INFORMATIQUE APPLIQUE A LA BIOLOGIE

Fabrice Duprat février 2001 1

INFORMATIQUEAPPLIQUE A LA BIOLOGIE

Fabrice DUPRATInstitut de Pharmacologie Moléculaire et Cellulaire

Valbonne

Principes de based'utilisation des PC

Structure d’un PC

Microprocesseur

Mémoire vive: RAM(Random Access Memory)

Mémoire morte: ROM(Read Only Memory)

Horloge interne

Imprimante

Unité centrale

Souris

Scanner

Clavier

Entrées Sorties

Stockage

Disque dur

CD ROMLecteur zip, syquest, ...Disquette

Organisation des fichiersrépertoires, sous-répertoires (directory, sub-directory)

Disque dur C: Disque dur D:

system.ini courrier.doccomptes.xlsphoto.jpg

windows perso

Disquette A:

courrier.docrapport.doc

c:\windows\system.inid:\perso\courrier.docd:\bureau\courrier.doca:\courrier.doc

courrier.doc

bureau

Extensions

.exe : programme

.com : commande

.ini : systeme

.zip : compresse

.arj : "

.doc : Word

.xls : Excel

.pdf : Acrobat

.ppt : Powerpoint

.htm : hypertexte

.html : "

.shtml : "

.bmp : image

.gif : "

.jpg : "

.tif : "

.wmf : "

SélectionsCopier / Couper / Coller

Copier Ctrl + C Edition/Copier (copy)Couper Ctrl + X Edition/Couper (cut)Coller Ctrl + V Edition/Coller (paste)

Sélection unique SurligneSélection d'une liste Shift + 2 ClickSélection multiple Ctrl + clicksTout sélectionner Ctrl + A

PRINCIPE GENERAL

SOURIS-SOURIS

CLAVIER-CLAVIER

Copier / Déplacer / Effacer / Renommer un fichier

Copier Ctrl + C Edition/Copier (copy)Couper Ctrl + X Edition/Couper (cut)Coller Ctrl + V Edition/Coller (paste)Effacer Suppr Fichier/SupprimerRenommer Double Click Fichier/Renommer

Glisser/Lacher (Drag and drop)

Glisser/Lacher + Shift

Glisser/Lacher + Ctrl

Raccourcis (shortcut)Fichier/Créer un raccourci Glisser/Lacher sur le bureau (desktop)

Utilisation d'Internet dans leslaboratoires scientifiques

Que peut on faire avec Internet ?

1 Lire des pages html

3 Transférer des fichiers

2 Envoyer et recevoir du courrier électronique

4 Participer à des forums de discussion

Principes généraux

Historique

Fonctionnement

Vocabulaire

Un réseau de réseaux américains

Historique:

1969: Arpanet (armée US)

NSF (National Science Foundation)

Bitnet, Usenet, …

Passerelles (gateways)

Internet:Un réseau de réseaux internationaux

Réseau deValrose

Source: CRI

Connexion par modem

Un point d’entrée dans le réseau global

Transmissionpar paquets

Protocole TCP / IP(Transfer Control Protocol/ Internet Protocol)

Types de réseauRéseau de type BUS

Réseau en anneau

Réseau de type client serveur

Adresse IP (Internet Protocol)

Exemple: 134.59.105.10xeres.unice.frgelas.ipmc.cnrs.fr

Nécessité d ’un DNS (Domain Name Server)

serveur.sousdomaine.domaine.pays

Identificateurs des serveurs Internet

.gov government

.edu education

.mil military

.com commercial

.net network

.org organizations

.at Autriche

.au Australie

.ca Canada

.ch Suisse

.de Allemagne

.fr France

.uk Royaume Uni

.it Italie

Structure d ’une URL(Uniform Resource Locator)

protocole://indicateur.serveur.sousdomaine.domaine.pays/chemin/fichier.htm

Exemple: http://w3.gelas.ipmc.cnrs.fr/equipes/vincent.shtml

Exemple: ftp://ftp.nephi.cri.unice.fr/bibliotheque/theses.htm

ftp = file transfer protocol

http = hyper text transfer protocol

Exemple: jean.dupond@xeres.unice.fr

Email = electronic mail

Lire une page HTML

Exemple:http://serv.sorbonne.univ-paris.fr/mmm/film.html

Navigateurs:

Navigator, Communicator (Netscape)Internet Explorer (Microsoft)

(Hyper Text Markup Language)

Contenu d ’une page HTML

Liens hypertexte page2.htm

Vers page 1(page1.htm)

Vers page 2(page2.htm)

Vers Unice(http://www.unice.fr)

Page d'accueil Unice

Accueil

bla blabla bla

Des millions de pages sur l’ensemble desordinateurs de la planète

htmpage2.htm

http://serv.sorbonne.univ-paris.fr/mmm/film.html

http://w3.gelas.ipmc.cnrs.fr/equipes/vincent.shtml

http://www.altavista.com

Moteurs de recherchehttp://fr.altavista.com http://www.nomade.frhttp://fr.yahoo.com http://www.francite.com

Méta moteurs de rechercheCOPERNICINFIND: http://www.infind.com/

Garder les bonnes adressesNetscape: signets (bookmarks) Internet Explorer: favoris (favorites)

ATTENTION

Zone cache (temporary internet files)

Serveur proxy

Boutons: Recharger (Reload)Rafraichir (Refresh)

APPLICATION: Recherche bibliographique

http://www.sciencedirect.com

APPLICATION: Recherche bibliographiquehttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi

Isaac JT, Crair MC, Nicoll RA & Malenka RC (1997)Silent synapses during development of thalamocortical inputs. Neuron 18(2)

APPLICATION

Créer sa page en HTML

(page1.htm)<HTML> <HEAD> <TITLE> Page 1 </TITLE> </HEAD> <BODY><H1 ALIGN="CENTER"> Ma premiere page web </H1><BR><HR><H2> Je vous propose aujourd'hui les liens suivants: </H2><BR><P> <A HREF="http://www.unice.fr"> Universite de Nice </A> </P><BR><P><A HREF="page2.htm"> <IMG SRC="lien.gif"> Deuxieme page </A></P><BR><P ALIGN="RIGHT">Mon nom, fevrier 2001</P></BODY></HTML>

(page2.htm)

<HTML> <HEAD> <TITLE> Page 2 </TITLE> </HEAD> <BODY><H1 ALIGN="CENTER"> Ma deuxieme page web </H1><BR><HR><BR><P> <A HREF="page1.htm"> Retour premiere page </A> </P><BR><P ALIGN="RIGHT"> Mon nom, fevrier 2001 </P></BODY></HTML>

Exemple 1:michel.durand@maison2.voltaire.paris.fr

Exemple 2: duprat@ipmc.cnrs.fr

Format d'une adresse IP(Internet Protocol)

Envoyer un email(electronic mail)

Exemple de logiciel de gestion d'email:Eudora

http://www.eudora.com

Structure d'un email

Destinataire (obligatoire)ExpéditeurSujetCopiesFichier attachéMessageSignature

Fonctions diverses

Copies

Fichier attaché

Signature

Carnet d’adresses

Créer un compte d’ Email gratuit

http://www.nomade.frhttp://www.hotmail.comhttp://mail.altavista.frhttp://fr.yahoo.comhttp://www.caramail.comhttp://www.voila.fr

APPLICATION

APPLICATION:Recevoir le sommaire de Cell

Cell, Volume 104, Issue 4,dated Feb 23 2001, is now available at:

http://www.cell.com/content/vol104/issue4/

A plain-text copy of the table of contents has been appended below.---------------------------------------------------------------CellCurrent Table of Contents: Feb 23 2001; 104 (4)--------------------------------------------------------------Overview---------------------------------------------------------------After the Genome: DNA and Human Disease. Kevin Davies Cell 2001 104 (4), p. 465 http://www.cell.com/cgi/content/full/104/4/465---------------------------------------------------------------Minireview---------------------------------------------------------------HIV-1 Sequence Variation: Drift, Shift, and Attenuation. Michael H. Malim and Michael Emerman Cell 2001 104 (4), p. 469 http://www.cell.com/cgi/content/full/104/4/469

http://www.cell.com

APPLICATION:Recherche bibliographique automatique

http://www.sciencedirect.com

Transfert de fichiers

FTP: File Transfer Protocol

Exemple: ftp://ftp.nephi.unice.fr/PC/jeux/spaceinvader.exe

Serveurs FTP

Logiciels:

ftp://ftp.calvacom.frhttp://www.shareware.comftp://ftp.nephi.unice.fr

Biologie:

ftp://biomol.univ-lyon1.fr

Divers:

ftp://ftp.inria.frftp://ftp.cnam.fr

LIRE LE FICHIER: readme

Page HTML pour FTP(download uniquement)

Exemple de logiciel: Ws FTP(download et upload)

Le système Archie

APPLICATION:Journaux électroniques

http://www.unice.fr/BU/sciences/perelec.htm

APPLICATION:Rapatrier (download) un article entier

http://www.neuron.org

APPLICATION:Le format acrobat (.pdf)

http://www.adobe.com/acrobat

Serveur de l'Université de Nice:news.unice.fr

Groupes modérés ou non

Forums de discussion (Newsgroup)Usenet

Liste des forums de discussion

Forum de discussion

Types de forums de discussion

fr langue françaisemisc miscallenousmag magazinesorg clubs diversrec recreational activitiessci sciencessoc socialetc autresalt autres.d non modéré

Smileys

:-) humour:-( tristesse:-/ mauvaise nouvelle;-) ironie;-> sarcasme:-D rire:-o étonnement:-x secretetc ...

Adresses utiles: Informatique

Produits informatiques:http://www.microsoft.comhttp://www.netscape.comhttp://www.eudora.comhttp://www.adobe.com/acrobathttp://www.copernic.com/fr/

Sites FTP:ftp://ftp.nephi.unice.fr

ftp://ftp.calvacom.frhttp://www.shareware.comftp://biomol.univ-lyon1.frftp://ftp.inria.frftp://ftp.cnam.fr

Adresses utiles: Internet

Email gratuit:http://www.nomade.frhttp://www.hotmail.comhttp://mail.altavista.frhttp://fr.yahoo.comhttp://www.caramail.comhttp://www.voila.fr

Moteurs de recherche:http://www.northernlight.comhttp://www.snap.comhttp://www.excite.comhttp://infoseek.go.comhttp://www.lycos.frhttp://fr.altavista.comhttp://www.nomade.frhttp://fr.yahoo.comhttp://www.francite.com

Méta Moteur de recherche:http://www.infind.com

Internet:http://www.nic.frhttp://www.w3.org

Adresses utiles: Sciences

Journaux avec texte complet (full text):http://www.unice.fr/BU/sciences/perelec.htm

http://www.neuron.orghttp://www.nature.comhttp://www.cellpress.com

Forums de discussion:news.unice.frnews.compuserve.com

Bases de données bibliographiques: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgihttp://www.sciencedirect.com

Organismes:http://www.inserm.frhttp://www.cnrs.frhttp://www.inra.fr

Adresses utiles: Divers

Pages blanches et jauneshttp://www.pageszoom.com

Associationshttp://www.abg.asso.frhttp://garp.univ-bpclermont.fr/cec/indexbis.htmlhttp://garp.univ-bpclermont.fr/guilde/http://www.unice.fr/AJC06/index.htmlhttp://www.apec.asso.fr

Manipulation d'images àusage scientifique

Images en mode point ou bitmap

= un ensemble de points (pixels)

Exemple: image de 20 pixels x 10 pixels

Image bitmap: agrandissement

Images vectorielles

= un ensemble de vecteurs

Exemple:

Image vectorielle: agrandissement

Caractéristiques d'une image: Taille

120x50 pixels10x25 cm30x50 pouces (inches)

1 inch = 2,7 cm

Caractéristiques d'une image:Résolution

Résolution image: pixels par pouces (ppi, pixels per inch)Gamme: 72 à 200 ppiExemple: Ecran 800 pixels ~27 cm ~10 inches soit 80 ppi

Résolution imprimante: points par pouces (dpi, dots per inch)Gamme: 300 à 1200 dpi

Rapport taille / résolution

Image400x200pixels

Résolution 100 dpi Résolution 200 dpi

4 inches

2 inches

1 inch

Image200x200pixels

2 inches

2 inches 1 inch

1 inch

Caractéristiques d'une image:Profondeur de couleur

1 bit = 2 couleurs

8 bits (1 octet) = 256 niveaux de gris

= 256 couleurs

16 octets/bits (2 octets) = 65536 couleurs

24 octets/bits (4 octets) = 16.7 millions couleurs

Comprendre la couleur

La roue chromatiqueCouleurs primaires: rouge, vert , bleuCouleurs secondaires: jaune , magenta, cyanAddition des couleurs = blancAbsence de couleur = noir

Teinte = longueur d'onde, vert, bleu, etc...Saturation (intensité, chroma) = qualité de la lumière en quantité de grisLuminosité (luminance, valeur) = intensité de lumière perçue

Vert Bleu

Magenta

La lumière

Lumière réfléchie (modèle soustractif)

La lumière

Lumière émise (modèle additif)

Définition des couleurs

Méthode RVB (Rouge / Vert / Bleu)Codage du rouge de 0 a 255Codage du vert de 0 a 255Codage du bleu de 0 a 255

rouge 150vert 40bleu 10

Exemples:

Définition des couleursMéthode TSL ( Teinte / Saturation / Luminosité)

Codage de la teinte de 0 à 255 (roue chromatique)Codage de la saturation de 0 (couleur grise) à 255 (couleur pure)Codage de la luminosité de 0 (noir) à 255 (blanc)

Teinte 8Saturation 223Luminosité 80

Exemples:

Définition des couleurs

Méthode CMJN (Cyan / Magenta / Jaune / Noir)

Utilisé en imprimerie

Couches chromatiques

Chaque image est composée de couches chromatiques

Exemple: Image RVB

FORMATS DES FICHIERS

Images bitmaps:PICT (Macintosh, 1, 4, 8, 16, 24, 32 bits): .pctBMP (1, 4, 8, 24 bits): .bmp

Images bitmaps compressées:Tiff (1, 4, 8, 24 bits): .tifGIF (1, 4, 8 bits) = dessins 256 couleurs: .gifJPEG (1, 4, 8, 24 bits) = photos: .jpg

Images composites et vectoriels:Windows Meta File: .wmf Enhanced Meta File: .emf

Impression

Résolution imprimante

300 dpi

600 dpi

1200 dpi

Résolution image conseillée

72 à 120 ppi

125 à 170 dpi

150 à 200 dpi

Scanner un document

Scan: Entrée 100 dpiORIGINAL

2,4 inches

1.6 inch

240 pixels

160 pixelsImage

scannée

Ecran 800x600 (80 ppi) 2 inchesImage

affichée

3 inches

Scanner un document

Scan: Entrée 200 dpiORIGINAL

2,4 inches

1.6 inch

480 pixels

320 pixelsImage

scannée

Ecran 800x600 (80 ppi) 4 inchesImage

affichée

6 inches

Taille du document scanné

Image scannée < 5 Mo

1) Taille de l'original

2) RésolutionWeb: maximum 72 ppiGraphique: maximum 150 ppiPhoto: maximum selon taille fichier

3) Profondeur de couleur:Exemple: Image de 400x200 pixels = 80 000 pixels 1 bit (2 couleurs) = 80 000 bits = 10 ko8 bits = 1 octet (256 couleurs ou gris) = 640 000 bits = 80 ko16 bits = 2 octets (65536 couleurs) = 160 ko24 bits = 4 octets (16,7 millions couleurs) = 320 ko

Exemple:Image de 200x200 pixels = 40 000 pixelsimage de 400x400 pixels = 160 000 pixels

Filtres et corrections

Correction gamma: 1.8

Ajuster contraste et luminosité

Détramage

DétramageImage

Scanner

Effet de moiré

Valeur du détramage:Journaux 80 lpiMagazines 120-133 lpiRevues d'art 175-200 lpi

Détramage

Sans détramage Avec détramage (150 lpi)

APPLICATIONScanner une photo

APPLICATION

Optimiser une photo pour insertion dans un site web

400x427 pixels (121 ko)JPEG 24 bits

1125x1200 pixels (1,4 Mo)JPEG 24 bits

COURBES DE BEZIERS

APPLICATION

Créer un schéma de mécanisme biologique

[Ca2+]

I N a+

Dépolarisation

Traitement de texte (Word)dans un laboratoire

scientifique

Contenu de la fenêtreBarre de titre

Barres d'outils(ruban)

Règle

Barre d'état

Barre d'outil

Document

Contenu de la fenêtre

Zone de fractionnement

Position curseur

MAJuscule NUMérique RFP refrappe EXT sélection

Scinder la fenêtre document

Personnaliser les barres d'outils

Outils/Personnaliser/Commandes

Format caractère

Police: Times ArialTAILLEGrasItaliqueSoulignéExposant

Indice

Format paragraphe:Justification

gauchecentré

droitejustifié

Lorsque l'image estinsérée dans ledocument, en cliquant2 fois dessus il estpossible de lamodifier, d'ajouter desdessins, du texte, ...ceci grâce à MSDRAW. Si c'est unobjet d'un type biendéfini (équation créeavec l'Editeurd'Equation, ungraphique Excel, ...)c'est le programmecorrespondant qui estlancé et non MSDraw.

Lorsque l'image estinsérée dans le

document, en cliquant2 fois dessus il est

possible de lamodifier, d'ajouter des

dessins, du texte, ...ceci grâce à MS

DRAW. Si c'est unobjet d'un type biendéfini (équation crée

avec l'Editeurd'Equation, un

graphique Excel, ...)c'est le programme

correspondant qui estlancé et non MS

Lorsque l'image estinsérée dans le

document, en cliquant2 fois dessus il est

possible de lamodifier, d'ajouter des

dessins, du texte, ...ceci grâce à MS

DRAW. Si c'est unobjet d'un type bien

défini (équation créeavec l'Editeur

d'Equation, ungraphique Excel, ...)c'est le programme

correspondant qui estlancé et non MS

Lorsque l'image estinsérée dans ledocument, en cliquant2 fois dessus il estpossible de lamodifier, d'ajouter desdessins, du texte, ...ceci grâce à MSDRAW. Si c'est unobjet d'un type biendéfini (équation créeavec l'Editeurd'Equation, ungraphique Excel, ...)c'est le programmecorrespondant qui estlancé et non MSDraw.

Format paragraphe:Styles

Normal (normal.dot)

Titre1Titre2Titre3

Mode plan

Format paragraphe:Tabulations

Alignement à droite (utilisé par défaut) "Salut les gars !"Centré "Salut les gars !"Alignement à gauche "Salut les gars !"

Alignement décimal 425,154

74125,58 1,2644

854,254

En-tête et Pieds-de-page

Caractères spéciaux

Insertion/Caractères spéciaux

Editeur d'équation

[ ] zb

ax 1123

1×∑∞

Insertion/Objet/Equation

Insérer une image

Insertion/Image/A partir du fichier

Table des matières

Utilisation d'un tableur(Excel) dans un laboratoire

scientifique

Contenu de la fenêtreBarre de titre

Barres d'outils

Barre de formule

Barre d'état

Barre d'outil

Document(feuille de calcul)

Onglets des différentes feuilles Excel

Zones de partage

Tête decolonne

Poignée de recopie

Tout sélectionner

Cellule active

Numéros de ligne

Résultat calcul

APPLICATIONImporter des données ASCII

Fichier/Ouvrir

Gestion de la fenêtre

Nouvelle feuille de calcul:Insertion/Feuille

Partager la feuille de calcul:Fenêtre/Fractionner ouCliquer sur bouton "Zones de partage"

Figer l'affichage de certaines cellules:Placer le curseur en-dessous et à droite des cellules à figerFenêtre/Figer les volets

Modifier le zoom:Affichage/Zoom

Contenu d'une cellule

Chaque cellule contient: FORMULEVALEURTEXTEFORMAT

Saisir les donnéesSaisir des valeurs ou du texte:Saisie puis ENTREE

Saisir une série de valeurs:Saisie des deux premières valeurs de la sériePoignée de recopie

Saisir une fraction:"0" puis " " puis fraction puis ENTREE

Annuler la saisie:ECHAP

Sauts de ligne

Renvoi à la ligne dans une cellule:Sélectionner les cellulesFormat / Position / renvoi à la ligne automatique

Inclure un saut de ligne ou une tabulation dans une cellule:Alt + EntréeCtrl + tab

Sélection des cellules

Sélectionner une plage de cellules:Souris ou Fléches

Sélectionner une plage multiple:Ctrl + Souris

Sélectionner des cellules non vides:Ctrl + flèches

Sélectionner des lignes ou colonnes entières:Cliquer sur le numéro de ligne ou la tête de colonne

Sélectionner la feuille entière:Cliquer sur le bouton "Tout Sélectionner"

EditionCopier et Coller:Ctrl+C / Ctrl+VEdition/Copier Edition/CollerCtrl + Souris

Copier et Insérer:Ctrl+CEdition/Copier Insertion/Cellule copiéeCtrl + Maj + Souris

Déplacer:Ctrl+X / Ctrl+VEdition/Couper Edition/CollerSouris

Déplacer et insérer:Ctrl+X Edition/Couper Insertion/Cellule copiéeMaj + Souris

Transposition

Ctrl+C ou Ctrl+X (Edition/Copier ou Edition/Couper)

Edition/Collage spécial/Transposition

Formules

Saisir une formule:"=" puis saisie de la formule ouInsertion/Fonction

Références de cellules:Plage de cellules A1:A10Plages multiples A1:A10;C24:R24Colonne entière A:ALigne entière 3:3

Références relatives A3+E6Références absolues $A$3+$E$6

Formats des cellules, colonnes et lignes

Largeur des colonnes:Format/Colonne ouCliquer sur la tête de colonneDouble clic sur la tête de colonne

Hauteur des lignes:Format/LignesouCliquer sur le numéro de ligneDouble clic sur le numéro de ligne

Créer un graphique

Sélectionner les donnéesIcône du graphe désiré ouAssistant graphique

APPLICATION

Importer des données: traceiv.ascCréer un graphe en Nuage de points

INFORMATIQUE APPLIQUE A LA BIOLOGIE

Documents

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