MASTER 1 BMC

2012-2013

MAITRISE DE

L’INFORMATION

SCIENTIFIQUE

claire.sonnefraud@upmc.fr Mise à jour août 2012

Contenu de la formation

1 cours en salle info : 3h

1 examen : 1h

Formation à distance : cours et annales disponibles sur Jubil

Dates des examens:

Semaine du 17 décembre 2012. Notes des examens : la note est sur 5 et est incluse dans

la note de participation.

Formation à distance

Ce diaporama, des annales et un mémo sont disponibles sur la page des Master sur Jubil :

http://www.jubil.upmc.fr/fr/guides_recherche/master_sciences/master_biologie.html

Pour compléter, il est conseillé de lire les supports de cours spécialisés sur : Recherche bibliographique en biologie ; Catalogue de la BUPMC ; PubMed initiation ; Web of Science

http://www.jubil.upmc.fr/fr/guides_recherche/master_sciences/tutoriels.html

Plan du cours

1. Méthodes de la recherche bibliographique Recherche d’articles ; accès aux ressources de la

BUPMC ; astuces de recherche

2. Web of Science

3. PubMed

Méthodes de la recherche bibliographique

Jubil

Guides de recherche : supports de cours

Jubil ressources en ligne

Recherche d’article

Recherche d’article sur Jubil : liste A-Z

Catalogue BUPMC. Sudoc.

Trucs et astuces : traduction de mots-clés

Trucs et astuces : équation de recherche

Méthodes de la recherche

bibliographique

Jubil

www.jubil.upmc.fr

Le site de la BUPMC permet de retrouver les principales informations sur les bibliothèques et d’accéder aux ressources documentaires.

Présentation du site :

Informations sur les

bibliothèques

Pour connaître la localisation, les horaires,

conditions d’inscription et autres informations

pratiques sur le réseau des bibliothèques, il

suffit de naviguer sur leurs pages.

La rubrique « services » récapitule les aides

disponibles dans les sections :

- Prêt entre bibliothèques

- Prêt d’ordinateurs portables

- Accès Wifi

Etc.

Recherche d’informations : les

outils Le nouveau site ne comporte pas de moteur

de recherche intégré pour l’instant :

- Catalogues = recherche sur les collections

de la BUPMC + liens vers d’autres

catalogues

- Ressources en ligne = listes des bases de

données et plateformes de revues auxquelles

est abonnée la BUPMC + liste A-Z des

revues @

- HAL-UPMC : lien vers le portail

institutionnel de l’archive ouverte UPMC.

- Jubilothèque : bibliothèque numérique de

la BUPMC

Guides de recherche

Des tutoriels permettent de

prendre en main rapidement les

différents outils documentaires

accessibles : catalogues, bases

de données, plateformes

d’éditeurs scientifiques… ou

encore d’apprendre à faire une

recherche documentaire

efficace ou à utiliser un logiciel

de gestion de références

bibliographiques (Zotero, etc.)

Jubil ressources en ligne

La page donne accès à la

liste A-Z des revues @

accessibles par les

abonnements UPMC.

Les autres rubriques

(revues, e-books, bases)

recensent les « bouquets »

ou bases de données :

Science Direct, Georef,

Web of Science, etc.

Attention : seule la recherche par titre de revue est possible sur le catalogue et la liste A-Z.

Lire un état de collection :

vol. 1, n. 3 (1965) – …

vol. 1, n. 3 (1965) – vol. 10, n. 5 (1975)

vol. 1, n. 3 (1965) – vol. 10, n. 5 (1975) ; vol. 12, n. 1 (1977) – …

La cote : identification du livre dans la bibliothèque, son adresse.

Rechercher des articles

De plus en plus d’abonnements e-only

Des collections papier très riches

Vérifier la complémentarité des abonnements papier et

online : avec trois outils complémentaires

- La liste A-Z (support électronique, niveau revue)

- Le catalogue (support papier, niveau revue)

- Le résolveur de lien sur les bases de données bibliographiques (support électronique, niveau article)

Rechercher des articles sur Jubil

Liste A – Z : présentation

Les titres signalés sur cette liste sont tous

accessibles aux membres de l’UPMC, soit sur

abonnement, soit en accès libre.

En avril 2012, plus de 13 000 titres sont

signalés. Ce total est mis à jour régulièrement

en fonction des abonnements et

désabonnements.

Comment y accéder? http://sfxeu06.hosted.exlibrisgroup.com/33UPMC/az

OU

Liste des revues

3 types de recherche:

Recherche simple

Recherche par discipline

Recherche avancée

Recherche simple

Taper un titre

et cliquer sur

OK

OU

Feuilleter les

titres par ordre

alphabétique

Recherche par discipline Affichage des titres en fonction de la discipline et

sous-discipline recherchée

Recherche avancée Recherche d’un titre de revue via les champs Titre,

Issn, Discipline, Fournisseur.

Résultats

Sur la page de résultat (liste de titres) : Deux

types d’affichage des titres sont possibles : Vue

tabulaire / Vue abrégée

Le bouton permet d’accéder au texte intégral de la

revue, ainsi qu’à plusieurs services associés au titre

Le bouton donne accès à des informations sur la

revue (titre, titre abrégé, Issn, état de collection,

discipline)

Exemples : Biologie

Catalogue BUPMC

http://catalogue-bibliotheques.upmc.fr

Contenu du catalogue

Le catalogue permet de chercher et de

localiser :

tous les documents « physiquement »

présents dans les bibliothèques : livres,

revues, cartes, thèses, DVD, etc.

les livres numériques (e-books)

Recherche simple

Possibilité de

limiter sa

recherche sur le

titre, l’auteur, le

sujet, etc.

Recherche de

base : tous les

mots de la notice

Recherche par :

- mots

- liste alphabétique

Possibilité de

croiser plusieurs

champs

Possibilités de limitation:

- Par bibliothèque

- Par langue

- Par type de support

- Par date

Recherche avancée

Recherche avancée

Possibilités de limitation:

- Par bibliothèque

- Par langue

- Par type de support

- Par date

Recherche avancée

Possibilités de limitation:

- Par bibliothèque

- Par langue

- Par type de support

- Par date

Liste de résultats Rappel de la recherche

Livre

Ebook

Accès au texte intégral

Exporter ces résultats

Lire les résultats

Possibilité de rebondir en

relançant des recherches à

partir d’informations de la

notice trouvée

Localisation de l’ouvrage:

bibliothèque et cote

Affiner ses résultats

Recherche par cote

Permet de naviguer, de page de cote en page de cote

Détail d’une notice de livre

Mots-clés

cliquables

ISBN

Rebonds

Cote

Détail d’un livre dans une

collection

Titre collection

Mots-clés

cliquables

Rebonds

Détail d’un périodique

Titre

Editeur

Volume

Numéro

Date

Eléments à prendre

également en compte :

-Périodicité

-ISSN

Si le livre n’est pas dans les

catalogues de l’UPMC

• Consulter le

SUDOC(Système

Universitaire de

DOCumentation)

• Ouvrages de toutes

les bibliothèques

universitaires de

France (livres,

revues, thèses…)

Page d’accueil du SUDOC

37

Page de résultats SUDOC

Différentes icônes suivant le type de document

Détail d’un résultat SUDOC

SUDOC : où trouver le document

Les bibliothèques qui possèdent le livre peuvent l’envoyer dans votre bibliothèque

Le prêt entre bibliothèques (PEB)

• Intérêt du SUDOC : trouver un livre, un mémoire

ou une revue qui ne sont pas dans une

bibliothèque de l’UPMC

• Si l’ouvrage ou la revue ne sont pas dans une

bibliothèque proche, on peut se les procurer via

le PEB

• Payant : 6 € par ouvrage, 3 € par article (50

pages max.) pour des photocopies

• Quelques jours après, vous venez retirer

l’ouvrage ou les photocopies dans votre

bibliothèque

http://www.granddictionnaire.com/

Grand dictionnaire terminologique

Dédié aux sciences et techniques

Bilingue : français/anglais

Définitions précises

Synonymes et expressions dérivées

Facile à utiliser

Gratuit

Trucs et astuces : Trouver

des traductions de mots-clés

Le dictionnaire TermSciences du CNRS

http://www.termsciences.fr/

Portail Terminologique de santé :

http://pts.chu-rouen.fr/ (traduction en français

des mots-clés MeSH)

Trucs et astuces : Trouver

des traductions de mots-clés

Trucs et astuces : Equation

de recherche

Opérateurs booléens (ou logiques)

- pour construire une équation de recherche

- fonctionnent selon un ordre de priorité :

( ) : associe deux termes et un opérateur

SAME : recherche dans la même phrase

NOT : exclusion

AND : intersection

OR : union

Trucs et astuces : Equation

de recherche

Opérateurs booléens les plus courants

AND : intersection

OR : union

NOT : exclusion

Trucs et astuces : Equation

de recherche

Troncature

? 1 caractère seulement

* 0 ou plusieurs caractères

$ 1 ou 0 caractères

Gene* >>> Genes, General, Generation

Dosto?evsk* >>> Dostoyevsky, Dostoievskii

Trucs et astuces : Equation

de recherche

Sur Internet :

* : troncature

« maladie d’Alzheimer » : recherche une

expression

+Alzheimer -maladie: exclure un mot

+Alzheimer +maladie : imposer un mot

Exercices méthodes de la recherche bibliographique

Web of Science

Présentation du WoS

Recherche, tri par citations, affinage

Résultats

Liens SFX

Analyser les résultats

Recherche avancée

Web of Science

Présentation du Web of

Science (WoS)

Base de données bibliographique

multidisciplinaire qui fait partie du Web of

Knowledge

Outil payant (éditeur : Thomson Reuters)

accessible via un abonnement de l'Université

Non exhaustif, fondé sur la sélection des revues

les plus importantes

Mesure de l’importance des revues en fonction

du nombre de citations des articles

Doctorat/Web of Science

Accès depuis Jubil

Recherche simple

Sélection possible de 15 champs de recherche distincts

Attention à bien être

sur l’onglet « Web of

Science »

Search Topic : extracell* ATP

+ de 10 450 réf.

Tri par défaut : date de publication. Possibilité de trier par nombre de citations (Times cited)

Tri par citations

* Ajout de mot-clef

*tri par catégorie du WOS

*tri par type de document

Affichage et affinage des

résultats (1)

*etc.

*tri par sujet (« Research Areas » + large que « WoS Categories »)

*tri par affiliation

Possibilité d’afficher le résumé de l’article

Possibilité d’inclure ou d’exclure les

critères

Affiner les résultats (2)

Déroulement des catégories du panneau « Refine Results »

Détail d’un résultat

Alerte à la citation (nécessité de créer un compte)

Références en lien

Références citées (cet article cite…)

Références citantes (cet article est cité par…)

Facteur d’impact

Liens SFX

Ce bouton donne accès au résolveur de lien :

ouvre une nouvelle fenêtre avec la disponibilité

de l’article

- en électronique (« Texte intégral »)

- sinon, en papier à la BUPMC ou ailleurs via le

Sudoc (« Localisations »)

Analyze results : classer un ensemble de résultats par auteur, institution, sujet, année de publication, titre de revue, type de document, langue

Create Citation report : visualiser les citations et leur distribution dans le temps pour un ensemble de résultats (fonctionnalité inaccessible au-delà de 10 000 notices)

Analyser les résultats

Analyze results

Paramètres d’analyse

Inclure/exclure un ensemble de résultats

Exporter les données dans un fichier .txt

Doctorat/Web of Science

Create citation report

Lien vers articles citants

Retirer des articles du rapport et l’affiner par date

Détails pour chaque article

ATTENTION : le Citation Report concerne un ENSEMBLE de résultats et non pas seule référence

Lien vers h-index Moyenne de citation par article

Export possible du Citation Report vers Excel

Recherche avancée

Champs indexés et

opérateurs

Icône d’accès aux index

• Advanced search : combiner des requêtes • Search history :

- combiner des résultats de recherches - sauvegarder un historique de recherche et créer des alertes courriel/RSS sur des recherches en conservant les critères d’affinage (nécessite la création d’un compte)

Exercices Web of Science

PubMed

Présentation de PubMed

PubMed Jubil

MeSH

Filtres additionnels

Liens SFX

Recherche avancée

Combiner des recherches

PubMed

Présentation de PubMed

Outil d’accès à la base de données

bibliographique MEDLINE (Medical Literature

Analysis and Retrieval System Online)

Exhaustif en sciences biomédicales

Base publique gratuite, gérée et mise à jour par

la bibliothèque nationale de médecine des États-

Unis (NLM)

PubMed Jubil et SFX Pour avoir les liens SFX, il faut se connecter via Jubil

Accès distant possible, quand on se connecte depuis chez soi ou dans son labo !

Interroger PubMed : utiliser

MeSH

• Pour avoir des résultats pertinents, rechercher en anglais

• Les articles sont indexés avec un système de mots-clefs hiérarchisés : le MeSH

• MeSH pour Medical Subject Headings

• Intérêts du MeSH : • gère les synonymes (Trisomy 21 = Down Syndrome =

Mongolism)

• permet de chercher sur le sujet seulement des articles

• permet de réaliser des recherches fines, en allant du général au particulier

Qu’est-ce que le MeSH ?

● Plus de 26 000 termes, hiérarchisés entre eux, répartis en 16 grandes catégories ● Mise à jour annuelle ● Traduction française par l’INSERM

69

Exemple d’un terme

dans l’arborescence

du MeSH (on part du

général pour arriver

au plus précis)

Les catégories MeSH

Trouver les mots-clés MeSH en

anglais

Le Portail

terminologique de

santé propose la

traduction

française du

vocabulaire MeSH

http://pts.chu-

rouen.fr/

Trouver les mots-clés MeSH en

anglais

Mot clé validé en

anglais, à utiliser

sur PubMed.

Définition

pour vérifier

que c’est le

bon mot

Synonymes pris

en compte avec

ce mot-clé Autres propositions de

mots-clés à partir du

terme recherché

Mesh : thème principal, sans

explosion, qualificatifs

Trois fonctionnalités pour affiner les recherches liées au MeSH :

Recherche dans les termes qui se trouvent en dessous dans l’arborescence (explosion)

Qualificatifs pour rechercher sur un aspect seulement du mot-clé

Thème principal de l’article et non un thème annexe

L’arborescence

Situation du mot

dans

l’arborescence

MeSH : un mot

peut être à

plusieurs endroits

de l’arborescence

Les qualificatifs

Qualificatifs

applicables au mot

pour affiner le

champ de la

recherche

La recherche par thème principal

Possibilité de

sélectionner les

ressources

principales

MeSH sur PubMed

Chercher dans le

thésaurus MeSH

Copier le mot clé anglais trouvé sur le PTS

MeSH sur PubMed Ce premier résultat correspond au terme

cherché. On peut faire une recherche

générale sur ce terme en cochant la case,

puis en cliquant sur « Add to search

builder » puis « Search PubMed ». Pour

plus d’options, cliquer sur le mot clé.

En cliquant sur le mot clé,

on arrive sur sa notice

MeSH. On retrouve les

qualificatifs…

…le thème principal

et l’explosion…

…les synonymes…

…et la place dans

l’arborescence

…puis ajouter à l’équation

de recherche en cliquant

sur « Add to search

builder » puis chercher

dans PubMed en cliquant

sur « Search PubMed » Cocher les options de recherche souhaitées…

Recherche MeSH sur PubMed

Rappel de

l’équation de

recherche

Recherche MeSH sur PubMed

Filtres et filtres additionnels

Possibilité de filtrer les résultats. Attention : les

filtres restent actifs même si l’on change de

recherche, penser à les désactiver

Détail d’un résultat Références de l’article

Liens

extérieurs, dont

résolveur de

lien

Liens pour

rebondir vers

d’autres

ressources du

NCBI

Abstract

Recherche avancée

Choix du champ de recherche

Choix du booléen

Possibilité

d’ajouter ou

supprimer des

lignes

Combiner des recherches

Cliquer sur le numéro dans

l’historique de recherche pour

choisir un booléen et ajouter la

recherche au « Search Builder »

L’historique de recherche est disponible sur la page

de recherche avancée

Exercices PubMed

Auto-évaluation

Enquête

http://tinyurl.com/Enquete

Master

À bientôt à la bibliothèque !

claire.sonnefraud@upmc.fr