Le rôle du Labo Supra-national (SRL), et celui du Labo ... · – CPC pour transport crachats OK...
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Réseau labo TB du pays: diagnostic • Surtout rapide et précoce (mais présomptif?)
– TB RMP résistant • moléculaire
– Xpert meilleure performance / accessibilité; mais plus coûteux?
• suffit pour commencer le traitement
– INH résistance: pas nécessairement • peu importe avec régime court, toujours utilisé • pas complètement couvert par Hain • RMPr/INHs rare: 15 (2,2%) / 657 au Bangladesh • issus RMPr/INHs pas bons avec 1ère ligne
– rechutes++ – acquisition INHr MDR
LNR: diagnostic
• Cultures? – oui, pour avoir une souche pour le SRL – ATB complet au NRL éventuellement
• n’influencera pas souvent traitement • sauf: FQ et 2LI peuvent être importants
– bien que toujours très rares – et nécessité d’être rapide: Hain 2ème ligne peut suffire?
• (retraitement MDR: mais pas pour schéma court)
Réseau labo TB du pays: suivi des traitements
• Frottis et/ou cultures? – directives OMS: cultures
• bien que qualité très variable: sensibilité?? faux pos.?? • système plus sensible (MGIT)?
– trop de problèmes opérationnels – plutôt: suivi à long terme impossible de cacher rechutes
• LJ (ou Ogawa simple? être uniforme avec STREAM?) – CPC pour transport crachats OK – clofazimine inactivé
– suivi par frottis: conversion peut traîner avec TB étendue • (coloration vitale FDA peut rassurer les cliniciens)
Bangladesh short MDR treatment,cumulative percentage conversion, cohort 2010
0%
10%
20%
30%
40%
50%
60%
70%
80%
90%
100%
1 2 3 4 5 6 7 8Month of treatment
FDA vital staining Auramine-smear Culture
Suivi: problèmes cultures • Frottis+ / culture-: cadavres; contamination/décont. excessive
• Frottis et cultures fluctuent, non-liés – penser à mycobactéries non-TB
• Frottis- / culture+ après >=5 mois – échec, rechute: clinique; échantillons ultérieures!! – cas isolé, malade OK: erreur labo fingerprinting!!
• Frottis+ / culture + – pendant le traitement, >=5-6 mois: échec très probable – après guérison:
• malade OK: erreur labo probable • malade souffrant: réinfection (TB ou autre mycobactérie) ou vraie rechute? • toujours fingerprint
Puisque c’est une étude
• Confirmation des diagnostics locaux; uniformité des résultats – SRLs devraient se mettre d’accord sur méthodes!
• MTB
• MDR (RMP + INH)
• profils complets 1ère (HRES) / 2ème ligne (FQ,2LI,..?)
• aussi PZA: souhaitable, étude supplémentaire
• Confirmation des issus bactériologiques non-favorables – surtout rechutes – MTB? même souche?
Tests plus poussés au SRL • Fingerprints cas difficiles
– suppose souche pré-traitement conservée – spoligo le plus simple & toujours assez clarifiant au
Bangladesh
• Autres études possibles – résistance acquise échecs / rechutes – ATB pour re-traitement individualisé
• clofazimine!
– causes issus non-favorables: CMI FQ?
• Collection souches étude à -80°C
Collaboration LNR/SRL: autres • Assistance technique et supervision
– suivi qualité microscopie et cultures locales – tests de panel pour EEQ ATB (classique; moléculaire) – installation nouveaux tests: coloration vitale?
• Transports NRL SRL: dans cryovial 2 ml – moléculaire: 1 ml alcool + 10-15 gouttes crachats BK+ liquéfiés (PZA) – souches vivantes
• en qqs. gouttes d’eau stérile • duplicat en CPC 0,5% mieux • UN container, température ambiante, pas très urgent
– fréquence?? peut être couteux+++
Diagnostic rapide RMP résistance
• Problème de fiabilité – techniques moléculaires: faible spécificité??
• “<95%” valeur prédictive trop basse sauf avec prévalence >=15%
• mais: confusion générale à cause de la référence • et avantage perdu s’il faut confirmer les résistants • et importance d’un léger sur-diagnostic?
– régime efficace et bien toléré!
Diagnostic rapide RMP résistance
• Problème de fiabilité – vrai problème toutes les techniques: sensibilité
• surtout techniques rapides basées sur croissance – mieux documenté pour MGIT – mais p.ex. aussi LJ proportion avec lecture à 4 semaines!
• limité à certaines mutations dans le gène rpoB – perte de viabilité: croissance trop lente – parfois aussi résistance “borderline” résultat RMP-sensible (toujours / souvent / variable)
rpoB mutation N strains MIC99 LJ LJ MGIT 1µg/ml
511Pro 6 80 to 640 6 (100) 0
513Lys/Pro 5 >640 5 (100) 5 (100)
516Phe/Val 19 320 to >640 19 (100) 19 (100)
516Tyr 6 320 to >640 6 (100) 0
522Gln/Leu 13 320 to >640 13 (100) 10 (85)
526Asn 5 80 to >640 5 (100) 1 (20)
526Leu 10 >=640 10 (100) 6 (60)
526Asp/Arg 16 >=640 16 (100) 13 (81)
526Tyr 14 >=640 14 (100) 10 (71)
531Leu/Trp 14 >=640 14 (100) 14 (100)
533Pro 14 160 to >640 14 (100) 0
535Ser 3 <=20 to 80 1 (33) 0
572Phe 7 40 to >640 6 (86) 0
Del509-511 2 >=640 2 (100) 0
N (%) resistant by
rpoB mutation N % resistant
511Pro 33 58
513Lys/Pro 21 95
516Phe/Val 60 95
516Tyr 19 95
522Gln/Leu 13 77
526Asp/Arg 39 100
526Leu/Pro/Tyr 104 95
526Asn 5 60
526Cys/Gly 5 80
531Leu/Trp 303 95
533Pro 57 79
572Phe 8 63
RMP DST (LJ proportion)
Antwerp SRL routine, Bangladesh samples 1996-2007
Significance des souches RMP “borderline”??
• Mal connu – gamme? fréquence? – pronostic 1ère ligne?
• Fréquence – enquêtes moléculaires biaisées: pré-sélection ATB
• sans pré-selection: autour de 15% des mutations rpoB – échecs, rechutes après primo-traitement Cat. 1 – Bangladesh, Hong Kong, Kinshasa
• étude rétrospective SRL allemand – série retraitements du Sierra Leone – 5/21 souches mutées râtées
Significance des souches RMP “borderline”??
• Pronostic 1ère ligne? – à long terme très peu différent des souches à
résistance RMP claire • plus de rechutes pour les très basse résistance: R2!! • finalement mauvais issu avec 1ère ligne
– acquisition 2ème mutation +++ échec – ou décès, abandons…
EpisodesMutation N Unfavourable Failure or relapse Ratio failure/relapse
513Glu/Lys/Pro 4 75 75 All failures516Phe/Val 18 100 83 4526Arg/Asp/Tyr 51 78 60 5.2531Leu/Trp 155 83 65 6.1
511Pro 15 90 75 1.1516Tyr 7 71 57 All failures526Asn/Cys/Leu 16 75 69 4.5533Pro 18 67 61 1.8572Phe 5 60 40 All failures
522Leu 3 100 100 All failuresDEL/INS512_515 7 86 86 1
First-line treatment outcome versus rpoB mutation
"High-level" R-resistance
"Borderline" R-resistance
Uncertain level R-resistance
Outcome, percents
Influence sur l’issu des traitements, pays industr ialisés
• Nouvelle Zéelande, IJTLD 2012 – 94 INHr, RMPs souches (MGIT) – retestés par Xpert: 4 RMPr – séquençage: mutations difficiles toutes – 3 malades avaient échoués, 1 trouvé post-mortem
Impact santé publique?
• KwaZulu-Natal MDR/XDR outbreak – souche MDR KZN-V2475: 516Tyr – souche XDR KZN-R506: 516Gly&533Pro
• Transmission pas nécessairement moindre
– fréquence similaire parmi NVC (Kinshasa, Bangladesh)
– virulence & VIH? – période de contagiosité prolongée
• rechutent ++
Impor tance: création XDR / TDR
• Directives actuelles non-MDR – HS, HE resistance: REZ + fluoroquinolone
• PZA ne protège pas le médicament principal en fait FQ+Z pour la grande masse des bacilles? • fréquence mutations FQ >> RMP
– résultats pauvres REZ déjà rapportés
• Traitements individualisés: cas TDR au Bangladesh – cliniciens continuent RMP comme produit principal
• REMOX trial – R(E)Z(H)+ moxi tous les nouveaux cas…
Performance ATB rapides pour ces mutations difficiles: étude Anvers
• Tests moléculaires commercialisés: LPA (Hain Genotype); Xpert
• Méthodes “maison” phénotypiques moins chères – détection rapide:
• colorimétrique: REMA, NRA • ou microscopique: MODS, TLA, ATB lame
– performances publiées comparables++ • TAT 10-14 jrs • précision RMP excellente • différences
– sécurité & exigences infrastructure / équipements – degré de difficulté (expertise)
• Même panel difficile
Technique 511 516 526A 526O 533 572 All Difficult ControlN=5 N=5 N=5 N=4 N=5 N=5 N=29 strains strains
MGIT960 0 0 1 0 1 0 2 7% 100%(days extended till resistant) 12-37 2-22 9-27 4-14 12-50 2-19 2-50
REMA 0 0 1 4 0 0 5 17% 100%
NRA 1 1 2 4 5 2 15 52% 60%
MODS (incomplete) 1 1 1 2 4 1 10/21 48% 100%
Slide DST (optimal execution) 3 5 4 4 4 4 24 83% 100%
TLA 3 5 4 4 5 4 25 86% 100%
LPA (Hain vs. 2) 5 2 5 2 0 0 14 48% 100%
Xpert MTB/RIF* 5 5 5 4 3 0 22 79% 100%* 533Pro detection by Xpert depends on concentration bacilli: more reliable from >=2+ sputum?
Sensitivity of rapid DST methods for difficult RMP-resistant strains
RMP-resistance mutation at rpoB codon, N resistant Sensitivity
Xpert RMP: sensibilité • 533Pro parfois ratée
– sur 21 souches différentes • 6 ratées à 10-4 (~ rares BAAR en Ziehl), sens. +/- 86% • 3 ratées à 10-2 (~ 2+ en Ziehl) , sens. +/- 71%
• souche mixte: mutation / wildtype DNA – détecté à partir de >80% mutée – arrivent uniquement avec détection précoce
• mutations non-couvertes et autres mécanismes
toujours > 95% des RMP résistances détectées? en moyenne mieux qu’ATB classique
Xpert (et Hain): RMP fausse résistance
• Une mythe? – études Xpert originales (NEJM)
• proportion très faible de toutes les résistances = sensible phéno • mais: toutes avec mutation au séquençage ADN!! spéc. 100% • en fait problème d’un gold standard dépassé!
– données émergentes: enquête résistance Pakistan • Xpert et LJ en parallèle: aucune discordance NVC résistants
– Hain en Afrique du Sud: discordances ++ • mais: MGIT & surtout bandes manquantes = mutations difficiles
– en fait vrais erreurs faux résistants très rares • mutations silencieuses; qqs. mutations significance mal connue
Diagnostic RMP: conclusions • Doit être rapide pour management efficace des MDR
– moléculaire le plus rapide – Xpert le plus facile
• à implanter, même décentralisé • a exécuter correctement
• Avec bon traitement MDR: surtout ne pas rater les cas • Etudes discutées: Xpert le plus sensible “confirmation par autre technique”: comment?? • Donc plutôt accepter chaque résultat résistant
– si improbable: répéter, autre échantillon, même technique – hautement suspect: se méfier des résultats sensibles
• référence ATB classique (ou autre test rapide phénotypique)
Directive OMS ambigue “Xper t (Hain), no parallel culture”
… “except SLD DST for RMPr”
mais algorithme: ??
Diagnostic RMP: conclusions
• Algorithme OMS: – peu pratique de demander autre échantillon pour ATB
• Et Xpert ne détecte pas tous les RMPr – sensibilité >95% VPN très élevée – sauf avec prévalence ~ 90%:
• = échecs Cat. 2 • = échecs Cat. 1 avec prévalence ++ parmi les NVC
plusieurs échantillons à la fois, aussi culture ?