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Activités Rhône-Alpes Genopole / bioinformatique
Rhône-Alpes
Genopole
SITRANS – Système d’information Transcriptome
pour la plate-forme de la Genopole
Rhône-AlpesDaniel CRISAN
http://liris.cnrs.fr/~sitrans
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Activités Rhône-Alpes Genopole / bioinformatique
Rhône-Alpes
Genopole
Contexte
Dessin de la puce
Hybridation
Analyse des données
Préparation des cibles
P. M
arc
– E
NS
- 1
999
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Rhône-Alpes
Genopole
Besoins informatiques
• Saisie/Consultation des données• Bibliothèques de techniques utilisées
au cours d’une expérience• Sauvegarde/importation des fichiers
externes (spotter report, images, données brutes, etc.…)
• Consultation d’une banque de gènes/oligonucléotides
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Activités Rhône-Alpes Genopole / bioinformatique
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Genopole
SITRANS - spécifications• Objectif : Suivi des expériences « puces à
ADN »– Saisie
• « Cahier de laboratoire » électronique– Publication
• Diffusion Web• Compatibilité avec le format MIAME
– Consultation• Valorisation des informations
• Caractéristiques– Ergonomie– Importation des fichiers externes– Gestion des profils utilisateurs (chercheur,
étudiant, visiteur, administrateur)
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Genopole
Architecture n-tiers
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GenopoleSchéma UML de la Base de Données
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Genopole
Les couches applicatives
E E
E E
E
ES
S
S
S
Servlet
Servlet
Servlet
Servlet
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Genopole
La couche présentation
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Genopole
La couche présentation
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Genopole
La couche présentation
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Genopole
Etat d’avancement• Fait
– Choix de l’architecture de SITRANS– Conception de la Base de Données– Conception des couches applicatives « Saisie données »
• En cours– Développement des couches applicatives «Saisie données»
(échéance nov. 2003)
• A faire– Conception et développement des couches applicatives
«Consultation données» (échéance fév. 2004)– Tests de SITRANS (échéance mars 2004)– Formation des utilisateurs (échéance mars 2004)– Installation et configuration de SITRANS (échéance avril 2004)
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Genopole
Gestion du projet
• Réunions de projet– Bimensuelles avec l’équipe « Informatique »– Mensuelles avec l’équipe « Biologie »
• Site Web : http://liris.cnrs.fr/~sitrans– Documents en accès public : description du
projet, description d’une expérience « puces à ADN »…
– Documents en accès restreint, limité aux membres du projet : maquette de l’interface, compte-rendu des réunions de projet, documents de développement, code source…
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Activités Rhône-Alpes Genopole / bioinformatique
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GenopoleConclusion et perspectives
• CDD– Finalisation du développement et mise en
exploitation de SITRANS
• Poursuite– Une thèse débute
• visualisation de données de gros volumes
– Un dépôt de projet à l ’ACI ImpBio :TransParNet• schéma commun pour le partage de données du
transcriptome et d’outils de traitement• spécification d’une architecture de médiation
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Genopole
INSA-LyonUCBL
Pédagogie
Ingénieurs Bioinformatiqueet Modélisation
Recherche
Bioinformatiquedu transcriptome
SITRANS
TransParNet
ROSODesign de sondes oligo
pour puces à ADNhttp://pbil.univ-lyon1.fr/roso/Home.php
Data Mining données puce et SAGE
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Genopole
Biologie des Systèmes et Modélisation Cellulaire
BSMC (http://prisma.insa-lyon.fr/bsmc)
Problématiques biologiques :- Symbiose et Evolution- Autorenouvellement Cellulaire
UMR 203 INRA/INSA, BF2I Biologie FonctionnelleUMR CNRS/UCBL 5534, CGMC Biologie Cellulaire et MoléculaireUMR CNRS/UCBL/INSA/ECL 5585, MAPLY Mathématiques AppliquéesLaboratoire INSA/UCBL/ULL PRISMa Informatique Bioinspirée et Vie ArtificielleFRE CNRS/INSA/UCBL/ULL/ECL 2672, LIRIS Systèmes d’Information et Data Mining
Outils bioinformatiques et de modélisation :- Puce à ADN (6400 plots) dédiée à Buchnera
(DTAMB/ECL)- Base de données SAGE - Identitag- Data mining des données d’expression- Etude qualitative des réseaux : Emergence de la
complexité- Modèle RBF-Gene : Evolution structurelle des génomes
bactériens- Modèle SMA : Emergence de structures multiprotéiques
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