Post on 07-Apr-2016
Dinâmica Populacional de Infecções ViraisDinâmica Populacional de Infecções Virais
Paolo ZanottoPaolo Zanotto
LEMB - ICB - USPLEMB - ICB - USP
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DNA como documento de dinámica populacional DNA como documento de dinámica populacional de vírusde vírus
Filogenias nos informam sobre:Filogenias nos informam sobre:
• • Origem e distribuição biogeográfica: ArbovírusOrigem e distribuição biogeográfica: Arbovírus
• • Modo de transmissão (contágio): e VHGModo de transmissão (contágio): e VHG
• • Dinâmica de transmissão (RDinâmica de transmissão (R00): HIV-1): HIV-1
• • Mecanismos de seleção (imunudade, vacinas & detecção): Mecanismos de seleção (imunudade, vacinas & detecção): HIV-1, CoV-SARSHIV-1, CoV-SARS
Arvore filogenética como metáfora da história de transmissão Arvore filogenética como metáfora da história de transmissão e distribuiçãoe distribuição
Arvore & InferênciaArvore & Inferência
??
??Caso índiceCaso índice
??
??
????
??Modelo Evolutivo & MétodoModelo Evolutivo & Método
InferênciaInferência
AmostrasAmostras
TBE Complex
CFA
YF
JE
DEN
100100
100
100
100100
100
100
100
100
89
90 TYU/SRETBE
LI
SLEKUN/WNMVE
JE
DEN 4
DEN 2
DEN 1
DEN 3
10% Divergence
Distribuição biogeográfica Distribuição biogeográfica Flavivírus transmitidos por ÁcarosFlavivírus transmitidos por Ácaros
(a)
(b)
0.30.1
16.0
16.5% transversions
% transitions
LI strains
LI/ILI/MA54
SSE
WTBE GGETSE
TBEVs
FETBE strains
OHFLGT
KFD
POW
ts 1:2 tv
ScotlandandEngland
Far-EastRussia
◊
LI/KNegishi
LI/ALI/261LI/369LI/GLI/NORLI/917
LI/31LI/SB526LI/MLI/I WalesLI/MA54 Ireland
SSE SpainWTBE AustriaGGE GreeceTSE Turkey
TBEVs SiberiaFETBE/205FETBEOHF Omsk
LGT MalaysiaKFD IndiaPOW Ontario
Dsitribuição Clinal do TBEDsitribuição Clinal do TBE
TBE Complex
CFA
YF
JE
DEN
100100
100
100
100100
100
100
100
100
89
90 TYU/SRETBE
LI
SLEKUN/WNMVE
JE
DEN 4
DEN 2
DEN 1
DEN 3
10% Divergence
Flavivírus transmitidos por MosquitosFlavivírus transmitidos por Mosquitos
No. of Lineages- LogarithmicTransformation
Time
No. of Lineages- EpidemicTransformation0 0.03 0.06 0.09 0.12 0.15(b)
0 0.03 0.06 0.09 0.12 0.151
70
(a)
10
0.13 0.135 0.14 0.145 0.15(d)
1
10
0.13 0.135 0.14 0.145 0.15
70
(c)
Dengue & Dengue & EJEJ
A-GBC2
E-GBVC/S23E-GBVC/S34N-R10NS3E-GBVC/S29E-GBVCSlym39E-GBVC/S17E-GBVCSlym34E-GBVC/S36E-GBVC/S15E-GBVC/S26E-GBVC/S27E-GBVC/S9B-Rzii60013cB-JLC75503B-ABJ70247B-RJM77811B-SLSB-JCC70064B-Jtrtf48729B-JDC71843AB-JDC67136B-JDC71843A-GBC3B-LFC71848AB-LFC61087B-LFC71841B-GHP76633B-Dvon3B-NMC86122B-GRD76282N-GBC5E-GBVC/S19N-GBC6E-GBVC/S7N-GBC7N-PNFNS3E-GBVCSlym5E-GBVC/S5B-Jbcn49438cB-JBN79956A-GBC4B-Rv5B-AMR67936B-MLAM67937B-NAM67945B-Mlam61871cB-Amr52112coB-Amr1B-Mpc3B-EAS69251B-Epp49592coB-RFB76628A-GBC1HN-GBCNS3A-GBC1E-GCVC/S13E-GBVC/S3B-Os
100
89
56
56
56 56
5656
5689 100
56 100
89 100 89
67 100 89
89 896789568989
100 100 100 89 67
100 10089
89 89 89 89
Africa ABrazil BEurope ENorth America N
F1
F2 (wife)
F2 (index)
Modo de transmissão: Modo de transmissão: Hepatite G (Hepatite G (HGVHGV))
c36-3BP variants
Short Ffragment variants
7
11
Formname
c27-3BPvariants
9
1214
14211
1
14
11
1
1
Subtype structure
1A1B1C
3A3B
Number %
43
2A2B2C
13
8
73 78 27 36 148 16613331241
73
1151
12
11
PR RT1 99 / 1 324
5’F/B3’ 653
111
5’B/F/B3’
1
1
HIV-1HIV-1: FRC - (B & F) Argentina: FRC - (B & F) Argentina
A
Number of Lineages: Epidemic Transform
Time (substitutions per site)
0.003 0.009 0.015 0.021 0.027 0.033
510
203040
50
54
10
B
C
Time (years)
e
1990 1995 2000
101
D
E
1990 1995 2000
101102103104105106107F
0.024 0.032 0.0400 0.008 0.0161
56
112
140
150
84
2814
10-1
§‡
102
103
104
FRC - B/FFRC - B/F Subtipo Subtipo BB
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Síndrome Respiratória Aguda Grave - SARSSíndrome Respiratória Aguda Grave - SARS
CoronavírusCoronavírusCov-SARSCov-SARS
CivetaCiveta““gato gato
almiscarado”almiscarado”
10-3
10-9
B
10-4
10-3
A
Detecção Molecular do CoV-SARSDetecção Molecular do CoV-SARS