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Analyse de la situation: résumé

”Antibiorésistance des bactéries dans ledomaine de la médecine humaine,vétérinaire et alimentaire”

élaboré par le Groupe de coordination sur les microorganismes résistants auxantibiotiques” composé de représentants des organismes suivants: Office Fédéral dela Santé Publique, Office Vétérinaire Fédéral, Office Fédéral de l’Agriculture, StationFédérale de Recherches Laitières, Liebefeld-Bern, Station Fédérale de Recherchesen Production Animale, Posieux, Union Suisse des Paysans, "Istituto CantonaleBatteriosierologico", Lugano, Université de Berne, Université de Zurich et EcolePolytechnique Fédérale de Zurich

Distribution:Office Fédéral de la Santé PubliqueService d’ information3003 Berne

KurzfassungFranz Version 19.01.00 Seite 2 von 30

Table des matières

l Situation de départ

l Vue d’ensemble des résistances du point de vue global national

l Situation dans le domaine "Aliments et Technologie"

l Situation dans le domaine "Médecine vétérinaire"

l Situation dans le domaine "Médecine humaine"

l Proposition de projet de recherche national

l Considérations générales: faits, lacunes en matière de connaissances,

nécessité de procéder à des recherches et instauration de mesures

l Résumé


Situation de départ

La découverte des antibiotiques a constitué une percée médicale. Déjà après

l’introduction clinique de ces substances, une certaine désillusion s’installait. En

effet, il s’est avéré que les bactéries pouvaient devenir résistantes aux

antibiotiques. En 1944, année de la première utilisation de la pénicilline, presque

toutes les souches de Staphylococcus aureus étaient sensibles à ce nouveau

médicament. En 1950 par contre, seuls 30% des isolats cliniques de ce germe

infectieux réagissaient à la pénicilline, cette valeur étant actuellement voisine de

15%. Au cours du temps, les bactéries ont aussi développé des résistances

multiples. Ainsi, on connaît par exemple des germes Gram négatifs résistant à 15

substances actives. Heureusement, ces résistances multiples sont limitées à un

faible nombre de souches, généralement locales, pour une seule espèce de

bactérie.

Puisque les antibiotiques sont des instruments fondamentaux de la médecine

moderne, le phénomène de l’antibiorésistance bactérienne fait l’objet d’un intérêt

marqué au sein de la communauté scientifique. Les travaux publiés ces dernières

décennies se sont donc multipliés concernant les mécanismes, la transmission et

la propagation de l’antibiorésistance des bactéries. Les mesures destinées à

limiter la formation des résistances et leur propagation sont connues depuis

longtemps et diffusées dans de nombreux ouvrages de référence en matière de

microbiologie médicale. Cependant, certains doutes justifiés subsistent sur

l’application uniforme et conséquente de ces mesures de prévention.

Les recherches intensives sur l’antibiorésistance n’ont été jusqu’ici guère

remarquées par le public. Cela a changé, depuis que les médias se sont penchés

sur le problème des résistances. Fin 1997, une vaste campagne a été organisée

au cours de laquelle, en particulier, le rôle des aliments comme source de

propagation de bactéries résistantes a été souligné. Malheureusement, cette

campagne était teintée d’un aspect « sensationnel » et dépourvue de relation


appropriée avec les circonstances plutôt complexes. Ainsi, le Blick du 24 octobre

1997 mentionnait-il que la consommation de fromage d’Appenzell pourrait

entraîner, à l’avenir, une incapacité à guérir les pneumonies. On ignore encore les

fondements de ce constat. Ainsi, les germes principaux à l’origine des

pneumonies chez l’être humain ne colonisent ni les intestins ni le fromage et, bien

que la pénicilline soit utilisée depuis plus de 50 ans, son efficacité optimale se

limite désormais au pneumocoque (1,1% de souches résistantes et 6% de moins

sensibles).

Comme les autorités sanitaires ont pu le constater, ce rapport non différencié a

suscité la crainte des lecteurs, pour qui l’antibiorésistance était un phénomène

entièrement nouveau. La nécessité de fournir des informations objectives et

étendues a pris de l’ampleur. Vu les circonstances, l’OFSP a convoqué un comité

d’experts constitué de représentants de divers offices fédéraux, instituts de

recherche, universités, et de l’association suisse des agriculteurs. Ce forum a

fourni l’occasion d’approfondir le sujet, et de répondre aux questions aiguës. Ainsi,

entre autres, l’attitude de l’OFSP a été confirmée, selon laquelle les bactéries

résistantes aux antibiotiques dans les aliments ne présentent aucun danger direct

pour les consommateurs, aucune mesure immédiate, d’autre part, n’étant

nécessaire. L’importance de l’antibiorésistance bactérienne a été soulignée : il a

été décidé d’étudier ce sujet de façon approfondie appliqué à la Suisse. Investis

de cette tâche, trois groupes de travail ont été mandatés, dans les domaines

"médecine humaine", "médecine vétérinaire" et "technologie et aliments ".

L’activité de ce comité d’experts a été dirigée et accompagné par une commission

composée de: Dr. C. Steffen, Directeur FAM (président jusqu’en juin 1998), Dr. U.

Klemm, vice-directeur OFSP (Président dès juin 98), Dr. P. Heimann, OFSP

(protocole), Dr. A. Baumgartner, OFSP, Prof. Dr. Morel, Directeur suppl. OFAG,

Dr. A.-.F. Piguet, Vice-directrice OVF, Prof. Dr. J.-C. Piffaretti, ICB Lugano, Dr. P.-

A. Raeber, Chef de Dépt. OFSP, Dr. H. Schwab, Chef de Dépt. OFSP. Fin 1998,

les groupes de travail individuels avaient terminé leurs tâches et travaux de

laboratoire, et documenté leurs résultats par écrit afin d’établir le présent rapport.


Celui-ci fournit donc une vue d’ensemble de la situation globale des résistances et

des conditions prévalant en Suisse. Le problème soulevé par les entérocoques

résistants à la vancomycine dans les aliments a également été abordé de manière

approfondie. Les conclusions présentes brossent le tableau de

l’antibiorésistance en Suisse: il existe des lacunes en matière de recherche ;

d’autre part, il est impératif d’élaborer des mesures préventives.


Vue d’ensemble des résistances du point devue global et national

Dès les balbutiements de l’ère des antibiotiques en médecine humaine, un fait

nouveau apparaissait : au cours des quelques années suivant l’introduction d’une

nouvelle classe de substances, certains germes développaient des résistances,

au point que la substance en question devenait inefficace. L’augmentation des

souches résistantes, observée avec une constance régulière, est due à la

pression de sélection qui s’exerce au sein des bactéries via les antibiotiques ; ce

phénomène prévaut en particulier en milieu hospitalier. Le problème majeur est

représenté par les germes multirésistants. L’augmentation des résistances, jointe

à un faible nombre de substances antibiotiques nouvelles ou plus développées,

représente un problème très sérieux.

Dans les pays hautement industrialisés, on observe un taux globalement plus

faible de souches résistantes que dans les pays moins développés. En Europe,

les taux de souches multirésistantes de Staphylococcus aureus sont supérieures

au sud du continent qu’au nord. De nombreuses études ont montré que l’emploi

des antibiotiques représente, en médecine humaine, le facteur de risque le plus

important dans le développement des résistances. Il existe une étroite relation

dose-efficacité pour la plupart des germes. Les grandes différences de sensibilité

du pneumocoque (Streptococcus pneumoniae) envers la pénicilline dans divers

pays européens sont étroitement corrélées à la consommation respective en

antibiotiques, mais aussi à la ”compliance” envers le traitement.

La situation de l’antibiorésistance en Suisse est relativement favorable si l’on

compare la conjoncture globale. Les taux de S.aureus multirésistants et de

pneumocoques résistants sont parmi les valeurs les plus basses d’Europe. En ce

qui concerne d’autres germes majeurs, qui montrent parfois une résistance plus


marquée, remarquons que ceux-ci ont été acquis en partie, ou surtout, à

l’occasion de voyages à l’extérieur de l’Europe (en partic. Salmonella spp.,

Campylobacter spp., Shigella spp., gonocoques). En Suisse, le problème

actuellement le plus alarmant dans le domaine extra-hospitalier est la diminution

de sensibilité de la part de diverses espèces de bactéries envers les fluoro-

quinolones, celles-ci étant administrées comme médicament de premier choix

dans diverses maladies.

De même, l’utilisation des antibiotiques chez les animaux d’élevage (du point de

vue thérapeutique, prophylactique, afin de stimuler les performances) entraîne

une sélection des bactéries résistantes, les mêmes classes de substances

(glycopeptides, fluoro-quinolones) étant utilisées qu’en médecine humaine. Il ne

fait aucun doute que ce phénomène influence le développement des résistances

en médecine humaine.

On admet de plus en plus que l’augmentation manifeste et parfois dramatique,

dans de nombreux pays, des germes résistants, est due à l’usage irréfléchi des

antibiotiques. Le meilleur moyen de diminuer la pression sélective des

antibiotiques sur les bactéries est de réduire leur utilisation (en médecine

vétérinaire, une mesure de ce genre a été l’interdiction de stimulants des

performances d’origine antimicrobienne). En matière de prescription surtout, il est

possible de procéder à des modifications dans un sens positif. La propagation des

germes nosocomiaux peut être évitée en premier lieu par des mesures dans le

domaine de l’hygiène. Outre ces mesures immédiates, il faut procéder à une

évaluations des risques concernant diverses questions en suspens, afin de

permettre, le cas échéant, d’introduire des mesures favorisant un emploi plus ciblé

des antibiotiques.


Situation dans le domaine "Aliments ettechnologie"

Les faits

l Les systèmes rendus obligatoires depuis 1995 dans l’industrie alimentaire

concernant les pratiques correctes en matière de fabrication et de sécurité

alimentaire ont permis de diminuer les taux de bactéries résistantes dans les

aliments.

l En ce qui concerne les aliments produits dans des systèmes ouverts (tels que le

fromage), la pasteurisation ne suffit pas à éliminer les entérocoques.

l Les entérocoques résistants à la vancomycine sont très rarement présents dans

les aliments prêts à la consommation (<1%). Il semblerait que l’augmentation de

ces souches bactériennes en médecine humaine ne puisse être attribuée à la

consommation des aliments en question.

l En Suisse, la contamination du lait en circulation par les antibiotiques ne

présente aucun danger. En 1997, seuls 0,04% sur plus de 500 000 échantillons

examinés ont présenté une réaction positive au test d’inhibition.

l Pour les germes de la mastite du bœuf, les résistances n’ont pas montré

d’aggravation entre 1980 et 1992 . Pour les staphylocoques, on a même

constaté une diminution de la résistance à la pénicilline.

l Les cultures-starter provenant de la FAM et d’autres producteurs internationaux

sont contrôlées de façon permanente afin de détecter leur résistance envers les

antibiotiques ; elles ne présentent aucun danger.

l On dispose de méthodes technologiques capables de réduire la teneur en

entérocoques dans les fromages à pâte dure.

l Les gènes marqueurs résistants à l’ampicilline dans les espèces végétales

génétiquement modifiées n’ont aucune signification du point de vue de la

propagation des résistances.

l Les klebsiellas et souches d’E. coli présentes dans les aliments prêts à la

consommation sont moins souvent résistantes que les cultures isolées en

clinique des mêmes bactéries.

Autres tâches et priorité de traitement


l Le rôle des aliments dans la transmission d’une antibiorésistance chez l’homme

doit être approfondi et quantifié.

l Le screening des aliments prêts à la consommation concernant leur résistance à

la vancomycine devrait être poursuivi, afin de pouvoir effectuer de meilleures

prédictions quant à la probabilité.

l Un monitoring des aliments prêts à la consommation devrait être élaboré quant à

la présence de germes indicateurs résistants.

l Il faudra, à l’avenir, exiger des fabricants d’aliments probiotiques la preuve selon

laquelle les organismes actifs ne possèdent aucune résistance qui ne soit de

nature intrinsèque.

l L’emploi de natamycine dans le traitement de surface des fromages doit être

mieux étudié à la lumière du problème des résistances.

Conclusions

Les aliments prêts à la consommation peuvent contenir des germes utiles du point

de vue technologique sous forme de flore bactérienne (cultures-starters,

probiotiques), bactéries saprophytes de l’environnement ainsi que germes

pathologiques. La présence de ces derniers équivaut à une menace directe pour la

santé de l’homme. Les risques sont encore accrus lorsque les germes pathologiques

sont multirésistants (p. ex. Salmonella typhmurium DT104). La restriction des risques

inhérents à ce type de germes a lieu via les systèmes de sécurité prescrits par la loi

pour les fabricants d’aliments (Hazard Analysis Critical Control Point-System). Parmi

les germes saprophytes trouvés dans les aliments, certains représentants comme p.

ex. les entérocoques, E. coli et les klebsiellas peuvent entraîner des maladies chez

l’être humain (p. ex. infections urogénitales). La présence des bactéries citées dans

les aliments est cependant sans danger, puisqu’elles sont naturellement présentes,

en grande quantité, dans l’intestin de l’homme et des animaux. En outre, nos propres

expériences montrent que les entérocoques, p. ex., possédant une résistance

transmissible envers la vancomycine et considérés comme critiques, sont


exceptionnellement présents dans les aliments prêts à la consommation, dont le

fromage. Il est toutefois justifié de se demander quel est le rôle des aliments dans la

propagation, dans la nature, des gènes résistants. La complexité de l’écologie des

résistances n’autorise guère une réponse concluante. On peut cependant supposer

que les aliments prêts à la consommation ne jouent qu’un rôle marginal. Ainsi, on a

pu démontrer que E. coli et les klebsiellas alimentaires sont bien moins résistants

que les souches cliniquement isolées, ce qui indiquerait plusieurs systèmes de

circulation. D’autres faits indiquent également que la cause principale du problème

des résistances doit être recherchée dans le domaine médical. Ainsi, divers germes

résistants causent des problèmes considérables, qui ne sont pas en relation avec les

aliments (p. ex. M. tuberculosis). Cela ne doit cependant pas inciter à abolir les

mesures visant à réduire à un minimum l’apparition de bactéries résistantes dans les

aliments. Dans ce cadre, il est essentiel que les cultures-starters soient dépourvues

de résistances non intrinsèques. En Suisse, c’est un fait acquis. La même exigence

doit aussi être établie pour les cultures de bactéries probiotiquement actives.

Ensuite, l’introduction de bactéries inutiles dans les aliments devrait être globalement

réduite au minimum. Les méthodes de choix sont assurées par une pratique de

fabrication adéquate ainsi que par l’hygiène personnelle, à laquelle les fabricants

d’aliments sont astreints par la loi depuis 1995. Enfin, l’emploi des antibiotiques dans

la production alimentaire ne doit être autorisé que lorsque aucune alternative n’est

disponible, et à condition de disposer d’une estimation précise des risques. Les

mesures citées appliquées au domaine alimentaire permettront de contribuer de

manière décisive à réduire la propagation des propriétés de résistance des

bactéries.


Situation en médecine vétérinaire

L'utilisation des antibiotiques en médecine vétérinaire et dans la production animale

suscite actuellement certaines craintes dans le grand public. Il est évident que toute

utilisation d'antibiotiques (médicale, vétérinaire ou phytosanitaire) exerce une pres-

sion de sélection sur les bactéries concernées et, de ce fait, conduit à une escalade

du problème d’antibiorésistance et à une menace à long terme.

Des travaux scientifiques récents démontrent la présence de bactéries porteuses de

résistances dans certains produits laitiers et carnés, et suggèrent que les antibioti-

ques utilisés dans l'alimentation animale ou lors de traitements vétérinaires pour-

raient en être la cause.

En Suisse, l'interdiction de l'usage des antibiotiques dans l'alimentation animale (sti-

mulateurs de croissance antimicrobiens) est entrée en vigueur le 1er janvier 1999,

avec un délai transitoire qui s'étend jusqu'au 30 juin 1999. Elle a pour but une dimi-

nution de l'usage des antibiotiques dans l'élevage des animaux. Ancrée dans la nou-

velle loi sur l'agriculture (PA 2002), cette interdiction entraîne une réglementation

plus sévère de l'usage médicamenteux des antibiotiques en médecine vétérinaire et

l'obligation de documenter les traitements des animaux de rente. La tenue d'un "jour-

nal des traitements" permet effectivement de mieux surveiller et d'améliorer la santé

animale et d'éviter l'usage abusif des antibiotiques, ce qui contribue à la maîtrise du

problème de l'antibiorésistance.

La préparation d'une large information de tous les intéressés s'est déroulée avec la

collaboration de l'office fédéral de l'agriculture, des vétérinaires cantonaux, de la so-

ciété des vétérinaires suisses, de la vulgarisation agricole et de l'Union suisse des

paysans. La campagne d'information doit débuter en janvier 1999. Chaque détenteur

de bétail recevra un classeur contenant des formulaires-type et toutes les explica-

tions nécessaires à la tenue du journal des traitements.

D'autres mesures sont également envisagées pour les années à venir. La mise sur

pied d'un système de surveillance de l'antibiorésistance en médecine vétérinaire doit


permettre un suivi régulier de la situation. Il est prévu de coordonner ce programme

à celui de la médecine humaine comme à ceux qui se mettent en place dans les

autres pays. Plusieurs groupes de travail élaborent actuellement un programme de

mesures à long terme qui concernent les dispositions à prendre en matière de santé

animale, de méthodes de production, d'élevage, de détention et de management.

Le but de ces mesures est de diminuer l'usage général des antibiotiques dans la

production animale sans que l'on ait recours à d'autres substances pour compenser

les effets bénéfiques perdus.

Dans le domaine de la formation, il est prévu d'inclure le sujet dans les cours dispen-

sés par les écoles d'agriculture. De son côté. la société des vétérinaires suisses as-

sure la formation continue de ses membres et organise des cours décentralisés ("Du

bon usage des médicaments" ) qui mettront l'accent sur les antibiotiques et l'antibio-

résistance.


Situation en médecine humaine

La résistance progressive aux antibiotiques est consécutive en premier lieu à la

pression de sélection opérée par leur usage en médecine. Le passage des résis-

tances d’origine animale dans l’écologie humaine est démontré, mais peu étudié. Il

s’agit de prévenir la transmission des résistances, qu’elles soient d’origine humaine,

alimentaire ou animale.

La surveillance médicale est partielle et s’adresse à un groupe limité de germes

communautaires ou hospitaliers. Les laboratoires nationaux de référence contribuent

à cette surveillance. Parmi les lacunes identifiées, on signale le besoin d’élargir la

gamme et les possibilités d’interventions ; l’absence de surveillance systématique en

pratique hospitalière ; l’insuffisance de tests diagnostiques microbiologiques rapides

qui permettraient d’éviter les traitements à l’aveugle ; le manque de données sur

l’acceptance et la discipline dans le traitement ambulatoire ; l’ignorance de la

consommation globale des antibiotiques en Suisse ; l’absence d’analyse du risque

humain lié à la consommation animale d’antibiotiques ; l’importance des germes

commensaux n’est pas connue ; l’absence de nouvelle famille d’antibiotiques depuis

un quart de siècle.

La conférence européenne des 9 au 10 septembre 1998 à Conpenhage sur ‘The

Microbial Threat’ a dressé une liste de recommandations : ‘The Copenhagen Re-

commandation’. Dans le même sens, trois groupes de mesures doivent être en-

treprises pour contrôler l’extension de la résistance aux antimicrobiens en Suisse.

1. Renforcer les possibilités de surveillance par le biais de l’ordonnance sur la dé-

claration révisée, qui entre en vigueur le 1.3.1999 ; compléter les informations

des centres nationaux de référence ; participer aux programmes de surveillance

internationaux (OMS, UE) existants ; faire participer les pharmaciens et les pro-

ducteurs de médicaments au monitoring des antibiotiques ; informer mieux les

prescripteurs, distributeurs et consommateurs d’antibiotiques en vue de les sen-

sibiliser aux problèmes de résistance et de les instruire en conséquence.


2. Renforcer la surveillance des germes hospitaliers dans le cadre de la prévention

des infections nosocomiales, de manière durable et dans le cadre de l’assurance

qualité ; publier des recommandations (Swiss-NOSO) ; former des comités hos-

pitaliers compétents ; favoriser le bon usage des antibiotiques et protéger les plus

importants.

3. Mettre sur pied un programme national de recherche sous l’égide de la Société

suisse de Microbiologie. Ce programme multidisciplinaire se propose :

d’obtenir une vision globale de la résistance dans tous les secteurs concernés ;

de déterminer l’importance de la mobilité des bactéries résistantes ou des gènes

de résistance ; de stimuler les études sur la résistance bactérienne afin d’aider à

la mise au point de nouveaux antibiotiques.


Proposition d’un projet national de recherche

A la suite des discussions qui sont survenues en Suisse sur le problème de la résis-

tance aux antibiotiques et de l’implication de certaines denrées alimentaires dans sa

propagation, il a été constitué un Comité promoteur qui s’est donné pour tâche de

proposer un PNR (Projet National de Recherche) intitulé ”La résistance aux antibioti-

ques”. Il est apparu en effet que c’était là la seule façon de pouvoir étudier cette pro-

blématique en considérant de façon intégrative tous les secteurs concernés (homme,

monde animal, agriculture, environnement, denrées alimentaires) et de combler les

lacunes existant actuellement en Suisse dans ce domaine.

Le Comité promoteur est composé des professeurs J.-C. Piffaretti (président du co-

mité; Istituto cantonale batteriosierologico, Lugano), R. Auckenthaler (Hôpital Canto-

nal Universitaire, Genève), Patrick Francioli (Centre hospitalier universitaire vaudois,

Lausanne), J. Frey (Institut für veterinär-Bakteriologie, Bern), F. Kayser (Institut für

medizinische Mikrobiologie, Zürich), J. Nicolet (Institut für veterinär-Bakteriologie,

Bern), M. Teuber (Institut für Lebensmittelwissenschaften, Zürich), F. Untermann

(Institut für Lebensmittelsicherheit und –Hygiene, Zürich).

Le PNR "La résistance aux antibiotiques" tel qu’il a été formulé par le Comité pro-

moteur se propose: i) d'obtenir rapidement une vision globale de la résistance en

Suisse dans tous les secteurs concernés (populations humaines et animales, agri-

culture, denrées alimentaires, environnement) et de contribuer à l'établissement d'un

système continu de surveillance dynamique de la résistance; ii) de déterminer l'im-

portance de la mobilité des bactéries résistantes ou des gènes de résistance, en par-

ticulier dans la chaîne de transmission animal-denrée alimentaire-homme; iii) de sti-

muler les études moléculaires sur la résistance bactérienne afin d'aider à la mise au

point de nouvelles molécules antibiotiques. Les résultats obtenus par les recherches

exécutées dans le cadre de ce PNR auront un impact dans les domaines suivants:

santé publique, agronomie, technologie alimentaire, recherche fondamentale sur les

bactéries, industrie pharmaceutique, économie.


Pour pouvoir accomplir ce programme pluridisciplinaire, il a été demandé un montant

de 12 millions de francs pour une période de 5 ans.

Le projet a été soutenu par Société Suisse de Microbiologie, la Société Suisse d'In-

fectiologie, l’Office fédéral de la santé publique, l’Office vétérinaire fédéral, l’Office

fédéral de l'agriculture et l’Office fédéral des affaires économiques extérieures.

La proposition a été soumise au début de l’année 1998 au service de l’Office fédéral

de l’éducation et de la science qui s’occupe de la préparation des nouveaux PNR,

service qui l’a considéré avec beaucoup d’intérêt. Elle a été ensuite discutée au sein

du groupe qui s’est occupé de la 8è série des PNR, et dans ce cadre aussi elle a été

reçue très favorablement. La proposition est actuellement en consultation auprès de

l’administration fédérale, du Conseil Suisse de la Science et du FNSRS et, selon les

préavis exprimés, elle sera soumise d’ici l’été 1999 au Conseil Fédéral pour la déci-

sion finale.


Considérations générales: faits, lacunes desconnaissances, nécessité de recherches etinstauration de mesures

Domaine ”Aliments et technologie”

Les entérocoques résistants à la vancomycine

l On peut trouver des entérocoques dans de nombreux aliments prêts à la

consommation. Le nombre de germes varie considérablement ; il est compris

dans une fourchette de 10 – 107 germes par gramme. Les taux de germes les

plus élevés ont été détectés dans les fromages à pâte molle. La teneur en

entérocoques est en général faible dans les fromages à pâte dure fabriqués à

partir de lait cru.

l En ce qui concerne les facteurs technologiques dans la fabrication du fromage à

pâte dure, le taux d’entérocoques peut être influencé et réduit de manière ciblée.

Si cela devait s’avérer nécessaire à l’avenir, les possibilités dont nous disposons

pourraient être poursuivies de manière plus intense. Cependant, mentionnons ici

que les entérocoques ont des propriétés également utiles du point de vue

technologique, et qu’ils sont utilisés aujourd’hui dans divers produits comme

culture-starters, formateurs d’arômes ou probiotiques.

l Des études effectuées par l’Office Fédéral de la Santé Publique, le Laboratoire

Cantonal de Lugano, la Station de Recherches Laitières, et l’Université de Zurich

concernant les aliments prêts à la consommation indiquent que entérocoques

résistants à la vancomycine sont rares (<1%). Les études très approfondies n’ont

permis d’isoler jusqu’ici qu’une seule souche correspondante

Mesures à entreprendre : Le nombre d’échantillons d’aliments examinés prêts à

la consommation devrait être étendu, afin d’améliorer les prédictions quant à la

probabilité de survenue d’entérocoques résistants à la vancomycine!


Elimination des entérocoques par la pasteurisation

l Des études menées par la Station de Recherches Laitières et l’Office Fédéral de

la Santé ont montré que la pasteurisation en systèmes ouverts (tel que le

fromage) ne représente pas une méthode sûre permettant de garantir qu’un

produit est dépourvu d’entérocoque.

Cultures-starters

l Les cultures fréquemment utilisées dans la production suisse de fromages à pâte

dure produites par la FAM n’indiquent, en ce qui concerne la résistance envers les

antibiotiques, aucune particularité nécessitant l’instauration de mesures

spécifiques.

l Chez les grands fabricants de cultures européens, le problèmes des résistances

est connu. Les souches bactériennes de leur assortiment ont été contrôlées ou

sont en train de l’être. Jusqu’ici, aucune mention n’a été faite concernant des

propriétés de résistances suspects.

Mesures à entreprendre: Les germes de cultures-starters (en général des

bactéries produisant de l’acide lactique) présentent des résistances

« intrinsèques » (naturelles). On suppose que ces résistances ne sont pas

transmissibles, mais il existe encore des lacunes dans ce domaine, que la

recherche de base devrait permettre de combler. En particulier, il serait utile de

disposer de connaissances approfondies concernant les mécanismes de

résistance intrinsèque.

Résidus d’antibiotiques dans le lait

l En Suisse, la contamination du lait en circulation ne présente actuellement aucun


problème d’hygiène alimentaire. Des mesures dépassant les mécanismes de

contrôle déjà en vigueur ne s’imposent pas.

Antibiorésistance des germes provoquant la mastite

l Malgré l’usage de plus en plus étendu des antibiotiques dans la lutte contre les

inflammations des pis de la vache laitière, du point de vue thérapeutique et

prophylactique, la situation des résistances chez les principaux germes

provoquant la mastite envers les antibiotiques d’usage courant en médecine des

animaux de production au cours des années 1980 à 1992 ne s’est pas aggravée.

En ce qui concerne les staphylocoques, on a même constaté une diminution des

résistances envers les antibiotiques de type bêta-lactame (pénicilline).

Situation des résistances chez les souches de E. coli et klebsiellas, en clinique

et dans les aliments

l E. coli et les klebsiella provenant des aliments prêts à la consommation sont bien

moins souvent antibiorésistants que les souches correspondantes isolées en

clinique. Cela indique que les souches résistantes circulent en premier lieu dans

l’environnement médical, par contacts entre les personnes, et non via les

aliments.

Mesures à entreprendre: Les études devraient être poursuivies, en particulier la

résistance des entérocoques provenant des aliments et ceux de la clinique.

Emploi des antibiotiques dans la chaîne alimentaire

Mesures à entreprendre: Afin d’empêcher la croissance de moisissures, certains

fromages sont traités en surface par l’antibiotique "natamycine". Cette technologie

discutée n’est pas encore admise en Suisse. Il serait donc souhaitable d’étudier

de manière approfondie les effets défavorables dus à l’emploi de la

« natamycine ».


Probiotiques

Mesures à entreprendre: Les aliments contenant des germes efficaces du point

de vue probiotique gagnent du terrain sur le marché. A l’avenir, lors de l’admission

officielle de tels produits, il faudra exiger de la part des fabricants des informations

concernant la résistance des micro-organismes.

Gènes résistants comme marqueurs des organismes génétiquement modifiés

du point de vue technologique

l Certaines plantes utilitaires génétiquement modifiées contiennent des gènes

résistants à l’ampicilline comme marqueurs. Ces gènes n’ont aucune influence sur

la résistances des germes pathologiques. A l’avenir, les cultures végétales

contiendront par ailleurs d’autres systèmes marqueurs.


Domaine "médecine vétérinaire"

Antimicrobiens stimulant les performances

l L’emploi d’antimicrobiens stimulant les performances (antibiotiques non utilisés

dans le domaine thérapeutique) a été interdit le 1er janvier 1999.

Mesures à entreprendre: Cette interdiction s’est révélée être une mesure

politique du point de vue de la protection des consommateurs. Il reste à étudier si

le procédé choisi est vraiment justifié. La question correspondante pourrait être

intégrée dans un programme éventuel de monitoring des résistances. Il faudrait

alors contrôler, entre autres, si cette interdiction peut inciter à employer plus

souvent des antibiotiques à doses thérapeutiques.

Journal de traitement

l La tenue d’un journal de traitement concernant l’administration de antibiotiques a

été rendue obligatoire.

Mesures à entreprendre: Il faut instituer des contrôles obligatoires et s’assurer

de leur efficacité. Les vétérinaires cantonaux élaborent actuellement des concepts

correspondants.

Etat des connaissances sur les résistances concernant les germes importants

en médecine vétérinaire

l On dispose de résultats, toutefois sans contrôle systématique.

Mesures à entreprendre: Il est indiqué d’instaurer une surveillance plus

systématique des résistances. Un tel système doit être mis sur pied avec des

structures analogues en médecine humaine.

Etat des connaissances sur les quantités d’antibiotiques employées

l Il existe des estimations quant aux quantités d’antibiotiques utilisées. Les


données dont on dispose sont toutefois lacunaires et peu différenciées. Il en va de

même en médecine humaine!

Mesures à entreprendre: Il faudrait organiser une étude permettant de fournir

des éclaircissement sur les quantités d’antibiotiques utilisées en médecine

humaine et vétérinaire. Les expériences provenant de l’étranger montrent qu’il

n’est pas facile d’obtenir les renseignements correspondants. Une tentative en

vaudrait la peine. Il faudrait essayer de mettre en lumière les pratiques de marché

noir dans l’agriculture.

Spectre des antibiotiques utilisés

l Dans le domaine thérapeutique, les mêmes substances sont utilisées en

médecine humaine.

Mesures à entreprendre: La question se pose de savoir si certains produits

devraient être réservés à la médecine humaine. Cette question doit être

approfondie. Une estimation des risques devrait précéder une éventuelle prise de

décision. A son tour, l’estimation des risques devrait avoir comme condition

préalable un monitoring cohérent des résistances.

Utilisation des antibiotiques en pratique

l Les règles de bonne pratique dans l’utilisation des antibiotiques sont connues.

Cependant, il n’existe aucune disposition légale à ce sujet. Le même problème se

pose également en médecine humaine.

Mesures à entreprendre: Considérant la problématique des résistances au

niveau mondial, il faut débattre et vérifier si certaines règles concernant l’usage

des antibiotiques ne devraient pas être être inscrites dans la loi.


Probiotiques

Mesures à entreprendre: Les germes efficaces du point de vue probiotique sont

de plus en plus employés chez les animaux de production. Il faut exiger de ces

micro-organismes, concernant leur antibiorésistance, les mêmes critères que ceux

appliqués aux cultures-starter de l’industrie alimentaire.


Domaine ”Médecine humaine"

Résistances concernant certains germes d’importance clinique

l On dispose d’une documentation relativement importante, provenant cependant

des sources les plus diverses. Les vrais germes problématiques concernant la

résistance sont déjà connus. La plus grande attention est dévolue aux germes

résistants dans le domaine hospitalier (germes de l’hospitalisme).

l En ce qui concerne les résistances, la Suisse occupe une place de choix dans les

comparaisons internationales. La situation est plus critique dans certains pays en

voie de développement, et dans les pays de l’hémisphère sud (gradient nord -

sud).

Mesures à entreprendre: Il faut établir une surveillance plus systématique des

résistances. Cette surveillance doit inclure le domaine de la médecine

ambulatoire. Cette surveillance des résistances doit être coordonnée avec les

activités correspondantes dans le domaine de médecine vétérinaire.

Quantités d’antibiotiques utilisées / sélection des produits dans un but

thérapeutique / pratique correcte des antibiotiques

Mesures à entreprendre: Les réflexions faites dans le domaine "médecine

vétérinaire" sont largement valables en médecine humaine également, et ce dans

le domaine aussi bien ambulatoire qu’hospitalier.

Réflexions économiques

Certaines des mesures proposées dans ce rapport visant à limiter les résistances,

mesures pour l’essentiel connues depuis longtemps, devraient rencontrer une

certaine compréhension en pratique. Les dispositions légales destinées à une bonne

pratique clinique en matière d’antibiotiques porteraient atteinte p. ex.à la liberté des

médecins pratiquants, et une diminution de l’emploi des antibiotiques porterait


préjudice aux intérêts de l’industrie pharmaceutique. Pour ces raisons, il est impératif

de procéder à des analyses coûts-bénéfices. Les aspects suivants doivent être

étudiés plus en détail dans ce contexte:

Estimation des coûts supportés par le système de santé suite à des antibiotiques

faussement ou inutilement administrés.

l Estimation des coûts provoqués par des germes plus du tout, ou encore

difficilement traitables par des antibiotiques.

l Estimation de la contribution des mesures de prévention connues pour limiter le

problème des résistances. Dans ce cadre, des réflexions en partie écologiques

sont impératives.


Résumé

Le présent rapport avait pour objectif principal de clarifier si les entérocoques

résistants à la vancomycine dans les aliments représentent un risque pour la santé

de l’être humain. L’évaluation des faits déjà existants, ainsi que les résultats issus de

nos propres travaux expérimentaux, ont permis d’évaluer la situation comme suit:

Les aliments prêts à la consommation, à l’exception des produits stériles,

contiennent une quantité de bactéries en quantités diverses. Pour la flore alimentaire

bactérienne, il peut s’agir de germes introduits intentionnellement (cultures -starters,

probiotiques, formateurs d’arômes), afin de traiter les germes saprophytes de

l’environnement ou les germes pathologiques. Concernant les risques pour la santé

de l’être humain, les catégories de bactéries mentionnées doivent être évaluées

comme suit:

Cultures-starters : contiennent des micro-organismes parfaitement inoffensifs pour la

santé. La même chose est valable pour les cultures probiotiques actives. Certes,

certains germes appartenant à cette catégorie sont en mesure de provoquer des

infections chez l’être humain (p.ex. Lactobacillus rhamnosus, Lactobacillus

acidophilus). Il s’agit là cependant d’événements extrêmement rares qui impliquent

certaines conditions préalables chez le patient, telles qu’immunosuppression ou

maladie de base. Mentionnons ici que

L. rhamnosus est résistant envers la vancomycine, sans exception. Cette résistance

est toutefois intrinsèque (naturelle, non transmissible) et non comparable à la

résistance à la vancomycine transmissible chez les entérocoques.

Les aliments peuvent également contenir d’authentiques germes infectieux ou des

bactéries formant des toxines. En cas de germes infectieux pouvant contaminer les

aliments et présentant des multirésistances ou des résistances envers des

antibiotiques de choix, le potentiel dangereux s’en trouve accru (p. ex. Salmonella

Typhimurium DT 104). Diverses prescriptions légales ont cependant pour objectif

d’empêcher la contamination des aliments par des germes pathologiques et


toxogènes. Ainsi, les fabricants produisent des aliments selon le principe de pratique

de fabrication correcte, établissent des systèmes de sécurité alimentaire et

instruisent leurs collaborateurs concernant les règles d’hygiène personnelle. Un

contrôle alimentaire bien élaboré muni des instruments tels que l’inspection et les

analyses de contrôle s’assure que les dispositions légales soient respectées et

appliquées. De même, dans le domaine agricole et de la médecine vétérinaire,

diverses règles et instances de contrôle exigent que les aliments végétaux, et surtout

d’origine animale, soient produits sans micro-organismes nuisibles dans la mesure

du possible. Dans l’ensemble, la Suisse dispose d’un organe de contrôle alimentaire

dont le standard, comparé aux autres pays, occupe une place élevée. Ainsi, dans

notre pays, le risque de salmonellose ou d’infection par campylobacter est beaucoup

plus faible que dans les pays à destination lointaine.

Enfin, parmi les bactéries saprophytes que l’on trouve dans presque tous les

aliments, en composition et quantité très variable, la plupart sont parfaitement

inoffensives et leur importance se limite à modifier le goût des aliments. Cependant,

certains d’entre eux, comme les entérocoques, E. coli et les klebsiellas, peuvent

également provoquer des infections chez l’être humain, du système urogénital en

particulier. Puisque les germes mentionnés font toutefois partie de la flore normale

de l’intestin, et ce en grande quantité, les aliments, en tant que source d’infection,

perdent ici de leur de signification. La question se pose tout de même de savoir si

des bactéries opportunistes pathogènes présentes dans les aliments pourraient

représenter un risque pour l’être humain, lorsqu’elles sont antibiorésistantes. Dans le

domaine hospitalier, un certain risque pour la santé peut provenir des aliments

contaminés par des germes pathogènes opportunistes multirésistants. On trouve,

dans la littérature spécialisée, divers travaux sur ce thème. Naturellement, les

souches multi- ou omnirésistantes peuvent également être transmises dans les

aliments destinés à être transformés en milieu extra-hospitalier. On peut toutefois

supposer que ce n’est pas souvent le cas. D’ailleurs, nos propres travaux ont montré

que les souches de klebsiella des aliments montrent moins souvent une

multirésistance que les souches de la même espèce bactérienne isolées en clinique.

Les comparaisons correspondantes pour les entérocoques sont pas encore


disponibles. Cependant, on peut imaginer que les résultats seront similaires. Les

résultats dont nous disposons indiquent que l’être humain lui-même revêt une

importance bien plus considérable comme réservoir de germes résistants, que les

aliments eux-mêmes. Sans doute, les aliments contribuent à propager les gènes

résistants dans la nature. L’importance de ce phénomène dans un cadre plus

général ne peut être établi avec certitude. Des déclarations quantitatives

correspondantes devraient être difficiles à établir en matière d’écologie des

résistances, un domaine extrêmement complexe. Une étude effectuée par l’office

Fédéral de la Santé Publique (P. Mani) développe des concepts mathématiques

destinés à l’estimation des risques. En ce qui concerne les entérocoques résistants à

la vancomycine, qui représentent un problème considérable du point de vue médical,

et quia motivé l’établissement de ce rapport, on estime que ceux-ci sont

extrêmement rares dans les aliments prêts à la consommation. A la lumière de ces

faits, mais aussi en tenant compte du fait que divers germes, qui pourraient s’avérer

problématiques du point de vue de la résistance (agent tuberculeux, gonocoques,

pneumocoques), ne sont pas associés aux aliments, on peut conclure que

l’antibiorésistance ne représente pas un réel problème d’hygiène alimentaire. Ce

point de vue a été défendu par la délégation suisse à l’occasion de la dernière

réunion du comité d’hygiène du Codex Alimentarius, et, pour l’essentiel, n’a pas été

critiquée. Il ne fait plus aucun doute que, à l’origine de la sélection et de la

transmission des propriétés de résistance, l’homme et l’animal, ainsi que

l’environnement hospitalier, occupent la première place. Il serait donc logique que

les mesures de prévention soient abordées de manière prioritaire dans ce domaine.

Cela ne doit pas inciter à abaisser la garde envers l’apparition de germes résistants

dans les aliments. Dans ce but, une pratique de fabrication correcte et des mesures

d’hygiène personnelle auxquelles les fabricants d’aliments sont astreints depuis

1995 sont des mesures suffisantes. Enfin, il faut également veiller à ce que les

bactéries introduites dans un but technologique, comme les probiotiques, ne

montrent aucune propriété de résistance qui ne soit de nature transmissible.


En raison de l’importance cruciale des résistances en médecine, le présent rapport

serait incomplet s’il ne se concentrait que sur les aliments. Un compte-rendu global

intitulé "Vue d’ensemble de la situation globale et nationale concernant les

résistances" a été élaboré, ainsi que deux chapitres fournissant une estimation de la

situation dans le domaine humain et vétérinaire. Ces contributions relativisent

fortement certains aspects alarmistes dans la presse écrite parus dans le passé.

Ainsi, en médecine vétérinaire, il n’y a aucun état d’urgence. Pour S. aureus, un

important germe de la mastite du bœuf , on a pu mettre en évidence au cours de ces

dernières années une résistance envers la pénicilline. Les S.aureus résistants à la

méthicilline n’ont pas encore été isolés dans le diagnostic vétérinaire suisse. En ce

qui concerne la médecine humaine, les problèmes surgissent en premier lieu avec

certains germes nosocomiaux (S.aurens multirésistants, entérocoques, bactéries

gram négatif). S’y ajoutent divers germes acquis à l’extérieur du domaine hospitalier

(community aquired) et qui présenteraient une augmentation de la fréquence de

résistances envers certains médicaments importants. Il faut aussi considérer que

l’apparition de souches résistantes est caractérisée par un gradient nord-sud très

marqué, ainsi que par un gradient pays industriels/pays en voie de développement.

La Suisse fait partie des pays dont la résistance des souches de pneumocoques

résistantes montre les valeurs les plus basses. Dans notre pays, les pneumocoques

sont à 1,8% résistants envers la pénicilline, dans certains pays la valeur

correspondante peut atteindre 40%. Aux Etats-Unis, 52% des souches

d’entérocoques isolées en clinique sont résistants à la vancomycine, contre

seulement 4,2% chez nous. S. aureus, isolé dans le domaine hospitalier, peut

s’avérer, dans certains pays du sud, résistants à la méthicilline jusqu’à >30%. La

valeur correspondante est, dans notre pays, de 1,8% seulement. En ce qui concerne

les souches isolées à l’Hôpital Cantonal Universitaire de Genève, le taux indiqué est

de 19%. Cela montre d’une part que les souches résistantes sont fréquemment

locales et ne se propagent pas en surface. D’autre part, on peut supposer que le

nombre extrêmement élevé de personnes provenant de diverses régions du monde

et travaillant à Genève importent des souches de bactéries résistantes. Voilà


abordée la dimension internationale du problème des résistances, certains aspects

devant être débattus à ce sujet. Bien que la Suisse occupe actuellement une place

favorable par rapport aux autres pays en matière d’antibiorésistance, diverses

mesures à caractère prophylactique ont été proposées dans le domaine médical, qui

devraient permettre d’obtenir de meilleurs résultats. Voilà une décision justifiée, car

le problème de l’antibiorésistance bactérienne prend toujours plus d’ampleur et ne se

résoudra pas de lui-même. L’instauration d’un monitoring des résistances a été

proposée comme projet d’importance cruciale pour les activités futures. Une

connaissance adéquate de la situation épidémiologique représente la condition de

base pour définir les mesures à entreprendre et en instaurer certaines. Un

programme de monitoring permettrait également de savoir si l’interdiction d’emploi

des stimulants d’origine antimicrobienne, adoptée dans un souci de prévoyance,

pourrait entraîner les effets escomptés.

La mise en évidence de lacunes dans nos connaissances, apparues au cours de

l’élaboration de ce rapport, et mentionnées plus haut, nécessitent des ressources

supplémentaires financières et en personnel. Il faudra encore définir quel sera le

cadre responsable de l’application pratique de ces mesures. Il serait sans doute plus

judicieux de mettre en pratique les mesures citées dans le cadre du "Nationalen

Forschungsprojektes zur Antibiotikaresistenz" planifié. Ce projet, dont les détails

peuvent être consultés dans une annexe à ce rapport, couvre déjà certains points

des mesures à entreprendre mentionnées (monitoring des résistances). De plus, un

accent tout particulier est mis sur la planification des activités dans le domaine de la

recherche de base concernant les mécanismes de résistance. Ce rapport a

cependant démontré que, dans ce domaine d’application, diverses lacunes doivent

être comblées, telles qu’une meilleure quantification des risques existants,

l’indication des quantités d’antibiotiques employées, etc. Si les projets de recherche

nationaux prévus sont acceptés par les politiciens, et s’ils peuvent être appliqués,

souhaitons que toutes les questions importantes soulevées dans ce rapport seront

abordées et approfondies.

��Office Fédéral de la Santé Publique

Berne, le 8 juin 1999

Analyse de la situation: résumé ”Antibiorésistance des ... · vétérinaire et alimentaire ......

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