Faculté Pierre & Marie CURIE-V Irologie

5/25/2018 Facult Pierre & Marie CURIE-V Irologie

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Universit Paris-VI

Virologie

DCEM1

2006 - 2007

Jean-Marie HurauxAvec la participation de Henri Agut, Anne-Marie Fillet

Vincent Calvez, Vincent Thibault, Agns Gautheret-DejeanAnne-Genevive Marcelin, Claire Deback

Mise jour : 5 fvrier 2008


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2/307 Virologie - Jean-Marie Huraux 2006 - 2007


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Sommaire

2006 - 2007 Virologie - Jean-Marie Huraux 3/307

Sommaire3 Sommaire

11 Introduction

11 1 Introduction gnrale et buts de lenseignement de la virologie en DCEM113 2 Conseils du Pr J.M. Huraux aux tudiants pour les examens14 3 Objectifs de lenseignement de virologie aux tudiants en mdecine15 3.1 Objectifs gnraux16 3.2 Objectifs particuliers aux diffrents virus dintrt mdical24 3.3 Dmarches diagnostiques, pidmiologiques et prventives25 4 Liste de questions rdactionnelles pour lexamen de DCEM-1 2007

29 Chapitre 1 : Structure des virus, cycle viral, physiopathologie desinfections virales

29 1.1 Quest-ce quun virus ?30 1.1.1 Gnome31 1.1.2 Capside31 1.1.3 Enveloppe ou pplos35 1.1.4 Classification des virus39 1.1.5 Agents des encphalopathies spongiformes transmissibles ou ATNC (agents

transmissibles non conventionnels)39 1.2 Multiplication des virus39 1.2.1 Conditions ncessaires la multiplication dun virus40 1.2.2 La multiplication dun virus comporte six tapes43 1.2.3 Consquences de la multiplication virale pour la cellule infecte46 1.3 Moyens de dfense contre linfection virale46 1.3.1 la frontire, la peau et les muqueuses47 1.3.2 Immunit naturelle, inne49 1.3.3 Immunit acquise, spcifique53 1.3.4 Interactions et ambivalence des moyens de dfenses54 1.3.5 Immunodpression et infections virales55 1.3.6 chappement des virus aux dfenses immunitaires57 1.4 Expression clinique de linfection60 1.4.1 Infections aigus61 1.4.2 Infections chroniques61 1.5 Lutte contre les infections virales61 1.5.1 Immunothrapie passive62 1.5.2 Immunothrapie active63 1.5.3 Chimiothrapie antivirale66 1.5.4 Mesures dhygine : last but not least


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66 1.6 Points importants

69 Chapitre 2 : Les Herpesviridae - 1re partie (HSV et VZV)

69 2.1 Gnralits sur les Herpesviridae75 2.2 Les deux virus de lherps, ou herpes simplex virus type 1 et type 2 (HSV-1,

HSV2)76 2.2.1 LHSV-1 et lHSV-2 se partagent le corps76 2.2.2 Manifestations habituelles des infections HSV-179 2.2.3 Herpes simplex virus type 2 (HSV-2)79 2.2.4 Infections graves82 2.2.5 Diagnostic au laboratoire de virologie des infections HSV-1 et HSV-285 2.2.6 Traitement86 2.2.7 Points importants87 2.3 Virus de la varicelle et du zona (VZV)

87 2.3.1 Varicelle89 2.3.2 Zona90 2.3.3 Transmission de linfection VZV90 2.3.4 Diagnostic91 2.3.5 Traitement des infections VZV92 2.3.6 Points importants

95 Chapitre 3 : Les Herpesviridae - 2me partie (CMV, EBV, HHV-6,HHV-7, HHV-8 et virus B du singe)

953.1 Le cytomgalovirus humain (HCMV ou plus couramment CMV)95 3.1.1 Le virus

96 3.1.2 pidmiologie97 3.1.3 Infection du nouveau-n98 3.1.4 Ladulte immunocomptent98 3.1.5 Les personnes immunodprimes99 3.1.6 Diagnostic au laboratoire100 3.1.7 Prvention et traitement102 3.1.8 Points importants103 3.2 Le virus Epstein-Barr (virus E-B ou EBV)103 3.2.1 Historique

103 3.2.2 Mononuclose infectieuse105 3.2.3 Physiopathologie de la mononuclose infectieuse106 3.2.4 Infection latente107 3.2.5 EBV et cancer109 3.2.6 Diagnostic de linfection par EBV et de la mononuclose infectieuse au

laboratoire110 3.2.7 LEBV, outil de laboratoire110 3.2.8 Points importants111 3.3 Herpsvirus humain type 6 ou HHV-6


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111 3.4 Herpsvirus humain type 8 ou HHV-8112 3.5 Herpesvirus simi ou virus B du singe

113 Chapitre 4 : Rtrovirus humains - 1re partie (le VIH ou HIV)

113 4.1 Introduction : gnralits sur les rtrovirus113 4.2 LHIV ou VIH, virus de limmunodficience humaine115 4.2.1 Structure du virus117 4.2.2 Cycle de multiplication de lHIV au niveau de la cellule121 4.2.3 La multiplication virale au niveau de lorganisme123 4.2.4 pidmiologie123 4.2.5 LHIV-2124 4.2.6 Diagnostic virologique et suivi au laboratoire de linfection VIH127 4.2.7 Thrapeutique antivirale131 4.2.8 Prospective

134 4.2.9 Points importants

137 Chapitre 5 : Rtrovirus humains - 2me partie (HTLV) et virus deshpatites - 1re partie (hpatite A - VHA ou HAV,hpatite B - VHB ou HBV)

137 5.1 Rtrovirus humains - 2me partie : HTLV139 5.2 Les virus des hpatites 139 5.3 Caractres gnraux des hpatites virales aigus140 5.4 Le virus de lhpatite A (VHA ou HAV)141

5.5 Le virus de lhpatite B (VHB ou HBV)142 5.5.1 Structure du virus143 5.5.2 Multiplication144 5.5.3 La transmission de lHBV146 5.5.4 Histoire naturelle de linfection et volution des antignes, des anticorps et

de lADN viral dans le srum150 5.5.5 Traitement153 5.5.6 Un problme trs important de sant publique153 5.5.7 HBV et mutations154 5.6 Points importants

155 Chapitre 6 : Virus des hpatites - 2me partie

156 6.1 Le virus delta ou virus de lhpatite D (HDV)157 6.2 Le virus de lhpatite C (HCV)157 6.2.1 Le virus159 6.2.2 pidmiologie et histoire naturelle161 6.2.3 Diagnostic161 6.2.4 Le traitement162 6.3 Le virus de lhpatite E ou HEV


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163 6.4 Le virus dit de lhpatite G et le TTV163 6.5 Points importants

165 Chapitre 7 : Les virus respiratoires - 1re partie

165 7.1 Virus de la grippe ou virus influenza166 7.1.1 Clinique de la grippe166 7.1.2 Parcours du virus de la grippe dans lorganisme167 7.1.3 Morts par grippe169 7.1.4 Virus de la grippe ou virus influenza et modifications antigniques175 7.1.5 Diagnostic au laboratoire176 7.1.6 Traitement et prvention de la grippe179 7.1.7 Points importants

181 Chapitre 8 : Les virus respiratoires - 2me partie.

Les virus des oreillons, de la rougeole, de la rubole

181 8.1 Virus respiratoires (2me partie)181 8.1.1 Gnralits sur la famille des Paramyxoviridae182 8.1.2 Les virus para-influenza184 8.1.3 Virus respiratoire syncytial185 8.1.4 Coronavirus186 8.1.5 Rhinovirus186 8.2 Virus des oreillons ou virus ourlien186 8.2.1 Le virus187

8.2.2 Diagnostic virologique187 8.2.3 Traitement187 8.3 Virus de la rougeole187 8.3.1 Manifestations cliniques188 8.3.2 Diagnostic virologique189 8.3.3 Vaccin189 8.4 Points importants190 8.5 Virus de la rubole190 8.5.1 Le virus191 8.5.2 Primo-infection rubolique194 8.5.3 Rinfection rubolique

195 8.5.4 Rubole congnitale196 8.5.5 Conduite tenir chez une femme enceinte198 8.5.6 Rcapitulatif des dates des prlvements et des indications de la recherche

des IgM ruboliques199 8.5.7 Traitement200 8.5.8 Points importants


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201 Chapitre 9 : Entrovirus et virus des gastroentrites

201 9.1 Entrovirus201 9.1.1 Gnralits sur les entrovirus205 9.1.2 Poliomylite et poliovirus

211 9.1.3 chovirus et coxsackievirus212 9.2 Virus des gastroentrites212 9.2.1 Rotavirus213 9.2.2 Petits virus nus ARN responsable de gastroentrites213 9.2.3 Adnovirus des gastroentrites213 9.3 Points importants

215 Chapitre 10 : Autres virus ADN : adnovirus, polyomavirus,papillomavirus, parvovirus, poxvirus

215 10.1 Adnovirus215 10.1.1 Clinique217 10.1.2 Diagnostic au laboratoire219 10.1.3 Pouvoir cancrigne des adnovirus219 10.1.4 Traitement220 10.2 Papovavirus220 10.2.1 Gnralits220 10.2.2 Famille des Polyomaviridae223 10.2.3 Famille des Papillomaviridae226 10.3 Parvovirus227 10.4 Poxvirus227 10.4.1 Gnralits227 10.4.2 Variole228 10.4.3 Vaccine228 10.4.4 Actualit de la variole229 10.4.5 Poxviroses professionnelles229 10.4.6 Monkey pox229 10.4.7 Molluscum contagiosum230 10.5 Points importants230 10.5.1 Adnovirus ou ADV230 10.5.2 Polyomavirus humains, BK et JC virus

230 10.5.3 Papillomavirus humains ou HPV231 10.5.4 Parvovirus humain B19231 10.5.5 Poxvirus

233 Chapitre 11 : Agents des encphalopathies spongiformes ou ATNC(agents transmissibles non conventionnels)

233 11.1 Des maladies extraordinaires233 11.2 Des agents extraordinaires


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235 11.3 Lhypothse du prion ou de la protine seule 236 11.4 ESB et nvMCJ237 11.5 Les diffrentes catgories de MCJ

239 Chapitre 12 : Virus de la rage, arbovirus, autres virus dits mergents

239 12.1 Virus de la rage239 12.1.1 Le virus rabique240 12.1.2 Rservoir du virus240 12.1.3 La contamination de lhomme242 12.1.4 Trajet du virus242 12.1.5 Signes de la rage243 12.1.6 Mesure prendre246 12.1.7 Points importants246 12.2 Arbovirus

246 12.2.1 Dfinition247 12.2.2 Parcours habituel du virus dans lorganisme248 12.2.3 Fivre jaune (virus amaril)250 12.2.4 Encphalites arbovirus251 12.2.5 La dengue252 12.2.6 Points importants252 12.3 Infections forte mortalit par filovirus, arnavirus, et hantavirus et autres

virus mergents252 12.3.1 Les filovirus : le virus Marburg et le virus Ebola253 12.3.2 Les arnavirus254 12.3.3 Le virus Hantaan

254 12.3.4 Conditions de manipulation254 12.4 En guise de conclusion au cours de virologie mdicale

257 Annexe A : Calendrier des vaccinations 2005 - Tableau synoptique

261 Annexe B : Calendrier vaccinal 2005

261 B.1 Nouvelles recommandations262 B.2 Recommandations gnrales264 B.3 Risques professionnels266 B.4 Recommandations particulires268 B.5 Recommandations vaccinales aux voyageurs


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269 Annexe C : Rcapitulatif : diagnostic, prvention, traitement

271 Annexe D : Aide-mmoire de chimiothrapie antivirale

277 Annexe E : Les examens virologiques en pratique mdicale

277 E.1 Diagnostic des infections virales277 E.1.1 Deux approches277 E.1.2 Diagnostic direct285 E.1.3 Diagnostic indirect290 E.2 Rle du praticien290 E.2.1 Les prlvements290 E.2.2 Renseignements cliniques et interprtation des rsultats291 E.2.3 Indication des examens virologiques en pratique mdicale292 E.3 Quantification de la virmie, seuil dintervention et traitement anticip

(preemptive)294 E.4 Suivi des traitements antiviraux296 E.5 Conclusion

297 Annexe F : Recommandations de traitement pour hpatite chronique

299 Annexe G : Vingt ans aprs

305 Annexe H : valuation de lenseignement de la virologie. Anne 2007

307 Annexe I : Remerciements


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Sommaire



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Introduction


Introduction

1 Introduction gnrale et buts delenseignement de la virologie en DCEM1

Les objectifs nationaux de lenseignement de la virologie au cours des tudes mdicales voussont donns plus loin. Cest tout au long de votre cursus quils vous seront prsents.Le but de ce coursen DCEM 1, et des TPqui suivront, est de donner aux futurs Mdecins quevous serez, quelle que soit votre mode dactivit, les notions de virologie essentielles la pratiquecourantede la mdecine, diagnostic, traitementcuratif et prvention.Sont examins les principaux virus ou famillesde virus pathognes pour lhomme. Ltude deleur structureet de leur rplicationest centre sur les lments importants pour la transmissionde linfection et pour la comprhension des tests diagnostiques, et sur les cibles de la chimiothra-

pie. Ltude du trajet de linfectiondans lorganisme (notion de porte dentre, dorgane-cible)explique le droulement des signes cliniques, les possibilits dintervention immunologiques dansles infections incubation longue. Lors de ltude des diffrents virus pathognes pour lhomme,laccent est mis sur les formes frquentes(ventuellement bnignes) et les formes graves, sur les

problmes de sant publique, en France et dans le Monde (au-del de la Piti-Salptrire, nombrilde la Virologie). Sont expliques les grandes lignes du calendrier vaccinal, remis jour annuel-lement par la Direction Gnrale de la Sant.

Lquipe mdicale enseignantecomporte trois Professeurs des Universits-Praticiens Hospita-liers (PU-PH), Henri AGUT, Vincent CALVEZ et Jean-Marie HURAUX, un Matre de Confren-ces des Universits-Praticien Hospitalier (MCU-PH), Anne-Genevive MARCELIN, et deuxAssistants hospitalo-universitaires (AHU), David BOUTOLLEAU et Claire DEBACK. Un Prati-cien hospitalier, Vincent THIBAULT, contribue galement votre enseignement (dans le domainedes virus des hpatites). Il en va de mme dAgns GAUTHERET-DEJEAN, MCU en facult dePharmacie Paris V.Lenseignement magistralcomporte 12 heures de cours. Lenseignement pratiquecomporte4 sances de TP et ED, obligatoires, organises par binmes. Son but est de vous permettre de com-

prendre les principales dmarches du diagnostic virologique en pratique mdicale courante, ovous serez invitablement prescripteurs. Il importe que vous respectiez et fassiez respecter les bon-nes pratiques dhygine et que vos vaccinations soient jour.Le polycopinest pas apprendre par cur. Amoureusement remis jour chaque anne, cest undocument de basepour qui voudrait vrifierdes notions vues lors de cours, approfondirun pro-

blme, prparerles questions dexamen. Les passages en petits caractres sont rservs aux pas-sionn(e)s de virologie. Les questions dexamen (cf liste plus loin) portent sur le cours, les ED etles TP.Celles ou ceux dentre vous qui souhaiteraient avoir une formation relle la pratique du diagnos-tic virologique et la recherche en Virologie sont invits, au del de ce cours de base de Virologieen DCEM-1, prendre dans quelques annes un poste dInterne en Virologiedans notre labora-


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Introduction


toire. Nous nous y intressons particulirement au HIV, aux virus des hpatites, aux herpsviruset autres virus responsables dinfections opportunisteschez les sujets immunodprims de toutecause (SIDA, mais aussi greffes, chimiothrapie anti-cancreuse). Pour tous ces virus, nous tu-dions les traitements antivirauxet les phnomnes de rsistance quils engendrent.Une visite guide du laboratoirede Virologie du CERVI o travaillent 60 personnes peut tre or-

ganise pour les tudiants qui voudraient en savoir ou en voir davantage.

Dix livresrcents traitant de Virologie mdicale, en langue franaise. Chronologiquement :

Les Virus transmissibles par le sang. JJ Lefrre, John Libbey Eurotext, 1996. Virologie molculaire mdicale. JM Seigneurin et P Morand, Technique et Documentation

Lavoisier, 1997. Les herpesvirus humains. V Marchal, M Segondy, JC Nicolas, Collection Option/Bio, El-

sevier, 1999. Les virus transmissibles de la mre lenfant. F Denis, Collection Mdecine-Sciences. Edi-

tions John Libbey Eurotext, 1999.

il et virus. H Offret, Masson, 2000. La traduction franaise de Human virology, L Collier, J Oxford, 2000, par V Joly, Mdecine-Sciences. Editions Flammarion, 2004.

Le Dictionnaire de Virologie. Henri Agut. Editions Phase 5, 2002. Virologie mdicale. Collection Azay. A. Mammette. Presses universitaires de Lyon, 2002. Last(en 2003)but not least : Trait de Virologie mdicale. Coordonnateurs : Jean-Marie

Huraux, Jean-Claude Nicolas, Henri Agut, Hlne Peigue-Lafeuille,. Editions ESTEM DeBoeck, 2003. Si vous navez pas les moyens de vous loffrir, plutt que de le voler, vous pou-vez le consulter la bibliothque de notre Facult qui en possde plusieurs exemplaires.

Prise en charge thrapeutique des personnes infectes par le VIH . P. Yny. Mdecine-Sciences. Editions Flammarion, 2006. Remise jour tous les un ou deux ans.

Pour vous cultiver, avec ce que vous a laiss de neurones le cruel concours de PCEM1 :

par Claude Chastel, Histoire des virus, de la variole au Sida , Editions Boube, 1992 et Virus mergents : vers de nouvelles pandmies ? , Editions Vuibert/Adapt-SNES la revue Virologie , seule revue en langue franaise entirement consacre la virologie.

Si vous devez bientt rdiger un mmoire, consultez mes conseils aux jeunes crivains , sur lesite de notre Facult, sur lintranet de notre Groupe Hospitalier, ou dans la lettre de linfectiologue,n5 de septembre/octobre 2006 Faut-il publier en franais, et comment ? Rflexions dun

Tlphones Pr Henri AGUTPr Vincent CALVEZPr Jean-Marie HURAUXDr Anne-Genevive MARCELINDr Claire DEBACKDr David BOUTOLLEAUDr Vincent THIBAULTDr Agns GAUTHERET-DEJEAN

01 42 17 74 0101 42 17 74 1601 40 77 97 4101 42 17 75 1401 42 17 74 0201 42 17 74 0201 42 17 74 2601 42 17 74 27


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Introduction


ancien , ou lisez aussi le livre de M. Huguier et H Maisonneuve La rdaction mdicale, de lathse larticle original. La communication orale Editions Doin. Pour apprendre vous exprimerclairement, et reconnatre sans perte de temps les articles qui ne mritent pas dtre lus.Vous avez de nombreux sitesconcernant la virologie mdicale sur http://www.

Vous trouverez une fiche dvaluation de lenseignement en fin de polycopi, remplir et remet-tre vos Enseignants en fin de TP-ED.

2 Conseils du Pr J.M. Huraux aux tudiantspour les examens

assortis dune modeste contribution lamlioration de leur anglais scientifique .

Prenez le temps de bien lire lnonc des questions, pour viter de rpondre hors sujet. Taketime to read the questions carefully, so that you wont answer out of context.

Soignez la prsentation, lenseignant nayant pas mission de dchiffrer les copies illisibles oude reconstituer un expos non structur. Exprimez-vous de faon logique, claire et simple,afin que je naie pas me prendre la tte pour comprendre votre rponse, de mme que plustard vos patients devront comprendre sans difficults vos explications sur leurs examens, leurdiagnostic, leur traitement. Write neatly. The professors duty is not to decipher your scrawllor to rewrite a loosely-structured assay. Express yourself clearly, logically and simply so that

I wont have any trouble understanding you. In the same way, your future patients should beable to understand your explanations of their tests, diagnosis and treatment easily.

Evitez la rgurgitation dun flot de rsidus mnsiques mal digrs, au milieu desquels lensei-gnant devrait trier ce qui vous vaudrait la meilleure note. Sachez que je ne corrige pas lagrille.Avoid verbal diarrhea so that the professor doesnt have to fish for your meaning. Idont correct by the key words alone.

Un enseignant qui se respecte ne peut avoir la moindre indulgence en cas de fraude. Ltudiantpris en fraude verrait immdiatement lever lanonymat de sa copie, pour commencer.No self-respecting professor tolerates cheating. The paper of any student caught cheating will no lon-

microbes-edu.org

invs.sante.fr (institut de veille sanitaire) sante.gouv.fr pasteur.fr

anaes.fr (confrences de consensus) eurosurveillance.org who.int/fr/ (lOMS)

hc-sc.gc.ca/francais (site du Canada) cdc.gov/ncidod/ (les CDC) hivandhepatitis.com

cdc.gov/mmwr (le clbre morbidity mortality weekly report) unaids.org (ONUSIDA)

virology.net (images de virus) cochrane.org (levidence based medicine)

ihmf.org (forum sur les herpsvirus) medscape.com/infectiousdiseaseshome


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Introduction


ger be anonymous, to begin with.

Si vous schez, contentez-vous dexposer clairement le peu que vous savez, mais ne baratinezpas. Comportez-vous lgard de lenseignant comme vous le ferez plus tard comme mdecin lgard dun malade vous posant un problme qui vous dpasse.Dont try to fake it if youdont know the subject thoroughly. Just say the little you do know. Behave with the professor

exactly as you would later as a physician with a patient who has a problem which is beyondyou.

Ne rendez pas copie blanche : je ne pourrais remonter votre note, mme dun demi-point,quand bien mme jy serais invit par les autres membres du jury de DCEM-1, reconnaissanten vous, malgr votre nullit crasse en virologie, le futur prix Nobel de notre Facult. Ainsi,dites en quelques mots le peu que vous savez sur la question.Dont hand in a blank copy be-cause I wouldnt be able to give you a better mark, even a half-point more, even if I were asked

to by the other members of the jury. You cant away with this even if they see in you a futur

Nobel prize winner despite your notorious incompetence in the virological field. Just say in a

few words the little you know about the subject.

Si vous tes pris(e) par le temps, rappelez-vous quun tableau ou un schma bien faits sont

plus informatifs et gnralement plus exacts quun texte rdig la hte.If you are short oftime, dont forget that a well-drawn table or graph is always more informative than a hastily-

written text.

Rien ne minterdit de poser la mme question un an dintervalle : mme question ne signifiepas mme rponse, tant la virologie progresse. There is no reason I shouldnt ask the samequestion two years in a row : because of the fantastic pace of virology, the same question

doesnt necessarily mean the same answer.

Le but de lexamen est de vrifier que vous ferez des praticiens dignes de confiance( suffisamment bons ). The aim of the exam is to make sure you become doctors worthy ofconfidence ( good enough ).

3 Objectifs de lenseignement de virologie auxtudiants en mdecine

Pour la virologie, les objectifs ont t prpars par Jean-Marie Huraux, Paul Dny, Hlne Peigue-Lafeuille, Jean-Marie Seigneurin, Pierre Wattr et examins la runion du groupe AZAY Li-moges, le 11/09/01. Les avis dAnne-Marie Magnier et Philippe Cornet, du dpartement de mde-

cine gnrale de la facult Piti-Salptrire, ont galement t trs prcieux.Les objectifs denseignement sont classs en trois catgories.

1. Objectifs denseignement de virologie gnrale. Ils concernent dune part la structure des vi-rus, leur multiplication, leurs relations avec lhte au niveau de la cellule, de lorganisme, des

populations. Ils concernent dautre part les consquencesgnrales de ces lments de viro-logie fondamentale pour le diagnostic, le traitement, et la prvention des infections virales, etcela au niveau individuel et au niveau collectif.

2. Objectifs denseignement particuliers aux diffrents virusdintrt mdical.


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Introduction


3. Objectifs denseignement de virologie pratiquencessaire certaines dmarches diagnos-tiques, thrapeutiques et prventives.

Ces objectifs se conforment au programme officiel du nouveau concours de linternat 2004. Ilsentrent pour la majorit dentre eux dans le cadre des maladies infectieuses et tropicalesconfor-

mment au programme du module 7 Sant et environnement - maladies transmissibles . Cer-tains objectifs correspondent dautres modulesde cette rforme : au module 1 Apprentissagede lexercice mdical , au module 2 De la conception la naissance , au module 3Maturation et vulnrabilit, au module 8 Immunopathologie-raction inflammatoire , aumodule 10 Cancrologie-oncohmatologie , au module 11 Synthse clinique etthrapeutique . Enfin dautres entrent dans le cadre des deuxime et troisime partie de cetterforme : Maladies et grands syndromes et Orientation diagnostique devant.Les objectifs pdagogiques ont t classs, titre indicatif, en rang A, B ou C :

Rang A : leur mconnaissance engage le pronostic vitaldu patient ou peut lui laisser des s-quelles invalidantesdfinitives.

Rang B : objectifs de connaissance ou de savoir faire, sans consquence vitale immdiate,mais dont les situations sont parfois graves ou frquemmentrencontres dans la pratiquemdicale.

Rang C : objectifs de connaissance ou de savoir faire, sans consquence vitale immdiate,mais qui sont ncessaires la comprhensiondes problmes rencontrs en virologie ou dontles situations sont plus rarement rencontresdans la pratique mdicale.

A la mention A, B ou C font suite celle(s) des 345 questions officielles du nouveau programmede linternat 2004.Ces objectifs ne sont pas assortis dhoraires denseignement de bactriologie de virologie et dhy-gine hospitalire dans une anne particulire du cursus mdical. En effet, latteinte de ces objectifs

mobilise bactriologistes, virologistes et cliniciens de diverses disciplines selon des modalits decollaboration et des techniques pdagogiques propres chaque CHU, et cela tout au long du cursusmdical.

3.1 Objectifs gnraux

1.1. Connatre la dfinitiondes virus, des virodes et des ATNC, et les critres de classificationdes virus (C).1.2. Connatre les tapes du cycle de rplicationdes virus, et expliquer les possibilits quellesoffrent de chimiothrapieantivirale selon les diffrents types de cycle de rplication (B).1.3. Connatre les diffrences entre virus nuset virus enveloppeen termes de rsistance auxconditions physico-chimiques et de modes de transmissionde linfection (B). 73, 75, 911.4. Connatre les mcanismes des variations gntiquesdes virus et leurs consquencessurlpidmiologie, le traitement et la prvention des infections virales (C).1.5. Connatre les diffrents modes dinteraction virus-cellulehte : infection lytique, infec-tion tempre, transformation (C). 1381.6. Connatre les diffrents modes doncogense virale, et les expliquer laide dexemples(C). 138


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Introduction


1.7. Connatre et expliquer laide dexemples les diffrents modes de diffusion des virus danslorganisme, la distinction entre porte dentre et organe-cible, infection virale localise et infec-tion virale gnralise (C).1.8. Connatre les moyens de dfensespcifiques et non spcifiques de lorganisme contre lesinfections virales et les mcanismes dchappementdes virus ces moyens de dfense (C). 76,

1271.9. Connatre les diffrents modes volutifsdes infections virales : infections aigus, infectionslatentes, infections chroniques (C).1.10. Connatre le rle des virus dans les phnomnes immunopathologiques(C) 1161.11. Connatre les rgles gnrales du diagnostic virologique au laboratoire : indications,

principe des diffrentes techniques, interprtation des rsultats (A). 2, 41.12. Connatre les rgles pratiques des prlvements virologiques : nature, mise en uvre,conditions de transport, renseignements fournir au laboratoire (A). 2, 1271.13. Connatre les diffrentes classes dantiviraux, leur mode daction et leurs limites (B).1.14. Connatre les examens virologiques mettre en uvre par le clinicien pour le suivi duntraitement et la caractrisation des mutants rsistants(B).

1.15. Connatre les diffrents types de vaccins antiviraux, vaccins inactivs, vaccins attnus,vaccins de gnie gntique, leurs avantages et inconvnients (B). 761.16. Connatre les bases virologiques du calendrier vaccinalen France pour la population g-nrale et pour les personnes exposes des risques particuliers, professionnels et touristiques no-tamment (B). 76, 107, 1081.17. Connatre les principes de lpidmiologie et de lcologie virales, les mthodes dtudede la traabilit virale et les moyens virologiques de contrle des pidmies (B). 75, 911.18. Connatre les principes de la thrapie gniquepar vecteurs viraux et du suivi virologiquedes patients en bnficiant (C).

3.2 Objectifs particuliers aux diffrents virus dintrtmdical

2.1. Herpesviridae

Gnralits

2.1.1. Connatre le schma gnral de la structuredu virion, de lorganisation gnomique et dela rplicationdes herpesvirus humains (C).2.1.2. Connatre les particularits de la physiopathologie(tropisme cellulaire, organes-cibles,sige de linfection latente), de la transmission, et de lpidmiologiedes diffrents herpesvirushumains (B). 91, 127

Herpes Simplex virus (HSV)

2.1.3. Connatre les manifestations cliniques de lherpschez le sujet sain aux diffrents gesde la vie et chez le sujet aux dfenses amoindries, les indications, et la mise en uvre par le clini-cien des diffrents examens virologiquesutiles et des traitementsantiviraux disponibles (B). 4,


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Introduction


84, 942.1.4. Savoir appliquer la conduite tenir en cas de suspicion de mningo-encphalite herp-tique, dherps nonatal, deczma herptis(A). 84, 96, 184, 190, 199, 2852.1.5. Savoir appliquer la conduite tenir en cas de suspicion dherps oculaire(A). 2122.1.6. Savoir appliquer la conduite tenir en cas de suspicion dherps gnital(B). 88, 89, 343

2.1.7. Savoir appliquer la conduite tenir en cas de suspicion de gingivostomatite herptique(B). 256, 3432.1.8. Savoir prvenir et traiter lherps cutanomuqueux progressifdes sujets immunodpri-ms (B). 88, 89, 181, 127, 3432.1.9. Connatre les mesures de prvention de lherps nonatal, et savoir les expliquer aux

personnes concernes (A). 16, 20, 23, 84, 88, 89, 343

Virus de la varicelle et du zona (VZV)

2.1.10. Connatre la physiopathologieet les diffrentes manifestations cliniquesde linfection VZVchez le sujet sain aux diffrents ges de la vie et chez le sujet aux dfenses amoindries, lesindications et la mise en uvre par le clinicien des diffrents examens virologiquesutiles et destraitementsantiviraux disponibles (B). 4, 84, 94, 96, 314, 326, 3392.1.11. Connatre les modalits du traitementet les mesures de prventiondes formes svresdinfection VZV : varicelle nonatale, varicelle ou zona progressif du sujet immunodprim,encphalite, pneumonie de ladulte, zona ophtalmologique, algies post-zostriennes (A). 76, 84,86, 91, 96, 127, 181, 3392.1.12. Savoir appliquer la conduite tenir en cas dinfection VZV chez une femme enceinte(B). 20.

Cytomgalovirus (CMV)

2.1.13. Connatre lpidmiologie, la physiopathologie, et les manifestations cliniquesde lin-fection CMVaux diffrents ges de la vie, chez ladulte sain et chez le sujet immunodprim, lesindications des diffrents examens virologiquesutiles et des traitementsantiviraux disponibles(B). 4, 81, 83, 120, 127, 178, 203, 320, 3342.1.14. Connatre les mesures de prvention des infections graves CMVdes sujets immuno-dprims (B). 81, 86, 120, 127, 178, 1812.1.15. Savoir faire le diagnostic viral dune infection maternoftale grave CMVet conna-tre les mesures de prvention disponibles (B). 20, 21

Virus Epstein-Barr (EBV)

2.1.16. Connatre lpidmiologie, la physiopathologieet les manifestations cliniquesde lin-fection EBVaux diffrents ges de la vie, chez ladulte sain et chez le sujet immunodprim, lesindications des diffrents examens virologiquesutiles et des traitementsantiviraux disponibles(B). 4, 77, 83, 94, 96, 127, 164, 203, 291, 314, 316, 320, 330, 332, 334, 3352.1.17. Connatre les relations entre infection EBV, mitogense et oncogense(C) 1382.1.18. Savoir appliquer la conduite tenir en cas de suspicion de mononuclose infectieuse(B)3342.1.19. Savoir appliquer la conduite tenir en cas de suspicion de lymphoprolifration EBV


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chez un immunodprim (B) 85, 127, 144, 164

Autres herpesvirus

2.1.20. Connatre les manifestations cliniquesdes infections HHV-6, 7 et 8et les mesures th-

rapeutiques disponibles (C). 94, 127, 138, 139, 164, 190, 3142.1.21. Connatre les risques pour lhomme de linfection herpesvirus simiet la conduite tenir en cas de morsurede singe (C). 96, 213.

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2.2. Adenoviridae

2.2.1. Connatre lpidmiologie, la physiopathologieet les manifestations cliniquesde lin-fection adnovirus aux diffrents ges de la vie, chez ladulte sain et chez le sujet immunodpri-m, les indications des diffrents examens virologiques utiles et des traitements antivirauxdisponibles (C). 4, 77, 81, 86, 91, 94, 127, 212, 314, 315

_________________________________________

2.3. Papillomaviridae

2.3.1. Connatre lpidmiologie, la physiopathologieet les manifestations cliniquesdes infec-tions papillomavirus humains et leur rapport avec le cancer du colde lutrus (B). 88, 89, 138,139, 147, 1492.3.2. Connatre la place des examens virologiquesutiles pour la surveillance des dysplasies

du col de lutrus (C). 4, 88, 139, 1472.3.3. Connatre les bases du traitementdes papillomes humains et la prvention du cancerdu col utrin(B). 76, 88, 89

_________________________________________

2.4. Polyomaviridae

2.4.1. Connatre les manifestations cliniquesdes infections polymavirus humain JC et BK etsavoir prescrire les examens virologiquesncessaires leur diagnostic (C). 4, 127, 199, 315

_________________________________________

2.5. Parvoviridae

2.5.1. Connatre lpidmiologie, la physiopathologie, les manifestations cliniquesde linfec-tion parvovirus B19, les indications et la mise en uvre par le clinicien du diagnostic virologi-queet du traitement(B). 4, 20, 94, 297, 307, 3142.5.2. Savoir faire le diagnostic viral dune infection maternoftale grave parvovirus B19 et


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Introduction


connatre les mesures prendre (C). 20, 297

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2.6. Poxviridae

2.6.1. Connatre lhistoire de lradication de la variole(C). 762.6.2. Connatre lpidmiologie, la physiopathologie, les manifestations cliniquesdes infec-tions poxvirus actuellement observableset les indications et la mise en uvre par le cliniciendu diagnosticvirologique et du traitementdisponible, ainsi que la possibilit dutiliser la variolecomme agent de bioterrorisme(C) 4, 75, 149, 203, 314.

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2.7. Picornaviridae

2.7.1. Connatre le schma gnral de la structureet de la rplicationdes entrovirus (C).2.7.2. Connatre lpidmiologie, la physiopathologie, les manifestations cliniquesdes infec-tions entrovirus, les indications et la mise en uvre par le clinicien du diagnostic virologiqueet des mesures thrapeutiques curativeset prventives(B). 4, 73, 75, 77, 94, 96, 192, 265, 301,3142.7.3. Connatre les bases virologiques de la vaccination contre la poliomylite, le calendriervaccinal en France et ltat actuel de la campagne dradication de la poliomylite (B). 762.7.4. Connatre lpidmiologie, la physiopathologie, les manifestations cliniques, lvolu-tion des infections HAV, les indications et la mise en uvre par le clinicien du diagnostic viro-logiqueet du traitement(B). 4, 75, 83, 107, 203

2.7.5. Connatre les bases virologiques du vaccin contre lhpatite Aet les recommandationsde la DGS (C). 76, 1072.7.6. Connatre les manifestations cliniquesdes infections rhinovirus(C), 226

_________________________________________

2.8. Rotavirus

2.8.1. Connatre lpidmiologie, la physiopathologie, les manifestations cliniquesdes infec-tions rotavirus, les indications et la mise en uvre par le clinicien du diagnostic virologique, des

mesures thrapeutiques, et de la prvention(B). 4, 73, 76, 91, 302, 345

_________________________________________

2.9. Caliciviridae, Astroviridae , et virus de lhpatite E (HEV)

2.9.1. Connatre lpidmiologie, la physiopathologie, les manifestations cliniquesdes infec-tions calicivirus et astrovirus, les indications et la mise en uvre par le clinicien du diagnosticvirologique, des mesures thrapeutiques, et de la prvention(C). 4, 73, 302, 345


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2.9.2. Connatre les particularits pidmiologiqueset volutivesdes hpatites E, les indica-tions et la mise en uvre par le clinicien du diagnostic virologique(B), 4, 17, 73, 83, 320

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2.10. Myxoviridae - virus influenza 822.10.1. Connatre le schma gnral de la structuredu virion, de lorganisation gnomiqueetde la rplicationdes virus influenza (C).2.10.2. Connatre les bases de la variabilit gntiquedes virus influenza et leurs consquencessur la taxonomie, lpidmiologie, la politique vaccinale(B), 1, 212.10.3. Connatre la physiopathologie, les manifestations cliniquesde la grippe simple et com-

plique, les indications et la mise en uvre par le clinicien du diagnosticvirologique (B). 4, 82,86, 1982.10.4. Connatre la place des antivirauxdans le traitement curatif et prventif de la grippe (B)822.10.5. Connatre les bases virologiques de la vaccinationet ses indications en fonction des in-formations fournies par les rseaux de surveillance de la grippe et les recommandations de la DGS(A) 76, 82, 108

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2.11. Paramyxoviridae

2.11.1. Connatre lpidmiologie, la physiopathologie, les manifestations cliniquesdes infec-tions, les indications et la mise en uvre par le clinicien du diagnostic virologiqueet du traite-

mentdes infections virus RS (A). 4, 86, 91, 1982.11.2. Connatre lpidmiologie, la physiopathologie, les manifestations cliniquesdes infec-tions, les indications et la mise en uvre par le clinicien du diagnostic virologiqueet du traite-mentdes infections virus parainfluenza, virus des oreillons, et virus de la rougeole (B). 4, 75, 86,94, 96, 97, 268, 270, 3142.11.3. Connatre les bases virologiques de la vaccinationcontre la rougeoleet les oreillons, lecalendrier vaccinal en France et les recommandations de lOMS pour les PED (B) 76

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2.12. Coronaviridae2.12.1. Connatre le schma gnral de la structureet les manifestations cliniquesdes corona-virus humains (C). 86, 181, 198

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2.13. Rubivirus


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Introduction


2.13.1. Connatre lpidmiologie, la physiopathologie, les manifestations cliniquesde linfec-tion virus de la rubole aux diffrents ges de la vie, les indications et la mise en uvre par leclinicien par le clinicien des examens virologiquesutiles et linterprtation de leur rsultat (B). 4,20, 94, 291, 307, 314, 330, 3352.13.2. Savoir appliquer la conduite tenir en cas de suspicion dexanthmerubolique chez une

femme enceinte(A). 20, 3142.13.3. Savoir appliquer la conduite tenir en cas de suspicion de contagerubolique chez unefemme enceinte(A). 202.13.4. Connatre les bases virologiques de la vaccinationcontre la rubole et savoir appliquerla politique vaccinale recommandable en France (B). 15, 16, 20, 76

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2.14. Lyssavirus

2.14.1. Connatre lpidmiologieet la physiopathologieet les manifestations cliniquesde larage humaine et animale (B) 96, 101, 102, 107, 1222.14.2. Connatre les bases virologiques de la conduite tenir en cas de morsurepar animal sus-

pect de rage et de la vaccination antirabique, et les recommandations de la DGS en France et delOMS pour les PED (A). 75, 76, 107, 213

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2.15. Virus transmis par athropodes, par rongeurs et virus des fivres h-morragiques appartenant auxTogaviridae, Flaviviridae, Bunyaviridae, Arenavi-

ridae et Filoviridae.

2.15.1. Connatre les bases structurales de la classificationde ces virus et les caractres gnrauxde leur pidmiologieavec leurs risques dmergence, les principales maladiesquils entranent,leur physiopathologieet les moyensde diagnostic, de traitementet de prventiondisponibles,(B). 4, 75, 76, 83, 86, 91, 96, 107, 192, 199, 200, 203, 307, 314, 320, 330, 3392.15.2. Connatre les deux cyclespidmiques de la fivre jaune, la base virologique de la vac-cinationet les recommandations de la DGS (B). 75, 76, 1072.15.3. Connatre lpidmiologie, la physiopathologie et les manifestations cliniques de ladengue, les indications et la mise en uvre par le clinicien du diagnosticet du traitement(B).107, 200, 330, 339

2.15.4. Connatre lpidmiologieet les manifestations cliniquesdes infections Hantavirus(C). 86, 107, 3392.15.5. Connatre lpidmiologieet les manifestations cliniquesdes infections Arenavirus(C). 91, 96, 107, 3392.15.6. Connatre lpidmiologie, les manifestations cliniqueset la prventiondes infectionsvirus de lencphalite tique. (C), 76, 96, 101

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2.16. Hepacivirus- Virus de lhpatite C (HCV) 83

2.16.1. Connatre la structuredu virion, son organisation gnomique, son mode de rplication,le mcanisme des mutations(C).2.16.2. Connatre lpidmiologiedu HCV en France et dans le monde (C). 45, 91, 101, 102,

109, 178, 181, 2022.16.3. Connatre la physiopathologiede linfection, ses manifestations cliniques, ses modesvolutifs(B). 83, 138, 151, 186, 228, 320, 330, 3352.16.4. Connatre les bases virologiques des diffrents examens utiliss par le clinicien pour lediagnosticet le traitementde linfection, leurs indicationset leur interprtation(B). 4, 30, 83,178, 3202.16.5. Connatre les bases virologiques du traitementdes infections par HCV et de sa sur-veillance (B), 832.16.6. Connatre les bases virologiques de la prventionde linfection par HCV et savoir lesappliquer (B). 45, 107, 108, 127, 139, 181, 178, 202

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2.17. Hepadnaviridae - Virus de lhpatite B (HBV). Virus de lhpatite Delta(HDV) 83

2.17.1. Connatre la structuredu virion, son organisation gnomique, son mode de rplication,le mcanisme des mutations(C).2.17.2. Connatre lpidmiologiede lHBV en France et dans le monde (C). 20, 45, 91, 101,107, 108, 2022.17.3. Connatre la physiopathologiede linfection par HBV, ses manifestations cliniques, sesmodes volutifs(B). 20, 45, 83, 138, 151, 228, 3202.17.4. Connatre les bases virologiques des diffrents examensutiliss par le clinicien pour lediagnosticet le traitementde linfection, leurs indicationset leur interprtation(B). 4, 15, 16,20, 30, 83, 178, 3202.17.5. Connatre les bases virologiques du traitementdes infections par HBV et de sa sur-veillance (B), 832.17.6. Connatre les bases virologiques de la vaccinationcontre lHBV et savoir appliquer la

politique de vaccination recommandable en Franceet connatre les principes de la prvention dansles pays en dveloppement PED(B). 76, 91, 102, 107, 108, 139, 1512.17.7. Savoir appliquer la conduite tenir en cas de suspicion de contaminationpar lHBV (A).

912.17.8. Savoir appliquer les mesures de prventionde linfection par HBV (B). 15, 16, 20, 45,75, 76, 91, 107, 108, 139, 178, 181, 2022.17.9. Connatre la structureet lorganisation gnomique et la rplication de lHDV(C)2.17.10. Connatre lpidmiologie, les manifestations cliniques, les modalits volutiveset lediagnosticvirologique de linfection par HDV (C). 4, 45, 320

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2.18. Retroviridae

Gnralits

2.18.1. Connatre la structure, lorganisation gnomique des rtrovirus et leur mode de rplica-

tion(C).2.18.2. Connatre le principe des diffrents mcanismes de cancrogensepar retrovirus ani-maux et humains (C). 138

Virus de limmunodficience humaine (HIV) 85

2.18.3. Connatre la structuredu virion, lorganisation gnomique, les bases virologiques de lavariabilitgntique et antignique des HIVet ses consquences (C).2.18.4. Connatre lpidmiologie, la physiopathologie, les manifestations cliniqueset les mo-des volutifsde linfection par HIV (B). 20, 45, 77, 94, 96, 101, 147, 164, 199, 202, 203, 291, 295,303, 314, 330, 334, 3432.18.5. Connatre les cibles de la thrapeutiqueantirtrovirale actuelle et les perspectives en ex-

ploration (B), 852.18.6. Connatre les bases virologiquesdes diffrents examens utilisspour le diagnostic et lesuivi thrapeutique des sujets infects par HIV (B), 42.18.7. Connatre leurs indications, leur interprtationdans les diffrentes circonstancesdeconsultation : femme enceinte, suspicion de primo-infection, demande de dpistage, suspicion deSIDA, contrle de traitement, chec thrapeutique (A). 4, 15, 16, 20, 30, 45, 75, 1782.18.8. Savoir appliquer la conduite tenir en urgence en cas de suspicion de contaminationparHIV (A). 101, 108, 2022.18.9. Connatre les bases virologiques de la politique de prventionde linfection par HIV, en

Franceet dans les PED(B). 15, 16, 20, 24, 45, 91, 101, 102, 107, 108, 178, 181, 202

Virus des leucmies et lymphomes T humain (HTLV)

2.18.10. Connatre la structuredu virion et lorganisation gnomique des HTLV(C),2.18.11. Connatre lpidmiologie, la physiopathologieet les manifestations cliniquesde lin-fection et les modes volutifs HTLV (C), 138, 164, 1922.18.12. Connatre les bases virologiques des diffrents examens utilisspour le diagnostic delinfection par HTLV, leurs indications, leur interprtation (B). 42.18.13. Connatre les mesures de prventionde linfection par HTLV (C). 24, 139, 178

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2.19. Agents transmissibles non conventionnels (ATNC)

2.19.1. Savoir ltat actuel des connaissances en matire de structure et de rplication desATNC et les principes de la thorie du prion (C).2.19.2. Connatre les principaux caractres physicochimiquesdes ATNC et leurs consquen-ces pratiques(C). 912.19.3. Connatre lpidmiologie, la physiopathologieet les manifestations cliniquesdes in-


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fections par ATNC (B). 63, 127, 1992.19.4. Connatre les principes de prventiondes infections par ATNC (B). 75, 91, 181

3.3 Dmarches diagnostiques, pidmiologiques etprventives

Dans les situations cliniques ou biocliniques suivantes, chez le sujet sain aux diffrents ges de lavie ou chez le sujet immunodprim :

syndrome grippal 81, 82, 203 fivre prolonge ou au retour dun pays tropical, 83, 85 atteinte du systme nerveux central aigu ou chronique, 84, 85, 96, 127, 199 atteinte oculaire, 84, 212 atteinte bucco-pharynge, respiratoire, 84, 85, 127 gastro-entrite, 73, 302 hpatite aigu ou chronique, 83, 320 exanthme, 84, 85, 94, 314 ulcration gnitale, 84, 88, 89, 343 polyadnopathie, 84, 85, 291 purpura, thrombopnie, anmie, syndrome mononuclosique, 84, 85, 316, 330, 334, 335 anomalie du dveloppement intra-utrin, 84

3.1. Connatre les tiologiques virales voquersystmatiquement dans les situations ci-des-sus (B).

3.2. Savoir prescrire les examens virologiques utiles, connatre les rgles de bonne pratique etdacheminement des prlvements, indiquer au laboratoire les donnes ncessaires, savoir le prin-cipe des examens virologiques utiles, les rgles de leur interprtation en fonction de la chronologiedes vnements (A). 43.3. Connatre les principes de lutilisation des antivirauxdusage courant (B), 82 85, 96, 2023.4. Savoir les examenset mesures prventives mettre en place en cas dpidmie prsumevirale (C). 75, 76, 82, 83, 86, 91, 1073.5. Connatre les risques virologiques particuliers la grossesse et la naissanceet leur pr-vention (B). 15, 20, 30, 76, 83, 84, 85, 88, 89, 943.6. Connatre les risques virologiques particuliers aux migrantsou aux voyageurset leur

prvention (B), 76, 83, 85, 101, 102, 107

3.7. Connatre les textes lgislatifsen matire dinfections nosocomiales, communautaires etprofessionnelles(B). 8, 76, 83, 84, 85, 91, 101, 108, 109, 127, 178, 2023.8. Connatre les risques virologiques particuliers la toxicomanieet leur prvention (B).45, 76, 83, 85, 1013.9. Connatre les risques virologiquesparticuliers la consommation deauet dalimentsdemauvaise qualit et leur prvention (B). 73, 83, 1073.10. Connatre les risques virologiquesparticuliers lusage du sanget les produits drivs dusang, et leur prvention (B). 76, 83, 84, 85, 91, 1783.11. Connatre les risques virologiques particuliers aux transplantations dorganes et aux


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greffes de tissus, et leur prvention (B). 8, 76, 85, 91, 1273.12. Connatre les risques virologiquesparticuliers aux piqres et morsures, et savoir appli-quer la conduite tenir (A). 76, 83, 84, 85, 101, 107, 108, 109, 202, 2133.13. Connatre les risques virologiquesparticuliers lexposition des liquides biologiquesinfects, en particulier les accidents dexposition au sang (AES), et savoir appliquer la conduite

tenir (A). 76, 83, 85, 91, 101, 108, 109, 2023.14. Connatre les principes des programmes internationaux actuelsde lutte contre les pid-mies et endmies virales (C). 73, 75, 76, 82, 83, 85

4 Liste de questions rdactionnelles pourlexamen de DCEM-1 2007

1. Opposez, laide dexemples, la transmission de virus nus et de virus enveloppe ou pplos.2. Dcrivez les moyens de dfenses de lorganisme contre les virus.3. Opposez, laide dexemples, le parcours du virus dans lorganisme pour une infection locale

et une infection gnralise.4. Comparez les modes daction de laciclovir et de lAZT.5. Dcrivez les formes graves de linfection herpes simplex virus (HSV).6. Dcrivez le diagnostic au laboratoire des infections HSV.7. Dcrivez le diagnostic clinique et virologique des infections virus de la varicelle et du zona

(VZV).8. Dcrivez le pouvoir pathogne chez lhomme du cytomgalovirus (CMV).

9. Dcrivez le diagnostic au laboratoire de linfection CMV.10. Dcrivez le diagnostic clinique, biologique et virologique de la mononuclose infectieuse virus Epstein-Barr (EBV).

11. Dcrivez le pouvoir pathogne des papillomavirus humains (HPV).12. Dcrivez la vaccination contre la poliomylite : nature des vaccins, leurs avantages et incon-

vnients, leur mode dadministration.13. Dcrivez les manifestations cliniques de la grippe simple et des complications de la grippe.14. Dcrivez les variations antigniques des virus de la grippe, leurs causes et leurs consquences

sur la taxinomie, lpidmiologie et la vaccination.15. Dcrivez le traitement curatif et la prvention de la grippe.16. Dcrivez les manifestations cliniques et le diagnostic virologique de la rougeole.

17. Dcrivez le parcours du virus dans lorganisme au cours de la rage et les signes cliniques cor-respondants.

18. Indiquez les mesures prendre pour viter la rage en cas de morsure par un chien.19. Dcrivez les manifestations cliniques et les risques de la primo-infection rubolique.20. Dcrivez le diagnostic virologique de linfection rubolique. Des rsultats de tests vous seront

fournis, que vous aurez interprter (Signification, que faire, que dire la personneconcerne ?).

21. Dcrivez la prvention de la rubole congnitale.22. Dcrivez lpidmiologie et la prvention de la fivre jaune.


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Introduction


23. Dcrivez la structure de lHIV et lorganisation de son gnome.24. Dcrivez le cycle de multiplication de lHIV au niveau des cellules infectes.25. Dcrivez le dpistage au laboratoire de linfection par HIV dans notre pays. Des rsultats de

tests vous seront fournis, que vous aurez interprter (Signification, que faire, que dire lapersonne concerne ?).

26. Expliquez les indications des examens virologiques de lHIV.27. Dcrivez les moyens et les principes de la thrapeutique antivirale dans linfection par HIV.28. Dcrivez la structure de lHBV et les marqueurs de linfection. Des rsultats de tests vous se-

ront fournis, que vous aurez interprter (Signification, que faire, que dire la personneconcerne ?)

29. Dcrivez les modalits volutives de linfection par HBV.30. Dcrivez la transmission de lHBV et sa prvention.31. Dcrivez la structure du gnome de lHCV et les marqueurs de linfection.32. Dcrivez lpidmiologie de lHCV et la prvention de linfection.33. Dcrivez le dpistage au laboratoire de linfection par les virus des hpatites. Des rsultats de

tests vous seront fournis, que vous aurez interprter (Signification, que faire, que dire la

personne concerne ?).34. Citez les virus dont on craint la transmission lors dun accident dexposition au sang. Dcrivez

la conduite tenir en pareil cas.35. Dcrivez la structure du virus de la variole, son parcours dans lorganisme et les principaux

lments de son expression clinique.36. Dcrivez le principe de la vaccination antivariolique et ses risques.

Questions de synthse

1. Citez les virus voquer en priorit devant une infection respiratoire grave.2. Citez les virus voquer en priorit devant une encphalite.3. Citez les principaux virus sexuellement transmissibles.4. Citez les virus responsables dinfections ftales et dcrivez brivement les moyens de pr-

vention disponibles.5. Avoir dans le srum des anticorps contre un virus est-il une bonne ou une mauvaise chose ?

Argumentez votre rponse laide dexemples.6. Citez les principaux virus responsables de cancer chez lhomme en indiquant pour chacun

le(s) mcanisme(s) de la cancrogense et les ventuels moyens de prvention.7. Illustrez par un exemple de votre choix la notion de fentre et ses consquences pour le dia-

gnostic virologique.

8. Illustrez par un exemple de votre choix la notion de traitement anticip (preemptiveen an-glais) et son intrt en virologie.9. Expliquez laide dexemple(s) lintrt de quantifier un virus pour la pratique mdicale.10. Expliquez laide dexemple(s) lintrt de dterminer la squence de gnes viraux pour la

pratique mdicale.11. Expliquez laide dexemples les conditions dans lesquelles se vacciner aprs avoir t con-

tamin(e) peut viter le dveloppement dune maladie virale.12. Dcrivez cinq circonstances exigeant une chimiothrapie ou une immunothrapie antivirales

en urgence, et prciser en quoi celles-ci consistent.


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Introduction


13. Citez les infections virales lies des voyages ltranger et dcrivez brivement les moyensde prvention disponibles.


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Introduction



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Structure des virus, cycle viral, physiopathologie des infections virales


Chapitre 1

Structure des virus, cycleviral, physiopathologie desinfections virales

1.1 Quest-ce quun virus ?

Cest un agent infectieux trs simple, dfini par une structure se rsumant deux ou trois lments,selon les virus. Les virus sont donc totalement diffrents des bactries ou des parasites, qui sontdes cellules, ce que ne sont pas les virus. Les virus sont les virus Andr Lwoff


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1.1.1 Gnome

Un virus comporte toujours un gnome qui est de lADN ou de lARN, de sorte que dans la clas-sification des virus on distingue en premier lieu virus ADNet virus ARN.Ce gnome peut-tre monocatnaire ( simple brin) ou bicatnaire ( double brin).Dune faon gnrale, la rplication du gnome des virus ARNest beaucoup moins fidle quecelle du gnome des virus ADN(les ARN polymrases nayant pas les mcanismes de dtectionet correction derreurs quont les ADN polymrases des virus ADN). Ainsi, les virus ARN sont


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particulirement sujets aux variations gntiques (HIV, virus de lhpatite C, par exemple), con-trairement aux virus ADN.La taille du gnome- et donc les capacits de codage - diffre considrablement parmi les virus ADN (3 300 kpb), alors quelle est comprise entre 10 et 20 kbpour la plupart des virus ARN.La capacit somme toute rduite de codage des gnomes viraux (par comparaison aux quelques

25 000 gnes du gnome humain) est souvent compense par un chevauchement des cadres delectureet par le phnomne dpissage des ARN messagers (dcouvert chez les adnovirus).

1.1.2 Capside

Le gnome est emball dans une structure protique appele CAPSIDE, dun mot grec, capsa, si-gnifiant bote. La capside protgele gnome. Elle a une conformation gomtrique qui, selon lesvirus est, soit tubulaire, soit polydrique. On appelle nuclocapsidela structure compacte forme

par lassemblage de la capside autour du gnome.

Il faut retenir que les capsides, tubulaires comme polydriques, 1) sont faites de protines viralespolymrises, les virus ayant trop peu de gnes pour soffrir autant de protines distinctes quilleur en faut pour recouvrir et protger le gnome, et que 2) ces structures ont t slectionnes dansla nature en raison de leur grande stabilit.

1.1.2.1 Nuclocapside tubulaire ou hlicodale

Cest un tube enroul en peloton (pour ce qui concerne les virus humains ou animaux, ce pelotonest lui-mme envelopp dans un 3elment appel pplos).

1.1.2.2 Nuclocapside polydrique

Ce nest pas nimporte quel polydre mais un ICOSADRE : polydre 20 faces qui sont destriangles quilatraux, et 12 sommets. Vu sous un certain angle, licosadre prsente un contourhexagonal.Licosadre est utilis en architecture (coupole du Palais des Sports) et le ballon de football 12 pices noires et20 pices blanches a pour structure de base un icosadre. Le d icosadrique est, par ses 20 faces, un instrument dedocimologie utilis volontiers par vos enseignants, confronts la correction dun nombre excessif de copies.Un exemple de virus icosadrique trs simple : les poliovirus

1.1.3 Enveloppe ou pplos

Dun mot grec signifiant manteau, cest llment le plus externe de certains virus. La prsenceou labsence denveloppe rgle en grande partie le mode de transmission des maladies.Tous les virus humains et animaux capside tubulaire ont un pplos, mais certains virus capside icosadrique en sontgalement pourvus (Herpesviridae, Togaviridae, Flaviviridae).


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1.1.3.1 Dfinition

Ce terme voque une structure souple et, de fait, le pplos est une membrane, drive des membra-nes cellulaires, cytoplasmique, golgienne, ou nuclaire selon les virus. En effet, les virus pplosterminent leur multiplication dans la cellule par bourgeonnement. Des glycoprotinesdorigine

viralesinsrent dans la bicouche lipidiquecaractristique des membranes cellulaires.Ainsi, la capside et le gnome dun virus envelopp comme le virus de la grippe sassemblent enune nuclocapside sous la membrane cytoplasmique. Le virus va sortirde la cellule (ou plutt trerelargu hors de la cellule, les virus tant passifs), non par clatement de cette cellule, mais par for-mation dun bourgeon au dtriment de la membrane cytoplasmique, bourgeon qui va sisoler pourformer un virus entier, libre, capable dinfecter une nouvelle cellule ou un nouveau sujet. Lenve-loppe de ce virus de la grippe est la membrane cytoplasmique de la cellule infecte, mais modifie

par ladjonction de glycoprotines virales. Les lipides de lenveloppe sont, eux, dorigine cellulai-re.Cest dans le noyau que sassemblent la capside et le gnome des virus de la famille des

Herpesviridae. Le virus va sortir de la cellule aprs bourgeonnement de la membrane nuclaire,puis de la membrane de lappareil de Golgi.

1.1.3.2 Virus nus

Ce sont les virus sans pplos, les poliovirus par exemple.

1.1.3.3 Que cela change-t-il davoir ou de ne pas avoir de pplos ?

Avoir un pplos rend le virus trs fragile. Le pplos a, en effet, la fragilit des membranes cel-

lulaires dont il drive. Or, un virus, quel quil soit, doit tre entier pour tre infectant, et il est deuxendroits o les virus enveloppe vont dgrader rapidement leur enveloppe et du mme coup perdreleur pouvoir infectieux : dans le milieu extrieur et le tube digestif. Dans ces mmes endroits,les virus nus, sans pplos, qui ont seulement un gnome et une capside (capside icosadrique),rsistent beaucoup plus longtemps.Cela explique lpidmiologie virale, qui a trait la transmission des infections virales dun indi-vidu un autre. Le virus de la fivre aphteuse est videmment un virus nu.Dans le milieu extrieur, les virus pplos ne vont pas survivre longtemps car ils vont tre inactivs

par deux facteurs : la temprature, mme la temprature ordinaire, et la dessiccation.Cela na rien de surprenant : les membranes cellulaires sont dtruites dans le milieu extrieur et si les cellules bact-riennes y survivent trs bien, cest parce quelles protgent leur membrane cytoplasmique par leur paroi. Si une cellule

bactrienne se trouve sans paroi (traitement par la pnicilline), la bactrie fragilise meurt. Les virus pplos sont aussifragiles que des bactries dont on aurait supprim la paroi !Dans le tube digestif, le pplos est rapidement dgrad par les enzymes digestives et le pH acidede lestomac.Donc, les virus pplos, comme les virus de la grippe, les virus de la famille des Herpesviridae,ne rsistent pas dans les selles. A linverse, les poliovirus sont trouvs dans les selles qui sont lemoyen essentiel de dissmination de la maladie (contamination fcale-orale). Le pplos nest pasune cuirasse pour les virus envelopps, mais leur tendon dAchille.De tout ce qui prcde, il rsulte quon peut opposer presque point par point la transmission de la


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grippe et la transmission de la poliomylite

ENVELOPPE ET TRANSMISSION DES VIRUSCours I - illustration 2/19

LgendeDes particularits viennent nuancer ce schma :

Les coronavirus des gastroentrites, virus envelopps, sont limins dans les selles ;celui du SARS aussi !

Certains virus enveloppe exigent une inoculation transcutane :

les arbovirus : piqres de moustiques ou de tiques, le virus de la rage : morsure danimal enrag ou contact salivaire sur excoriations

cutanes.

La transmission par contacts troits intermuqueux, par rapport sexuel, est exige pourdes virus comme le virus de lherpes simplex de type 2 (HSV 2), lHIV.

La contamination sexuelle est lun des modes de transmission du virus de lhpatiteB, du cytomgalovirus, des virus des papillomes gnitaux.

Les poxvirus ont un ensemble denveloppes complexes, ne drivant pas des membra-

nes cellulaires mais purement virales et synthtises de novo , et ils sont dailleurs par-ticulirement rsistants dans le milieu extrieur. Les orthopoxvirus rsistent lther.

Le virus de lhpatite B (HBV) a une enveloppe qui, bien quacquise au niveau de lamembrane cytoplasmique de lhpatocyte et comprenant outre lantigne HBs des li-

pides et protines cellulaires, ne montre pas en microscopie lectronique la bicouchelipidique hrisse des spicules glycoprotiques des virus enveloppe classique.Dailleurs, plus rsistant que ces derniers, lHBV nest pas inactiv par lther et soninactivation par lhypochlorite de soude exige une concentration leve de 5 %.

Virus pplos Virus sans pplos

Stabilit dans lenvironnement 0 +

Elimination dans les selles 0 +

Elimination dans la gorge + +

Contamination interhumaine directe, res-piratoire ou salivaire

+ +

Contamination interhumaine indirecte,

fcale-orale0 +

Temprature de stockage de longuedure des prlvements pour isolement

-80C -20C suffit

Inactivation par lther + -


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1.1.3.4 La transmission de la grippe

Elle se fait directementpar contact rapprochde deux sujets, et par voie arienne uniquement.On respire les microgouttelettes infectantes projetes par la toux du sujet gripp. Les virus de lagrippe ne rsistent pas longtemps lair. On ne les retrouve pas dans la poussire. Ils ne sont pas

excrts dans les selles ; on ne les retrouve pas dans les eaux uses. On ne sinfecte pas par inges-tion mais par inhalation, faceau sujet gripp.Dautre part, la brve survie des virus de la grippe dans lair, autour des sujets infects, est favori-se quand lair est humide et froid,le pplos craignant la chaleur et la dessiccation. Rien dton-nant ce que, dans les hmisphres Nord et Sud, la grippe svisse lhiveret non lt.

1.1.3.5 La transmission de la poliomylite, du virus de lhpatite A et desentrovirus en gnral

On a affaire des virus relativement rsistants qui peuvent persister plusieurs jours dans le milieu

extrieur, surtout dans leau. Ils sont excrts non seulement dans les microgouttelettes respiratoi-res mais plus encore dans les selleset cela pendant des semaines. On les trouve donc dans les eauxuses. Ainsi, la transmission se fait de deux faons :

1. comme pour la grippe, par contact direct rapproch, respiratoire, face un sujet infect ;2. mais surtout par contamination indirectefaisant intervenir les selles, par contamination f-

cale-orale, cest--dire, ingestion du virus avec des aliments contamins, consommationdeau contamine, bains de rivire. La transmission est videmment favorise par les mau-vaises conditions dhygine.Les pidmies de poliomylite survenaient surtout lto lonse baigne, o lon consomme des vgtaux crus, o les orages perturbent la circulation des

eaux uses (normalement les eaux de W.C. passent par des circuits spars mais en cas dora-ge brutal les vannes qui les contiennent sont dbordes). Les cas de poliomylite ne survien-nent plus que dans les pays du Tiers Monde o la vaccination fait dfaut.En somme, le virus de la poliomylite et le virus de lhpatite A, qui sont des entrovirus, ont tous gards un mode de propagation superposable celui des entrobactries.Chaque fois quon tudiera un virus, il vous faudra savoir sil a ou non un pplos. La naturedu gnome, ADN ou ARN, intervient pour comprendre la variabilit gntique et la chimio-thrapie.Quant la conformation de la capside, tubulaire ou icosadrique, elle a en elle-mme peu de consquence pource qui intresse la virologie mdicale, mais il se trouve que tous les virus humains capside tubulaire ont un

pplos et donc une transmission par contacts rapprochs.

Vous verrez deux exceptions importantes lquation virus enveloppe = virus fragile,avec le virus de lhpatite B(HBV) et les Poxviridae(dont la variole) : ce sont des virus r-sistantsmais, justement, leur enveloppe est trs particulire, compacte, bien diffrente du p-

plos bicouche lipidique driv par bourgeonnement des membranes cellulaires.


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1.1.4 Classification des virus

1. Elle repose dsormais sur la structure des virus et non plus sur leur pouvoir pathogne ou leurtaille. Les trois premiers critres de la classification sont, dans lordre, la nature de lacide nu-clique du gnome (ADN ou ARN), la conformation de la capside (tubulaire ou icosadrique),et enfin la prsence ou labsence de pplos.

2. Classement ultra-simplifi (non orthodoxe mais suffisante en DCEM 1) des virus selon lescritres 1 et 3 seulement.


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CLASSIFICATION SIMPLIFIE DES VIRUS

A. VIRUS ADN

*Infection mortelle pour lhomme.

Virus pplos Virus sans pplos= Virus herptiques

Herpes simplex virus 1 & 2 (HSV 1 & 2) Virus de la varicelle et du zona (VZV) Cytomgalovirus (CMV) v. Eptein-Barr (virus EB)

6e, 7eet 8eherpesvirus humainsHerpesvirus simi (virus B)*

Adnovirus Poxvirus Papillomavirus Polyomavirus Parvovirus

Virus de lhpatite B (HBV) : enveloppe non acquise par bourgeonnement Poxvirus : virus enveloppe complexe, non acquise par bourgeonnement, et trs rsis-

tants.


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B. VIRUS ARN

*Infections mortelles pour lhomme.

Chez lhomme, les virus nus sont tous capside icosadrique et tous les virus capsidetubulaire sont envelopps.Cours I - illustration 5/19

Virus enveloppe Virus sans enveloppe

Myxoviridae= virus influenza A, B, C

Paramyxoviridae Virus parainfluenza 1 4 Virus des oreillons Virus de la rougeole Virus respiratoire syncytial (RS)

Coronavirus Virus de la rage* Togavirus et Flavivirus (anciens arbovi-

rus)

Virus de lhpatite C (HCV) Arenaviridae

Virus de la choriomningite Virus de la fivre de Lassa*

Filoviridae :

Virus Marburg* Virus EBOLA*

Hantavirus

Virus de la rubole (cest unTogaviridae) Retroviridae

HTLV-1 et 2 HIV-1 et 2*

Picornavirus

Entrovirus Poliovirus 1 3 Coxsackievirus (30) chovirus (30)

Virus de lhpatite A (HAV) Rhinovirus

Virus de lhpatite E Rotavirus Calicivirus

Virus de lhpatite D (Delta) ou HDV : gnome et core de lHDV sous enveloppe de l HBV(Ag HBs).


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1.1.5 Agents des encphalopathies spongiformestransmissibles ou ATNC (agents transmissibles non

conventionnels)Ils se situent part, au-del des frontires de la virologie : non dcelesmme au microscopelectronique, ils rsistent de faon extraordinaire aux procds dinactivationphysico-chimi-ques qui dtruisent le pouvoir infectieux des bactries et des virus, chaleur, formol, ultraviolets. Ilsfont lobjet du cours XI.

1.2 Multiplication des virus1.2.1 Conditions ncessaires la multiplication dun virus

Leur simplicit extrme empche les virus de se multiplier, du moins par eux-mmes.Se multiplier pour un tre vivant est reproduire un difice fait dun enchevtrement de macromolcules qui est la foistrs complexe et trs prcis, trs organis. Pour russir un tel difice, il faut quatre sortes dlments.

1. Un plan de travail : cest linformation gntique. Le virus a cette information dans son gnome : cest la squen-ce des bases de son gnome, ADN ou ARN.

2. La matire premire : en biologie, de petites molcules, acides amins, acides gras, molcules organiques sim-ples, sels minraux. Le virus qui doit se multiplier na pas de rserves de petites molcules. Pas de vacuoles, pasde systme digestif, mme primitif, qui lui permettrait de puiser ces composants dans le milieu extrieur.

3. Autre lment manquant au virus : des sources dnergie. Toute dification consomme de lnergie. En biologie,cest trs souvent lnergie libre par hydrolyse de composs tels que lATP. Le virus na pas de rserve dATPni les moyens den constituer ; il na aucune source dnergie propre.

4. Enfin, un lment manque encore au virus : lassemblage des petites molcules en macromolcules exige desacclrateurs biologiques, des enzymes. Sans enzymes, les assemblages ne se feraient pas ou si lentement queles difices biologiques, minemment prissables, tomberaient en ruine durant leur construction. Les virus nont

pas les chanes enzymatiques des grandes voies des synthses biologiques.

Donc, un virus est incapable de synthtiser un autre virus, alors quune bactrie est capable de faire une autre bactrie.

Pour se multiplier un virus na que son gnome. Il lui faut mettre son gnome dans un endroit o combler ses manqueset trouver des sources de matire premire, des sources dnergie, des enzymes. Dans la nature, un tel rassemblementnexiste actuellement qu lintrieur dune cellule (il a pu en aller diffremment au tout dbut de lapparition de la viesur terre).Donc, la multiplication dun virus consiste en lintroduction du gnome viral dans une cellule etcest elle qui va fabriquer de nouveaux virus, selon un procd de biosynthse que lon appellerplication.


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1.2.2 La multiplication dun virus comporte six tapes

1.2.2.1 Attachement

Elle commence par lentre en contact du virus et de la cellule. Cest lATTACHEMENTde lasurface virale sur la surface cellulaire. Il se fait donc par des protines de la capside pour les virusnus, par des glycoprotines du pplos pour les virus pplos. Ces protines ou glycoprotines sat-tachent des rcepteurssitus sur la membrane cytoplasmique de la cellule hte.Ce besoin de rcepteurs cellulaires de la membrane cytoplasmique pour les virus explique quunvirus donn ne peut infecter quun nombre restreint despces animales (tropisme dhte) avec des


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tropismes tissulaires et cellulaires prcis.Ainsi, les poliovirus ninfectent que lhomme et, exprimentalement, les singes suprieurs, mais pas les oiseaux, ni les

poulets : cest parce que les poliovirus ne trouvent de rcepteurs pour leur attachement que sur les cellules de primateset non sur les cellules de poulet. Mais si, artificiellement, on extrait le gnome dun poliovirus de sa capside et si arti-ficiellement on le transfecte lintrieur dune cellule de poulet, cette cellule de poulet va produire des poliovirus.Le virus de la fivre jaune qui se multiplie chez lhomme, chez le singe et chez lanophle trouve des rcepteurs la

surface des cellules de ces trois espces dtres vivants. On ne connat pas les rcepteurs de tous les virus.Les virus de limmunodficience humaine (HIV) infectent principalement les lymphocytes TCD4+ car leur enveloppe peut sattacher sur la molcule CD4, rcepteur spcifique de ces virus.La structure dattachement de lHIV est la glycoprotine de surface de lenveloppe, la gp120 (gly-coprotine de 120 000 daltons, 120 kDa de poids molculaire, do son nom).

1.2.2.2 Pntration

Le virus pntre lintrieur de la cellule, le plus souvent par endocytosepour les virus nuset,pour les virus envelopps, par fusion de lenveloppe virale et de la membrane cytoplasmique en

une membrane unique, fusion suivie de lyse, par formation dun pore (trou) qui slargit et laissepasser la capside dans le cytoplasme. Cette fusion-lyse rsulte de laction dune glycoprotinede lenveloppe virale :pour lHIV, cest la gp41. Certains virus envelopps pntrent par endo-cytose, puis fusion de leur enveloppe avec la membrane de la vsicule dendocytose.

1.2.2.3 Dcapsidation

Les structures virales sont ensuite dgrades, lexception du gnome qui, dbarrass de la cap-side, se trouve libr.Il est ncessaire que la capside soit dtruite pour que le gnome, dcortiqu,

puisse fonctionner, livrer son information gntique la machinerie cellulaire.Ainsi, paradoxalement, la multiplication virale commence par une destruction du virus, destruction mnage qui res-

pecte le gnome. Aprs ces tapes dinitiation de linfection, prend place la phase de rplication et dexpression dugnome viral.

1.2.2.4 Rplication

Le gnome viral libr prend la direction des synthses, dans la cellule.Il se substitue en totalit ou en partie au gnome cellulaire qui jusqualors organisait les synthses cellulaires. Le g-nome cellulaire faisait en sorte que la cellule produise des scrtions, exocrines ou endocrines, et ventuellement deslments pour faire une deuxime cellule. Dsormais, la cellule va produire des virus.

Plus prcisment, elle va faire des copies, (rpliques) du gnome viral, des rpliques de protinesvirales, protines de capsideet glycoprotines de pplospour les virus pplos.Il y a donc un changement radical dans la direction des synthses. Le mcanisme de cette rpli-cation virale varie selon que le gnome est ARN ou ADN. Mais dans tous les cas, cest pardes ARN messagers virauxque les gnomes viraux transmettent leur information, donnent leursordres la machinerie cellulaire.Ds que des ARN messagers viraux apparaissent dans la cellule, celle-ci est pige : elle lit sur les ribosomes cesmessagers viraux comme si ctait des messagers cellulaires et elle les traduit en protines virales. Les virus ont tcompars des agents subversifs.


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1. Suivant les virus, llaboration des messagers viraux ou transcription est une opration plusou moins complexe. Pour les poliovirus, tout est simple : le gnome est un ARN qui serttel quel de messager ;de ce fait il est dit positif et donc il est immdiatement traduit parles ribosomes cellulaires en protines de capside (et enzymes viro-induites). Pour les poliovi-rus, il ny a pas de transcription. Pour les virus ADN, il faut ncessairement une trans-

cription.Pour les rtrovirus- virus des sarcomes et leucmies animales, HTLV et HIV - ily a galement une transcription, transcription du gnome ARN en une copie de ADN quisera intgre dans lADN cellulaire, cela par une transcriptasevirale dite inverse(elle cata-lyse lopration inverse de la transcription cellulaire normale de ADN en ARN). Le terme an-glais estreverse transcriptase (RT).

2. Les enzymes viro-induites.La synthse des composants viraux par la cellule exige gnra-lement un rajustement de la machinerie cellulaire. Ainsi, la cellule normale est incapablede rpliquer lARN des poliovirus. Cette opration consiste polymriser de lARN sur unematrice dARN, sur le gnome du poliovirus infectant. Cela ncessite une enzyme appele r-plicase, qui est une ARN polymrase ARN-dpendante (cest--dire travaillant sur une ma-trice dARN). Or, dans la cellule normale, une telle opration et une telle enzyme nont pas

de raison dtre et nexistent pas :les ARN cellulaires, quil sagisse des ARN messagers, ribosomiques ou de transfert, sont synthtiss par desARN polymrases ADN-dpendantes, travaillant sur une matrice dADN, le gnome cellulaire. Donc, pour semultiplier dans une cellule, un poliovirus et dune faon gnrale tous les virus ARN, doivent faire fabriquer la cellule infecte une ARN rplicase, enzyme nouvelle, viro-induite, absente de la cellule normale, inutile aufonctionnement normal de la cellule, mais ncessaire la multiplication virale.La transcriptase inverse (TI)ou rtrotranscriptase (RT)des rtrovirus est galement uneenzyme viro-induite.Certains gnes viraux codent des protines transactivatrices. Tel est le cas de lHIV produi-sant la protine TAT (p14).Elle transactive dun facteur x 50 la transcription des messagers viraux partir de lADN proviral intgr

dans la cellule. Cette transcription des messagers viraux est galement active dans le cas de lHIV par des fac-teurs cellulaires comme le NF Kappa B.Enfin, la synthse des diffrentes protines virales passe, pour certains virus, par la synthsedun prcurseurunique, donc dun polypeptide gant, secondairement cliv par des prota-sespour produire les diffrentes protines virales. Certaines de ces protases (cas du HIV etdu virus de lhpatite C) sont des enzymes virales, qui vont donc sautocliver (cf cours 3 page95).

1.2.2.5 Assemblage

Les nouveaux gnomes fabriqus par la cellule sentourent de nouvelles protines virales fabri-ques par la cellule. Cet emballage est lencapsidation(linverse de la dcapsidation) des gnomesqui aboutit la formation de nouveaux virus.

1.2.2.6 Libration

Ces nouveaux virus sont relargus hors de la cellule par clatementpour les virus nus, par bour-geonnementpour les virus pplos. Cest lors du bourgeonnementque les virus enveloppe re-oivent leur enveloppe qui est une bicouche lipidique cellulaire hrisse de spicules


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glycoprotiques. Une cellule produit de lordre de 100 1000 virus.La multiplication dun virus est trs diffrente de la multiplication dune bactrie. Une bactrieest une cellule, particulire, mais cest une cellule, alors quun virus nest pas une cellule.Ainsi, un virus ne crot pas, ne se divise pas, sort complet, termin de la cellule, et ne se modifie

plus.

1.2.3 Consquences de la multiplication virale pour la celluleinfecte

Trois consquences sont possibles :

1.2.3.1 Mort de la cellule

La cellule en meurt, les synthses cellulaires ayant t gravement perturbes par les virus. CestlINFECTION LYTIQUE. Cest ce que donnent la plupart des virus humains dans les cellules.Cest in vivo lquivalent de leffet cytopathique (ECP = altration morphologique de la celluleinfecte, visible en microscope optique)observ in vitro en culture de cellules (cf illustrationsde lannexe E page 277). Lors de linfection lytique, laccumulation dans la cellule infecte dematriel viral dsorganise les structures et les fonctions cellulaires. La cellule infecte meurt, soit

par ncrose, soit par apoptose. Tout le problme est de savoir si ces cellules peuvent tre rem-placespar dautres cellules au sein de lorganisme.Ainsi, au cours des infections par poliovirus, la destruction des neurones de la corne antrieure de la moelle donne des

paralysies dfinitives, car un neurone dtruit nest pas remplac. En revanche, si ce sont les cellules gliales qui sontdtruites, les paralysies peuvent rgresser.

1.2.3.2 Tolrance de linfection

Deuxime ventualit : la cellule tolrelinfection. Le gnome viral et le gnome cellulaire se par-tagent le potentiel de synthse de la cellule et les deux mtabolismes, cellulaire et viral, coexistent,selon un compromis acceptable. LINFECTION TEMPREtraduit ce modus vivendi .

1.2.3.3 Transformation cellulaire maligne

Troisime ventualit, la cellule se multiplie de faon anarchique :cest la TRANSFORMA-TION CELLULAIRE MALIGNE, la cellule infecte acqurant des caractres gnralement at-tribus aux cellules cancreuses.


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Rappelons quunecellule normaleest une cellule diplode, 2 N chromosomes ; quelle a in vitroun potentiel de multiplication limit, ne pouvant dans les meilleurs cas se diviser plus de 50 fois ;elle connat linhibition de contact :des cellules normales en culture sur le verre cessent de semultiplier ds quelles entrent en contact les unes avec les autres par leur membrane cytoplasmi-que, de sorte quelles forment une couche strictement monocellulaire. Au contraire, les cellules

transformes ou cancreuses sont aneuplodes (2 N chromosomes) ; elles ont un pouvoir demultiplication in vitro illimite(cest lexemple des cellules KB qui ne cessent de se multiplierdepuis quon les a mises en culture partir dun cancer buccal, il y a cinquante ans) ; elles ont per-

du linhibition de contact, de sorte quelles forment en culture sur le verre des couches pluricel-lulaires. Elles portent des antignes particuliers, tumoraux, notamment sur leur membranecytoplasmique, de sorte que les lymphocytes T les reconnaissent trangres lorganisme et, nor-malement, les rejettent. Enfin, leur cytosquelette est dsagrg.Les cellules transformes sobtiennent partir de tissus cancreux ou partir de cellules normalestransformes in vitro , soit spontanment au cours de la culture, soit par laction de cancrogneschimiques, de radiations ionisantes ou de virus cancrignes. Il existe en effet, des virus

cancrignes.Le premier virus cancrigne, reconnu au dbut du sicle par ROUS, est responsable de sarcomes dveloppement rapide chez le poulet. Cest un rtrovirus. ce titre, son gnome ARN mo-

nocatnaire est transcrit par une transcriptase inverse (reverse) virale en ADN bicatnaire qui vasintgrer dans lADN du gnome cellulaire. De l, il exprime son information virale : il comportedes gnes pour les protines constituant le virus (gnes gag pour antigne de groupe, pol pour po-lymrase = transcriptase inverse et env pour enveloppe) et de plus un oncogne responsable du

pouvoir sarcomatogne rapide de ce virus. Cet oncogne sarc est en fait un gne cellulairenormaldu poulet, rcupr par le gnome du virus.Cela a conduit se demander quel est le rle de loncogne sarc et des autres oncognes en gnral,dune part chez les poulets normaux, et dautre part chez les poulets inoculs par le virus de ROUSou par dautres virus sarcomatognes.Chez le poulet normal, loncogne cellulaire sarcomatogne, appel c-sarc(c pour cellule) code


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en fait un facteur de croissance cellulaire ; son expression est indispensableau poulet pour as-surer lembryogense au dbut de la vie, et plus tard les processus de rparation ncessaires aux

poulets adultes, cicatrisation par exemple.Quand le gne sarc est au sein du gnome viral lui-mme intgr dans lADN cellulaire, son ex-

pression se trouve trs augmente, cela de faon inapproprie, avec pour consquence le sarcome.

Dans le gnome viral, loncogne se trouve en effet sous contrle des promoteurs virauxquisont considrablement plus actifs que les promoteurs du gnome cellulaire. Il existe dautres onco-gnes cellulaires (c onc), et des oncognes viraux (v onc) correspondants, chez les souris, les chatset autres mammifres : ces v onc , inclus dans les virus sarcomatognes rapides, sont, chez cesanimaux aussi, responsables de tumeurs rapidement mortelles.Dautres rtrovirus du poulet, de la souris, du chat, sont, eux, lorigine de leucmiesqui survien-nent aprs une longue dure de linfection et cela de faon inconstante. Il sagit cette fois de rtro-virus leucmognes lents , dpourvus de v onc , responsables dune infection chronique delhte animal. Cette infection est asymptomatique jusqu ce que, ventuellement, lADN viralvienne sinsrerdans le gnome cellulaire au contact dun c oncqui passe alors sous contrle de

promoteurs viraux et se trouve ainsi exprim de faon inapproprie. On parle de cancrogense

insertionnelle. Cest un risque de la thrapie gnique par vecteur rtroviraux.Chez lhomme, dune faon gnrale, on r

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