Post on 05-Apr-2015
INTEGRATION DES PIPELINES D’ANALYSEProjet e-Biogenouest
• Porteur : Olivier Collin (IRISA) – Animateur : Yvan Le Bras (IRISA)
• Tester une approche e-Science en Sciences de la vie
• Proposer une structuration e-Science dans le Grand Ouest
LE PROTOTYPE E-BIOGENOUESTUn environnement virtuel de recherche en sciences de la vie
Une application e-Science : Le VREEnvironnement de Recherche Virtuel
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Une propriété essentielle : la flexibilité
e-infrastructure test : le VRE eBiogenouest
e-infrastructure test : le VRE eBiogenouestHUBzero
Portail EMME
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La collaboration
Le HUB eBGOHUBzero pour partager les connaissances et gérer les
groupes et projets
Informations149 utilisateurs76 Projets48 Groupes531 ressources…
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La collaborationeBGO : une porte d’entrée vers l’e-Infrastructure
Une porte vers les outils du VRE
La collaborationeBGO : Collaborons
Groupes, projets, forums, …
La collaborationeBGO : Gestion de groupes
La collaborationeBGO : Gestion de projets
La collaborationeBGO : Gestion de projets
Gestion de tâches
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La gestion des données et métadonnées
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EMMEsuite ISA tools pour enregistrer
données et métadonnées
Protocoles existantMétabolomiqueProtéomiqueGénomiqueBio-informatique
Protocoles sur mesureColorimétrieDosage d’ions plasmatique…
La gestion des données et métadonnéesEMME suite ISA tools : isacreator configurator
Protocoles existantMétabolomique, Protéomique, GénomiqueProtocoles sur mesureBio-informatique, Protéomique ICPL, …
La gestion des données et métadonnéesEMME suite ISA tools : isacreator
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Choix de la configuration
La gestion des données et métadonnéesEMME suite ISA tools : isacreator
Ouverture / création d’un projet
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Choix d’un projet préexistant
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Description du projet
I..
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Description d’une étude du projet
IS..
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Description d’une expérience de l’étude du
projet
ISA
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Validation de l’ISAtab
ISA
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Conversion de l’ISAtab
ISA
La gestion des données et métadonnéesEMME suite ISA tools : isacreator
Création de l’ISArchive
ISA
L’analyse de données
GALAXY by GenOuestpour analyser et partager les
données
Informations22729 jobs105 utilisateursPlus de 800 outils-NGS-Génomique des populations-Génétique quantitative-Protéomique-Nombreux utilitaires-…
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L’analyse de donnéesGalaxy by GenOuest : Traitement de l’ISArchive
Upload de l’ISArchive
Un début de structuration e-Science?Galaxy by GenOuest : Récupération des données
Téléchargement des données brutes pointées
par les URL
Un début de structuration e-Science?Galaxy by GenOuest : workflow
Présentation du workflow
Un début de structuration e-Science?Galaxy by GenOuest : workflow
Sélection des fichiers et paramètres d’entrée du
workflow
Un début de structuration e-Science?Galaxy by GenOuest : Analyse des données
Exécution du workflow
• Pour les scientifiques en sciences de la vie et environnement• Optimiser son temps (programmation vs compréhension)• Préserver (données et processus analytiques)• Accéder, partager et visualiser de n’importe où• Une aide à la gestion de projet …
• Pour les développeurs• Faciliter l’utilisation des outils : Bioinfo Recherche Service• Accélérer la mise en production
• Pour la gestion des infrastructures• Optimiser l’utilisation (stockage, calcul et réseaux…)
• Infrastructure pour la donnée infastructure de données
Buts
Merci de votre attention
Y. Le Bras et al. Towards a Life Sciences Virtual Research Environment : an e-Science initiative in Western
France. JOBIM 2013.
Cyril MonjeaudOlivier Collin
La plate-forme Bio-informatique GenOuestLe groupe Symbiose IRISA/INRIA
GenOuest-Dyliss-Genscale
http://www.e-biogenouest.org/Entrée du VRE :
Référence :
Projet INCa NGS Rennes :
Génomique fonctionnelle intégrée et biomarqueurs-Marie de Tayrac-Jean Mosser
Génétique Somatique des Cancers -Alexandra LESPAGNOL-Birama NDIAYEPlateforme Génomique Santé Biogenouest-Marc AUBRY