Diagnostic génétique des amyloses à transthyrétine

www.reseau- amylose-chu-mondor.fr

IMRB, U955

RESEAU AMYLOSE – CHU HENRI MONDOR

BRUNO COSTES PASCALE FANEN

VALÉRIE ORTONNE VALÉRIE DELATTRE MICHEL GOOSSENS

INSERM 955 – GÉNÉTIQUE, CHU HENRI MONDOR

Journée Amylose Mondor – 07/12/2013

Aspects génétiques

• L’amylose à TTR héréditaire

- autosomique dominante (la plupart des patients sont hétérozygotes pour une mutation TTR)

- à pénétrance incomplète (variable avec l’âge et la nature de la mutation)

- d’apparition tardive : 30-50 ans Portugal/Japon (endémique), > 56 ans Suède

• Plus de 100 variants génétiques du gène codant la TTR sont associés avec des formes héréditaires de l’amylose à Transthyrétine, dont

- Val30Met : « endémique » (foyers Portugal, Japon, Suède) et non endémique (reste du monde)

- Val122Ile : Afrique, basse pénétrance

Pr M Goossens - Journée Amylose Mondor – 07/12/2013

Aspects génétiques

Maladie transmise sur le mode autosomique dominant à pénétrance incomplète

bc ac ef

af ec

ac bd

ac

ab cd

ab cd

cb

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Aspects génétiques

Maladie transmise sur le mode autosomique dominant à pénétrance incomplète

ac

ab cd

cb héréditaire ?

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Choix de la méthode

• Objectifs : rapide, précise, fiable, bon marché • Atout : - Petit gène composé de 4 exons : son analyse est facile • Difficultés : - Pas de « hotspot » mutationnel :

- Plus de 100 mutations connues distribuées le long du gène - Essentiellement des mutations « faux-sens »

V30M (p.Val50Met) et V122I (p.Val142Ile) sont les plus fréquentes

Pr M Goossens - Journée Amylose Mondor – 07/12/2013

Aspects génétiques Les mutations TTR décrites

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Analyse du gène TTR

Amplification par PCR de chaque exon et séquences flanquantes

Amorces spécifiques

5’ 3’ Intron1 Intron2 Intron3

PCR1 PCR2 PCR3 PCR4

1 2 3 4

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Identification de la mutation V30M

Intron1 Intron2 Intron3

1 2 3 4

5’ 3’

Séquence de référence

Séquence du patient

Substitution de nucléotide hétérozygote AAT GTG GCC GTG CAT GTG TTC Val30

AAT GTG GCC ATG CAT GTG TTC Met30 Pr M Goossens - Journée Amylose Mondor – 07/12/2013

Séquençage du gène TTR : limites

P

Variation nucléotidique au niveau d’un site d’amorce

Exemple de mutation non détectée (1)

M

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Séquençage du gène TTR : limites

Ceci peut être exploré en étudiant les parents

P M

DÉLÉTION

Exemples de mutation non détectée (2)

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Diagnostic génétique : Arbre décisionnel

Mutation hétérozygote connue

Variation nucléotidique inconnue

• Etudes complémentaires : - Etudes familiales, - Littérature, - Bases de données, - Tests fonctionnels

STOP

Aucune variation nucléotidique

• Extension du séquençage ? • Délétions étendues ? • Réarrangements ? • Autre gène ?

Confirmation de l’ATTR

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