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Biochips

Introduction 10 I 2

Kits de Dépistage 10 I 4PapilloCheck® 10 I 4PapilloCheck® haut-risque 10 l 4Kit de prélèvement PapilloCheck® 10 l 4ParoCheck® 10 I 5CarnoCheck® 10 I 6Kit d‘extraction ADN oCheck® 10 l 7oCheck® VacPump 10 l 7oCheck® VacSet 10 l 7

Kit de Détection de Mycoplasmes 10 I 8CytoInspectTM 10 I 8Kit d‘extraction ADN CytoInspectTM 10 l 8

Accessoires 10 l 9CheckScannerTM 10 l 9Logiciel CheckReportTMSoftware 10 l 9

Microfluidiques

Supports Microfluidiques personnalisés 10 I 10

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La quantité de données partiellement ou entièrement séquencées des génomes animal et végétal est en const-ante progression, offrant de multiples possibilités pour la science et la médecine. Les biopuces haute densité ont été utilisées par exemple dans la recherche fondamentale pour les analyses d‘expression pendant de nombreuses années. En raison de la complexité des données, des coûts élevés et un debit insuffisant d’échantillons, elles ne sont pas encore utilisées en biologie clinique.

En développant une puce basse densité, Greiner Bio-One permet de contourner ces contraintes en permettant une utilisation en biologie clinique. Grâce au support HTA™Slide* (High-Throughput MicroArraying) jusqu‘à 12 échantillons peuvent être analysés en même temps pour la présence de marqueurs recherchés (Fig. 1).

Basées sur la technologie des puces à ADN, deux gammes de produits avec différents domaines d‘application ont été créées: La gamme oCheck® et la gamme Inspect™. Tous les kits de chacune des deux gammes sont prêts à l‘emploi, chaque kit contient les puces, le mastermix, le tampon d‘hybridation et les tampons de lavage en quanti-tés suffisantes.

Figure 1: Support HTA™Slide12 avec 12 puits

La gamme oCheck®

La gamme oCheck® de Greiner Bio-One a été développée spécifiquement pour des besoins en biologie clinique. De nombreux échantillons peuvent être traités rapidement et analysés pour la présence de certaines espèces virales ou bactériennes. Pour cela, de l‘ADN est extrait et une séquence cible est amplifiée. Le produit de PCR est trans-féré sur la puce et vient s‘hybrider à la séquence complé-mentaire. Après quelques étapes de lavage et séchage consécutives, la séquence cible marquée et liée peut être détectée par fluorescence. La puce est respectivement lue et analysée avec le scanner CheckScanner™ et le logiciel CheckReport™Software. Le résultat de chaque échantillon est généré automatiquement et peut alors être transmis au prescripteur (Fig. 2).

Tous les kits de la gamme oCheck® développés pour une application en biologie clinique sont certifiés (IVD) et ont été testés au sein d‘études cliniques.

Pour chaqe produit oCheck® (PapilloCheck®, PapilloCheck® haut-risque, ParoCheck®), un kit de prélèvement et un kit d‘extraction d‘ADN sont fournis. Pour les utilisateurs oCheck® avec un débit élevé d‘échantillons, Greiner Bio-One a développé un extracteur d‘ADN automatisé CheckExtractor™ adapté aux exigences sur la gamme (CE-IVD).

Avec un autre produit oCheck® (CarnoCheck®), des quan-tités minimes de différentes espèces animales peuvent être détectées dans les aliments.

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Biochips

* La plate forme HTA™Slide est protegée par le brevet U.S No 8.007.744

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Gamme de produits Inspect™

En complément, Greiner Bio-One développe et fabrique une gamme de produits pour l’industrie biopharmaceutique. Les produits de la gamme Inspect™ sont utilisés en produc-tion dans le processus de contrôle qualité et permettent une libération plus rapide des lots produits par rapport aux méthodes de culture. La technologie utilisée est similaire à celle décrite pour les produits oCheck® (Fig. 2).

Controle Qualité

Les deux gammes intègrent des controles internes pour chaque échantillon. Ceux ci sont évalués en même temps que l’analyse à l‘aide du logiciel CheckReport™Software. Ainsi, une anomalie survenue au cours du test peut être identifiée rapidement.

Figure 2: Procédure générale pour les tests sur puces ADN1. Réaction PCR: Amplification d’une séquence cible2. Hybridation: Liaison du produit d’amplification marquée par fluorescence avec la séquence d’ADN complémentaire3. Lavage et séchage: Elimination de l’ADN non lié4. Lecture et analyse: Lecture, évaluation et génération d’un rapport en utilisant le scanner CheckScanner™ et le logiciel CheckReport™Software

1. Réaction PCR

2. Hybridation

3. Lavage et séchage

4. Lecture et analyse

10 4 www.gbo.com/bioscience

465 060

PapilloCheck® PapilloCheck® haut-risquePapilloCheck® Collection Kit

Kits de Dépistage

PapilloCheck®

Une infection persistante par le papillomavirus humain (HPV) à haut risque se retrouve dans presque tous les cas de cancer du col de l‘utérus.

PapilloCheck® est un kit de depistage in vitro certifié CE (CE-IVD) pour la détection qualitative et le génotypage de 24 HPV patho-gènes (18 types à haut risque et 6 types à bas risque) dans des préparations d‘ADN issus de frottis cervicaux. Le test est basé sur la détection et l‘identification d‘un fragment du gène viral E1 en utilisant une puce à ADN et permet le traitement simultané de 12 échantillons.

En amont de l‘analyse PapilloCheck®, l‘ADN doit être extrait à partir d‘un prélèvement cervical. Les produits dédiés pour le prélèvement des échantillons (PapilloCheck® Collection Kit) et l‘extraction de l‘ADN (oCheck® Kit d’ extraction ➝ p. 10 l 7) sont également dis-ponibles auprès de Greiner Bio-One.

Après extraction d‘ADN, un fragment de 350 pb du gène viral E1 est amplifié par PCR et les produits de PCR marqués sont ensuite hybridés à des sondes d‘ADN spécifiques liées à la sur-face de la puce. L‘ADN non lié est éliminé dans les étapes de lavage. Enfin, la puce à ADN PapilloCheck® est automatiquement numérisée, analysée et évaluée en utilisant le CheckScannerTM et CheckReportTMSoftware (➝ p. 10 l 9).

Le test PapilloCheck® Greiner Bio-One utilise des contrôles internes pour surveiller les étapes critiques de l‘analyse, par exemple contrôle de cellularité, contrôle d‘extraction d‘ADN, contrôle PCR, contrôle d‘hybridation, ainsi qu‘un contrôle sur la qualité d‘impres-sion de la puce. En outre, la présence de dUTP dans le Mastermix PCR permet l‘élimination de contaminations potentielles par PCR.

PapilloCheck® haut-risque Sur la base du lien étiologique quasi absolu entre le HPV et le cancer du col de l‘utérus, le dépistage de l‘HPV à haut risque est désormais pris en compte dans le dépistage primaire du cancer du col. Une nouvelle version du kit PapilloCheck® Haut Risque (CE-IVD) est conçue pour répondre aux exigences de ce dépis-tage, en ciblant 14 des types HPV les plus cancérigènes (hrHPV). Le test permet l‘identification simultanée de tous les types d‘HPV détectables, qui diffèrent par leur potentiel cancérigène, en utilisant exactement la même technologie sur puce.

PapilloCheck® Collection KitLe kit de prélèvement PapilloCheck® certifié CE (Fig. 3) est consti-tué d‘une brosse cervicale et d‘un flacon de milieu de transport sous emballage blister.

La brosse cervicale est conçue pour atteindre simultanément l‘ecto et l‘endocol. De plus, elle est constituée d‘une tête sécable qui reste dans le flacon après le prélèvement de l’échantillon. La taille du flacon de prélèvement assure une manipulation facile et sûre de l‘échantillon pour l‘extraction d‘ADN en amont de l‘ana-lyse PapilloCheck®. Le milieu de transport garantit des conditions optimales de stockage et un transport sans contamination et sans dégradation de l‘ADN.

Figure 3: PapilloCheck® Collection Kit

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PapilloCheck®, PapilloCheck® haut-risque et le kit de prélèvment PapilloCheck® font partie de la gamme oCheck® de Greiner Bio-One.

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Kits de Dépistage

Kit d‘extraction ADN oCheck® p. 10 l 7

CheckScannerTM / Logiciel CheckReportTMSoftware p. 10 l 9

Référence 465 060 505 060 465 075

Désignation PapilloCheck® (CE-IVD)identification de 24papillomavirus humains

PapilloCheck® haut-risque(CE-IVD)génotypage de 14 hrHPV cancérigènes

Kit de prélèvement PapilloCheck®

(CE)

Tests par kit 60 50 50

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IVD

Kits de Dépistage

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ParoCheck®

L’inflammation de la gencive (gingivite) et du periodonte (paro-dontite) sont parmi les maladies les plus courantes chez l’homme. Si aucun traitement n´a lieu, l’inflammation peut provoquer la perte des dents affectées. Apparence et progression de la plupart des processus inflammatoires parodontaux s´illustrent par un change-ment du spectre bacterien. En situation saine, la microflore buccale se compose principalement de bactéries anaérobies facultatives à Gram positif. Chez les patients souffrant de parodontite, les bactéries anaérobies gram-négatifs prédominent. Un ouvrage de référence publié par Sokransky et al. en 1998 (J Clin Periodontol 25, 134-144 (1998)) décrit six complexes bactériens associés à la maladie parodontale.

ParoCheck® est le premier test certifié CE-IVD disponible pour l’identification simultanée de 20 espèces bactériennes différentes des six complexes. Ainsi, le résultat de ParoCheck® peut aider le dentiste dans sa décision sur le traitement approprié.

Le prélèvement et l´extraction d’ADN avant l´utilisation de ParoCheck® sont réalisés en utilisant le kit de prélèvement ParoCheck® et le Kit d’extraction d’ADN oCheck® (➝ p. 10 l 7).

Référence 460 110 460 120

Description ParoCheck® 10

(CE-IVD)

identification de

10 pathogènes

ParoCheck® 20

(CE-IVD)

identification de

20 pathogènes

Tests par kit 60 60

Kit d‘extraction ADN oCheck® p. 10 l 7

CheckScannerTM / Logiciel CheckReportTMSoftware p. 10 l 9

ParoCheck® fait partie de la gamme produits oCheck® de Greiner Bio-One GmbH

10 6 www.gbo.com/bioscience

462 030

Kits de Dépistage

CarnoCheck®

Le contrôle de la production des denrées alimentaires joue un rôle croissant dans la protection des consommateurs. Dans ce con-texte, la demande des consommateurs pour la déclaration com-plète de tous les ingrédients transformés, en particulier dans les produits contenant de la viande, est en progression constante.

CarnoCheck® permet d‘identifier simultanément jusqu‘à huit diffé-rentes espèces animales (bovins, poulets, âne, chèvre, cheval, porc, mouton et dinde), même si elle est présente en quantités minimes dans l‘échantillon à analyser.

CarnoCheck® fait partie de la gamme oCheck® de Greiner Bio-One.

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Référence 462 030

Description CarnoCheck®

identification de 8

espèces animales

Tests par kit 60

CheckScannerTM / CheckReportTMSoftware p. 10 l 9

10 7www.gbo.com/bioscience

515 040

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Kits de Dépistage

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Kit d‘extraction d‘ADN oCheck®

oCheck® VacPumpoCheck® VacSet

Le kit d‘extraction d‘ADN oCheck® est un kit de diagnostic in vitro destiné à l‘isolation de l‘ADN humain, bactérien et viral à partir d‘échantillons d‘origine humaine. Le kit d‘extraction d‘ADN oCheck® permet la préparation d‘ADN haute qualité approprié pour analyse directe avec les tests de la gamme oCheck®. Des résultats d´analyse non validés en raison d´une faible qualité de l‘ADN peuvent être exclus.

Le kit d‘extraction d‘ADN oCheck® – Préparation en colonne unique (CE-IVD) permet la préparation d‘échantillons individuels et est approprié pour les laboratoires ayant un volume d‘analyse faible à moyen. La préparation d‘un maximum de 24 échantillons peut être effectuée dans les 2 heures. L‘ADN isolé est compatible pour les tests suivants: PapilloCheck® (➝ p. 10 l 4), PapilloCheck® haut-risque (➝ p. 10 l 4) et ParoCheck® (➝ p. 10 l 5).

Le kit d‘extraction d‘ADN oCheck® – Préparation en 8 colonnes (CE-IVD) est adapté pour les laboratoires ayant un volume d‘ana-lyses moyen à élevé. Le kit comprend des strips de 8 colonnes d‘extraction à utiliser sur un support connecté à une pompe à vide. Les temps reservés aux étapes de centrifugation et de décantation sont alors éliminés. Jusqu‘à 48 échantillons peuvent être préparés en parallèle dans les 2 heures et utilisés pour les tests suivants: PapilloCheck® et PapilloCheck® haut-risque (➝ p. 10 l 4). Pour l‘utilisation du kit d‘extraction d‘ADN oCheck® – Préparation en 8 colonnes , l‘équipement suivant est validé: le support collecteur oCheck® VacSet combiné avec la pompe à vide oCheck® VacPump (Fig. 4).

Figure 4: oCheck® VacPump et oCheck® VacSet

Les kits d´extraction ADN oCheck®, oCheck® VacPump et oCheck® VacSet appartiennent à la gamme oCheck® de Greiner Bio-One GmbH

Référence 515 040 515 050 863 070 863 080

Désignation Kit d‘extraction d‘ADN

oCheck® – Préparation en

colonne unique (CE-IVD)

Kit d‘extraction d‘ADN

oCheck® – Préparation en 8

colonnes (CE-IVD)

oCheck® VacPump oCheck® VacSet

Contient 50 prép. 96 prép. 1 1

Nouveau

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CytoInspectTM

Kit d‘extraction d‘ADN CytoInspectTM

Kit de Détection de Mycoplasmes

CytoInspect™ et Kit d‘extraction d‘ADN CytoInspect™

La contamination par des mycoplasmes en production est une pré-occupation importante pour les sociétés biopharmaceutiques. La contamination par des ces microorganismes bien connus pour leur autoréplication, peut à la fois compromettre la sécurité des produits finis et réduire le rendement. CytoInspect™ est un test kit premium pour l‘identification des espèces de mycoplasmes dans les cultures cellulaires et d‘autres matières biologiques. Il a été validé dans les conditions GMP, conformément aux directives de la Pharmacopée européenne (directives 2.6.7, 2.6.21 du PE).

CytoInspect™ détecte les espèces de mycoplasmes par le biais d´une sonde universelle de mycoplasme (y compris Acholeplasma sp., Spiroplasma sp. et Ureaplasma sp.) et identifie 40 espèces individuelles à l‘aide de sondes spécifiques aux espèces. La déter-mination des espèces peut aider à identifier la source de contami-nation. Ainsi, elle permet d´empêcher sa propagation. L´ADN est d‘abord extrait à partir d‘un échantillon à l‘aide du kit d´extraction d´ADN propriétaire CytoInspect™ qui enrichit spécifiquement l‘ADN de mycoplasmes de différentes matrices avec un maximum de 109 cellules / ml sur des volumes d‘échantillon allant jusqu‘à 50 ml. Puis, la PCR est effectuée. Les amorces de PCR sont des séquences spécifiques d‘ARN 16S-23S ARNr intergénique transcrit d‘ADN de mycoplasmes. Du dUTP est incorporé dans le Mastermix PCR CytoInspect™ permettant le traitement des réactions PCR avec l‘uracile-N-glycosylase minimisant ainsi le risque de conta-mination croisée avec des amplicons pouvant provenir de PCR précédentes.

Les fragments d‘ADN amplifiés et marqués sont ensuite hybridés sur la lame HTA™ (puce). La puce contient des sondes pour les espèces cibles spécifiques et une sonde universelle de détection pour toute espèce de mycoplasmes présents dans l‘échantillon

d´origine. La puce CytoInspect™ intègre également une série complète de contrôles, permettant un suivi complet du pro-tocole. Enfin, le scanner CheckScanner™ et le logiciel CheckReport™Software (➝ p. 10 l 9) sont utilisés pour la détection de tout produit PCR fluorescent fixé.

La puce à ADN CytoInspect™ possède un total de 225 points de mesure individuels qui sont d‘abord lus par CheckScanner™ et par la suite automatiquement analysés à l‘aide du logiciel CheckReport™Software. Le logiciel permet la tracabilité des échantillons, la génération de rapports d´analyse et la gestion des données (Fig. 5). CheckReport™Software est en conformité avec le chapitre 21 CFR Part 11 de la FDA relatif aux enregistrements électroniques.

Avec des résultats fournis en 5 heures, CytoInspect™ est une alternative validée, rapide et efficace à la méthode compendiale. Le test montre une sensibilité et une spécificité supérieures aux tests traditionnels de détection des mycoplasmes. Le kit CytoInspect™ fait partie d‘une solution complète intégrant le kit CytoInspect™, le kit d´extraction d‘ADN CytoInspect™, le scanner CheckScanner™ et le logiciel CheckReport™Software. CytoInspect™ est un kit prêt-à-l´emploi, il comprend les puces à ADN CytoInspect™, le PCR Mastermix, les tampons et une notice détaillée. Le kit d´extraction ADN CytoInspect™ contient tous les réactifs nécessaires pour l‘extraction d‘ADN de l‘échantillon.

Figure 5: Le logiciel CheckReport™Software génère automatiquement un rapport indiquant les résultats sur les 40 espèces spécifiques cibles, la sonde universelle et les différents contrôles internes.

* La plate-forme HTA™Slide est protegée par le brevet U.S. n° 8.007.744.

Kit de Détection de Mycoplasmes

CheckScannerTM / Logiciel CheckReportTM Software p. 10 I 9

Référence 464 060 516 070

Description CytoInspectTM

identification de

mycoplasmes

Kit d‘extraction d‘ ADN

CytoInspectTM

Contenu 10 tests 50 preps

Nouveau

10 9www.gbo.com/bioscience

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CheckScanner™ et CheckReport™Software

CheckScanner™ (CE-IVD) est un lecteur de biopuces en fluo-rescence contrôlé par ordinateur pour utilisation en laboratoire en association avec le logiciel CheckReport™Software. Il est conçu pour lire en haute résolution les microarrays prêts à l’emploi HTA™Slides fabriqués par Greiner Bio-One.

La coordination scanner – logiciel associé permet une détection et une analyse automatisées de 4 HTA™Slides (Fig. 7)

Grâce à l’intégration de systèmes de contrôle interne innovants pour chaque kit de dépistage Greiner Bio-One gérés par le logiciel CheckReport™Software, faux négatifs ou faux positifs sont pratiquement exclus lors de l’analyse.

Le logiciel CheckReport™Software (CE-IVD) est maintenant dis-ponible sous deux versions différentes (à compter de la version 4.0):

• Le logiciel CheckReport™Software a été développé sur la base de plusieurs normes internationales.

• Le nouveau logiciel CheckReport™Software (21 CFR part 11) a été conçu pour une mise en conformité FDA selon le 21 CFR (Code of Federal Regulations) Chap 11: Enregistrements électroniques.

Les deux versions sont composées de trois sous-systèmes: • CheckReport™SampleSheet: lie de manière non équivoque les données patient ou échantillon à un code à barres sur chaque biopuce.

• CheckReport™Result: le module s’appuie sur le logiciel GeneSpotter de MicroDiscovery et contient l’analyse elle-même.

• CheckReport™Admin: ce module contrôle la gestion par l´utilisa- teur et évite une mauvaise utilisation ou traitement des données.

L’association du logiciel CheckReport™Software avec les logicielsmodules de CheckReport™Software: PapilloCheck®, PapilloCheck® haut-risque, ParoCheck®, CarnoCheck® et CytoInspectTM permet une évaluation automatique des données, en toute facilité et sécurité.

CheckScannerTM CheckReportTMSoftware

Une interface intégrée permet la communication avec les différents systèmes d’informations de Laboratoire: LIMS (Laboratory-Information-Management-System).

Figure 5: Analyse automatique de 4 HTATMSlides avec CheckScannerTM

PapilloCheck®, PapilloCheck® haut-risque, ParoCheck®, CarnoCheck® font partie de la gamme oCheck® de Greiner Bio-One.

Accessoires

Accessoires

Référence 862 070 862 080 862 090 862 082

Désignation CheckScannerTM (CE-IVD) CheckReportTMSoftware(CE-IVD)

CheckReportTMSoftware(21 CFR part 11) (CE-IVD)

CheckReportTMSoftwarePlug-In CytoInspect™

Qté par carton 1 1 1 1

Référence 862 081 862 088 862 083 862 084

Désignation CheckReportTMSoftware (CE-IVD)Module PapilloCheck®

CheckReportTMSoftware (CE-IVD)Module PapilloCheck® haut-risque

CheckReportTMSoftware (CE-IVD)Module ParoCheck®

CheckReportTMSoftwareModule CarnoCheck®

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Microfluidiques

Grâce aux nouvelles technologies de fabrication et aux nouveaux matériaux polymère, il est maintenant possible deréaliser des composants microstructurés pour le diagnostic, la mise au point de médicaments et la recherche industrielle. Ceux-ci possèdent des avantages significatifs comparés aux supports verre ou silicone. Ils présentent des atouts économiques substantiels. Une large sélection de matériaux et de traitements de surface est disponible; des composants de grande dimension peuvent aussi être élaborés. Les domaines principaux d‘application sont:

L‘Analytique/le Diagnostic (électrophorèse, lab-on-a-chip)

La Chimie (micromixeurs, réacteurs, échangeurs de chaleur)

La mise au point de molécules et le pipetage

Pour la production de systèmes microfluidiques en tant que dispositifs à usage unique, l‘appel aux nouvelles technologies est nécessaire. Plusieurs processus de fabrication peuvent être utilisés. La technologie par injection est aujourd‘hui largement répandue pour produire de tels éléments microstructurés en plastique. Le choix du matériau dépend de l‘application finale des composants. Les critères de sélection sont:

Transparence

Stabilité

Résistance chimique

Biocompatibilité

État de surface (ex. l‘hydrophobicité)

Plusieurs polymères peuvent être utilisés (ex. polystyrène, polyméthylméthacrylate, polycarbonate, polypropylène). Destraitements de surface complémentaires après moulage peuvent améliorer les propriétés du matériau choisi, et comparé au verre, une grande variété d‘options est disponible pour des surfaces modifiées.

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1000 µm

Figure 1: Production de microstructures par injection.

Une fabrication précise de l‘insert est critique pour la qualité à posteriori des composants. Différentes méthodes sont utilisées selon la taille des structures et du rapport précision/aspect de la structure. En utilisant des outils à haut débit, des microstructures peuvent être produites même sur des grandes surfaces. Pour des inserts de très haute précision, des techniques galvanique/lithographique sont nécessaires.

Figure 2a: Insert en cuivre, fabriqué par micro-fraisage.Figure 2b: Détail d‘un insert en nickel, fabriqué par UV-LIGA.

Des formats standard permettent une réalisation rapide et économique de projets spécifiques clients, du prototype à la production. Par exemple, un format répandu est celui de la lame microscopique avec une surface de 25 mm x 75 mm.

Figure 3: Lame microfluidique. Des microcanaux et éléments macroscropiques(réservoirs, puits traversants) ont été produits en une étape.

Greiner Bio-One peut produire des composants microstructurés de dimensions et de formes variées tel que le format microplaque. Dans beaucoup de cas, la surface microstructurée doit être obturée avec un couvercle de façon à obtenir un système fermé. Différentes méthodes d‘obturation, telles que la soudure laser, la soudure ultrasonique, des techniques de collage et des liaisons par diffusion sont utilisées. En complément, l‘incorporation de composants telles que des électrodes ou des membranes à l‘intérieur de la partie microstructurée est possible. Pour combiner différents matériaux, nous possédons des technologies spécifiquement adaptées aux microstructures.

Figure 4a: Structures partiellement scellées pour électrophorèse capillaire. Figure 4b: Microscopie electronique d‘un carrefour microtunnel fermé (100 µm x 50 µm).

Notre offre produitAvec nos équipes biologistes, physiciens et ingénieurs, nous travaillons en étroite collaboration avec nos clients. Sur la base de notre expertisedes polymères, nous pouvons fournir des solutions innovantes répondant aux besoins de chaque client.

Une grande variété de matériaux est disponible pour réaliser votre projet. Ajoutées à cela, nous proposons plusieurs technologies de modification des propriétés de surface afin d‘optimiser votre composant microstructuré pour votre application.

Notre offre produit est constituée de différentes phases allant de la première ébauche au produit final:

Phase prototype

Phase production de petite série

Phase production industrielle

Microchannel

Intersection

Reservoir

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