Open Science, Open Access, Science2.0 : de nouvelles modalités pour la communication scientifique

Open Science, Open Access, Science 2.0

Les nouvelles modalités de la communication scientifique

Julien Sicot <julien.sicot@univ-rennes2.fr>Stage URFIST 1er juin 2010

1mercredi 2 juin 2010

La communication scientifiqueÉtat des lieux

D’après Gabriel Gallezot et al., “Chercheurs 2.0 ?,” Les Cahiers du numérique 5, no. 2 (Juin 15, 2009): 15-32, http://archivesic.ccsd.cnrs.fr/sic_00396278/en/

Les grandes évolutions de la communication scientifique

Échanges épistolaires

1665Invention de la revue scientifique

H. Oldenburg : Philosophical Transactions of the Royal Society

(London)Marin Mersenne. Journal des savants

(Paris)

1948Vannevar Bush

le Memex

1963Eugène Garfield Science Citation

1970Bases de données

e-mailsRequest For Comments

1975Facteur d’Impact

1989Le Web

Tim Bernes-Lee

1991ArXiv

Premier serveur de preprints

2002Budapest Open Access Initiative Green and Gold

2004Google Scholar

2009Web sémantique

Linked dataData repositories

Acteurs de la recherche

• Chercheurs, équipes, laboratoires

• Financeurs de la Recherche (acteurs institutionnels : universités et bibliothèques, agences nationales, acteurs privés)

• Acteurs éditoriaux (éditeurs scientifiques : “Big Four” : Elsevier, Springer Verlag, Blackwell-Wiley, Thomson Scientific)

• Diffuseurs (Agences d’abonnement, agrégateurs, portails, moteurs de recherche (Google Scholar, Books / Microsoft), serveurs de bases de données bibliographiques)

Le cycle de la Recherche

Source: Mark Ware et Michael Mabe, The stm report : An overview of scientific and scholarly journals publishing(Oxford, United Kingdom: STM: International Association of Scientific, Technical and Medical Publishers, Septembre 2009).

Journée type du chercheur50% administratif, 50% enseignement, 50% recherche !

• Navigation internet (veille) / recherche documentaire / lecture d’articles scientifiques

• Vérification dates prochaines conférences / Organisation de colloques, de communications

• Réfléchir à d’éventuelles hypothèses de recherche / Trouver des financements / répondre à des appels à projet

• Relations avec ses pairs / collaborateurs / partenaires

• Activités pédagogiques (cours, etc)

• Participation aux referees d’articles

• Aspects politiques, groupes de travail, vie universitaire, etc...

Le cycle de l’Information scientifique

Collecte

Diffusion de document

Traitement de l’information

Recherche de documents

Extraction d’information

Construction de connaissance

Production d’information

Production de documents

D’après G. Gallezot

- Activité cognitive du chercheur

- Manipulation par des outils

informatiques

Bases bibliographiques

Banques de données

Revues, ouvrages

Colloques

Archives ouvertes

Sites web

Listes de discussion

Bibliothèques

La cycle de la Revue

Fonctions remplies par la revue

• Aujourd’hui = principal vecteur de l’IST

• Diffusion des résultats de recherche

• Garant de la qualité de la recherche “en amont” (autorité, peer-reviewing)

• Constitution d’une mémoire scientifique (archives pérennes)

• Évaluation des chercheurs “en aval” (OST, AERES, citations, h-index, classements, etc)

Nbre d’articles par discipline et par an

Une croissance exponentielle

• + de 25 000 titres de revues

• 1,5 Millions d’articles publiés par an (2,5 Millions en 2004)

• Sur la totalité des chercheurs, 90% sont en vie aujourd’hui

• 2000 éditeurs

• 3% de croissance / an

• 1 millions d’auteurs (chercheurs)

• 10 à 15 millions de lecteurs dans plus de 10000 institutions

Croissance des revues à comité de lecture depuis 1665

Corrélation entre augmentation nombres de chercheurs, revues et articles

Vers le e-only ?

Le big deal

• 39% (780) des éditeurs basés en Europe = 49% de la production d’articles = puissant lobby

• Big 3 = 80% du marché STM (Thomson Reuters $2.639, Reed Elsevier $1.764, Wolters Kluwer $1.158) Other $1.250 Total : $6.811

• Augmentation du prix des périodiques : +10% par an de 1975 à 2000 (de 1975 à 1995 +300%)

• Depuis 2000, inflation annuelle de 6 à 8% en moy.

Le coût des revues

Ghost writing

"... during key marketing periods as many as 40% of published articles focusing on specific drugs are ghost managed"

Sismondo S. « Ghost Management: How Much of the Medical Literature Is Shaped Behind the Scenes by the Pharmaceutical Industry? ». PLoS Med [En ligne]. 2007, Vol. 4, n°9, p. e286. Disponible sur : < http://dx.doi.org/10.1371/journal.pmed.0040286 > (consulté le 30 Mai, 2010)

Des résultats erronés

"Simulations show that for most study designs and settings, it is more likely for a research claim to be false than true. Moreover, most study designs and settings, it is more likely for a research claim to be false than true. Moreover, for many current scientific fields, claimed research findings may often be simply accurate measures of the prevailing bias."

Ioannidis JPA. « Why Most Published Research Findings Are False ». PLoS Med [En ligne]. 2005, Vol. 2, n°8, p. e124. Disponible sur : < http://dx.doi.org/10.1371/journal.pmed.0020124 > (consulté le 30 Mai, 2010)

Fake journals

Source : http://www.the-scientist.com/blog/display/55671/ et http://www.the-scientist.com/blog/display/55679/

“Duplicate articles”

Mounir Errami et Harold Garner, “A tale of two citations,” Nature 451, no. 7177 (Janvier 24, 2008): 397-399, http://dx.doi.org/10.1038/451397a.

Vers de nouvelles pratiques ?

Et l’évaluation scientifique ?

2 types d’évaluation :

• En amont, qualitative, par les pairs = peer reviewing

• En aval, quantitative, par les citations des pairs

D’après P. Mounier et G. Gallezot

Évaluer l’activité recherche ?

• Pour qui ? Le pilotage (DGES, universités…) : orientation de la prod. Scientifique, répartition budgétaire, recrutement…

• Comment ? Quels référentiels ? Quels indicateurs ?

• Qui, quoi ? Les chercheurs, les établissements, les revues, les programmes…

• Par qui ? OST, AERES, CNU, Universités…

Évaluer l’activité recherche?

• Un modèle prégnantPublication (article de revue) et valeur de cette publication par la mesure des citations « reçues » par d’autres publications (bibliométrie)

• Un modèle dominant (STM) et quasi monopole de l’analyse et du référentiel (ISI - Institute of Scientific Information, Groupe U.S. Thomson Reuters)

d’après G. Gallezot24mercredi 2 juin 2010

Le facteur d’impact

• Concerne les revues scientifiques

• Fréquence annuelle moyenne de citation des articles d’un journal donné, estimé sur les 2 années précédentes

• Calculé par l’ISI à partir de la base JCR (Journal Citations Report)- Statistiques de citation et facteur d’impact des principales revues en science- Corpus de + de 7600 revues, les plus citées au monde (nombreuses revues françaises absentes)

• Limites : - Contrainte de durée (2 ans)- % de revues sur la base de données ISI- Indice de visibilité des revues et non des articles

Créé en 1960 par Eugene Garfield (ISI)

2006 et 20072008

IF=5Les articles publiés en 2006/07

ont été cités en moyenne 5 fois en 2008.

citations articles

Le facteur d’Impact

D’après Björn Brembs

L’index-H

• Créé par J. Hirsh (université de Californie à San Diego)

• Mesure des citations au niveau du chercheur

• Le nombre h d'articles de l'auteur qui ont été cités au moins h fois chacun

Source : http://fr.wikipedia.org/wiki/Indice_h

L’évaluation en question

• Problème des critères quantitatifs d’évaluation de la recherche : Nombre de publications dans les revues internationales « peer-reviewed », facteur d’impact

• Déséquilibre structurel en France, GB et Allemagne :

➡ Problème du différentiel de publication entre chercheurs français et anglais, du classement de Shanghai

➡ Problème de visibilité de la recherche

• Quelle explication ? Poids écrasant des « Big 4 » de l’édition scientifique

• Aujourd’hui : la performance bibliométrique l’emporte sur la découverte scientifique !

Les biais du facteur d’impact

Source : PhD Comics : http://www.phdcomics.com/comics.php?n=1108

A lire : Gingras Y. « La fièvre de l’évaluation de la recherche – Du mauvais usage de faux indicateurs ». Bulletin de méthodologie sociologique [En ligne]. 1 Octobre 2008, n°100, p. 42-44. Disponible sur : < http://bms.revues.org/index3313.html > (consulté le 30 Mai, 2010)

“Le durcissement actuel de l'évaluation de l’activité scientifique n’est-il pas un frein majeur à l’ouverture des systèmes de lecture et d’écriture des travaux scientifiques ?”

Broudoux E, Chartron G. « La communication scientifique face au Web2.0 : Premiers constats et analyse ». In : H2PTM [En ligne]. [s.l.] : Hermès Science - Lavoisier, 2009. p. 323-336.

Disponible sur : < http://archivesic.ccsd.cnrs.fr/sic_00424826/en/ >

• Barrière technologique : comment jongler entre les multiples outils/ressources ?

• Barrière économique : Coût de l’IST, les bibliothèque ne sont pas abonnées à toutes les bases et revues

• Barrière juridique : Editeur détenteur du copyright => ne facilite pas la créativité /réutilisation / l’exploitation des contenus. Obstacle au partage et à la collaboration

Quelques anomalies

Parrini M. barriers, 2007. Disponible sur : < http://www.flickr.com/photos/remuz78/463810013/ > 31mercredi 2 juin 2010

Crise(s) ?Vers un épuisement des modèles classiques

• Crise de l’édition scientifique (copyright, scandales, concentration, augmentation des coût, nouveaux modèles de publications, l’article n’est pas le seul support de l’IST)

• Crise du chercheur (individualisme & impersonnalité de la recherche ? Concurrence, compétition, “publish or perish”, mutations profondes des pratiques, etc.)

• Crise de l’évaluation (diktat “publish or perish” (encore), Shanghai, biais du facteur d’impact, facéties de la bibliométrie, etc.)

Vers une e-Science ?

Nouvelles formes de publication : Open Access, Archives Ouvertes et Revues en libre accès

Nouvelles pratiques de la recherche : Science 2.0, Open Science, Open data

Nouvelles formes d’évaluation : Open peer reviewing, facteurs d’usages, etc

L’Open Access34mercredi 2 juin 2010

Le Libre accès : repères historiques

• 1991 : naissance d’ArXiv = 1er serveur de preprints

• 1999 : naissance du mouvement Open Archives Initiative (OAI)

• 2002 : Budapest Open Access Initiative (BOAI)

• 2003 : Déclaration de Berlin

• 2006 : en France, signature d’un accord inter-établissements

• 2009 : Berlin 7 > 9 universités françaises signent la déclaration de Berlin pour le libre accès à la littérature scientifique

BOAIFondements de l’Open Access

• Une définition : « Le libre accès à la littérature scientifique est sa mise à disposition gratuite sur l’Internet public, permettant à tout un chacun de lire, télécharger, copier, transmettre, imprimer (…), ou s’en servir à toute autre fin légale, sans barrière financière, légale ou technique autre que celles indissociables de l’accès et l’utilisation d’Internet. » (d’après Libre Accès Inist).

• Deux stratégies (2 voies)

• La voie verte (Green road – BOAI 1) : l’auto-archivage des publications par les chercheurs

• La voie dorée (Gold road – BOAI 2) : la publication d’articles dans des revues en libre accès

• H. Varmus <http://seedmagazine.com/content/article/science_2.0_pioneers/>

“True “open access” is different from “public access.” It means that the author holds the copyrights, that the journal places the work immediately and freely in the public domain under a Creative Common license or something equivalent to it, and that the work is in public libraries and available for all kinds of reasonable use, as long as attribution is maintained.”

La déclaration de Berlin

La déclaration de Berlin date de 2003 et a été signée à ce jour par plus de 300 institutions scientifiques majeures dans le monde.

Étape clé dans le développement libre accès = implication des principaux organismes de recherche Européens signataires qui s’engagent à :

« promouvoir un Internet qui soit un instrument fonctionnel au service d’une base de connaissance globale et de la pensée humaine »,

et à définir « des mesures (…) à envisager par les responsables politiques en charge de la science, les institutions de recherche, les agences de financement, les bibliothèques, les archives et les musées. »

Les archives ouvertes La communication scientifique directe

• La parabole d’Harnad

• La solution : promouvoir chez les chercheurs le processus d’auto-archivage des pré-publications et post-publications sur des serveurs dédiés à cet effet.

• « Archive, repository » synonymes d’« entrepôt / réservoir de données » où sont déposées des données issues de la recherche scientifique et de l’enseignement et dont l’accès se veut ouvert, c’est à dire sans barrières (techniques, économiques, juridiques) …»

• Architecture technique distribuée et interopérable (OAI-PMH)

Les autres chercheurs ne peuvent accéder au post-tirage que si leur université est abonnée

à la revue où il est publié

Le post-tirage est accepté, validé et publié par une revue

LE CYCLE D’IMPACT DÉMARRE :

La recherche se faitLe chercheur écrit le « prétirage » de

son article

Le prétirage est soumis à une revue

Le prétirage est évalué par un comité de lecture

Le prétirage corrigé par l’auteur devient un «post-tirage»

Accès restreint -- Impact Restreint

NOUVEAUX CYCLES D’IMPACT : les nouvelles recherches s’appuient sur

les recherches précédentesD’après S. HARNAD

Accès maximal - Impact maximal

NOUVEAUX CYCLES D’IMPACT : Les nouvelles recherches s’appuient

sur les recherches précédentes

Les autres chercheurs ne peuvent accéder au post-

tirage que si leur université est abonnée

Le post-tirage est accepté, validé et publié par la revue

LE CYCLE D’IMPACT DÉMARRE :

La recherche se faitLe chercheur écrit le « prétirage » de

son article

Le prétirage est soumisà une revue

Le prétirage est évalué par un comité de lecture

Le prétirage corrigé par l’auteur: devient un

« post-tirage »

Le pré-tirage est auto-archivé sur le

site Web de l’établissement où

travaille le chercheur

ois Le post-tirage est publié

dans une revue à accès libre ou auto-archivé

sur le site Web de l’établissement du chercheur

NOUVEAUX CYCLES D’IMPACTL’impact scientifique des

articles de recherche libres d’accès s’accroît et s’accélère

grâce à l’augmentation de l’accès

D’après S. HARNAD

AO disciplinaireArXiv.org

AO à dimension nationaleHAL

AO spécialiséeTEL

Archive institutionnelleORBI (Ulg)

Les Archives ouvertes : bénéfice pour le chercheur

• Disposer d’un moyen de communication scientifique directe et rapide : une mise en ligne simple et rapide des résultats de la recherche

• Accéder à un corpus scientifique ouvert et accessible

• Améliorer son audience et sa visibilité face à ses pairs et ses sources de financement (L’impact d’une publication est accru de manière substantielle si celle-ci est accessible librement sur le Web ? S. Lawrence)

• Disposer d´études d´impact sur ces publications récentes

• Augmenter le cycle de vie d’un article au-delà de la publication dans une revue : e-publication

• Garantir l’archivage à long terme et la citation électronique : URLs pérennes

Les éditeurs et AO

• Liste ROMEO/SHERPA (UK) sur la politique éditoriale (copyright) de 686 éditeurs

• Elle recense les possibilités de mise sur le web (donc d’auto-archiver) des articles scientifiques par éditeurs.

• Les revues blanches : celles dont les éditeurs n'ont pas de politique formelle autorisant l'auto-archivage

• Les revues jaunes : autorisent l'auto-archivage des pré-publications (avant les révisions par le comité de lecture)

• Les revues bleues : autorisent l'auto-archivage des post-publications (version finale après révision)

• Les revues vertes : autorisent l'auto-archivage des pré- ET des postpublications

• Liste JULIET/SHERPA (UK) politiques des “financeurs »

SHERPA RoMEO48mercredi 2 juin 2010

RoMEO (statistiques)49mercredi 2 juin 2010

Rechercher dans les AO

• Identifier les archives ouvertes (+ de 1400 dans le monde)

• L’OpenDOAR : The Directory of Open Access Repositories http://www.opendoar.org/index.html

• Registry of Open Access Repositories (ROAR) http://roar.eprints.org/

• Rechercher des articles scientifiques à l’aide des moissonneurs (harvesters) = « moteurs pour les archives ouvertes »

• OAIster http://www.oaister.org (versé dans le WorldCat depuis 2009)

• Scientific Commons http://www.scientificcommons.org

• Driver (Digital Repository Infrastructure Vision for European Research) http://search.driver.research-infrastructures.eu/

• Base (Bielefeld Academic Search Engine) http://www.base-search.net

• Évaluer une Archive Ouverte

• Ranking repositories http://repositories.webometrics.info/

OpenDOARhttp://www.opendoar.org/find.php

ROARhttp://roar.eprints.org/

Repository Mapshttp://maps.repository66.org/

BASEhttp://www.base-search.net

ScientificCommonshttp://www.scientificcommons.org/

Un mouvement irréversible, mais progressif…

• Des soutiens institutionnels importants : Sénat américain, Union Européenne, gouvernements, grands organismes scientifiques : ANR, CNRS, INSERM, INRIA (Fr.), NIH (E.U.), RCUK (G.B.)…

• Des initiatives nationales fortes (France : HAL, G.B.: The Depot )

• Vers une obligation de dépôt ? ROARMAP (Registry of Open Access Repository Material Archiving Policies) et SHERPA/Juliet (Research funders' open access policies) 179 mandats institutionnels + financeurs de la recherche

• Aux USA : PubMed (pour les recherches financées par le NIH) ; projet de loi en juin 2009 pour toutes les disciplines ;

• Au niveau européen : 7ème PCRD > Open Access Pilot / OpenAIRE (Open Access Infrastructure for Research in Europe)

• Prise en compte dans l’évaluation des chercheurs (ex : université de Liège, etc)

ROARMAPhttp://www.eprints.org/openaccess/policysignup/

SHERPA / Juliethttp://www.sherpa.ac.uk/juliet/

Ranking Web of World Repositories

http://repositories.webometrics.info59mercredi 2 juin 2010

Les revues en libre accès

• PloS : http://www.plos.org

• Revues.org : http://www.revues.org/

• BiomedCentral : http://www.biomedcentral.com/e/

• Scielo : http://www.scielo.br/

Une revue en libre accès (open access journal) est une revue scientifique, « nouvelle ou existante, qui répond aux exigences de

qualité des articles par la présence d’un comité de lecture, mais qui a un mode de financement permettant une diffusion aussi large que possible, sans restriction d’accès et d’utilisation » (d’après l’INIST)

Les revues en libre accès

• Deuxième composante de l’Open Access (voie dorée)

• Nouveau modèle économique :

• frais de publication supportés par les auteurs ou leurs institutions

• généralement subventionnées

• Revues en libre accès = revues scientifiques

• Articles soumis aux règles d’évaluation habituelles du « peer-reviewing »

• Sont évaluées avec les mêmes indicateurs bibliométriques (IF)

• + de 500 revues en OA comptabilisées dans le JCR

Source : Björn Brembs, What's wrong with scholarly publishing today?, http://www.slideshare.net/brembs/whats-wrong-with-scholarly-publishing-today-ii

Modèle traditionnel

Source : Björn Brembs, What's wrong with scholarly publishing today?, http://www.slideshare.net/brembs/whats-wrong-with-scholarly-publishing-today-ii

Modèle auteur/payeur

Trouver des revues en libre accès

DOAJ : Directory of Open Access Journals

4576 revuesOpen J-Gate

6255 revues

Nouvelles pratiques de la recherche : Science 2.0 et

Open Science

Le web 2.0(O'Reilly, 2005)

• longue traine

• les données sont toutes puissantes

• centré/orienté utilisateur

• effets de réseau / réseaux sociaux

• Quelques droits réservés / favoriser l’exploitation, la réutilisation des contenus

• bêta perpétuelle

• coopération / collaboration

• les applications sont accessibles sur tous les supports

http://oreilly.com/web2/archive/what-is-web-20.html?page=5

Michel Roland “alors que l’internet est d’origine (en grande partie) universitaire, ses plus récents développements (le web 2.0) sont globalement appréhendés comme venant l’impacter de l’extérieur”

source : http://www.slideshare.net/bibliothecaire/100330-pmlpa-science-20-new

Génération Y : Nouvelles pratiques informationnelles

Source : Education for Change Ltd., Researchers of Tomorrow : A three year (BL/JISC) study tracking the research behaviour of 'Generation Y' doctoral students (British Library & JISC, Octobre 2009).

Google Scholar : nouvelle donne ?

✓ Explosion, diversification et hybridation des outils informationnels

✓ Risques d’infobésité ?

✓Autorité VS Popularité

✓ Économie de l’attention / Âge de l’accès

✓ Besoins : ouverture, accessibilité, accès unifié aux documents de la recherche, immédiateté, “gratuité”, texte intégral !

✓Compétences informationnelles de + en + importantes (évaluation de l’information)

Un corpus “dit” scientifique :

• sites et portails académiques (.edu, etc.)

• bases de revues d'éditeurs (SpringerLink, ScienceDirect, Wiley-Blackwell, IEEE, etc.)

• bases de sommaires (Ingenta Connect)

• bases de données bibliographiques (INIST)

• catalogues de bibliothèques (WorldCat, SUDOC)

• bases de brevets

• ressources en Open Access (archives ouvertes, revues)

Des fonctionnalités avancées

• Recherche en texte intégral, simplicité

• Possibilité de créer des alertes (cf nouvelle fonctionnalité dans GS)

• Exportation et exploitation de références bibliographiques (dans différents formats : bibTeX, RIS, Refworks, etc.)

• Analyse Bibliométrique (taux de citations, etc.)

• Support du résolveur de liens d’une bibliothèque (partenariat avec les bibliothèques pour faciliter le lien vers le texte intégral des documents - technologie OpenURL)

• Fonctionnalités avancées de recherche (par auteur, par titre de revue, etc)

Multiplication et diversification des moteurs de recherche

scientifique

Les moteurs de recherche scientifique

Wikipedia : List of academic databases and search engines

Digital Research Toolshttp://digitalresearchtools.pbworks.com/

Multiplication des outils numériques pour le chercheur

Nouvelle façon de veiller

La recherche d’information : énergie, temps, analyse, stratégie

Nécessité de rentabiliser sa recherche (veille) : suivi des nouveautés sur une sujet, mise à jour des informations

Économie par la création d’alertes, sauvegardes de recherche = déléguer la recherche ! Mike Lee, Newspaper RSS Feed Icon, Juin 6, 2009

Flickr, http://www.flickr.com/photos/curiouslee/3602683294/.

Mener une veille avec les flux RSS

http://cravingideas.blogs.com/backinskinnyjeans/2006/09/how_to_explain_.html

Les flux RSS ?• RSS = Rich Site Summary (sommaire d’un site enrichi)

• RSS = Really Simple Syndication (souscription vraiment simple)

• Un flux RSS = un fichier (format XML) ou fil de contenu qui va stocker et diffuser les dernières mises à jour d’un site web (ou blogs (hypotheses.org), sites d’actualités (Le Monde), sites institutionnels, Archives ouvertes (ArXiv, HAL), revues scientifiques (Cairn, TicToCs), socialbookmarking (Delicious), etc)

• Autre avantage : RSS déconnecte le texte de sa mise en forme. A partir d’un flux RSS, il est possible de lire le contenu d’un site A sur un site B !

Intérêts des flux RSS• Recevoir automatiquement les mises à jour d’un site sans avoir à

retourner sur ce dernier

• Suivre l’activité de plusieurs sites à partir d’un seul point d’entrée (“guichet unique” = rôle de l’agrégateur)

• S’abonner aux flux RSS des sommaires de revues

• Générer un flux à partir de requêtes dans des bases de données en IST

• Possibilité de catégoriser / d’organiser ses abonnements (flux rss) + filtres + tags

• Alimenter une véritable base de connaissances

• Moins intrusif que l’e-mail (pubs, spams)

Entrez dans le flux

Repérer les sites & services proposant un flux RSS (ou fil RSS, Syndication RSS, RSS feeds, etc)

Icône identifiable (sur la page ou au niveau de l’URL)

Choisir un lecteur de flux RSS (ou Agrégateur, ou Reader), en ligne (Google Reader, netvibes) ou un logiciel client (Firefox, Thunderbird, feeddemon)

RSS & OPML ?

• Importer et Exporter sa liste de Flux (sauvegarde)

• Echanger et partager sa liste d’abonnements

Journal TOCshttp://www.journaltocs.hw.ac.uk/

TiCToCsRecevoir les tables des matières de revues par fils RSS

http://www.tictocs.ac.uk/

FolksonomieFolksonomie : combinaison des termes “folks” (usagers) et “taxinomie” (règle de classification)

Systèmes s’appuyant sur réseaux sociaux et permettant aux utilisateurs de donner des indications de contenu aux ressources qu’ils rencontrent, sous la forme de tags (mot-clés)

Esprit collaboratif, notion de partage, ouverture, simplicité d’utilisation...

Ex : plateformes de partage de signets et de références bibliographiques

Cambodia4kids.org Beth Kanter, Tags: Keywords to describe digital objects, Octobre 3, 2006, Flickr, http://www.flickr.com/photos/cambodia4kidsorg/260004685/.

Delicioushttp://delicious.com

Diigohttp://diigo.com

Services de partage de signets

• Avantages

• Permet un classement des ressources mais aussi une navigation et un accès simple aux informations via les tags

• Fonctions innovantes de tri ou de classement et de visualisation : nuages de tags

• Les tags sont plus précis et répondent mieux au vocabulaire et aux attentes des utilisateurs

• Permet de parcourir des sources faisant partie du web invisible

• Inconvénients

• Mots-clés détournés ou “Folks Bombing”

• Problèmes de validité, de cohérence (doublons) et de pérennisation

⇒ A utiliser pour

• Un accès rapide à l’information

• Pour mettre en place une veille en utilisant le « tag tracking » (repérage de termes (tags) précis) qui consiste à suivre les ressources annotées avec un mot-clé (tag) précis

Science 2.0 / Open ScienceObjectifs

• Changer les pratiques de la recherche afin de rendre ses résultats plus accessibles, d'une manière plus efficace et plus rapide

• Comprend l’Open Access, l’Open Data et l’Open Process (accès aux codes sources, par exemple, et aux protocoles d’expérimentation)

Science 2.0 / Open ScienceConcepts

• Échange / Conversation / Partage / Collaboration / favoriser la découverte (Sérendipité)

• Transparence / Ouverture / Accessibilité / Réciprocité / Intéropérabilité

• Enrichissement et valorisation des données (data mashups & Open Data) / Web (2.0 et sémantique) / Infrastructure Numérique de recherche (TGE Adonis)

• L’article n’est pas le seul vecteur de la recherche ! L’IST est multiforme !

• Des services et outils orientés chercheur, pas seulement contenu

D’après Cameron Neylon, Open Science@PSB Introduction, <http://www.slideshare.net/CameronNeylon/open-sciencepsb-introduction-presentation>

Web 2.0D’après Cameron Neylon, Open Science@PSB Introduction, <http://

www.slideshare.net/CameronNeylon/open-sciencepsb-introduction-presentation>90mercredi 2 juin 2010

Quelles formes ?

• Carnets de recherche en ligne (Blogs, Wikis, Open Notebook Science)

• Open Labs, Open Data (datasets, protocoles de recherche, expérimentations)

• Espaces informationnels et conversationnels : réseaux sociaux, microblogging, life streaming)

• Social bookmarking et plateformes de partage

La blogosphère scientifqueCarnets de recherche 2.0

Typologie de la blogosphère scientifique

• Blogs de chercheur, de doctorant

• Blogs thématiques ou collectifs

• Blogs de séminaires

• Blogs “compagnons” d’une publication, d’une thèses

• Plateformes d’hébergement / Agrégateurs de blogs (commerciales, institutionnelles, communautaires)

2008 : entre 3 000 et 10 000 blogs scientifiques dans le monde, dont 2 000 aux USA

“According to Adam Bly from Science Blogs (Seed Media Group), around 33% of scientists are now using blogs for writing, reading or as a lab notebook.” source : http://www.info.scopus.com/researchtrends/archive/RT17/beh_dat_17.html

Diversités de blogs = diversité de contenus, de pratiques

• Un carnet de recherche, projet de recherche, "atelier" de chercheur

• Un cahier de laboratoire

• L'actualité de la recherche, réflexions et débats

• Les informations d'une communauté scientifique (calendrier des manifestations, annonces de parutions...)

• Des conférences, colloques, séminaires virtuels

• La communication institutionnelle

• Des revues de littérature, des comptes-rendus

• Une lettre scientifique, ou un site accompagnant une publication

• Des cours, carnets pédagogiques

• Une veille sur l'information scientifique et technique

Blog d’André Guntherthttp://www.arhv.lhivic.org/

Blog d’Antoine Blanchardhttp://www.enroweb.com/blogsciences/

ResearchBlogginghttp://researchblogging.org/

Nature Blogshttp://blogs.nature.com/

PostGenomichttp://postgenomic.com/index.php

Stanford Blogshttp://blog.stanford.edu/

Hypothèseshttp://hypotheses.org/

C@fé des scienceshttp://www.cafe-sciences.org/

Pourquoi un blog ?• Esquisser ses réflexions

• “La recherche en train de se faire” - A . Blanchard

• “Deadline is dead”, nouveaux rythmes d’écriture - A. Gunthert

• Le séminaire permanent : modèle conversationnel. “Un forum de pairs à ciel ouvert” A. Blanchard

• S’enrichir des réflexions et des commentaires de la communauté(lecteurs et blogosphère scientifique = intelligence collective)

• Transparence : démocratisation des savoirs, insérer la science dans la société civile, vulgarisation scientifique

Adapté de A. Serres : LA blogosphère en sciences humaines et sociales, présentation de la plateforme Hypothèseshttp://www.slideshare.net/revuesorg/le-blogosphre-en-sciences-humaines-et-sociales-prsentation-de-la-plateforme-

hypothses

Blanchard A. « Ce que le blog apporte à la recherche ». In : Dacos M (éd.). Read/Write Book [En ligne]. [s.l.] : Cléo/revues.org, 2010. p. 157-166. Disponible sur :

< http://cleo.revues.org/172 > (consulté le 30 Mai, 2010) ISBN : 978-2-9536419-0-5

Archives Ouvertes et Blogs Les trackbacks

Antoine Blanchard (Enro), Ce que le blog apporte à la Recherche, 12/08, http://www.enroweb.com/blogsciences/index.php?2008/12/04/359-ce-que-le-blog-apporte-a-la-recherche

Trouver des blogs scientifiques

Academic Blog Portalhttp://www.academicblogs.net

Google Blogs Searchhttp://blogsearch.google.com/

Open Labs / Open Notebooks Science / Open Data

• L’article ne donne pas suffisamment accès aux résultats de la recherche / 95% des résultats de la recherche ne seraient jamais publiés

• Rendre public et accessible les résultats d’expérimentations

• Mettre à disposition des autres chercheurs, des protocoles de recherche, des données brutes (grilles de calcul (grids), datasets, etc.)

• Permettre le transfert de compétences, la vérification et la reproduction des expériences

OpenWetWarehttp://openwetware.org

UsefulChemhttp://usefulchem.wikispaces.com/

MyExperimenthttp://www.myexperiment.org/

Many Eyeshttp://manyeyes.alphaworks.ibm.com/manyeyes/

Nouvelles formes de diffusion de l’IST

• Trouver les diaporamas d’une soutenance, d’une présentation à un colloque / une conférence

• Trouver une vidéo illustrant un projet de recherche, etc (YouTube edu)...

• Podcasts audio : iTunes U

• Trouver des images libres de droits (http://www.flickr.com/creativecommons/)

Sciveehttp://www.scivee.tv/

L’économie de la recommandation

La pratique des outils ne peut pas être dissociée des questions culturelles et sociales qui l’entoure

• Socialisation (> e-science : “we-science”)

• Combien de personnes ont lu cet article ?

• Quels sont mes “amis” / “ennemis” de lecture ?

• Quels sont les autres documents qu’ils ont lu / recommandé ?

• Personnalisation (> e-science : “me-science”)

• Signaler / référencer / valoriser ses publications

• Présenter et gérer sa bibliographie (choses que je lis / que j’ai lu)

• Les bibliothèques numériques sont “centrées sur le document” plutôt que “centrées sur le chercheur”

• Le chercheur est-il prêt à devenir un nombre ? (ResearcherID, Scopus Author ID, ORCID)

Socialisation et personnalisation des pratiques informationnelles

Duncan Hull, Bibliography 2.0: A case study from the Wellcome Trust Genome Campushttp://www.slideshare.net/dullhunk/nesc-4198183

Plateformes de partage de références bibliographiques

• Gérer ses références bibliographiques

• Partager / recommander / annoter des références

• Alimenter une bibliographie sur un sujet à plusieurs (Groupes)

• Générer automatiquement ses bibliographies

• Favoriser et faciliter la découverte d’articles / mutualiser sa veille avec les autres utilisateurs

Le social bookmarking pour le chercheur

• Communautés spécifiques (recherche, académique)

• Fonctionnalités spécifiques (formats biblio, interconnexions avec sites d’éditeurs scientifiques, recherches par auteurs, titre, revue,...)

• Pourquoi utiliser un service de partage de citations ?

• Possibilité de savoir qui lit les mêmes publications que vous

• Possibilité de voir la bibliographie (publique) de cette personne

• S’intégrer à un groupe thématique, éventuellement...

• ... ou suivre le travail de ce groupe

• Bénéficier de reviews sur des articles

• Bénéficier d’une évaluation des articles via un système de vote intégré à la plate-forme

• Réaliser une veille via des fils RSS

d’après A. Marois

CiteULikehttp://www.citeulike.org/

Connotea

http://www.connotea.org/

Zotero120mercredi 2 juin 2010

Mendeley121mercredi 2 juin 2010

MyPeershttp://codingseed.com/ (MacOS)

Microblogging

Twitter :

• Réseauter / prendre des nouvelles de ses collègues

• Signaler une information / Recommander un article

• Solliciter de l’aide sur un sujet

• Soumettre une idée, une hypothèse / sentir les nouveaux sujets de recherche

• Commenter une conférence en live (réactions, etc)

• Tweeter ses articles

http://www.phdcomics.com/comics.php?f=1198

Saunders N, Beltrão P, Jensen L, Jurczak D, Krause R, et al. 2009 Microblogging the ISMB: A New Approach to Conference Reporting. PLoS Comput Biol 5(1): e1000263. doi:10.1371/journal.pcbi.1000263

ListoriousEx : Liste sur l’Open Science

Les SHS qui tweetenthttp://tweepml.org/?t=1161

TopsyMoteur de recherche pour Twitter

http://topsy.com/128mercredi 2 juin 2010

FriendFeed : life (research) streamingAgréger toutes ses activités sur le web

http://friendfeed.com/

http://friendfeed.com/references-wanted

References Wanted

ScienceFeedhttp://www.sciencefeed.com/

• “Facebook du chercheur”

• Recherche et découverte d’experts, “collège invisible”

• Développer son réseau / Multiplier les partenariats / Édition de CV (2.0) / Participation à des programmes de recherche

• Communiquer / Informer / Échanger / S’enrichir (nouvelle sociabilité, intelligence collective, veille mutualisée)

• Construire son identité numérique (gérer ses traces)

• Attention ! (autorité n’est pas notoriété, affluence n’est pas influence, publicité n’est pas légitimité - Olivier Ertzscheid)

Réseaux sociaux scientifiques

Comparatif des fonctionnalitéshttp://www.geozon.info/2010/04/15/comparison-chart-of-scientific-networks/

Les réseaux sociaux scientifiques

Les réseaux sociaux d’éditeurs

Les réseaux sociaux disciplinaires

Les réseaux sociaux institutionnels

Nouvelles formes d’évaluations

“Online or Invisible?”Steve Lawrence - Nature, Volume 411, Number 6837, p. 521, 2001

Impact du web 2.0 sur processus d’évaluation

• Problème : évaluation tributaire d’éditeurs commerciaux (Thomson : Web of Science et Elsevier : Scopus)

• Nouvelles métries basées sur des pratiques sociales, réseaux sociaux et le web (complémentaires à l’évaluation traditionnelle)

• Nouvelles formes d’évaluations (open peer commentary, recommandations, annotations, etc)

Quelques alternatives à Thomson

• Eigenfactor : indice pondérant le nbre de citations par le prestige des revues dont elles proviennent (PageRank). Corpus du JCR, sur 5 ans.

• Scimago Journal Rank : fondé sur algorithme de Google PageRank. Corpus : Scopus. Evaluation sur 2, 3, 4 ans

• Harzing Publish Or Perish et Scholarometer (permettent de retrouver le facteur H d’un chercheur, fondés sur le corpus de Google Scholar)

Les facteurs d’usage

Projet MESUR. http://www.mesur.org

“Article level metrics”

Bollen J, Van de Sompel H, Hagberg A, Bettencourt L, Chute R, et al. 2009 Clickstream Data Yields High-Resolution Maps of Science. PLoS ONE 4(3): e4803. doi:10.1371/journal.pone.0004803

Vers un article 2.0 ?source : http://www.readwriteweb.com/archives/elseviers_prototype_is_this_the_scientific_article.php

Selon Hubert Guillaud “Les clefs de cette nouvelle organisation de l’information scientifique repose sur :

• une présentation hiérarchique du texte et des données qui refonde la structure organisationnelle de l’article, afin que les lecteurs puissent naviguer entre les couches de contenu selon leur niveau d’expertise et d’intérêt.

• un résumé graphique qui permet d’acquérir rapidement une compréhension du message du document

• mise en évidence des principaux résultats de l’article

• on peut naviguer sur l’auteur et son affiliation

• l’article peut intégrer de l’audio et de la vidéo

• les procédures expérimentales sont accessibles

• les listes de citations enrichissent l’environnement de l’article…”

Source : http://lafeuille.blog.lemonde.fr/2009/08/20/larticle-scientifique-du-futur/

“ Enhanced publications”

• Sur le web = croissance exponentielle “d’objets numériques” d’origines scientifiques (blogs, multimédia, données brutes, etc)

• De plus en plus de publications font références à ces objets numériques

➡ Pourtant, dans la plupart des cas, ces données et contenus ne sont pas reliés entre eux

• Lier les données entre elles

• Le web comme base de données

Linked data

D’après Yann Nicolas

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Source : Carole Globe, The future of research, http://www.slideshare.net/dullhunk/the-future-of-research-science-and-technology-presentation

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Source : Carole Globe, The future of research, http://www.slideshare.net/dullhunk/the-future-of-research-science-and-technology-presentation

1. La publication linéaire dite “classique” (le texte, l’argumentation)

2. Les données de la recherche (la preuve)

3. Matériaux supplémentaires (pour illustrer ou clarifier les propos)

4. Données post-publication (commentaires, indicateurs bibliométriques, facteurs d’usages, etc)

L’article du futur 4 composantes

Source : Saskia Woutersen, The future of scholarly communication: Enhanced Publications, http://indico.cern.ch/contributionDisplay.py?contribId=67&confId=4832I

JoVE : Journal of Visualized Experimentshttp://www.jove.com/

Publication liquide

“des objets évolutifs, collaboratifs et multiformes pouvant être composés et consommés à différents niveaux de détail, remplaçant les journaux et conférences classiques par des collections

Certes, ceci implique qu’on admette le caractère évolutif de l’écrit, son instabilité dans le temps en fonction de l’évolution du savoir, son caractère collaboratif, chacun pouvant apporter sa contribution personnelle, et son caractère multiforme, incluant tous les modes d’expression modernes actuels et à venir. Ceci demande également une révision profonde et une adaptation des méthodes de jugement, préalables à la publication (le peer review) qui devient plus difficile à maintenir en place, et a posteriori, lors de l’évaluation des programmes, des équipes et des individus.”

Source : Bernard Rentier, http://recteur.blogs.ulg.ac.be/?p=188

http://liquidpub.org/

Comment expliquer la faible participation des chercheurs ?

David Stuart, Web 2.0 fails to excite today's researchers, Research Information, Oct/Nov 2009156mercredi 2 juin 2010

“(...) Quelles sont les dérives de la communication médiatisée par la technique ? (...) Le cercle vertueux procuré par la « présence Web2.0 » des scientifiques sur le net ne se traduit-il pas essentiellement par un certain nombre d’invitations, de sollicitations à des conférences et à l’écriture d’articles, ces effets positifs participent-ils au renouvellement du débat d’idées ?”

Broudoux E, Chartron G. « La communication scientifique face au Web2.0 : Premiers constats et analyse ». In : H2PTM [En ligne]. [s.l.] : Hermès Science - Lavoisier, 2009. p. 323-336.

Disponible sur : < http://archivesic.ccsd.cnrs.fr/sic_00424826/en/ >

• question des données nominatives et privées (e-réputation, gestion des traces)

• pérennité de ces outils

• données au mains d’acteurs privés ou commerciaux (citeulike : Springer, Connotea : Nature)

• Masse critique ?

• légitimité et non reconnaissance de ces outils, faible d’incitation de la part des politiques, des institutions

• multiplication de ces outils, question de l’intéropérabilité ?

Quelques limites

“L’utilisation à des fins professionnelles des nombreux services gratuits disponibles sur Internet (messagerie électronique, hébergement de sites web, stockage de données,…) suscite de manière générale de sérieuses réserves. En toute rigueur, l’externalisation d’un service n’est concevable que dans le cadre d’un contrat où juridiquement toutes les implications auront bien été étudiées et où techniquement toutes les mesures destinées à assurer la disponibilité, l’intégrité et la confidentialité des informations auront été correctement mises en œuvre. Il est bien évident que l’on ne peut attendre de telles garanties d’un fournisseur de service gratuit. Les risques sont accrus lorsque ce fournisseur est situé à l’étranger.”

Source : CNRS/FSD/Sécurité des Systèmes d’Information. Recommandations pour l’utilisation des services gratuits sur Internet. 2008. Disponible sur : http://www.sg.cnrs.fr/FSD/securite-systemes/documentations_pdf/securite_systemes/Recommandations%20sur%20les%20services%20gratuits.pdf

• Médiateurs de l’IST

• Formateurs et veilleur (nouveaux outils et nouvelles méthodes de la science 2.0)

• Gestionnaires des données, Fournisseurs de métadonnées, garants de la qualité de ces dernières

• Diffuseurs de la connaissance

• Chargés de la valorisation des contenus

• Prestataires de services auprès des chercheurs

• Bibliomètres

Rôles et opportunités pour les bibliothèques

Vers des services et outils orientés chercheurs

• Les chercheurs ne viennent pas à la bibliothèque. Il faut aller vers eux (se déplacer dans les labos)

• Penser au fait que les chercheurs n’utilisent pas qu’une seule bibliothèque, qu’une seule source d’information ou qu’un seul outil !

• Les services de la bibliothèque doivent s’intégrer dans les outils et dans l’environnement numérique de travail du chercheur

• La bibliothèque doit disséminer l’information, et ses services, devenir invisible et transparente pour le chercheur

Open Science, Open Access, Science2.0 : de nouvelles modalités pour la communication scientifique

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Open access open data et gestion des données de la recherche · Open access, open data et gestion des données de la recherche Aurore CARTIER, Service Commun de Documentation, Université

RESEARCH ARTICLE Open Access Genome-wide identification of …repositorium.sdum.uminho.pt/bitstream/1822/28690/1/sousa... · 2019-12-03 · RESEARCH ARTICLE Open Access Genome-wide

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