Post on 04-Feb-2021
LES PYGMÉES SONT-ILS PROCHES DES POPULATIONS
BANTOUPHONES?
Travaux d’étude et de recherche
Mohamed Aziz Mezlini
Plan
1 - Contexte :
Pygmées et bantous
Les données
2 - Approche analytique directe :
Structure : fonctionnement
Exemples
Résultats
3 - Approche indirecte :
Les simulations
Ms : fonctionnement
Méthode de simulation
Modèles
Résultats
4 - Résultats finaux
5 - Conclusion
Les pygmées Les bantous
Chasseurs-cueilleurs
, Nomades dans la forêt équatoriale.
Vivent (ou vivaient) en tribus relativement isolées.
Particularité: petite taille 1,45 m en moyenne
Agriculteurs-éleveurs sédentaires.
Très grande expansion (diaspora) après la découverte de l’agriculture(6000ans).
Présents dans une grande partie de l’Afrique centrale.
Contexte général
Les données
Microsatellites.
Données génétiques mondiales sur 377 locus, 52 populations et 1056 individus.
Deux populations pygmées différentes.
Plan
1 - Contexte :
Pygmées et bantous
Les données
2 - Approche analytique directe :
Structure : fonctionnement
Exemples
Résultats
3 - Approche indirecte :
Les simulations
Ms : fonctionnement
Méthode de simulation
Modèles
Résultats
4 - Résultats finaux
5 - Conclusion
Structure : fonctionnement
Entrées :
Données génétiques des individus
K= nombre de populations
Sortie :
Répartition des individus sur K populations de la manière la plus vraisemblable.
Intérêt : ne prend en compte aucun à priori (géographie, ordre des données…)
Exemple B
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K = 15
Résultats
Populations d’Afrique
K=3
K=3
K=5
Biaka Mbuti Bantou San Yoruba Mandenka
Biaka Mbuti Bantou San
Biaka Mbuti Bantou San
Résultats
K=2
K=5
Biaka Mbuti San
Biaka Bantous San
Conclusions
Les pygmées et les bantoues sont deux populations distinctes (malgré la proximité géographique).
Les pygmées ne forment pas une population homogène; les Biaka et les Mbuti sont deux populations distinctes.
Plusieurs interrogations…
Plan
1 - Contexte :
Pygmées et bantous
Les données
2 - Approche analytique directe :
Structure : fonctionnement
Exemples
Résultats
3 - Approche indirecte :
Les simulations
Ms : fonctionnement
Méthode de simulation
Modèles
Résultats
4 - Résultats finaux
5 - Conclusion
Ms : fonctionnement
Entrées:
Nombre d’individus et de locus, taux de mutation.
Configuration (populations, dates de divergences, évènements)
Génère aléatoirement l’arbre généalogique.
Distribue aléatoirement des mutations sur l’arbre.
Sortie: Génotypes des individus finaux résultants.
Méthode
Simuler une configuration plusieurs fois avec Ms.
Comparer les résultats (populations) aux données réelles.
Décider de rejeter ou pas le modèle (configuration).
Méthode : Ce que cela implique
« Nettoyer » les données réelles.
Définir des ensembles de configuration (modèles) à simuler.
Définir le critère de comparaison à la réalité :
Ici 11 statistiques différentes sur les populations (réelles et générées par simulation).
Modèle Une configuration du modèle
Modèles
220000 ans
67000 ans
22000 ans
96000 ans 84000 ans
150000 ans
40000 ans
Il y a 15 modèles Il y a une infinité de configurations
Résultats
Quelques modèles rejetés en entier, sinon il y a toujours des configuration vraisemblables pour les autres modèles.
Une configuration qui se rapproche plus que les autres de la réalité.
On affine encore en ajoutant des évènement, des migrations….
Meilleur modèle / configuration
Remarque:
-Assez cohérent car le pygmées sont plus proches entre eux que des autres populations.
Questions:
-Divergence San 220000 ans??!!
-Migration unidirectionnelle ?
(bantou pygmées)
Plan
1 - Contexte :
Pygmées et bantous
Les données
2 - Approche analytique directe :
Structure : fonctionnement
Exemples
Résultats
3 - Approche indirecte :
Les simulations
Ms : fonctionnement
Méthode de simulation
Modèles
Résultats
4 - Résultats finaux
5 - Conclusion
Résultats finaux
Réponse.
L’à priori de relation privilégiée San-Mbuti non confirmé.
Les San (bochimans), une population ancestrale?
(origine du sud-ouest de l’Afrique?)
Remise en cause de la date d’apparition de l’homme moderne? (Actuellement 200000 ans)
Conclusion
Critique du paquetage microsat de Ms
Apports du TER
Merci.