Post on 03-Apr-2015
Type de banque Nom de la banque Méthodes utilisées
Banques de données construites
►Cancer et altérations génétiques
►Données cytométriques et cancer
►CGH, FISH, CGH array
Banques de données en ligne
►The Cancer Genome Anatomy Project
►Genexplorer
►Score Santé
►Méthode SAGE
►Puces à ADN
►Epidémiologie
L’éducation confrontée aux questions de santé : le Cancer
Outils et formation / Banque de données
Type de banque Nom de la banque Méthodes utilisées
Banques de données construites
►Cancer et altérations génétiques
►Données cytométriques et cancer
►CGH, FISH, CGH array
Banques de données en ligne
►The cancer Genome Anatomy Project
►Genexplorer
►Score Santé
►Méthode SAGE
►Puces à ADN
►Epidémiologie
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Outils et formation / Banque de données
Nom de la banque Adresse du site Méthode utilisée
► Cancer et altérations génétiques
►Mise en ligne à venir sur http://acces.inrp.fr/acces/equipes/dyna/travaux/accueil
►CGH, FISH, CGH array
► Données cytométriques et cancer
►ftp://ftp.inrp.fr/home/acces/dynacell/outils/winmdi/html/cancercyto.htm
► cytométrie
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Outils et formation / Banque de données construites
Nom de la banque Adresse du site Méthode utilisée
► Cancer et altérations génétiques
►Mise en ligne à venir sur http://acces.inrp.fr/acces/equipes/dyna/travaux/accueil
►CGH, FISH, CGH array
► Données cytométriques et cancer
►ftp://ftp.inrp.fr/home/acces/dynacell/outils/winmdi/html/cancercyto.htm
► cytométrie
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Outils et formation / Banque de données construites
L’éducation confrontée aux questions de santé : le Cancer
Outils et formation Banques construites : Cancer et Altérations Génétiques
Informations sur le phénotypemacroscopique du patient
Choix du patient
Définitions de certains termes
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Outils et formation Banques construites : Cancer et Altérations Génétiques
Affichage du caryotype
+Éventuellement
images
- Polyploïdie
- Amplification
- Translocation
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Outils et formation Banques construites : Cancer et Altérations Génétiques
Image CGH
+Courbes CGH
localisation d’une région
chromosomique amplifiée ou
perdue
Rubrique « phénotype chromosomique »
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Outils et formation Banques construites : Cancer et Altérations Génétiques
Résultatdu CGH array
Détermination d’un locus amplifié ou
perdu
Carte génique du chromosomeimpliqué
repérage du locus amplifié
ou perdu
Hypothèse concernant un gène
impliqué
Rubrique « génotype »
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Outils et formation Banques construites : Cancer et Altérations Génétiques
Accès à une banque de chromosomes (localisation d’oncogènes, de gènes suppresseurs de tumeur, d’autres gènes)
Accès à un lexique (définitions des principaux termes utilisés dans
la banque : pathologies, mécanismes… )
Accès à une banque de techniques (permettant
l’obtention des différentes images présentées : FISH, CGH, CGH
array, peinture 24 couleurs) retour
L’éducation confrontée aux questions de santé : le Cancer
Outils et formation Banques construites : Cytométrie et cancer
Un outil…
…qui permet d’utiliser des données
cytométriques…
…en affichant un graphique où : - chaque point représente une cellule- sa position dépend de la densité de marqueurs à sa surface
L’éducation confrontée aux questions de santé : le Cancer
Outils et formation Banques construites : Cytométrie et cancer
Des données issues d’une série de 36 cas de patients atteints de leucémie ou de lymphome…
…utilisables avec le logiciel WinMDIafin de déterminer le niveau d’expression des marqueurs à la surface des cellules sanguines
L’éducation confrontée aux questions de santé : le Cancer
Outils et formation Banques construites : Cytométrie et cancer
La comparaison d’une moelle normale et de la moelle d’un patient…
…permet de déterminer les marqueurs anormalement sous-exprimés ou sur-exprimés et donc de déterminer la nature des cellules ayant proliféré
L’éducation confrontée aux questions de santé : le Cancer
Outils et formation Banques construites : Cytométrie et cancer
AVANTAGES ET INCONVENIENTS
Avantages
-Des outils d’utilisation simple
La maîtrise totale de l’outil par l’enseignant est possible
Le travail en autonomie des élèves est envisageable
-Des données triées, sélectionnées
-Une présentation à finalité pédagogique
L’éducation confrontée aux questions de santé : le Cancer
Outils et formation Banques construites : Cytométrie et cancer
AVANTAGES ET INCONVENIENTS
Inconvénients
-Champ d’étude réduit
La lourdeur de la construction et de la gestion de telles banques limite leur évolutivité
-Enrichissement long
-Peu de données disponibles
retour
Nom de la banque Adresse du site Méthode utilisée
The cancer Genome Anatomy Project
http://cgap.nci.nih.gov Méthode SAGE :
Serial Analysis of Gene Expression
Genexplorer
http://genome-www.standford.edu/
sarcoma/
Puces à ADN
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Outils et formation / Banque de données en ligne
Score Santé http://www.fnors.org/Score/accueil.htm
Epidémiologie
Nom de la banque Adresse du site Méthode utilisée
The cancer Genome Anatomy Project
http://cgap.nci.nih.gov Méthode SAGE :
Serial Analysis of Gene Expression
Genexplorer
http://genome-www.standford.edu/
sarcoma/
Puces à ADN
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Outils et formation / Banque de données en ligne
Score Santé http://www.fnors.org/Score/accueil.htm
Epidémiologie
Page pour la requête du gène
Zone d’inscription du gène
Résultats de la requête
Normal Cancer
Gradient de couleurs traduisant le niveau d’expression du gène
Exemple d’organe pour lequel des données sont disponibles dans le cas normal et en cas de cancer
Niveau d’expression du gène
Cas des cellules normales
Cas des cellules cancéreuses
Gène sous exprimé Gène surexprimé
Gène plus fortement exprimé dans ces différents carcinomes
Géne faiblement exprimé
retour
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Outils et formation / Banque de données en ligne GeneExplorer
Page d’accueil du site
Accès à la banque et signification du code
couleur pour les puces à ADN
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Outils et formation / Banque de données en ligne GeneExplorer
Champ où taper le nom du gène sur lequel porte la requête
MENER UNE REQUETE
CDK4
Liste de différents types de sarcomes
Liste des gènes correspondant à la
requête
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Outils et formation / Banque de données en ligne GeneExplorer
Nombre de résultats correspondant à la requête
Résultats livrés par les puces à ADN (le code couleur traduit le niveau d’expression du gène)
LIRE LES RESULTATS
DE LA REQUETE
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Outils et formation / Banque de données en ligne GeneExplorer
Résultats livrés par les puces à ADN
Lignées de cellules cancéreusesGène sur lequel porte la requête
Code couleur traduisant la surexpression
ou la sous-expression du
gène
LIRE LES RESULTATS
DE LA REQUETE
L’éducation confrontée aux questions de santé : le Cancer
Outils et formation / Banques de données en ligne
Les avantages et les inconvénients de ces outils
- une densité importante d’informations
- des informations actualisées et régulièrement enrichies
AVANTAGES
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Outils et formation / Banques de données en ligne
Les avantages et les inconvénients de ces outils
INCONVENIENTS
Complexité des
informations
Multiplicité des liens …
Déchiffrage difficile des notations et nomenclatures scientifiques …
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Outils et formation / Banques de données en ligne
Les avantages et les inconvénients de ces outilsINCONVENIENTS
complexité des informations
+ multiplicité des liens
+ déchiffrage difficile des notations et nomenclatures scientifiques
= des difficultés pour garantir l’autonomie des élèves lors de l’utilisation d’ outils comme
Genexplorer ou The Cancer Genome Anatomy Project
retour
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Outils et formation Banque de données épidémiologiques en ligne : Score Santé
Page d’accueil de Score Santé
Choix d’un grand thème puis d’un thème
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Outils et formation Banque de données épidémiologiques en ligne : Score Santé
Choix d’un type de cancer
Paramétrage de la requête
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Outils et formation Banque de données épidémiologiques en ligne : Score Santé
Choix d’un indicateur de santé dans la
pathologie retenue
Paramétrage de la requête
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Outils et formation Banque de données épidémiologiques en ligne : Score Santé
Choix géographique
Paramétrage de la requête
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Outils et formation Banque de données épidémiologiques en ligne : Score Santé
Un exemple de résultat de requête : « cancer de l’estomac, nombre de décès chez les hommes dans la tranche d’âge 55-59 ans, dans toutes les régions de France, entre 1995 et 2000 »
Le résultat de la requête est un tableau exportable et convertible au format « .xls »
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Outils et formation Banque de données épidémiologiques en ligne : Score Santé
décès par cancer de l'estomacchez l'homme en 1995
15 à 38 (4)14 à 15 (1)11 à 14 (2)10 à 11 (1)9 à 10 (1)8 à 9 (2)7 à 8 (1)5 à 7 (4)3 à 5 (3)1 à 3 (3)
cancer de l'estomac chez l'homme en France en 1995
Il est possible sous Excel de projeter sur une carte géographique ces données statistiques.
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Outils et formation Banque de données épidémiologiques en ligne : Score Santé
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décès par cancer de l'estomacchez l'homme en 1995
15 à 38 (4)14 à 15 (1)11 à 14 (2)10 à 11 (1)9 à 10 (1)8 à 9 (2)7 à 8 (1)5 à 7 (4)3 à 5 (3)1 à 3 (3)
nb de débits de boissonen 1988
# 22 000
# 11 000# 2 200
cancer de l'estomac chez l'homme en France en 1995
On peut aussi possible projeter sur une même carte des indicateurs différents dans la perspective d’établir des corrélations.
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Outils et formation Banques construites : Cytométrie et cancer
AVANTAGES ET ( INCONVENIENTS)
Avantages
- Un outil de présentation simple
Le travail en autonomie des élèves est envisageable
- Des données nombreuses, variées, actualisées
- Des transpositions de données chiffrées sous différentes formes graphiques, des corrélations entre différents indicateurs
MERCI
Les puces à ADN
Méthode SAGE : Serial Analysis of Gene Expression
Peinture 24 couleurs
CGH
FISH
CGHarray