BIODIVERSITE, ECOLOGIE, EVOLUTION Syllabus des parcours-type · gradients des facteurs abiotiques...

BIODIVERSITE, ECOLOGIE, EVOLUTION

Syllabus des parcours-type


2

Première année, Semestre 1 ....................................................................................................................................................... 2

Première année, Semestre 2 ....................................................................................................................................................... 9

Deuxième année ........................................................................................................................................................................ 32

Première année, Semestre 1


3

1. Unité d’enseignement – identité et positionnement de l’UE dans l’offre de formation

Code UE BE11 Ancien code UE SB1

Intitulé UE*$ Démarche scientifique en écologie

Responsable*$ A. Baumel; A. Millon; B. Talon

Mention*$ BEE Crédits*$ 6 ECTS

Parcours / Année / Finalité*

BEE>M1 Site d’enseignement principal*$ Saint Jérôme

Semestre*$ Semestre 1 Autre(s) site(s) éventuel(s) CTES

2. Compétences visées - Acquis d’apprentissages de la mention*

AA1 CT2 10%, AA4 CT2 10%, AA3 CT2 10%, AA5 CT2 20%, AA6 CT2 10%, AA5 CT3 20%, AA3 CT4 10%, AA7 CT3 10%

3. Objectifs et acquis d’apprentissages spécifiques de l’UE

$Objectifs de l’UE$

Découverte de la démarche scientifique en écologie dans son ensemble : 1) définition d’une problématique de recherche théorique ou appliquée et d’objectifs opérationels, 2) conception d’un plan d’échantillonnage, 3) mise en place d’une méthodologie de récolte de données, 4) analyse des données, 5) interprétations et présentation des résultats à l’oral et à l’écrit.

$Savoir-faire$ Appliquer les méthodes d’échantillonnage et d’analyse des données, rechercher l’adéquation entre obejctifs et moyens en intégrant les difficultés propres au terrain, prise en compte des phénomènes historiques de dynamiques spatiales et temporelles dans l’élaboration de l’échantillonnage et l’interprétation des résultats.

$Connaissances$ Appréhension de la diversité des approches (descriptive, inférentielle, expérimentale, etc.) et des relations entre elles, modes d’inférences et diversité des analyses statistiques en écologie.

4. Contenus - Programme détaillé

$Contenu de l’UE$ Cours sur les modes d’inférences en écologie, école de terrain centrée sur la conception d’une question de recherche et d’un plan d’échantillonnage, qui se poursuit par des travaux dirigés sur l’analyse des données récoltées et la présentation de l’interprétations des résultats.

$Pré-requis$ Analyse de données : exploration graphique, statistiques descriptives, régression linéaire simple, analyses multivariées simple tableau, utilisation de R.

$Type de pédagogie* (cocher la ou les cases correspondantes)$

x Pédagogie traditionnelle

x Pédagogie active (PA) – contactez votre responsable de parcours pour plus d’infos

Ecoles / sorties de terrain

Ecole de terrain à Barcelonnette

Volumes horaires

CM TD TP/sorties

6 14 0/40

% Contrôle continu$

50 % CC $% Examen Terminal$ 50 % ET


4


Code UE BE12 Ancien code UE new

Intitulé UE*$ Ecologie fonctionnelle et écosystèmes

Responsable*$ V. Baldy



BEE/M1 Site d’enseignement principal*$ Saint Charles



AA1 CF Bioeffect 50% ; AA3 CF Bioeffect 30% ; AA4 CF Bioeffect 20%


$Objectifs de l’UE$ Processus écosystémiques, perturbations

$Savoir-faire$ Analyses statistiques adaptées à l’étude des processus fonctionnels ; mise en place de plans d’expériences adaptés à l’étude des processus

$Connaissances$ Ecologie fonctionnelle


$Contenu de l’UE$

L’objectif de cette UE est la connaissance du fonctionnement des écosystèmes. Il sera abordé par les flux de matière et d’énergie à travers les réseaux trophiques, le recyclage de la matière via l’étude des processus de remise à disposition des nutriments (cycles biogéochimiques). Il sera également abordé la notion de traits fonctionnels en écologie et les modèles mécanistes de changement d’aires de distribution des communautés incluant les successions végétales.

$Pré-requis$ Notions de bases en écologie ;





Garrigues expérimentales

Volumes horaires

CM TD TP/sorties

0 22 4/4




5



Intitulé UE*$ Ecosphère et environnement

Responsable*$ R Gros, S Fayolle






AA1 CT1 20 % ; AA2 CT1 20 % ; AA2 CT3 40% ; AA7 CT3 20%


$Objectifs de l’UE$ L’UE ‘Ecosphère et Environnement’ vise à l’acquisition de bases solides (fondamentales et pratiques) permettant la description et l’évaluation des facteurs écologiques abiotiques (climats, sols, perturbations, hydrologie) et historiques (usages) structurant les biodiversités continentales terrestres et aquatiques.

$Savoir-faire$

Décrire un biotope d'un point de vue des facteurs écologiques et de l’environnement (description de sol, disponibilité en eau, évolution des usages, temporalité hydrologique…). Analyser des données ennvironnementales (granulométrie, modèles hydrodynamiques des relations sols/plantes, pédoclimat et données climatiques, pH et minéralogie des sols, écoulement, substances dissoutes…).

$Connaissances$ Le climat et son évolution, pédologie, facteurs abiotiques dans l’eau et dans les sols, les usages et leur évolution, écologie des perturbations


$Contenu de l’UE$

En interaction avec la pédosphère et les usages, les évolutions climatiques planétaires déterminent des gradients des facteurs abiotiques du milieu dont les variations dans l’espace et dans les temps ont des conséquences fondamentales sur la structure et la dynamique de la biodiversité. Sous la forme de CM, TD et d’une sortie, les enseignements décriront ces facteur et établiront les liens entre leur évolution et les processus écologiques. Les grands thèmes abordés seront : 1) Les paramètres climatiques et leur évolution (dont changement climatique), 2) les propriétés physico-chimiques de l’eau, 3) les facteurs pédologiques (biodisponibilité des éléments minéraux et modèles hydrodynamiques), 4) les perturbations écologiques, 4) les usages et leur évolution.

$Pré-requis$ Connaissances de bases en sciences du sol




PR de Camargue

Volumes horaires

CM TD TP/sorties

19 5 0/6




6


Code UE BE14 Ancien code UE SB2b

Intitulé UE*$ De l’évolution à la diversité du vivant

Responsable*$ N. Kaldonski ; A. Saatkamp






Indiquer les codes des différents acquis selon l’exemple suivant : Ex AA1 CT1 30 % ; AA4 CT2 20 % …)


$Objectifs de l’UE$ L’UE ‘De l'évolution à la diversité du vivant’ a pour objectif de faire comprendre et maîtriser des notions et mécanismes évolutifs complexes à l'origine de la biodiversité, tels que la théorie des jeux, la fitness inclusive ou l'évolution du sexe et de la reproduction.

$Savoir-faire$ Comprendre les processus micro- et macro-évolutifs à l’origine de la biodiversité

$Connaissances$ Sélection naturelle et adaptations, principaux modèles en écologie évolutive


$Contenu de l’UE$ Amener les étudiants à réfléchir sur les différentes modalités évolutives produisant la diversité du vivant par différentes approches :

$Pré-requis$ Connaissances en biologie et écologie générale, en génétique




NA

Volumes horaires

CM TD TP/sorties

17 13 0/0




7


Code UE BE15 Ancien code UE SB5 a b c

Intitulé UE*$ Méthodes en Ecologie

Responsable*$ E. Franquet ; S. Gachet






AA3 CT2 (5%), AA5 CT2 (40%), AA6 CT2 (10%), AA7 CT2 (5%), AA1 CT3 (5%), AA2 CT3 (30%), AA4 CT3 (5%)


$Objectifs de l’UE$ Etre capable d'établir et de suivre un protocole d’échantillonnage et de quantification des populations et communautés animales, végétales et microbiennes terrestres et aquatiques, et d'en interpréter les résultats.

$Savoir-faire$ Mettre en oeuvre les différentes techniques actuelles d’échantillonnage des êtres vivants, d’analyses des propriétés physicochimiques et biologiques des habitats. Rédiger un compte-rendu scientifique.

$Connaissances$ Connaître les différentes méthodes et techniques d’échantillonnage et de quantification des populations et communautés animales, végétales et microbiennes terrestres et aquatiques et décrire leur biotope.


$Contenu de l’UE$

INTRO / Formuler une problématique de manière étayée et précise / Identifier un ensemble d'hypothèses / Conduire une expérience en conditions contrôlées / Concevoir une stratégie et un plan d'échantillonnage / Géoréférencer une parcelle d'étude / Quantifier les paramètres géographiques (pente, distance à la mer, altitude, orientation...) / Quantifier les paramètres climatiques d'un milieu (température air et sol, humidité air et sol, précipitation, vent…) / Calcul d'une aire minimale et délimiter une aire d'échantillonnage / Savoir rédiger une fiche de terrain / Organiser les données / Rédiger un rapport / FAUNE / Mettre en œuvre les méthodes nécessaires pour réaliser un inventaire biologique aquatique / Réaliser un inventaire des arthropodes terrestres / Mesurer la taille d'une population animale (CMR, point d'écoute…) / FLORE / Réaliser un inventaire floristique et estimer le recouvrement végétal /abondance relative des espèces / Estimer la biomasse du peuplement, d'une communauté /population végétale / Estimer la dynamique et la structure d'une population/communauté végétale (variabilités morphométriques et biométriques intra et interspécifiques = traits) / SOL / Décrire un profil de sol et identifier le type de sol / Quantifier une activité microbienne / Quantifier les propriétés physico-chimiques du sol (Estimer la dynamique et la structure d'une population/communauté animale édaphique

$Pré-requis$ Bases d'écologie et de pédologie, biologie des populations




Chaîne de l'Etoile

Volumes horaires

CM TD TP/sorties

16 26 12/6




8



Intitulé UE*$ Des populations aux communautés

Responsable*$ B. Geslin ; G. Nève






AA4 CT3 25% - AA1CT1 25% - AA1 CF Bioeffect 25% -AA2 CT1 – 25M%


$Objectifs de l’UE$ Comprendre et décrire la structure et le fonctionnement des populations, métapopulations, communautés, métacommunautés au sein des écosystèmes.

$Savoir-faire$ Génétique – modélisation – indices de description – modèles de métapopulations et métacommunautés

$Connaissances$ Fonctionnement des écosystèmes , traits fonctionnels, structure des populations et communautés, niche écologique


$Contenu de l’UE$

La construction de la niche écologique ; La génétique des communautés ; Le modèle BAM ; Structure des communautés et Indices ; Les indices de diversité - Nombre de Hill ; Les perturbations anthropiques et leurs impacts sur les communautés ; Les métapopulations ; Les métapopulations – TD ; Traits fonctionnels à l'échelle des communautés ; Vers les métacommunautés

$Pré-requis$ Connaissance de base en écologie des populations et des communautés.




NA

Volumes horaires

CM TD TP/sorties

20 10 0/0




9

Première année, Semestre 2


10


Code UE BE21 Ancien code UE SB1 – Ecole de terrain

Intitulé UE*$ Ecologie numérique

Responsable*$ E. Meineri ; F. Torre






AA5 CT3 50%; AA7 CT2 50%


$Objectifs de l’UE$ Maîtriser les outils de l’approche quantitative de l’étude des systèmes écologiques

$Savoir-faire$ Développement de modèles linéaires des systèmes écologiques sur la base de données observationnelles ou expérimentales

$Connaissances$ Conception et validation de modèles statistiques


$Contenu de l’UE$

1. Programmation sous R (fonctions, boucles …) 2. Bootstrapping, Jack-knifing et tests de permutation 3. Modèle linéaire généralisé 4. Analyse multivariée des données écologiques (ACP, AFC, RDA/CCA, RLQ …) 5. Stratégie d’échantillonnage (définition des intentions expérimentales en contexte de données d’observation ou de données proprement expérimentales) 6. Test de puissance (définition de la taille optimale de l’échantillon)

$Pré-requis$ Théorie de l’échantillonnage, estimation de paramètres de population statistique (intervalle de confiance, tests d’hypothèses sur la moyenne et la variance d’une population)




NA

Volumes horaires

CM TD TP/sorties

8 0 16/0




11


Code UE « Stage M1» Ancien code UE TC3

Intitulé UE*$ Stages M1

Responsable*$ A. Saatkamp ; H. Folzer ; B. Talon (référente CTES)






AA1 CT1 25%, AA2 CT1 25%, AA1 CT2 25%, AA1 CF Bioeffect 25%,


$Objectifs de l’UE$ Apprendre à conduire un projet scientifique de façon autonome sous encadrement d’un scientifique : rédiger et évaluer la faisabilité d’un projet ; rédiger une esquisse de projet ; conduire la recherche, analyser et synthétiser les résultats sous forme de rapport qui suit les conventions d’un article scientifique standard.

$Savoir-faire$ Savoir organiser son temps et évaluer la faisabilité d’un projet de recherche en écologie ; suivre les étapes d’un projet de façon autonome ; savoir rédiger des textes scientifiques

$Connaissances$ Connaissances sur la démarche scientifique ; savoir citer des travaux scientifiques ; savoir écrire des introduction, méthodes, résultats et discussions ; connaissances en statistiques pour analyser des données en écologie ; connaissances en informatique (word/R) connaissances en écologie


$Contenu de l’UE$

1) Recherche de sujet de stage en écologie ; 2) Réunion de cadrage pour le suivi du projet 3) Un TD sur les modalités de l’écriture de rapport (structure du rapport, consignes de rédaction, exemples d’écriture) 4) rendu d’un pré-projet à la fin du premier mois du stage 5) rendu d’un commentaire sur le pré-projet 6) rendu du rapport final 7) soutenance et retour sur le rapport réalisé ; il y a 5 h de TD en présentiel, les 27h restants x 2 groupes sont pour les encadrants à la hauteur d’une heure par étudiant encadré.

$Pré-requis$ connaissances en statistiques pour analyser des données en écologie ; connaissances en informatique (word/R) connaissances en écologie,





NA

Volumes horaires

CM TD TP/sorties

0 4 Durée totale de 2 mois




12


Code UE BF23 Ancien code UE SB3a

Intitulé UE*$ Approches rétrospectives de la diversité, des écosystèmes et des environnements

Responsable*$ V. Andrieu-Ponel ; F. Guiter



BEE>M1 Bioeffect Site d’enseignement principal*$ Saint Jérôme



AA1-CT1 30%, AA1-CT2 20%, AA5-CT4 10%, AA6-CT2 15%, AA1-CF-Bioeffect 25%



L’objectif de cette UE consiste à fournir aux étudiants une culture écologique qui intègre des échelles spatiales et temporelles variées grâce aux disciplines paléoécologiques. L’UE permet alors aux étudiants d’aborder les grandes problématiques de l’environnement (changements climatiques, anthropisation, crises de biodiversité…) en tenant compte des héritages quaternaires

$Savoir-faire$ Les étudiants doivent acquérir de bonnes capacités de synthèse, de mobilisation de leurs connaissances et ainsi nourrir une démarche critique et argumentée sur les problématiques développées dans l’UE

$Connaissances$ Les étudiants vont acquérir des connaissances complémentaires à celles développées dans le champ de « l’écologie classique », en tenant compte d’échelles temporelles plus vastes.


$Contenu de l’UE$

A travers des approches paléoécologiques et paléoenvironnementales multidisciplinaires, les enseignements de cette UE vont présenter plusieurs cas d’étude (1) de l’impact de la variabilité climatique passée sur la structuration des paysages et des patrons biogéographiques, (2) du rôle déterminant des activités humaines dans les trajectoires des écosystèmes continentaux. Ces approches reposeront sur des exemples marquants dans diverses régions du globe (Europe, Proche Orient, Méditerranée) qui seront abordées en cours magistraux mais également illustrés et travaillés en séances de travaux dirigés.

$Pré-requis$ Connaissances en écologie et géologie




NA

Volumes horaires

CM TD TP/sorties

30 10 0/0




13


Code UE BF21 Ancien code UE SB4e

Intitulé UE*$ Ecologie chimique

Responsable*$ C. Fernandez



BEE>M1 Bioeffect Site d’enseignement principal*$ Saint Charles





$Objectifs de l’UE$ L’objectif de ce cours est de donner les connaissances sur l’importance de la communication chimique dans les écosystèmes qu’elle soit inter organismes ou en réponse aux conditions environnementales et son implication dans le fonctionnement global des écosystèmes.

$Savoir-faire$ Mise en place d’expérimentation de mise en évidence d’interactions biotiques chimiques. Analyses de tests comportementaux liés à la communication chimique ; analyses cimiques simples des métabolites secondaires.

$Connaissances$ Présentation de l’écologie chimique. Voies de biosynthèse des molécules impliquées. Plant Secondary Metabolites (PSM) comme défenses chimiques. Interactions plante / plante. Interactions plante / insecte. Ecologie chimique marine. Phytoremédiation. Odeurs et sociétés.


$Contenu de l’UE$ Présentation de l’écologie chimique. Voies de biosynthèse des molécules impliquées. Plant Secondary Metabolites (PSM) comme défenses chimiques. Interactions plante / plante. Interactions plante / insecte. Ecologie chimique marine. Phytoremédiation. Odeurs et sociétés.

$Pré-requis$ Notions de bases en écologie





PN des Calanques

Volumes horaires

CM TD TP/sorties

0 20 8/6




14


Code UE BF22 Ancien code UE new

Intitulé UE*$ Ecologie Comportementale et Interactions Biotiques

Responsable*$ N. Kaldonski ; B. Geslin






AA1 CT1 25%, AA2 CT1 25%, AA1 CT2 25%, AA1 CF Bioeffect 25%



L’UE ‘Ecologie comportementale et interactions biotiques’ se structure en deux parties: l'une aborde des notions avancées liées à la prise de décisions des animaux et traitera nottament des méthodes d'analyses comportementales que de l'intelligence et la motivation, l'autre se penchera sur les concepts avancés dans le domaine des interactions biotiques tels que le passage de la symbiose à l'antagonisme ou encore la notion de réseaux d'interactions en écologie. Les étudiants auront ainsi des bases solides quant à la compréhension fine des mécanismes comportementaux et des interactions biotiques.

$Savoir-faire$ Maîtrise des processus avancés intervenant dans la prise de décision des animaux et les concepts actuels qui décrivent et expliquent les interactions entre organismes

$Connaissances$ Analyse comportementale. Cognition et intelligence animale. Eusocialité. Réseaux d’interaction. Théorie des graphes.


$Contenu de l’UE$

Tester des hypothèses en écologie comportementale ; cognition et intelligence animale ; prise de décision et motivation ; soins parentaux ; eusocialité avancée ; outils et leur utilisation ; du phénotype étendu à la manipulation comportementale. / De la symbiose à l’antagonisme ; la notion de réseaux d’interactions en écologie ; la théorie des graphes et ses applications ; TD sous R Package Bipartite ; sortie terrain mutualisée

$Pré-requis$ Connaissances de base en biologie, en écologie et en évolution




Sainte Victoire

Volumes horaires

CM TD TP/sorties

29 3 0/8




15


Code UE BF25 Ancien code UE SB2a

Intitulé UE*$ Le sol vivant

Responsable*$ R. Gros ; T. Gauquelin






AA1 CT1 30%, AA1 CT2 30%, AA6 CT2 20%, AA1 CF Bioeffect 20%



Les services éco-systémiques rendus par les sols sont supportés par de nombreuses fonctions exercées elles-mêmes par des organismes diversifiés, abondants et actifs. Un sol contient plusieurs milliers d’espèces animales et plusieurs dizaines à plusieurs centaines de milliers d’espèces bactériennes et de champignons. Le climat, le relief, la nature du sous-sol, la végétation… sont autant de facteurs dont les variations conditionnent les équilibres dynamiques entre cette biodiversité et la stabilité des fonctions telles que la décomposition de la matière organique. De bonnes bases en écologie des sols sont indispensables pour aborder les questions relatives à l’importance de cette interface continentale dans le fonctionnement global des écosystèmes et aux conséquences des dérèglements actuels sur la pérennité de ces fonctions. L’UE ‘Le sol vivant’ propose de donner ces bases et de développer leur application en écologie scientifique et pour la gestion des écosystèmes.

$Savoir-faire$ Décrire la biodiversité du sol et son rôle dans les fonctions écologiques majeures supportées par cette interface

$Connaissances$ Biodiversité, stratégies adaptatives des organismes du sol et domaines fonctionnels


$Contenu de l’UE$

Les thèmes suivant seront abordés : 1) Les sols au cœur des grands enjeux environnementaux, 2) Le sol comme habitat, 3) La biodiversité du sol et ses fonctions, 4) Les ingénieurs du sol, 5) Les facteurs structurant la biodiversité du sol, 6) La biogéographie de la biodiversité du sol, 7) Feedback sol-végétation, 8) La décomposition des matières organiques et la formation des humus.

$Pré-requis$ Connaissances en taxonomie animale et microbienne, bases de pédologie chimique et physique




NA

Volumes horaires

CM TD TP/sorties

22 8 0/0




16


Code UE BF24 Ancien code UE Sb6a

Intitulé UE*$ Structure et dynamique du paysage

Responsable*$ B. Geslin






AA2 CT3 25%, AA6 CT2 25% AA1 CF Bioeffect 25% - AA3 CT2 25%


$Objectifs de l’UE$ Maîtriser les concepts et les outils de l’écologie du paysage. Approcher la notion de paysage via son histoire - les concepts, la cartographie, l’observation et le terrain. Connaître les domaines d’utilisation et se sensibiliser à la bibliographie sur le sujet

$Savoir-faire$ Definir un paysage, le cartographier, maîtriser les indices paysagers – être capable de maîtriser les outils pour la mise en place de trame verte et bleue – appréhender l’histoire d’un paysage

$Connaissances$ Ecologie du paysage – corridors – Trame verte et bleue – Fragstat - anthracologie – aménagement à l’échelle


$Contenu de l’UE$

Cette UE commence par introduire le concept de paysage aux étudiants en insistant sur la notion d’échelles d’intégrations spatiales et temporelles. Le paysage est ici appréhendé via son histoire (anthracologie), son aspect sensible, sa cartographie (SIG, Fragstat) et le travail de terrain (gradients paysagers). Les notions de quantification paysagère, de fragmentation, d’hétérogénéité spatiale sont abordées et développées.

$Pré-requis$ Les prérequis indispensables sont les bases en écologie des populations et des communautés. Un background statistique est un plus.




Sainte Victoire

Volumes horaires

CM TD TP/sorties

22 0 0/8




17


Code UE BA25 Ancien code UE Sb4c

Intitulé UE*$ Analyses spatiales et SIG en écologie

Responsable*$ A. Leriche



BEE>M1 Gabi Site d’enseignement principal*$ Europôle de l'Arbois

Semestre*$ Semestre 2 Autre(s) site(s) éventuel(s)


AA7 CT2 10% ; AA6 CT3 90%



Ce module a pour objectif de fournir aux participants les connaissances pratiques approfondies nécessaires à la gestion, l'analyse et la cartographie des données spatiales qu'ils sont susceptibles de collecter dans le cadre de leurs stages, futures recherches ou projets professionnels. Les objectifs de cette UE sont donc 1) de consolider les connaissances acquises dans l’UE SIG du portail du master sur la manipulation des différents types de données, les systèmes de coordonnées et les requêtes spatiales basiques, 2) de renforcer ces connaissances en appréhendant de nouveaux outils d’analyses spatiales et 3) de rendre les étudiants autonomes pour identifier une chaîne de traitement SIG en réponse à une problématique écologique, et ce depuis l’acquisition des données à la restitution, en passant par l’analyse spatiale des données.

$Savoir-faire$ Maîtrise et pratique des outils courants de SIG ; Chaîne de traitement SIG ; Analyses spatiales ; Stratégie d’échantillonnage, format d’échanges et import/export ; Utlisation de GPS

$Connaissances$ Système d’Information Géographique (SIG) ; Logiciel QGis© ; Logiciel ARCGIS©


$Contenu de l’UE$

L’UE se déroulera sous la forme d’un projet, permettant aux étudiants de développer les étapes d’une chaîne de traitement SIG comprenant notamment la spatialisation d’un protocole d’échantillonnage, de la vectorisation et du géoréférencement, de l’acquisition de données sur le terrain à l’aide de GPS, de la conversion de formats de données, des requêtes spatiales et attributaires et de la restitution cartographique

$Pré-requis$ Maîtrise de l’outil informatique ; bases de SIG équivalentes au contenu de l’UE SIG du portail




NA

Volumes horaires

CM TD TP/sorties

0 0 40/0


100 % CC $% Examen Terminal$ 0% ET


18


Code UE BA21 Ancien code UE SB2c

Intitulé UE*$ Conservation : approche évolutive, fonctionnelle et biogéographique

Responsable*$ F. Médail ; S. Gachet



BEE>M1 Gabi Site d’enseignement principal*$ Europôle de l'Arbois

Semestre*$ Semestre 2 Autre(s) site(s) éventuel(s) Saint Jérôme


AA1 CT1 30 % ; AA3 CT1 20 % ; AA3CT2 15% ; AA5CT2 15% ; AA7CT2 10%; AA4CT3 10%


$Objectifs de l’UE$ Cette UE vise a fournir les éléments théoriques et appliquées nécessaires aux approches biologiques et écologiques développées dans les sciences de la conservation

$Savoir-faire$ Eléments de diagnostic et de conduite d’opérations en biologie de la conservation

$Connaissances$ Connaissances nécessaires en écologie, biologie et génétique des populations, biogéographie, biostatistiques ; connaissances naturalistes souhaitables


$Contenu de l’UE$

Cette UE vise à discuter des facteurs de forçages à l’origine de l’altération de la biodiversité et à présenter les diverses approches nécessaires pour conduire des opérations de conservation de la biodiversité. Elle comprend les volets suivants : la biologie de la conservation, une discipline de crise ; approches de conservation biogéographique, évolutive et fonctionnelle ; facteurs de forçages (altérations des habitats et des ressources) ; invasions biologiques et réactions en chaîne

$Pré-requis$ Maîtrise des concepts en écologie des communautés, biogéographie, biologie et génétique des populations




PN des Calanques et plaine des Maures

Volumes horaires

CM TD TP/sorties

24 2 0/14




19


Code UE BA22 Ancien code UE Sb2d

Intitulé UE*$ Droit de l'environnement

Responsable*$ S. Gachet



BEE>M1 Gabi Site d’enseignement principal*$ Saint Jérôme



AA2 CF GABI


$Objectifs de l’UE$ Connaître les principales instances et directives environnementales en France et à l'international, ainsi que les outils juridiques de conservation et protection des espèces et des espaces.

$Savoir-faire$ Analyser une situation réelle et requérant réponse juridique argumentée

$Connaissances$ - Instances et réseaux de l'environnement en France, en Europe et dans le monde


$Contenu de l’UE$

Règlementation générale de la protection des espaces naturels (M. Bordonneau) / Protection spécifique de certains espaces particuliers (forêts, montagne, littoral) (M. Bordonneau) / Droit applicable aux énergies renuovelables (C. Bernard) / Acteurs et principes du droit de l'environnement (S. Bourges) / Planification environnementale (schémas nationaux, régionaux, collectivités) (S. Bourges) / Droit des espèces protégées au niveau interational, européen et national (2h CM + 2h TD) (N. Chaudon) / Planification et gestion des milieux aquatiques : SDAGE, SAGE, contrats de milieu (baie, rivière, delta), cas pratiques (M. Bordonneau, V. Desagher et N. Metsu)

$Pré-requis$ Cliquez ici pour entrer du texte.




NA

Volumes horaires

CM TD TP/sorties

18 2 0/0




20


Code UE BA23 Ancien code UE new

Intitulé UE*$ Génétique de la Conservation

Responsable*$ G. Nève; A. Baumel




Semestre*$ Semestre 2 Autre(s) site(s) éventuel(s) Station Marine d’Endoume


AA1 CT1 : 25%, AA2 CT1 : 15%, AA8 CT2 : 20%, AA5 CT3 :20%, AA1 CF Gabi : 20%


$Objectifs de l’UE$ Recruter et dynamiser les connaissances de la génétique des populations sensu lato pour leur application en biologie de la conservation

$Savoir-faire$ Identifier les processus clés d’une phénomène pour le modéliser, utiliser les outils informatiques pour l’analyse et la modélisation, réaliser une présentation écrite et graphiques des résultats

$Connaissances$ Génétique des populations, Biologie évolutive et Biologie de la conservation


$Contenu de l’UE$

L’unité d’enseigment « Génétique de la conservation » vise à initier les étudiants à une réflexion sur le rôle des phénomènes évolutifs dans la vulnérabilité des populations. L’unité s’organisera en trois chapitres essentiels visant à organiser les connaissances issues de la génétique des populations et de la biologie évolutive pour les recruter lors de travaux dirigés de type miniprojets de modélisation. Les grands thèmes abordés seront : (1) Ecart à la population théorique et problème des petites populations, (2) Flux de gènes et échanges génétique, (3) Rôle de la diversité génétique dans les processus de réponse au changement environnemental. Les trois thèmes enseignés seront structuré sous forme de trois ateliers composé d’un minicours, de la présentation d’une biliographie à lire pour préparer un travail en groupe d’analyse et/ou de modélisation sur ordinateur qui fera l’objet d’un rapport.

$Pré-requis$ Génétique des populations, Biologie évolutive




NA

Volumes horaires

CM TD TP/sorties

6 6 18/0




21


Code UE BA24 Ancien code UE SB3b

Intitulé UE*$ Intégrité et restauration écologique

Responsable*$ R. Gros






AA1 CT1 30%, AA2 CT1 30%, AA3 CT1 20%, AA1 CT2 10%, AA1 CF Ecotech 10%



L’UE ‘Intégrité et restauration écologique’ vise l’acquisition des connaissances fondamentales et opérationnelles dans les domaines de la vulnérabilité des écosystèmes et de la restauration écologique. Les étudiants maîtriseront les grands principes de l’évaluation de la qualité des milieux naturels et anthropisés, et pourront analyser différents plans et méthodes de restauration

$Savoir-faire$ Maîtriser les grands principes de l’évaluation de la qualité des milieux naturels et anthropisés ; Identifier et caractériser un écosystème de référence ; Identifier les besoins de recherche et construire une expérimentation en restauration écologique ; Proposer des plans de restauration adaptés à des configurations variées.

$Connaissances$ Notions de perturbation, stabilité, résilience, transitions catastrophiques, IDH, vulnérabilité, filtres, restauration, réhabilitation, écologie de la restauration, génie pédologique…


$Contenu de l’UE$

Au sens strict, la restauration écologique permet de réparer les écosystèmes que les activités humaines ont détruits ou endommagés. Elle initie ou accélère le rétablissement de la composition spécifique, de la structure communautaire, ou encore du fonctionnement écologique d'un écosystème antérieur. La restauration écologique fait donc appel au génie écologique et nécessite une bonne connaissance de l’écologie fonctionnelle et évolutive des écosystème ciblés. L’UE vise l’acquisition des connaissances fondamentales et opérationnelles dans le domaine de la restauration écologique. Les étudiants maîtriseront les grands principes de l’évaluation de la qualité des milieux naturels et anthropisés, et pourront proposer des plans de restauration adaptés à des configurations variées. Les thèmes abordés sont : 1) Fonctionnement et intégrité des écosystèmes ; 2) surveillance et indicateurs ; 3) Restauration écologique : histoire, objectifs, dynamique écologique, trajectoires de référence ; 4) Réintroduction et renforcements de populations ; 5) Restauration des sols - Restauration des écosystèmes ; 6) Etudes de cas (Restauration des Coussouls, du Cassaïre, des sols alpins…)."

$Pré-requis$ Ecologie évolutive, Ecologie végétale, Sciences du sol

$Type de pédagogie*$



Coussouls de Crau et Cassaïre de Camargue

Volumes horaires

CM TD TP/sorties

16 8 0/16




22


Code UE BG25 Ancien code UE new

Intitulé UE*$ Atelier de paysage et nature en ville

Responsable*$ J-N. Consales ; M. Deschamps-Cottin



BEE>M1 Ecogest Site d’enseignement principal*$ Saint Charles

Semestre*$ Semestre 2 Autre(s) site(s) éventuel(s) AIX ou Saint-Charles


AA2 CF ecogest 70%, AA3 CF ecogest 20%, AA1 CF ecogest 10%,



Dans cette UE, il s’agit, à travers le prisme des outils de l’urbanisme, de l’aménagement du territoire et de la planification de comprendre comment les territoires de l’urbain peuvent intégrer des éléments de biodiversité favorisant les fonctionnements écologiques (connectivité, fragmentation…) et, inversement, comment les espaces à caractère de nature peuvent participer du processus d’urbanisation. Il s’agit notamment de comprendre comment la nature, en général, et la biodiversité, intègrent les documents d’urbanisme et de planification (SRCE, SCOT, PLU étudiés notamment au travers des dispositifs Trame Verte et Bleue) afin de fournir, à la ville, des services écosystémiques. Sur le plan méthodologique, l’accent est mis sur des apports utilisant une approche éco-paysagère dans la compréhension et l'analyse des territoires par l'examen des dimensions sensibles, culturelles et objectives de l'espace (méthodes d'analyse éco-paysagère, croisement des échelles et des thèmes).

$Savoir-faire$ Observation du paysage- Croquis-Restitution par groupe du travail

$Connaissances$


$Contenu de l’UE$

Résolument transdisciplinaire, ce module s’organise sous la forme d’un workshop d’une semaine. Il a pour objectif d’interroger la manière dont sont prises en compte les différentes formes de natures urbaines dans la planification et l’urbanisme contemporains, à travers la notion intégratrice de paysage. Sur le fond, il s’articule sur une série de cours destinés à présenter les notions essentielles du système écologique urbain (écologique (Biodiversité quels espaces pour quelles espèces) afin de mieux comprendre leur intégration dans les documents de planification et d’urbanisme régionaux et locaux (SRCE, SCoT, PLU, etc.). Sur la forme, il propose une expérience d’arpentage de terrain destinée à réaliser, in situ, une lecture partagée d’un territoire retranscrite, in visu, par différents outils d’analyse paysagère (croquis, coupes, blocs diagrammes, etc.).


$Type de pédagogie*



NA

Volumes horaires

CM TD TP/sorties

6 18 0/0




23



Intitulé UE*$ Eaux et sols : gestion des risques

Responsable*$ E. Franquet ; C. Bertrand



BEE>M1 Ecogest Site d’enseignement principal*$ Saint Jérôme



AA5 CT4 : Intégrer les aspects pluri- et transdisciplinaires de l’écologie globale ; 40%, AA7 CT3 : Fournir une analyse numérique et graphique des données écologiques 30%, AA6 CT2 : Rédiger et présenter oralement un rapport, et/ou une note de synthèse,


$Objectifs de l’UE$ Appréhender dans leur globalité les potentialités écologiques des milieux aquatiques urbains. Etudes de cas en région PACA.

$Savoir-faire$ Analyse de données, compte rendu synthétique (sortie data), prélèvements hydrobiologiques et microbiologiques de terrain

$Connaissances$ Gestion des rivières et bassins versants urbains. Indicateurs de qualité des écosystèmes.


$Contenu de l’UE$

Introduction sur risques et évaluation : 3H CM, Risques crue en ville : 4H CM, Pollution des sols : 5HCM, Pollution des eaux (Usages, DCE, Indicateurs) : 8hCM--> Sortie terrain commune 4H, 6 H de TD : approche par problème. Un jeu de données sera fourni, les étudiants devront l’exploiter pour répondre à une question précise liées aux potentialités écologiques et à la gestion des rivières urbaines

$Pré-requis$ Ecologie, Microbiologie, statistique, dynamique des écosystèmes, base de la chimie de l’eau




La Duranne - Septèmes les vallons

Volumes horaires

CM TD TP/sorties

20 6 0/4




24



Intitulé UE*$ Ecologie des Systèmes Anthropisés

Responsable*$ M. Deschamps-Cottin ; B. Geslin



BEE>M1 Ecogest Site d’enseignement principal*$ Saint Jérôme

Semestre*$ Semestre 2 Autre(s) site(s) éventuel(s) Saint Charles


AA3 CT1 25% - AA6 CT2 25% - AA2 CT3 25% - AA1 CF Ecogest 25%


$Objectifs de l’UE$ Mettre en place les connaissances issues des théories en Ecologie du paysage aux écosystèmes urbains et périurbains. Connaître les acteurs du territoires. Appréhender un paysage via sa quantification mais également sur le terrain. Réaliser des comptes rendus structurés suite aux sorties terrains.

$Savoir-faire$ Cartographie – Indices paysagers – Identification des acteurs – analyse de terrain – rapport écrits et oraux

$Connaissances$ Ecologie des paysages urbains et peri-urbains. Trames vertes et bleues – pratiques de gestion à l’échelle de la métropole


$Contenu de l’UE$ Ecologie du Paysage - L'émergence d'une science ; Ecologie du Paysage - Généralités – Corridors ; Les indices Paysagers ; Trame verte et bleue ; Ecologie des paysages urbains ; Les acteurs du territoire ; Sortie terrain ; Restitution sorties

$Pré-requis$ Ecologie des communautés des écosystèmes, notion de gradient – intéraction biotique




Ville de Marseille

Volumes horaires

CM TD TP/sorties

12 12 0/16




25


Code UE BG24 Ancien code UE SB6e

Intitulé UE*$ Gestion et naturalité des systèmes écologiques

Responsable*$ B. Talon ; T. Gauquelin



BEE>M1 Ecogest Site d’enseignement principal*$ Saint Charles

Semestre*$ Semestre 2 Autre(s) site(s) éventuel(s) Saint Jérôme, CTES


AA2 CT3 20%, AA4 CT3 30 % AA2 CF Ecogest 30%


$Objectifs de l’UE$ Mettre en évidence le lien entre naturalité et biodiversité dans des systèmes écologiques soumis et non soumis à des mesures de gestion. Faire connaitre les différents acteurs et outils de gestion des espèces et espaces en territoires urbains et péri urbains.

$Savoir-faire$ Possession des savoirs et concepts essentiels dans les sciences écologiques, de l’aménagement et de la gestion du territoire, de l’environnement et des patrimoines naturels et culturels

$Connaissances$ Prise en compte de la dimension temporelle des processus écologiques. Richesses et vulnérabilités des socio écosystèmes (naturels et anthropisés).


$Contenu de l’UE$

Définition de la naturalité, d’un écosystème de référence. Evaluation de la biodiversité à différentes échelles de temps. Importance des perturbations et de la dimension économique (exploitation, gestion) sur la structure, la composition et la biodiversité des systèmes écologiques. Quelle gestion pour quelle biodiversité et quel usage du territoire ?

$Pré-requis$ Bases en écologie




PN des Calanques et PR Sainte Baume

Volumes horaires

CM TD TP/sorties

16 12 0/12




26



Intitulé UE*$ Biodiversités remarquables, invasives et ordinaires

Responsable*$ A. Saatkamp ; L. Affre



BEE>M1 Ecohest Site d’enseignement principal*$ Saint Jérôme





$Objectifs de l’UE$ Réflexion sur les fondements de l’évaluation de la biodiversité :

$Savoir-faire$ savoir évaluer la biodiversité selon des critères IUCN, d’invasion et commune

$Connaissances$ Caractéristiques et fonctionnement des invasions et de la régression d’espèces ; fonctionnement de changement de communautés après abandon d’utilisation de terres traditionnelles, eutrophisation de milieu terrestre.


$Contenu de l’UE$ A développer …

$Pré-requis$ Connaissances en écologie, biogéographie, écologie fonctionnelle et biologie des populations




PN des Calanques

Volumes horaires

CM TD TP/sorties

10 22 0/8




27


Code UE BT21 Ancien code UE Sb3c

Intitulé UE*$ Développement végétal et interactions microbiennes

Responsable*$ S. Criquet ; H. Folzer



BEE>M1 Ecotech Site d’enseignement principal*$ Saint Jérôme



AA1 CT1 (50%) ; AA2 CT1 (50 %)


$Objectifs de l’UE$ Disposer des connaissances solides sur le développement des végétaux et les interactions existant entre végétaux et microorganismes présents dans leur environnement, qu’elles soient bénéfiques (valorisables) ou dommageables

$Savoir-faire$ Savoir-faire théorique et pratique (échantillonnage et analyses en laboratoire)

$Connaissances$ Connaissances approfondies des interactions existant entre végétaux et microorganismes et comment les valoriser.


$Contenu de l’UE$

Cette UE traite des processus développementaux chez les végétaux et des interactions avec les microorganismes. Les points suivants seront ainsi abordés : développement des plantes et liens fonctionnels avec les microorganismes (racines, surface des feuilles, fleurs, fruits). Influence des microorganismes sur le développement et la morphogenèse végétale. Interactions symbiotiques et pathogènes plantes-microorganismes. Interactions métabolites secondaires-microorganismes et valorisation de la biomasse et de la biodiversité tant du point de vue de la biomasse végétale que des microorganismes. Sortie et échantillonnage de plantes sur le terrain (étang, garrigue). Travaux pratiques et analyses de laboratoire. Interactions plantes – microorganismes et impact sur le développement végétal. Biodiversité et valorisation de biomasses végétales.

$Pré-requis$ Bases en biologie végétale et en microbiologie




Pertuis et Côte Bleue

Volumes horaires

CM TD TP/sorties

23 0 9/8




28


Code UE BT22 Ancien code UE SB6f

Intitulé UE*$ Durabilité des socioécosystèmes

Responsable*$ L. Miche








$Objectifs de l’UE$ Acquis des pratiques agricoles extensives et des pratiques alternatives durables

$Savoir-faire$

$Connaissances$ Valorisation des interactions plante – microorganismes, divers agricultures : bio, paysannes, raisonnée, lutte intégrée


$Contenu de l’UE$ Pourquoi protéger les cultures/ histoire et problématiques de la protection chimique/ Définition de la durabilité et des différents types agriculture / luttes biologiques / OGM / selection variétale / induction de la resistance systémique / biofertilisation

$Pré-requis$ Connaissances en physiologie végétale, de l’écologie microbienne du sol et des interactions plante - microorganismes




NA

Volumes horaires

CM TD TP/sorties

24 6 0/0




29


Code UE BT23 Ancien code UE SB4 a et b

Intitulé UE*$ Ecophysiologie animale et végétale

Responsable*$ E. Franquet ; H. Folzer






AA1 CT1 : Démontrer une maîtrise des processus biologiques régissant le fonctionnement des organismes, des populations et des écosystèmes, ainsi que leur évolution 60 % ; AA2 CT1 : Démontrer une compréhension profonde et appliquer les connaissances de bas


$Objectifs de l’UE$ 20h Phy. Ani. : Comprendre et être capable d’étudier les réponses adaptatives des animaux aux variations environnementales ;

$Savoir-faire$ Synthétiser des articles scientifiques, exprimer des hypothèses et savoir y répondre en se basant sur la bibliographie, formaliser un exposé oral, travail en équipe

$Connaissances$ Réponses et adaptations de la faune à la vie en milieu salé et à la vie en milieux aquatiques temporaires. Traits Fonctionnels, notion de trade-off, phénotype élargi.


$Contenu de l’UE$

20h Phy A : Composante physiologique et écologique de l’adaptation des animaux. Stratégies de régulation osmotique des invertébrés aux vertébrés, prise en compte des mécanismes cellulaires et ioniques qui les soutendent. Application en milieux salés hyper variables et en milieux aquatiques temporaires ; 8h CM + 6h TD. Parasitologie environnementale (4H CM), Présentation orale : 3h TD. 20h PhyVeg : Notion de traits écologiques ( AS : 4hCM+2hTD) ; Plantes et pollution (ILS : 4hCM+2hTD) ; Plantes et milieux salés (HF : 4hCM+2hTD) ; TD de restition commun (AS/HF/ILS: 2h TD).

$Pré-requis$ Base de physiologie animale et végétale, base de l’écologie , base de l’évolution.




NA

Volumes horaires

CM TD TP/sorties

26 14 0




30


Code UE BT 24 Ancien code UE SB6g

Intitulé UE*$ Ecotechnologies et Valorisation des bioressources

Responsable*$ I. Laffont-Schwob ; A-M. Farnet Da Silva






AA1CF Ecotech (30%), AA3CF Ecotech (20%) AA4CF Ecotech (30%), AA5CF Ecotech (40%)


$Objectifs de l’UE$ Présentation des nouvelles écotechnologies et principaux domaines d’application. L’enseignement s’appuiera sur des exemples précis afin d’expliquer les processus écophysiologiques à la base de telles avancées.

$Savoir-faire$ Maîtriser les concepts liés à la valorisation des bioressources, savoir identifier des stratégies à proposer face à un système perturbé

$Connaissances$

Connaître les ressources écologiques et biologiques potentiellement utilisables afin de développer des procédés à impact plus limités sur l’environnement et plus particulièrement connaitre les mécanismes à différentes échelles (écosystèmes,communautés végétales et microbiennes) qui sous-tendent ces écotechnologies. Avoir une vision des verrous et leviers liés à leur émergence


$Contenu de l’UE$

Ecotechnologies : valorisation des bioressources sur sols contaminés et déchets (sous-produits agricoles et déchets ménagers), les écotechnologies dans le domaine agricole (biopesticides, permaculture, agroforesterie)- Valorisation de la biomasse : biomasse végétale comme la lignocellulose (ss produits de l’agricultures) pour la production d’énergie (bioéthanol seconde génération), de compost, de culture ou composés à haute valeur ajoutée (champignons comestibles, cosmétiques, composés pharmaceutiques) ; biomasse microbienne comme les microalgues : production d’éthanol, méthane, ressources nutritives pour l’aquaculture

$Pré-requis$ En L3 soit UE Ecophysiologie et adaptation animale et végétale, soit UE Ecologie microbienne, soit UE Ecotoxicologie-Effets des Perturbations de l’Environnement. Solides connaissances en écologie, physiologie végétale et microbiologie




PN des Calanques et Ville de Marseille

Volumes horaires

CM TD TP/sorties

14 8 0/8




31


Code UE BT25 Ancien code UE new

Intitulé UE*$ Surveillance et Santé Environnementales

Responsable*$ X. MOREAU



BEE>M1 Ecotech Site d’enseignement principal*$ Saint Charles



AA1 CT1 : 20% ; AA4 CT2 :10% ; AA3 CT2 : 10%; AA7 CT2 : 10% ; AA3 CF Ecotech : 25% ; AA4 CF Ecotech : 25%


$Objectifs de l’UE$ Comprendre les enjeux et la complexité de la contamination environnementale. Acquérir les concepts et des méthodes récentes de la biosurveillance pour une application à la santé environnementale et humaine.

$Savoir-faire$ Posséder les outils écotoxicologiques et écotechnologiques pour concevoir, réaliser et interpréter une analyse intégrative d’un socio-écosystème perturbé. Mobiliser les acquis pour promouvoir des démarches innovantes favorisant la préservation des ressources naturelles et le développement durable

$Connaissances$ Avoir une vision intégrative de la diversité des contaminants et de leurs effets sur la santé environnementale et humaine


$Contenu de l’UE$

Principaux toxiques de l’environnement et cas concrets d'atteintes à l'environnement et à la santé humaine (Minamata, Seveso, pollution du Rhône…). Indicateurs microbiens de la qualité de l’eau (indicateurs de contamination fécale, virus, parasites, phycotoxines, cyanotoxines…). Ecotoxicogénomique (transcriptomique, protéomique et métabolomique) - Biomarqueurs dans le diagnostic environnemental (Biomarqueurs de défense/dommage - toxicologie génétique). Ecotoxicologie aquatique. Biomarqueurs et bioindicateurs chez les végétaux terrestres soumis à des pollutions atmosphériques. Schémas conceptuels d’exposition et risques sanitaires.

$Pré-requis$ Bases en écotoxicologie et concernant les impacts biologiques des perturbations de l'environnement sur les organismes. Bases d’écophysiologie.




NA

Volumes horaires

CM TD TP/sorties

30 10 0




32

Deuxième année


33


Code UE BE31 Ancien code UE EE8a

Intitulé UE*$ Ecologie Globale - Ecoles de Terrain

Responsable*$ A. Millon ; V. Baldy ; M. Deschamps-Cottin ; I. Laffont-Schwob



BEE>BEE>M2 Gabi, Bioeffect, EcoGesT,Ecotech

Site d’enseignement principal*$ Saint Jérôme

Semestre*$ Semestre 3 Autre(s) site(s) éventuel(s) CTES (uniquement pour Bioeffect) ; Europôle de l’Arbois ; Saint-Charles; sorties


Compétences transverses 1-2-3-4


$Objectifs de l’UE$ Intégration de la démarche scientifique en écologie

$Savoir-faire$ Recherche bibliographique ; Définition d’une problématique scientifique originale (fondamentale ou appliquée) ; Elaboration d’une stratégie d’échantillonnage ; Mise en œuvre d’une collecte de données ; Analyses statistiques & interprétation des résultats ; Rédaction scientifique (anglais optionnel)


$Contenu de l’UE$

Cette UE a un double ojectif. Dans un premier temps, il sera proposé aux étudiant-e-s une mise en situation réelle permettant la mobilisation des principes d’une démarche scientifique pertinente, et son application dans un cadre de recherche appliquée en écologie. Le cœur de cette UE repose sur la mise en place, par les étudiants eux-mêmes, d’une collaboration avec une structure de gestion de l’environnement (e.g. Parcs Nationaux, Fondation Tour du Valat, Réserve Naturelle, Ville de Marseille, associations ...) ou une structure de recherche. Les étudiant-e-s vont co-construire, avec le gestionnaire ou le chercheur, une problématique de recherche appliquée ou fondamentale dès la rentrée en préparation à une école de terrain réalisé sur 5 jours. Au cours de celle-ci, les étudiant-e-s vont définir les objectifs spécifiques, la stratégie d’échantillonnage et assurer la collecte de données. Ces données ainsi récoltées fourniront la matière aux enseignements de statistique et modélisation dans le cadre d’autres UEs et la rédaction du rapport final constituera un fil rouge tout au long du S3. Dans un second temps, un atelier de rédaction scientifique sera proposé, en anglais ou en français selon le choix de l’étudiant-e.

$Pré-requis$ Principes de base en écologie ; Lecture de l’anglais scientifique ; Base rédactionnelle scientifique ; Appréhension de la démarche scientifique globale

$Type de pédagogie*




Ecoles de terrain à PN Marseille, PN Port Cros ou Sicile selon finalité

Volumes horaires

CM TD TP/sorties

4 16 0/40




34



Intitulé UE*$ Outils de professionnalisation en écologie




BEE>BEE>M2 Gabi, Bioeffect, EcoGesT,Ecotech

Site d’enseignement principal*$ Saint Charles

Semestre*$ Semestre 3 Autre(s) site(s) éventuel(s) Arbois - CTES


AA3 CT1 (30%), AA1 CT4 (30%), AA2 CT4 (10%), AA3 CT4 (20%), AA4 CT4 (10%)



recherche bliographique, atelier d’écriture, rédaction de projets dont des projets de doctorat, conduite de projets, connaissance des structures (organismes publics et privés, recherche, gestion de l’environement, bureaux d’études, Parcs), rédaction de réponses à des appels d’offres, marchés publics, faire un budget, mener une réunion.


$Contenu de l’UE$

recherche bliographique, atelier d’écriture, rédaction de projets dont des projets de doctorat, conduite de projets, connaissance des structures (organismes publics et privés, recherche, gestion de l’environement, bureaux d’études, Parcs), rédaction de réponses à des appels d’offres, marchés publics, faire un budget, mener une réunion.





NA

Volumes horaires

CM TD TP/sorties

10 12 0/0




42


Code UE BA31 Ancien code UE EE7

Intitulé UE*$ Droit de l'environnement et ERC

Responsable*$ A. Millon ; Magali Deschamps-Cottin ; Isabelle Laffont-Schwob



BEE>M2 Gabi, Ecogest, Ecotech Site d’enseignement principal*$ Saint charles

Semestre*$ Semestre 3 Autre(s) site(s) éventuel(s) Arbois


AA2 CT4 20%, AA3 CT4 40%, AA4 CT4 20%, AA5 CT4 20%



Cette UE propose de donner des éléments de contexte et de compréhension aux étudiants concernant le montage ou le suivi de dossiers ERC, ICPE etc…. sur les plans juridiques et administratifs. L’étudiant sera mis face à des situations concrètes via un jeu des cours théoriques et un jeu de rôle pour le diagnostic et l’analyse de projets.

$Savoir-faire$ Etre apte à comprendre un document de droit de l’environnement et en connaitre ses implications

$Connaissances$ Bases pratiques de droit de l’environnement


$Contenu de l’UE$

Législation et règlements relatifs aux diagnostics environnementaux et aux documents de gestion (Droit industriel appliqué à la biodiversité ; Droit de la planification de l’eau : SDAGE, SAGE, Contrats de milieux, aspects législatifs et réglementaires), PLU PLUI. ERC (sous forme de jeu de rôle) : réalisation du volet nature complet d'une étude d’impact, contextualisation, bibliographie, définition de protocoles, inventaires/diagnostic sur une zone d’étude, analyse des impacts, définition de mesures, cas particuliers, concertation avec porteurs de projet, services de l’Etat et autres acteurs locaux (en collaboration avec des professionnels)

$Pré-requis$ Bases en biodiversité et notions de protection des espèces et des espaces




Arbois

Volumes horaires

CM TD TP/sorties

15 12 0/3




42


Code UE BA32 Ancien code UE SB10

Intitulé UE*$ Modélisation appliquée des systèmes écologiques

Responsable*$



BEE>BEE>M2 Gabi, Bioeffect Site d’enseignement principal*$ Europôle de l'Arbois



AA1 CF GABi 30% ; AA3 CF GABi 70% ; AA4 CF GABi 20% ; AA1 CF Bioeffect 20% ; AA3 CF Bioeffect 50% ; AA4 CF Bioeffect 20% ; AA5 CF Bioeffect 20% ; Compétences transverses 1-2-4


$Objectifs de l’UE$ Développer des compétences de modélisation des systèmes écologiques via une approche pluri-disciplinaire

$Savoir-faire$ Analyses statistiques et Modélisation des relations écologiques ; Paléoécologie ; Phylogéographie ; Modélisation de distribution d'espèce ; Viabilité de population, analyse démo-génétique

$Connaissances$ Génétique des populations ; Démographie ; Ecologie fonctionnelle; Paléo-écologie ; Phylogéographie


$Contenu de l’UE$

Cette UE se découpe en deux parties distinctes, l'une portant sur l'acquisition de compétences avancées en modélisation des systèmes écologiques (modèles linéaires généralisés avec effets aléatoires pour tenir compte e.g. de mesures répétées sur un même individu, de l'autocorrélation spatiale ou de l'autocorrélation temporelle ; modèles additifs généralisés ; modèles hiérarchiques ; modèles d'équations structurelles) et l'autre sur la conduite de deux mini-projets de recherche pluri-disciplinaires à choisir parmi les quatre propositions suivantes : 1) Gestion des espèces invasives ; 2) Ecogéochimie : une rupture conceptuelle pour renouveler la science des écosystèmes ; 3) Distribution d'espèces - phylogéographie - paléo-écologie ; Approche démo-génétique de la viabilité des populations. Deux à 4 heures de CM présentant la théorie relative à chacun des sujets sont accessibles à l'ensemble des étudiants.

$Pré-requis$ Principes de base en écologie ; Statistiques




NA

Volumes horaires

CM TD TP/sorties

12 0 48/0




42


Code UE BF31 Ancien code UE SB8a et b

Intitulé UE*$ Biogéographie, passé et présent

Responsable*$ V. Andrieu-Ponel ; F. Médail



BEE>BEE>M2 Bioeffect Site d’enseignement principal*$ Europôle de l'Arbois

Semestre*$ Semestre 3 Autre(s) site(s) éventuel(s) ST Jérôme - CTES


AA1 CF Bioeffect 70% ; AA4 CF Bioeffect 30%


$Objectifs de l’UE$ Sensibiliser les étudiants à la notion d’héritages climatiques, biologiques, écologiques et géologiques dans la structuration, l’organisation et la diversité des paysages actuels

$Savoir-faire$ Savoir rédiger et s’exprimer oralement en français et en anglais

$Connaissances$ Etre ouvert à une approche interdisciplinaire, des SV aux ST aux SHS


$Contenu de l’UE$ Dynamique actuelle et passée des paysages eurasiatiques

$Pré-requis$ Connaissances en écologie, biologie et géologie




NA

Volumes horaires

CM TD TP/sorties

0 30 0




42



Intitulé UE*$ Fonctionnement des écosystèmes, changements globaux et services écosystémiques

Responsable*$



BEE>BEE>M2 Bioeffect Site d’enseignement principal*$ Saint Charles

Semestre*$ Semestre 3 Autre(s) site(s) éventuel(s) Saint Jérôme




$Objectifs de l’UE$ Processus écosystémiques, perturbations

$Savoir-faire$ Analyses statistiques adaptées à l'étude des processus fonctionnels ; mise en place de plans d'expériences adaptés à l'étude des processus

$Connaissances$ Ecologie fonctionnelle


$Contenu de l’UE$

L'objectif de cette UE est la connaissance du fonctionnement des écosystèmes. Il sera abordé par les flux de matière et d'énergie à travers les réseaux trophiques, le recyclage de la matière via l'étude des processus de remise à disposition des nutriments (cycles biogéochimiques). Il sera également abordé la notion de traits fonctionnels en écologie et les modèles mécanistes de changement d'aires de distribution des communautés incluant les successions végétales.

$Pré-requis$ Notions de bases en écologie ;




Garrigues et forêts expérimentales

Volumes horaires

CM TD TP/sorties

0 40 16/4




42



Intitulé UE*$ Interactions biotiques

Responsable*$ B. Geslin; A. Bousquet-Mélou



BEE>BEE>M2 Bioeffect Site d’enseignement principal*$ Saint Jérôme





$Objectifs de l’UE$ L’objectif de ce cours est d’approfondir les connaissances d’interaction inter et intra espèces et de développer les connaissances des nouveaux outils d’analyse des réseaux d’interaction

$Savoir-faire$ Analyses statistiques des réseaux d’interaction ; mise en place de plans d’expériences adaptés aux interactions biotiques

$Connaissances$ Connaissances approfondies dans les interactions biotiques


$Contenu de l’UE$ Réseaux d'interactions: Nouvelles méthodes d'analyses ; Symbioses dans les sols – approfondissement ; Interactions hôtes-Parsitoides ; Interactions faune sol ; Holobionte ; chimie des invasions

$Pré-requis$ Notions de bases en écologie ; UEs écologie chimique et Ecologie Comportementale et Interactions Biotiques




Montpellier

Volumes horaires

CM TD TP/sorties

0 24 0/6




42


Code UE BA34 Ancien code UE EE9a

Intitulé UE*$ Analyses Ecologiques Spatialisées

Responsable*$ A. Leriche



BEE>BEE>M2 Gabi Site d’enseignement principal*$ Europôle de l'Arbois



AA1 CF GABi : 50% ; AA3 CF GABi : 30% ; AA4 CF GABi : 20% ; compétences transverses 2-3-4



L’objectif de l’UE est de développer la compétence des étudiants à appliquer leurs connaissances pratiques et tecnhiques en écologie spatiale et SIG pour répondre à une problématique écologique de conservation ou de gestion. Ils seront, à l’issue de cet enseignement, capables de définir et appliquer une chaîne de traitement complète (définition des objectifs, obtention et traitement des données, analyses spatiales, restitution écrite et orale des résultats au mandataire) en lien avec une question écologique spatialisée.

$Savoir-faire$ Maîtrise et pratique des outils courants de SIG ; Capacité à appliquer les outils SIG aux problématiques d’expertise écologique et de gestion des milieux naturels et des espèces ; Chaîne de traitement SIG, de l'obtention des données écologique à la restitution au mandataire

$Connaissances$ Système d’Information Géographique (SIG) ; Logiciel ARCGIS© ; Logiciel QGIS©


$Contenu de l’UE$

Cette UE fonctionne sur la base de projets tutorés en collaboration avec des structures impliquées dans la gestion et la conservation de l’environnement. En groupe de 3-4, les étudiants réalisent le montage d'un projet SIG autour d’une problématique écologique co-construite avec les écologues gestionnaires, en définissant l’ensemble de la chaîne de traitement, depuis l'obtention des données à la restitution du projet aux commanditaires, en passant par la compréhension des données puis leur traitement et analyse.

$Pré-requis$ Equivalent du contenu de \ Analyses spatiales et SIG en écologie\""




NA

Volumes horaires

CM TD TP/sorties

4 0 26/0




42


Code UE BA35 Ancien code UE EE8a

Intitulé UE*$ Biologie de la Conservation et Gestion Adptative

Responsable*$ A. Millon






AA1 CF GABi 20% ; AA4CF GABi 20% ; AA5 CF GABi 60% ; Compétences transverses 1-2


$Objectifs de l’UE$ Initier les étudiants à la recherche appliquée en écologie et au transfert des résultats scientifiques vers la gestion

$Savoir-faire$ Analyse critique de résultats scientifiques ; Présentation orale ; Transfert des résultats de recherche vers la gestion ; Modélisation des systèmes écologiques

$Connaissances$ Culture générale en Biologie de la Conservation ; Principes de gestion adaptative appliquée à la préservation de la Biodiversité


$Contenu de l’UE$

Cette UE a pour objectif principal de former les étudiants au transfert des résultats de recherche vers le monde de la gestion dela Biodiversité. Elle repose sur les principes de la gestion adaptative, processus itératif intégrant de manière explicite des modalités de gestion alternatives dans le suivi des espèces et des espaces. En lien avec l’UE « Plan de Gestion et Réseau d’Acteurs », elle va permettre aux étudiant-e-s d’appréhender l’interface entre sciences et gestion, ainsi qu’entre sciences et citoyens. Cette UE est également en lien avec les enseignements de modélisation des données écologiques abordés dans l’UE « Modélisation Appliquée des Systèmes Ecologiques » et dans le TC « Ecologie Globale & Ecoles de Terrain ».

$Pré-requis$ Principes de base en biologie de la conservation ; Lecture de l’anglais scientifique




NA

Volumes horaires

CM TD TP/sorties

4 26 0/0




43


Code UE BA33 Ancien code UE EE8b

Intitulé UE*$ Réseau des acteurs de la Biodiversité – Plan de gestion

Responsable*$ A. Millon






AA2 CF GABi 80% ; AA4 CF GABI 20% ; AA5 CF GABi 25% ; Compétences transverses 2-3-4


$Objectifs de l’UE$ Rencontres avec les principaux acteurs de la gestion de la Biodiversité en France – Rédaction plan de gestion

$Savoir-faire$ Rédaction plan de gestion ; Interface recherche/gestion

$Connaissances$ Elaboration budget ; Recherche de financements ; Identification des parties-prenantes dans un contexte de gestion


$Contenu de l’UE$

Cette UE est structurée en deux parties. Dans un premier temps, un ensemble de professionnels de la gestion de la Biodiversité d’origines diverses (associatifs, espaces naturels protégés, bureaux d’études, institutions) proposent des interventions couvrant un large panel de disciplines et de modèles d’études : gestion des espèces invasives, gestion cynégétique, typologie des habitats, application de la modélisation à la conservation, politiques régionales, plans nationaux d'action, bases de données naturalistes, réseaux collaboratifs, systèmes d'entreprises etc. Il est plus particulièrement demandé à chaque intervenant de présenter des cas d’étude concrets relatifs à des programmes de conservation d’espèces, d’espaces ou d’écosystèmes et également de présenter sa structure et les modalités de recrutement au sein de celle-ci. Dans un second temps, une collaboration entre les étudiant-e-s et l’une des structures présentées dans le premier volet est mise en œuvre avec pour objectif la rédaction de tout ou partie d’un plan de gestion d’un espace naturel. Cette activité fait l’objet d’échanges réguliers avec la structure commanditaire ainsi quee d’une sortie sur l’espace à gérer.

$Pré-requis$ Principes de base en écologie ;




Fos-sur-Mer

Volumes horaires

CM TD TP/sorties

15 7 0/8




44



Intitulé UE*$ Ecologie urbaine

Responsable*$ M. Deschamps-Cottin



BEE>INGECO>M2 Ecogest Site d’enseignement principal*$ Saint Charles



AA1 CF Ecogest 20%, AA3 CF Ecogest 20%, AA5 CF Ecogest 20%, AA2 CT3 10%, AA1 CT2 10%, AA9 CT2 10%, AA6 CT2 10%,


$Objectifs de l’UE$ Comprendre et savoir analyser les enjeux de conservation de la biodiversité urbaine et periurbaine

$Savoir-faire$ Transposition des concepts de l’écologie dans les milieux très fortement urbanisés

$Connaissances$


$Contenu de l’UE$

Partie 1 : Historique : de Chicago jusqu’à aujourd’hui en France et ailleurs dans le monde.- Partie 2 : Notions d’écosystème(s) urbain(s) : au niveau climatique, artificialisation des sols.- Partie 3 : Transposition des concepts de l’écologie en milieu urbain.-Niche écologique, notion d’habitat, d’aire minimale, théorie de la perturbation, relation aire-espèce, insularité.- Partie 4 : Questionner les méthodes d’études en milieu urbain.-Partie 5 : Les grandes problématiques écologiques ( Connectivité et fragmentation des milieux, Espèces invasives, Homogénéisation biotique, Conservation.- Partie 6 : Les services écosystémiques : quels services sont associés à la nature en ville.- Partie 7 Métabolisme urbain, ville durable, villes du futur.

$Pré-requis$ Connaissance des grands concepts en écologie




NA

Volumes horaires

CM TD TP/sorties

18 12 0




45



Intitulé UE*$ Gestion de la biodiversité aux différentes échelles du territoire

Responsable*$ B. Geslin




Semestre*$ Semestre 3 Autre(s) site(s) éventuel(s) Saint-Jérome


AA1 CF Ecogest 20%, AA2 CF Ecogest 20%, AA4 CF Ecogest 20%, AA5 CF Ecogest 20%, AA1 CT4 10%, AA1 CT1 5%, AA2 CT4 5%


$Objectifs de l’UE$ Faire dialoguer écologues et acteurs du territoire pour la gestion concertée de la biodiversité des territoires fortements anthropisés

$Savoir-faire$ Acquérir des outils pour la gestion de la biodiversité et le dialogue avec les acteurs du territoire.

$Connaissances$


$Contenu de l’UE$

Introduction : Historique de la gestion de la biodiversité et regard à l’échelle mondiale- Partie 1 : Contexte et stratégies pour la Biodiversité -Partie 2 : Politiques d’aménagement (1/ Trames vertes, trames bleues, trames brunes, trames noires, trames bleu marine, coefficients de biotopes. 2/ Intégration de la biodiversité dans les politiques de Planification urbaine. 3/ Comment gérer les espèces protégées en ville.)-Partie 3 : Politiques de gestion (Code de l’arbre, Gestion différenciée, Permis de végétaliser...)-Partie 4 : Observatoires, indicateurs et dispositifs divers de suivis (Les différents observatoires avec leurs échelles, Sciences participatives, Espèces sentinelles, Indicateurs, indices… ).





Provence

Volumes horaires

CM TD TP/sorties

16 6 0/8




46



Intitulé UE*$ Sociologie des interactions Nature-Société en ville

Responsable*$ C. Barthélémy






AA2 CF Ecogest 25%, AA3 CF Ecogest 25%, AA4 CF Ecogest 20%, AA3 CT4 15%, AA2 CT4 15%



L’objectif de l’enseignement est double : connaître les principaux travaux réalisés en sociologie de l’environnement appliquée à la ville et appréhender les principales méthodologies utilisées dans le cadre d’une enquête sociologique. Les enseignements se partagent entre des enseignements théoriques et méthodologiques.

$Savoir-faire$ Appréhender les méthodologies d’enquêtes en sociologie

$Connaissances$


$Contenu de l’UE$

1- Sociologie et environnement urbain– 6 hs CM La place de l’environnement accompagne les projets urbains depuis longtemps. Il s’agira de retracer cette histoire à travers le questionnement qu’elle a suscité auprès des sociologues, de l’Ecole de Chicago au début du XXème siècle jusqu’aux débats récents au sujet de la ville durable. 2- L’action publique contemporaine en matière de nature urbaine : une conciliation difficile entre aménagement et « ménagement » de la nature – 2 hs CM & 4hs TD nous analyserons les actions publiques valorisant la nature en ville. Nous montrerons, à travers l’application de la Trame Verte et Bleue et la protection d’espèces remarquables, comment la prise en compte de la nature en ville reste difficile à réaliser. 3 – Les habitants et la nature en ville : représentations, pratiques et mobilisations sociales – 2 hs CM & 4hs TD A partir d’enquêtes réalisées dans la région marseillaise, nous étudierons les représentations et les pratiques des habitants de la nature en ville.. 4 – Environnement urbain et risques sanitaires - 12 hs CM Articulations entre problématiques environnementales et sanitaires au sein des espaces urbains. A partir de cas d'études concrets, il s'agira d'étudier la façon dont les politiques publiques, les professionnels de la ville et les habitants appréhendent les tensions et/ou complémentarités entre protection de la nature urbaine, qualité de vie et santé publique.


$Type de pédagogie*$



NA

Volumes horaires

CM TD TP/sorties

22 8 0




47



Intitulé UE*$ Ingénierie écologique

Responsable*$ I. Laffont-Schwob



BEE>INGECO>M2 Ecogest, Ecotech Site d’enseignement principal*$ Saint Charles

Semestre*$ Semestre 3 Autre(s) site(s) éventuel(s) Saint-Jérôme


AA1 CF Ecotech (50%), AA2 CF Ecotech (10%), AA3 CF Ecotech(10%), AA4 CF Ecotech (10%), CT4 (20%)


$Objectifs de l’UE$ Maitriser les concepts de gestion des milieux et de l’aménagement durable, adaptatif, multifonctionnel et basés sur les mécanismes qui gouvernent les systèmes écologiques

$Savoir-faire$ Savoir mobiliser ses connaissances en sciences écologiques en interaction avec les sciences humaines et sociales et les sciences de l’ingénieur

$Connaissances$


$Contenu de l’UE$

$Pré-requis$




PN des Calanques

Volumes horaires

CM TD TP/sorties

32 16 0/12




48



Intitulé UE*$ Bioremédiation

Responsable*$ S. Criquet



BEE>INGECO>M2 Ecotech Site d’enseignement principal*$ Saint Jérôme



AA1 CF Ecotech (100%)


$Objectifs de l’UE$ Acquérir des connaissances récentes et approfondies en matière de bioremédiation

$Savoir-faire$ Maîtrise des concepts récents de bioremédiation

$Connaissances$ Connaissances approfondies des bases fondamentales de la bioremédiation et de leur mise en pratique


$Contenu de l’UE$

Caractérisation des principaux polluants. Typologie des pollutions/contaminations. Devenir des contaminants inorganiques et organiques. Présence, disponibilité (mobilité) et biodisponibilité. Spéciation chimique et de fonctionnelle (bioaccumulation, phytodisponibilité, biodisponibilité pour l’homme). Notions de modèles mathématiques prédictifs de l’évolution de polluants. Interactions fonctionnelles polluants/microorganismes. Ecophysiologie microbienne, mécanismes cellulaires microbiens (bactériens et fongiques) de détoxification de polluants organiques (hydrocarbures aliphatiques et aromatiques, pesticides, polluants émergents) et inorganiques (métaux, métalloïdes) : biominéralisation, biotransformation, bioassimilation, bioaccumulation, biofiltration, cométabolisme. Valorisation des fonctions microbiennes et techniques de dépollution (in situ, hors sols, traitements de nappes etc.). Exemples de retours d’expériences de bioremédiation, en particulier de polluants récalcitrants à la biodégradation microbienne. Phytoremédiation et zooremédiation : avancées les plus récentes en bioremédiation faisant appel aux végétaux et aux animaux. Concepts de phytoremédiation, phytodégradation, phytoextraction, phytoaccumulation, phytostabilisation, phytovolatilisation, rhizodégradation, rhizofiltration. Valorisation de la biomasse animale en bioremédiation. Exemples de cas concrets de phytoremédiation (métaux, micro-polluants, etc.), de phytoépuration d’eaux usées, etc.

$Pré-requis$ Bases en biologie végétale, animale et en microbiologie




Cabriès

Volumes horaires

CM TD TP/sorties

23 21 0/16




49



Intitulé UE*$ Restauration, réhabilitation et intégration écologiques

Responsable*$ R. Gros



BEE>INGECO>M2 Ecotech Site d’enseignement principal*$ Saint Jérôme

Semestre*$ Semestre 3 Autre(s) site(s) éventuel(s) ST charles


AA2 CT1 10%, AA3 CT1 10%, AA1 CT4 10%, AA2 CT4 10%, AA3 CT4 10%, AA4 CT4 10%, AA5 CT4 10%, AA4 CF Ecotech 30%


$Objectifs de l’UE$ Comprendre et maîtriser les enjeux de l’intégration écologique dans les projet d’aménagement du territoire et proposer des solutions adaptées de réduction des impacts et/ou de restauration/réhabiliation de la biodiversité.

$Savoir-faire$ Conduire une reflexion collaborative pour construire un projet d’intégration/restauration écologique en tenant compte des différents acteurs ; Animer une réunion ; Identifier et caractériser un écosystème de référence ;

$Connaissances$ Restauration vs réhabilitation, séquence ERC, Etude de cas en intégration et réhabilitation écologique de centrale photovoltaïque, restauration des fonctionnalités des sols, d’une communauté végétale et des cours d’eau


$Contenu de l’UE$

L’introduction dans les réglementations et les politiques publiques d’obligations de réparation ou de reconquête de la biodiversité (séquence ERC, directives européennes…), ont incité le développement de l’intégration des enjeux environnementaux dans les projets d’aménagement du territoire et la généralisation des pratiques de réhabilitation et de restauration écologique. Deux grands thèmes seront abordés dans ce contexte : 1) l’aménagement des plans d’eau et des cours d’eau (Rhin, Marais des Palun, lacs alpins…) et 2) le développement des installations de captage des énergies renouvelables. A partir des projets d’aménagement du territoire réels et actuels, les enseignements fondamentaux fortement contextualités alterneront avec une pédagogie active. Ainsi, le thème n°1 sera traité par plusieurs intervenants fortement impliqués dans la recherche en écologie de la restauration. Le thème n°2 sera traité sous la forme d’une pédagogie de type ‘jeu de rôle’ en combinant 1 CM, 2 TD et une sortie sur le terrain pour permettre aux étudiants d’élaborer en situation complexe une démarche adaptée pour évaluer l’intégration et la restauration écologique d’une centrale photovoltaïque au sol.

$Pré-requis$ Ecologie évolutive, Ecologie fonctionnelle, Fonctionnement des hydrosystèmes, Bases de pédologie et d’écologie végétale



x Pédagogie active (jeu de rôle)


Roquefort des Corbières

Volumes horaires

CM TD TP/sorties

12 4 0/8




53


Code UE « Stage M2» Ancien code UE TC6

Intitulé UE*$ Stages M2




BEE>M2 Site d’enseignement principal*$ Tous sites



AA1 CT1 25%, AA2 CT1 25%, AA1 CT2 25%, AA1 CF Bioeffect 25%,


$Objectifs de l’UE$ Apprendre à conduire un projet scientifique de façon autonome sous encadrement d’un scientifique : rédiger et évaluer la faisabilité d’un projet ; rédiger une esquisse de projet ; conduire la recherche, analyser et synthétiser les résultats sous forme de rapport qui suit les conventions d’un article scientifique standard.

$Savoir-faire$ Savoir organiser son temps et évaluer la faisabilité d’un projet de recherche en écologie ; suivre les étapes d’un projet de façon autonome ; savoir rédiger des textes scientifiques

$Connaissances$ Connaissances sur la démarche scientifique ; savoir citer des travaux scientifiques ; savoir écrire des introduction, méthodes, résultats et discussions ; connaissances en statistiques pour analyser des données en écologie ; connaissances en informatique (word/R) connaissances en écologie


$Contenu de l’UE$

1) Recherche de sujet de stage en écologie ; 2) Réunion de cadrage pour le suivi du projet 3) Un TD sur les modalités de l’écriture de rapport (structure du rapport, consignes de rédaction, exemples d’écriture) 4) rendu d’un pré-projet à la fin du premier mois du stage 5) rendu d’un commentaire sur le pré-projet 6) rendu du rapport final 7) soutenance et retour sur le rapport réalisé ; il y a 5 h de TD en présentiel, les 27h restants x 2 groupes sont pour les encadrants à la hauteur d’une heure par étudiant encadré.

$Pré-requis$ connaissances en statistiques pour analyser des données en écologie ; connaissances en informatique (word/R) connaissances en écologie,





NA

Volumes horaires

CM TD TP/sorties

0 0 0




53

Tableau récapitulatif des compétences visées et acquis d’apprentissage

Code Compétences/acquis d'apprentissage mention BEE

Compétence transerse 1 Maîtriser les concepts et utiliser des savoirs scientifiques disciplinaires et transdisciplinaires permettant d'identifier et de répondre à des problématiques en sciences écologiques.

AA1 CT1 Démontrer une maîtrise des processus biologiques régissant le fonctionnement des organismes, des populations et des écosystèmes, ainsi que leur évolution

AA2 CT1 Démontrer une compréhension profonde et appliquer les connaissances de base en biologie et des domaines connexes essentiels pour l’écologie et l’évolution

AA3 CT1 Connaître les enjeux économiques, politiques et culturels relatifs à la gestion de la biodiversité et des habitats et mettre en œuvre une démarche d'écologie globale dans les projets d'aménagement durable du territoire

Compétence transerse 2 Développer une démarche scientifique pertinente pour produire des résultats originaux i.e. répondants aux enjeux actuels sur la biodiversité, sa conservation, son évolution, sa valorisation, et savoir communiquer en français et en anglais les connaissances acquises

AA1 CT2 Rechercher, trier et synthétiser la littérature scientifique pour en donner un avis critique et raisonné.

AA4 CT2 Formuler une problématique de manière étayée et précise

AA3 CT2 Identifier et formuler un ensemble pertinent d'hypothèses

AA5 CT2 Concevoir une stratégie d'échantillonnage (observations et/ou expérimentations), avec un niveau de réplication suffisant pour éprouver ces hypothèses et réaliser une analyse et une modélisation robuste des données

AA6 CT2 Rédiger et présenter oralement un rapport, et/ou une note de synthèse, et/ou un diaporama, consignant les résultats et leur interprétation.

AA7 CT2 Confronter les données observationnelles ou expérimentales aux hypothèses à l'aide des outils statistiques adéquats pour en tirer des interprétations/conclusions/critiques robustes

AA8 CT2 Comparer ses propres résultats avec la littérature et les confronter aux différentes théories scientifiques du domaine concerné.

AA9 CT2 Communiquer des connaissances scientifiques de base ou spécialisées de manière approfondie en français et en anglais

Compétence transerse 3 Maîtriser les méthodes d'évaluation des habitats, d'inventaires de la biodiversité et d'analyse des données écologiques

AA1 CT3 Réaliser un inventaire faune/flore

AA2 CT3 Décrire un biotope, un habitat, analyser un paysage et étudier les facteurs pédo-climatiques et hydrologiques structurant la biodiversité

AA3 CT3 Définir et quantifier les fonctions écologiques et services écosystémiques


53

AA4 CT3 Caractériser, mesurer et analyser les variations spatio-temporelles d’abondance des populations et de richesse des communautés

AA5 CT3 Maîtriser les outils statistiques uni- et multivariés pour l’analyse et la modélisation des systèmes biologiques

AA6 CT3 Maîtriser les Systèmes d’Information Géographique (SIG) dans leurs dimensions cartographique et analytique

AA7 CT3 Fournir une analyse numérique et graphique des données écologiques

Compétence transerse 4 Conduire et mener à bien, de façon individuelle ou collaborative, un projet scientifique dans le domaine de l'écologie.

AA1 CT4 Construire un projet dans le domaine de l’écologie

AA2 CT4 Identifier les ressources techniques et humaines disponibles pour conduire ce projet

AA3 CT4 Savoir organiser et gérer une mission de terrain avec les ressources identifiées

AA4 CT4 Animer les discussions, entreprendre pour assurer la progression et la finalisation du projet, gérer les conflits

AA5 CT4 Intégrer les aspects pluri- et transdisciplinaires de l’écologie globale

Compétence finalité Bioeffect Décrire, analyser et mesurer la dynamique de la biodiversité, les fonctions écologiques et les services écosystèmiques en concevant des projets scientifiques transdisciplaires et intégrés

AA1 CF Bioeffect Appliquer et intégrer les connaissances et concepts sur les théories sur la mise en place de la biodiversité et son évolution, et sur le fonctionnement des écosystèmes incluant la relation biodiversité-fonctionnement

AA2 CF Bioeffect Connaître le paysage et les acteurs de la recherche française, européenne et internationale ainsi que les acteurs institutionnels de la gestion écologiques des espaces naturels.

AA3 CF Bioeffect Posséder les outils et techniques numériques pour concevoir, réaliser et interpréter la structure et le fonctionnement des écosystèmes naturels et anthropisés.

AA4 CF Bioeffect Mobiliser les outils de communication pour publier les connaissances scientifiques acquises.

AA5 CF Bioeffect Appliquer les compétences acquises au cours du Master à un sujet de recherche original dans un environnement nouveau au sein d’une institution de recherche nationale ou internationale.

Compétence finalité Gabi Produire les évidences scientifiques nécessaires aux actions de préservation des espèces dans leurs habitats naturels et à la conservation de la biodiversité, en identifiant et en modélisant les processus écologiques et évolutifs, et en intégrant l'ensemble du réseau d'acteurs de l'environnement.

AA1 CF Gabi Appliquer et intégrer les concepts écologiques et évolutifs qui contrôle les dynamiques spatiales et temporelles des populations sauvages, animales comme végétales

AA2 CF Gabi Connaître le réseau d’acteurs de l’environnement, d’ordre associatif, privés & institutionnels) au niveau national comme international

AA3 CF Gabi Posséder les outils numériques et techniques pour concevoir, réaliser et interpréter une analyse intégratrice de l’état et de la dynamique d’un système biologique

AA4 CF Gabi Mobiliser les outils de communication scientifique pertinents pour promouvoir une gestion adaptative de la biodiversité


53

AA5 CF Gabi Appliquer les compétences acquises au cours du Master à la résolution d'une problématique relevant de la gestion adaptative d'une espèce ou à un sujet de recherche original au sein d’une institution de recherche nationale ou internationale.

Compétence finalité Ecogest Accompagner les politiques environnementales de gestion des espaces urbains et artificialisés en maîtrisant les enjeux de préservation de la biodiversité et en définissant, dans une approche interdisciplinaire, des méthodes d’aménagement, de gestion et de suivi écologique

AA1 CF Ecogest Appliquer et intégrer les déclinaisons des concepts écologiques aux milieux anthropisés et intégrer les particulartité de la dynamique de la biodiversité des territoires urbains et périurbains

AA2 CF Ecogest Connaître les différents acteurs et outils d'aménagement pour une gestion intégrative des territoires dans le cadre des politiques de planification,

AA3 CF Ecogest Posséder les outils techniques et numériques pour concevoir, réaliser et interpréter la structuration et les enjeux de préservation de la biodiversité propres aux espaces urbanisés ou anthropisés

AA4 CF Ecogest Mobiliser dans une approche pluridisciplinaire les outils et les réseaux d'acteurs pour promouvoir des méthodes d’aménagement et de gestion afin d’accompagner les politiques environnementales.

AA5 CF Ecogest Appliquer les compétences acquises pour développer un sujet de recherche fondamentale en écologie urbaine et gestion des territoires anthropisés

Compétence finalité Ecotech Concevoir, et assurer le suivi, des méthodes de réhabilitation écologique, de valorisation de la biodiversité et des bioressources en maîtrisant les enjeux du développement durable et les écotechnologies nécessaires à la dépollution des sols, des effluents et des eaux

AA1 CF Ecotech Appliquer et intégrer les concepts et pratiques en ingénierie écologique permettant de valoriser les bioressources et notamment de sélectionner ou favoriser les fonctionnalités remédiatrices ou épuratrices du vivant

AA2 CF Ecotech Connaître les différents acteurs et les réglementations pour une approche réaliste et intégrative

AA3 CF Ecotech Posséder les outils écotoxicologiques et écotechnologiques pour concevoir, réaliser et interpréter une analyse intégrative d’un socio-écosystème perturbé

AA4 CF Ecotech Mobiliser les acquis pour promouvoir des démarches innovantes favorisant la préservation des ressources naturelles et le développement durable

AA5 CF Ecotech Appliquer les compétences acquises au cours du Master pour résoudre une problématique relevant de l'ingénierie écologique ou à un sujet de recherche original au sein d’une institution de recherche nationale ou internationale.

BIODIVERSITE, ECOLOGIE, EVOLUTION Syllabus des parcours-type · gradients des facteurs abiotiques...

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