30 journée Utilisateur - Bruker · dans pp=zg: acqt0=-p0*2/3.14159 • Les effets de ce filtre...
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Innovation with Integrity
30ème journée Utilisateur
Aides et conseils pour l’étude des petites molécules
Maryse Bourdonneau– Bruker France
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Comment faire?
Conseil: mode baseopt:
3
• Fixer DIGMOD à basopt dans eda permet de déterminer le point 0 du FID, celui-ci peut être dans la dernière impulsion utilisée d’où l’ajout du paramètre acqt0.
dans pp=zg:
acqt0=-p0*2/3.14159
• Les effets de ce filtre sont:
- Une correction de phase d’ordre 1 nulle
- Plus de distorsions de ligne de base à droite et à gauche (smilies) et les signaux en limite de gamme ne sont plus atrophiés
- Ligne de base du spectre à la position 0
mode baseopt:
4
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. Dans Iconnmr:
- SELU / CMCse
- Fastlane/Smartdrive
- Multisuppression de
solvants
- DOSY
.
SELU: aide à l'élucidation structurale
• Petites molécules , masse moléculaire <500
• Jusqu'à 20 % d'impuretés
• Données requises :
• RMN
• Minimum : 1D Proton, HSQC, HMBC
• Optionnelles : COSY, 1D 13C,……
• Formule moléculaire brute
CMC-se Assisted Structure Elucidation and Verification
Acquisition des données Elucidation de structures
Vérification de structures
Tableau des corrélations
Analyse automatique des données
SELU: aide à l'élucidation structurale
• Vérification de structures:
Après sélection de candidats en fichier .mol,
permet de vérifier si certains sont
compatibles avec le tableau des corrélations
Optional
Required
CMC-se 2.5 Structure Elucidation/Verification
• PROTON • HSQC • HMBC
• + d’autres données optionnelles
C13 COSY N15 HSQC/HMBC H2BC, ADEQUATE …
CMC-se 2.5 Assisted Structure Elucidation and Verification
Supporte des molécules plus grosses • Amélioration des performances • Manipulation simplifiée des fragments
Utilisation d’atomes chargés • Groupements fonctionnels • Sels Amélioration de l’analyse des données • Ajout direct de données additionnelles dans un “projet” Vérification • Utilise une attribution partielle (à partir de fragments) Rangement des structures “sous-déterminée” • Rangement en temps réel.
CMC-se 2.5: nouveautés
Facilité d’utilisation • Les structures générées peuvent être éditées Supporte les expériences ROESY: • Définition d’une stéréochimie (Up/Downs) Visualisation des corrélations retravaillée • Permet de construire la structure manuellement Nouvel Interface :CSEARCH Robot Referee
Paramètres CMCsexxx
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rpar pp auNM
auNMP
remarques
CMCse_1H
zg30
au_zg
proc_1d_noref
baseopt, ns=16, AQ=4s, D1=2s
CMCse_13C
zgpg30
au_zg
proc_1d_noref
baseopt, ns=256, AQ=1.25s, D1=2s
CMCse_COSY
cosygpmfppqf
au_getlcosy
proc_2dpl
ns=4, 1td=256
expt=33’
CMCse_HSQC
hsqcedetgpsp.3
au_getlinv_CMCse
proc_2dinv
ns=8, 1td=400, 1sw=180,
expt=2h
CMCse_HMBC
hmbcetgpl3nd
au_getlinv
proc_2d_xf2m
ns=8, 1td=512, 1sw=220
expt=2h12
CMCse_H2BC
h2bcetgpl3
au_getlinv
proc_2dinv
ns=4, 1td=256, 1sw=180
expt=30’
CMCse_15NHSQCf2
hsqcetgp
au_getlinv
proc-2dinv
ns=8, 1td=128, 1sw=200
expt=20’
CMCse_15NHMBCf2
hmbcgplpndqf
au_getlinv
proc_2dpl
ns=8,1td=128, 1sw=350
d6=100ms, expt=22’
CMCse_ADEQ
adeq11etgprdsp
au_getlinv
proc_2dpl
ns=128, 1td=256, 1sw=210, J(CC)=45Hz
expt=20h12
CMCse_INAD
inadphsp
au_zg
proc_2dpl
ns=512, 1td=128, 1sw=360, J(CC)=50Hz
expt=2d10h
Paramètres CMCseXXX
CMCse_all
CMCse_1H,
CMCse_13C,
CMCse_COSY,
CMCse_HSQC,
CMCse_HMBC,
CMCse_HSQC15Nf2,
CMCse_HMBC15Nf2
Expérience composite
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Paramètres CMCseXXX
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• CMCse_HSQC
- pp= hsqcedetgpsp.3
• CMCse_HMBC
- pp=hmbcetgpl3nd
Avec trois filtres 1J et en mode écho-antiécho
d21=1/2JCH pour avoir une sélection de parité CH/CH3 et CH2
Impulsion p24 remplacée par deux impulsions « matched sweep » dont la vitesse de balayage est adaptée en fonction de la variation de J(C-H) en fonction de d :
Crp60_xfilt2
- AUNM=au_getlinv_CMCse Pour conserver un temps d’acquisition en F2 compris entre 0,15 et 0,3s et en F1 de 12ms
Ces paramètres peuvent être ajoutés rapidement à la liste proposée dans ICONNMR pour différents utilisateurs
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ICONNMR / cmc-a : Fastlane
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Le rapport cmc-a peut être imprimé
ICONNMR / cmc-a : Fastlane
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ICONNMR / cmc-a : Smartdrive
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Le rapport cmc-a est dans le fichier de données
Multi-suppression de solvants: Dans ICONnmr:
• Lors de l’utilisation d’un mélange de solvants
• Lors de l’analyse d’un composé en faible concentration (DMSO par exemple…)
• Souvent un découplage 13C est nécessaire (au moins partiel pour supprimer les satellites d’un solvant)
Multi-suppression de solvants: Dans ICONnmr:
• N MULTIPRESAT - 1H multipresat
• N LC1D12 - 1H, double presaturation
• N LC1DCWPS - 1H, multiple presaturation, 13C decoupling
• N LC1DWTDC - 1H, mult. WET suppr., 13C decoupling
• N LCML12 - TOCSY double presaturation
• N LCMLCWPS - TOCSY TPPI, mult. presat., 13C decoupling
• N MLEVDCPHWT - TOCSY TPPI, WET suppr., 13C decoupling
• N WATER - water suppression
Multi-suppression de solvants
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• ps: présaturation avec une impulsion modulée
p18=100000us
• wt:WET
p11=20000us
• Ces expériences sont proposées avec une saturation sur 2 sites (l30=2), la recherche de ces sites est faite à partir de l’analyse de pics (peak picking).
;zgps ;avance-version (12/01/11) ;1D sequence with presaturation ;using shaped pulse for off-resonance presaturation ; ;$CLASS=HighRes ;$DIM=1D ;$TYPE= ;$SUBTYPE= ;$COMMENT= #include <Avance.incl> "d12=20u" "acqt0=-p1*2/3.1416" 1 ze 2 30m 3 p18:sp6:f1 ph29 4u lo to 3 times l6 d12 pl1:f1 p1 ph1 go=2 ph31 30m mc #0 to 2 F0(zd) exit
Multi-suppression de solvants
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Quinine très diluée dans du DMSO
monosaturation: zgesgp
double saturation: lc1pncwps
double saturation: wetdc
DOSY automatique
• rpar DOSY
• pp=ledbpgp2s
• AUNM= au_dosy_prep : optimisation des paramètres d20 et p30, rga, acquisition
600us<p30<3ms
• AUNMP=proc_dosy
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ICONnmr et méthode NUS
• HSQC et HMBC
• NUSAMOUNT= 25%
NUSPoints=50 (1td=400)
NUST2=1
• xaup= proc2d_inv:
mdd
xf2m
mdd
xht2
mdd
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if (fntype == 2) { DELETEIMAGINARYDATA(name, expno, procno, disk, user) XHT2 }
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. Dans Iconnmr
. En mode semisélectif
. En mode manuel
HMBC sélective en F1: topspin 3.1
HMBC sélective en F1: topspin3.1
HMBC sélective en F1: topspin3.1
HMBC sélective en F1: topspin3.1
pp= shmbcctetgpl2nd
s: band selective
ct: constant time
sp= Q3_surbop.1
- évolution JHH ne crée aucune modulation en F1 car est fixe pendant T
dH et JCH refocalisés par les
impulsions
dx en F1
HSQC sélective: topspin3.2pl6
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hsqc standard
December 9, 2016 31
Exemple: Mélange de sucres (glucose, sucrose, raffinose / D2O)
smartprobe / AV400
hsqc sélective en F1
December 9, 2016 32
Exemple: Mélange de sucres (glucose, sucrose, raffinose / D2O)
hsqc sélective en F1
pp= shsqcetgpsisp,2
s: band selective
si: sensitivity improved
sp= Q3_surbop.1
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. Dans Iconnmr
. En mode semisélectif
. En mode manuel
Découplage homonucléaire large bande: expériences « pureshift »
But: obtenir un spectre 1H sans couplage 1H-1H
le découplage d’un signal observé à temps t peut être effectué en inversant tous les partenaires couplés avec lui au temps t/2
- Méthode Zangger-Sterck
Combinaison de gradients et d’impulsions
sélectives
- Méthode BIRD: sélection 1H-12C et
1H-13C
- Méthode PSYCHE: COSY anti-z
utilisant des impulsions chirp
correspondant à un angle de 10° ou 20°
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Découplage homonucléaire large bande: spectre 1D
Exemple: cyclosporine 50mM / C6D6
400MHz / smartprobe
December 9, 2016 36
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Découplage homonucléaire large bande: découplage instantané/corrélations homonucléaires
Exemple:TOCSY dipsi cyclosporine / C6D6 smartprobe / AV400
ZS instantanée
Découplage homonucléaire large bande: HSQC / HSQC avec découplage BIRD instantané : découplage homonucléaire 1H-{13C}
December 9, 2016 38
Exemple: hélicine / DMSO
smartprobe / AV400
hsqc standard hsqc avec découplage BIRD instantané
L.Paudel, R.W.Adams, P.Kiraly, J.A.Aguilar, M.Foroozandeh, M.C.Cliff, M.Nilsson, P.Sandor, J.P.Waltho, G.Morris, Angew.Chem.Int.Ed. 52, 11616-11619 (2013)
Découplage homonucléaire large bande
December 9, 2016 39
• Obtention d’une pseudo-2D (avec incrémentation du délai t) qui va permettre la
reconstruction d’un FID car en début de chaque période de détection, les effets des Jhomo sont refocalisés (10 à 20ms)
Sont proposées dans le fichier pp topspin 3.5 pl2 / topspin 3.2 pl7
• reset_psyche_1d
• reset_dipsi2gpphzs_psyche
• reset_zs_1d
• reset_hsqcetgpsp
Pseudo2D ou 3D qui doivent être traitées par le programme au proc_reset
(reset: Reducing nuclEar Spin multiplicitiEs to singuleTs)
Dans le fichier des formes d’impulsions:
Crp_psyche.20
40
edprosol topspin 3.5 pl2 / topspin 3.2 pl7
December 2 , 2016 41
Découplage homonucléaire large bande: découplage instantané programmé pendant l’acquisition
N.H.Meyer, K.Zangger,
Angew.Chem.Int.Ed.52,71
43-7146(2013)
Le découplage de type Zangger-Sterck ou BIRD peut être programmé pendant l’acquisition en temps réel ce qui permet de ne plus avoir besoin de reconstruction de FID.
Sont proposées dans le fichier pp topspin 3.5 pl2 / topspin 3.2 pl7
• dipsi2gppgzs_zshd
• mlevphpp_zshd
• noesygpphpp_zshd
• noesygpphzs_zshd
• zg_zshd
uniquement pour Avance III
(zshd: découplage ZS / Zangger Sterck pendant l’acquisition)
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"d62=aq/l0" ;d62: length of block between decoupling pulses : = aq/l0 [< 20-25 msec]
Sont proposées dans le fichier pp topspin 3.5 pl2 / topspin 3.2 pl7
• hsqcetgpsp.2_bbhd
• hsqcedetgpsp.3_bbhd
• hsqcetf3gp_bbhd
• fhsqcf3gpph_bbhd
• hsqcedetgpsisp2.3_bbhd
• hsqcetgpsisp2.2_bbhd
• hsqcfpf3gpphwg_bbhd
• zg_bbhd
uniquement pour Avance III
(bbhd: découplage BIRD pendant l’acquisition)
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"d62=aq/l0" ;d62: length of block between decoupling pulses : = aq/l0 [< 20-25 msec]
HSQC sélective avec découplage BIRD instantané
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Exemple: Mélange de sucres (glucose, sucrose, raffinose / D2O)
76.26ppm 76.32ppm
62.30ppm 62.40ppm
Remerciements:
Mes collègues des différents sites Bruker:
Pavel Kessler
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www.bruker-biospin.com