Post on 03-Apr-2015
Stratégies de recherche de littérature sur
PubMed
Stratégies de recherche sur PubMed
Comment optimiser sa recherche avec PubMed, le moteur de recherche de données biomédicales, en utilisant les diverses fonctions offertes par le site, notamment
la banque de terminologie biomédicale MeSH,
My NCBI
MeSH
MeSH Vocabulaire standardisé
Sert à indexer les articles dans PubMed
À quoi vous servira la base de données MeSH ? Parmi plusieurs synonymes, déterminer quel terme a été choisi pour l’indexage dans PubMed, et donc quel terme utiliser pour vos recherches
MeSH Sous forme de hiérarchie. Si on fait une recherche
avec un terme MeSH, tous les termes situés plus bas dans la hiérarchie sont inclus.
Les sous-catégories ne sont pas exclusives. Ex.: « HIV-1 » apparaît dans « vertebrate viruses » et « RNA viruses »
PubMed fournit des tutoriels pour apprendre à utiliser la base de données MeSH
Stratégie de recherche, exemple On veut faire une recherche de littérature dans
PubMed limitée aux virus enveloppés
Problème: le terme « enveloped virus » n’apparaît pas nécessairement dans les articles, mais plutôt le nom des espèces, genres, etc.
Exemple
Liste des virus enveloppés (obtenue dans un manuel)
Stratégie de recherche, exemple
Utiliser MeSH pour déterminer s’il faut chercher « retrovirus » ou « retroviridae », « flavivirus » ou « flaviviridae », etc.
On obtient la liste suivante: flaviviridae, togaviridae, coronaviridae, retroviridae,
bunyaviridae, orthomyxoviridae, arenaviridae, mononegavirales, hepadnaviridae, herpesviridae, poxviridae.
Stratégie de recherche, exemple
Opérateurs logiques
Envoyer un à un les termes retenus pour notre recherche dans la « Search Box »
Stratégie de recherche, exemple
Search Box
Quand tous les termes y sont, lancer la recherche dans PubMed
Sauvegarde d’une combinaison de mots clés
On peut sauvegarder sa stratégie de recherche dans « My NCBI »(Il faut s’inscrire)
My NCBI Sert, entre autres, à
sauvegarder des combinaisons de mots clés pour effectuer des recherches dans les bases de données de NCBI
My NCBI : sauvegarder une stratégie de recherche
Nommer sa combinaison de mots-clé
My NCBI : sauvegarder une stratégie de recherche
On peut se faire envoyer automatiquement par courriel les nouveaux articles correspondant à cette combinaison de mots-clé
My NCBI : sauvegarder une stratégie de recherche
Cliquer sur la stratégie sauvegardée permet de refaire la même recherche dans PubMed
Cliquer sur « What’s new » pour voir les articles publiés depuis la dernière recherche
My NCBI Comment combiner une stratégie sauvegardée
dans My NCBI avec d’autres mots clés dans PubMed?
Exemple: combiner « virus_enveloppés » et le terme « adhesion molecules »
Lancer d’abord la recherche dans PubMed avec la combinaison de mots-clés sauvegardée, ici virus_enveloppés
"adhesion molecule" AND
("Flaviviridae"[MeSH] OR "Togaviridae"[MeSH] OR "Coronaviridae"[MeSH] OR "Retroviridae"[MeSH] OR "Bunyaviridae"[MeSH] OR "Orthomyxoviridae"[MeSH] OR "Arenaviridae"[MeSH] OR "Mononegavirales"[MeSH] OR "Hepadnaviridae"[MeSH] OR "Herpesviridae"[MeSH] OR "Poxviridae"[MeSH])
Modifier ensuite la stratégie en utilisant les opérateurs logiques appropriés
My NCBI : sauvegarder une stratégie de recherche
"adhesion molecule" AND
("Flaviviridae"[MeSH] OR "Togaviridae"[MeSH] OR "Coronaviridae"[MeSH] OR "Retroviridae"[MeSH] OR "Bunyaviridae"[MeSH] OR "Orthomyxoviridae"[MeSH] OR "Arenaviridae"[MeSH] OR "Mononegavirales"[MeSH] OR "Hepadnaviridae"[MeSH] OR "Herpesviridae"[MeSH] OR "Poxviridae"[MeSH])
On peut ensuite sauvegarder cette nouvelle recherche dans My NCBI
My NCBI : sauvegarder une stratégie de recherche