CQ 2015

France, Suisse et PED

mgrude@ccde.chups.jussieu.fr

klassoumou@ccde.chups.jussieu.fr

2

Méthode• 4 échantillons• CQ1 échantillon négatif• CQ2, CQ3 et CQ4 : Sensibilité/Spécificité• Le consensus

w Le consensus est établi avec l’ensemble des laboratoires qui participent au contrôle qualité, soit un total de 56: France (n=44), Suisse (n=4), PED (n=8)

w On dit qu’il y a consensus à une position donnée si au moins 75% des laboratoires trouvent le même acide aminé

w Si aucun acide aminé n’est trouvé par 75% des laboratoires, on prend tous les acides aminés qui sont trouvés par au moins 25% des laboratoires

• laboratoires ont séquencé l’intégrase: France (n=41), Suisse (n=4), PED (n=3)

• laboratoires ont réalisé le tropisme: France (n=44), Suisse (n=4), PED (n=1)laboratoires ont réalisé le sous-type: France (n=44), Suisse (n=4), PED

3

Méthode• Amplification

w Pourcentage de laboratoires avec une amplification établie (gènes RT et protéase)

• Sensibilité et spécificité (avec CQ2, CQ3 et CQ4)w Sensibilité: proportion de positions étudiées trouvées mutées parmi

les positions réellement mutées§ Toutes les positions réellement mutées des échantillons positifs

non amplifiés sont comptés comme des faux négatifsw Spécificité: Proportion de positions étudiées trouvées sauvages parmi

les positions réellement sauvagesw Les Faux négatifs: On dit qu’il y a faux négatif à une position

donnée si le consensus dit qu’il y a présence de mutations et que ce résultat n’est pas trouvé par le laboratoire.

w Les Faux positifs: On dit qu’il y a faux positif à une position donnée si un acide aminé autre que le consensus est trouvé par le laboratoire.

• Résistance (Selon l’algorithme ANRS 2015 version 25)

4

Méthode• Intégrase: Pourcentage de laboratoires ayant obtenu la même séquence que

la séquence consensus établi pour tous les échantillons évalués• Sous-type: Liste de laboratoires avec un résultat discordant avec le consensus

établi• Tropisme: Liste de laboratoires avec un résultat discordant avec le consensus

établi

• Score de performance C’est le nombre de positions trouvées correctes divisé par le nombre total de positions étudiées de l’ensemble des échantillons évalués (gènes RT et Protéase)w A chaque position et pour chaque échantillon, on attribut 1 au laboratoire

qui donne le bon résultat (ie. le consensus) et 0 sinonw Si un échantillon positif n’est pas amplifié, on attribut 0 à toutes les

positions étudiées de l’échantillonw Si un échantillon négatif est amplifié, on attribut 0 à toutes les positions

étudiées de l’échantillon• Un second score de performance est calculé sans tenir compte des échecs

d’amplification

5

Echantillons

Amplification Chargevirale

Soustype Tropisme

CQ1 NON

CQ2 OUI 15600 B X4

CQ3 OUI 39000 CRF02 R5

CQ4 OUI 19900 A1 X4

CONSENSUS

6

Identificationdel'échantillon L10 V11 I13 I15 G16 K20 L24 D30 V32 L33 E34 E35 M36 K43 M46 I47 G48 I50 F53 I54 Q58 D60 I62 L63 I64 H69 A71 G73 T74 L76 V77 V82 N83 I84 I85 N88 L89 L90 I93CQ1CQ2 I V +F L L L E V P M V I A M LCQ3 I V I I K MCQ4 V E D I A K M

Identificationdel'échantillon M41 E44 A62 K65 D67 T69 K70 L74 V75 F77 V90 A98 L100 K101 K103 V106 V108 Y115 F116 V118 E138 Q151 V179 Y181 M184 Y188 G190 L210 T215 K219 H221 P225 M230 P236CQ1CQ2 N D R I V V QCQ3CQ4 N R N V Q

Identificationdel'échantillon T66 L74 E92 G118 F121 E138 G140 Y143 P145 S147 Q148 V151 S153 N155 E157 R263CQ1CQ2CQ3 QCQ4

PROTEASE

RT

INTEGRASE

+F = insertion

RESISTANCE

7

R: Résistance RP: Résistance possible S: Sauvage

* Données insuffisantes pour virus de sous-type non-B

Consensus: Interprétation selon l’algorithme ANRS version 2015Echantillon IDV/r SQV/r NFV fAPV/r LPV/r ATV/r TPV/r DRV600/r DRV800/r RAL EVG DTG_BID DTG_QD

CQ1CQ2 R R R R R R RP R S S S S SCQ3 S S S S S S * S S R R R SCQ4 S S S S S R * S S S S S S

Echantillon AZT 3TC/FTC ddI d4T ABC TDF EFV NVP EVR RPVCQ1CQ2 R R S R R RP S S S SCQ3 S S S S S S S S S SCQ4 S S S S S S R R R R

Protéase-Integrase

ReverseTranscriptase

8

AMPLIFICATION• Nombre de laboratoires pour lequel l’amplification

d’au moins un échantillon a échoué

w France (6/44) laboratoire)§ 1 Echantillon négatif amplifié Détails page suivante

• RT (n=1)• Prot (n=1)

§ 5 Echantillons positifs non amplifié Détails page suivante• Intégrase (n=3)• RT (n=3)• Prot (n=4)

w PED (1/8) laboratoire)§ Echantillon positif non amplifié: Détails page suivante

• Intégrase (n=1)

9

Echec d’amplification - FRANCE

10

Echec d’amplification – PED

PED

Performance globale des laboratoires sur les gènes de la RT et la protéase

11France (n=44) - Suisse (n=4) – PED (n=8)

Performance selon la technique (RT+protéase)

12

France - Suisse

n= 26 n= 2

n= 12

n= 16

Sensibilité selon la technique (RT+prot)

13

France - Suisse

n= 26n= 2

n= 12

n= 16

Spécificité selon la technique (RT+prot)

14

France - Suisse

n= 26n= 2

n= 12

n= 16

% de Labos ayant obtenu la même séquence que la séquence consensus sur le gène de l’intégrase

15

France (n=41) - PED (n=3) - Suisse (n=4)

Proportion de labos ayant obtenu la bonne interprétation de la résistance du virus au traitement (France – Suisse – PED)

16

17

LE SOUS-TYPE VIRAL

18

SOUS-TYPE: (discordance par rapport aux consensus)

Consensus

Sous-type

CQ1CQ2 BCQ3 CR02_AGCQ4 A1

ATEWCRF01 CQ4

BGDRNON AMPLIFIE CQ1

PYPANON B CQ4

QRVYCRF02_AG CQ2

WJRMCRF01_AE OU A CQ4

France

XHJQB/CRF29 CQ2

YVJXCRF01_AE CQ4

ZUADCRF01_AE CQ4

PED

19

LE TROPISME VIRAL (n=49)

20

TROPISME : (discordance par rapport aux consensus)

Consensus

TropismeCQ1CQ2 X4CQ3 R5CQ4 X4

FDUPR5 CQ2

LGCWEchec CQ4

QRVYEchec CQ4

VCVJX4/R5 CQ3Indeterminé CQ4

WJRMEchec CQ4

XCUMEchec CQ4

XTSVIndeterminé CQ4

ZLVQX4/R5 CQ3Indeterminé CQ4

France

ECVYX4 CQ3

RLAQIndeterminé CQ3

Suisse

Performance des laboratoires : France (1)

21

Performance des laboratoires : France (2)

22

Performance des laboratoires : France (3)

23

Performance des laboratoires : Suisse

24

Performance des laboratoires : PED

25

Faux-/Faux+: France (1)

26

Faux-/Faux+: France (2)

27

Faux-/Faux+: France (3)

28

Faux-/Faux+: PED

29

L33+ = L33ins