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Gloor Ariane ICHV , laboratoire de bactériologie, Sion Travail de diplôme 2008-2009

ANTIFONGIGRAMME :

Evaluation de la carte AST-YSO1®

sur l’automateVitek2®

Responsable de Stage : Mme Lysiane Tissières Lovey

Comparaison de méthode de deux antifongigrammes : ATB FUNGUS3® et Carte Vitek AST-YS01®

Gloor Ariane 2/62 ICHV , laboratoire de bactériologie, Sion Travail de diplôme 2008-2009

Table des matières 1. Sommaire / Summary............................................................................................. 4 2. Généralités ............................................................................................................. 5

2.1 Bref historique ................................................................................................ 5

2.2 Caractéristiques générales ............................................................................ 6

2.3 Les Candida..................................................................................................... 7

2.3.1 Candida albicans ........................................................................................ 8 2.3.2 Candida tropicalis ..................................................................................... 10 2.3.3 Candida glabrata ...................................................................................... 10 2.3.4 Candida parapsilosis ................................................................................ 11 2.3.5 Candida krusei.......................................................................................... 11 2.3.6 Candida lusitaniae .................................................................................... 12 2.3.7 Candida kefyr ........................................................................................... 13 2.3.8 Candida guilliermondii .............................................................................. 13

2.4 Les Cryptococcus ......................................................................................... 14

2.4.1 Cryptococcus neoformans ........................................................................ 14

2.5 Épidémiologie ............................................................................................... 15

2.6 Clinique.......................................................................................................... 15

2.7 Diagnostic...................................................................................................... 18

2.7.1 Prélèvement ............................................................................................. 18 2.7.2 Examen direct .......................................................................................... 18 2.7.3 Culture...................................................................................................... 18 2.7.4 Identification ............................................................................................. 18 2.7.5 Antifongigramme ...................................................................................... 18

2.8 Traitements.................................................................................................... 18

3. Travail pratique......................................................................................................22

3.1 Introduction ................................................................................................... 22

3.2 Situation du travail dans son environnement ............................................ 22

3.3 Objectifs......................................................................................................... 22

3.4 Matériel et méthodologie.............................................................................. 23

3.4.1 Matériel..................................................................................................... 23 3.4.2 Présentation des techniques .................................................................... 24

3.4.2.1 ATB FUNGUS3®................................................................................ 24 3.4.2.2 Carte Vitek AST-YS01®..................................................................... 27



3.5 Analyse des résultats .................................................................................................. 30

3.5.1 Premiers essais et actions correctives ..................................................... 30 3.5.2 Explications des tableaux de résultats...................................................... 30

3.6 Tableaux des résultats ................................................................................. 31

3.7 Interprétation................................................................................................. 41

3.7.1 Pourcentages de concordance et discordance entre l’ATB FUNGUS3® et la Carte Vitek AST-YS01® ....................................................................... 41

3.7.2 Pourcentages de concordance et discordance entre nos résultats et ceux obtenus dans l’étude précédente ............................................................. 44

3.7.3 Reproductibilité......................................................................................... 44

3.8 Discussion..................................................................................................... 45

3.8.1 Avantages et inconvénients de l’ATB FUNGUS3® ................................... 45 3.8.2 Avantages et inconvénients de la carte Vitek AST-YS01®....................... 46

3.9 Conclusion et synthèse................................................................................ 46

3.10 Perspectives................................................................................................ 47

4. Remerciements .....................................................................................................48 5. Glossaire ...............................................................................................................48 6. Bibliographie..........................................................................................................51

6.1 Livre ............................................................................................................... 51

6.2 Brochure ........................................................................................................ 51

6.3 Supports de cours, documents non publiés .............................................. 51

6.4 Internet........................................................................................................... 52 7. Annexes.................................................................................................................53

7.1 Procédure pour l’ATB FUNGUS3®............................................................... 53

7.2 Feuille de résultat pour l’ATB FUNGUS3® .................................................. 54

7.3 Résultats de l’étude précédente .................................................................. 55



1. Sommaire Ces vingt dernières années, le nombre croissant de patients immunodéficients a généré une forte augmentation d’infections fongiques. Ces infections sont diagnostiquées de plus en plus précocement et traitées à l’aide de nouveaux antifongiques moins toxiques et mieux tolérés. La sensibilité des levures aux antifongiques doit être déterminée rapidement au moyen d’une méthode fiable. L’objectif de cette étude est d’évaluer la carte AST-YS01® sur l’automate Vitek2® et de comparer les résultats obtenus avec l’ATB FUNGUS3® qui est la méthode utilisée actuellement. Nous avons testé 50 souches de Candida ainsi que 2 souches de référence ATCC. Ces souches avaient été testées dans une étude similaire. 46/50 souches ont donné des résultats identiques avec les deux méthodes. 4 souches ont donné des discordances mineures (2 avec le fluconazole, et 2 avec la flucytosine). Aucune discordance majeure n’a été observée. La carte AST-YS01® ne contient que 4 antifongiques et l’itraconazole n’est pas présent. Les CMI obtenues ont une meilleure précision ainsi qu’une bonne reproductibilité et sont interprétées par un automate. Le coût est légèrement plus élevé que celui de la galerie ATB FUNGUS3®. La simplicité et la rapidité de préparation de l’analyse font que cette méthode est la plus adaptée au travail de routine d’un grand laboratoire de bactériologie. Cependant, l’ATB FUNGUS3® reste une bonne alternative pour un laboratoire non automatisé.

1. Summary These last twenty years, the growing number of immunodeficients patients generated a significant increase of fungal infections. These infections are diagnosed earlier and treated with new antifungal less toxic and better tolerated. The yeast sensibility for the antifungal must be fast determined by a sure method. The objectives of this study is to assess the AST-YS01® card on the automat Vitek2®

and to compare results acquired with the ATB FUNGUS3® which is the method used nowadays. We tested 50 strains of yeast as well as 2 reference ATCC strains. These strains had already been tested in a previous study. 46/50 strains gave identical results with both methods. 4 strains gave minor discrepancies (2 with the fluconazol, and 2 with the flucytosine). No major discrepancy was observed. The AST-YS01® card contains only 4 antifungals and the itraconazol is not present. Acquired MIC has a better precision as well as a good reproducibility and is interpreted by an automat. The cost is a slightly higher then the other method. Simplicity and fastness of the preparation make this method more suitable for our laboratory. However, the ATB FUNGUS3® is a good choise for a not automated laboratory.



2. Généralités Ces vingt dernières années, la mycologie médicale s’est fortement transformée avec une explosion d’infections fongiques. Chaque année, la liste des « nouveaux champignons » isolés s’allonge. C’est la conséquence du nombre croissant de patients immunodéficients. Ces changements ont entraîné des progrès majeurs dans la connaissance épidémiologique et physiopathologique des infections ainsi que de nouvelles possibilités diagnostiques et thérapeutiques. De plus, il existe de nouveaux antifongiques comme le voriconazole, la caspofongine ou le posaconazole. 2.1 Bref historique Si aujourd’hui les champignons constituent un règne bien individualisé, il n’en a pas toujours été ainsi. On les a longtemps assimilés au règne végétal de part leur morphologie (thalle, spores, etc.), de part leur absence de mobilité et leur nutrition (absorption). Au 18ème siècle, le monde vivant était partagé en 2 règnes : le végétal et l’animal. Le règne végétal regroupait les plantes et les algues, qui sont des espèces photosynthétiques, les bactéries et les champignons. Le règne animal, quant à lui, était composé à la fois d’êtres unicellulaires, c’est-à-dire les Protozoaires et des Métazoaires.

Selon D. Chabasse, Cl. Guiguen. N. Contet-Audonneau (1999) :

En 1866, le naturaliste et philosophe allemand Haeckel proposa d’y ajouter un troisième règne, celui des Protistes, ce que Copeland transformera plus tard en Protoctistes pour y regrouper la plupart des unicellulaires c’est-à-dire des bactéries, les Protozoaires, les Myxomycètes et autres protistes fongoïdes en raison de leur similitude avec les Rhizopodes. Les champignons et les algues sont quant à eux restés encore longtemps associés au règne végétal. (p.3)

C’est en 1969 que l’américain Wittaker propose un système taxinomique à 5 règles soit les monomères (bactéries), les protistes, les végétaux, les champignons et les animaux.



2.2 Caractéristiques générales Les champignons, que l’on appelle également mycètes, sont des organismes eucaryotes uni- ou pluricellulaires, dépourvus de chlorophylle, ce qui les distingue des végétaux. Il s’agit d’un organisme hétérotrophe qui se nourrit par absorption et non par phagocytose. Les champignons, contrairement aux végétaux, sont dépourvus de pigment chlorophyllien et ainsi ne peuvent pas incorporer directement le carbone minéral dans leurs cellules. C’est pourquoi ils dépendent de matières organiques préformées, c’est-à-dire déjà présentes et produites par d’autres organismes vivants. C’est la raison pour laquelle, dans la nature, les champignons colonisent les organismes morts ou en décomposition, trouvant ainsi dans cette source les nutriments essentiels à leur vie soit du carbone, de l’azote, des sels minéraux, etc. La reproduction se fait selon un mode asexué mais qui peut être sexué dans certaines conditions. Les champignons sont des êtres immobiles mais qui produisent un nombre considérable de spores habituellement non flagellées pour pallier à ce handicap. La partie constitutive est désignée sous le nom de thalle ou mycélium. Leur paroi est constituée de chitine (comme chez les insectes), ce qui leur procure une sorte de résistance face aux contraintes du milieu extérieur. Les champignons possèdent un noyau avec une membrane nucléaire, des nucléoles et le plasmalemme composé de glycoprotéines, phospholipides et d’ergostérol qui correspond au cholestérol de toutes les autres cellules. Cette particularité donne une cible idéale pour les antifongiques qui seront très spécifiques, sans action sur les autres cellules.

Selon D. Chabasse, Cl. Guiguen. N. Contet-Audonneau (1999) : Le pouvoir pathogène du champignon n’est pas uniquement dû à son parasitisme ou à son développement chez l’homme ou l’animal. Il peut, en produisant des toxines issues de son mycélium, être directement à l’origine d’intoxication alimentaire, ou bien, par l’accumulation de ses toxines libérées dans des végétaux consommés, être un agent de mycotoxinoses chez l’homme ou l’animal. (p.2)

Les levures, quant à elles, possèdent un thalle unicellulaire. Il s’agit d’un mycète unicellulaire qui ne possède qu’un seul noyau et qui se reproduit soit de façon asexuée par bourgeonnement, soit de façon sexuée par formation de spores. Chaque bourgeon qui se sépare va développer une nouvelle levure, certains restent groupés et forment de nouvelles colonies. Les levures sont plus grandes que les bactéries, elles sont généralement sphériques ou ovoïdes.



Ci-dessous, vous trouvez un schéma de la fréquence des principales espèces de levures appartenant au genre Candida, isolées en France :

Fréquence des divers espèces de levures appartenant au genre Candida

2%4%4%11%

2%

1%1%

75%

C.albicansC.glabrataC.tropicalisC.parapsilosisC.kruseiC.kefyrC.guilliermondiiAutres

Cette étude à été réalisée par GEMO : Groupe d’étude des mycoses opportunistes, auprès de 25 laboratoires de mycologie. En comparaison, voici les résultats obtenus au département de bactériologie de l’ICHV, Sion (2008). Comme nous pouvons le constater, il y a environ 75% de Candida albicans.

Pourc entag es des divers es pèc es de levures is olées

1%

1%

1%

1% 15%

76%

3%

1%

1%C . albicans

C . glabrata

C . kefyr

C . krus ei

C . lus itaniae

C . paraps ilos is

C andida s p

C . tropicalis

Autres

2.3 Les Candida Les levures du genre Candida sont des champignons unicellulaires mesurant de 4 à 6 μm de long. Elles se multiplient par bourgeonnement ou éventuellement sous forme de pseudomycélium ou mycélium. Il s’agit de levures blanches, opaques, de formes ovoïdes, Gram positif et non encapsulées avec une petite protubérance à une extrémité.



Les Candida poussent sur une gélose Sabouraud contenant des antibiotiques antibactériens à 25°C ou 37°C selon l’origine du prélèvement. Les colonies de levures sont visibles en 24 à 48 heures.

En ce qui concerne la morphologie, elle est assez pauvre. L’identification se fait en grande partie grâce à des tests biochimiques. Le thalle est fait de levures très allongées qui restent attachées les unes aux autres, formant des pseudo-filaments qui sont caractéristiques du genre.

Il existe plusieurs espèces de Candida dont voici les plus fréquentes.

2.3.1 Candida albicans Il s’agit de l’espèce la plus fréquemment isolée, 60-80% des cas. Candida albicans est une levure cosmopolite, commensale des muqueuses oro-pharyngées, gastro-intestinales et génito-urinaires. Elle peut occasionnellement coloniser la peau. Elle fait partie de la famille des Deuteromycètes. Levures ovalaires ou rondes au microscope, sur gélose, elles sont blanches, crémeuses, lisses, formant des « pattes », des colonies étoilées qui permettent de les identifier sur les géloses Columbia (COS) et Chocolat PolyVitex. (PVX).

2001, William McDonald, M.D. Revised: 31 December 2000

http://www.microbelibrary.org/microbelibrary/files/ccImages/Articleimages/Buxton/07%20Spt%20fungi/Candida%20albicans%20fig2.jpg

http://www.microbelibrary.org/microbelibrary/files/ccImages/Articleimages/Buxton/07 Spt fungi/Candida albicans fig2.jpg





En vieillissant, elles forment un pseudomycélium : filaments avec des zones rétrécies. La raison pour laquelle les colonies de Candida albicans forment des sortes de pattes est qu’ils forment des tubes germinatifs grâce au sérum contenu dans les géloses (test de blastèse). Un autre moyen permettant de les identifier est d’isoler les levures sur un milieu chromogène comme par exemple Albicans ID produit par bioMérieux® SA. La couleur bleue est caractéristique des colonies de C. albicans. Elle est liée à l’hydrolyse spécifique d’un substrat chromogène d’hexosaminidase. L’inhibition de la flore bactérienne est obtenue par l’association de 2 antibiotiques : le chloramphénicol et la gentamicine. Ce milieu est tamponné afin de faciliter la croissance des levures et d’optimiser l’expression de la réaction enzymatique.

http://labmed.ucsf.edu/education/residency/fung_morph/fungal_site/thumbnails/c-albicans-on-cnaofw4.jpg

http://www.biomerieux.fr/upload/Candida2_thumb2_thumb.jpg








2.3.2 Candida tropicalis Candida tropicalis représente 25% des isolats de levures de ce genre en pathologie humaine. Son pouvoir pathogène est comparable à celui du Candida albicans. Candida tropicalis est isolé dans la nature, le sol, les végétaux et l’eau. Cette levure est apparentée aux Ascomycètes. Elle a une forme variable, ronde à allongée et ces colonies poussent rapidement. Elles sont crémeuses, blanches, lisses ou légèrement plissées. Elles sont souvent associées à un pseudomycélium. Un milieu chromogène (Albicans ID) permet de les identifier, les colonies sont de couleur rose.

2.3.3 Candida glabrata Candida glabrata représente environ 8% des isolats de levures du genre Candida isolées de prélèvements cliniques. Cette espèce est apparentée aux Ascomycètes. Il s’agit de levures de forme ronde ou allongée et de petite taille. Elles sont blanches, crémeuses, plates, brillantes. Le pseudomycélium est parfois absent, rudimentaire ou abondant. Au microscope, nous voyons de petites levures qui ne filamentent pas. Candida glabrata est souvent retrouvé au niveau des muqueuses génitales.

http://www.labmed.ch/doc/doc_download.cfm?uuid=36309A76D9D9424C4F9520A5E21C828F&&IRACER_AUTOLINK&&

https://www.hardydirefphotoagnostics.com/catalog2/hugo//g301_hccandida_cglabrata_66032_hugo.jpg




https://www.hardydiagnostics.com/catalog2/hugo/refphoto/g301_hccandida_cglabrata_66032_hugo.jpg





2.3.4 Candida parapsilosis Candida parapsilosis est une levure saprophyte, responsable d’environ 7% des infections dues aux levures du genre Candida. Cette levure fait partie de la flore normale de la peau chez l’homme. Il s’agit d’une espèce apparentée aux Ascomycètes. Elle a une forme variable, ronde à ovale. Les colonies croissent rapidement, sont blanches, crémeuses, lisses ou plissées. Cette levure est parfois associée à un fin pseudomycélium. Candida parapsilosis est le deuxième Candida responsable de septicémies après le Candida albicans. Chez les personnes immunodéprimées, il provoque des infections profondes.

Ci-dessous, un graphique représentant les pourcentages de diverses espèces de Candida responsables de septicémies. Ces statistiques proviennent du laboratoire de bactériologie de l’ICHV, de Sion (2007-2008).

Pourcentages des divers espèces de levures responsables de septicémies

2%

3%

85%

10%

C.albicans

C.glabrata

C.parapsiolosis

C.tropicalis

2.3.5 Candida krusei Candida krusei est une levure saprophyte qui représente 4% des isolats de levures du genre Candida obtenus à partir de prélèvements cliniques.

http://iph.fgov.be/ClinBiol/bckb33/activities/external_quality/rapports/ATLAS/Mycology/Yeasts_fichiers/slide0034_image022.jpg






Il s’agit de levures appartenant aux Ascomycètes. Elles sont allongées, ovales à cylindriques. Sur la gélose, elles ont un aspect blanc, mat et « poilu ». Le pseudomycélium peut être absent, rudimentaire ou abondant. Ces levures ne sont pas retrouvées dans la nature, mais elles ont été isolées de divers aliments comme par exemple des produits laitiers ou de la bière. Elles sont responsables de diarrhées entre autres pathologies. Le Candida krusei est résistant au Fluconazole.

2.3.6 Candida lusitaniae Candida lusitaniae est une levure de la flore normale de la peau, de l’appareil génito-urinaire et de l’appareil respiratoire de l’homme. Initialement, cette levure a été isolée du tractus digestif des animaux à sang chaud. Ce Candida est essentiellement responsable d’infections viscérales profondes. Il s’agit d’une espèce s’apparentant aux Ascomycètes. De forme ronde à allongée et d’aspect blanc, lisse et crémeux, cette levure est brillante sur la gélose. Elles sont parfois associées à un fin pseudomycélium.

https://www.hardydiagnostics.com/catalog2/hugo/refphoto/g301_hccandida_ckrusei_14243_hugo.jpg

http://scielo.isciii.es/img/revistas/aseo/v82n6/f09-01.jpg




http://scielo.isciii.es/img/revistas/aseo/v82n6/f09-01.jpg



2.3.7 Candida kefyr Chez l’homme, Candida kefyr est une levure saprophyte de la muqueuse respiratoire. Il est peu retrouvé sur la peau. Cette levure peut être isolée des produits laitiers. Il s’agit de levures appartenant à la famille des Lipomycetaceae. Son synonyme usuel est Candida pseudotropicalis. Elles sont de forme variable rondes à allongées. Ces levures se reproduisent par bourgeonnement multilatéral. Le pseudomycélium peut être absent, rudimentaire ou abondant. Parfois, il y a présence d’un vrai mycélium. C’est une levure rarement impliquée en pathologie. Cependant elle peut être responsable d’infections pulmonaires et de septicémies chez l’homme, ainsi que de lésions superficielles de la peau.

2.3.8 Candida guilliermondii Candida guilliermondii est une levure très répandue dans la nature. Elle est présente chez la plupart des animaux ainsi que chez l’homme. Cette levure peut provoquer des onyxis, des intertrigos, des infections cutanées, des infections urinaires, etc. Ce Candida peut être à l’origine de septicémies chez les personnes immunodéprimées. Il s’agit de levures appartenant à la famille des Ascomycètes. Elles sont de forme variable rondes à allongées. Ces levures se reproduisent par bourgeonnement multilatéral. Le pseudomycélium peut être absent, rudimentaire ou abondant. Parfois, il y a présence d’un vrai mycélium.

http://www.medmicro.wisc.edu/resources/imagelib/mycology/images/c_kefyr.jpg

http://microbiology.mtsinai.on.ca/mig/yeasts/index.shtml







2.4 Les Cryptococcus

2.4.1 Cryptococcus neoformans Le Cryptococcus neoformans est une levure très répandue dans la nature notamment dans l’air, sur les fruits, les plantes, le lait de vache, le bois et certains aliments. Il s’agit de levures appartenant à la famille des Basidiomycètes. Le Cryptococcus neoformans est un hôte du tube digestif du pigeon chez qui il ne provoque aucune maladie ; le principal réservoir est la fiente d’oiseaux séchée, en particulier celle du pigeon. Cette levure est également un saprophyte de l’homme. La contamination, quant à elle, est surtout aérienne, mais elle peut être orale ou cutanée. Le Cryptococcus neoformans peut provoquer des méningites sub-aiguës ou une primo infection pulmonaire le plus souvent latente chez les personnes immunodéprimées, en particulier chez les sidéens (chez 10% des patients VIH+ environ). Lorsque l’on découvre un Cryptococcus, une recherche d’immunosuppression (VIH,…) s’impose systématiquement. Des localisations osseuses et des septicémies ont également été signalées. Ces levures sont de forme variable rondes à allongées, encapsulées. Il n’y a pas de pseudomycélium. Elles se reproduisent par bourgeonnement multilatéral. Elles sont pigmentées en beige à ocre. La mise en évidence de la capsule se fait grâce à l’encre de chine. Quant au traitement, il est long et difficile.





2.5 Épidémiologie Il n’y a que le Candida albicans et le Candida glabrata qui vivent en commensaux dans le tube digestif, la bouche et les voies génitales de l’homme et de la femme. Quant aux autres espèces, elles sont le plus souvent issues du milieu extérieur. Ces dernières sont aussi saprophytes et peuvent se retrouver quelquefois sur la peau et les muqueuses. En effet, les Candida sont des levures opportunistes, profitant d’un affaiblissement du système immunitaire ou d’autres facteurs favorisants pour provoquer une candidose. Il est important de bien séparer les divers facteurs favorisants qui peuvent être liés soit à l’hôte, c’est-à-dire des facteurs intrinsèques, soit à des facteurs extrinsèques ou exogènes le plus souvent occasionnés par un traitement. De plus, il existe la possibilité d’un colportage surtout en milieu hospitalier. Il semblerait que de nouvelles espèces de Candida émergent comme par exemple le Candida dubliniensis, qui est proche du Candida albicans et qui apparaît depuis l’arrivée et la propagation du VIH. En ce qui concerne les Cryptococcus neoformans, il s’agit de champignons saprophytes dans le milieu extérieur, opportunistes. La cryptococcose survient le plus souvent chez les sujets immunodéprimés. 2.6 Clinique Les Candida ne provoquent pas de maladie chez les personnes saines. Les autres microorganismes inhibent leur développement ; ce n’est que lors d’un état d’immunodépression ou d’une multiplication exagérée qu’il devient pathogène. Les candidoses sont des affections cosmopolites causées par un Candida. Leur pathogénicité dépend de plusieurs facteurs : de leurs localisations très variées, de l’espèce et de leur quantité. Le pouvoir pathogène des Candida est principalement lié au potentiel invasif de sa forme filamenteuse. Il existe divers facteurs favorisant les candidoses dont voici quelques exemples : • Facteurs favorisants généraux

- Âge : prématuré, personne âgée - Thérapeutiques : antibiotiques, immunosuppresseurs, etc. - États pathologiques : diabète, SIDA - États physiologiques : grossesse

• Facteurs favorisants locaux

- Humidité, Macération - Acidité - Radiothérapie



Il existe différents types de candidoses comme par exemple les candidoses superficielles, les candidoses génito-urinaires, les candidoses profondes, et les candidoses allergiques.

Candidoses cutanées et unguéales

Intertrigo : Au niveau de tous les replis cutanés chauds et humides, les plis de l’aine, sous-mammaires, axillaires et interfessiers. Il existe également l’intertrigo palmaire et plantaire.

Onyxis et périonyxis : Au niveau de la sertissure de l’ongle.

Candidoses digestives

Candidose buccale ou muguet : Il s’agit d’un enduit blanchâtre

recouvrant la langue, la face interne des joues, le voile du palais ainsi que le pharynx. Cette pathologie est fréquente chez les nouveau-nés et les patients immunodéprimés.

Candidose oesophagienne : Pathologie fréquente chez les sidéens. Candidose gastro-intestinale et anale : S’accompagne souvent d’un intertrigo

périanal avec envahissement du sillon interfessier et des plis génito-cruraux (correspond aux organes génitaux et aux cuisses) et même du siège chez les nourrissons.

Candidoses génito-urinaires

Vulvo-vaginite: Caractérisée par une leucorrhée

abondante, grumeleuse blanchâtre, avec un prurit vulvaire, les muqueuses sont recouvertes d’un enduit blanchâtre.

Il s’agit d’une complication du diabète, de l’emploi de contraceptifs, d’une grossesse.

http://parasito.montpellier-wired.com/myco/muguet_bebe.jpg





Balano-posthite: Caractérisée par une irritation intense de la muqueuse avec un enduit blanchâtre. Il s’agit d’une infection de la muqueuse du gland et du prépuce.

Candidoses profondes

Candidoses septicémiques et disséminées : Il s’agit d’une altération de l’état

général, d’origine endogène (avec un foyer digestif) ou exogène (à partir d’un traumatisme vasculaire, cathéter). La symptomatologie est maigre. Le patient présente une fièvre inexpliquée, ne cédant pas aux antibiotiques.

Les sites de dissémination sont les reins, le cœur, les poumons, le foie, les yeux, le système nerveux et la peau.

Candidoses allergiques

Elle est due à une allergie aux métabolites des Candida. Les foyers peuvent être cutanés ou respiratoires.

Cryptococcose pulmonaire Celle-ci correspond à la primo-infection qui est presque toujours asymptomatique.

Cryptococcose méningo-encéphalique Le Cryptococcus neoformans a un tropisme pour le système nerveux central. Le patient est pris de nausées, de céphalées, de fièvre peu importante, etc. Il ressent une hypertension intracrânienne. Il présente des troubles du caractère, de la mémoire et du sommeil.

Cryptococcose cutanée Celle-ci résulte d’une dissémination hématogène sous forme de papules acnéiformes, d’ulcérations sur le visage et les extrémités.

Cryptococcose généralisée Cette pathologie est fréquente chez les sidéens. Cette levure est retrouvée dans les urines, les lavages broncho-alvéolaires, le L.C.R, les hémocultures, etc.



2.7 Diagnostic

2.7.1 Prélèvement En premier lieu, un prélèvement est effectué. Celui-ci peut être sous forme d’hémoculture, d’une biopsie ou d’un frottis lors de lésions cutanées et cutanéo-muqueuses.

2.7.2 Examen direct L’examen direct montre des levures bourgeonnantes avec ou sans filaments.

2.7.3 Culture Un milieu Sabouraud est ensemencé. Cette gélose comprend des antibiotiques antibactériens. Selon l’origine du prélèvement, la gélose est placée dans une étuve à 30°C. Les colonies poussent en 24 à 48 heures.

2.7.4 Identification Le Candida albicans est facilement identifiable grâce à sa morphologie en étoile sur les géloses COS et PVX. Pour les autres espèces, elles seront identifiées par un repiquage sur un milieu chromogène et des tests biochimiques au moyen de galeries ou de cartes Vitek YST de bioMérieux® SA.

2.7.5 Antifongigramme Ci-dessous, voici les techniques disponibles pour l’antifongigramme : • La technique de culture en cupules avec des concentrations critiques

d’antifongiques. Il s’agit d’une méthode standardisée qui permet de déterminer la sensibilité des Candida sp et Cryptococcus neoformans à 5 antifongiques de concentrations différentes.

• La technique en carte Vitek est une méthode standardisée, automatisée et

rapide. Cette méthode utilise 4 antifongiques à 4 concentrations différentes. 2.8 Traitements Il faut avant tout diminuer voire supprimer les facteurs favorisants. Ensuite, un traitement est administré au patient. Ce traitement est délicat car on utilise des produits devant être actifs sur le métabolisme de la cellule, d’où le nombre réduit d’antifongiques à disposition.



Selon la Conférence de consensus commune (13.05.2004) :

Les cibles antifongiques sont : la paroi de la cellule fongique (échinocandine) ; sa membrane cytoplasmique, en bloquant l’incorporation (polyènes) ou la synthèse (azolés) de l’ergostérol ; la biosynthèse des acides nucléiques (flucytosine). In vitro, l’amphotéricine B est fongicide, le voriconazole est fongistatique sur le Candida sp., la caspofungine est fongicide sur Candida sp. La pertinence clinique de ces données expérimentales n’est pas établie. (p.8)

Pour les candidoses superficielles, on utilisera un antifongique topique et pour les profondes un antifongique systémique. Les principaux antifongiques sont les suivants :

Amphotéricine B Il s’agit actuellement du traitement de choix pour les infections fongiques systémiques, comme les candidoses profondes et les infections neuroméningées ou pulmonaires dues au Cryptococcus neoformans. Son utilisation est délicate du fait de sa néphrotoxicité. L’Amphotéricine B agit par stimulation de la consommation d’O2, la transformation de l’ATP en ADP et par la formation de complexes insolubles avec les stérols, ce qui aboutit à l’altération de la perméabilité cellulaire fongique. Elle a une activité fongistatique à faible concentration et fongicide à concentration élevée. Quelques rares cas de résistances primaires sur les Candida lusitaniae et tropicalis ont été signalés.

Nom commercial : FUNGIZONE®, ABELCET®

Flucytosine = Fluoro 5 Catosine = 5FC Il s’agit de l’un des antifongiques les plus anciens, son mode d’action est le suivant: Après pénétration dans les cellules fongiques, la 5 FC est transformée en 5 FU par la cytosine désaminase. Deux mécanismes antifongiques vont alors agir : Le premier implique la transformation du 5 FU en 5-fluorouracile triphosphate qui en s’incorporant à l’ADN fongique, va inhiber la synthèse protéique. Le second implique la transformation du 5 FU en 5-fluorodeoxyuridine qui est un inhibiteur de la thymidylate synthétase par conséquent de la synthèse d’ADN fongique.



Le Candida tropicalis présente parfois une résistance à l’encontre de cet antifongique. La flucytosine est un médicament de réserve. Les médecins préfèrent prescrire d’autres antifongiques moins toxiques.

Nom commercial : ANCOTIL®

Griséofulvine = Grisefulvine®

Nystatine = Mycostatine®

Les antifongiques azolés

Il s’agit de la classe la plus utilisée à ce jour. Ce sont des triazolés fongistatiques à effet systémique. Ils inhibent l’enzyme fongique (C14 déméthylase, cytochrome P 450-dépendante) qui est nécessaire à la formation du principal stérol, l’ergostérol, de la membrane cellulaire des champignons. Ils sont indiqués pour le traitement des Candida, Aspergillus, Blastomyces, Histoplasma, Coccidiodes, Trichophyton et Cryptococcus neoformans.

• Fluconazole

Son spectre d’activité préférentiel est le Candida albicans et le Cryptococcus neoformans. En revanche, cet antibiotique est inactif sur les Candida krusei et dubliniensis ainsi que quelques rares Candida glabrata, car ils possèdent une résistance primaire. Il est en général bien toléré, mais à fortes doses, une toxicité hépatique ou neurologique peut se développer.

Nom commercial : Diflucan®

• Itraconazole Cet antibiotique est utilisé avec succès dans les méningites à Cryptococcus à des concentrations très faibles voire indétectables, ceci parce qu’il s’accumule dans les cellules de l’hôte.

Nom commercial : Sporanox®



• Voriconazole Il s’agit d’un antifongique triazolé à large spectre d’action. C’est un inhibiteur de la synthèse d’ergostérol. Les indications du voriconazole sont les infections fongiques invasives à Aspergillus, Candida, Scedosporium, Fusarium. Le voriconazole est apparu plus efficace et mieux toléré que l’Amphotéricine B dans le traitement de l’aspergillose invasive.

Nom commercial : VFEND®

• Posaconazole Il s’agit d’un nouvel antifongique de la classe des azolés. Il s’agit d’un inhibiteur de biosynthèse de l’ergostérol, constituant de la membrane fongique. Il a une activité antifongique à large spectre. Il couvre les levures du genre Candida, les moisissures du genre Aspergillus, les zygomycètes et le Cryptococcus neoformans.

Nom commercial : Noxafil®

Les échinocandines

• Caspofungine L’acétate de caspofungine inhibe la synthèse du bêta (1,3)-D-glucane, un constituant essentiel de la paroi cellulaire de nombreux champignons filamenteux et de nombreuses levures. Le bêta (1,3)-D-glucane n’est pas présent dans les cellules de mammifères. Aucune méthode standardisée pour la détermination de la sensibilité n’a été établie pour la nouvelle classe des échinocandines et les résultats d’études sur la sensibilité ne sont pas forcément corrélés aux observations cliniques.

Nom commercial : Cancidas®



3. Travail pratique 3.1 Introduction La partie pratique de cette étude a été réalisée au laboratoire de bactériologie de l’ICHV de Sion de juillet à août 2008. 3.2 Situation du travail dans son environnement Ces vingt dernières années, la mycologie médicale s’est fortement transformée avec une explosion d’infections fongiques. Chaque année, le nombre d’espèces pathogènes identifiées augmente. De nouvelles résistances pour des espèces jusque là sensibles commencent à émerger. Il y a un nombre croissant de patients immunodéficients. La cause est l’utilisation de chimiothérapies plus agressives, les traitements immunosuppresseurs plus intenses chez les transplantés, l’utilisation d’une antibiothérapie à large spectre et le virus VIH. Il est impératif de pouvoir déterminer la sensibilité des levures aux antifongiques au moyen d’une méthode simple, rapide, fiable et standardisée. 3.3 Objectifs L’objectif de cette étude est de comparer la nouvelle carte Vitek AST-YS01® avec une galerie commerciale ATB FUNGUS3® toutes deux produites par bioMérieux® SA. Le but étant de définir la méthode la plus adaptée au laboratoire de bactériologie de l’ICHV de Sion. Pour ce faire, nous avons testé les espèces de Candida suivantes :

C. albicans C. glabrata C. tropicalis C. krusei C. parapsilosis C. guilliermondii C. lusitaniae C. kefyr

Cryptococcus neoformans

Nous avons choisi ces espèces pour déterminer leur sensibilité aux divers antifongiques. Les résultats obtenus seront analysés puis comparés. Différents critères tels que la précision des CMI, la facilité d’utilisation et d’interprétation, ainsi que le coût, les avantages et inconvénients, les problèmes rencontrés, la durée de validité seront pris en compte. Le test qui répondra le mieux à ces critères sera introduit en routine au laboratoire de bactériologie à l’ICHV de Sion.



Ci-dessous, voici les deux antifongigrammes utilisés pour réaliser cette étude :

• ATB FUNGUS3® de bioMérieux® SA (Réf. 14 204)

• Carte Vitek AST-YS01® de bioMérieux® SA (Réf. 22 108)

Les cinq antifongiques suivants seront pris en compte dans notre étude :

• Flucytosine

• Amphotéricine B

• Fluconazole

• Voriconazole

• Itraconazole (présent uniquement dans l’ATB FUNGUS3®)

Deux souches ATCC de référence provenant de l’Institut Pasteur à Paris permettront de vérifier les techniques utilisées, de définir leur reproductibilité et de valider les résultats obtenus.

• ATCC 6258 Candida krusei

• ATCC 22019 Candida parapsilosis

La plupart des souches avaient été testées par une autre étudiante à l’ICHV de Sion dans une étude précédente, ce qui permet d’avoir une comparaison des résultats. En annexe 7.3, vous trouverez les résultats de l’étude antérieure. 3.4 Matériel et méthodologie

3.4.1 Matériel Pour la réalisation de cette étude, 50 souches de Candida ont été sélectionnées dans la « souchothèque » du laboratoire de bactériologie de l’ICHV à Sion dont :

30 C. albicans 4 C. glabrata

2 C. tropicalis 7 C. krusei

2 C. parapsilosis 1 C. guilliermondii

1 C. lusitaniae 1 C. kefyr

2 Cryptococcus neoformans

1 souche ATCC 6258 Candida krusei

1 souche ATCC 22019 Candida parapsilosis



Chaque souche est traitée de la même manière et dans les mêmes conditions : • Le premier jour, la souche est décongelée et repiquée sur COS. • Elle va ensuite pousser lentement à 35°C pendant 24 heures • Le lendemain, la souche est repiquée pour la deuxième fois sur COS • Réincubation à 35°C pendant 24 heures • Puis, le jour suivant, la galerie sera inoculée et mise à l’étuve et la carte Vitek

sera préparée en parallèle puis analysée sur l’automate Vitek2®. • Après 24 heures pour les Candida sp et 48 heures pour les Cryptococcus

neoformans, la lecture des galeries est effectuée. En ce qui concerne la carte Vitek, nous obtenons des résultats après 13 heures pour les Candida et après environ 20 heures pour les Cryptococcus neoformans.

3.4.2 Présentation des techniques

3.4.2.1 ATB FUNGUS3® Principe : Il permet de déterminer la sensibilité des Candida et des Cryptococcus neoformans aux antifongiques en milieu semi-liquide dans des conditions très proches de la technique de référence de micro dilution. La galerie comporte 16 paires de cupules, la première sans antifongique servant de témoin de croissance. Les 15 paires suivantes contiennent 5 antifongiques à différentes concentrations permettant de déterminer des CMI. Pour déterminer cette CMI, on va rechercher et quantifier dans chaque cupule une croissance par lecture visuelle. L’appréciation peut différer d’une personne à l’autre. L’appréciation par lecture automatique n’est pas disponible au laboratoire. Matériel : Composition d’un kit : • 25 galeries en emballage individuel avec déshydratant • 25 couvercles d’incubation • 25 ampoules d’ATB F2 Medium • 25 fiches de résultats • 1 notice

Matériel non fourni : • NaCl 0.85% 3 ml • Ecouvillons • Pipette électronique ATB 135 μl avec les embouts • Pipette calibrée 20 μl et les embouts



Mode opératoire : • A partir d’une culture fraîche sur COS, prélever quelques colonies à l’aide d’un

écouvillon stérile et les dissoudre dans une ampoule de 3 ml de NaCl 0.85%, afin de réaliser une suspension d’opacité équivalente à l’étalon 2 MacFarland.

• Contrôler la pureté de l’inoculum en l’isolant sur une gélose non sélective.

• Transférer 20 μl de cette suspension à l’aide d’une pipette calibrée dans l’ATB Medium 1, homogénéiser.

• Inoculer la galerie en distribuant 135 μl de la dilution dans chaque cupule à l’aide de la pipette électronique ATB. La concentration est d’environ 4 x 103 levures/cupule.

• Mettre le couvercle

• Incuber : - 24 heures à 35°C pour les Candida à l’étuve O2 - 48 heures à 35°C pour les Cryptococcus neoformans à l’étuve

O2

Pour les Candida dont la croissance dans les cupules témoins est insuffisante, incuber dans les mêmes conditions pendant 24 heures.

En annexe 7.1, vous trouverez la procédure pour l’ATB FUNGUS3®.

Lecture et interprétation : Pour faciliter la lecture, placer la galerie sur un fond noir. Pour chaque antifongique, commencer la lecture par la concentration la plus faible et noter un score de croissance pour chacune des cupules comparativement aux cupules témoins. L’absence de croissance dans l’une ou l’autre, ou les 2 cupules témoins invalide la galerie.

Score Absence de réduction de croissance 4 Légère réduction de croissance 3 Réduction marquée de croissance 2 Très faible croissance 1 Absence de croissance 0

Pour ce qui est de l’Amphotéricine B, la CMI correspond à la concentration d’antifongique la plus faible permettant d’obtenir un score de 0, donc une inhibition complète. Pour le Fluconazole, la Flucytosine, l’Itraconazole, le Voriconazole, du fait du phénomène de croissance résiduelle, la CMI correspond à la concentration d’antifongique la plus faible permettant d’obtenir un score de 2,1 ou 0. En annexe 7.2, vous trouverez une feuille de résultat pour l’ATB FUNGUS3®.



Concentrations critiques des CMI (en mg/l) recommandées pour les Candida sp. en catégories cliniques

Note : Le Candida krusei est une espèce intrinsèquement résistante au Fluconazole, le test doit être systématiquement interprété comme RESISTANT.

Concentrations critiques des CMI (en mg/l) recommandées pour les Cryptococcus neoformans en catégories cliniques

SENSIBLE INTERMEDIAIRE RESISTANTE

FLUCYTOSINE ≤ 4 8 - 16 ≥ 32 AMPHOTERICINE B Une CMI ≥ 2 suggère une résistance

FLUCONAZOLE ≤ 4 8 ≥ 16 ITRACONAZOLE Non défini VORICONAZOLE Non défini

Note : Les CMI habituellement obtenues pour le Cryptococcus neoformans sont 0.5

et 1 mg/l. Ci-dessous, une galerie ATB FUNGUS2® de bioMérieux® SA, modèle précédant l’ATB FUNGUS3®. La principale différence entre ces deux générations de galerie ATB FUNGUS est la présence d’un cinquième antifongique pour l’ATB FUNGUS3®, soit le voriconazole.

SENSIBLE INTERMEDIAIRE RESISTANTE FLUCYTOSINE ≤ 4 8 -16 ≥ 32 AMPHOTERICINE B Une CMI ≥ 2 suggère une résistance FLUCONAZOLE ≤ 8 16 - 32 ≥ 64 ITRACONAZOLE ≤ 0.125 0.25 – 0.5 ≥ 1 VORICONAZOLE ≤ 1 2 ≥ 4

Galerie ATB FUNGUS2®, bioMérieux SA Marchand S., (2004-2005)



3.4.2.2 Carte Vitek AST-YS01® L’automate : Le Vitek2® dispose d’un système automatisé capable de traiter la majorité des tests de routine avec un rendu des résultats fiable et rapide. Il détecte des résistances même faiblement exprimées. Plus de 330 espèces microbiennes peuvent être identifiées grâce à une base de données optimisée. Cet appareil est composé de différents éléments essentiels :

La Station Compacte Satellite (SCS)

Il s’agit d’un petit ordinateur destiné à récupérer les données suivantes : code à barre des différentes cartes, nom du germe, code à barre du prélèvement ou numéro du prélèvement, identité du technicien ayant effectué l’analyse permettant d’assurer une bonne traçabilité.

La cassette

La cassette comporte une puce mémoire utilisée pour connaître le contenu de la cassette. Cette cassette sert également au support des cartes. Le Vitek2® se charge automatiquement de la dilution à effectuer.

La carte Vitek AST-YS01®

La carte Vitek AST-YS01® comportant 64 cupules réactionnelles. Les cartes sont inoculées avec les diverses suspensions. Le module de remplissage utilise une chambre à vide et une pompe. Lorsqu’une cassette atteint ce stade la pompe évacue l’air de la chambre. Puis, le vide est lentement rompu. L’augmentation de la pression d’air dans la chambre pousse la suspension par le tube de transfert dans les canaux et les micro-cuves de la carte. Ensuite, les tubes de transfert sont scellés. La carte et son contenu sont ainsi hermétiquement fermés.

Incubation et lecture Le système de transport place le porte-cassette de telle sorte qu’un mécanisme met chaque carte dans l’emplacement du carrousel, où elles restent pendant toute la durée de l’analyse. Le carrousel, qui a une capacité de 60 cartes, tourne toutes les 15 minutes de façon à placer chaque carte en position de lecture. La tête de lecture déplace la

Liste des produits 2007 bioMérieux (22.02.2009)



carte à travers les blocs optiques. Après la lecture, la carte reprendra sa place dans le carrousel ou l’incubation à 35,5°C se poursuit jusqu’à la lecture suivante.

Principe : Cette technique permet également de déterminer la sensibilité des Candida et des Cryptococcus neoformans aux antifongiques en milieu semi-liquide. Cette carte comprend 64 cupules réactionnelles comprenant quatre antifongiques dont le fluconazole, le voriconazole, la flucytosine et l’amphotéricine B à quatre concentrations différentes. La lecture s’effectue à 660 nm. L’analyse du taux de croissance est effectuée toutes les 15 minutes en cinétique. Puis, pour chaque antibiotique, un algorithme spécifique convertit les valeurs brutes (RTU) en CMI calculée. Pour calculer les CMI, l’automate contrôle le remplissage des cupules, puis vérifie les valeurs brutes. Il élimine les valeurs brutes aberrantes liées au bruit de fond et aux souches difficiles à mettre en suspension. Ensuite, il détermine la durée d’incubation de la carte. Dans la cupule contrôle, il évalue la vitesse de croissance du germe. La lecture s’arrêtera si la croissance dans tous les puits est suffisante. Celle-ci sera considérée comme la plus haute pouvant être mesurée pour cet antibiotique. Pour finir les résultats de CMI sont interprétés en S-I-R en fonction des concentrations critiques spécifiques des différents comités. Matériel : Composition d’un kit : • 20 cartes en emballage individuel avec déshydratant • 1 notice

Matériel non fourni : • NaCl 0.85% • Tube en plastique stérile pour la dilution • Ecouvillons

http://www.biomerieux.ch/upload/vitek2_smartcarrierstation1_thumb1.jpg





Mode opératoire : • A partir d’une culture fraîche sur COS, prélever quelques colonies à l’aide d’un

écouvillon stérile et les dissoudre dans environ 3 ml de NaCl 0.45%, afin de réaliser une suspension d’opacité équivalente à l’étalon 2 MacFarland.

• Contrôler la pureté de l’inoculum en l’isolant sur une gélose non sélective.

• Tout d’abord, il faut placer le portoir sur la station satellite qui est un poste de travail nous permettant de programmer les analyses à effectuer, le nom du germe etc. Le tube contenant la suspension est alors placé sur le portoir. Le code barre de la carte AST-YS01® est scanné, puis la carte est introduite dans le tube.

• Un tube vide est ajouté à côté du tube contenant la suspension. Le Vitek2® se charge automatiquement de la dilution à effectuer avec du NaCl 0.45%. Il homogénéise la suspension par aspiration et refoulement, puis il inocule les cartes. Pour finir, les cartes sont isolées de l’extérieur et l’analyse commence. Il n’y a ainsi pas de risque de contamination pour le personnel.

• BioMérieux® assure des résultats dans les 13 heures pour les Candida et 20 heures pour les Cryptococcus neoformans.

Lecture et interprétation :



Ci-dessus, voici un rapport de laboratoire. Nous voyons qu’il s’agit d’un Candida albicans et qu’il est sensible aux quatre antifongiques. Nous remarquons également les différentes CMI. Pour finir, l’automate interprète les résultats. Nous constatons également que l’analyse a duré environ 13 heures.

SENSIBLE INTERMEDIAIRE RESISTANTE AMPHOTERICINE B 1 2 4 FLUCONAZOLE ≤ 8 16 - 32 ≥ 64 FLUCYTOSINE ≤ 4 8 -16 ≥ 32 VORICONAZOLE ≤ 1 2 ≥ 4

3.5 Analyse des résultats

3.5.1 Premiers essais et actions correctives Les Candida glabrata poussent plus lentement que les autres espèces. De ce fait, les galeries ATB FUNGUS3® doivent être incubées 1 jour de plus. Pour les cartes Vitek le temps d’incubation reste le même que pour les autres espèces soit environ 13 h. Lors de discordances majeures (S-R ou R-S) entre les deux tests, la souche est à nouveau testée.

3.5.2 Explications des tableaux de résultats Dans les tableaux des pages suivantes, les résultats sont exprimés de la manière suivante : CMI : Plus faible dilution d’antifongique montrant une

inhibition de croissance de 80 à 100% par rapport à un contrôle de pousse sans antifongique (cupule contrôle).

Sensible (S) : Il s’agit de souches pour lesquelles la probabilité

de succès thérapeutique, dans le cas d’un traitement à dose habituelle est acceptable.

La quantité d’antibiotique se trouvant dans les cupules est suffisante pour inhiber la croissance de la souche in vitro.

Intermédiaire (I) : Il s’agit de souches pour lesquelles le succès

thérapeutique est imprévisible. L’action de l’antifongique sur la souche n’est pas

garantie. Résistante (R) : Il s’agit de souches pour lesquelles il existe une

forte probabilité d’échec thérapeutique. L’antifongique n’inhibe pas la croissance de la

souche in vitro.



Les résultats des 50 souches et des souches ATCC obtenus avec les différents tests ont été comparés et interprétés de la manière suivante : Concordance : Les résultats obtenus par les deux tests sont

identiques ou identiques à ceux obtenus par l’étudiante précédente.

Discordance : Les résultats obtenus par les deux tests sont

différents l’un de l’autre ou différents de ceux obtenus par l’étudiante précédente.

Nous considérons trois discordances différentes : Discordance « very major »: Elle correspond à une différence de CMI de plus de

2 dilutions. C’est le cas lorsque nous rendons un résultat S à la place de R. Il s’agit d’un faux sensible. Cela peut mettre la vie du patient en danger !

Discordance majeure: Elle correspond à une différence de CMI de

maximum 2 dilutions. C’est le cas lorsque nous rendons un résultat R à la place de S. Il s’agit d’un faux résistant. Cette erreur de mettra personne en danger puisque le résultat est résistant donc le médecin ne prescrira pas ce traitement.

Discordance mineure : Elle correspond à une différence de CMI de

maximum 1 dilution, soit à un S à la place d’un I ou à un I à la place d’un R et inversement.

3.6 Tableaux des résultats Sur les pages suivantes, vous trouverez les tableaux de résultats détaillés.


Résultats: Candida albicans ATB FUNGUS 3® Vitek 2 AST-YS01®

Flucytosine Amphotéricine

B Fluconazole Itraconazole Voriconazole Flucytosine Amphotéricine B Fluconazole Voriconazole

≤4 / 8-16 / ≥32 ≤2 = S / ≥2 = R ≤8 / 16-32 / ≥64≤0.125/ 0.25-0.5 /

≥1 ≤1 / 2 / ≥4 ≤4 / 8-16 / ≥32 ≤2 = S / ≥ 2 = R ≤8 / 16-32 / ≥64 ≤1 / 2 / ≥4 No Localisation CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat 8 Hémoculture ≤4 S ≤2 S 1 S 0,125 S 0,06 S ≤1 S 0,5 S ≤1 S ≤0.12 S 9 Sp ≤4 S ≤2 S 8 S 0,125 S 0,06 S ≤1 S ≤0.25 S 8 S ≤0.12 S 10 Gorge ≤4 S ≤2 S 64 R 1 R 1 S ≤1 S ≤0.25 S ≥64 R ≤0.12 S 11 Gorge ≤4 S ≤2 S 8 S 0,125 S 0,06 S ≤1 S ≤0.25 S 2 S ≤0.12 S 12 Gorge ≤4 S ≤2 S 64 R 0,25 I 0,5 S ≤1 S ≤0.25 S 32 I ≤0.12 S 13 Sp ≤4 S ≤2 S ≥128 R 0,125 S 1 S ≤1 S ≤0.25 S ≥64 R 0,25 S 14 Hémoculture ≤4 S ≤0.5 S 1 S 0,125 S 0,06 S ≤1 S ≤0.25 S ≤1 S ≤0.12 S 15 Hémoculture ≤4 S ≤0.5 S 1 S 0,125 S 1 S ≤1 S ≤0.25 S ≤1 S ≤0.12 S 16 Pl. profonde ≤4 S ≤0.5 S 1 S 0,125 S 1 S ≤1 S ≤0.25 S ≤1 S ≤0.12 S 17 Hémoculture ≤4 S ≤0.5 S 1 S 0,125 S 0,06 S ≤1 S ≤0.25 S ≤1 S ≤0.12 S 18 Hémoculture ≤4 S ≤0.5 S 1 S 0,125 S 0,06 S ≤1 S ≤0.25 S ≤1 S ≤0.12 S 19 Hémoculture ≤4 S ≤0.5 S 1 S 0,125 S 0,06 S ≤1 S ≤0.25 S ≤1 S ≤0.12 S 20 Hémoculture ≤4 S ≤0.5 S 1 S 0,125 S 0,06 S ≤1 S ≤0.25 S ≤1 S ≤0.12 S 21 Hémoculture ≤4 S ≤0.5 S ≤1 S 0,125 S 0,06 S ≤1 S ≤0.25 S ≤1 S ≤0.12 S 22 Hémoculture ≤4 S ≤0.5 S 1 S 0,125 S 0,06 S ≤1 S 0,5 S ≤1 S ≤0.12 S 23 Pus profond ≤4 S ≤0.5 S 1 S 0,125 S 0,06 S ≤1 S 0,5 S ≤1 S ≤0.12 S


Souches ATCC Discordance majeure Discordance « very major » Discordance mineure Souche testée 2 x (contaminations, discordance ?) Interprétable Réincuber 1 jour de plus

Résultats: Candida albicans suite ATB FUNGUS 3® Vitek 2 AST-YS01® Flucytosine Amphotéricine B Fluconazole Itraconazole Voriconazole Flucytosine Amphotéricine B Fluconazole Voriconazole ≤4 / 8-16 / ≥32 ≤2 = S / ≥2 = R ≤8 / 16-32 / ≥64 ≤0.125/ 0.25-0.5 / ≥1 ≤1 / 2 / ≥4 ≤4 / 8-16 / ≥32 ≤2 = S / ≥ 2 = R ≤8 / 16-32 / ≥64 ≤1 / 2 / ≥4

No Localisation CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat 24 L. Pleural ≤4 S ≤0.5 S ≤1 S 0,125 S 0,06 S ≤1 S 0,5 S ≤1 S ≤0.12 S 25 Lèvre ≤4 S ≤0.5 S ≤1 S 0,125 S 0,06 S ≤1 S ≤0.25 S ≤1 S ≤0.12 S 26 Hémoculture ≤4 S ≤0.5 S ≤1 S 0,125 S 0,06 S ≤1 S ≤0.25 S ≤1 S ≤0.12 S 27 Hémoculture ≤4 S ≤0.5 S 1 S 0,125 S 0,06 S ≤1 S 0,5 S ≤1 S ≤0.12 S 28 Urine sondée ≤4 S ≤0.5 S 1 S 0,125 S 0,06 S ≤1 S ≤0.25 S ≤1 S ≤0.12 S 29 Hémoculture ≤4 S ≤0.5 S 1 S 0,125 S 0,06 S ≤1 S ≤0.25 S ≤1 S ≤0.12 S 30 Hémoculture ≤4 S ≤0.5 S 1 S 0,125 S 0,06 S ≤1 S ≤0.25 S ≤1 S ≤0.12 S 31 Expectoration ≤4 S ≤0.5 S ≤1 S 0,125 S 0,06 S ≤1 S ≤0.25 S ≤1 S ≤0.12 S 32 Gorge ≤4 S ≤0.5 S ≤1 S 0,125 S 0,06 S ≤1 S 0,5 S ≤1 S ≤0.12 S 33 Hémoculture ≤4 S ≤0.5 S ≤1 S 0,125 S 0,06 S ≤1 S ≤0.25 S ≤1 S ≤0.12 S 34 Hémoculture ≤4 S ≤0.5 S 1 S 0,125 S 0,06 S ≤1 S ≤0.25 S ≤1 S ≤0.12 S 35 Bouche ≤4 S ≤0.5 S ≤1 S 0,125 S 0,06 S ≤1 S ≤0.25 S ≤1 S ≤0.12 S 36 Gorge ≤4 S ≤0.5 S ≤1 S 0,125 S 0,06 S ≤1 S ≤0.25 S ≤1 S ≤0.12 S 37 Hémoculture ≤4 S ≤0.5 S 1 S 0,125 S 0,06 S ≤1 S ≤0.25 S ≤1 S ≤0.12 S


Résultats: Candida tropicalis

ATB FUNGUS 3® Vitek 2 AST-YS01® Flucytosine Amphotéricine B Fluconazole Itraconazole Voriconazole Flucytosine Amphotéricine B Fluconazole Voriconazole ≤4 / 8-16 / ≥32 ≤2 = S / ≥2 = R ≤8 / 16-32 / ≥64 ≤0.125/ 0.25-0.5 / ≥1 ≤1 / 2 / ≥4 ≤4 / 8-16 / ≥32 ≤2 = S / ≥ 2 = R ≤8 / 16-32 / ≥64 ≤1 / 2 / ≥4

No Localisation CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat 47 Expectoration ≤4 S ≤2 S ≤1 S ≤0.125 S ≤0.06 S ≤1 S ≤0.25 S ≤1 S ≤0.12 S 48 Expectoration ≥32 R ≤2 S 1 S 0,125 S ≤0.06 S ≥64 R ≤0.25 S ≤1 S ≤0.12 S

Résultats: Candida glabrata


No Localisation CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat 40 Vagin ≤4 S ≤0.5 S ≤1 S ≤0.125 S 0,06 S ≤1 S 0,5 S ≥64 R ≤0.12 S 40 Vagin ≤4 S ≤0.5 S ≤1 S ≤0.125 S 0,06 S ≤1 S 0,5 S 32 I ≤0.12 S 41 Aspiration 4 S ≤0.5 S 4 S 0,5 I 0,25 S 4 S 0,5 S 8 S ≤0.12 S 42 Hémoculture ≤4 S ≤2 S 2 S 0,25 I 0,06 S ≤1 S 0,5 S 4 S ≤0.12 S 43 Hémoculture ≤4 S ≤0.5 S ≤1 S ≤0.125 S 0,06 S ≤1 S 0,5 S 4 S ≤0.12 S

Souches ATCC Discordance majeure Discordance « very major » Discordance mineure Souche testée 2 x Interprétable Réincuber 1 jour de plus


Résultats: Candida parapsilosis ATB FUNGUS 3® Vitek 2 AST-YS01® Flucytosine Amphotéricine B Fluconazole Itraconazole Voriconazole Flucytosine Amphotéricine B Fluconazole Voriconazole ≤4 / 8-16 / ≥32 ≤2 = S / ≥2 = R ≤8 / 16-32 / ≥64 ≤0.125/ 0.25-0.5 / ≥1 ≤1 / 2 / ≥4 ≤4 / 8-16 / ≥32 ≤2 = S / ≥ 2 = R ≤8 / 16-32 / ≥64 ≤1 / 2 / ≥4

No Localisation CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat 44 ≤4 S ≤2 S 1 S 0,125 S 0,06 S ≤1 S ≤0.25 S 2 S ≤0.12 S 45 Biop.fémur ≤4 S ≤2 S 1 S 0,125 S 0,06 S ≤1 S ≤0.25 S ≤1 S ≤0.12 S



Résultats: Candida krusei ATB FUNGUS 3® Vitek 2 AST-YS01® Flucytosine Amphotéricine B Fluconazole Itraconazole Voriconazole Flucytosine Amphotéricine B Fluconazole Voriconazole ≤4 / 8-16 / ≥32 ≤2 = S / ≥2 = R ≤8 / 16-32 / ≥64 ≤0.125/ 0.25-0.5 / ≥1 ≤1 / 2 / ≥4 ≤4 / 8-16 / ≥32 ≤2 = S / ≥ 2 = R ≤8 / 16-32 / ≥64 ≤1 / 2 / ≥4

No Localisation CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat 1 ≤4 S ≤2 S 8 R 0,125 S 0,25 S 16 I 0,5 S 8 R ≤0.12 S 2 Urotube ≤4 S ≤2 S 8 R 0,25 I 0,125 S 4 S 1 S 2 R ≤0.12 S 3 Urine ≤4 S ≤2 S 8 R 0,5 I 0,25 S 4 S 0,5 S 8 R ≤0.12 S 4 Cathéter CQ 16 I ≤2 S 8 R 0,125 S 0,25 S 8 I 0,5 S 8 R ≤0.12 S 5 Gorge ≤4 S ≤2 S 32 R 0,125 S 0,5 S ≤1 S 0,5 S ≥64 R 0,25 S 6 AB 16 I ≤2 S 8 R 0,5 I 0,25 S 8 I 0,5 S 8 R ≤0.12 S 7 Cathéter ≤4 S ≤2 S 8 R 0,125 S 0,125 S 8 I ≤0.25 S 8 R ≤0.12 S



Résultats: Candida lusitaniae


No Localisation CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat 46 Expectoration ≥32 R ≤0.5 S ≤1 S ≤0.125 S ≤0.06 S 32 R ≤0.25 S ≤1 S ≤0.12 S

Résultats: Candida kefyr ATB FUNGUS 3® Vitek 2 AST-YS01® Flucytosine Amphotéricine B Fluconazole Itraconazole Voriconazole Flucytosine Amphotéricine B Fluconazole Voriconazole ≤4 / 8-16 / ≥32 ≤2 = S / ≥2 = R ≤8 / 16-32 / ≥64 ≤0.125/ 0.25-0.5 / ≥1 ≤1 / 2 / ≥4 ≤4 / 8-16 / ≥32 ≤2 = S / ≥ 2 = R ≤8 / 16-32 / ≥64 ≤1 / 2 / ≥4

No Localisation CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat 49 ≤4 S ≤0.5 S ≤1 S ≤0.125 S ≤0.06 S ≤1 S 0,5 S ≤1 S ≤0.12 S



38/62

Résultats: Candida guilliermondii ATB FUNGUS 3® Vitek 2 AST-YS01® Flucytosine Amphotéricine B Fluconazole Itraconazole Voriconazole Flucytosine Amphotéricine B Fluconazole Voriconazole ≤4 / 8-16 / ≥32 ≤2 = S / ≥2 = R ≤8 / 16-32 / ≥64 ≤0.125/ 0.25-0.5 / ≥1 ≤1 / 2 / ≥4 ≤4 / 8-16 / ≥32 ≤2 = S / ≥ 2 = R ≤8 / 16-32 / ≥64 ≤1 / 2 / ≥4

No Localisation CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat 50 CQ GB ≤4 S ≤0.5 S ≤1 S ≤0.125 S 0,06 S ≤1 S ≤0.25 S 2 S ≤0.12 S

Résultats: Cryptococcus neoformans ATB FUNGUS 3® Vitek 2 AST-YS01® Flucytosine Amphotéricine B Fluconazole Itraconazole Voriconazole Flucytosine Amphotéricine B Fluconazole Voriconazole ≤4 / 8-16 / ≥32 ≤2 = S / ≥2 = R ≤8 / 16-32 / ≥64 ≤0.125/ 0.25-0.5 / ≥1 ≤1 / 2 / ≥4 ≤4 / 8-16 / ≥32 ≤2 = S / ≥ 2 = R ≤8 / 16-32 / ≥64 ≤1 / 2 / ≥4

No Localisation CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat 38 LCR ≤4 S ≤2 S 1 S 0,125 S 0,06 S ≤1 S ≤0.25 S ≤1 S pas de résultat 39 Hémoc ≤4 S 0,5 S 1 S 0,125 S 0,06 S ≤1 S ≤0.25 S ≤1 S pas de résultat



39/62

Discordances ATB FUNGUS3® - carte Vitek ATB FUNGUS 3® Vitek 2 AST-YS01® Flucytosine Amphotéricine B Fluconazole Itraconazole Voriconazole Flucytosine Amphotéricine B Fluconazole Voriconazole ≤4 / 8-16 / ≥32 ≤2 = S / ≥2 = R ≤8 / 16-32 / ≥64 ≤0.125/ 0.25-0.5 / ≥1 ≤1 / 2 / ≥4 ≤4 / 8-16 / ≥32 ≤2 = S / ≥ 2 = R ≤8 / 16-32 / ≥64 ≤1 / 2 / ≥4

No Localisation CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat 1 ≤4 S ≤2 S 8 R 0.125 S 0.25 S 16 I 0.5 S 8 R ≤0.12 S

40 Vagin ≤4 S ≤0.5 S ≤1 S ≤0.125 S 0.06 S ≤1 S 0.5 S ≥64 R ≤0.12 S 40 Vagin ≤4 S ≤0.5 S ≤1 S ≤0.125 S 0.06 S ≤1 S 0.5 S 32 I ≤0.12 S 12 Gorge ≤4 S ≤2 S 64 R 0.25 I 0.5 S ≤1 S ≤0.25 S 32 I ≤0.12 S 7 Cathéter ≤4 S ≤2 S 8 R 0.125 S 0.125 S 8 I ≤0.25 S 8 R ≤0.12 S


50 souches testées 4 discordances entre ATB FUNGUS3® - carte Vitek

1 « very major » Souche testées 2x puis donne 1 discordance mineure

4 mineures Les résultats obtenus ont été comparé à ceux de l’étude précédente. Ci-dessous, voici les discordances observées.


40/62


50 souches testées Discordances entre mes résultats et les résultats de l’étude précédente

1 « very major » 3 majeures 31 discordances au

total 27 mineures



41/62

3.7 Interprétation

3.7.1 Pourcentages de concordance et discordance entre l’ATB FUNGUS3® et la Carte Vitek AST-YS01®

Candida albicans

Flucytosine Amphotéricine B Fluconazole Voriconazole

Concordances 30/30 = 100% 30/30 = 100% 29/30 = ~97% 30/30 = 100% Discordances mineures - - 1/30 = ~3% -

Discordances majeures - - - -

Discordances very majeur - - - -

Candida tropicalis


Concordances 2/2 = 100% 2/2 = 100% 2/2 = 100 2/2 = 100 Discordances mineures - - - -



Candida glabrata


Concordances 4/4 = 100% 4/4 = 100% 3/4 = 75% 4/4 = 100% Discordances mineures - - 1/4 = 25% -



Candida parapsilosis


Concordances 2/2 = 100% 2/2 = 100% 2/2 = 100% 2/2 = 100% Discordances mineures - - - -





Candida krusei Flucytosine Amphotéricine

B Fluconazole Voriconazole

Concordances 5/7 = ~71% 7/7 = 100% 7/7 = 100% 7/7 = 100% Discordances mineures 2/7 = ~29% - - -



Candida lusitaniae





Candida kefyr





Candida guilliermondii







Cryptococcus neoformans


Concordances 2/2 = 100% 2/2 = 100% 2/2 = 100% ND Discordances mineures - - - -



D’après le fabriquant, le résultat en carte du voriconazole pour le Cryptococcus neoformans n’est pas disponible (ND). C’est la raison pour laquelle nous avons testé 5 souches de Cryptococcus neoformans. Effectivement, nous n’avons obtenu aucun résultat. Nous voyons clairement que la majorité des discordances se situe au niveau des antifongiques Flucytosine pour les Candida krusei et le Fluconazole pour les Candida albicans et glabrata. Nous constatons également que le Cryptococcus neoformans et certaines espèces de Candida ont une concordance parfaite comme pour le C. guilliermondii, C. kefyr, C. lusitaniae, C. parapsilosis et le C. tropicalis. Pour le Candida albicans, nous notons 1 discordance mineure pour 30 souches testées, ce qui est tout à fait acceptable. Par contre, pour le Candida krusei, il y a 2 discordances sur 7 souches testées. Pour finir, nous constatons qu’il y a 1 discordance sur 4 souches testées pour le Candida glabrata. Il s’agit de la souche pour laquelle nous avons eu le plus de discordances. Comme nous pouvons le constater, il y a environ 25% de discordances pour le Fluconazole pour le Candida glabrata ce qui correspond aux données de la littérature. Le voriconazole est actuellement le traitement de choix pour cette espèce. Quant aux Candida krusei, le traitement de choix est le voriconazole et la caspofongine qui est un nouveau traitement.



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3.7.2 Pourcentages de concordance et discordance entre nos résultats et ceux obtenus dans l’étude précédente

Résultat étude précédente ATB FUNGUS2® – mes résultats

Flucytosine Amphotéricine B Fluconazole Itraconazole

Concordances 12/15 = 80% 15/15 = 100% 11/15 = ~73% 5/15 = ~33% Discordances mineures 3/15 = 20% - 2/15 = ~13% 8/15 = ~54%

Discordances majeures - - 1/15 = ~7% 2/15 = ~13%

Discordances very majeur - - 1/15 = ~7% -

Remarques - - - -

Résultat étude précédente FUNGITEST – mes résultats Flucytosine Amphotéricine

B Fluconazole Itraconazole

Concordances 9/15 = 60% 11/13 = ~85% 6/15 = 40% 9/13 = ~69% Discordances mineures 6/15 = 40% 2/13 = ~15% 9/15 = 60% 3/13 = ~23%

Discordances majeures - - - 1/13 = ~8%


Remarques - 2 ininterprétables - 2 ininterprétables Comme l’antifongique itraconazole n’est pas présent dans les cartes Vitek, nous avons comparé nos résultats avec ceux obtenus dans l’étude précédente. En comparant ces résultats, nous nous apercevons que c’est au niveau du fluconazole qu’il y a le plus de discordances. Il y a également peu de concordance au niveau de l’itraconazole. Nous constatons qu’il y a tout de même une meilleure correspondance avec les résultats de l’ATB FUNGUS2® bien que le nombre de discordances soit relativement élevé.

3.7.3 Reproductibilité La reproductibilité des deux méthodes est vérifiée grâce à 2 souches ATCC testées lors de chaque série. Pour la souche ATCC de Candida parapsilosis, la reproductibilité est excellente pour les 2 méthodes et les résultats obtenus correspondent à ceux attendus Pour la souche ATCC de Candida krusei, la reproductibilité est très bonne aussi, seule une fois les 2 méthodes ont donné une discordance mineure. Une erreur de manipulation en est sûrement la cause.



3.8 Discussion

3.8.1 Avantages et inconvénients de l’ATB FUNGUS3®

Avantages

- Le matériel dont on a besoin est fourni dans le kit, sauf le NaCl

0.85%

- Les CMI obtenues sont précises, grâce à plusieurs concentrations

d’antifongiques différentes.

- Interprétation des résultats facilitée par rapport à l’E-test.

- Le prix est relativement bon marché, environ Fr. 140.95.- pour 25

galeries soit Fr. 5.65.- par galerie

Inconvénients

- Préparation assez longue comprenant plusieurs étapes

- La lecture de la quantification de la croissance est relativement

difficile au début et peut varier selon les personnes. Le résultat

dépend de notre jugement.

- Parfois résultat peu clair. Le problème provenait certainement

d’une mauvaise préparation ou d’une incubation inadéquate.

- Le temps d’incubation est de 24 heures pour toutes les espèces,

sauf le Candida glabrata (48 heures).

- Après 48 heures, les cupules de la galerie sont parfois sèches et

ininterprétables.

- Le contenu d’un kit est de 25 galeries et la date de péremption est

de 8 mois. Le kit ne sera certainement pas écoulé durant ce laps

de temps.



3.8.2 Avantages et inconvénients de la carte Vitek AST-YS01®

Avantages

- La préparation est simple et rapide.

- Facilité de stockage et pour l’élimination des déchets.

- Code barre individuel (reconnaissance du type de carte,

traçabilité, carte périmée rejetée par le système).

- Tout le matériel est fourni, soit la carte. Il manque juste le NaCl

pour faire la suspension.

- Les temps d’incubation prescrits sont plus ou moins corrects pour

toutes les espèces de Candida ainsi que pour le Cryptococcus

neoformans.

- Résultats rapidement disponibles.

- Méthode standardisée et automatisée.

- Reproductibilité excellente.

- Le contenu du kit est de 20 cartes et la date de péremption est de

14 mois, donc adapté à la consommation en routine.

Inconvénients

- Le prix est plus élevé que pour l’ATB FUNGUS3® :

environ Fr. 173.40.- pour 20 cartes soit Fr. 8.65.- par carte.

- Il manque l’itraconazole par rapport à la galerie ATB FUNGUS3®.

3.9 Conclusion et synthèse Personnellement, les deux antifongigrammes obtiennent des résultats plus ou moins équivalents. Cependant, les CMI obtenues avec la nouvelle carte Vitek AST-YS01® ont une meilleure précision ainsi qu’une bonne reproductibilité, car c’est l’automate qui définit la CMI et non l’œil du technicien. Après avoir étudié les différents avantages et inconvénients des deux méthodes, je pense que la nouvelle carte Vitek AST-YS01® est la méthode la plus intéressante pour un laboratoire tel que celui de l’ICHV de Sion.



La carte Vitek AST-YS01® ne coûte pas tellement plus cher que les galeries ATB FUNGUS3®. De plus, il est intéressant d’avoir des CMI précises. La méthode est automatisée et il y a donc une bonne reproductibilité et pas de variations suivant la personne qui doit rendre les résultats. Quant à l’aspect pratique, tout est compris dans le kit à part les tubes en plastique stériles, les écouvillons et le NaCl à 0.85% soit du matériel utilisé en routine donc n’engendrant pas de frais supplémentaires. Un autre point positif est le gain de temps par rapport à l’autre méthode. Ceci est intéressant pour le médecin afin de prescrire un traitement adéquat rapidement. Pour ce qui est des résultats, nous rendons ceux obtenus par l’automate. Un autre point positif est la longue échéance de la date de péremption qui est de 14 mois par rapport à 8 mois pour les galeries. Les points négatifs seraient l’absence d’itraconazole par rapport à la galerie ATB FUNGUS3®, ainsi que la présence des 4 antifongiques présents dans la carte. Il n’y pas de possibilités de tester d’autres antifongiques. En ce qui concerne cette galerie il s’agit d’une bonne méthode également. Cependant, le nombre de manipulations pour la préparation est plus important que pour la méthode en carte. De plus, les résultats sont moins fiables au niveau des CMI. Pour ces raisons, les galeries sont moins bien adaptées à un laboratoire de routine tel que l’unité de bactériologie de l’ICHV de Sion. En revanche, le prix est plus intéressant et il y a un antifongique de plus. 3.10 Perspectives Il serait intéressant de tester en parallèle d’autres méthodes d’antifongigrammes produits par différents fournisseurs comme par exemple Eurobio ou Biorad. Ceci permettrait de comparer de manière élargie toutes les techniques actuellement sur le marché, ou de tester d’autres espèces de Candida comme le Candida dubliniensis, le C. norvegensis, le C. robusta ou le C. famata. Un autre point intéressant serait de tester de nouveaux antifongiques comme la caspofongine ou le posaconazole. Nous pourrions également tester plus de souches ce qui nous permettrait d’avoir un meilleur aperçu des capacités de cette nouvelle méthode.



4. Remerciements Pour commencer, je souhaite remercier le Dr. Gérard Praz qui m’a permis de réaliser cette étude au sein du laboratoire de bactériologie de l’ICHV de Sion. Je remercie également toute l’équipe du laboratoire de bactériologie de l’ICHV pour leur disponibilité, leur bonne humeur et leur gentillesse. Je tiens à remercie tout particulièrement Mme Lysiane Tissières Lovey, laborantine-cheffe, qui m’a consacré de son précieux temps et qui m’a guidée et conseillée ainsi que Dominique Constantin de m’avoir mis à disposition les souches ce qui m’a permis de réaliser cette étude. 5. Glossaire • Antifongigramme : Technique de détermination de l’activité d’un ou

plusieurs antifongiques face à un champignon (levure ou moisissure).

• Antifongique : C’est une substance naturelle ou un médicament

susceptible d’entraver le développement ou bien de détruire le champignon.

• Ascomycètes : Subdivision des champignons dont le mode de

reproduction sexuée est caractérisé par la formation d’asques et d’ascospores.

• Ascospores : Spore sexuée des Ascomycètes formée à

l’intérieur d’un asque. • Asexué : Se dit d’un mode de reproduction qui ne provient

pas de l’union de deux champignons de sexes opposés, mais résulte d’une simple mitose.

• Asque : Formation sexuée chez les Ascomycètes, soit

arrondie, soit allongée avec une ou deux paroi (s). Elle renferme les ascospores (après méiose).

• ATCC : American Type Culture Collection. Il s’agit de

souches de référence provenant de l’Institut Pasteur à Paris permettant de vérifier les techniques utilisées, de définir leur reproductibilité et de valider les résultats obtenus.

• Basidiomycètes : Subdivision des champignons dont la reproduction

sexuée est caractérisée par la formation de spores externes (basidiospores) formés à l’extrémité des basides.



• Bourgeonnement : Mode de propagation asexué rencontré souvent chez les levures. Cela aboutit à la production de cellules filles issues de la cellule initiale par séparation d’une excroissance de cette dernière appelée cellule mère. Le bourgeonnement multilatéral correspond à un bourgeonnement dans plusieurs directions.

• Caséeux : Se dit d’une lésion qui a l’aspect et la consistance

du fromage. • Chitine : C’est un composé polysaccharidique à base de N-

acétyl-glucosamine, qui rentre dans la composition de la carapace des insectes et des crustacés. Il est aussi présent à des degrés divers, dans la paroi des champignons.

• Cosmopolite : Se dit d’un organisme qui vit partout dans le

monde. • Deutéromycètes : Subdivision regroupant l’ensemble des

champignons dont la reproduction sexuée est inconnue. Ils comprennent 3 classes : les Hyphomycètes, les Coelomycètes et les Blastomycètes.

• Eucaryotes : C’est l’ensemble des êtres vivants qui possèdent

un vrai noyau. Ils se divisent en quatre règnes : les protistes, les mycètes, les plantes et les animaux.

• Fongicide : Substance (ou médicament) qui est capable dans

certaines conditions, de tuer le champignon. • Fongistatique : Substance (ou médicament) qui n’est capable que

de ralentir ou d’inhiber la croissance des champignons sans les détruire.

• Hétérotrophe : Mode nutritionnel des êtres vivants appartenant au

règne animal et à celui des champignons qui pour se nourrir, utilisent des aliments organiques déjà produits par d’autres organismes vivants.

• Hexosaminidase : Il s’agit d’une enzyme impliquée dans l’hydrolyse

de plusieurs molécules contenant de l’hexose. • Hyphe : Chez les champignons, c’est l’élément constitutif

du thalle, d’aspect tubulaire, septé ou non comme chez les Zygomycètes. L’ensemble des hyphes constituent le mycélium. Synonyme : filaments mycéliens.



• Mac Farland : Unité de mesure d’un trouble produit par des bactéries dans une solution.

• Métabolite : Se dit du produit de la transformation d’une

substance de l’organisme. • Monomères : Il s’agit de molécules qui peuvent s’unir les unes

aux autres pour former des polymères. • Mycélium : Ensemble d’hyphes qui constituent le thalle :

élément végétatif des champignons. • Mycètes : Il s’agit d’un des cinq règnes du monde vivant

selon la classification de Wittaker (1969) C’est un organisme eucaryote, hétérotrophe constitué d’un thalle unicellulaire ou filamenteux, qui vit en saprophyte ou parfois en parasite. Synonyme : champignon.

• Mycotoxinose : Intoxication d’orginie alimentaire provoqué par un

champignon microscopique qui s’est développé dans les aliments (céréales).

• Plasmalemme : Il s’agit de la structure qui définit la cellule. C’est un

constituant universel de toutes les cellules vivantes.

• Rhizopode : Phylum regroupant les Protozoaires qui se

déplacent et se nourrissent à l’aide d’expansions cytoplasmiques (exemple : amibes).

• Sabouraud : Milieu de culture habituel en mycologie, il contient

de la gélose (agar-agar), de peptone de soja, du glucose et de l’H2O distillée. On y additionne souvent des antibiotiques (gentamicine et chloramphénicol) et un antifongique pour inhiber la pousse de certaines moisissures et levures indésirables.

• Saprophyte : Se dit d’un organisme vivant qui s’alimente dans la

nature à partir de débris organiques en décomposition (matière morte).

• Spore : Élément qui assure la dispersion et la reproduction

des champignons. Elle provient d’une reproduction sexuée ou asexuée. Synonyme : propagule fongique.



• Taxonomie : Science de la classification qui permet de regrouper les êtres vivants en taxons (genres, espèces) selon des critères bien définis.

• Thalle : Ensemble de l’appareil végétatif et reproducteur

d’un champignon. Il peut être unicellulaire (levure) ou filamenteux.

• Topique Se dit d’un traitement qui s’applique localement,

directement sur la peau et les muqueuses. Le but est d’agir localement et de diminuer les effets généraux des traitements.

• Tropisme : Le fait d’être attiré vers. 6. Bibliographie 6.1 Livre • Chabasse,D., Guigen, Cl. & Contet-Audonneau, N. (1999). Mycologie

médicale. Paris : MASSON • Grigoriu, D., Delacrétaz, J.& Borelli, D. (1984). Traité de mycologie médicale.

Suisse : Payot 6.2 Brochure • Conférence de consensus commune (2004). Prise en charge des candidoses

et aspergilloses invasives de l’adulte. Paris : ELSEVIER MASSON • DANNAOUI, E. (31.05.2007). Principaux antifongiques systémiques :

Mécanismes d’action et de résistance, spectre, indications. Centre National de Référence de la Mycologie et des Antifongiques, Institut Pasteur, Paris

6.3 Supports de cours, documents non publiés • Chabasse, D., Bouchara, J.-P., de Gentile, L., Brun, S., Cimon, B., Penn, P.

(2004). Cahier de Formation : Biologie médicale N°31 : Les dermatophytes. [Présentation Power Point]. Bioforma, France

• Chabasse, D., Bouchara, J.-P., de Gentile, L., Brun, S., Cimon, B., Penn, P.

(mars 2002). Cahier de Formation : Biologie médicale N°25 : Les moisissures d’intérêt médical. [Présentation Power Point]. Bioforma, France

• Constantin, D. (20.09.2003). Classeur des stagiaires.[Polycopié]. Laboratoire

de bactériologie, ICHV Sion • Freydière, A.-M. (14.06.2007). Méthodes de détermination de la sensibilité

aux antifongiques. [Présentation Power Point]. Centre de Bioforma, France



6.4 Internet • Bahji, M., Sbiti, M., Belmaki, A., Agoumi, A. (13.03.2009). Diagnostic

Biologique et identification des levures du genre candida [Page Web]. Accès : http://www.medramo.ac.ma/fmp/revue_marocaine/ARTICLES/2003-1/diagnostic%20biologique%20des%20candida.pdf (Page consultée le 11.03.2009)

• BIOMERIEUX.(06.03.2009). Products VITEK® 2 Antifungal Testing [Page Web]. Accès : http://www.biomerieux-diagnostics.com/servlet/srt/bio/clinical-diagnostics/dynPage?doc=CNL_PRD_CPL_G_PRD_CLN_92 (Page consultée le 01.12.2008)

• BIOMERIEUX.(06.03.2009). Produits ATB™ FUNGUS 3 [Page Web]. Accès :

http://www.biomerieux.fr/servlet/srt/bio/france/dynPage?doc=FRN_CLN_PRD_G_PRD_CLN_4 (Page consultée le 01.12.2008)

• Compendium Suisse des Médicaments. (2009). COMPENDIUM SUISSE DES MEDICAMENTS. [Page Web]. Accès : http://www.kompendium.ch/Search.aspx?lang=fr (Page consultée le 12.03.2009)

• LABMED. (12.11.2007). Sujets choisis de mycologie ; Levures : Candida [Page Web]. Accès : http://www.labmed.ch/doc/doc_download.cfm?uuid=36309A76D9D9424C4F9520A5E21C828F&&IRACER_AUTOLINK&& (Page consultée le 11.03.2009)

• Regents of the University of California.(29.01.2003). Yeasts [Page Web]. Accès : http://labmed.ucsf.edu/education/residency/fung_morph/launchpage.html (Page consultée le 08.12.2009)

http://www.medramo.ac.ma/fmp/revue_marocaine/ARTICLES/2003-1/diagnostic biologique des candida.pdf

http://www.medramo.ac.ma/fmp/revue_marocaine/ARTICLES/2003-1/diagnostic biologique des candida.pdf

http://www.biomerieux-diagnostics.com/servlet/srt/bio/clinical-diagnostics/dynPage?doc=CNL_PRD_CPL_G_PRD_CLN_92

http://www.biomerieux-diagnostics.com/servlet/srt/bio/clinical-diagnostics/dynPage?doc=CNL_PRD_CPL_G_PRD_CLN_92

http://www.biomerieux.fr/servlet/srt/bio/france/dynPage?doc=FRN_CLN_PRD_G_PRD_CLN_4

http://www.biomerieux.fr/servlet/srt/bio/france/dynPage?doc=FRN_CLN_PRD_G_PRD_CLN_4

http://www.kompendium.ch/Search.aspx?lang=fr



http://labmed.ucsf.edu/education/residency/fung_morph/launchpage.html



7. Annexes 7.1 Procédure pour l’ATB FUNGUS3®



7.2 Feuille de résultat pour l’ATB FUNGUS3®



55/62

7.3 Résultats de l’étude précédente

No Localisation CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat Remarques6 Hémoculture 0.5 S 0.5 S 0.5 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S7 Hémoculture 0.5 S 0.5 S 0.25 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S Flu: S8 Hémoculture 0.5 S 0.5 S 0.25 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S

11 Hémoculture 0.5 S 0.5 S 0.25 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S Flu: S23 Gorge 0.5 S 0.5 S 16 I 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 4 I38 Pus profond 0.5 S 0.5 S 1 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S Incub.A:2j45 L.Pleural 0.5 S 0.5 S 0.25 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S46 Lèvre 0.5 S 0.5 S 0.25 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S50 Hémoculture 0.5 S 0.5 S 0.5 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S55 Pl.profonde 0.5 S 0.5 S 4 S 0.25 I < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S56 Urine sondée 0.5 S 0.5 S 0.25 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S57 Hémoculture 0.5 S 0.5 S 0.25 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S58 Hémoculture 0.5 S 0.5 S 0.25 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S Flu: S59 Hemoculture 0.5 S 0.5 S 1 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S60 Hémoculture 0.5 S 0.5 S 1 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S Flu: S61 Gorge 0.5 S 0.5 S 0.25 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S62 Sputum 0.5 S 0.5 S 64 R 0.25 I < 2 S < 2 S < 64 I <0.5 S Incub.A:2j63 Gorge 0.5 S 0.5 S 0.25 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S64 L.Péritonéal 0.5 S 0.5 S 0.25 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S65 L.Péritonéal 0.5 S 0.5 S 0.25 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S66 Hémoculture 0.5 S 0.5 S 0.5 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 s < 0.5 S Incub.A:2j67 Sputum 0.5 S 0.5 S 0.5 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S68 L.Pleural 0.5 S 0.5 S 0.25 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S69 Bouche 0.5 S 0.5 S 0.25 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S70 Hémoculture 0.5 S 0.5 S 0.25 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S79 Hémoculture 0.5 S 0.5 S 0.5 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S80 Hémoculture 0.5 S 0.5 S 0.25 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S81 Hémoculture 0.5 S 0.5 S 0.25 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S

FUNGITEST®

Résultats: Candida albicans

Fluconazol

≤ 8 - ≥ 64

Itraconazol

≤0.5 - ≥ 64

Flucytosine

≤ 2 - ≥ 32

Amphotéricine B

≤ 2 - ≥ 8

ATB FUNGUS 2® Flucytosine

≤4 / 8-16 / 32

Itraconazol

≤0.125/0.25-0.5/≥1

Amphotéricine B

≥ 2 = R

Fluconazol

≤8 / 16-32 / ≥64



56/62

No Localisation CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat Remarques82 Gorge 0.5 S 0.5 S 0.25 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S84 Gorge 0.5 S 0.5 S 16 I 2 R < 2 S < 2 S < 64 I < 4 I Incub.A:3j98 Sputum 0.5 S 0.5 S 64 R 4 R < 2 S < 2 S < 64 I > 4 R Incub.A:2j99 Gorge 0.5 S 0.5 S 0.25 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S Incub.A:2j

100 Gorge 0.5 S 0.5 S 0.5 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S101 Gorge 0.5 S 0.5 S 64 R 4 R < 2 S < 2 S > 64 R < 4 I Incub.A:2j102 Gorge 0.5 S 0.5 S 32 I 0.125 S < 2 S < 2 S < 64 I < 0.5 S Incub.A:2j103 Gorge 0.5 S 0.5 S 0.25 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S104 Gorge 0.5 S 0.5 S 0.5 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S105 0.5 S 0.5 S 0.5 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S106 Sputum 0.5 S 0.5 S 0.5 S 1.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S107 Hémoculture 0.5 S 0.5 S 0.25 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S108 Hémoculture 0.5 S 0.5 S 0.25 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S109 0.5 S 0.5 S 0.25 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S110 Hémoculture 0.5 S 0.5 S 0.25 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S111 Hémoculture 0.5 S 0.5 S 0.5 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S92 Hémoculture 0.5 S 0.5 S 0.25 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S95 Hémoculture 0.5 S 0.5 S 0.5 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S

Souches ATCC

Discordance mineure

Discordance majeure

Souche testée 2 x

Incub.A = Incubation ATB FUNGUS

ITR = Itraconazol testé au CHUV

FLU = Fluconazol testé au CHUV

Flucytosine

≤ 2 - ≥ 32

Résultats: Candida albicans suite

Flucytosine

≤4 / 8-16 / 32

Itraconazol

≤0.125/0.25-0.5/≥1

Amphotéricine B

≥ 2 = R ≤8 / 16-32 / ≥64 ≤ 2 - ≥ 8

Amphotéricine B

FUNGITEST®Itraconazol

≤0.5 - ≥ 64

ATB FUNGUS 2®Fluconazol

≤ 8 - ≥ 64

Fluconazol



57/62

No Localisation CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat Remarques2 Vagin 0.5 S 0.5 S 1 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S4 Hémoculture 0.5 S 0.5 S 1 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S Incub.A:2 j./ Flu:S5 Hémoculture 0.5 S 0.5 S 0.25 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S ≥ 4 R Incub.A:2 j./ Flu:S/ Itr:I9 Hémoculture 0.5 S 0.5 S 2 S 0.5 I < 2 S < 2 S < 64 I 4 R Incub.A:2j./ Flu:I/ Itr:R

14 Hémoculture 0.5 S 0.5 S 0.25 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S Incub.A:3j./ Flu:S15 Aspiration 0.5 S 0.5 S 0.25 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S Incub.A:2j17 Hémoculture 0.5 S 0.5 S 2 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 64 I ≥ 4 R19 Hémoculture 0.5 S 0.5 S 16 I 1 R < 2 S < 2 S ≥ 64 R ≥ 4 R Incub.A:2j./ Flu:S/ Itr:I 37 Aspiration 8 I 0.5 S 2 S 0.5 I < 32 I < 2 S < 8 S < 4 I Incub.A:2j39 Aspiration 0.5 S 0.5 S 2 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S Incub.A:2j53 Lame 0.5 S 0.5 S 0.25 S 0.125 S < 32 I < 2 S < 8 S < 4 I Incub.A:2j54 Cathéter 2 S 0.5 S 2 S 0.25 I < 2 S < 2 S < 8 S < 4 I Incub.A:2j

Souches ATCC

Discordance mineure

Discordance majeure

Souche testée 2 x



≤4 / 8-16 / 32 ≥ 2 = R ≤8 / 16-32 / ≥64 ≤0.125/0.25-0.5/≥1Itraconazol

≤ 2 - ≥ 32 ≤ 2 - ≥ 8 ≤ 8 - ≥ 64Fluconazol

≤0.5 - ≥ 64


Résultats: Candida glabrata

ATB FUNGUS 2® FUNGITEST® Flucytosine Amphotéricine B Fluconazol Itraconazol Flucytosine Amphotéricine B



58/62

No Localisation CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat Remarques1 Ulcère 16 I 2 R 16 R 0.5 I < 32 I 32 R < 64 I 4 R

24 Urotube 4 S 0.5 S 16 R 1 R < 32 I < 2 S < 64 I < 4 I25 Urine 16 I 1 S 32 R 1 R < 32 I < 8 I < 64 I < 4 I26 Cathéter cq 8 I 1 S 16 R 0.5 I < 32 I < 2 S < 64 I < 0.5 S28 16 I 0.5 S 16 R 0.5 I < 32 I < 2 S < 64 I <4 I30 Bouche 8 I 1 S 8 R 0.25 I < 32 I < 2 S < 64 I < 4 I35 8 I 0.5 S 16 R 0.5 I < 32 I < 2 S < 64 I < 4 I52 8 I 0.5 S 16 R 0.5 I < 32 I < 2 S < 64 I < 4 I72 8 I 0.5 S 16 R 0.5 I < 32 I < 2 S < 64 I < 4 I74 4 S 0.5 S 16 R 0.25 I < 32 I < 2 S < 64 I < 0.5 S83 Gorge 8 I 0.5 S 16 R 0.5 I < 32 I < 2 S < 64 I < 4 I85 AB 8 I 0.5 S 16 R 0.5 I < 32 I < 8 I < 64 I < 4 I86 Cathéter 8 I 0.5 S 8 R 0.5 I < 32 I < 2 S < 64 I < 4 I

113 8 I 0.5 S 16 R 0.25 I < 32 I < 2 S < 64 I < 4 I

Souches ATCC Incub.A = Incubation ATB FUNGUS

Discordance mineure

Discordance majeure

Souche testée 2 x

Résultats: Candida krusei




Itraconazol≤ 2 - ≥ 32 ≤ 2 - ≥ 8 ≤ 8 - ≥ 64

Fluconazol≤0.5 - ≥ 64≤4 / 8-16 / 32 ≥ 2 = R ≤8 / 16-32 / ≥64 ≤0.125/0.25-0.5/≥1



59/62

No Localisation CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat Remarques13 Hémoculture 32 R 1 S 1 S 0.25 I 32 R < 2 S < 8 S < 0.5 S27 Aspiration 0.5 S 0.5 S 0.5 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 4 I31 Sputum 64 R 0.5 S 2 S 0.25 I 32 R < 2 S < 8 S < 0.5 S32 LBA 0.5 S 0.5 S 1 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S33 Sputum 32 R 0.5 S 0.25 S 0.125 S 32 R < 2 S < 8 S < 0.5 S36 Pus profond > 64 R 0.5 S 1 S 0.25 I > 32 R < 2 S < 8 S < 0.5 S42 Aspiration 64 R 1 S 2 S 0.25 I 32 R < 2 S < 8 S < 0.5 S43 Sputum 0.5 S 1 S 2 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S44 Urine 0.5 S 0.5 S 0.25 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S47 Aspiration 0.5 S 0.5 S 0.5 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S78 Sputum 1 S 0.5 S 0.5 S 0.125 S < 32 I < 2 S < 8 S < 0.5 S88 Aspiration 32 R 0.5 S 2 S 0.125 S >32 R < 2 S < 8 S < 0.5 S91 Sputum 64 R 0.5 S 4 S 0.5 I > 32 R < 2 S < 8 S < 0.5 S96 Sputum 0.5 S 0.5 S 1 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S


Discordance mineure

Discordance majeure

Souche testée 2 x

Résultats: Candida tropicalis




Itraconazol≤ 2 - ≥ 32 ≤ 2 - ≥ 8 ≤ 8 - ≥ 64

Fluconazol≤0.5 - ≥ 64≤4 / 8-16 / 32 ≥ 2 = R ≤8 / 16-32 / ≥64 ≤0.125/0.25-0.5/≥1



60/62

No Localisation CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat Remarques3 Aspiration 0.5 S 0.5 S 0.25 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S

10 0.5 S 0.5 S 2 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S12 Hémoculture 0.5 S 0.5 S 0.25 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S16 Pl.profonde 0.5 S 0.5 S 0.25 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S18 Plaie 0.5 S 0.5 S 0.5 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S21 0.5 S 0.5 S 2 S 0.125 < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S29 Pied diabétique 0.5 S 0.5 S 0.5 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S34 0.5 S 0.5 S 2 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S48 L.Jackson 0.5 S 0.5 S 1 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S Incub.A:2j49 Biopsiefémur 0.5 S 0.5 S 0.25 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S Incub.A:2j51 0.5 S 0.5 S 2 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S Incub.A:2j71 0.5 S 0.5 S 2 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S73 0.5 S 0.5 S 0.25 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S75 Urotube 0.5 S 0.5 S 0.25 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S76 Urotube 0.5 S 0.5 S 0.25 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S94 Oreille 0.5 S 0.5 S 1 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S

96 Hémoculture 0.5 S 0.5 S 1 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S

Souches ATCC

Discordance mineure

Discordance majeure

Souche testée 2 x

≤4 / 8-16 / 32 ≥ 2 = R ≤8 / 16-32 / ≥64 ≤0.125/0.25-0.5/≥1Itraconazol

≤ 2 - ≥ 32 ≤ 2 - ≥ 8 ≤ 8 - ≥ 64Fluconazol

≤0.5 - ≥ 64Flucytosine Amphotéricine B




Résultats: Candida parapsilosis

ATB FUNGUS 2® FUNGITEST® Flucytosine Amphotéricine B Fluconazol Itraconazol



61/62

No Localisation CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat Remarques20 Aspiration 0.5 S 0.5 S 2 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 64 I < 4 I22 Sputum 0.5 S 0.5 S 1 S 0.25 I < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S77 Sputum 32 R 0.5 S 0.5 S 0.125 S < 32 I < 2 S < 8 S < 0.5 S87 cq ch 0.5 S 0.5 S 0.5 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S90 Sputum 0.5 S 0.5 S 1 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S93 Aspiration 0.5 S 0.5 S 0.5 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S97 Hémoculture 0.5 S 0.5 S 0.5 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S Incub.A:2j


Discordance mineure

Discordance majeure

Souche testée 2 x

Résultats: Candida lusitaniae



Itraconazol≤ 2 - ≥ 32 ≤ 2 - ≥ 8 ≤ 8 - ≥ 64

Fluconazol≤0.5 - ≥ 64


≤4 / 8-16 / 32 ≥ 2 = R ≤8 / 16-32 / ≥64 ≤0.125/0.25-0.5/≥1



62/62

No Localisation CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat CMI Résultat Remarques40 LCR 0.5 S 0.5 S 0.25 S 0.125 S < 32 I < 2 S < 8 S < 0.5 S41 Hémoculture 0.5 S 0.5 S 0.5 S 0.125 S < 2 S < 2 S < 8 S < 0.5 S


Discordance mineure

Discordance majeure

Souche testée 2 x

≤8 / 16-32 / ≥64Fluconazol

Résultats: Cryptococcus neoformans

≤0.5 - ≥ 64≤4 / 8-16 / 32 ≥ 2 = RItraconazol

ATB FUNGUS 2® FUNGITEST®

≤ 2 - ≥ 32


Flucytosine Amphotéricine B≤ 2 - ≥ 8 ≤ 8 - ≥ 64≤0.125/0.25-0.5/≥1


Flucytosine Amphotéricine B Fluconazol Itraconazol

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