Ingénieur en développement de logiciels de recherche en imagerie médicale et biologique. 28...

Ingénieur en développement de logiciels de recherche en imagerie médicale et biologique.

28 Janvier 2009

Eduardo E. DAVILA S.

Laboratoire : CREATIS-LRMN Ville : Lyon France

CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S.

http://creatis.insa-lyon.fr

Eduardo E. Davila S.davila@creatis.insa-lyon.fr

http://imagine.uniandes.edu.co

Marcela Hernandez H.marc-her@uniandes.edu.co

CREATIS–LRMN Centre de recherche en imagerie médicale

180 personnes

Acquisition d’images

Traitementd’images

Interprétationclinique

CREATIS–LRMN Missions de l’Equipe Informatique

• Définition d’un cadre commun de développement logiciel en adéquation avec les besoins :

prototypage, démonstration, évaluation, usage clinique

• Aide aux développements logiciels

• Support et formation aux outils de développement

• Simplification de la gestion de logiciels:• Pérennisation • Mutualisation• Factorisation

CREATIS-LRMN

Acquisition d’images• Imagerie Ultrasonore • Imagerie et Méthodologie Exploratoires en RMN • Imagerie RMN et Optique • Imagerie Spectroscopique en RMN

Traitement d’images• Imagerie Dynamique • Imagerie Volumique

Interprétation clinique• Imagerie Morphologique et Fonctionnelle (Ischémie Myocardique, Lumière et Paroi Vasculaire , Ischémie Cérébrale, Réponse Pulmonaire à l’Agression)• Microarchitecture et Tissus Osseux

8 équipes de recherche 180 personnes

Librairies de développement• Librairie IDO~1992 : Collection de fonctions de

traitement• DaVaW~2001 : Collection de widgets

sophistiqués• BBTK ~2006

Applications de traitement d’images• CreaTools Python ~2003 (DaVaW)• Maracas ~2004• CreaTools suite ~2008 (BBTK)

Savoir faire

MaracasMAgnetic Resonance Angiography Computer Assisted analysiS

C++, gdcm, Vtk, Itk, wxWidgets, OSGI, CMake, CVS, Doxygen, windows, linux

Logiciel d’aide à l’analyse d’images médicales 3D

Logiciel interactif 3D pour la visualisation, l’analyse et la quantification de sténoses vasculaires

- IHM conviviale et utilisable par des médecins- Manipulation et traitement d’images 3D - Visualisation de scènes 3D complexes multi objets

http://www.creatis.insa-lyon.fr/maracas/

BBTK Black

C++, Vtk, Itk, wxWidgets, OSGI, XML, HTML, Latex, CMake, CVS, Doxygen, windows, linux

Environnement simple et flexible pour le design/prototypage de nouvelles chaînes de

traitements d’images et de maillages

- Capitalisation, pérennisation et auto-documentation d’algorithmes - Prototypage rapide : description de workflows par langage de script - Mécanisme de plug-in- Images multi-modalités et multi-dimensionnelles - Composants d’interface graphique et widgets évolués

http://www.creatis.insa-lyon.fr/creatools/

CREATIS–LRMN Centre de recherche en imagerie médicale

180 personnes

Chaîne detraitement

elChaîne de traitement vs

besoin de développement logiciel

Développement d’applications

Chaîne detraitement

elChaîne de traitement vs

besoin de développement logiciel

Développement d’applications Développement de librairies

• Pérennisation • Mutualisation• Factorisation

Efficacité de développement

Problèmes:- Connexion entre les modules difficile - Maîtrise de l’informatique nécessaire

Avantages:- Capitalisation du travail du laboratoire- Génération des interfaces rapide & simple- Documentation automatique

Problématique

Application

withEx. script définition

Module A

Module B

Module C

Module A Box A Box B Box C

ApplicationEx. Maracas - Creatools Python BBTK

Module B

Avant Aujourd'hui

BBTKBBTK

CREACREA

BBTKBBTK

vtkvtkitkitk

bbvtkbbvtkbbitkbbitk

CREACREA

bbwxbbwx bbwxvtkbbwxvtkbbvtkitkbbvtkitk

boostboost

bbcreaImageIObbcreaImageIO

bbcreaMaracasVisubbcreaMaracasVisu

vtkvtk

gdcmgdcm

SQLiteSQLiteBBTKBBTK

vtkvtkitkitk

CREACREA

boostboost

BBTKBBTK

vtkvtkitkitk

CREACREA

boostboost

bbNewPackagebbNewPackage

Bbs: box, appli, examplesData

bbNewPackage

Bbs: box, appli, examplesData

bbNewPackage

box1box1 Box2Box2

personalLIBpersonalLIB

EXEEXE

BBTKBBTK

vtkvtkitkitk

CREACREA

boostboost

Box3Box3

newProject-doc-appli (endUser)-libsrc-bbNewPackage

-doc-bbs-data-src

-box1-box2

-doc-bbs-data-src

-box1-box2

BBTKBBTK

vtkvtkitkitk

CREACREA

boostboost

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-box1-box2

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-box1-box2

BBTKBBTK

vtkvtkitkitk

CREACREA

boostboost

newProject

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-box1-box2

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-box1-box2

BBTKBBTK

vtkvtkitkitk

CREACREA

boostboost

bbNewPackage

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-box1-box2

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-box1-box2

BBTKBBTK

vtkvtkitkitk

CREACREA

boostboost

BBTKBBTK

vtkvtkitkitk

CREACREA

boostboost

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-box1-box2

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BBTKBBTK

vtkvtkitkitk

CREACREA

boostboost

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-box1-box2

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-box1-box2

BBTKBBTK

vtkvtkitkitk

CREACREA

boostboost

-newProject-doc-appli-src-bbNewPackage

-doc-src

-box1-box2

-newProject-doc-appli-src-bbNewPackage

-doc-src

-box1-box2

-newProjectBIN -sln/Makefile-debug/release-doc-appli-src-bbNewPackage

-doc-src

-box1-box2

-newProjectBIN -sln/Makefile-debug/release-doc-appli-src-bbNewPackage

-doc-src

-box1-box2

CMakeCode source Project to be compiled

Compilervisual C++ / gcc

lib.dllbblibappli.exe

Collaboration avecL’ECAM pour la

visualisation en stéréo

Images• img 2.3.A : Modèle 3D d’une hanche pathologique. Le modèle a été

repris pour un logiciel de CAO afin de produire une prothèse adaptée

• img 2.4.A : Segmentation d’une dissection aortique

• img2.6.C : Bifurcation de canaux de corail

• img 2.7.A : Image d’un cheveu acquise avec un scanner de haute résolution

Img 2.3.A img 2.6.C img 2.4.A img 2.7.A

img 2.3.A : Modèle 3D d’une hanche pathologique. Le modèle a été repris pour un logiciel de CAO afin de

produire une prothèse adaptée

img2.6.C : Bifurcation de canaux de corail

img 2.4.A : Segmentation d’une dissection aortique

img 2.7.A : Image d’un cheveu acquise avec un scanner de haute résolution

Maracas IRM Quantification

pour votre attention …

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