Type de banqueNom de la banqueMéthodes utilisées Banques de données construites Cancer et...

Type de banque Nom de la banque Méthodes utilisées

Banques de données construites

►Cancer et altérations génétiques

►Données cytométriques et cancer

►CGH, FISH, CGH array

Banques de données en ligne

►The Cancer Genome Anatomy Project

►Genexplorer

►Score Santé

►Méthode SAGE

►Puces à ADN

►Epidémiologie

L’éducation confrontée aux questions de santé : le Cancer

Outils et formation / Banque de données

Type de banque Nom de la banque Méthodes utilisées

Banques de données construites

►Cancer et altérations génétiques

►Données cytométriques et cancer


Banques de données en ligne

►The cancer Genome Anatomy Project

►Genexplorer

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►Méthode SAGE

►Puces à ADN

►Epidémiologie


Outils et formation / Banque de données

Nom de la banque Adresse du site Méthode utilisée

► Cancer et altérations génétiques

►Mise en ligne à venir sur http://acces.inrp.fr/acces/equipes/dyna/travaux/accueil


► Données cytométriques et cancer

►ftp://ftp.inrp.fr/home/acces/dynacell/outils/winmdi/html/cancercyto.htm

► cytométrie


Outils et formation / Banque de données construites


Outils et formation Banques construites : Cancer et Altérations Génétiques

Informations sur le phénotypemacroscopique du patient

Choix du patient

Définitions de certains termes



Affichage du caryotype

+Éventuellement

images

- Polyploïdie

- Amplification

- Translocation



Image CGH

+Courbes CGH

localisation d’une région

chromosomique amplifiée ou

perdue

Rubrique « phénotype chromosomique »



Résultatdu CGH array

Détermination d’un locus amplifié ou

perdu

Carte génique du chromosomeimpliqué

repérage du locus amplifié

ou perdu

Hypothèse concernant un gène

impliqué

Rubrique « génotype »



Accès à une banque de chromosomes (localisation d’oncogènes, de gènes suppresseurs de tumeur, d’autres gènes)

Accès à un lexique (définitions des principaux termes utilisés dans

la banque : pathologies, mécanismes… )

Accès à une banque de techniques (permettant

l’obtention des différentes images présentées : FISH, CGH, CGH

array, peinture 24 couleurs) retour


Outils et formation Banques construites : Cytométrie et cancer

Un outil…

…qui permet d’utiliser des données

cytométriques…

…en affichant un graphique où : - chaque point représente une cellule- sa position dépend de la densité de marqueurs à sa surface



Des données issues d’une série de 36 cas de patients atteints de leucémie ou de lymphome…

…utilisables avec le logiciel WinMDIafin de déterminer le niveau d’expression des marqueurs à la surface des cellules sanguines



La comparaison d’une moelle normale et de la moelle d’un patient…

…permet de déterminer les marqueurs anormalement sous-exprimés ou sur-exprimés et donc de déterminer la nature des cellules ayant proliféré



AVANTAGES ET INCONVENIENTS

Avantages

-Des outils d’utilisation simple

La maîtrise totale de l’outil par l’enseignant est possible

Le travail en autonomie des élèves est envisageable

-Des données triées, sélectionnées

-Une présentation à finalité pédagogique



AVANTAGES ET INCONVENIENTS

Inconvénients

-Champ d’étude réduit

La lourdeur de la construction et de la gestion de telles banques limite leur évolutivité

-Enrichissement long

-Peu de données disponibles

retour

Nom de la banque Adresse du site Méthode utilisée

The cancer Genome Anatomy Project

http://cgap.nci.nih.gov Méthode SAGE :

Serial Analysis of Gene Expression

Genexplorer

http://genome-www.standford.edu/

sarcoma/

Puces à ADN


Outils et formation / Banque de données en ligne

Score Santé http://www.fnors.org/Score/accueil.htm

Epidémiologie

Page pour la requête du gène

Zone d’inscription du gène

Résultats de la requête

Normal Cancer

Gradient de couleurs traduisant le niveau d’expression du gène

Exemple d’organe pour lequel des données sont disponibles dans le cas normal et en cas de cancer

Niveau d’expression du gène

Cas des cellules normales

Cas des cellules cancéreuses

Gène sous exprimé Gène surexprimé

Gène plus fortement exprimé dans ces différents carcinomes

Géne faiblement exprimé

retour


Outils et formation / Banque de données en ligne GeneExplorer

Page d’accueil du site

Accès à la banque et signification du code

couleur pour les puces à ADN



Champ où taper le nom du gène sur lequel porte la requête

MENER UNE REQUETE

CDK4

Liste de différents types de sarcomes

Liste des gènes correspondant à la

requête



Nombre de résultats correspondant à la requête

Résultats livrés par les puces à ADN (le code couleur traduit le niveau d’expression du gène)

LIRE LES RESULTATS

DE LA REQUETE



Résultats livrés par les puces à ADN

Lignées de cellules cancéreusesGène sur lequel porte la requête

Code couleur traduisant la surexpression

ou la sous-expression du

gène

LIRE LES RESULTATS

DE LA REQUETE


Outils et formation / Banques de données en ligne

Les avantages et les inconvénients de ces outils

- une densité importante d’informations

- des informations actualisées et régulièrement enrichies

AVANTAGES



Les avantages et les inconvénients de ces outils

INCONVENIENTS

Complexité des

informations

Multiplicité des liens …

Déchiffrage difficile des notations et nomenclatures scientifiques …



Les avantages et les inconvénients de ces outilsINCONVENIENTS

complexité des informations

+ multiplicité des liens

+ déchiffrage difficile des notations et nomenclatures scientifiques

= des difficultés pour garantir l’autonomie des élèves lors de l’utilisation d’ outils comme

Genexplorer ou The Cancer Genome Anatomy Project

retour


Outils et formation Banque de données épidémiologiques en ligne : Score Santé

Page d’accueil de Score Santé

Choix d’un grand thème puis d’un thème



Choix d’un type de cancer

Paramétrage de la requête



Choix d’un indicateur de santé dans la

pathologie retenue




Choix géographique




Un exemple de résultat de requête : « cancer de l’estomac, nombre de décès chez les hommes dans la tranche d’âge 55-59 ans, dans toutes les régions de France, entre 1995 et 2000 »

Le résultat de la requête est un tableau exportable et convertible au format « .xls »



décès par cancer de l'estomacchez l'homme en 1995

15 à 38 (4)14 à 15 (1)11 à 14 (2)10 à 11 (1)9 à 10 (1)8 à 9 (2)7 à 8 (1)5 à 7 (4)3 à 5 (3)1 à 3 (3)

cancer de l'estomac chez l'homme en France en 1995

Il est possible sous Excel de projeter sur une carte géographique ces données statistiques.



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décès par cancer de l'estomacchez l'homme en 1995

15 à 38 (4)14 à 15 (1)11 à 14 (2)10 à 11 (1)9 à 10 (1)8 à 9 (2)7 à 8 (1)5 à 7 (4)3 à 5 (3)1 à 3 (3)

nb de débits de boissonen 1988

# 22 000

# 11 000# 2 200

cancer de l'estomac chez l'homme en France en 1995

On peut aussi possible projeter sur une même carte des indicateurs différents dans la perspective d’établir des corrélations.

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AVANTAGES ET ( INCONVENIENTS)

Avantages

- Un outil de présentation simple

Le travail en autonomie des élèves est envisageable

- Des données nombreuses, variées, actualisées

- Des transpositions de données chiffrées sous différentes formes graphiques, des corrélations entre différents indicateurs

Les puces à ADN

Méthode SAGE : Serial Analysis of Gene Expression

Peinture 24 couleurs

CGHarray

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