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Recherche dans PubMed

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SURVOL

• Qu’est ce que PubMed• Accès• Énoncé/stratégie de recherche• Opérateurs logiques• Recherche Simple • Les termes MeSH (Medical Subject Headings)• Interroger PubMed avec les MeSH• Historique de recherche et combinaisons• Limitez votre recherche• Repérez les références non-indexées• Gérez vos références• Sauvegarde des références dans RefWorks• My NCBI : Sauvegarde des recherches• Aide additionnelle

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Qu’est-ce que PubMed?

• Une base de données bibliographiques• Plus de 22 millions de références bibliographiques à des

articles de périodiques• Produite par la National Library of Medicine (NLM), U.S.• Plus de 5600 périodiques indexés dans Medline• Contenu international (75% anglais)• 1950-présent• + références non indexées dans Medline• Détails du contenu:

http://www.nlm.nih.gov/pubs/factsheets/dif_med_pub.html

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Accès

Page d’accueil de la Bibliothèque des sciences de la santé:– Ressources principales à la page d’accueil – Liste A-Z des bases de données – Pages Trouver des articles de nos Libguides

Pubmed.gov : disponible gratuitement sur Internet

ATTENTION: si vous ne passez pas par nos pages Web, les liens vers les textes intégraux des articles de périodiques auxquels nous sommes abonnées pourraient ne pas fonctionner.

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Stratégie de recherche

Énoncé de recherche:Mme Smith, une patiente âgée de 50 ans, se demande si le cancer du sein peut être prévenu grâce aux vitamines ou aux suppléments

nutritionnels. Concepts clés:1. Cancer du sein

Prévention2. Vitamines3. Suppléments nutritionnels

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Opérateurs logiques

• ET– Relie 2 ou plusieurs idées différentes. Permet de mieux cibler

les résultats de recherche.

• OU – Relie 2 ou plusieurs synonymes ou termes connexes. Permet

d’élargir votre résultat de recherche.

• NON (SAUF)– élimine les idées ou concepts non désirés. Réduit la recherche.

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Stratégie de recherche:relations entre les concepts

Concept 1: cancer du sein

ET

prévention (un aspect du concept 1)

ET

(Concept 2: vitamines OU Concept 3: suppléments nutritionnels)

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Représentation graphique

Suppléments nutritionnels

Cancer du sein/prévention

Vitamines

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Recherche intuitive dans PubMed

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Caractéristiques de la recherche intuitive

• Facile, rapide• Exige une connaissance minimale des opérateurs

logiques• Le système fait tout le travail (renvois aux termes

appropriés)• Repérage maximum• Précision laisse à désirer

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MeSH Medical Subject Headings pourquoi les

utiliser?

• Des listes de mots et d’expressions uniformisés: cancer=neoplasms

• Éliminent les variations terminologiques et orthographiques: tumor ou tumour=neoplasms 

• Couvrent tout un éventail de synonymes ou de termes plus spécifiques: neoplasms inclut Lung neoplasms, Kidney neoplasms, Breast neoplasms, etc.

Pour de plus amples explications: vidéo sur le vocabulaire MeSH (en anglais seulement)

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MeSH (suite)

• Permettent de réduire l’étendue de la recherche du sujet grâce à la fonction sujet principal (major topic)

• Permettent de réduire l’étendue de la recherche du sujet en le combinant avec les qualificatifs (subheadings) désignant des aspects spécifiques - ex. : Breast Neoplasms – prevention & control

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Interroger PubMed avec les MeSH – recherche du concept 1

• Ch

1. Choisir la base MeSH soit du menu déroulant ou directement en cliquant sur ce lien

2. Taper le terme ou l’expression dans la case et cliquer sur Search

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Renvoi au MeSH (mapping)

Cliquer sur le MeSH

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Identifier / utiliser les MeSH (suite)

Choisir les sous-catégories pertinentes et décider du poids du MeSH (« major » ou pas) puis ajouter au « Search builder »

Cliquer sur Search PubMedBibliothèque des sciences de la santé automne 2013

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Résultats de la recherche – 1er concept

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Recherche du 2ème concept: vitamines

1.Cochez tous les termes pertinents.2.Ajoutez au Search builder3.Combinez avec le OR (OU)4.Cliquez sur Search

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Résultats, 2ème concept

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Recherche du 3ème concept

Vous pouvez cliquer dans la case pour choisir le MeSH, puis Add to search builder, et Search PubMed

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Résultats, 3ème concept

Cliquez maintenant sur Advanced Search pour voir l’historique de la recherche

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Historique de la recherche et combinaisons logiques

Les concepts apparaissent dans les boîtes lorsque vous cliquez sur Add. Choisissez l’opérateur pertinent pour votre combinaison.

Avec le bouton de gauche, cliquez sur Add pour chaque ensemble à combiner. Dans cette recherche, commencez par combiner « vitamines » OR « suppléments nutritionnels ».

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Résultat du OR et retour à l’historique de recherche

Cliquez

Historique de recherche enrichie d’un ensemble

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Complétez votre recherche en combinant les concepts devant être reliés par ET

(AND)

Toujours avec le bouton gauche de la souris, cliquez Add pour les ensembles à combiner avec le AND. Dans la section en haut de l’écran, cliquez sur Search pour exécuter la combinaison.

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Vos résultats: concept 1 ET (2 OU 3)

• Les filtres sont des critères de limites que vous pouvez appliquer à vos résultats

1.Cliquez pour ajouter des critères de limites tels âge, langue des asrticles…

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2. Choisissez les filtres et cliquez sur Show

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Filtres1. Choisissez une ou plusieurs valeurs pour chaque filtre désiré, puis cliquez sur Show

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2. Limitez ensuite vos résultats en cliquant sur un filtre pour l’appliquer. Ici, on passe de 155 à 62 références.

N’oubliez pas que les limites demeurent actives pour toute la session, à moins que vous les enleviez.

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Repérez les références non-indexées

• Utilisez tous les synonymes possibles (pas de MeSH)• Utilisez les parenthèses et les opérateurs logiques pertinents entre

vos concepts

(Breast cancer* OR breast carcinoma* OR breast neoplasm* OR breast tumor*) AND prevent* AND (Vitamin* OR ((nutrition* OR

dietary) AND supplement*))

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Exécution de la recherche

1. Cliquez sur ce filtre

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2. Limitez aux 7 derniers mois et appliquez

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Résultat limité

On constate que plusieurs références sont « in Process » (en cours de traitement) ou « Epub ahead of print »

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Votre stratégie de recherche élargie

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Il vous suffit maintenant de combiner #13 OR #17 pour obtenir toutes les références, indexées ou non, sur votre sujet.

N’oubliez pas d’enlever la limite de temps!

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Vos résultats

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N.B.: Cliquer pour choisir les références. Si aucune référence n’est choisie, tout l’ensemble est traité lors de la prochaine action.

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Visionnez vos résultats

Choisissez le format Abstract pour voir le bouton , les MeSH et les résumésChoisissez le format MEDLINE si vous exportez à un gestionnaire bibliographique

Cliquez sur Display settings pour voir les options d’affichage

Affichez suffisamment de références pour voir tout votre ensemble sur un seul écran, si possible

Cliquez pour valider vos choix

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Gérez vos référencesCliquez sur Send to pour imprimer, sauvegarder sur une clé usb ou sur votre poste de travail, acheminer par courriel ou créer un fichier qui pourra être importé dans un gestionnaire bibliographique comme RefWorks.

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Sauvegarde du fichier pour importation dans RefWorks

• Veillez à modifier le nombre de références à envoyer en fonction de vos résultats. Ici, le nombre le plus petit que l’on devrait choisir est 100, si on veut les 65 références en un seul envoi.

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Le fichier est sauvegardé dans les téléchargements.

Cliquer sur Save File

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Connexion à RefWorks

Saisissez vos coordonnées si vous êtes déjà inscrit(e) ou inscrivez-vous - c’est gratuit!

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Importation dans RefWorks

• Cette page est disponible dans les guides de recherche, (sciences infirmières, physiothérapie, ergothérapie, audio/ortho) sous l’onglet Trouver des articles

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Importation dans RefWorks

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Résultat de l’importation

Cliquez ici pour obtenir cela

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Aide sur RefWorks

• Consultez le Tutoriel de RefWorks

http://refworks.scholarsportal.info/tutorial

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Sauvegardez des recherches

Cliquez

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Sauvegardez la recherche

Connectez-vous à MyNCBI ou inscrivez-vous

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Sauvegardez la recherche

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Rappelez la recherche

• Cliquez sur MyNCBI:

• Aide dans MyNCBI

Cliquez sur votre recherche pour la ré-exécuter

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Aide exhaustive (en anglais seulement)

• Le fichier d’aide de PubMed :

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/help/pmhelp.html • PubMed FAQ :

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK3827/#pubmedhelp.FAQs• Tutoriel interactif sur PubMed :

http://www.nlm.nih.gov/bsd/pubmed_tutorial/m1001.html

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