CNRCampylobacter spp et bactéries

apparentées isolés chez l’homme en France

2003-2010

Francis Mégraud & Philippe LehoursUniversité de Bordeaux et Hôpital Pellegrin,

Bordeaux

Campylobacter jejuni

Surveillance des infections à Campylobacters en France

- 1986-2001 : réseau de surveillance basé sur des laboratoires hospitaliers

- 2002 : 2 réseauxextension du réseau de laboratoires

hospitaliers (50)

organisation d’un réseau de laboratoires privés (300)

- 2013: début de saisie directe par certains gros laboratoires

0

1000

2000

3000

4000

5000

2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010

2200 2127 2047

26763058

3472

40194316

Années

Nbre de souches

Evolution du nombre de souches

reçues (2003-2010)

Nombre total de souches identifiées : 22 245

(1 733 souches additionelles reçues n’on pas donné de subculture)

Distribution des espèces de Campylobacters & bactéries apparentées identifiées au CNR selon l’origine du prélèvement (2003-2010)

Espèces Selles Hémoculture Autres plvts Total (%)

C. jejuni 17291 202 82 17575 (79,3)C. coli 3322 38 22 3382 (15,2)C. fetus 235 544 94 873 (3,9)C. lari 77 16 2 95 (0,4)C. upsaliensis 25 2 27 (0,1)C. jejuni ssp doylei 3 3 C. sputorum 1 1A. butzleri 164 3 3 170 (0,8)A. cryaerophila 13 13 H. pullorum 14 14 H. canadensis 11 1 12

Total 21 155 (95,4%) 807 (3,6%) 203 (0,9 %) 22 165

C. jejuni C. coli C. fetus C. lari A. bu tzleri(56) (16) (62) (1) (2)

Biopsies intestinales 42 15 1Bile 3Liquide articulaire 2 32*Liquide pleural 4Liquide d ’ascite 2 4Liquide de dialyse péritonéal 1 1 3 2LCR 3Urine 2Placenta 1 1Anévrysme 4Pus d ’ostéite 2Prothèse d ’aorte 2Autres** 3 7

*inclus 5 sur prothèses (hanche)** C. jejuni : utérus, hématome tibial, méconium

C. fetus : sonde intracardiaque, hématome rétropéritonéal, c alcul abdominal, chambre implantable, abcès du rein , drain, abcès de jambe

Distribution des espèces de Campylobacters & bactéries apparentées identifiées au CNR

selon l’origine du prélèvement autre que selles et hémocultures (2006-2010)

Distribution selon le sexe

(2003-2010)

Total No %

Homme 12,087 54.6

Femme 10,016 45.3

Inconnu 142

Sex ratio : 1,2

0

1000

2000

3000

4000

5000

6000

7000

0-9 10-19 20-29 30-39 40-49 50-59 60-69 70-79 80-89 90-99 >100

6733

26763054

1848

1372 15481382

1594

960

Age (années)

163 6

Nbre de souches

Autres

C. jejuni

C. coli

Distribution selon l’âge

(2003-2010)

0

500

1000

1500

2000

2500

3000

J F M A M J J A S O N D

Autres

C. jejuni

C. coli

Mois

Nbre de souches

Distribution selon le mois del’année (2003-2010)

Contexte de cas groupés (2003-2010)

Total No. %

Cas isolés 11 226 96,2Cas groupés 438 Famille 334 3,7

Collectivité 50Inconnu 54

Inconnu 10 581

Contexte de voyage à l’étranger (2003-2010)

Total No. %

Voyage 810 14,2

Pas de voyage 4 906 85,8

Inconnu 16 259

Exemples de pays où le voyage a eu lieu,

568 cas (2006-2010)

Afrique = 315 (55,4%) Amérique = 52 (9,4%)

Maroc 114 Haïti 15Tunisie 31 Antilles françaises 8Sénégal 21 Rep. Dominicaine 6Burkina Faso 19 Canada 4Algérie 14 Etats Unis 4Madagascar 14 Autres 15Autres 102

Asie = 118 (20.7%) Europe = 77 (13.5%) Océanie = 6 (1 %)

Inde 42 Espagne 25Turquie 11 Portugal 13Cambodge 6 Italie 8Indonésie 6 Grèce 6Népal 6 Royaume Uni 6Autres 47 Autres 19

Comparaison des facteurs de risque

pour les infections à C. jejuni & C. coliAnalyse multivariée

C. jejuni est associé à:• survenue durant l’été (Mai-Septembre)

C. coli est associé à:• survenue à un âge plus élevé• existence d’un voyage à l’étranger

Comparaison des facteurs de risque

des infections à C. fetus à ceux des infections à Campylobacters thermotolérants

Analyse multivariée

C. fetus est associé à:

• survenue à un âge plus élevé• échantillons autres que les selles• hospitalisation

Surveillance de la résistance des Campylobacters aux antibiotiques

- Tous les isolats sont testés par antibiogramme

- Une PCR en temps réel pour identifier les mutations associées à la résistance aux macrolides peut être employée

0

20

40

60

80

100

86-89 90-93 94-97 98-02 2003-5 2006-8 2009-10

% Résistant C. jejuni

C. coli

50,8 53,746,6

51,5 54,2

65,2

44,450,4

34,8

26 2723

29,922,7

p<0.001

Evolution de la résistance de C. jejuni& C. coli à l’amoxicilline

(1986-2010)

années

0

20

40

60

80

100

86-89 90-93 94-97 98-02 2003-5 2006-8 2009-10

% Résistant C. jejuni

C. coli

0,89,9

1,1

12,2

1,7

18

2,511

0,9

10

1

10

0,5

13,9

Evolution de la résistance de C. jejuni& C. coli à l’érythromycine

(1986-2010)

années

0

20

40

60

80

100

86-89 90-93 94-97 98-02 2003-5 2006-8 2009-10

% Résistant C. jejuni

C. coli

8 11,3 1117,1 18

31,9

15

3325,7

50,4

32

4435,5

69,6

p<0.001

Evolution de la résistance de C. jejuni& C. coli à la doxycycline

(1986-2010)

années

0

20

40

60

80

100

86-89 90-93 94-97 98-02 2003-5 2006-8 2009-10

% Résistant C. jejuni

C. coli

4,9 68,9 8,5

17

41,5

26,3

44,6

28,9

44,538

53 47

74,3

p<0.001

Evolution de la résistance de C. jejuni& C. coli à l’acide nalidixique

(1986-2010)

années

Conclusions

- Augmentation apparente de l’isolement des Campylobacters en France

- Augmentation constante de la résistance aux fluoroquinolones

- C. jejuni et C. coli ont des caractéristiques épidémiologogiques différentes

- Importance des maladies systémiques en particulier de la morbidité et la mortalité due à C. fetus

Observation d’une fréquence élevée de C. coli multirésistants

C. coli résistants: AmpicillineCiprofloxacineTétracyclineErythromycine

7,3

11,1

8,4

6,1

760 706 703 613N testés:

%

Origine géographique des C. coli multirésistants

Question : Est-ce une épidémie qui serait liée à u ne contamination permanente dans un abattoir ou élevage?

Typage MLST au LNR des C. coli multirésistants (K. Rivoal)

11 souches d’origine porcine9 souches d’origine aviaire

prélevées à l’abattoir de matières fécales d’animau x provenant de différents types d’élevage et de diffé rentes régions

Toutes du complexe clonal (CC) 828 mais « séquence t ypes » (ST) différents:

Porc 10 ST (2 ST 1068)Volaille 5 ST (3 ST 872)

Pas de différence avec les C. coli non résistants eux aussi du CC828 mais de différents ST

Typage MLST au CNR des C. coli multirésistants (L. Bénéjat)

17 souches C. coli multi R typées par MLST

Toutes du complexe clonal 828 représentant 3 « séquence types »

NST 825 1 ST 6689 4ST 872 6

1 2 5 9 13 17

MADD

Comparaison des 6 C. coli ST-872

1290

1 2 5 9 13 17

2 5 9 13 17

HLWL74

Sans

souche 1

HLWL85

Sans

souche 1

2 5 9 13 17

6 profils différents

Souches 1 et 13 différentesSouche 9 différente Souches 5 et 13 identiques

Souches 2, 9 et 13 identiques

1 = 2012/136

2= 2012/319

5 = 2012/468

9 = 2012/1059

13 = 20122309

17 = 2012/2689

Différenciation du ST872 par RAPD

Conclusion: il ne s’agit pas d’une épidémie

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