Destinataires:BenoîtPLEISDREALAlsace

benoit.pleis@developpement-durable.gouv.fr

DominiqueORTHAdjointePôleEspècesetExpertiseNaturaliste-SecrétariatCSRPN

dominique.orth@developpement-durable.gouv.fr

PourtransmissionauCSRPN

Demandededérogationpourlacaptureàdesfinsdesuivi

scientifiquedecistuded’EuropeEmysorbicularisetdeprisesaccessoires(amphibiensetreptiles)

Demandededérogationpourletransportdecistuded’EuropeEmys

orbicularisàtraversl’Alsace

Année2017à2020

Département Ecologie, Physiologie

et Ethologie

23 rue Becquerel F-67087 Strasbourg Cedex 2

UMR 7178

Jean-Yves GEORGES

Tel. (33) 03 88 10 69 47 Fax. (33) 03 88 10 69 06

jean-yves.georges@iphc.cnrs.fr

sous la co-tutelle de

Strasbourg, le jeudi 20 avril 2017

2

1.ContexteDanslecadredesapolitiqueenvironnementale,leConseilDépartementalduBas-Rhin (CD67)amisenplaceunprogrammede lâcherde cistudesd’Europe Emys orbicularis en Alsace. Ce programme a été validé par leCNPNen2004,sousconditionquesoitmenéunsuiviscientifiquedecesactions(Annexe1).Lesuiviscientifiqueopérationnelestréaliséenpartenariatavecl’InstitutPluridisciplinaire Hubert Curien (IPHC, UMR 7178 CNRS-Université deStrasbourg).CesuiviscientifiqueconcernelapopulationdecistudeslâchéessurlesiteduWoerr (Lauterbourg,67).Cescistudessontdessubadultes issuesdesélevages agréés de la station de recherche de la Petite CamargueAlsacienne (PCA, St Louis, 68) et du Parc Zoologique et Botanique deMulhouse(PZBM,Mulhouse,68).L’IPHCestparailleursimpliquédanslesuivizootechniquedecesélevages.En2013,lespremierslâchersonteulieudansdesbassinsd’acclimatationclos,conformémentauprotocolevalidéparleCNPN.En2016,cesbassinsont été ouverts pour permettre aux cistudes de disperser librement surl’ensemble du site du Woerr. A ce jour, quelques 80 cistudes ont étéplacéessurleWoerr.Lademanded’autorisationdecapturesàdes finsscientifiquesprésentéeici par l’IPHC concerne les 80 cistudes lâchées à ce jour ainsi que lacentaineactuellementenélevageetdestinéesàêtrelâchéessurleWoerrd’ici 2021. Ce document présente les protocoles que l’IPHC propose demeneràdesfinsscientifiquessurces180cistudessurlesiteduWoerr.Cette demande émane du CNRS. Elle est indépendante des démarchesfaitesparailleursparleCD67enfaveurdelacistudeenAlsace.Eneffet,laprésence aujourd’hui avérée de cistudes, mais également d’espècesexotiquestellequeTrachemys,surlesiteduWoerràLauterbourg,appelleàcequ’unsuiviscientifiquesoitmisenplace.Lademandeestfaitepouruneduréede4ans.LeprotocolescientifiqueadéjàétévalidéparleComitéd’Ethique(Annexe2).

3

2.ObjectifsNous proposons d’étudier comment les cistudes issues d’élevagess’installent, se dispersent et se reproduisent sur le site du Woerr. Lesrésultatsattendusconstituerontunepremièrebasescientifiqued’aideàlaprise de décision en termes de gestion des espaces et des espèces àdestination du CD67. Les résultats seront également diffusés auprès desprogrammesderenforcementetderéintroductionactuellementencoursdanslasuiteduPNACistudeetsousformedepublicationsscientifiques.Nousproposonsdemettreenplacedesprotocolesstandardsdesuividepopulations (capture/marquage/recapture), de l’état de santé desindividus (biométrie, biochimie plasmatique), de leur comportement(observations directes et enregistreurs de comportement), et de leurécologie(régimealimentaire).Dufaitdelanaturedecessuivis,etdeséventuellescapturesaccessoires,un suivi des prises accidentelles (reptiles et amphibiens) et des espècesexotiquesseraégalementmené.

3.Descriptiondesprotocolescistude

1. Sited’étudeLesiteduWoerrestlocalisésurlacommunedeLauterbourg,àl’extrêmeNEdel’Alsace,enborduredeRhin.LesiteduWoerrconstituelazonesudd’un espace s’étendant largement enAllemagne, qui fut restaurédans lecadre du programme franco-allemand «Cistude sans frontières» (C12INTERREG IV)dans l’objectifd’accueillirà termesplusieurscentainesdecistudes.

4

2. Suivi démographique par capture/marquage/recapture(CMR)

LaCMRestàlabasedesmodèlesdedynamiquedepopulationsanimalespuisqu’elle permet de connaître le statut de chaque individu capturé etd’estimerlatendancedelapopulationaucoursdessaisonsetdesannées.Chaquecistudeissuedesélevagesest identifiée individuellementparuntranspondeuretuneencochesurlacarapace.Nousproposonsd’appliquerlaCMRpourestimerletauxdesurvieetdedispersiondesanimauxissuesdesélevages.NotreprotocoledeCMRconsisteraendessessionsrégulièresdepiégeagesur l’ensemble du site duWoerr (mares, bassins, gravière). Le piégeageseraréaliséàl’aidedenassesetdeverveux,conformémentauxguidesderéférenceactuels (Guide technique2004):desnassesàdoubleentréeetdes verveux à une ou deux ailes seront déployés respectivement en

Sited’étude:lesiteduWoerr,àLauterbourgetl’extensionoutre-frontièredesatramebleuerestaurée

5

bordure et au travers des points d’eau. Les nasses serontsystématiquement munies d’un appât, d’un flotteur et d’une plaqueplastifiéeindiquantenfrançaisetenallemand«Suiviscientifique,nepasdéplacer,autorisation---,contact:JYGeorges,CNRS,IPHC,0388106750).

Unesemaineparmois, lespiègesserontdéployéssur5 joursconsécutifsavecauminimumunerelèvequotidienne.Lessessionsdepiégeageserontmensuelles, de mars à octobre, pour assurer le meilleur taux decaptures/recaptures.Nombred’individusconcernés:180subadultes,avecrecaptureéventuelleaucoursdesessionssuccessives.

3. Suivibiométriqueindividuelsubadultes/adultesLorsdessessionsdeCMR,chaqueindividucapturéferasystématiquementl’objetdemanipulationsminutieusespourassurerlemeilleursuividesonétatdesantéetdesonstatut.Lorsdesapremièrecapturedel’année,chaqueindividusera:

- identifiéparlecturedesesmarquesindividuelles;- mesuréàl’aided’unpiedàcoulisse(±0.1mm):longueuretlargeur

droites de carapace, longueur et largeurs droites du plastron,longueur de l’intervalle cloaque-plastron: suivi de la croissancestructurale;

- pesé à l’aide d’une balance plateau de précision (±0.1 g); cettemesure sera faite systématiquementà chaque recapture: suividelaconditioncorporelle;

Nasse(source:CistudeNature) Verveux(source:CistudeNature)

6

- photographié: vue dorsale et ventrale sur fond quadrillé, profilgauche et droit et vue dorsale de la tête; toute particularitéstructurale sera notée et photographiée de près: suivi de lamorphologieetdesanomaliesexternes;

- prélevé, au niveau de la jugulaire ou de la queue à l’aide d’uneseringueetaiguillestérileàusageunique;lazonedeprélèvementestnettoyéeavantetaprèsprélèvementàl’aided’uncotonimbibéd’alcoolmodifiéetdeBétadine;lesangprélevé(0.1à1,0mlselonlesanalysesrequises)seraplacédansunecupulenumérotéeavantanalyseà l’IPHC:dosagedesmétabolites sanguins, indicateursdel’état de santé, dosage des hormones circulantes, indicatrices del’étatreproducteur,filiation;

- maintenu quelques heures dans une caisse à fond rehaussé pourcollecterlesexcréments:étudenoninvasivedurégimealimentaireetdelachargeparasitaire;

- la date/heure et lieu de la capture et du relâcher seront notés;l’animalserarelâchésursonlieudecapture.

- en période présumée de ponte, les femelles seront palpées pour

révélerlaprésenceéventuelled’œufscalcifiés.Nombred’individusconcernés:180subadultes,avecrecaptureéventuelleaucoursdesessionssuccessives.

4. SuivicomportementalDans le cas d’une espèce discrète comme la cistude, les observationscomportementales directes de terrain sont particulièrement fastidieusesetchronophages.

4.1.PrésentationdesméthodesPour s’affranchir de ces fortes contraintes de terrain, nous proposonsd’appliquerenAlsacelesdernièresméthodesdesuividelafaunesauvagedéjà utilisées avec succès par l’IPHC sur des tortues d’eau douce dansd’autres régionsdeFrance (Aquitaine, Languedoc-Roussillon,PACA) et àl’étranger:leradiopistageparVHFetlesenregistreursembarqués:

- le radiopistage par VHF permet de localiser à moindre coût desanimauxéquipésd’unémetteur.Chaqueémetteurproduitunsignalqui lui est propre, ce qui permet de repérer l’animal à distance.Cetteméthode consiste à prospecter le terrain et à rechercher, àl’aide d’un récepteur mobile, les signaux VHF de chaque animal

7

équipé.C’est laméthode lapluscourammentutiliséedans lesuivides tortuesd’eaudouceenmilieunaturel,mais elle souffred’unerésolution spatiale et temporelle limitée et d’un effort de terrainimportant. Cette méthode présente cependant l’avantage d’êtrerelativement peu coûteuse et de s’affranchir d’une recapturesystématiquedesanimauxpourobtenirlesdonnées.

- Le suiviparGPSpermetde localiserdemanièreautomatiquedesanimaux équipés d’un enregistreur. Le GPS calcule lui-même sapositionmaisnécessited’êtrerécupérerpouraccéderauxdonnées.Cetteméthode,récemmentvalidéeparl’IPHChorsAlsace,présentel’avantage de fonctionner en toute autonomie sur plusieurssemaines,etainsides’affranchirdes longuessessionsde trackingVHF. Ces deux méthodes étant complémentaires, on les combinesouvent pour orienter les protocoles de récupération desGPS. Laméthode GPS présente cependant l’inconvénient de devoirrecapturer les animaux équipés pour récupérer les unités ettélécharger lesdonnées.LesGPSprésentent l’énormeavantagedepermettre la localisation des sites de ponte, dont la recherche àpied, la nuit, reste fastidieuse et problématique en termes dedérangements. Il existe aujourd’hui des GPS ultra-miniaturisésadaptésausuividelafaunedepetitetaillecommelacistude(IPHC,donnéesnonpubliées).

- Le suivi par enregistreurs de comportementpermet d’enregistrerdemanière autonomedesparamètres environnementaux (par ex.lumière,pression,température)etbiologiques(parex.profondeuretduréedeplongée,duréedesépisodesd’insolation)àdeséchellesde tempsetd’espacequicoïncidentavec lecomportementanimal

et permettent dereplacer ce dernierdans le contexteenvironnemental dumoment.Cetteméthodeprésente l’avantage defonctionner enautonomie surplusieurs mois, ce quinous affranchit desessions de recapturesrépétitives. Elleprésente cependantl’inconvénientdedevoirrecapturer les animauxen fin de saison pour

Cistude équipée d’un enregistreur deplongéedéveloppéàl’IPHC(20x4mm,2grammes,autonomie:1an)(source:JYG,IPHC)

8

récupérer les unités pour obtenir les données. L’IPHC développedes enregistreurs dont les dimensions et l’autonomie, sanséquivalents sur lemarché, qui permettent de les utiliser sur uneespèce de petite taille comme la cistude (IPHC, données nonpubliées).

4.2.ModeopératoireCes unités (VHF, GPS et/ou enregistreurs de comportement) serontdéployéesselon leprotocolestandardsuivantquiadéjà fait sespreuvessurlesautressitesd’étudedel’IPHC:

- lacarapaceseranettoyéeàl’emplacementdefixationdumatérielàl’aided’unpapierdeverre(grain120)etd’acétonepourretirerleséventuelsépibiontesetdégraisserlasurfaceoùserafixéel’unité;

- àl’aided’unecollebi-composanttypeAralditeàpriserapide(5-10min en fonction de la température ambiante), l’unité sera fixéedirectementsurlacarapace,ouàl’aided’unsystèmedesupportfinpour permettre le remplacement rapide des unités et ainsiprolongerladuréedesuivi;

- une fois encollé, l’animal sera maintenu isolé dans une caisse àl’abri de la lumière et de la chaleur jusqu’à durcissement de larésine; il est surveillé par un observateur dédié jusqu’à sonrelâcher;

- l’animaléquipéseraphotographiéavantd’êtrerelâché;- la date/heure et lieu de la capture et du relâché seront notés:

l’animalserarelâchésursonlieudecapture.Lesunitéssontretiréesàlamainenexerçantunlégereffetdeleviersousla résine jusqu’à ce qu’elle se décrochede la carapace.Notre expériencepasséemontre qu’après plusieurs semaines de déploiement, la résine sedécrochedelacarapacesansdifficulténidommage.Nous utiliserons des unités qui satisfont la condition habituellementrecommandéeàsavoirquelamassetotaledumatérieldéployénedoitpasexcéder5%delamassedel’animal.Pourlesindividusdepetitetaille,onprivilégiera l’utilisation de VHF. Lorsque la masse le permettra, on yassociera un enregistreur de comportement. Pour les femelles de taillesuffisante, un GPS pourra être déployé en préfiguration du suivi de lasaisondeponte.Nombre d’individus concernés: 180 subadultes, suivis sur 12 mois,recapturerequisel’annéesuivante.

9

4.3.ModeopératoireNousproposonsderaffinernotreprotocoledesuiviparenregistreursenappliquant une méthode d’implantation. L’implantation est largementutilisée dans de nombreuses études car elle permet de s’affranchir del’encombrementliéaumatérielfixésurlacarapace.L’implantationpermetparailleursde fournirdesdonnéesuniques, etgrandementutiles, sur latempératurecorporelleetlaphysiologiedesanimaux.Unprotocoleaétéétabli,testéetvalidésurd’autressiteshorsAlsaceparlevétérinaireduParcZoologiqueetBotaniquedeMulhouse,partenaireduprojet.Ilaétévalidéparlecomitéd’éthique(Annexe2).

1. Protocoled’anesthésie:a. 10mg/kg d’alphaxalone, soit 1mL/kg d’Alfaxan®

(alphaxalone),eninjectionintramusculaireb. 2mg/kgdemorphine,soit0,2mL/kgdeMorphineLavoisier

50mg® à 10mg/mL, en injection intramusculaire ou sous-cutanée

c. Chlorhydrate de lidocaïne 10mg/mL, au besoin en per-opératoire,ensplashdanslaplaied’incisioneteninjectionintramusculairesurlesiteopératoire.

2. Protocoleopératoire:

a. Contention des membres arrière et de la queue par unebandedeVetrap®n°1404

b. Nettoyageetdésinfectionchirurgicaledusiteopératoire:3frictionsVétédinesavon®;3passagesVétédinesolution®

c. Pose d’un champ chirurgical recouvrant l’animal, fixé pardes pinces à champ, ouvert sur 10cm en regard du sitechirurgical

d. Incisioncutanéeenavantdelacuissegauchesur2cme. Dilacérationdesparoismusculairesexternesetinternesaux

ciseaux de Mayo jusqu’à obtenir une ouverture suffisantesurlacavitécoelomique

f. Fixationdel’implantauboutd’unfilirrésorbablepolyamidemonofilament(Dafilon2.0)parunnœuddechirurgien

g. Insertiondel’implant danslacavitécoelomiqueetfixationdufilàlaparoimusculaireparunnœuddechirurgien

h. FermetureduplanmusculairepardeuxpointsencroixaufilrésorbableVicryl®2.0(polyglactin910)

10

i. Fermeture du plan cutané par 3 à 4 points en U au filrésorbableVicryl®2.0(polyglactin910)

j. Application de colle chirurgicale 3M Vetbond® sur lalongueurdel’incision

Le site duWoerr dispose de commodités qui permettent de réaliser cesimplantations dans les meilleures conditions sans avoir à transporterl’animalendehorsdusite.Nombre d’individus concernés: 60 subadultes, implantés sur 12 mois,recapturerequisel’annéesuivante.

5. SuividelareproductionPendant la périodedeponteprésumée (mai-juin), les sitespropices à laponteserontprospectésenfindejournéeetéventuellementdenuitpourrepérerlesfemellesenponte,lesidentifieretlocaliserlenid:

- Lors de leur première capture de l’année, les femelles serontéquipéesdebandesréfléchissantesétroitescolléessurlacarapacepourenfaciliterlerepéragedenuitàl’aided’unelampetorche;

- Après la ponte, la femelle sera capturée à la main pour êtreidentifiée (transpondeur, encoche),mesurée etpesée avantd’êtrerelâchéesursonnid;

- Après le départ de la femelle, l’emplacement du nid seragéoréférencéà l’aided’unGPSàmainavantd’êtreprotégéparungrillage rigide d’une dizaine de cm de haut ancré au sol, pourprévenirdesrisquesdeprédation.

- Après les 60 jours d’incubation théoriques, les nids serontcontrôlés quotidiennement pour repérer les émergences. Dans cecas,lesnouveau-nésseront:

o marqués individuellement par un micro-transpondeur,mesurésetpeséscommeindiquéplushaut;

o prélevés:unprélèvementdesang(2gouttes)seraréaliséauniveau du sinus veineux pour déterminer la filiation(analyses sur ADN mitochondrial et nucléaire réalisés àl’IPHC);

o la date/heure et lieu de la capture et du relâcher serontnotés;lerelâchéserafaitsurlelieudecapture.

Nombredenids/individusconcernés:théoriquement90nidsparan,soit900nouveau-nésparan.

11

6. Règledes3RLe protocole intègre la règle des 3 R: la Réduction des effectifs seraassuréeenajustant(aprioriàlabaisse)leseffortsdepiégeageenfonctiondes succès cumulés des captures de l’année; de la même manière, laRéductiondunombredemanipulationsseraassuréeennemanipulant(biométrie, prélèvements) les animaux qu’à leur première capture del’année, les éventuelles captures successives sur une même annéepermettantd’apporter l’informationdebase concernant leur survie, leurmasseetleurpositiongéographique(etéventuellementlarécupérationdumatériel précédemment déployé); enfin, le Raffinement du protocolesera assuré en tenant compte des caractéristiques des individus, enparticulierleurstatutreproducteurquidevraitévolueraucoursdutemps(les individus relâchés sont subadultes) et qui nécessite des précautionsdemanipulation supplémentaires chez les adultes et les nouveau-nés. Aterme, nous envisageons de privilégier la méthode de suivicomportemental et physiologique par implantation. Compte tenu de lanaturedusuivi,leRemplacementn’estpasapplicabledanscetteétude.Unedemandededérogationpour la captureou l’enlèvement (CERFA11616*01)est jointeàcedossier,pourlacapture,par ledemandeur,de180individus,pourlapériode2017-2020.

4.Descriptiondesprotocolesautresespèces

1. SuividesespècesexotiquesNos premières observations de terrain témoignent de la présence detortuesexotiquessurlesiteduWoerr(àcejour,unedizained’individus).La présence de la tortue de Floride Trachemys scripta est avérée,probablementissuesdelâchéssauvages,dontdetrèspetitsspécimensquisuggèrentune reproduction sur site. La tortueduFloride est considéréecomme l’une des 100 espèces les plus invasives au monde. On peuts’attendre à ce que d’autres espèces exotiques, comme la tortue peinteChrysemyspicta, soient également lâchées sur le site. Laprésencede ces

12

spécimensestsusceptibled’avoirdesconséquencesnéfastessurlesuccèsdeslâchésdecistude.UneffortseradoncfaitpoursortirlesespècesexotiquesdusiteduWoerr.Despiègestypecage-Fesquetserontdéployéssurlespointsd’observationdetortuesexotiques:cespiègessontconstruitsengrillage«àlapin»,avecàlabaseuneentréesurélevéequilimitelesrisquesdesortiedesanimauxappâtéspardelanourritureplacéedanslacage.Lescagesontunehauteursupérieure au niveau d’eau pour permettre aux animaux capturés deremonteràlasurfacepourrespirer.

Lacage-Fesquetestàce jour laméthodedecapture laplusefficacepourlestortuesexotiques(CENLR,communicationpersonnelle).Les tortues ainsi capturées feront l’objet des mêmes protocoles debiométriequelescistudes(voir3.3.Biométrie),àl’exceptionprêtequelesespèces exotiques ne seront pas relâchées, mais extraites du site, àdestinationduParcZoologiqueetBotaniquedeMulhouseoùellesserontplacéesdanslesbassinsdeprésentation.Compte tenu du statut invasif de ces espèces, aucune demande CERFAn’estfaite.

Exemple de cage-Fesquet(source: CEN LanguedocRoussillon)

Jeune Trachemys capturée sur lesiteduWoerren2016(source:JYG)

13

2. SuividesprisesaccidentellesLes sessions de piégeage par nasses, filets, cage-Fesquet induisentrégulièrement des prises accidentelles (batraciens, serpents,mammifères).Nousproposonsdeprofiterdecesprisesaccidentellespourdémarrerunsuividepopulations,enparticulierdesserpents.Lesserpentscapturésseront:

- identifiésàl’espèce;- sexésparévaginationdeshémipénis;- mesurés (±0,5 cm)à l’aided’un rubangradué: longueurmuseau-

cloaque(LMC)etlongueurtotaledumuseauauboutdelaqueue;- pesés(±1g)avecunebalanceouunpeson.- marquésde façonpermanenteà l’aided’unpetitbrûleuràgazen

prenantsoinànepasblesserl’animal.- Photographiés pour noter les blessures, queues tronquées et

éventuellesanomaliesd’écaillesventrales;- les éventuelles proies régurgitées ou fèces produites seront

collectéespouranalyserlerégimealimentaire;- ladate/heureetlieudelacaptureetdurelâcherserontnotés;les

animauxserontrelâchéssursonlieudecapture.

Espècessusceptiblesd’êtreconcernées:couleuvreàcollierNatrixnatrix,coronellelisseCoronellaaustriacaNombred’individusconcernés:estimationde10 individusparespèceetparan,soitquelques50spécimensLes éventuelles observations d’amphibien d’intérêt patrimonial serontnotées, sexées,mesurées, pesées, photographiées et relâchées: pélobatebrunPelobates fuscus, rainetteverteHylaarborea, grenouilledeLessonaPelophylaxlessonae.Lesinformationsseronttransmisesàl’associationBUFO.Unedemandededérogationpour la captureou l’enlèvement (CERFA11616*01)est jointeàcedossier,pourlacapture,par ledemandeur,de50individusparespèce,pourlapériode2017-2020.

14

6.RestitutiondesrésultatsNosrésultatsserontrestituésdevantlecomitédesuividuCD67etlorsdesréunions du comité de pilotage du PNA Cistude (en attente derenouvellement)devantlespartenairesdesprogrammesderenforcementou de réintroduction. Ils feront par ailleurs l’objet d’un bilan annueldestiné au CSRPN. Enfin, des publications et des présentationsscientifiques à des conférences seront produites. Plusieurs étudiantsserontformésàlarechercheencontribuantàcesprotocolesdeterrainetauxanalysesdesrésultats.

15

Annexe 1: Autorisation du Ministère de l’Ecologie et duDéveloppement Durable pour le lâcher de cistude en Alsace par leCD67

16

Annexe2:Notificationd’autorisationdeprojetutilisantdesanimauxàdesfinsscientifiques(Comitéd’éthique,APAFIS)

17

Annexe3:CERFA13616*01

- Emysorbicularis- Natrixnatrix- Coronellaaustriaca- Pelobatesfuscus- Hylaarborea- Pelophylaxlessonae