laurent PALKA et Bruno DE REVIERS ; [email protected] HISTOIRE NATURELLE DES MÉCANISMES DU VIVANT ANIMAUX VENIMEUX ET VÉNÉNEUX : VENIMOLOGIE GÉNÉRALE 19, 20, 21, 22, 23, 24 et 25 janvier 2015 Responsables : Max GOYFFON et Christine ROLLARD ; [email protected] ANIMAUX VENIMEUX ET VÉNÉNEUX : VERTÉBRÉS TERRESTRES 26, 27, 28, 29 et 30 janvier 2015 Responsable : Max GOYFFON ; [email protected] ANIMAUX VENIMEUX ET VÉNÉNEUX : ARTHROPODES TERRESTRES - PARASITES 16, 17, 18, 19 et 20 MARS 2015 Responsables : Christine ROLLARD et Max GOYFFON ; [email protected] ANIMAUX VENIMEUX ET VÉNÉNEUX : FAUNE MARINE 23, 24, 25, 26 et 27 mars 2015 Responsables : Nadia AMEZIANE et Christine ROLLARD ; [email protected] INTERFACES MICROORGANISMES-MINÉRAUX DANS L’HISTOIRE DE LA BIOGÉOSPHÈRE 30 et 31 mars, 1, 2 et 3 avril 2015 Responsables : Jennyfer MIOT et François GUYOT ; [email protected] ÉPIGÉNÉTIQUE ET PROGRAMMATION CELLULAIRE 7, 8 et 9 avril 2014 Responsables : Marie-Noëlle LOMBARD et Jean-Baptiste FINI ; [email protected]

HISTOIRE NATURELLE DE L’HOMME RÔLE DES GALERIES D’ANATOMIE COMPARÉE ET DE PALÉONTOLOGIE DANS L’HISTOIRE DES SCIENCES ET DES ARTS Du 18 septembre 2013 au 11 juin 2015 : une à deux fois par mois de 17h à 19h Responsables : Luc VIVES et Christine ARGOT ; courriel: [email protected] LE MUSÉUM NATIONAL D’HISTOIRE NATURELLE, OBJET D’HISTOIRE. RECHERCHES, HOMMES, INSTITUTIONS, PATRIMOINE, ENSEIGNEMENT Du 16 octobre 2014 au 21 mai 2015 : une fois par mois de 17h30 à 19h30 Responsables : Arnaud HUREL et Claude BLANCKAERT ; [email protected] et

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ANTHROPOLOGIE DE L’ALIMENTATION 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22 et 23 janvier 2015 Responsables : Françoise AUBAILE-SALLENAVE et Marylène PATOU-MATHIS ; [email protected] HISTOIRE, VIE ET AVENIR DES COLLECTIONS D’HISTOIRE NATURELLE 30 et 31 mars, 1 et 2 avril 2015 Responsable : Josette RIVALLAIN ; [email protected] PENSÉES SYMBOLIQUES ET ACTES CRÉATEURS CHEZ LES HOMINIDÉS 26, 27 et 28 mai 2015 Responsable : Anne DAMBRICOURT MALASSÉ ; [email protected]

GÉODIVERSITÉ ET CHIMIODIVERSITÉ GÉODIVERSITÉ ET PATRIMOINE 13, 14, 15, 16 et 17 janvier 2014 Responsable : François FARGES ; [email protected] ÊTRE OU NE PAS ÊTRE PRIMITIF, LES AMBIGUÏTÉS DE LA MATIÊRE EXTRATERRESTRE 19, 20, 21, 22 et 23 janvier 2015 Responsables: Matthieu GOUNELLE et Emmanuel JACQUET ; [email protected]

AUTRES ACTIVITÉS VALIDABLES FORMATION À L’INSERTION PROFESSIONNELLE Organisateur : Institut de formation doctorale de l’UPMC Site : http://ifd.upmc.fr/fr/formation.html 2nd YOUNG NATURAL HISTORY SCIENTISTS MEETING 4, 5 et 6 février 2015 Organisateur : Bureau des Doctorants et Etudiants du Muséum (BDEM) ; [email protected] ACCOMPAGNEMENT SCIENTIFIQUE DU MUSÉUM Organisateur : Eric GUILBERT ; [email protected]

COORDINATION Madiha ABADA

Ecole doctorale 227 « Sciences de la nature et de l’Homme : évolution et écologie » Direction de l’Enseignement, de la Pédagogie et des Formations, MNHN,

CP 27, 57 rue Cuvier 75231 Paris cedex 05 ; courriel : [email protected] ; Tél. 01 40 79 54 07 ; fax : 01 40 79 54 22

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Table des matières Préambule ...............................................................................................................................2 VALORISATION, MÉTHODOLOGIE ET CONCEPTS.....................................................4 Atelier Anglais scientifique ....................................................................................................5 Valorisation des travaux de recherche et technologies du vivant.........................................6 Formalisation des connaissances en biodiversité taxique : Analyse à trois éléments .........8 Introduction à l'analyse des données et aux statistiques multivariées .................................9 Éléments d'épistémologie des sciences de la vie..................................................................11 Initiation à LaTeX Comment rédiger ses documents (sa thèse) en LaTeX........................12 L’Origine des Espèces ..........................................................................................................13 R : Initiation..........................................................................................................................15 Taxonomie intégrative et expertise taxonomique dans le contexte des projets code-barres ADN.......................................................................................................................................16 La phylogénie : support à l'analyse de l'évolution..............................................................19 Approches 3D pour recherche, conservation et muséographie ..........................................21 Mécanismes de l’Evolution ..................................................................................................23 Morphométrie et analyses des formes..................................................................................25 R : Approfondissements........................................................................................................28 Dynamique des populations et évolution des traits d’histoire de vie - applications de modèles matriciels.................................................................................................................29 Génomes et transcriptomes : approches NGS .....................................................................31 Imagerie scientifique ............................................................................................................33 R : Applications ....................................................................................................................35 BIODIVERSITÉ ACTUELLE ET FOSSILE .....................................................................37 Préservation de la biodiversité .............................................................................................38 Microbiodiversité, entre Écosystèmes, Évolution et Société ...............................................40 HISTOIRE NATURELLE DES MÉCANISMES DU VIVANT ........................................41 Animaux venimeux et vénéneux Venimologie générale .....................................................42 Animaux venimeux et vénéneux Vertébrés terrestres .........................................................44 Animaux venimeux et vénéneux Arthropodes terrestres - parasites ..................................46 Animaux venimeux et vénéneux Faune marine..................................................................48 Interfaces microorganismes-minéraux dans l’histoire de la biogéosphère .......................50 Epigénétique et programmation cellulaire ..........................................................................52 HISTOIRE NATURELLE DE L’HOMME ........................................................................54 Rôle des galeries d’anatomie comparée et de paléontologie dans l’histoire des sciences et des arts...................................................................................................................................55 Le Muséum national d’histoire naturelle, objet d’histoire Recherches, hommes, institutions, patrimoine, enseignement ................................................................................57 Anthropologie de l’alimentation ..........................................................................................59 Histoire, vie et avenir des collections d’histoire naturelle ..................................................61 Pensées symboliques et actes créateurs chez les Hominidés...............................................63 GÉODIVERSITÉ ET CHIMIODIVERSITÉ......................................................................65 Géodiversité et patrimoine....................................................................................................66 Etre ou ne pas être primitif, les ambiguïtés de la matière extraterrestre............................68 AUTRES ACTIVITÉS VALIDABLES................................................................................70 Formation à l’insertion professionnelle ..............................................................................71 2nd Young Natural History scientists Meeting .....................................................................72 Accompagnement scientifique du Muséum.........................................................................73 INFORMATIONS UTILES .................................................................................................74

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Quelques rappels...................................................................................................................75 Présentation de l’école doctorale .........................................................................................76 Affiche des modules de l’école doctorale.............................................................................77 Table des matières ................................................................................................................80

FORMATION DOCTORALE ED 227 · 2017. 1. 17. · Règles de l’ED 227 « Sciences de la Nature et de...

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