Atelier

« Recherche bibliographique : fils RSS, Web of Science et outils

spécialisés par discipline »

PubMed

Dernière mise à jour : 16/02/2015 - Auteur : Frédérique Flamerie

Base de données spécialisée : PubMed 1. PubMed et Medline 2. Le thésaurus MeSH 3. Recherche MeSH à

partir de l’interface NLM

4. Exploitation des résultats

5. Recherche avancée 6. Le compte MyNCBI

Par Michael Y. Kuhn Source : Flickr

PubMed - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez/

NLM (National Library of Medecine) et NIH (National Institutes of Health)

Sciences biomédicales, santé, sciences de la vie, sciences chimiques, bio ingénierie, principalement

Medline + autres références (articles non encore indexés par la NLM, certaines des revues qui déposent dans PubMed Central)

Plus de 22 millions de notices Remonte à 1946 Bases liées : Nucleotide, OMIM, Books, Genome Project,

PubChem, etc.

1. PubMed et Medline

1. PubMed et Medline

Jubil > Ressources en lignes > Les bases de données

1. PubMed-UPMC

PubMed est accessible gratuitement sur Internet mais PubMed-UPMC, accessible depuis Jubil et sur http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?otool=ifrbiusjlib, vous permet d’afficher le

bouton SFX (résolveur de liens) de l’UPMC

1. Liste de résultats PubMed-UPMC

Le mode d’affichage Abstract permet d’afficher dès la liste de résultats le bouton SFX

1. Principales fonctionnalités de PubMed Interface de recherche

• Recherche depuis l’interface PubMed ou MeSH • Autres critères de recherche : auteur, titre, périodique, résumé, etc. • Opérateurs : AND, OR, NOT

• Filters : affiner les résultats par type de publication, tranche d’âge, humains/animaux, etc.

• Recherche avancée › Search builder : construire une équation de recherche en combinant des champs

› Search history : historique des recherches

Résultats • Différentes options d’affichage (liste simple, notice détaillée, liens, etc.)

• Clipboard : sélectionner jusqu’à 500 références pour les sauvegarder, imprimer, etc. - valide 8 heures

• Search details : détails sur la recherche en cours

2. Le thésaurus MESH

Par Iguanasan Source : Flickr

2. Le thésaurus MESH

Les articles sont indexés avec un système de

mots-clefs hiérarchisés : le MeSH MeSH pour Medical Subject Headings Intérêt du MeSH :

• gère les synonymes (Trisomy 21 = Down Syndrome = Mongolism)

• permet de chercher sur le sujet seulement des articles (ex: revue Cell/docteur Cell)

• permet de réaliser des recherches fines, en allant du général au particulier

15 branches principales : anatomy, organisms, disease, chemicals and drugs, etc. Chaque branche est identifiée par une lettre : A pour anatomy, B

pour organisms, C pour disease Chaque branche se subdivise en branches secondaires identifiées

par la lettre de la branche principale + 1 chiffre

2. Le thésaurus MESH

2. Exemple d’un terme dans l’arborescence du MeSH

On part du + général pour arriver au + précis

2. Un même terme peut appartenir à plusieurs arborescences

Sans MeSH : Mapping PubMed cherche automatiquement une correspondance avec le terme recherché : • dans le MeSH, • puis dans l’index des titres de revue, • puis dans l’index des auteurs. La recherche est lancée en + dans tous les champs (résumé, auteur, etc.).

2. En bref, recherche sujet avec/sans le MeSH Sans utiliser le MeSH

En utilisant le MeSH

Avec MeSH PubMed cherche uniquement dans les mots-clé MeSH attribués par les documentalistes de la NLM.

Comment ça marche?

Par zigazou76 Source Flickr

3. Recherche MeSH à partir de l’interface NLM

OU

3. Détail d’un terme MeSH Terme et champ d’application

Qualificatifs possibles

Explosion et pondération

Synonymes

Termes associés

Hiérarchie

Permettent de préciser la recherche

Il existe + de 80 qualificatifs, utilisables pour définir certains aspects de votre sujet (ex. Aspect chimique, Aspect microbiologique, Aspect radiographique).

En fonction du terme, il y a un nombre déterminé de qualificatifs attachés. Par exemple : Nucleoproteins peut être qualifié par 26 termes alors que Lung neoplasms peut l’être par + de 45 termes.

Appliquer des qualificatifs • à partir du MeSH • syntaxe descripteur/qualificatif

ex : Nucleoproteins/antagonists and inhibitors [mh] • code [sh] pour utiliser un qualificatif seul et le combiner

avec un ou plusieurs descripteurs (qualifiés ou non) ex : hypertension [mh] AND toxicity [sh]

3. Détail d’un terme MeSH : les qualificatifs

Par défaut, PubMed vous ramène l’ensemble des résultats inclus dans le terme que vous entrez dans la fenêtre de recherche

Autrement dit, l’explosion permet d’avoir tous les résultats rattachés à toutes les branches inférieures de l’arborescence

Désactiver l’explosion • à partir du MeSH • en utilisant le utiliser le code [mh:noexp]

3. Détail d’un terme MeSH : l’explosion

La pondération permet de restreindre la recherche aux références dans lesquelles le terme est le sujet majeur de l’article

Appliquer la pondération • à partir du MeSH • en utilisant le code [majr] • en combinaison avec la suppression de l’explosion - utiliser le

code [majr:noexp]

3. Détail d’un terme MeSH : la pondération

3. Recherche MeSH - interface NLM

2

1

1 2

Search builder : ajouter des qualificatifs, la non-explosion, combiner des termes

Liens directs vers les résultats dans PubMed, sans ou avec pondération

3. Recherche MeSH - interface NLM

4. Exploitation des résultats

Par DrJohnBullas Source Flickr

4. Changer d’affichage

• Par défaut : Summary = auteurs + titre + PMID + niveau d’indexation

• Abstract : résumé + bouton SFX

4. Affiner les résultats avec les filtres

• Seuls les filtres pertinents (i. e. s’appliquant aux résultats de la liste) sont proposés. • Les filtres sont actifs pour toutes les recherches tant qu’ils n’ont pas été supprimés

Le filtre Full text available ne correspond pas aux articles disponibles par les abonnements de l’UPMC, mais aux articles pour lesquels une version en ligne existe

4. Sauvegarder les résultats de sa recherche dans PubMed : RSS

Créer un flux RSS sur une requête

4. Sauvegarder les résultats de sa recherche dans PubMed : export d’un fichier de références

5. Recherche avancée

5.1 Search builder et Search history 5.2 La recherche par sujet au-delà du MeSH : le langage naturel pour une recherche exhaustive 5.3 L’interface Cismef pour construire une requête en MeSH et en langage naturel

Par : AdvancedPhotonSource - BY-NC-SA - http://flic.kr/p/a3ZPPQ

5.1 Recherche avancée

5.1 Search builder

choix du critère de recherche

choix de l’opérateur booléen

1

3

2 envoi automatique vers la fenêtre de recherche accès aux

index

Search = lancer la recherche Add to history = ajouter à l’historique de recherche, pour combiner la requête avec une autre

5.1 Search history Historique automatique, conservé 8 heures

Modifier l’équation de recherche créée dans le Search builder

Clic gauche : combiner, supprimer, etc. les requêtes

5.2 Pourquoi le langage naturel? • Tous les articles référencés dans PubMed ne sont pas indexés

en MeSH, notamment les articles les plus récents • Tous vos mots-clé n’ont pas d’équivalent MeSH

en cours d’indexation

Pas encore paru en imprimé

5.2 Interroger PubMed en langage naturel

2 vidéos de la Bibliothèque de médecine de Yale • Systematic Approaches to Searching the Health Science Literature #4:

Building Search Strategies (Part I) : interroger PubMed en MeSH • Systematic Approaches to Searching the Health Science Literature #5:

Building Search Strategies (Part II) : interroger PubMed en langage naturel

Recourir aux opérateurs de recherche • Opérateurs booléens et parenthèses • Seul caractère de remplacement = troncature = * • Guillemets « » pour rechercher une chaîne de caractère • NB les guillemets désactivent le mapping (i. e. recherche de

correspondances dans le MeSH

Penser aux synonymes et aux variantes (graphies alternatives)

5.2 Interroger PubMed en langage naturel Sur quels champs faire porter la requête?

Title/Abstract [TIAB] Words and numbers included in a citation's title, collection title, abstract, and other abstract. English language abstracts are taken directly from the published article. If an article does not have a published abstract, NLM does not create one.

Text Words [TW] Includes all words and numbers in the title, abstract, other abstract, MeSH terms, MeSH Subheadings, Publication Types, Substance Names, Personal Name as Subject, Corporate Author, Secondary Source, Comment/Correction Notes, and Other Terms (see Other Term [OT] above) typically non-MeSH subject terms (keywords), including NASA Space Flight Mission, assigned by an organization other than NLM.

[TIAB] = champs titre et résumé NOT (MEDLINE[SB] OR oldmedline[SB]) = exclut ce qui est déjà dans MedLine, donc indexé en MeSH, et les articles les + anciens, non indexés en MesH

5.2 Exemple de recherche en langage naturel

Construire une équation de recherche, en utilisant tous les synonymes (Entry terms) du terme MeSH retenu

Objectif : rechercher uniquement les articles les plus récents

5.3 L’interface CISMEF

http://www.cismef.org/

5.3 L’interface CISMEF : pourquoi?

L’interface du CISMEF permet d’interroger la traduction française du Mesh et de lancer directement dans PubMed une requête combinant interrogation en MeSH et en langage naturel.

5.3 Du CISMEF à PubMed

5 Exemple de stratégie de recherche

Source : PhD on track - CC BY-NC-SA

6. Compte My NCBI

Sauvegarder ses recherches et ses résultats de recherche Personnaliser l’interface Définir des filtres sur les résultats de recherche

Par Edwård Source Flickr

6. Compte My NCBI : requêtes sauvegardées

Alerte par courriel

Nouveaux résultats correspondant à la requête

6. Compte My NCBI : filtrer les résultats

LinkOut : liens à d’autres bases, au texte intégral, etc. Properties : dates, limites PubMed, etc. Links : liens vers PubMed Central et ressources NCBI, etc. Create custom filter : créer un filtre à partir d’une requête

ifrhplib : articles parus dans des revues accessibles via l’APHP

ifrbinslib :

articles parus dans des articles accessibles sur biblioInserm

6. Compte My NCBI : filtres d’accès

JUBIL : articles parus dans des revues accessibles via les abonnements de la BUPMC

6. Compte My NCBI : filtres d’accès

Revues en ligne signalées dans PubMed et faisant partie des abonnements de la BUPMC :

Revues imprimées signalées dans PubMed et faisant partie des abonnements de la BUPMC :

Ces filtres sont moins fiables que le bouton SFX : privilégiez ce dernier pour l’accès au texte intégral (et aux autres services qu’il propose)

6. Compte My NCBI : filtres Properties

Possibilité d’utiliser simultanément15 filtres maximum sur PubMed

6. Compte My NCBI : paramétrer l’interface

Affichage des résultats de recherche

Auto-complétion

Interroger PubMed autrement? LigerCat - http://ligercat.ubio.org/articles Interrogation par recherche simple et nuage de mots MeSH