WIKWIO

Weed Identification and Knowledge in the Western Indian Ocean

Numériser un herbier

Arouna Seechurn & Azaad Gaungoo

Mauritius Sugarcane Industry Research Institute

Réduit- Maurice

(Septembre 2014)

1. Introduction

Les collections d'herbiers représentent une source importante d'information pour l'identification des espèces, et autres activités liées aux études botaniques. Les collections sont constituées de spécimens de plantes récoltés sur le terrain, étalés, séchés et montés sur des feuilles d'herbier selon une procédure précise pour référence future. Aujourd'hui, le référencement de spécimen d'herbier peut être fait par Internet à condition que les planches d’herbier aient été numérisées et mises en ligne. Cela représente de nombreux avantages et dépend en grande partie du processus de numérisation des spécimens végétaux afin d'avoir des images de haute qualité. Ceci peut être réalisé par un scanner à plat tel qu'il est utilisé à Kew Garden (Fig. 1A) ou par photographie L'objectif principal de ce travail est de mettre au point un protocole pour la numérisation d'un certain nombre d’échantillons d'herbier de l'Herbier de Maurice dans le cadre de l'identification des mauvaises herbes du projet WIKWIO – (http://www.wikwio.org). Le travail est coordonné par le Mauritius Sugarcane Industry Research Institute (MSIRI) sous la coordination du CIRAD à Montpellier, France.

Fig. 1. A. L'utilisation de scanner à plat pour la numérisation des échantillons d'herbier de Kew Garden (Source: http://apps.kew.org/herbcat/gotoHerbariumGrowthPage.do). B. Mise en place pour la photographie numérique des échantillons d'herbier 2. Protocole de numérisation à l’Herbier de Maurice avec un appareil photo numérique

Un support a été conçu afin d'éviter les erreurs de parallaxe lors de la prise de vue. La dimension du support est de 61 cm de longueur et 46 cm de largeur. L’épaisseur de la planche est de 3.25cm. Le support a été conçu comme le montre la figure 2 ci-dessous. Une bande en bois a été placée sur la planche avec une légère «courbe» à son extrémité. La bande de bois a été placée

A B

http://apps.kew.org/herbcat/gotoHerbariumGrowthPage.do

comme un cadre. Le support est placé sur une table de hauteur 1m17cm du niveau du sol.

Figure 2: Support pour placer les échantillons d’herbier

• Comme le montre la photo de la figure 3, une potence en métal verticale avec un bras horizontale mobile a été utilisée pour fixer l’appareil photo au-dessus de l’échantillon d’herbier. L'avantage de cette position est qu’il est facile de faire la mise au point afin d'obtenir de meilleures images.

Figure 3a: Installation complète

61 cm

46 cm

Potence mobile

Appareil photo

Support

Figure 3b: Installation pour la prise de vue d’échantillons d’herbier

• Un modèle d'appareil photo numérique Nikon P520 est utilisé. L’appareil est fixé au bras horizontal de la potence en son centre comme le montre la figure 3b et 4. La distance entre le support et le support est de 39 cm et la distance entre le niveau du centre de l'appareil photo et le support est de 33 cm. Un niveau à bulle, comme le montre la figure 4, a été utilisé pour vérifier l’horizontalité de l'appareil photo afin de le fixer à l'endroit approprié. Cela permet d’obtenir des images correctement centrées et de réduire un certain nombre d'erreurs de parallaxe. Le plan de l’installation est présenté en figure 5.

Figure 4: Appareil photo fixé au bras de la potence avec le niveau

Fig. 5 : Détails d’installation des différents composants pour la photographie numérique d’échantillons d’herbier à l’Herbier de Maurice.

33cm 39 cm

117cm

17 cm

Camera

table

board

Movable arm41 cm

• Lorsque la mise en place des équipements est terminée, placer l’échantillon d'herbier sur le support bien centré dans le cadre afin de s'assurer qu'il est conforme à la grille. Afin d'obtenir des images appropriées parcourir la liste des procédures et des espèces pour s'assurer que tout est conforme.

• Placer le guide Kodak de distinction des couleurs, niveaux de gris, et règle (figure 6)

Figure 5: Echantillon d’herbier avec le guide Kodak de distinction des couleurs

3. Résultats de la prise de vue

Nous pouvons constater sur une photo d’échantillon d’herbier prise sans l’installation (figure7a) qu'il y avait une importante erreur de parallaxe. Cela était lié à différents facteurs tels que le niveau de l’appareil photo et le support non vérifié. La quantité de lumière lors de la prise de vue était assez élevée.

o Le support est conçu comme une grille; l'échantillon doit être placé et aligné en conséquence afin que l’image soit parfaitement centrée. Le cadre de bois est placé sur l’échantillon afin d'éviter toute distorsion de l'image.

o La quantité de lumière a également été déterminée afin d'éviter tout éblouissement sur les photos.

o Les fichiers images sont enregistrés au format TIFF à haute résolution. Cette qualité de l'image permet aux utilisateurs de visualiser les données de l'étiquette de l’échantillon.

A B

Fig. 7. Améliorations de la qualité des prises de vue d’échantillons d’herbier. (photo B) après adoption de l’installation à l’Herbier de Maurice. Les erreurs de parallaxe (base, sommet et coin gauche de la photo A) ont été corrigés.

o ainsi que les détails morphologiques qui ne pouvaient autrement être accessibles qu’en regardant l'échantillon lui-même. L'image (Figure 5) est celle qui a été prise après la mise en œuvre du nouveau protocole. L'image est au format JPEG et n'a pas encore été convertis au format TIFF.

4. Conclusions

La mise en œuvre de cette installation et de ce protocole permet d'obtenir des images de bonne qualité en peu de temps. De plus, cela facilite une manipulation appropriée des échantillons d'herbier sans risque de dégradation.

5. Remerciements

Nous exprimons notre profonde gratitude au Ministère de l'agriculture pour nous avoir autorisé à accéder à l'Herbier de Maurice et pour avoir bénéficié de la collaboration du Dr Claudia Baider, de Kersle Pynee et de M. Steven de l'Herbier de Maurice que nous remercions pour leur aide et pour la fourniture des échantillons d'herbier.

Nous sommes également reconnaissants à Renga, Tajah et Sudhesh de la COWA Dept (MSIRI, MCIA) pour leur aide lors des séances de photographie.

1. Introduction2. Protocole de numérisation à l’Herbier de Maurice avec un appareil photo numérique3. Résultats de la prise de vue4. Conclusions5. Remerciements