Post on 04-Apr-2015
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Caractérisation génétique des souches de MSM :Clusters de
transmission
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Sous-étude du projet ANRS 1297
étude des co- et super-infections VIH
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Objectifs du projet ANRS..
• Détection de co-infections avec sous-type/CRF différent – Détection des doubles infections avec différents
variants du VIH-1 chez des patients d’Afrique de l’Ouest et du Centre-Ouest
– Développer une méthodologie simple et sensible pour détecter des doubles infections sur un grand nombre d’échantillons
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A
B
C
D
F
G
H
J
K
CRF01-AE
U
CRF02-AG
CRF06-cpx
MHA
*
Hoelscher
5
A
B
C
D
F
G
H
J
K
CRF01-AE
U
CRF02-AG
CRF06-cpx
MHA
*
Hoelscher
6
*
*
*
A
B
C
D
F
G
H
J
K
CRF01-AE
U
CRF02-AG
CRF06-cpx
Nos objectifs MHA
Hoelscher
7
Zones étudiées en MHA
Zone vpu Zone gag Zone nef12
3
Hoelsher : 5 zones avec 3 sous-types A, C et D
Notre étude : Discriminer 11 variants VIH-1 A, BD, C, F, G, H, A3, A-Cameroun, CRF02, CRF06
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Résultats du Sénégal
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Population générale (panel)
• N = 91 échantillons en gag et vpu, typés avec de bonnes sensibilité et spécificité
• 5 doubles infectés probables ==> 5,5%– 2 pour gag– 3 pour vpu– 2 A-A3, 1 A-CRF02, 1 A-CFR06, 1 CRF02-C
• 15 discordants gag/vpu ==> 16,5% recombinants – 2 A/CRF02, 1 A3/CRF02, 4 CRF02/A3, 1 CRF09/CRF02– 1 A3/A, 1 A3/CRF06– 3 A/U, 1 U/A, – 1 C/CRF06
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Performance de la MHA vpu
• N = 99 échantillons (20 PCD + 79 MSM)– PCD : 90% identifiés
• 12 CRF02 (60%)• 2 A3, 3 CRF02, 1 G
– MSM : 79% identifiés• 28 C (35%)• 18 CRF02 (23%)• 1 H, 1 D, 3 B, 3 B/D, 4 G, 5 CRF06• 1 cas de double-infection probable (B-CRF06)
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Caractérisation génétique des souches de MSM
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Problématique
• Sénégal
– Prédominance de CRF02_AG
• Population générale (~80%)
• FSW (~ )
– Pas de données chez les MSM au Sénégal
• Epidémiologie moléculaire est souvent différente
• Clusters de transmission
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Objectifs
• Caractérisation génétique des souches de
MSM sur le gène Protéase-RT
– Étudier l’épidemiologie moléculaire
– Rechercher eventuellement des clusters de
transmission
– Rechercher les mutations de résistance aux
ARV
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Méthodologie
• 70 MSM VIH-1 ou dual
• RT-PCR d’un fragment de 1850pb
– gene protease et 440 AA du gène RT
• Séquençage direct des produits de PCR
purifiés sur ABI 3130 XL
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Méthodologie
• Analyse phylogénétique
– Identification des sous-types et CRF
• Alignement avec Clustal X et NJplot
• Simplot et bootscan pour rechercher les recombinants
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Méthodologie
• Analyse phylogénétique – Analyse des clusters (Guindon S at al. 2003)
• Analyse phylogénétique en Maximum Likelihood (ML) avec PHYML v2.4.4
• 1000 replicates• Valeur de bootstrap >98% • Distance génétique < ou = 0.015 (longueur de
branche)
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Méthodologie
• Tests de résistance
– Determination des mutations majeures et/ou
mineures associées à la résistance aux
ARV
• Soumission des séquences à la base de données
de Stanford HIV-1 v6.4.
• Comparaison avec ANRS V2007.7 et Rega v4.1.7
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Résultats
• Caractéristiques socio-démographique – Cohorte MSM décrite par Wade AS et al.
2005 (projet ANRS) – 95 % de sénégalais– 75% = 18-30 ans– Célibataire = 90% – École = 80%– Partenaires = Sénégalais, Européens,
Africains
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Sérologie VIH HIV-1 HIV-1/HIV-2
628
Syphilis Positive Negative
7 (10%)63
HSV-2 IgG Positive Negative
37 (53%)33
AgHBs Positive Negative
20 (28,6%)50
PCR N Gonorrhoea Positive Negative
4 (5,7%)66
PCR C trahomatis Positive Negative
4 (5,7%)66
Résultats IST majeures
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Analyse phylogénétique
• 3 sous-types – B (18.6%) – C (40%) – and G (8.6%)
• 3 CRF– CRF02_AG (25.7%),
CRF06_cpx (2.8%) and CRF09_cpx (4.3%).
26%
40%
19%
9%4%
3% B
C
CRF02_AG
CRF06_CPX
CRF09
G
21
1122
44
88
99
1010
1111
556677
12121313
1414
1515
33 Position des clusters Sous-type
cluster 1
cluster 2
cluster 3
B
cluster 4 Gcluster 5
cluster 6
cluster 7
cluster 8
CRF02
cluster 9 CRF09cluster 10
cluster 11
cluster 12
cluster 13
cluster 14
cluster 15
C
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L10V K20IR M36IL 71V 82I
8 30 55 3 7
• Au niveau du gène protease - aucune mutation majeure- Mutations de polymorphisme ++++
Analyse des mutations
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Mutations ANRS HIVDB Rega
115FY - ABC -
210W+215D d4T
AZT
ABC
AZT
d4T
DDI
TDF
AZT
d4T
• Au niveau du gène RT, pas de mutation majeure- 210W+215D (n=1), résistance intermédiaire
aux INRT pour les 3 algorithmes
- 115FY (n=1) résistance intermediaire à ABC avec HIVdb
Analyse des mutations
24
Commentaires
• MSM = groupe vulnérable avec forte prévalence des IST– 53% HSV-2 vs 86% chez TS et 13% Femmes
enceintes (enquête nationale 2006)
– 28% AgHBs vs 17% PvVIH et population générale (JMV, 2008)
– 5,7% CT/NG (urines)• vs 7,1% NG et 4% CT chez les TS
• vs 0,6% chez leurs partenaires
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Commentaires
• Grande diversité et apparition d’un nouveau profile – Sous-type C est prédominant
• Transmission +++ (TME) Grace C et coll, 2005; • Charge virale au niveau des muqueuses +++
Progression vers SIDA (???) Taylor BS et coll, 2008
– Population générale • CRF02_AG (Toure Kane et al 2000)
– Travailleuses du sexe• CRF02_AG et A3 (Hamel et al 2007)
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Commentaires
• 15 différents clusters de transmission
– Décrit en UK en 2005 (Pao et coll, 2005)
– Identification des chaînes de transmission
phylogénétique
– Limites: établir les liens phylogénétique entre
les individus
27
Commentaires
• Quasi absence de mutation majeure chez
MSM non traités
– Faible circulation de souches résistantes au
Sénégal
– ANRS 1257 (2003-2005) et 12134(2007)
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Conclusion
• Vulnérabilité des MSM• Grande diversité génétique et prédominance du
sous-type C et risque elevée de transmission• Infection par 15 clusters distincts de
transmission) • souches (Facteurs associées à clusters de
transmission ???• Absence de mutations majeures de résistance
aux ARV • Besoin de renforcer les interventions auprès des
MSM
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Equipes participantes
Laboratoire Bactériologie-Virologie, Laboratoire Bactériologie-Virologie, CHU A le Dantec, DakarCHU A le Dantec, Dakar, Sénégal, Sénégal
Coumba Toure-Kane, Halimatou DiopHalimatou Diop-Ndiaye-Ndiaye, Oumy Diop Diongue, Sada Diallo, Ndeye Aminata Diaw, Papa Moussa Guindo, Souleymane Mboup, Papa Salif Sow (groupe clinique) )
UMR 145UMR 145 IRD, Montpellier, France IRD, Montpellier, France
Martine Peeters, Nicole Vidal, Celine Montavon, Eric Delaporte
PRESICA, Yaounde, CameroonPRESICA, Yaounde, Cameroon
Eitel Mpoudi-Ngole
Burkina FasoBurkina Faso
Serge Diabouga, Muraz, Bobo
BurundiBurundi
Theodore Nyanboga , CHU , Bujumbura